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泛素特异性蛋白酶7基因的泛癌分析及其在瘢痕溃疡癌变中的表达
编辑人员丨4天前
目的:探讨泛素特异性蛋白酶7(USP7)在瘢痕溃疡癌变过程中的生物学作用及其临床意义。方法:采用回顾性观察性研究结合生物信息学分析方法。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达综合数据库中获取USP7在肿瘤和/或其对应癌旁正常组织中的RNA表达谱数据,并将RNA测序数据进行log 2转化。通过多维度癌症基因集cBioPortal数据库分析 USP7基因变异情况,并分析其突变位点。通过TIMER 2.0数据库中“差异表达”模块获得TCGA数据库中肿瘤、癌旁正常组织USP7 mRNA表达情况。使用基因表达谱交互分析2(GEPIA2)数据库分析皮肤黑色素瘤(SKCM)、宫颈鳞状细胞癌(CESC)、肺鳞状细胞癌(LUSC)和头颈鳞状细胞癌(HNSC)中高表达USP7患者与低表达USP7患者的生存率并绘制Kaplan-Meier生存曲线。利用Sangerbox数据库分析USP7在泛癌中的表达与微卫星不稳定性(MSI)或肿瘤突变负担(TMB)的相关性。通过GEPIA2数据库中“相关性分析”模块,评估USP7在泛癌中的表达与5种DNA错配修复基因( MLH1、 MSH2、 MSH6、 PMS2和 EPCAM)表达水平和3种必需DNA甲基转移酶(DNMT)——DNMT1、DNMT3A、DNMT3B表达水平的相关性。通过TIMER 2.0数据库中“免疫-基因”模块分析USP7在CESC、HNSC、LUSC和SKCM中表达及其与免疫细胞(B细胞、CD4 +T细胞、CD8 +T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞)浸润的相关性。利用GEPIA2数据库的“相似基因检测”模块获得与USP7表达模式相似且排名前100的蛋白集。将前述蛋白集与利用STRING数据库获得的与USP7有直接物理结合作用且排名前50的蛋白集进行交集分析。通过DAVID数据库对上述2个蛋白集进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析。收集2018年10月—2022年10月武汉大学附属同仁医院暨武汉市第三医院病理科有相应临床病理特征的正常皮肤、增生性瘢痕、瘢痕溃疡、瘢痕癌的术后标本,采用免疫组织化学法检测组织中USP7表达情况,样本数为6。对数据行Log-rank检验、单因素方差分析及Bonferroni检验。 结果:在泛癌中, USP7的主要基因变异类型为突变和扩增,变异频率(>6%)居前3位的肿瘤依次为膀胱尿路上皮癌、SKCM和子宫内膜癌。 USP7基因在泛癌中的主要突变为错义突变。在突变频率最高的SKCM中,主要突变类型是USP7_ICP0_bdg结构域的错义突变。USP7 mRNA在乳腺浸润癌、胆管癌、结肠癌、食管癌、HNSC、肾嫌色细胞癌、肝细胞肝癌、肺腺癌、LUSC、前列腺癌和胃癌肿瘤组织中的表达均明显高于其对应的癌旁正常组织( P<0.05),在多形成性胶质细胞瘤、肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌和甲状腺癌中的表达均明显低于其对应的癌旁正常组织( P<0.05);此外,USP7 mRNA在SKCM转移组织中的表达远高于其原发肿瘤组织( P<0.05)。生存曲线显示,在CESC、HNSC、LUSC和SKCM中,高表达USP7患者与低表达USP7患者的存活率比较,差异均无统计学意义(Log-rank P>0.05,风险比分别为1.00、0.99、1.00、1.30)。USP7在结肠癌、结直肠癌、胸腺癌、甲状腺癌中的表达均与TMB呈显著负相关(Pearson相关系数分别为-0.26、-0.19、-0.19和-0.11, P<0.05);USP7在神经胶质瘤、CESC、肺腺癌、混合肾癌、LUSC中的表达均与MSI呈显著正相关(Pearson相关系数分别为0.22、0.14、0.15、0.08和0.14, P<0.05),在结肠癌、结直肠癌、乳腺浸润癌、前列腺癌、HNSC、甲状腺癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤中的表达均与MSI呈显著负相关(Pearson相关系数分别为-0.31、-0.27、-0.13、-0.19、-0.16、-0.18和-0.53, P<0.05)。USP7在CESC中的表达与MSH2和MSH6的表达均呈明显正相关(Spearman相关系数分别为0.51和0.44, P<0.05),在HNSC中的表达与EPCAM、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2的表达均呈明显正相关(Spearman相关系数分别为0.39、0.14、0.49、0.54和0.41, P<0.05),在LUSC中的表达与EPCAM、MSH2、MSH6和PMS2的表达均呈明显正相关(Spearman相关系数分别为0.20、0.36、0.40和0.34, P<0.05),在SKCM中的表达与EPCAM、MLH1、MSH2、MSH6和PMS2的表达均呈明显正相关(Spearman相关系数分别为0.11、0.33、0.42、0.55和0.34, P<0.05);USP7在CESC、HNSC、LUSC和SKCM中的表达与DNMT1、DNMT3A和DNMT3B的表达均呈显著正相关(Spearman相关系数分别为0.42、0.34和0.22,0.45、0.52和0.22,0.36、0.36和0.22,0.38、0.46和0.21, P<0.05)。USP7在CESC、HNSC、LUSC和SKCM中的表达仅与CD4 +T细胞浸润呈显著正相关(Partial相关系数分别为0.14、0.22、0.13、0.16, P<0.05)。与USP7表达模式相似且排名前100的蛋白集中,排名前5的蛋白依次是C16orf72、BCLAF1、UBN、GSPT1、ERI2(Spearman相关系数分别为0.83、0.74、0.73、0.73和0.72, P值均<0.05)。与USP7有直接物理结合作用且排名前50的蛋白集与前述蛋白集的交集仅有1个蛋白,即为甲状腺激素受体相互作用因子12。KEGG富集分析显示,USP7相关基因涉及细胞周期、剪接体、细胞衰老和p53信号通路等。GO富集分析显示,USP7相关基因涉及转录调控、蛋白质泛素化、DNA修复和细胞质模式识别受体信号通路等。临床样本分析显示,USP7在增生性瘢痕(0.35±0.05)、瘢痕溃疡(0.43±0.04)和瘢痕癌(0.61±0.03)中的表达均明显高于正常皮肤(0.18±0.04), P<0.05。 结论:USP7可能为临床瘢痕溃疡癌变恶化的生物标志物。
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编辑人员丨4天前
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神经元-胶质细胞间通讯的研究进展
编辑人员丨1个月前
神经元-胶质细胞间通讯是维持整个神经系统正常生理功能的基础.神经系统细胞间通讯可通过神经递质、突触、旁分泌信号、细胞外囊泡以及离子通道等机制得以实现.随着近年各种新技术的出现,神经元与胶质细胞间新的通讯方式逐渐被发现.隧道纳米管(TNTs)这一动态的细胞间连接结构的发现,让人们认识到神经系统细胞间的蛋白质转移、离子运输、细胞器转运和信号传输等新的通讯方式.利用光遗传学技术刺激胶质细胞不仅可以调控中枢神经系统(CNS)神经元-胶质细胞间的通讯,也为周围神经系统(PNS)的神经纤维提供结构支持.最近,利用单细胞转录组测序技术,对神经元-胶质细胞间通讯的研究不断拓展和深入,在将来可能构建出整个神经系统单细胞层面细胞间通讯网络的图景.根据上述研究背景,笔者介绍CNS和PNS的神经元与不同的胶质细胞间通讯的最新研究进展,这对认识神经系统的复杂功能具有一定的意义.
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编辑人员丨1个月前
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脊髓灰质炎疫苗脑内法猴体神经毒力试验的神经病理研究
编辑人员丨2024/8/31
目的 探讨脊髓灰质炎疫苗猴体神经毒力试验毒力返强对神经免疫反应的影响及病理机制.方法 Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型Sabin株脊髓灰质炎灭活疫苗(Vero细胞)的原液(≥7000 lgCCID50/L)以及10-1稀释各型脊髓灰质炎疫苗采用脑内法进行神经毒力试验,观察脊髓灰质炎的病理变化,并利用免疫组织化学法检测脊髓灰质炎病毒受体CD155以及CD4+T淋巴细胞、CD20+B淋巴细胞和CD68+小胶质细胞的分布.结果 发生脊髓灰质炎的猴体出现脊髓炎症细胞浸润,少量神经元变性,脊髓神经元变性坏死、卫星现象、噬神经细胞现象、血管周围炎症细胞袖套状浸润和胶质细胞增生;主要为CD4+T淋巴细胞、CD20+B淋巴细胞和CD68+小胶质细胞大量浸润在血管袖套和增生的胶质结节中;在发生和未发生脊髓灰质炎的猴体中,CD155分布未见明显差别,均表达在神经元和胶质细胞,而血管内皮细胞未见表达.结论 脊髓灰质炎疫苗毒力返强导致典型病毒性脑脊髓炎.
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编辑人员丨2024/8/31
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MS4A6A的泛癌分析:基因组特征、免疫浸润和预后
编辑人员丨2024/7/27
目的 对4次跨膜蛋白MS4A6A(membrane-spanning 4-domain family,subfamily A,member 6A)在泛癌组织中的转录水平、基因组改变情况、潜在的异常表达机制、预后价值、与免疫细胞及免疫相关基因的关系和潜在的调控机制进行了探索.方法 使用生物信息学方法深入分析MS4A6A基因组、MS4A6A表达与免疫细胞浸润相关性及MS4A6A表达与肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和免疫评分的相关性;基于Spearman相关系数分析免疫评分与MS4A6A表达的相关性.结果 1)对33种肿瘤的单因素Cox分析表明,MS4A6A高基因转录是低级别脑胶质瘤(brain lower grade glioma,LGG)、睾丸生殖细胞瘤(testicular germ cell tumors,TGCT)、葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma,UVM)、胸腺瘤(thymoma,THYM)的危险因素;2)大部分肿瘤MS4A6A甲基化水平与其表达呈负相关,提示MS4A6A差异表达可能与其启动子甲基化相关;3)MS4A6A表达与免疫评分在32种肿瘤中呈现显著正相关,且在所有类型肿瘤中与基质评分和ESTIMATE评分均呈现显著正相关;4)MS4A6A表达与肿瘤相关成纤维细胞、调节性T细胞、B细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、单核细胞和CD8+T细胞的浸润呈现正相关.结论 MS4A6A可能通过影响免疫系统进一步参与肿瘤进程调控.
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编辑人员丨2024/7/27
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高特异性σ2R/TMEM97配体FEM-1689可减轻神经病理性疼痛并抑制整合应激反应
编辑人员丨2024/4/27
在药理学界,σ2受体(σ2R)早在30多年前就被描述过,但其分子特征仍模糊不清,直到最近才被确认为跨膜蛋白97(TMEM97).经研究证明σ2R/TMEM97 配体可减轻小鼠神经病理性疼痛模型的机械超敏反应,其最大抗痛作用的时间为给药后24 h.该研究试图通过解决 2 个关键问题来了解其抗神经病理性疼痛效应:σ2R/TMEM97 化合物是否通过受体选择性地发挥作用,以及它们对痛觉神经元的下游机制是什么?该研究使用了一种Tmem97全身基因敲除小鼠,发现σ2R/TMEM97 结合化合物FEM-1689,需要该基因才能在小鼠神经损伤模型中产生抗痛作用.利用小鼠背根神经节原代神经元证明,FEM-1689 能抑制整合应激反应(ISR),并通过 σ2R/TMEM97 特异性作用促进神经元生长.随后,该研究扩展了其临床转化价值,证明 FEM-1689可降低人类感觉神经元中的整合应激反应(ISR)和 p-eIF2α水平,并可减轻甲基乙二醛对 ISR的致病作用.同时,研究还证明了σ2R/TMEM97 在人类痛觉感受器和卫星胶质细胞中均有表达.这些结果证实了σ2R/TMEM97有希望成为治疗神经病理性疼痛的靶点.
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编辑人员丨2024/4/27
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BAIAP2L2在肝癌中的表达及与预后的关系
编辑人员丨2024/3/16
目的 从生物信息学角度分析脑组织特异性血管生成抑制因子1关联蛋白2同类基因2(BA-IAP2L2)在肝癌(LIHC)中的表达模式与预后关系、及其潜在的作用机制,并在临床病例中探讨其在LIHC中的表达与临床特征的相关性.方法 在TCGA、GEPIA、GEO和TIMER数据库分析BAIAP2L2在泛癌组织和正常组织的差异表达情况,通过单因素和多因素回归分析BAIAP2L2的表达与预后的关系,采用Spearman分析法评估BAIAP2L2表达与肿瘤的基因组不稳定性的相关性;通过ssGSEA算法和KEGG富集分析与BA-IAP2L2表达相关的信号通路.在临床病例中,采用免疫组化方法检测BAIAP2L2在55例LIHC组织、癌旁组织和10例正常肝组织的表达,分析其表达与病理特征、预后的相关性.结果 BAIAP2L2在泛癌中普遍高表达,与相应癌旁组织、正常组织的表达有差异,与肾上腺皮质癌(ACC)、低级别胶质瘤(LGG)、间皮瘤(MESO)、前列腺癌(PRAD)、黑色素瘤(SKCM)、子宫内膜癌(UCEC)、葡萄膜黑色素瘤(UVM)等7种肿瘤的不良预后显著相关.BAIAP2L2的表达水平与食管癌(ESCA)、胰腺癌(PAAD)、UCEC的肿瘤突变负荷(TMB)正相关(P<0.05);与胆管癌(CHOL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBC)、UVM和LGG的微卫星含量(MSI)正相关(P<0.05),与结直肠癌(READ)的MSI负相关(P<0.05).BAIAP2L2主要参与了LIHC中16条信号通路调控,与鞘糖脂生物合成/新乳糖合成、G2/M期检查点、肿瘤增殖、鞘脂代谢和糖胺聚糖生物合成硫酸角蛋白等通路正相关,与脂肪酸降解、初级胆汁酸生物合成、β-丙氨酸代谢、生物素代谢、丁酸代谢、赖氨酸降解、D-精氨酸/D-鸟氨酸的代谢、硒化合物代谢、缬氨酸/亮氨酸/异亮氨酸的降解、色氨酸代谢和咖啡因代谢等通路负相关.临床病例资料显示,LIHC组织BAIAP2L2的表达明显高于癌旁组织(P<0.000 1)和正常肝组织(P=0.003 6),与LIHC的肿瘤数目(P=0.038)、直径(P=0.010 1)和分化程度(P=0.031 4)相关;BAIAP2L2高表达组的术后总生存期低于低表达组(P=0.018 2);单因素分析结果表明,BAIAP2L2表达水平与LIHC患者生存预后相关.结论 BAIAP2L2通过调控TMB、MSI和多种信号通路促进肿瘤的发生、发展.BAIAP2L2在LIHC表达水平显著高于对应的癌旁组织和正常肝组织,与肿瘤数目、直径和分化程度密切相关,是促进肿瘤进展和导致不良预后的重要因素.
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编辑人员丨2024/3/16
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外周组织胶质细胞发育与功能的研究进展
编辑人员丨2024/3/16
胶质细胞是中枢神经系统的重要组成单元,已有研究证实胶质细胞具有维持脑功能稳态,促进突触发育,维持血脑屏障结构功能完整等生理功能.此外,胶质细胞参与阿尔茨海默病、帕金森病等神经退行性疾病的发生与进展,并在中枢神经系统炎症性疾病中扮演不可或缺的角色.然而,外周组织中的胶质细胞长期未被关注,其发育分化谱系及生理功能仍有待阐明.文章针对外周组织中胶质细胞的发育起源、功能,及参与病理的细胞分子机制进行深入讨论,从而更全面地理解胶质细胞在外周组织中的功能.
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编辑人员丨2024/3/16
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大鼠颈上神经节中Ⅰ组代谢型谷氨酸受体表达及慢性间歇性低氧对其的影响
编辑人员丨2024/3/16
目的 观察Ⅰ组代谢型谷氨酸受体(mGluR1/5)在大鼠颈上神经节(SCG)组织的表达、定位,及慢性间歇性低氧(CIH)对 mGluR1/5 蛋白水平的影响.方法 12 只雄性 SD 大鼠随机分为对照组(Ctrl)和 CIH 组(CIH),每组 6 只,模型制作 6 周.Western blotting检测CIH对mGluR1/5 蛋白水平的影响,免疫组织化学法和免疫荧光共定位染色检测大鼠SCG中mGluR1/5 的表达及分布.结果 mGluR1/5 表达于大鼠SCG,mGluR1 分布于神经元和小强荧光(SIF)细胞,而在卫星胶质细胞(SGCs)、神经纤维和血管不表达;mGluR5 主要分布于神经纤维,少量分布于神经元,而在SIF细胞、SGCs及血管不表达;CIH上调mGluR1/5 的蛋白水平(P<0.01).结论 mGluR1和mGluR5 均表达于大鼠SCG,但其表达部位有所不同,两者蛋白水平的升高可能参与了CIH诱导的血压升高.
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编辑人员丨2024/3/16
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激活α2A肾上腺素受体抑制背根神经节卫星胶质细胞活性缓解镜像痛敏
编辑人员丨2023/9/16
目的:躯体单侧组织损伤引发对侧疼痛反应,称为镜像痛敏.镜像痛敏的病理机制尚不明确,缺乏特异性靶标,影响其治疗.本研究拟阐释背根神经节中α2A肾上腺素受体和神经胶质细胞介导镜像痛敏的发生机制.方法:采用行为药理学、实时荧光定量PCR、免疫荧光和免疫印迹等技术研究背根神经节中α2A肾上腺素受体和神经胶质细胞介导镜像痛敏的机制.结果:背根神经节中 α2A肾上腺素受体参与了镜像痛敏的发生发展.激活α2A肾上腺素受体显著缓解镜像痛敏行为.疼痛刺激下,双侧背根神经节中胶质细胞被差异激活,而激活α2A肾上腺素受体进一步活化背根神经节神经胶质细胞.此外,激活α2A肾上腺素受体显著降低卫星胶质细胞中α2A肾上腺素受体的表达,而不影响小胶质细胞中α2A肾上腺素受体的表达.结论:背根神经节卫星胶质细胞中的α2A肾上腺素受体是镜像痛敏的重要分子传感器,激活α2A肾上腺素受体改善镜像痛敏行为.
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编辑人员丨2023/9/16
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脂多糖对大鼠三叉神经节Nav1.7表达的调控及机制研究
编辑人员丨2023/8/26
目的:探讨脂多糖(LPS)是否及如何上调大鼠三叉神经节(TG)内Nav1.7的表达,从而调控大鼠颞下颌关节(TMJ)炎性痛.方法:选择成年雄性SD大鼠,应用大鼠三叉神经节脑立体定位实验,于活体大鼠TG内微量注射LPS,观察大鼠摆头阈值的变化,并检测TG内Nav1.7的表达.将大鼠TG进行体外离体培养,LPS单独或联合卫星胶质细胞(SGC)活化抑制剂fIuorocitrate(FC)、NF-κB抑制剂PDTC进行处理.应用实时定量PCR、Western免疫印迹实验检测TG内Nav1.7、p-p65、GFAP等分子的表达变化.采用SPSS 22.0软件包对数据进行统计学分析.结果:活体大鼠TG内微量注射LPS 24 h后,TG内Nav1.7的表达显著上调且大鼠摆头阈值降低.SGC活化抑制剂FC可阻断LPS上调的TG内Nav1.7的表达,NF-κB抑制剂PDTC可阻断LPS上调的TG内p-p65、GFAP及Nav1.7的表达.结论:LPS可能通过NF-κB信号通路(p-p65)激活三叉神经节内的卫星胶质细胞,进而上调神经元内Nav1.7的表达,从而调控大鼠颞下颌关节炎性痛.
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编辑人员丨2023/8/26
