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一个 EDA基因新突变导致的少汗性外胚层发育不良家系的遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:对一个临床诊断为少汗性外胚层发育不良患儿的外胚层发育不良候选基因进行二代测序,以期发现致病位点以明确诊断。方法:对家系中一例患儿的少汗性外胚层发育不良的候选基因进行二代测序,并利用Sanger测序法对筛选出的可疑致病突变进行验证,同时在家系中其他成员和100例无关联健康个体中检测此突变。结果:在患儿和其弟弟(亦为患者)中发现 EDA c.300_301delCC(p.Pro101His fs*11)缺失移码突变,其母亲为该突变的携带者,其父亲和妹妹无突变。同时100例无关联正常个体均无此突变。 结论:EDA基因c.300_301delCC(p.Pro101His fs*11)缺失移码突变可能是该家系中2例患儿罹患少汗性外胚层发育不良的主要原因。
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编辑人员丨4天前
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三个遗传性多发性骨软骨瘤家系致病基因突变分析
编辑人员丨4天前
目的:对3个遗传性多发性骨软骨瘤(HME)家系行致病基因检测,为优生、遗传咨询和产前诊断提供依据。方法:收集2018年1月至2020年11月就诊于河南省人民医院遗传与产前诊断中心的3个遗传性多发性骨软骨瘤家系,对家系进行详细的病史采集,签署知情同意书后,收集家系成员外周静脉血,对先证者行全外显子组测序(WES),发现可疑致病位点后,采用Sanger测序对家系成员候选致病变异进行验证及家系共分离分析,结合ACMG指南,对突变进行致病性判断。结果:全外显子组测序分别在3个家系先证者中检出 EXT1基因c.1056+2T>C突变、c.369dupA(p.G124fs)突变和 EXT2基因c.1171C>T(p.Q391*)突变。共分离验证后发现:3个家系中的患者均存在相应突变,而表型正常的家系成员未检测到突变,符合基因型-表型共分离。结合ACMG指南,上述3种突变可分类为致病性突变。 结论:EXT1基因c.1056+2T>C、c.369dupA突变和 EXT2基因c.1171C>T突变是导致3个家系罹患骨软骨瘤的病因。
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编辑人员丨4天前
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染色体微阵列分析对于胎儿十二指肠梗阻的检测价值
编辑人员丨4天前
目的:探讨染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)对于胎儿十二指肠梗阻(duodenal obstruction,DO)的检测价值。方法:选取51例超声提示存在DO的胎儿,将其分为单纯组和合并其他异常组。对其进行CMA检测,并随访所有病例的妊娠结局。结果:在51例胎儿中共发现8例异常,检出率为15.7%,包括3例染色体数目异常,5例致病性拷贝数变异(copy number variations,CNVs),分别为17q12微重复综合征、13q21.33q31.1微缺失、13q21.32q22.3缺失、13q21.2q31.1缺失和1q43q44重复。13q的 EDNRB及17q12的 HNF1 B为胎儿DO的候选基因。单纯DO组于合并其他结构异常组致病性CNVs的检出率差异无统计学意义(9.5% vs. 11.1%, P > 0.05)。39例活产,1例死胎,引产的11例中包括8例CMA结果异常者。 结论:DO与基因组拷贝数异常存在一定的相关性,须进行产前诊断。CMA不仅可以检测微缺失/微重复变异,同时具有发现可疑致病基因的能力,可为DO胎儿的产前诊断、咨询以及预后评估提供依据。
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编辑人员丨4天前
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非典型Stickler综合征I型三个家系的遗传分析及产前诊断
编辑人员丨4天前
目的::分析非典型Stickler综合征I型患者的临床表现和遗传学病因,为患者基因诊断、遗传咨询、产前诊断提供理论依据。方法::实验研究。收集3个典型Stickler综合征I型家系患者的临床表型资料,采集患者及家系其他成员的外周血提取基因组DNA。应用全外显子组测序筛查可疑基因变异,对候选变异进行Sanger测序验证并检测家系全部受检者变异携带情况。通过人类基因变异数据库和PubMed数据库检索候选变异的致病性报道情况,依据美国医学遗传学和基因组学学院与分子病理学协会(ACMG)指南判断致病性及等级。依据先证者相关变异结果对孕妇行产前诊断。结果::纳入研究的3个家系均检测到Stickler综合征I型致病基因变异。家系1患者携带 COL2A1基因c.1693C>T(p.R565C)杂合变异,家系2患者携带 COL2A1基因c.2862C>T(p.G954=)杂合变异,家系3患者携带 COL2A1基因c.2355+1G>A(splicing)杂合变异。这3个基因变异经保守性分析、功能预测并依据ACMG指南逐一打分判断为致病性变异。 结论::全外显子组测序等分子遗传检测技术对非典型Stickler综合征I型的病因学诊断具有重要意义,本研究中3个家系患者均找到遗传学病因,在基因水平确诊非典型Stickler综合征I型。
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编辑人员丨4天前
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无脉络膜症三个家系的基因诊断
编辑人员丨4天前
目的:分析无脉络膜症患者的基因变异,明确其可能的致病原因,为临床诊断和遗传咨询提供依据。方法:收集3个家系患者的临床表型资料,采集患者及家系受试者外周血提取基因组DNA。应用全外显子组靶向测序筛查可疑基因变异,对候选变异进一步通过Sanger测序及定量PCR法验证并调查家系其他成员变异携带情况。通过HGMD和PubMed数据库检索基因变异的致病性报道情况,依据根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)变异指南判断候选变异的致病性。结果:3个家系均检测到 CHM基因致病变异,家系1先证者(Ⅱ 1)为c.1584_1587del(p.Val529Hisfs*6)变异半合子,其女儿(Ⅲ 2)携带c.1584_1587del(p.Val529Hisfs*6)杂合变异;家系2先证者(Ⅱ 2)为第10至15外显子缺失(E10-15del)半合子,其母亲(Ⅰ 2)和妹妹(Ⅱ 3)携带E10-15del杂合变异;家系3先证者(Ⅱ 2)为c.544delT(p.Cys182Valfs*14)变异半合子,母亲携带c.544delT(p.Cys182Valfs*14)杂合变异,父亲未检测到该变异。其中2个为已知致病性变异、1个为本研究发现的新变异 CHM基因c.544delT(p.C182Vfs*14)。 CHM基因c.544delT移码变异可导致翻译过程提前终止、产生无功能的产物蛋白,为致病性变异。 结论:本研究的发现扩展了无脉络膜症的基因变异谱。
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编辑人员丨4天前
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CNV-seq在先天性唇腭裂患者中的临床应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨先天性唇腭裂与染色体拷贝数变异(copy number variation,CNVs)的关系及筛选可疑候选基因。方法:采用拷贝数变异测序(CNV sequencing,CNV-seq)技术对先天性唇腭裂外周血或羊水标本进行全基因组CNVs检测。结果:42例样本检测成功率100%,共检出5例致病性CNVs(11.9%),均发生在综合征型唇腭裂(22.7%,5/22),非综合征型唇腭裂未检出致病性CNVs(0,0/20),差异具有统计学意义( P=0.023)。本研究共检出7个致病性CNVs,分别为14q32.31q32.33微缺失、18q21.31q23微缺失、4p16.3p14微缺失、18q22.1q23微重复、5p15.33微缺失、9p24.3p13.2微重复和17q12微缺失。在检出的致病性CNVs区间,共筛选出5个可能与唇腭裂相关的可疑候选基因,分别为 BRF1、 TXNL4A、 FGFR3、 NSD2和 BNC2。 结论:先天性唇腭裂的发生与染色体CNV密切相关,本研究发现5个可能与唇腭裂相关的候选基因。
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编辑人员丨5天前
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携带线粒体DNA致病突变家庭的聋病遗传咨询特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析携带线粒体DNA致病突变家庭的聋病遗传咨询特征及其临床意义。方法:“中国聋病基因组计划(CDGP)”项目中以“聋病遗传咨询”为主诉家庭,采用靶向捕获技术对线粒体基因组、聋病相关核基因进行高通量测序,排除了明确已知耳聋核基因突变后筛选出携带线粒体DNA致病突变的首诊个体,对其进行家系资料收集、绘制家系图谱,完善相关人员听力学检测及家系内候选基因变异的验证分析。结果:在513个咨询家庭中共发现20个明确携带线粒体DNA致病变异家庭,首诊个体中有16例耳聋先证者和4例无症状咨询者,分别携带 MT-RNR1、 MT-TS1和 MT-TL1三个基因的9种突变:m.1095T>C、m.1310C>T、m.1494C>T、m.1555A>G、m.3243A>G、m.7445A>G、m.7505T>C、m.7510T>C和m.7511T>C。 MT-RNR1和 MT-TS1基因以同质突变为主, MT-TL1基因为异质突变,先证者以中度以上的斜坡型或平坦型感音神经性听力损失为主,也有显著的表型异质性,其中m.7445A>G同质突变患者听力呈明显进行性下降,m.7505T>C同质突变听力损失呈谷型,携带m.1095T>C个体的聋病外显率较低,携带m.3243A>G异质突变的患者可表现为非综合征型耳聋或糖尿病伴耳聋综合征。 结论:携带线粒体DNA致病突变个体及其母系家庭成员发生耳聋的风险较高,但携带者的发病年龄、听力损失程度及外显率等存在显著差异,在遗传咨询中需要明确排除核基因可疑致病变异并分析携带者的线粒体DNA突变比例,同时完善首诊个体及其母系家庭人员的听力检测,以咨询家庭为单位进行线粒体突变表型-基因型特征分析,有利于线粒体耳聋遗传咨询个性化的临床决策。
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编辑人员丨5天前
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一个遗传性痉挛性截瘫4型家系的 SPAST基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:明确1个遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia,HSP)家系的分子遗传发病机制。方法:收集该家系成员及50名正常对照的外周血,提取样本DNA,应用二代测序技术对先证者的周围神经病及痉挛性截瘫候选基因进行相关基因突变筛查,并对可疑变异进行Sanger测序分析。结果:测序结果显示先证者 SPAST基因第9外显子区存在c.1196C>G杂合变异,导致第399位氨基酸由丝氨酸变为色氨酸(p.Ser399Trp),该变异可能导致蛋白质功能受到影响。该家系的其它患者均存在SPAST c.1196C>G的杂合错义变异,而表型正常家系成员未发现该位点的变异,50名正常对照均未发现该变异,符合基因型-表型共分离。根据2015年ACMG制定的《遗传变异分类标准与指南》,该变异为可能致病性变异。 结论:SPAST基因c.1196C>G变异可能是导致本家系患者发病的原因。
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编辑人员丨5天前
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自然流产患者1 065例的遗传学病因及其相关因素的分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨1 065例自然流产患者的遗传学病因及其相关因素。方法:选择2018年1月至2021年12月于南京鼓楼医院产前诊断中心就诊的1 065例自然流产患者为研究对象。采集患者的绒毛组织或胎儿皮肤组织,用染色体微阵列分析(CMA)对其基因组DNA进行检测。选取10对CMA检测未见异常的非体外受精-胚胎移植(IVF-ET)妊娠、既往无活产分娩史且无子宫结构畸形的早期复发性流产夫妇,采集其外周静脉血样,进行家系全外显子组测序(trio-WES),并通过Sanger测序对结果进行验证,并对候选变异进行生物信息学分析。采用多因素非条件Logistic回归分析法,对可能影响流产组织中染色体异常的因素进行分析,包括夫妇双方的年龄、既往自然流产的次数、是否进行IVF-ET以及有无活产分娩史等。不同流产次数的低龄和高龄患者早期流产组织染色体非整倍体发生率的比较采用线性趋势 χ2检验。 结果:在1 065份自然流产组织中,CMA共检出染色体异常570例(53.5%),其中染色体非整倍体489例(45.9%),致病/可疑致病拷贝数变异(CNVs)36例(3.4%)。在10对夫妇中,trio-WES检测在2对夫妇的流产组织中分别发现1个纯合变异和1个复合杂合变异,均遗传自亲代;在2对夫妇的自然流产组织中分别发现1个疑似致病变异。多因素非条件Logistic回归分析显示,孕妇年龄是流产组织染色体异常的独立风险因素( OR = 1.122,95% CI:1.069-1.177, P<0.001),既往流产次数和IVF-ET妊娠则是其独立保护因素( OR = 0.791、0.648,95% CI:0.682-0.916、0.500-0.840, P=0.002、0.001),配偶年龄和活产分娩史并非其独立风险因素( P>0.05)。在低龄患者的流产组织中,非整倍体的发生率随既往自然流产次数的增加而下降( χ2 = 18.051, P<0.001)。在高龄患者的流产组织中,非整倍体的发生率则与既往自然流产的次数无显著相关性( P>0.05)。 结论:自然流产的遗传学病因以染色体非整倍体为主,而CNVs与基因变异也值得重视。孕妇的年龄、既往流产的次数及IVF-ET妊娠与流产组织中的染色体异常密切相关。
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编辑人员丨5天前
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基于外显子组测序的Axenfeld-Rieger综合征致病突变筛查
编辑人员丨5天前
目的:对Axenfeld-Rieger综合征(ARS)一家系进行临床检查和基因检测,寻找致病突变。方法:采用家系调查研究方法,纳入2018年于哈尔滨医科大学附属第二医院就诊的中国汉族ARS一家系,该家系3代共15人,其中患者3例。详细记录家族史,进行眼科及全身一般检查。采集受检者外周静脉血2~5 ml并提取淋巴细胞基因组DNA和RNA。对先证者DNA进行外显子测序,利用人群数据库及生物信息学分析筛选可疑突变,Sanger测序和实时荧光定量PCR进行验证,对可疑突变进行保守性和有害性预测,参照美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南对候选罕见变异进行致病性评估。结果:3例患者均存在ARS典型的眼部、牙齿和肚脐发育异常,且均携带 PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs *)杂合突变,家系中其他人员无相应临床表型且未检测到该变异位点,符合家系共分离。3例患者PITX2 mRNA相对表达量为0.672±0.063,明显低于健康对照的1.015±0.179,差异有统计学意义( t=8.847, P<0.001)。dbSNP、1000G、gnomeAD、ExAC、Korea1K、EVS数据库中均未收录该变异,MutationTaster评为有害,受影响的氨基酸序列在9种动物中保守存在。ACMG遗传变异分类标准和指南评价该变异位点为致病变异。 结论:PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs *)变异为该家系患者的致病变异,首次在中国ARS家系中报道。
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编辑人员丨5天前
