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影响胶质母细胞瘤生物学行为的靶基因预测
编辑人员丨5天前
目的:探索胶质母细胞瘤(GBM)发生发展过程中发生差异表达的基因并初步探讨其功能及作用,以明确影响GBM生物学行为的靶基因。方法:应用GEO2R在线分析从基因表达综合数据库(GEO)中获取的GSE70231数据集的原始基因表达谱,从而得到差异表达基因;应用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;应用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,然后应用Cytoscape中的插件cytoHubba和MCODE分析PPI网络,从而获取靶基因;应用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中样本数据的GEPIA在线分析靶基因在GBM组织中的表达情况及其对患者总生存期的影响,最后应用人体组织的RNA-seq数据集GSE50021验证筛选出来的靶基因。结果:共筛选出520个GBM组织与正常脑组织间的差异表达基因,包含305个上调基因和215个下调基因。GO功能富集分析显示,差异表达基因的生物学过程主要富集在信号转导、细胞粘附、细胞增殖的正调控等方面,细胞学组分主要为细胞外外泌体、细胞质、细胞质膜等,分子功能显著富集在蛋白质结合率方面。KEGG通路富集分析显示,差异表达基因主要富集于丝裂原活化蛋白激酶信号通路、癌症中的蛋白多糖信号通路、催产素信号通路、钙信号通路。应用插件cytoHubba和MCODE从差异表达基因的PPI网络中共获取到17个靶基因,靶基因功能分析及临床样本验证显示8个基因( VCAM1、 SPP1、 ITGB1、 CTGF、 VIM、 ITGAV、 COL1A1、 BCL2A1)为影响GBM生物学行为的靶基因,其中 BCL2A1、 COL1A1、 ITGAV这3个靶基因与GBM的关系报道尚少,GSE50021数据集验证显示这3个靶基因在GBM组织中的表达明显高于正常脑组织,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:本研究分析得出的8个靶基因尤其是 BCL2A1、 COL1A1、 ITGAV可能是未来探寻GBM发病机制及其诊断治疗的重要研究靶点。
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编辑人员丨5天前
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慢性偏头痛患者脑白质弥散张量成像ABA及TBSS分析
编辑人员丨5天前
目的:采用弥散张量成像(DTI)技术研究慢性偏头痛(CM)患者脑白质结构损伤及其与临床资料的相关性。方法:选取成都中医药大学附属医院神经内科、神经外科门诊自2020年9月至2022年12月收治的CM患者60例(CM组),自2020年10月至2022年6月向社会招募与CM患者年龄、性别相匹配的健康对照者60例(健康对照组)。2组受试者均进行全脑DTI扫描,使用PANDA及FSL软件进行DTI数据全自动处理,采用基于白质图谱的分析(ABA)及纤维束示踪空间统计(TBSS)分析CM患者及健康对照者全脑DTI数据的差异,采用Pearson相关性检验分析CM患者临床特征与ABA结果的相关性。结果:ABA结果显示:与健康对照组比较,CM组患者双侧大脑脚、左侧小脑下脚、右侧小脑上脚、双侧内侧丘系、双侧毯(胼胝体内矢状层)、双侧钩束及右侧内囊后肢脑区的各向异性分数(FA)值降低,右侧扣带回、内囊豆状核后部脑区的平均弥散率(MD)值增高,双侧大脑脚、双侧内侧丘系、右侧扣带回脑区轴向弥散率(AD)值降低,左侧毯(胼胝体内矢状层)、左侧小脑下脚、左侧大脑脚脑区径向弥散率(RD)值增高,差异均有统计学意义( P<0.05)。TBSS结果显示:CM组及健康对照组脑白质纤维骨架FA、MD、RD及AD值差异均无统计学意义( P<0.05)。CM患者头痛视觉模拟评分(VAS)与左侧小脑下脚、左侧内侧丘系、右侧大脑脚FA值,右侧大脑脚的AD值,左侧毯(胼胝体内矢状层)RD值呈负相关关系( P<0.05);CM患者病程与左侧小脑下脚FA值呈负相关关系,与左侧小脑下脚的RD值呈正相关关系( P<0.05)。 结论:CM患者脑白质存在结构损伤,但白质纤维骨架与正常人无差异,无纤维骨架的病理性损害。脑干、小脑及胼胝体结构变化与头痛VAS评分及病程有相关性,可能是CM发病的重要因素。
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编辑人员丨5天前
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基于基因表达综合数据库筛选调控急性T淋巴细胞白血病超高剂量率放疗敏感性的枢纽基因
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学方法对基因表达综合(GEO)数据库中超高剂量率(FLASH)放疗的数据进行分析,寻找参与调控急性T淋巴细胞白血病FLASH放疗敏感性的枢纽(Hub)基因。方法:从GEO数据库中下载和提取接受FLASH放疗恶性肿瘤基因表达谱芯片数据,采用R软件进行差异基因的筛选,并对这些基因进行生物学功能、信号传导通路等分析。通过STRING在线软件分析差异基因的蛋白质相互作用(PPI) 网络,Cytoscape插件筛选Hub基因。最后,应用肿瘤基因组图谱(TCGA)和GTEx数据库验证Hub基因在急性T淋巴细胞白血病中的表达情况。结果:自GEO数据库中获得GSE100718芯片数据,共有12 800个基因与急性T淋巴细胞白血病放疗敏感性相关。选择表达量显著改变的61个基因进行进一步分析,这些基因参与代谢、应激反应、免疫应答等生物学过程。主要涉及氧化磷酸化、未折叠蛋白应答、脂质代谢等信号转导通路。通过PPI分析筛选出的Hub基因及后续验证表明HSPA5及SCD参与调控FLASH放疗敏感性,且在合并TRD/LMO2融合基因的急性T淋巴细胞白血病中显著高表达。结论:通过生物信息学分析可以有效筛选出调控FLASH放疗敏感性的Hub基因,基因表达谱可用于指导肿瘤患者分层以实现精准放疗。
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编辑人员丨5天前
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细胞周期退出与分化蛋白1的下调与胶质瘤疾病进展及不良预后相关
编辑人员丨5天前
目的:探究细胞周期退出与分化蛋白1(CEND1)在胶质瘤中的表达以及其对胶质瘤患者预后的影响。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得胶质瘤与癌旁组织中CEND1的信使RNA(mRNA)测序数据和相应的临床信息后,基于R v4.0.3分析胶质瘤样本CEND1的表达及其高低表达与胶质瘤患者预后的关系,设定 P<0.05具有统计学意义。进一步采用蛋白质印迹法(Western blot)、实时定量聚合酶链反应(qPCR)与免疫组织化学法验证CEND1在共80例胶质瘤患者肿瘤样本和15例正常脑组织样本中的表达。两样本间对比采取 t检验,多组间差异采用单因素方差分析。 结果:TCGA公共数据库分析表明CEND1在胶质瘤中的表达低于正常组织(6.965±1.109比7.728±1.085, t=12.37, P<0.01),CEND1在2级和3级胶质瘤中的表达量高于4级胶质瘤(7.302±1.019、7.094±1.041比6.197±1.007, t=10.60、8.57, P<0.01)。生存分析显示CEND1高表达组的胶质瘤患者总生存期要好于CEND1低表达组[风险比( HR)=0.56,95%可信区间( CI):0.43~0.72, P<0.01]。蛋白印迹法结果表明,CEND1蛋白在胶质瘤组织中的表达量,明显低于正常脑组织;随胶质瘤级别升高,CEND1蛋白的表达逐渐下降。qPCR结果表明CEND1在正常脑组织和低级别胶质瘤(1级、2级、3级)中的表达要高于高级别胶质瘤(G4组)(1.000±0.079、0.747±0.118、0.505±0.125、0.317±0.088比0.170±0.094, t=25.79、20.38、13.25、7.21, P<0.01)。免疫组织化学法结果表明,与正常脑组织比较,CEND1蛋白在胶质瘤组织中低表达,且随胶质瘤级别的升高,其表达水平逐渐降低。 结论:CEND1的下调与胶质瘤疾病进展及生存率下降明显相关。
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编辑人员丨5天前
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蛋白磷酸酶2A癌性抑制因子的表达对脑胶质瘤患者的预后意义及其作用机制的探讨
编辑人员丨5天前
目的:探讨蛋白磷酸酶2A癌性抑制因子(CIP2A)的表达对脑胶质瘤患者的临床预后、胶质瘤细胞迁移和侵袭的影响及其作用机制。方法:自中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)提取脑胶质瘤CIP2A mRNA表达的相关数据和临床资料,分析CIP2A在胶质瘤中的表达情况;随后选取67例来源于2016年1月至2018年10月贵阳市第二人民医院神经外科的胶质瘤手术标本,采用免疫组织化学染色方法检测肿瘤组织的CIP2A表达水平。基于CGGA数据库资料,比较不同性别、年龄、世界卫生组织(WHO)分级、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变状态、染色体1p/19q共缺失状态、肿瘤类别(原发、复发、继发)、放化疗胶质瘤患者间CIP2A表达的差异。采用Kaplan-Meier生存分析、单因素Cox和多因素Cox回归模型及受试者工作特征(ROC)曲线探讨CIP2A的表达水平在胶质瘤患者预后评估中的价值。应用siRNA干扰U87和U251细胞中CIP2A的表达;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测U87和U251细胞中CIP2A的表达水平;采用划痕实验和Transwell实验检测CIP2A基因沉默对U87和U251细胞迁移和侵袭能力的影响,以蛋白质免疫印迹实验检测U87和U251细胞中CIP2A蛋白、E钙黏蛋白(E-Cadherin)、基质金属蛋白酶(MMP)2和MMP9的表达水平。结果:CGGA数据库中,CIP2A mRNA的表达随着脑胶质瘤病理学级别的升高而增强( F=49.32, P<0.001);CIP2A低表达组患者的总生存期长于高表达组(CGGA数据库资料: P<0.001;临床样本资料: P<0.05)。CIP2A高表达与肿瘤类别(复发和继发)、IDH野生型、1p/19q非共缺失显著相关,差异均有统计学意义(均 P<0.001)。ROC曲线分析显示,CIP2A mRNA表达水平预测脑胶质瘤患者1、3、5年生存率的曲线下面积分别为0.72、0.74和0.73。多因素Cox回归模型分析显示,CIP2A高表达、高龄、肿瘤复发或继发以及高级别肿瘤是脑胶质瘤患者预后的独立危险因素(均 P<0.001)。siRNA可抑制胶质瘤细胞U87和U251中CIP2A mRNA和蛋白的表达(均 P<0.05),低表达CIP2A的U87和U251细胞的划痕愈合能力、细胞迁移和侵袭能力均明显下降(均 P<0.05)。低表达CIP2A的U87和U251细胞E-Cadherin的表达上调,而MMP2、MMP9蛋白的表达下调(均 P<0.05)。 结论:CIP2A在脑胶质瘤中呈高表达并提示脑胶质瘤患者的预后不良,可能能够作为脑胶质瘤的相关预测标志物。CIP2A低表达可能通过调控上皮-间质转化抑制胶质瘤细胞的迁移和侵袭。
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编辑人员丨5天前
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BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的多组学研究
编辑人员丨5天前
目的:基于空间转录组、单细胞转录组和RNA转录组测序数据探讨BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的分子机制。方法:基于空间转录组公共数据集分析BICD1基因在正常脑组织(样本"248_C")和胶质母细胞瘤组织(样本"275_T")中的空间分布特征。采用R语言软件包分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中单细胞测序数据(来源于14例患者的6 148个细胞),明确BICD1基因在胶质瘤不同细胞类型中的表达差异。基于CGGA数据库中693例脑胶质瘤患者的RNA测序数据,采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及基因本体论分析BICD1基因相关基因的生物学功能。结果:BICD1基因在正常脑组织中表达广泛,在胶质母细胞瘤组织中特异性地表达于肿瘤干细胞与肿瘤细胞的分界处。根据单细胞测序数据进行的细胞分群分析表明,BICD1基因主要在星形胶质细胞中高表达。在Neftel分型中,BICD1基因高表达细胞主要分布在星形胶质细胞样细胞群和神经前体样细胞群中。BICD1基因表达水平相关差异基因的KEGG通路富集分析显示,BICD1基因高表达与细胞衰老( P=0.003)、癌症中的蛋白聚糖( P=0.004)等癌症相关生物学功能的聚集相关,与肌动蛋白细胞骨架的调节( P=0.010)等胞内运输过程的功能聚集相关;BICD1基因低表达与核糖体相关功能( P<0.001)及氧化磷酸化( P<0.001)等生物学过程的聚集相关。BICD1基因表达水平相关差异基因的生物学功能聚类分析显示,与BICD1基因表达水平相关性较强的生物学功能有细胞质翻译( P<0.001)、核糖体亚单位装配( P=0.001)、染色体分离调控( P=0.004)及染色体分离( P=0.004)等。BICD1基因的表达水平与多泛素修饰依赖性蛋白结合( P=0.046)、泛素-泛素连接酶活性( P=0.033)、蛋白质解聚负调控( P=0.010)、单泛素化蛋白质去泛素化( P=0.026)、肌动蛋白丝加帽( P=0.007)、肌动蛋白丝解聚( P=0.013)等生物学过程相关。 结论:BICD1蛋白可能在脑胶质瘤前体肿瘤细胞中参与蛋白泛素化降解及细胞骨架相关的胞内运输,调控细胞衰老和细胞分裂等生物学过程,在这些细胞的恶性转变过程中起到关键作用。
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编辑人员丨5天前
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基于生物信息学探索肺鳞癌肿瘤微环境及寻找关键基因
编辑人员丨5天前
目的:探究肺鳞癌肿瘤微环境,并寻找影响肺鳞癌肿瘤微环境的关键基因。方法:使用R语言ESTIMATE算法计算TCGA数据库中肺鳞癌样本的基质评分、免疫评分与综合评分;CIBERSORT算法计算肺鳞癌22种肿瘤浸润免疫细胞丰度。根据surv_cutpoint函数分别获得3种评分的最佳截断值并分为各自的高评分组与低评分组,进行3种评分的高评分组与低评分组5年限制平均生存时间分析及差异表达分析。将差异表达分析获取的基因定义为差异表达基因,再根据蛋白质相互作用网络和单因素Cox回归分析结果确定关键基因。最后,利用Timer数据库探索关键基因与肿瘤浸润免疫细胞之间的相互关系。结果:肺鳞癌基质评分、免疫评分与综合评分均低于癌旁组织,差异均有统计学意义( P值均<0.001)。限制平均生存时间分析显示,随访5年,3种评分的高评分组均较低评分组预后差( P值均<0.05)。肺鳞癌组织中22种肿瘤浸润免疫细胞含量有18种与癌旁组织比较,差异均有统计学意义( P值均<0.05)。差异分析确定了影响肿瘤微环境的972个差异基因,将972个差异基因进行单因素Cox回归分析,确定了135个与生存相关的基因( P值均<0.05),与蛋白相互作用网络中前50个中枢基因进行交叉,获得3个与肿瘤微环境相关且影响肺鳞癌预后的关键基因AGTR2、CXCL2、ADORA1。最后Timer数据库探究显示关键基因表达量与肿瘤浸润免疫细胞具有相关性( P值均<0.05)。 结论:通过生物信息学探索了肺鳞癌肿瘤微环境,筛选出3个与肺鳞癌预后相关且影响肿瘤微环境的关键基因AGTR2、CXCL2、ADORA1,为肺鳞癌提供了潜在的治疗靶点。
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编辑人员丨5天前
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CD36与肝细胞癌细胞增殖和迁移的关系及其对人肝癌细胞异种移植裸鼠模型的影响
编辑人员丨5天前
目的:观察CD36在肝细胞癌组织和细胞株中的表达水平,探讨CD36对人肝细胞癌细胞株增殖、迁移能力及人肝癌细胞异种移植裸鼠模型的影响。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库相关信息分析371份肝细胞癌及癌旁组织中CD36转录本表达水平差异。前瞻性收集2019年1月至2021年2月就诊于扬州大学附属医院行手术治疗的48例肝细胞癌患者癌组织及相应的癌旁组织,采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测组织中CD36 mRNA水平。采用蛋白质印迹法检测人肝癌细胞株Huh7、HCCLM3及人正常肝细胞株LO2中CD36蛋白水平。将载有CD36干扰序列的质粒和空质粒转染到Huh7细胞或HCCLM3细胞,分别为sh-CD36组和对照组;采用CCK-8法检测培养0、12、24、36、48、60 h各组细胞的增殖能力(以吸光度值表示),采用划痕愈合实验、Transwell实验检测各组细胞迁移能力。将sh-CD36组或对照组Huh7细胞注射于BALB/c裸鼠腋窝皮下,每组4只,构建人肝癌异种移植裸鼠模型;接种1周后每周测量肿瘤长径、短径并计算肿瘤体积,接种5周后处死裸鼠,收集肿瘤标本并称量质量;显微镜下观察肿瘤组织细胞形态,采用免疫组织化学法检测肿瘤组织中CD36、Ki-67蛋白表达情况。结果:对TCGA数据库数据分析显示,肝癌组织中CD36转录本水平较癌旁组织高(4.2±1.8比3.2±1.5, t=2.28, P=0.035)。qRT-PCR法对48例肝细胞癌患者组织检测显示,肝癌组织中CD36 mRNA相对表达量高于癌旁组织(0.76±0.26比0.48±0.23, t=3.52, P<0.001)。蛋白质印迹法检测显示,Huh7、HCCLM3细胞中CD36蛋白水平均高于LO2细胞,分别为LO2细胞的(1.42±0.11)倍和(1.68±0.16)倍(均 P<0.001)。在mRNA及蛋白水平上,sh-CD36组Huh7和HCCLM3细胞CD36均低于对应的对照组(均 P<0.001)。CCK-8法检测显示,sh-CD36组Huh7细胞和HCCLM3细胞分别于培养36 h和24 h开始增殖能力均低于对应的对照组(均 P<0.01)。划痕愈合实验显示,培养48 h的sh-CD36组Huh7细胞[(12±3)%比(30±5)%, t=4.01, P<0.001]和HCCLM3细胞划痕愈合率[(15±4)%比(29±5)%, t=4.16, P<0.001]均低于对应的对照组;Transwell实验显示,sh-CD36组Huh7细胞[(46±6)个/视野比(88±6)个/视野, t=5.56, P<0.001]及HCCLM3细胞24 h穿膜细胞数[(42±5)个/视野比(82±7)个/视野, t=5.34, P<0.001]均少于对应的对照组。皮下注射5周后,注射sh-CD36组Huh7细胞的裸鼠肿瘤体积[(682±268)mm 3比(1 375±512)mm 3, t=4.73, P=0.006]和肿瘤质量[(432±95)mg/只比(871±109)mg/只, t=6.57, P<0.001]均低于注射对照组Huh7细胞的裸鼠;显微镜下观察,注射sh-CD36组Huh7细胞的裸鼠移植瘤标本中肿瘤细胞密度低于注射对照组Huh7细胞的裸鼠,CD36和Ki-67蛋白的表达水平亦均低。 结论:CD36在肝细胞癌患者癌组织及人肝癌Huh7、HCCLM3细胞株中表达均上调,其可能与肝癌细胞增殖和迁移相关。敲低CD36表达体外可明显抑制肝癌细胞增殖和迁移能力,对人肝癌细胞异种移植裸鼠模型肿瘤有抑制作用。
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编辑人员丨5天前
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转运RNA来源的分子片段770靶向细胞骨架相关蛋白2对乳腺癌细胞增殖的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨转运RNA来源的小分子片段770(tRF-770)调控细胞骨架相关蛋白2(CKAP2)对乳腺癌细胞增殖的影响。方法:使用MINTbase数据库v2.0序列与基因组中成熟的tRNA进行比对,确认tRF-770的染色体定位;TA克隆实验鉴定tRF-770;利用TargetScan和miRBase数据库分析预测tRF-770的靶基因;利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库数据分析CKAP2在乳腺癌中的表达情况。选择乳腺癌细胞株MDB-MA-231和MCF7,分别分为空白对照组(不予任何处理)、tRF-770过表达组(转染tRF-770过表达序列)及阴性对照组(转染阴性对照序列);另外设立tRF-770过表达+CKAP2-HA组(共转染tRF-770过表达序列与CKAP2过表达序列)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测乳腺癌细胞中tRF-770的相对表达量;CCK-8法检测乳腺癌细胞增殖能力并进行挽救实验;双荧光素酶报告基因实验验证tRF-770的靶基因;蛋白印迹法检测CKAP2-ERK2信号通路相关蛋白的表达情况。结果:tRF-770与9类tRNA剪切修饰的5'端完全匹配,TA克隆测序验证结果表明产物大小以及碱基与预期tRF-770序列一致。基于TCGA数据库数据分析发现CKAP2在乳腺癌组织中高表达( t=7.21, P<0.05)。qRT-PCR检测结果显示,在MDA-MB-231细胞中,空白对照组、阴性对照组、tRF-770过表达组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.42±0.11、3.75±0.01,差异有统计学意义( F=1 395.00, P<0.001);在MCF7细胞中,3组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.45±0.21、3.26±0.16,差异有统计学意义( F=169.30, P<0.001);两种细胞中,与空白对照组及阴性对照组比较,tRF-770过表达组中tRF-770相对表达量均升高(均 P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验结果表明,tRF-770与CKAP2 mRNA 3'UTR结合。CCK-8法检测结果显示,在MDA-MB-231、MCF7细胞中,第3天和第4天tRF-770过表达组细胞增殖能力均低于空白对照组和阴性对照组(均 P<0.05);第3天和第4天阴性对照组与tRF-770过表达组细胞增殖能力比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。CCK-8法挽救实验结果显示,在两株乳腺癌细胞中,tRF-770过表达+CKAP2-HA组自转染第2天起,细胞增殖能力均高于tRF-770过表达组(均 P<0.05)。蛋白质印迹法检测结果显示,两种乳腺癌细胞中,tRF-770过表达组与阴性对照组比较,CKAP2、p-ERK2、PCNA蛋白表达均下降(均 P<0.05);ERK2蛋白在MDA-MB-231细胞中表达量变化较小,而在MCF7细胞中tRF-770过表达组蛋白表达下降。 结论:tRF-770可能通过CKAP2-ERK2信号通路抑制乳腺癌细胞增殖。
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编辑人员丨5天前
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基于生物信息学方法筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因
编辑人员丨5天前
目的:利用生物信息学技术筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因(FRG)。方法:使用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载RNA测序数据,共545例结直肠腺癌患者临床信息,602例数据集。从FerrDb数据库下载FRG基因集。取FRG基因集与TCGA数据库基因集交集,得到FRG表达数据集。使用R软件筛选结直肠腺癌组织与癌旁组织间差异表达FRG和预后相关基因,获得影响结直肠腺癌预后的FRG。通过在线蛋白互作网络工具分析蛋白之间的互作关系及蛋白质表达的相关性。使用LASSO回归分析构建患者5年总生存率的预后风险模型,计算TCGA数据库509例结直肠腺癌样本的风险值,以中位风险值为临界值,将患者分为高风险组(≥中位风险值)、低风险组(<中位风险值),并绘制生存曲线。绘制依据FRG预后模型的风险值预测TCGA数据库中结直肠腺癌患者5年总生存率时间依赖的受试者工作特征(ROC)曲线,使用Cox比例风险模型进行单因素和多因素生存分析,筛选影响预后的因素。基于基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对与结直肠腺癌预后相关的FRG进行通路富集分析。结果:数据库中545例患者临床信息,602个数据集中,通过比较发现199个在结直肠腺癌中差异表达的FRG,28个预后相关的FRG,取交集后发现21个影响结直肠腺癌患者预后的FRG。DUOX2、NOX4、NOX1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、ULK1、ATG3与WIPI1基因间可能有相关性;NOX4、NOX5、PLIN4和ATP6V1G2基因表达呈正相关,ULK1与MAPK1、MYB、FANCD2、ATG3、ATP5MC3基因表达呈负相关。使用LASSO回归分析,最终筛选出15个FRG(ATP5MC3、NOX4、NOX5、ALOX12B、ATG3、WIPI1、MAPK1、MYB、AKR1C1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、DRD4、SLC2A3、PLIN4),构建风险模型,风险值=NOX4×0.139-ATP5M3×0.108+NOX5×1.486+ALOX12B×0.475-ATG3×0.030-WIPI1×0.170-MAPK1×0.271-MYB×0.063+AKR1C1×0.021+DDIT3×0.186+JDP2×0.292+ATP6V1G2×0.777+ DRD4×0.294+SLC2A3×0.059+PLIN4×0.113。高风险组患者总生存较低风险组差( P<0.001),低风险组5年总生存率为76.8%,高风险组5年总生存率为48.2%。多因素生存分析显示年龄和风险值是预后的独立影响因素。使用预后相关FRG构建的风险模型能够较好地预测患者5年总生存率(曲线下面积0.728)。高、低风险组患者中的差异表达基因可能与细胞外基质组成和细胞外结构构成、局部黏附等基因通路有关。 结论:依据筛选的FRG构建的预后风险模型可较好评估结直肠腺癌患者预后,这些FRG有望成为结直肠腺癌预后相关新的候选生物标志物。
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编辑人员丨5天前
