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JIB-04通过抑制组蛋白赖氨酸去甲基化酶4表达来调控MDM2/P53/SLC7A11/GPX4轴诱导肝癌细胞发生铁死亡
编辑人员丨1周前
JIB-04(Jumonji histone demethylase inihibitor,JIB-04)是一种泛组蛋白赖氨酸去甲基化酶抑制剂,可抑制多种肿瘤发生发展,但其具体机制仍不清楚.本文以肝癌细胞HepG2和Huh7为研究对象,探讨了 JIB-04对肝癌细胞的增殖影响,并揭示其可能的分子机制.CCK-8和EDU检测细胞增殖实验显示,JIB-04明显抑制肝癌细胞HepG2和Huh7活力,且具有浓度依赖性,其半数抑制浓度分别为0.7689 μmol/L及0.7392 μmol/L.流式细胞术检测细胞内ROS水平变化,结果显示,JIB-04可显著激活细胞内ROS的累积.通过谷胱甘肽(glutathione,GSH)检测试剂盒和脂质过氧化物检测试剂盒分别检测细胞内GSH和脂质过氧化物丙二醛(malondialdehyde,MDA)水平发现,在2 μmol/L JIB-04处理下,HepG2和Huh7细胞内GSH分别下降88.4%和80.7%,而脂质过氧化物分别升高4.75倍和9.25倍.通过qRT-PCR和Western印迹分析发现,JIB-04显著降低铁死亡相关因子GPX4和SLC7A11的mRNA水平和蛋白质水平,同时铁死亡相关通路蛋白质MDM2明显下调,P53蛋白水平明显上调.机制研究显示,JIB-04可以使赖氨酸特异性去甲基化酶KDM4C的蛋白质水平下调约58%和51%.通过ChIP检测发现,在JIB-04处理肝癌细胞后MDM2基因启动子区域H3K9me3分别提高了 2.19倍和2.14倍,同时qRT-PCR证明,JIB-04处理肝癌细胞后MDM2 mRNA水平显著下调.综上所述,本研究初步揭示了 JIB-04可下调特异性去甲基化酶KDM4C的表达,进而影响MDM2基因启动子区域H3K9me3甲基化水平抑制MDM2基因表达,减少MDM2蛋白与P53蛋白结合,P53蛋白水平表达上调,同时,铁死亡相关蛋白质SLC7A11和GPX4的表达下调,导致细胞内GSH耗竭、ROS与脂质过氧化物积累,最终导致细胞发生铁死亡.
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编辑人员丨1周前
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新基因C12ORF56在肺癌中的表达特征和功能研究
编辑人员丨1周前
目的 C12ORF56(chromosome 12 open reading frame 56)是一个位于人染色体12长臂14.2区、且目前功能未知的新基因,在多种正常组织及包括肺癌在内的多种肿瘤中均有表达,但是C12ORF56在肺癌中的表达特征及功能尚不明确.在本研究中我们对C12ORF56在肺癌组织及细胞系中的表达及亚细胞定位特征、细胞生理功进行了探讨.方法 在ONCOMINE数据库中比较了正常组织和肺癌组织的C12ORF56 mRNA 的转录水平;并使用 LinkedOmics、Metas-cape、String 和GSEA等工具对C12ORF56及其关联的分子调控网络在肺癌病理过程中的潜在细胞生物学功能进行了预测;通过EdU和CCK-8法评估了特异性siRNA靶向敲降C12ORF56 mRNA对肺癌细胞系NCI-H1073增殖的影响;应用RT-qPCR检测肺癌细胞周期各阶段中C12ORF56的转录水平;采用Jaspar在线工具预测,并通过双荧光素酶报告基因系统明确了影响肺癌细胞系中C12ORF56基因转录的启动子核心区域.结果 相对于正常组织,C12ORF56转录本在肺癌组织、特别是在鳞状细胞肺癌中表达明显上调;靶向敲降C12ORF56明显抑制了肺癌细胞NCI-H1703的增殖.结论 C12ORF56转录水平在肺癌组织、特别是鳞状细胞肺癌组织中明显上调;上调的C12ORF56通过促进肿瘤细胞的增殖参与肺癌的发生和发展进程.
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编辑人员丨1周前
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CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子低甲基化水平在戒烟大鼠肺气肿进展中的作用及S-腺苷甲硫氨酸的干预效果
编辑人员丨1周前
目的 探讨CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子甲基化水平与戒烟后大鼠肺气肿持续进展的关系及S-腺苷甲硫氨酸(SAM)的干预效果.方法 将20只SD大鼠随机分为4组:正常对照组、模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组,各5只,后3组香烟烟雾暴露法建立大鼠肺气肿模型并采取相应措施.各组取右下肺组织行苏木精-伊红(HE)染色观察病理学改变,测量平均内衬间隔(MLI)和平均肺泡数(MAN).用免疫磁珠法从各组大鼠的脾脏中分选出CD4+T淋巴细胞,提取其DNA,检测CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子区域的甲基化水平.结果 模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组MLI均较正常对照组增加(均P<0.05),其中戒烟4周组较模型组、戒烟后SAM干预4周组增加(均P<0.05).模型组、戒烟4周组、戒烟后SAM干预4周组MAN均较正常对照组减小(均P<0.05),其中戒烟4周组较模型组减小(P<0.05).模型组和戒烟4周组CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子甲基化水平均低于正常对照组和戒烟后 SAM 干预4 周组[(93.9±3.1)%、(93.1±1.8)%比(97.1±1.1)%、(96.4±1.5)%](均P<0.05).结论 CD4+T淋巴细胞穿孔素基因启动子低甲基化水平在大鼠戒烟后仍持续存在,可能是戒烟后大鼠肺气肿不断恶化的原因之一;而给予SAM干预后,戒烟大鼠的肺气肿恶化可好转.
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编辑人员丨1周前
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恶性孤立性纤维性肿瘤伴有异源性骨肉瘤成分2例临床病理学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨恶性孤立性纤维性肿瘤(malignant solitary fibrous tumor,MSFT)伴有异源性骨肉瘤成分的临床病理学特征。方法:收集福建省立医院病理科2007年1月至2022年5月MSFT伴有异源性骨肉瘤成分2例,分析其临床病理及分子病理特征。结果:例1,女,62岁;例2,女,55岁。2例表现为梭形细胞肿瘤,细胞中至重度异型性,核分裂象易见,可见地图样坏死,2例部分区域见小圆细胞及骨肉瘤成分,例2见软骨肉瘤成分。免疫组织化学:瘤细胞表达bcl-2、CD34、Pan-TRK及STAT6,CD99细胞质弱阳性,SATB2骨母细胞阳性,SOX9及S-100蛋白软骨阳性。基因检测:例1经二代测序检测见NAB2-STAT6融合基因及TP53基因体系突变;例2检测到STAT6基因重排及TERT启动子突变。结论:MSFT伴有异源性骨肉瘤成分罕见,容易误诊,需结合临床影像、病理明确诊断。
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编辑人员丨1周前
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少弱精子症患者 DAZL基因DNA甲基化分析
编辑人员丨1周前
目的:比较正常生育男性及少弱精子症患者 DAZL基因启动子区域DNA甲基化水平的差异。 方法:采用病例对照研究,回顾性分析2018年6月至2019年6月期间于徐州医科大学附属连云港医院就诊的具有正常生育男性(对照组)15例和少弱精子症患者35例(少弱精子症组)的临床资料,对精液标本进行精子形态与精子浓度、活力分析。提取精液基因组DNA行亚硫酸氢盐处理,利用PCR体外扩增并将PCR产物经纯化后与pCR2.1载体连接及酶切验证,挑选阳性克隆进行测序和DNA甲基化程度差异比较。结果:对照组 DAZL基因启动子均呈低甲基化水平,甲基化率为0.96%±0.46%,少弱精子症组甲基化率为12.15%±11.35%,组间差异有统计学意义( P=0.000 4); DAZL基因甲基化率在少弱精子症组患者中个体差异明显,有12例(34.3%)患者DNA甲基化水平超过10%。 结论:DAZL基因启动子区域甲基化异常可能和少弱精子症有关,有望成为男性生精缺陷的生物学标志之一。
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编辑人员丨1周前
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葡萄糖对HTR8/SVneo细胞Akt2基因甲基化的影响及妊娠早期外周血Akt2 mRNA水平与妊娠前BMI和GDM的关系
编辑人员丨1周前
目的:探索葡萄糖对滋养层细胞系HTR8/SVneo细胞Akt2基因甲基化和mRNA水平的影响及早孕期外周血Akt2 mRNA水平与孕前体质指数(BMI)和妊娠期糖尿病(GDM)的关系。方法:(1)构建GDM孕妇子宫内高血糖环境细胞模型,按培养液的葡萄糖浓度分为2.5、5.0、10.0、25.0、40.0 mmol/L 5组;使用实时荧光定量PCR技术检测Akt2 mRNA水平,质谱检测Akt2基因启动子区域的甲基化水平。(2)收集2014年12月至2016年7月在北京大学第一医院分娩的60例孕妇的早孕期外周血,根据其孕前BMI及有无GDM分为4组:超重非GDM组、超重GDM组、肥胖非GDM组和肥胖GDM组。实时荧光定量PCR技术检测4组孕妇早孕期外周血中Akt2 mRNA水平。结果:(1)随培养液中葡萄糖浓度的升高,Akt2 mRNA水平显著升高,呈浓度依赖性( P均<0.05)。与25.0 mmol/L组相比,5.0 mmol/L组Akt2基因启动子区域的甲基化位点胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤二核苷酸(CpG)10、CpG23、CpG24.5,2.5 mmol/L组Akt2基因启动子区域CpG23、CpG24.5位点,10.0 mmol/L组Akt2基因启动子区域CpG10位点,均出现显著的甲基化水平的改变( P均<0.05);与5.0 mmol/L组相比,40.0 mmol/L组Akt2基因启动子区域CpG10位点出现显著的甲基化水平的改变( P<0.05)。(2)与超重非GDM组[1.04(0.90~1.26)]比较,超重GDM组[2.10(1.85~2.28)]和肥胖GDM组[1.68(0.82~2.43)]Akt2 mRNA水平均升高,差异均有统计学意义( P均<0.05)。与肥胖GDM组[1.68(0.82~2.43)]比较,超重GDM组[2.10(1.85~2.28)]Akt2 mRNA水平较高,肥胖非GDM组[1.00(0.71~2.17)]Akt2 mRNA水平较低,但差异均无统计学意义( P均>0.05)。 结论:葡萄糖可能通过改变Akt2基因启动子区域的甲基化状态,从而影响Akt2 mRNA水平,且这种变化可能在GDM孕妇的早孕期已经出现,特别是在孕前BMI较低的孕妇中。
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编辑人员丨1周前
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SIRT7抑制胰腺癌细胞上皮-间充质转化的作用和机制研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨SIRT7在胰腺癌细胞上皮-间充质转化(EMT)中的作用和机制。方法:使用siRNA或质粒转染将胰腺癌细胞分为siControl组、siSIRT7组、过表达SIRT7组、siSIRT7+siCOL4A1组和siSIRT7+siSLUG组。EdU实验、细胞划痕实验和Transwell实验分别检测细胞的增殖、迁移和侵袭能力,实时荧光聚合酶链反应(qRT-PCR)和Western blot法检测EMT标志物和肿瘤干细胞标志物的表达水平。对敲低SIRT7的胰腺癌细胞进行转录组测序(RNA-seq),探究SIRT7调控的信号通路和靶基因,采用qRT-PCR验证靶基因的转录水平。定量染色质免疫共沉淀实验(q-ChIP)和染色质免疫共沉淀聚合酶链反应(ChIP-PCR)鉴定SIRT7直接调控的靶基因。免疫组织化学法检测人胰腺癌组织(2013—2016年购自武汉塞维尔生物科技有限公司)中SIRT7及靶基因的表达。癌症基因组图谱(TCGA)数据库数据分析SIRT7及其靶基因的表达相关性。KM-Plotter网站用以分析SIRT7和靶基因在胰腺癌中的生存相关性。GeneMANIA、STRING和ENCORI在线工具用以分析SIRT7相关蛋白及miRNAs等。结果:EdU实验结果显示,过表达SIRT7组PANC-1和BxPC-3细胞增殖率分别为(19.33±0.35)%和(17.00±1.89)%,均低于对照组[分别为(31.60±1.37)%和(24.33±0.78)%,均 P<0.05];而敲低SIRT7表达组PANC-1和BxPC-3细胞增殖率[分别为(23.94±1.00)%、(27.08±0.97)%]和[(22.00±1.86)%、(25.96±1.61)%]均高于siControl组[分别为(11.80±1.86)%和(13.42±1.39)%,均 P<0.05]。在PANC-1细胞中,细胞划痕实验结果表明,过表达SIRT7组细胞相对迁移率为(76.67±2.74)%,低于对照组细胞[(100.00±2.13)%, P<0.05];而抑制SIRT7表达后细胞相对迁移率[分别为(134.22±4.08)%和(199.82±9.20)%]均高于siControl组细胞[(102.24±3.13)%,均 P<0.05]。迁移实验中(BxPC-3细胞),过表达SIRT7组细胞迁移数为(28.33±2.62)个,低于于对照组[(45.66±1.69)个, P?0.05];敲低SIRT7表达组细胞迁移数[分别为(65.66±2.86)个、(82.00±2.94)个]均高于siControl组细胞[(33.00±0.81)个, P<0.01]。Transwell实验结果表明,过表达SIRT7组细胞侵袭数为(16.33±2.05)个和(34.66±1.69)个,低于对照组[分别为(54.33±4.64)个和(58.66±5.90)个,均 P<0.05];而敲低SIRT7表达组细胞侵袭数[分别为(63.66±2.49)个、(69.33±3.29)个和(134.33±3.09)个、(181.66±4.02)个]均高于siControl组细胞[(35.33±2.49)个和(42.00±0.81)个,均 P<0.05]。qRT-PCR和Western blot结果显示,敲低SIRT7表达后,细胞上皮标志物表达降低,间充质标志物表达增多,肿瘤干细胞标志物增多。RNA-seq分析显示,SIRT7参与调控多种恶性肿瘤相关信号通路,其中包括胰腺癌通路和EMT通路。q-ChIP和ChIP-PCR结果显示,SIRT7可直接结合到靶基因COL4A1和SLUG等的启动子区域;EdU、Transwell和Western blot实验也证明SIRT7与靶基因COL4A1和SLUG在胰腺癌细胞中的功能呈负性相关。免疫组化结果显示,SIRT7在胰腺癌组织中表达下调,COL4A1、SLUG、SOX2在胰腺癌组织中表达上调。GeneMANIA、STRING和ENCORI在线网站分析结果显示,有众多潜在的SIRT7相互作用蛋白和相关miRNA。 结论:在胰腺癌中,SIRT7可以通过抑制COL4A1和SLUG等靶基因的转录,从而抑制胰腺癌细胞的EMT,胰腺癌中SIRT7是一个潜在的肿瘤抑制基因。
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编辑人员丨1周前
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CRL4B复合物抑制分泌型卷曲相关蛋白1促进胰腺癌的发生发展
编辑人员丨1周前
目的:探讨CRL4B复合物在胰腺癌发生发展中的作用及其分子机制。方法:将胰腺癌细胞分为对照组(转染阴性对照慢病毒)、shCUL4B组(转染CUL4B慢病毒)、shDDB1组[转染DNA损伤结合蛋白1(DDB1)慢病毒]和shCUL4B+siSFRP1组[转染CUL4B慢病毒+分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)-siRNA]。对敲低CUL4B和DDB1的胰腺癌细胞系进行RNA测序(RNA-seq),寻找CRL4B复合物调控的靶基因,采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测靶基因mRNA的表达,染色质免疫共沉淀(ChIP)-PCR实验鉴定CRL4B复合物直接调控的靶基因,Western blot法检测上皮-间充质转化(EMT)标志物蛋白的表达水平,EdU细胞增殖实验检测细胞增殖能力,划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。采用GEO、TCGA和GTEx数据库中胰腺癌相关肿瘤样本和正常组织样本的测序数据,分析CUL4B、DDB1和其下游靶基因的表达相关性。结果:RNA-seq结果显示,CRL4B复合物调控的靶基因涉及多种恶性肿瘤相关信号通路。qRT-PCR检测结果显示,shCUL4B和shDDB1组待验证靶基因的mRNA表达水平均高于对照组,差异有统计学意义(均 P<0.05)。ChIP-PCR实验结果显示,CRL4B复合物直接结合在NME1和SFRP1靶基因启动子区,敲低CUL4B的表达后,靶基因启动子区域组蛋白H2A第119位赖氨酸单泛素化富集减少。对照组PANC-1细胞增殖率为(32.10±3.58)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(13.95±1.66)%和(22.38±0.77)%,均 P<0.05];对照组AsPC-1细胞增殖率为(35.47±7.80)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(19.60±3.58)%和(30.09±0.81)%,均 P<0.05]。细胞划痕实验显示,对照组PANC-1细胞迁移率为(53.18±3.70)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(17.46±2.62)%和(44.99±9.18)%,均 P<0.05]。Western blot结果显示,对照组细胞上皮标志物α-catenin和γ-catenin的表达分别为1.00±0.03和1.01±0.11),低于shCUL4B组(分别为1.44±0.01和1.21±0.06,均 P<0.05),对照组细胞间充质标志物Fibronectin和Vimentin表达水平分别为1.01±0.14和1.02±0.18,高于shCUL4B+siSFRP1组(分别为1.53±0.13和1.22±0.07,均 P<0.05)。对照组细胞的迁移率为(100.00±3.96)%,与shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(35.49±0.34)%和(107.06±2.77)%]比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。CUL4B和DDB1在胰腺癌中表达升高,且与SFRP1的表达呈负相关( r分别为-0.342和-0.264)。 结论:胰腺癌中CRL4B复合物转录抑制靶基因SFRP1进而促进胰腺癌的发生发展,且CRL4B复合物在胰腺癌中的高表达支持了其作为胰腺癌治疗的潜在靶点。
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编辑人员丨1周前
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唐氏综合征患者iPSCs基因组DNA甲基化异常模式的分析和验证
编辑人员丨1周前
目的:探讨唐氏综合征(Down syndrome, DS)DNA甲基化模式以及基因不同元件甲基化水平与DS基因表达的相关性。方法:应用全基因组亚硫酸氢盐测序技术筛选来源于DS患儿和正常对照的诱导多功能干细胞(induced pluripotent stem cells,iPSCs)中差异甲基化区域(differentially methylated region,DMR),对其在染色体和基因位置上的分布进行统计分析。通过聚类分析,研究差异基因涉及的功能。并结合全基因组表达谱数据和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)研究不同基因元件甲基化的调控作用。结果:DS iPSCs中共检测出1569个DMR,启动子区高甲基化所占比例明显高于基因体(genebody),且DMR不富集在21号染色体上。启动子和genebody高甲基化均对基因表达起到抑制作用。聚类结果显示,具有DMR的基因显著富集在神经发育、干细胞多能性以及组织器官大小调控的相关通路上。结论:DS iPSCs中DNA甲基化异常在全基因组广泛分布,DS中DNA甲基化的分布模式和调控模式均不同于正常样本,DNA甲基化可能在早期胚胎发育过程中参与了唐氏综合征DS患者神经发育异常及其他异常的发生。
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编辑人员丨1周前
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高侵袭性甲状腺乳头状癌的临床病理及分子特征分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨高侵袭性甲状腺乳头状癌(PTC)中高细胞亚型PTC(TCV-PTC)、靴钉亚型PTC(HV-PTC)的临床病理特点及分子遗传学特征。方法:收集2009年8月至2015年8月首都医科大学宣武医院诊断明确的21例TCV-PTC和10例HV-PTC作为高侵袭组,选取22例滤泡亚型及21例经典型PTC作为对照,整理临床及病理诊断信息,通过HE观察其组织病理学特征,选择肿瘤组织区域获取DNA,采用二代测序技术检测并分析石蜡样本中的基因突变谱。结果:本研究共纳入74例PTC病例,其中18例为男性,56例为女性。55岁以下57例,55岁及以上17例。54例发生甲状腺被膜侵犯,24例出现甲状腺外侵犯,45例存在淋巴结转移。区域性复发7例,未复发54例,失访13例。高侵袭组(TCV-PTC及HV-PTC)肿瘤平均直径1.6 cm,滤泡亚型为1.1 cm,经典型为1.6 cm。高侵袭组更易发生甲状腺外侵犯、淋巴结转移及复发事件( P<0.05)。74例中BRAF V600E突变检出53例,TERT启动子突变6例。BRAF和TERT双突变更常见于高龄、男性、肿瘤体积更大(中位肿瘤直径1.9 cm),更易发生甲状腺外侵犯( P<0.05);BRAF和TERT双突变病例中,高侵袭组占比最高(5/6)。 结论:TCV-PTC与HV-PTC作为高侵袭性PTC,与经典型及滤泡亚型PTC相比侵袭性生物学行为(淋巴结转移、甲状腺外侵犯、复发等)更明显;BRAF和TERT双突变可能与侵袭性生物学行为的发生存在相关性。
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编辑人员丨1周前
