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富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4在胃癌组织中的表达及临床意义
编辑人员丨2天前
目的 探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白 4(leucine-rich repeat and fibronectin type Ⅲ domain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4 表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系.方法 收集 2017 年 1 月至 12 月于中山大学附属第一医院胃肠外科中心确诊并行手术治疗的胃癌患者组织标本 8 对(包含胃癌组织和癌旁正常组织),并选取 2004 年 1 月至 2005 年 12 月在同一中心行手术治疗的 117 例胃癌患者的术后组织标本制成胃癌组织芯片.分析LRFN4 在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库胃癌数据集中的表达情况,应用蛋白质印迹法及实时荧光定量聚合酶链反应检测LRFN4 在 8 对新鲜胃癌组织及癌旁正常组织中的表达,应用免疫组织化学检测LRFN4 在胃癌组织芯片中的表达.分析不同LRFN4 表达水平的胃癌患者其临床病理参数的差异.应用Kaplan-Meier法分析不同LRFN4 表达水平的胃癌患者的预后情况.应用单因素和多因素Cox回归分析法分析胃癌患者预后的影响因素.结果 LRFN4在TCGA数据库胃癌数据集的胃癌组织以及新鲜胃癌组织中呈高表达状态.LRFN4 高表达的患者,表现出更大的肿瘤大小以及更为进展的T分期、N分期、M分期和TNM分期(均P<0.05),其预后也较差(P<0.001).单因素和多因素Cox回归分析提示LRFN4 在胃癌组织中的高表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(HR=3.898,95%CI 2.273~6.686,P<0.001).结论 胃癌组织中LRFN4 高表达与患者较差的预后相关,可能成为预测胃癌患者预后的生物标志物之一.
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编辑人员丨2天前
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微小RNAMTCO3P38下调原癌基因Ly6/Plaur结构域包含蛋白1抑制肝癌细胞增殖迁移
编辑人员丨2天前
目的 分析Ly6/Plaur结构域包含蛋白1(LYPD1)在肝癌(HCC)组织中的表达并探讨LYPD1作为肝癌预测因子的潜在可能性,微小RNA(miRNA)MTCO3P38-LYPD1通路作为肝癌治疗靶标的可行性.方法 分析在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载的419例肝组织(其中肝癌组织369例,正常肝组织50例,配对肝癌组织50对)中LYPD1表达差异,使用GraphPad Prism 8软件计算以LYPD1表达量为肝癌诊断预测模型的ROC曲线下面积.设计对照组和miRNA MTCO3P38组,分别采用脂质体转染对照miRNA和miRNA MTCO3P38至Huh7和HCCLM9肝癌细胞,转染24~48 h后,荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测LYPD1 mRNA表达;蛋白质印迹法(Western blot)检测LYPD1蛋白水平的表达;细胞计数试剂盒(CCK-8)分析两组细胞增殖能力;划痕实验分析两组细胞的迁移能力.组间计量数据比较采用配对样本t检验或非配对样本t检验.结果 LYPD1表达值在369例肝癌组织中高于50例正常肝组织,差异有统计学意义(1.233±0.065比0.148±0.033,t=6.082,P<0.01);LYPD1表达值在50例配对肝癌组织中高于50例正常肝组织,差异有统计学意义(1.434±0.222比0.148±0.033,t=5.734,P<0.01).以肝癌组织和正常肝组织中LYPD1表达值作为模型预测肝癌诊断,ROC曲线下面积为0.871±0.022[95%可信区间(CI)=0.828~0.914,P<0.01].qPCR 结果显示 LYPD1 mRNA 表达值在 miRNA MTCO3P38 组低于对照组,差异有统计学意义(0.263±0.018 比 1.033±0.088,t=7.375,P<0.05);Western blot 结果显示miRNA MTCO3P38组的LYPD1蛋白表达低于对照组,差异有统计学意义(0.800±0.029比2.167±0.088,t=13.480,P<0.01);CCK-8 实验结果显示 miRNA MTCO3P38 组细胞活性低于对照组,差异有统计学意义(1.530±0.135比3.553±0.128,t=7.695,P<0.05);划痕实验结果显示miRNA MTCO3P38组细胞迁移率低于对照组,差异有统计学意义(5.400±0.057比9.167±0.375,t=11.850,P<0.01).结论 miRNA MTCO3P38下调肝癌潜在诊断预测因子LYPD1的表达抑制肝癌细胞系的细胞增殖和迁移行为.
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编辑人员丨2天前
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阿尔茨海默病病变相关脑区Pgc-1alpha敲除小鼠模型的构建
编辑人员丨2天前
目的:构建在阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)病变相关脑区过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅激活因子-1α(peroxisome proliferator-activated receptor γ coactivator-1 alpha,Pgc-1alpha)敲除小 鼠.方法:引入 Pgc-1alpha 条件性敲除杂合子小鼠(Pgc-1alphafl+),通过自交获得Pgc-1alpha条件性敲除纯合子小鼠(Pgc-1alphafl/fl).将Pgc-1alphafl/fl纯合子小鼠和在AD病变脑区(皮层、海马)特异性表达Cre重组酶的Cre工具鼠(Calb1-Cre)杂交,提取子代转基因小鼠基因组DNA,行PCR鉴定,确定其基因型;采用蛋白免疫印迹技术检测转基因小鼠与野生型小鼠脑区及肾脏PGC-1α蛋白表达.结果:双重PCR鉴定结果显示,同时扩增出400 bp及444 bp条带的小鼠为AD病变脑区Pgc-1alpha敲除纯合子小鼠(Pgc-1alphafl/fl::Calb 1-Cre,Pgc-1alpha-/-).蛋白免疫印迹结果显示,与野生型小鼠相比,条件性敲除小鼠脑区PGC-1α蛋白表达明显减少(P<0.05).结论:成功构建在AD病变相关脑区Pgc-1alpha敲除小鼠.
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编辑人员丨2天前
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肿瘤抑制基因p53通过热休克蛋白B7抑制前列腺癌增殖、迁移从而抑制前列腺癌的进展
编辑人员丨2天前
目的:探讨热休克蛋白B7(HSPB7)对前列腺癌增殖、迁移的影响及其作用机制。方法:使用肿瘤基因组图谱(TCGA)和基因表达数据库(GEO)数据库比较2006年到2021年525例前列腺癌和83例正常组织中基因HSPB7的差异表达。将人前列腺癌细胞系22RV1和DU145分为对照组和实验组,分别转染空质粒和HSPB7质粒,转染2 d后,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)法、平板克隆形成实验、5-乙炔基-2’脱氧尿嘧啶核苷(EdU)染色实验验证细胞的增殖能力;采用划痕愈合实验和Transwell实验验证细胞的迁移能力,采用蛋白质印迹法分析去基化药物5-Aza-dC以及抑癌基因p53与HSPB7的靶向关系。两实验组间比较采用独立样本 t检验,多实验组间比较采用方差分析。 结果:对照组细胞EdU着色细胞比例高于实验组[22RV1:(13.250±0.508)%比(7.439±0.172)%, t=10.840, P<0.05;DU145:(31.280±0.680)%比(7.708±0.369)%, t=30.460, P<0.05]、培养96 h后吸光度高于实验组(22RV1:1.742±0.563比1.315±0.651, F=16.520, P<0.05;DU145:1.960±0.443比1.578±0.469, F=28.850, P<0.05)、克隆形成数高于实验组(22RV1:407.700±5.548比164.700±7.839, t=25.300, P<0.05;DU145:503.700±6.438比301.300±5.783, t=23.380, P<0.05)、划痕愈合率高于实验组[22RV1:(20.690±0.8903)%比(3.458±0.6731)%, t=15.440, P<0.05;DU145:(51.620±2.460)%比(29.400±2.508)%, t=6.323, P<0.05]、迁移细胞数高于实验组(22RV1:78.250±7.420比23.750±2.869, t=6.851, P<0.05;DU145:218.000±6.285比58.000±5.492, t=19.170, P<0.05)。抑癌基因P53过表达组HSPB7蛋白表达量高于对照组(22RV1:1.025±0.020比1.999±0.057, t=16.130, P<0.05;DU145:1.043±0.040比2.350±0.057, t=18.870, P<0.05)。 结论:HSPB7在前列腺癌组织中被甲基化从而导致表达下调,HSPB7通过抑制前列腺癌细胞增殖和迁移从而抑制前列腺癌的进展,且这种作用受到抑癌基因p53的调控。
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编辑人员丨2天前
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缺氧诱导因子1α经多配体蛋白聚糖1调控缺氧胶质瘤细胞增殖及替莫唑胺抵抗机制初探
编辑人员丨2天前
目的:初步探讨缺氧诱导因子1α(HIF-1α)与多配体蛋白聚糖1(SDC1)在缺氧胶质瘤细胞增殖及替莫唑胺(TMZ)化疗抵抗调控中的相互作用。方法:将U87细胞分为常氧组、常氧+TMZ组、常氧空载组、常氧空载+DMSO组、常氧空载+TMZ组、常氧SDC1过表达组、常氧SDC1过表达+TMZ组,缺氧组、缺氧+TMZ组、缺氧空载组、缺氧敲除HIF-1α组、缺氧敲除HIF-1α组+TMZ、缺氧SDC1干扰组、缺氧空载+DMSO组、缺氧空载+TMZ组、缺氧SDC1干扰+TMZ组。采用低氧探针检测细胞缺氧情况;TMZ处理72 h后,采用CCK-8法检测细胞增殖、流式细胞术检测细胞凋亡情况;敲除HIF-1α后,于缺氧条件下培养细胞并给予TMZ处理2 、4 、6 、8 d,检测细胞的乳酸脱氢酶(LDH)释放及细胞凋亡。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)和蛋白质免疫印迹(WB)法检测细胞HIF-1α、SDC1基因和蛋白质的表达量;采用染色质免疫共沉淀(ChIP)-qPCR(ChIP-qPCR)法检测HIF-1α与SDC1启动子结合情况。分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库(321例)、基因表达谱数据交互分析(GEPIA)数据库(681例)的肿瘤标本,分析HIF-1α和SDC1基因在不同级别脑胶质瘤中的表达情况,以及高、低表达SDC1脑胶质瘤患者生存期的差异;HIF-1α与SDC1基因在脑胶质瘤标本中表达的相关性。结果:低氧探针检测证实缺氧组细胞处于缺氧状态。CCK-8和流式细胞术检测显示,与常氧+TMZ组比较,低氧+TMZ组细胞的存活率高、凋亡率低(均 P<0.01)。WB检测显示,与常氧组比较,缺氧组细胞的HIF-1α表达高( P=0.040);缺氧敲除HIF-1α组HIF-1α的表达量低于缺氧空载组。缺氧敲除HIF-1α+TMZ组的LDH释放量和细胞凋亡率均高于缺氧空载+TMZ组(均 P<0.01)。RT-qPCR检测显示,与缺氧空载组比较,缺氧敲除HIF-1α组的SDC1 mRNA表达量下降;WB检测显示,缺氧敲除HIF-1α组SDC1蛋白的表达降低(均 P<0.01);CCK-8检测显示,常氧空载+TMZ组的细胞数量低于常氧空载+DMSO组和常氧过表达SDC1+TMZ组(均 P<0.01);缺氧干扰SDC1+TMZ组和缺氧空载+TMZ组的数量均低于缺氧空载+DMSO组(均 P<0.01),而缺氧干扰SDC1+TMZ组细胞数低于缺氧空载+TMZ组( P<0.01)。流式细胞术检测显示,常氧过表达SDC1+TMZ组细胞凋亡率显著低于常氧空载+TMZ组( P=0.030),而缺氧干扰SDC1+TMZ组细胞凋亡率显著高于缺氧空载+TMZ组( P<0.01)。ChIP-qPCR分析显示,HIF-1α在SDC1启动子上的-1314~-1310处存在结合位点。GEPIA、CGGA数据库的数据分析结果显示,在脑胶质瘤组织中HIF-1α、SDC1的表达水平高于非肿瘤脑组织,且随着胶质瘤WHO级别的增高表达水平相应升高(均 P<0.05)。脑胶质瘤组织的HIF-1α与SDC1 mRNA的表达呈正相关( P<0.05)。低表达SDC1组患者的生存期长于高表达SDC1组( P<0.01)。 结论:缺氧条件下,HIF-1α作为转录因子经SDC1促进胶质瘤细胞的增殖及TMZ的化疗抵抗。
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编辑人员丨2天前
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新疆出血热病毒基因组抗原表位及其实验室检测价值的评价
编辑人员丨2天前
目的:掌握克里米亚-刚果出血热病毒(CCHFV)核蛋白(NP)和糖蛋白(GP)片段的精细抗原表位谱分布,明确优势抗原表位在克里米亚-刚果出血热(CCHF)实验室检测中的价值。方法:2014—2021年在新疆大学生命科学院实验室将CCHFV YL04057株采用改良生物肽合成方法分段表达出由8个氨基酸组成的最小合成短肽,以CCHFV多克隆抗体或单克隆抗体14B7(IgM)或CCHFV阳性羊血清为抗体,用免疫印迹方法鉴定出NP和GP片段上具有抗原活性的最小抗原表位(BCE),并采用邻接法将获得的具有序列多态性的BCE与不同地区的CCHFV进行空间聚类,确定BCE组合方式与地理区域分布的相关性,探讨其在建立血清学诊断中的应用价值。采用原核表达质粒(pET-32a、pGEX-KG)和带有不完整谷胱甘肽(GST188)标签的原核表达质粒(pXXGST-ST-1)构建和表达NP片段上6个不同肽段长度的优势抗原表位,建立间接酶联免疫吸附测定(ELISA)检测方法,以经免疫荧光法(IFA)鉴定的CCHF羊血清为对照,统计分析不同肽段长度的抗原表位重组蛋白与IFA检测结果的特异度、敏感度和总符合率。结果:CCHFV NP和GP片段共有30个具有抗原活性的BCE,其中NP片段抗原表位集中的核心中间片段NP 2(aa 170~305)有6个BCE,两端的NP 1(aa 1~200)和NP 3(aa 286~482)有9个BCE;GP片段的Gc(aa 1~558)和Gn(aa 533~708)片段有14个BCE和1个包含15个氨基酸的长抗原肽(AP),NP片段BCE氨基酸序列的同源性为97.1%,GP片段对应的同源性为89.1%。在GP片段9个具有序列多态性的BCE中,由GnEc1、GnE2、GnE4、GcE3、GcE6和GcAP-4(Ap)6个组合BCE可将15株来自全球不同地区的CCHFV聚类成亚洲Ⅰ、亚洲Ⅱ、非洲Ⅰ、非洲Ⅱ和欧洲 5个地理类群。构建表达的PET-32a-NP(全长)、PGEX-KG-NP 2(aa 170~305)、pGEX-KG-NP 2-1(aa 235~275)、PGEX-KG-NP 2-1-1(aa 237~256)、pXXGST-1-NP 2-1-2(aa 250~265)和PGEX-KG-NP 2-1-3(aa 260~276)6个重组蛋白CCHFV NP兔多克隆抗血清(pAb)免疫印迹反应阳性,以33份经IFA CCHF检测的羊血清为参照,以NP 2和NP 2-1 2个片段构建的重组蛋白为抗原建立的间接ELISA检测方法检测敏感度、特异度和总符合率最好,敏感度分别为73.4%(11/15)和66.7%(10/15),特异度分别为100%(18/18)和94.4%(17/18),总符合率分别为87.9%(29/33)和81.8%(27/33)。 结论:CCHFV NP和GP上分布着数量较多的具有抗原免疫活性的BCE,其中,优势抗原表位在CCHF实验室血清学诊断中具有较高的应用价值。
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编辑人员丨2天前
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叉头框转录因子F2作用于结肠癌细胞中Wnt/β-连环蛋白信号通路候选靶基因的研究
编辑人员丨2天前
目的:筛选叉头框转录因子F2(FOXF2)作用于结肠癌细胞中Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)信号通路的候选靶基因并分析其生物学功能。方法:设置干扰FOXF2基因的最佳慢病毒转染获得的HT29细胞为沉默组,空载慢病毒转染获得的HT29细胞为对照组。对照组和沉默组各取三个样本行转录组测序分析;富集到Wnt/β-catenin信号通路,实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)、蛋白质印迹法(Western blot)验证该通路的候选靶基因。多组间比较采用单因素方差分析,两组间比较采用 t检验。 结果:3组干扰慢病毒沉默HT29细胞中FOXF2的表达效果显著高于空载慢病毒[FOXF2基因信使RNA(mRNA)表达分别为0.29±0.02、0.28±0.05、0.26±0.01比1.00±0.13,FOXF2基因蛋白表达分别为0.20±0.02、0.16±0.01、0.12±0.01比1.00±0.01],差异有统计学意义( F=75.948、3 549.333,均 P<0.01),第3组慢病毒沉默FOXF2效果最佳。HT29细胞沉默FOXF2后有389个差异表达基因(DEGs);基因本体论(GO)功能富集分析显示,DEGs显著富集在免疫效应过程、细胞外区域、腺苷酸转移酶活性等功能集团;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析显示,DEGs主要涉及EB病毒感染、NOD样受体信号通路及Wnt信号通路等;Wnt/β-catenin信号通路的候选靶基因骨形成蛋白和激活素的跨膜抑制剂(BAMBI)、富含亮氨酸重复序列的G蛋白耦联受体5(LGR5)、富含亮氨酸重复序列的G蛋白耦联受体6(LGR6)和MSTRG.14182(新基因)主要涉及正向调控Wnt信号通路、细胞增殖和迁移等生物学过程。沉默组中BAMBI、LGR5、LGR6 mRNA和蛋白表达显著高于对照组[mRNA表达分别为1.86±0.21比1.00±0.20、1.95±0.11比1.00±0.09、2.06±0.10比1.00±0.03,蛋白表达分别为1.88±0.02比1.00±0.06、2.08±0.12比1.00±0.04、1.80±0.03比1.00±0.08],差异有统计学意义( t=-5.066、-11.646、-17.584、-24.100、-14.820、-16.710,均 P<0.01)。 结论:沉默FOXF2基因的HT29细胞存在较多的差异表达基因,Wnt/β-catenin信号通路的候选靶基因可能参与正向调控Wnt信号通路、细胞增殖及迁移等生物学过程。
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编辑人员丨2天前
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基于加权基因共表达网络分析运动性精子结构域包含蛋白2在类风湿关节炎中的表达及与疾病活动度的相关性
编辑人员丨2天前
目的:利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)及实验验证寻找RA相关的关键基因。方法:从GEO数据库下载了RA患者基因芯片数据,构建基因网络,利用WGCNA将基因划分为不同的模块,将与RA临床症状相关的模块中的关键基因进行了基因本体论分析。随后使用GEO不同的数据集用受试者工作特征曲线(ROC)评价关键基因对RA诊断的准确性。此外,还通过实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)及蛋白质印迹法验证关键基因在RA中的表达,分析其与DAS28的关系。采用配对样本 t检验和Pearson相关性分析对结果进行分析。 结果:共筛选出5 413个基因构建了加权基因共表达网络,将基因分为23个模块。其中,黑色模块与RA临床症状密切,包含346个基因。富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析显示其要富集于对IL-6的正调控、IL-1β分泌、破骨细胞分化、NOD样受体信号通路、辅助性T细胞(Th)17细胞分化等多个与RA密切相关的通路。其中运动性精子结构域包含蛋白2(MOSPD2)与临床症状具有明显相关性,在血液单核细胞、骨髓单核细胞中高表达( t=2.238, P=0.032; t=3.153, P=0.006),在RA关节滑膜液中与血液中表达呈正相关( r=0.683, P=0.03)。ROC曲线分析表明,MOSPD2能区分RA和对照组(曲线下面积分别为0.855和0.726)。RT-PCR及蛋白质印迹法结果显示,MOSPD2在RA患者中表达上调( t=-3.96, P=0.02)。MOSPD2在血液中的表达水平与RA患者的DAS28呈正相关( r=0.8846, P=0.0462)。 结论:MOSDP2与RA患者临床症状密切相关,可能是诊断及治疗RA的靶点之一。
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编辑人员丨2天前
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转运RNA来源的分子片段770靶向细胞骨架相关蛋白2对乳腺癌细胞增殖的影响
编辑人员丨2天前
目的:探讨转运RNA来源的小分子片段770(tRF-770)调控细胞骨架相关蛋白2(CKAP2)对乳腺癌细胞增殖的影响。方法:使用MINTbase数据库v2.0序列与基因组中成熟的tRNA进行比对,确认tRF-770的染色体定位;TA克隆实验鉴定tRF-770;利用TargetScan和miRBase数据库分析预测tRF-770的靶基因;利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库数据分析CKAP2在乳腺癌中的表达情况。选择乳腺癌细胞株MDB-MA-231和MCF7,分别分为空白对照组(不予任何处理)、tRF-770过表达组(转染tRF-770过表达序列)及阴性对照组(转染阴性对照序列);另外设立tRF-770过表达+CKAP2-HA组(共转染tRF-770过表达序列与CKAP2过表达序列)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测乳腺癌细胞中tRF-770的相对表达量;CCK-8法检测乳腺癌细胞增殖能力并进行挽救实验;双荧光素酶报告基因实验验证tRF-770的靶基因;蛋白印迹法检测CKAP2-ERK2信号通路相关蛋白的表达情况。结果:tRF-770与9类tRNA剪切修饰的5'端完全匹配,TA克隆测序验证结果表明产物大小以及碱基与预期tRF-770序列一致。基于TCGA数据库数据分析发现CKAP2在乳腺癌组织中高表达( t=7.21, P<0.05)。qRT-PCR检测结果显示,在MDA-MB-231细胞中,空白对照组、阴性对照组、tRF-770过表达组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.42±0.11、3.75±0.01,差异有统计学意义( F=1 395.00, P<0.001);在MCF7细胞中,3组tRF-770相对表达量分别为1.00±0.00、2.45±0.21、3.26±0.16,差异有统计学意义( F=169.30, P<0.001);两种细胞中,与空白对照组及阴性对照组比较,tRF-770过表达组中tRF-770相对表达量均升高(均 P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验结果表明,tRF-770与CKAP2 mRNA 3'UTR结合。CCK-8法检测结果显示,在MDA-MB-231、MCF7细胞中,第3天和第4天tRF-770过表达组细胞增殖能力均低于空白对照组和阴性对照组(均 P<0.05);第3天和第4天阴性对照组与tRF-770过表达组细胞增殖能力比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。CCK-8法挽救实验结果显示,在两株乳腺癌细胞中,tRF-770过表达+CKAP2-HA组自转染第2天起,细胞增殖能力均高于tRF-770过表达组(均 P<0.05)。蛋白质印迹法检测结果显示,两种乳腺癌细胞中,tRF-770过表达组与阴性对照组比较,CKAP2、p-ERK2、PCNA蛋白表达均下降(均 P<0.05);ERK2蛋白在MDA-MB-231细胞中表达量变化较小,而在MCF7细胞中tRF-770过表达组蛋白表达下降。 结论:tRF-770可能通过CKAP2-ERK2信号通路抑制乳腺癌细胞增殖。
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编辑人员丨2天前
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下调极光激酶B对 CALR突变MARIMO细胞增殖、凋亡的影响及相关基因、信号通路的变化
编辑人员丨2天前
目的:探讨下调极光激酶(AURK)B对 CALR突变MARIMO细胞增殖、凋亡的影响,以及相关基因和信号通路的变化情况。 方法:选择来源于1例68岁 CALR突变阳性骨髓增殖性肿瘤(MPN)女性患者的MARIMO细胞为研究对象。采用慢病毒介导的短发夹RNA(shRNA)转染MARIMO细胞,并根据shRNA不同,将该细胞分为sh-AURKA、sh-AURKB和sh-无关序列对照(CTRL)组。采用倒置荧光显微镜观察各组MARIMO细胞株,采用流式细胞术(FCM)检测其绿色荧光蛋白(GFP)阳性率。通过FCM、5-乙炔基-2′-脱氧尿嘧啶核苷(EdU)/4′,6-二脒基-2-苯基吲哚二盐酸盐(DAPI)染色、Annexin V/PE试剂对sh-AURKB和sh-CTRL组MARIMO细胞增殖、凋亡情况进行分析。采用RNA转录组测序(RNA-Seq)技术分析sh-AURKB和sh-CTRL组MARIMO细胞差异表达基因(DEG)的富集情况,对其进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,筛选显著DEG。通过实时荧光定量-PCR(RT-qPCR)和蛋白质印迹法对DEG的mRNA和蛋白质相对表达水平进行验证。定量资料的2组比较,采用 t检验。3组总体比较,采用单因素方差分析;两两比较,采用最小显著差异(LSD)法。本研究遵循的程序符合2013年修订版《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求。 结果:①转染72 h后,sh-AURKB组MARIMO细胞数量较sh-CTRL组减少[ (0.62±0.03)×10 5比(12.44±0.08) ×10 5],差异有统计学意义( t=257.20, P<0.000 1)。与sh-CTRL组相比,sh-AURKB组处于S期的MARIMO细胞比例降低[(33.37±0.75)%比(42.77±0.91)%],处于G2-M期的MARIMO细胞比例增高[(27.83±0.69)%比(17.90±0.40)%],细胞凋亡比例增高[(16.47±0.70)%比(2.75±0.13)%],并且差异均有统计学意义( t=13.83, P=0.000 2; t=23.78, P<0.000 1; t=33.28, P<0.000 1)。② RNA-Seq检测结果显示,与sh-CTRL组相比,sh-AURKB组MARIMO细胞中有2 787个基因表达上调,2 420个基因表达下调。③ sh-AURKB和sh-CTRL组DEG主要注释于细胞内区域、细胞内膜边界细胞器、膜边界细胞器、细胞内细胞器部分、细胞器部分等GO节点。KEGG富集分析结果显示,共89个通路显著富集。对相关通路进一步筛选结果显示,2组显著DEG为 NDUFV1,NPRL2,MAP2K4,CPEB1。④ RT-qPCR结果显示,sh-AURKB组的 NPRL2、MAP2K4、CPEB1mRNA相对表达水平显著低于sh-CTRL组,差异有统计学意义(LSD- t=14.13、9.13、3.10, P<0.000 1、<0.000 1、=0.021)。蛋白质印迹法检测结果显示,与sh-CTRL组相比,sh-AURKB组NDUFV1/GAPDH蛋白条带灰度值比值增高,NPRL2/GAPDH、CPEB1/GAPDH、MAP2K4/GAPDH和p-MAP2K4/GAPDH降低,并且差异均有统计学意义(LSD- t=22.60、12.09、7.48、20.48、8.22, P<0.000 1、<0.000 1、=0.000 3、<0.000 1、=0.000 2)。 结论:AURKB参与 CALR突变MARIMO细胞的增殖、分化及凋亡等过程,而下调AURKB可引起相关基因表达水平发生显著变化。DEG主要富集在细胞代谢、细胞周期及凋亡相关通路。
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