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补体C1q C链—骨肉瘤预后因子的生物信息学分析与验证
编辑人员丨4天前
目的:用生物信息学分析筛选骨肉瘤预后相关基因。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)下载GSE33382、GSE21257数据集。分析获得差异表达基因(DEGs)。对差异基因进行GO分析,构建蛋白互作网络。Cytoscape进一步筛选关键基因,对关键基因进行生存相关性分析。用临床样本验证关键基因与患者预后情况。两组间差异采用Student’s t检验。 结果:筛选下调基因43个,上调基因43个,GO分析发现差异基因主要富集在免疫应答、抗原处理和呈递、免疫反应、蛋白质加工和成熟等免疫相关过程。在分子功能中,主要参与细胞内主要组织相容性复合体(MHC)Ⅱ类受体活性、核糖体结构组成、信号和分子转导活性等。在细胞组成成分方面,主要与主要组织相容性复合体蛋白质复合物、裂解空泡、液泡、溶酶体、细胞膜、核糖体等细胞器的功能有关。筛选出10个关键基因:补体C1q A链(CIQA)、补体C1q B链(C1QB)、补体C1q C链(C1QC)、单核细胞分化抗原CD 14(CD14)、单核细胞分化抗原CD 74(CD74)、IgE受体Fc片段(FCER1G)、纤维蛋白原样蛋白2(FGL2)、组织相容性抗原(HLA-DRA)、整合素β2亚基(ITGB2)、酪氨酸激酶结合蛋白(TYROBP)。生存分析发现C1QC与骨肉瘤患者生存呈明显负相关。临床样本证实C1QC与肿瘤Enneking分期、转移显著相关( χ2=4.288和9.809, P<0.05),与患者生存时间呈明显负相关( χ2=5.175, P<0.05)。 结论:生物信息学分析是有效的筛查方法,C1QC是骨肉瘤预后相关因子。
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编辑人员丨4天前
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复合生物补片在腹股沟疝修补术中远期临床价值的多中心前瞻性随机对照研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨复合生物补片在腹股沟疝修补术中的远期临床价值。方法:采用前瞻性随机对照非劣效性研究方法。选取2014年7月至2015年2月复旦大学附属华东医院等3家医学中心收治的172例成人腹股沟疝患者的临床资料,按照随机数字表法将患者分为两组。患者均行腹股沟后壁加强+补片重建修补术,术中使用静电纺复合生物补片设为试验组,使用进口猪小肠黏膜下层补片设为对照组。观察指标:(1)入组患者分组情况。(2)研究终点。正态分布的计量资料以 x±s表示,组间比较采用独立样本 t检验。计数资料以绝对数或百分比表示,组间比较采用 χ2检验或Fisher确切概率法。等级资料比较采用非参数秩和检验。以术后6年疝复发率作为有效性评价依据,使用Cochran-Mantel-Haenszel检验进行组间比较。非劣效性检验采用间隔法进行,若两组疝复发率差值的95%可信区间下限>-10%,则认为试验组非劣于对照组;若下限>0,则认为试验组优于对照组。 结果:(1)入组患者分组情况。筛选出符合研究条件的成人腹股沟疝患者172例;均为男性;年龄为(61±2)岁。172例患者随机分配至试验组和对照组各86例。随访6年,试验组和对照组分别有20例和19例患者失访。(2)研究终点。①主要研究终点:术后6年,试验组66例患者无复发,对照组67例患者中4例疝复发。非劣效检验结果显示:两组患者疝复发率差值的95%可信区间为0.27%~14.41%,下限0.27%>-10%,且同时>0。②次要研究终点:试验组和对照组术后6个月、术后6年静息或咳嗽状态简单疼痛评分量表评分比较,差异均无统计学意义( P>0.05)。术后6个月随访,试验组和对照组患者中分别有2例和5例发生并发症,两组比较,差异无统计学意义( χ2 =1.38, P>0.05)。术后6年随访,两组患者均未发生并发症。 结论:复合生物补片应用于腹股沟疝修补术安全、可行,远期疝复发率低,临床疗效良好。
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编辑人员丨4天前
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心肌补片的制备及其在心肌梗死治疗中的应用进展
编辑人员丨4天前
由心肌缺血引起的心肌梗死会导致心肌细胞的丧失,随后梗死区被瘢痕组织代替,最后导致心力衰竭,但其治疗方法十分有限。目前,心肌补片是治疗心肌梗死的一种十分有前景的策略。其设计是根据工程学原理,将具有一定功能的种子细胞或生物活性物质与适宜的支架材料复合,构建出可用于移植、修复或替代自体心肌的生物材料。心肌补片的生物材料支架通常通过脱细胞基质、静电纺丝技术、3D生物打印、水凝胶、细胞补片等方法制备。主要对心肌补片的制备方法及其在心肌梗死中的应用进展进行综述。
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编辑人员丨4天前
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新型复合人工骨的生物相容和成骨性能研究
编辑人员丨1个月前
[目的]探讨脱细胞骨基质/磷酸钙/半水硫酸钙(ACBM/CPC/CSH)复合人工骨材料的生物相容性及成骨性能.[方法]物理混合法合成ACBM/CPC/CSH复合人工骨材料,制备材料浸提液,用于急性、亚急性毒理、热原和表皮刺激实验.材料肌肉埋植实验,第7、14和21 d取材组织病理学检查,观察肌肉炎症反应;第14 d取材行流式细胞检查,观察血液与组织CD4+、CD8+T淋巴细胞含量变化,CCK-8法检测细胞毒性.建立大鼠股骨髁骨缺损模型,分别植入ACBM/CPC/CSH骨材料组(材料组)、磷酸钙/半水硫酸钙(CPC/CSH)(对照组)和不植任何材料(空白组),观察成骨情况.[结果]浸提液未引起小鼠急性与亚急性毒理反应,体重变化差异无统计学意义(P>0.05).热原实验体温正常.表皮注射实验72h内皮肤未出现红斑.肌肉埋植实验,第7d肌肉组织有轻微炎症反应,21 d炎症消失;第14d流式细胞学检查,材料组、对照组和空白组外周血CD4+[(9.6±1.8)vs(10.1±1.2)vs(10.7±1.4),P=0.470],CD8+[(9.5±1.1)vs(10.3±1.8)vs(10.5±1.7),P=0.249];脾脏 CD4+[(18.1±1.5)vs(17.2±7.3)vs(17.5±1.0),P=0.195],CD8+[(8.8±7.2)vs(7.7±7.6)vs(7.8±7.2),P=0.359]淋巴细胞含量差异无统计学意义(P>0.05).X 线片与Micro-CT结果显示,各组骨缺损均有不同程度修复,ACBM/CPC/CSH骨材料修复效果最佳.[结论]ACBM/CPC/CSH复合人工骨材料具有良好的生物相容性和体内成骨性能,有利于不规则骨缺损的修补.
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编辑人员丨1个月前
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复合基底膜生物补片应用于腹股沟疝Lichtenstein修补术的随机、对照、多中心临床研究
编辑人员丨2024/6/15
目的:比较一款复合基底膜生物补片与猪小肠黏膜下层(SIS)补片在开放无张力腹股沟疝修补术中的临床效果。方法:自2019年1月至2020年1月,在复旦大学附属华东医院、海军军医大学第二附属医院(上海长征医院)、复旦大学附属中山医院、杭州市第一人民医院和温州医科大学附属第一医院,5个中心招募单侧原发性腹股沟疝并自愿接受开放式无张力疝修补术的患者,进行随机、单盲、平行对照、多中心试验。将符合入组标准、不符合排除标准的腹股沟疝患者按照1∶1的比例分为试验组和对照组,试验组使用复合基底膜生物补片、对照组使用SIS补片,按照Lichtenstein术式进行腹股沟疝无张力疝修补术。观察患者术后180d的无疝复发率、并发症发生率,并完成术后4年的长期随访。结果:在1年研究期间,5个中心共招募140名患者,有2例试验组患者脱落,最终138例患者纳入研究,其中试验组患者68例,对照组70例。试验组的体重较对照组更轻(P=0.028),体重指数更低(P=0.035),差异有统计学意义(P<0.05),2组的其他基础资料比较差异均无统计学意义。试验组手术时间较对照组更短(P=0.035),在运动视觉模拟评分(VAS)中,试验组较对照组评分更低,且2组差异有统计学意义(F组间=6.165,P组间=0.014),同时在不同时间点上均低于对照组,差异有统计学意义(F时间=168.4,P时间<0.0001),2组的时间与运动VAS评分交互上差异有统计学意义(F交互=2.921,P交互=0.034)。试验组血清肿发生率(4.62%)显著低于对照组(15.39%),差异有统计学意义(P=0.047),术后180 d试验组无疝复发,对照组1例复发,2组无疝复发率比较差异无统计学意义(P>0.05)。非劣效检验结果显示:2组患者疝复发率之差为-1.39% [95% CI (-6.23%~3.45%)],可信区间上限<10%。后续4年随访中,试验组58例患者无疝复发,对照组54例患者有4例疝复发,其中2例已再次治疗,2组无疝复发率比较差异无统计学意义(P=0.109)。结论:新型复合基底膜补片在开放式无张力腹股沟疝修补术中表现非劣于SIS补片,特别在血清肿发生率方面,新型复合基底膜补片较SIS补片更为优异。
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编辑人员丨2024/6/15
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体外和比格犬体内评价腹内压致生物补片分层及疝复发风险的研究
编辑人员丨2024/6/15
目的:评估模拟腹内压力对生物疝修补补片分层性能的影响及全层腹壁肌缺损比格犬体内植入修补术后的疝复发风险。方法:选择两种市售生物疝修补补片作为样本[基底膜与小肠黏膜下层复合细胞外基质补片(BM/SIS复合补片)和小肠黏膜下层补片(SIS补片)],模拟腹腔内生物补片持续受力的环境,在生理盐水中分别对补片进行20 000次循环机械拉伸(拉伸率设置为:±10%和±20%),以研究力学加载对补片分层性能的影响。选择4只比格犬,切除整个腹壁组织进行全层腹壁肌缺损造模,并采用不同(BM/SIS、SIS)生物补片进行修补,术后比格犬均饲养2周后处死,取出补片以及周围组织,观察补片植入动物体内后的分层和疝复发现象。结果:经过20 000次循环机械拉伸后,BM/SIS复合补片未见明显分层和厚度变化;全层腹壁肌缺损比格犬体内植入后组织修复效果较好,未见疝复发。SIS补片在±10%循环机械拉伸下层间距增加,厚度显著增加(P=0.007);在±20%的循环机械拉伸下分层明显,补片厚度显著增加(P=0.001);动物体内植入2周后,可见补片明显分层,与组织融合较差。结论:BM/SIS生物补片层间结构稳定,不易发生分层,补片强度稳定,可以有效防止补片分层造成的疝复发风险。
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编辑人员丨2024/6/15
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基于盲肠内容物代谢组学的炙红芪干预脾气虚大鼠的作用研究
编辑人员丨2024/3/30
目的 以脾气虚大鼠的盲肠内容物为研究对象,筛选炙红芪干预脾气虚大鼠肠道功能的潜在生物标记物,分析其代谢途径.方法 将60只SD雄性大鼠随机分为空白组、模型组、实验组和对照组,除空白组外,其余大鼠均用三因素复合造模法建立脾气虚模型.实验组灌胃给予12.60 g·kg-1蜜炙红芪水提物;对照组灌胃给予0.63 g·kg-1双歧杆菌乳杆菌三联活菌片混悬液;空白组和模型组均灌胃给予等剂量蒸馏水.检测动物体质量、肛温,计算免疫脏器指数.用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱联用技术检测大鼠盲肠内容物代谢物,通过正交偏最小二乘法-判别分析,输入"京都基因与基因组百科全书"数据库,筛选出潜在差异代谢物及可能的代谢通路.结果 干预结束后,实验组、对照组、模型组和空白组的平均体质量分别为(216.87±7.85)、(210.96±9.03)、(159.47±5.18)和(293.51±22.98)g,肛温分别为(36.14±0.48)、(35.40±0.64)、(34.50±0.78)和(36.61±0.34)℃,胸腺指数分别为(1.19±0.20)、(1.24±0.25)、(0.47±0.15)和(1.31±0.21)mg·g-1,脾指数分别为(1.95±0.33)、(2.18±0.28)、(1.61±0.27)和(2.29±0.24)mg·g-1;与模型组相比,实验组和对照组大鼠的上述指标均显著升高(均P<0.01).筛选出14种炙红芪干预脾气虚大鼠的潜在生物标志物,主要通过氨基酸代谢、核黄素代谢及腺苷酸活化蛋白激酶代谢等途径发挥作用.结论 炙红芪可通过改善脾气虚大鼠盲肠内容物代谢水平,保护肠黏膜屏障,减少肠道炎症反应,从而发挥健脾补气的作用.
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编辑人员丨2024/3/30
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基于"长期负性情绪积累肝失疏泄加速脑老化进程"假说的创新性研究
编辑人员丨2024/1/13
七情内伤是中医病因学的重要命题.针对脑老化过速这一亟待解决的社会问题,课题组提出"长期负性情绪积累肝失疏泄加速脑老化进程"假说.首先创建间接电击法长期负性情绪应激大鼠模型,创制愤怒情绪诱发影片;而后分别从动物实验、病例对照和正常人群角度揭示无论单一负性情绪(愤怒)还是复合负性情绪长期积累均可加速脑老化进程及其机制;并且找到中医肝疏泄太过与不及可能的生物学基础,深化了对肝藏象证候及生理功能个体差异的认识;最后借助事件相关电位(ERPs)、功能磁共振成像(fMRI)等技术发现长期肝气郁结的轻度认知功能障碍(MCI)患者潜在的客观诊断指标及疏肝法确能改善患者认知功能,并揭示其疗效机制.上述研究有利于弥补目前国内外在靶情绪诱发方面存在的缺陷,完善脑老化过速的中医病因病机理论,为肝疏泄失常诱发疾病的早期预警提供可能的生物学指标,并为MCI的早期筛查、诊断和治疗提供借鉴.
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编辑人员丨2024/1/13
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基于微阵列芯片数据分析中国人冠心病的关键基因和信号通路
编辑人员丨2023/11/25
目的 基于微阵列数据分析筛选中国人冠心病(CHD)的关键基因和信号通路,以期为临床探究潜在的发病机制与治疗靶点.方法 以CHD为检索关键词从基因表达图谱(GEO)数据库下载GSE71226微阵列芯片数据进行进一步分析,利用R Studio软件中"limma"包筛选冠心病患者与正常健康人群的差异基因并对其进行可视化处理,利用R Studio软件中"clusterProfiler"包和"org.Hs.eg.db"包对差异基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,蛋白互作(PPI)网络利用STRING在线网站和Cytoscape软件进行构建,以此来获取毂基因.结果 与健康对照人群相比,CHD患者有76个基因显著上调和44个基因显著下调;差异表达基因显著富集在血红蛋白复合体和结合珠蛋白-血红蛋白复合体等细胞成分(CC)中,分子功能(MF)主要体现为结合珠蛋白结合以及氧气载体活性,上调差异表达基因主要富集在单纯疱疹病毒1型感染信号通路,真核生物中的核糖体合成信号通路,信使RNA监测通路以及RNA转运信号通路,上调差异表达基因主要富集在疟疾信号通路,金黄色葡萄球菌感染信号通路,补体和凝聚级联信号通路以及神经活性配体受体相互作用信号通路;通过cytoscape筛选得出与冠心病关联最大的基因为AHSP.结论 本研究成功构建CHD患者血液中差异表达基因的PPI调控网络,并确定AHSP为其关键基因.
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编辑人员丨2023/11/25
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综合生物信息学分析鉴定乙型肝炎病毒相关肝细胞癌中异常甲基化修饰的差异表达基因
编辑人员丨2023/11/4
目的 探讨与乙型肝炎病毒(HBV)相关肝细胞癌(HCC)发生发展相关的异常甲基化修饰的差异表达基因及分子机制,以期望用于肝癌的早期诊断.方法 从公共基因表达数据库(GEO)中下载表达谱芯片GSE121248、GSE107170 和DNA甲基化芯片GSE136319,采用R语言筛选HBV相关HCC中癌组织和癌旁组织间差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs),并绘制可视化火山图.对甲基化差异表达基因(MDEGs)进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并使用Cytoscape软件进行分子复合物检测(MCODE)分析和利用cytoHubba插件筛选关键基因.通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库验证关键基因的mRNA表达水平,并采用皮尔逊相关系数来评估关键基因在HCC中甲基化和基因表达之间的关系.使用HPA数据库、Cox比例风险回归模型、Kaplan Meier-plotter数据库和ROC分析对关键基因进行蛋白表达、生存分析验证以及预测准确率效能;并分析关键基因的表达与临床指标(肿瘤大小、病理分期)之间的相关性.结果 从GSE121248 和GSE107170 数据集中分别筛选出 921 个和 1 172 个DEGs,其中下调表达基因分别为 570个和714 个,上调表达基因分别为351 个和458 个;DNA甲基化芯片GSE136319 数据进行差异分析后,有7 952 个高甲基化基因,2 630 个低甲基化基因.综合分析DEGs和DMGs,共得到 33 个低甲基化修饰下表达上调的基因,和158 个高甲基化修饰下表达下调的基因.GO富集分析表明,异常甲基化修饰的差异表达基因主要参与羧酸分解代谢、有机酸分解代谢和血红素结合等过程;KEGG通路主要为化学致癌 DNA 加合物、补体和凝血系统和PPAR信号通路等.STRING和 Cytoscape软件筛选出 12 个与甲基化表达相关的关键基因,包括 FTCD、HRG、C8A、FOXM1、FGA、KLKB1、MBL2、FETUB、TTK、AURKA、PRC1 和 MAD2L1;经临床样本数据验证,FTCD、HRG、C8A、FOXM1、AURKA、PRC1、TTK和MAD2L1 这8 个基因在HBV相关HCC患者中差异表达,且与患者预后不良有关;FTCD、HRG、FOXM1、TTK、AURKA、PRC1 和 MAD2L1 的表达水平与肿瘤大小和病理分期相关.结论 FTCD、HRG、C8A、FOXM1、TTK、AURKA、PRC1 和MAD2L1 在HBV相关HCC的发病过程中可能起着重要的作用,有可能作为HBV相关HCC的潜在诊断标志物及治疗靶点.
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编辑人员丨2023/11/4
