目的 了解临床分离的纹带棒状杆菌对抗菌药物的敏感性及其感染或定植患者的临床特征.方法 收集福建医科大学附属泉州第一医院2020年7月—2022年9月临床分离纹带棒状杆菌72株,采用肉汤微量稀释法检测细菌对18种抗菌药物的敏感性.PCR扩增检测喹诺酮类耐药决定区相关基因gyrA并进行测序以分析氨基酸突变位点,PCR扩增核糖体甲基化酶基因ermX和氨基糖苷修饰酶基因aphA1并进行测序分析.病史资料分析纹带棒状杆菌感染或定植患者的临床特征.结果 药敏试验结果显示,所有菌株对万古霉素、利奈唑胺和达托霉素均100％敏感,对头孢曲松、环丙沙星及莫西沙星均100％耐药,对青霉素(87.5％)、头孢吡肟(95.8％)、美罗培南(95.8％)、甲氧苄啶-磺胺甲唑(90.3％)、红霉素(98.6％)和克林霉素(98.6％)的耐药率较高,对庆大霉素(25.0％)、四环素(30.6％)和利福平(23.6％)耐药率较低.PCR及DNA测序结果显示,3株纹带棒状杆菌发生gyrA基因单点突变(Ser87Val),67株发生双突变(Ser87Phe、Asp91Ala或Ser87Tyr、Asp91Ala),2株发生三位点突变(Ser87Phe、Ala88Pro和Asp91Ala),其中三位点突变是本研究首次发现的突变模式.所有的纹带棒状杆菌均检出ermX基因,aphA1基因检出率为43.1％.病史资料结果显示,72株纹带棒状杆菌主要分离自ICU(占65.2％),标本来源以下呼吸道标本为主(占91.6％),患者平均年龄(68.0±15.3)岁,感染和定植患者比例分别占72.2％(52/72)和27.8％(20/72),两组患者在住院时长≥28 d、合并脑出血、意识障碍及病情恶化方面差异具有统计学意义(P＜0.05).结论 该院临床分离的纹带棒状杆菌均为多重耐药菌,感染患者预后相对较差.

目的:探讨食管癌根治术后病原菌分布情况及发生肺部感染的影响因素。方法:采用回顾性病例对照研究方法。收集2021年1月至2022年12月长治医学院附属和平医院收治的555例行食管癌根治术患者的临床资料；男344例，女211例；年龄为（64±8）岁。观察指标：（1）术后发生肺部感染及病原菌分布情况。（2）术后发生肺部感染影响因素分析。正态分布的计量资料以 x±s表示，组间比较采用 t检验。计数资料以绝对数或百分比表示，组间比较采用 χ2检验，等级资料比较采用非参数检验。单因素分析根据资料类型采用对应的统计学检验方法。多因素分析采用Logistic逐步回归模型前进法。 结果:（1）术后发生肺部感染及病原菌分布情况。555例患者中，91例术后发生肺部感染，发生率为16.40%（91/555）。91例术后发生肺部感染的患者中，共分离培养细菌59株，其中革兰氏阴性菌53株，革兰氏阳性菌 3株，真菌3株，包括多重耐药菌20株。53株革兰氏阴性菌中，鲍曼不动杆菌18株（12株多重耐药），肺炎克雷伯菌18株（3株多重耐药），铜绿假单胞菌6株（2株多重耐药），大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、流感嗜血杆菌各2株（2株大肠埃希菌和1株阴沟肠杆菌多重耐药），粘质沙雷菌、克氏柠檬酸杆菌、纹状棒杆菌、奇异变形菌、产酸克雷伯菌各1株。3株革兰氏阳性菌中，金黄色葡萄球菌2株，肺炎链球菌1株。3株真菌均为白色假丝酵母菌。18株鲍曼不动杆菌中，对亚胺培南、头孢曲松、头孢他啶、头孢哌酮或舒巴坦、环丙沙星、阿米卡星、左氧氟沙星的耐药情况分别为12、12、11、9、8、6、5株；18株肺炎克雷伯菌的上述指标分别为0、1、1、1、2、0、2株。（2）术后发生肺部感染影响因素分析。多因素分析结果显示：肿瘤病理学分期为Ⅱ期和Ⅲ期、术前住院时间≥6 d、手术时间≥240 min、手术方式为开胸手术、围手术期抗菌药物使用种类≥3种、术后抗菌药物使用时间≥5 d是患者术后发生肺部感染的独立危险因素（ P<0.05）。 结论:食管癌根治术后肺部感染病原菌主要为鲍曼不动杆菌和肺炎克雷伯菌。肿瘤病理学分期为Ⅱ期和Ⅲ期、术前住院时间≥6 d、手术时间≥240 min、手术方式为开胸手术、围手术期抗菌药物使用种类≥3种、术后抗菌药物使用时间≥5 d是患者术后发生肺部感染的独立危险因素。

目的:采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法:收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果:注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均 P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（ P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（ P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。 结论:16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

目的 基于宏基因组二代测序(mNGS)数据,分析重症监护室(ICU)感染性疾病患者的病原体分布情况,为临床抗感染治疗提供依据.方法 回顾性分析7所综合性三甲医院ICU感染性疾病标本的mNGS报告结果,探讨ICU病原体分布情况.结果 收集1083份感染性疾病标本的mNGS报告,总体检出率为85.50％.病原体种类172种,病原体例数1334例,检出的细菌的种类和数量最多,其次为病毒.革兰阴性菌例数(60.29％)较革兰阳性菌(39.71％)多,检出数前3位的革兰阴性菌为肺炎克雷伯菌(114例,22.75％)、鲍曼不动杆菌(78例,15.57％)和铜绿假单胞菌(66例,13.17％);革兰阳性菌为屎肠球菌(68例,20.61％)、纹带棒状杆菌(46例,13.94％)和金黄色葡萄球菌(31例,9.39％).检出数前3位的真菌为白色念珠菌(79例,40.51％)、耶氏肺孢子菌(32例,16.41％)和近平滑念珠菌(16例,8.21％).DNA病毒为主要的检出病毒,检出数前3位为巨细胞病毒(71例,27.52％)、人疱疹病毒1型(62例,24.03％)和EB病毒(57例,22.09％);RNA病毒中检出数前3位为HpgV病毒(13例,43.33％)、人冠状病毒229E型(4例,13.33％)、鼻病毒(3例,10.00％)和人冠状病毒HKU1型(3例,10.00％).在不典型病原体中,鹦鹉热衣原体检出率最高(11例,55.00％).结论 革兰阴性菌是ICU感染性疾病患者的主要病原体,其次为病毒.动态监测ICU病原体分布情况有助于制定合理有效的抗感染治疗策略.

目的:明确黄芩斑枯病病原菌多主棒孢Corynespora cassiicola的生物学特性,筛选高效安全的杀菌剂,科学防治黄芩斑枯病.方法:通过菌落生长速率法评价碳源、氮源、温度、培养基、pH、光照对多主棒孢菌落生长的影响,以及 5 种杀菌剂对病原菌的室内毒力.结果:多主棒孢最适生长条件为胡萝卜培养基外源添加可溶性淀粉和蔗糖作为碳源、蛋白胨作为氮源、pH为 6、温度为 30℃.菌丝致死条件为 51℃处理 10 min,孢子致死条件为 54℃处理 10 min.98%多菌灵对多主棒孢的毒力最强,半数效应浓度(EC50)为 0.07 mg·L-1;其次是 98%咯菌腈、98%咪鲜胺和 98%吡唑醚菌酯,EC50 分别为 0.10、0.18、3.06 mg·L-1;98%嘧菌酯对多主棒孢的毒力最弱,EC50 为 632.39 mg·L-1.结论:黄芩斑枯病病原菌适生范围较广,在多种碳源、氮源、培养基及pH条件下均可生长,在中性偏弱酸、较高温条件下生长速度较快.多菌灵和咯菌腈对多主棒孢表现出较强的抑制作用,可考虑将其用于黄芩斑枯病的田间防治.

多主棒孢菌(Corynespora cassiicola)是一种常见的植物病原菌,该真菌在自然界分布广泛,绝大多数为寄生菌,多存在于热带和亚热带地区的植物茎秆、枝条、叶片上或表层土壤中,主要引起黄瓜、豇豆、香蕉等植物叶斑病和落叶病,在人体中的感染比较少见,2010年至今共报道15例人类感染病例,其中皮肤和软组织感染9例、眼部感染5例、颅内感染1例.该文对C.cassiicola引起的人类感染病例进行综述分析,为相关疾病的诊断和救治提供参考.

多主棒孢引起的棒孢叶斑病为我国黄瓜生产上重要的新兴流行病害.多主棒孢寄主广泛,其 cassiicolin(Cas)毒素是多主棒孢侵染橡胶早期的关键致病因子,但在黄瓜/多主棒孢病害系统中的毒力功能目前尚不明确.本研究从来自黄瓜多主棒孢 HG3 菌株的基因组序列中鉴定到单拷贝的Cas2亚型基因,命名为CcCas2.在敲除该基因的过程中,发现CcCas2缺失突变体均为杂合,荧光染色试验进一步证实多主棒孢是多核真菌.对杂合突变体进行潮霉素筛选并单孢纯化,获得了纯合的CcCas2缺失突变体菌株(检出率≥20%).致病力测定显示,CcCas2纯合突变体和野生型菌株接种黄瓜叶片4 d后的发病程度相当.通过转录组数据、RT-PCR和qRT-PCR分析均发现CcCas2在转录水平上受到了强烈地抑制.本研究明确了多主棒孢 CcCas2 基因由于在转录水平受到抑制而对黄瓜没有毒力;所提出的多主棒孢纯合突变体高效获取方法为该菌进一步的功能基因研究奠定了基础.

近年来,由弯孢属真菌侵染引发的病害在烟草上有上升的趋势,严重影响烟叶的产量和质量.为了更好地防治由弯孢属真菌引起的烟草叶斑病,本研究利用高通量测序技术对一株分离自烟草叶片的棒状弯孢菌 Curvularia clavata 线粒体基因组进行测序,组装得到一个环状的线粒体基因组,并对其组成特征、与典型叶斑病真菌的系统发育关系进行分析.结果表明,烟草棒状弯孢菌线粒体基因组长度为 41 763 bp,共编码 38个基因(13个蛋白编码基因、2 个rRNA基因和 23个tRNA基因),其碱基组成有显著的A-T偏好性,占比高达 70.35%.线粒体基因组中只有 3 个内含子和少量重复序列,这是造成其基因组大小收缩的主要原因.通过 6 个近缘病原真菌线粒体全基因的共线性分析,发现其线粒体基因组发生了基因重排事件.同时,物种同源区长度与对应物种的线粒体基因组大小呈正相关关系,同源区长度可能会影响物种的线粒体基因组大小.在选择压力分析中,发现烟草棒状弯孢菌线粒体为确保优势基因稳定遗传,自然选择和纯化选择起到了主导作用.系统发育分析表明烟草棒状弯孢菌与麦根腐平脐蠕孢 Bipolaris sorokiniana 和稻平脐蠕孢 Bipolaris oryzae亲缘关系最为密切,与前人基于ITS序列的进化分析结果一致.本研究首次从线粒体基因组方面对弯孢属真菌进行研究,丰富了弯孢属真菌线粒体基因组序列信息,为该属真菌的系统发育、资源保护及遗传多样性研究提供基础数据.

为探讨黄瓜棒孢叶斑病生防细菌HK11-9 的防病能力,通过皿内试验测定HK11-9 对黄瓜棒孢叶斑病菌多主棒孢霉的抑菌活性、通过离体和活体接种试验评价其对黄瓜棒孢叶斑病的防治效果,进行盆栽试验分析HK11-9 在黄瓜叶部的定殖能力及其对黄瓜叶部防御酶活性的影响,同时,测定HK11-9 的生物学功能并对其进行鉴定.结果显示,HK11-9 显著抑制多主棒孢霉的菌丝生长和孢子萌发;在离体接种和活体接种条件下,HK11-9 均对黄瓜棒孢叶斑病具有明显的防治效果,其防治效果分别达到 62.80%和 67.73%;同时,HK11-9 在黄瓜叶部具有稳定的定殖能力,在黄瓜叶部能保持 104 CFU/g的定殖密度,能够显著提高黄瓜叶部PAL、POD和PPO活性.HK11-9 菌株具有分解蛋白、分解纤维素、分解淀粉和产嗜铁素作用,对多种植物病原真菌具有抑菌活性;并根据形态特征、生理生化特性和 16S rRNA序列同源性分析,将HK11-9 菌株鉴定为多黏类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa).综上所述,生防细菌HK11-9 防治黄瓜棒孢叶斑病具有极大的潜力.

为探究毛木耳(Auricularia cornea)代料栽培子实体不同生育阶段菌棒内细菌和真菌群落,基于Illumi-na Miseq测序平台,对毛木耳 4 个出耳期(ful、pri、ope 和 mat)菌棒的微生物群落进行分析.获得细菌16S rRNA有效序列503 724 条,真菌ITS有效序列712 728 条.细菌物种注释分属25 门54 纲85 目134 科199属;真菌物种注释隶属5 门9 纲15 目12 科19 属.菌棒中有非常丰富的细菌群落,主要分属于变形菌门(Pro-teobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes).相对丰度最高的前2 个属:ful期是Lysinibacillus(25.71%)和Acinetobacter(14.38%);pri期是Pseudomonas(35.85%)和Solibacillus(14.85%);ope 期是 Lysinibacillus(36.42%)和 Pseudomonas(21.73%);mat 期是 Acinetobacter(27.94%)和Ochrobactrum(14.92%).基于PICRUSt代谢功能预测结果,菌棒细菌群落主要富集于外源生物降解与代谢、脂质代谢和碳水化合物代谢等.各时期菌棒真菌群落以担子菌门(Basidiomycota)为主,Auricularia为绝对优势菌属(99.19%～99.94%),此外检测出了丰度极低的Simplicillium(0.25%)等.常压灭菌条件下,毛木耳菌棒细菌群落多样性丰富且与现有报道的食用菌细菌性病害病原菌有同源之处,目的菌以Auricularia为优势菌属,未检测出柱霉属(Scytalidium)、青霉属(Penicillium)、链孢霉菌属(Streptomyces)等其他常见病原菌.本研究解析了毛木耳出耳期菌棒微生物群落,为菌棒、子实体生理病害发生及预防提供参考.