目的:探讨lncRNA相关内源竞争RN A(ceRNA)网络在早发性卵巢功能不全中的作用机制.方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中筛选出两个早发性卵巢功能不全患者的数据集,使用R语言"limma"包筛选出差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA.使用Starbase数据库预测与差异lncRNA相互作用的miRNAs,使用TargetScan和miRDB数据库预测与差异miRNAs相互作用的mRNAs,预测的mRNAs与差异mRNAs取交集.根据RNA之间的相互作用关系,建立早发性卵巢功能不全的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.使用Metascape在线工具对ceRNA调控网络中的mRNA进行GO和KEGG功能分析,通过String数据库建立蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytohubba插件识别PPI网络中的hub基因并构建lncRNA-miRNA-hub基因网络.结果:从早发性卵巢功能不全患者与正常对照组中筛选了 116个差异lncRNAs,22个差异miRNAs和282个差异mRNAs.通过116个差异lncRNAs,利用数据库预测到了 13个差异lncRNAs,7个差异miRNAs和54个差异mR-NAs的相互作用,构建了早发性卵巢功能不全的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.GO和KEGG富集分析结果显示,调控网络中的mRNA参与早发性卵巢功能不全的生物学过程,包括凋亡信号通路、mRNA的代谢过程和cAMP信号通路.通过PPI 网络筛选了 8 个 hub 基因(EIF4ENIF1、SENP1、RBM5、DYNLL2、AGO2、SRSF1、CAPZB、SRSF10),构建了一个 lncRNA-miR-NA-hub基因网络.结论:12个lncRNA通过参与SRSF1等hub基因的表达,调控影响早发性卵巢功能不全的发生、发展.

目的 探讨基于高通量测序的表达差异microRNA(miRNA)在左心室心肌肥厚(left ventricular hypertrophy,LVH)患者中的表达水平及临床意义,并揭示可能的调控作用机制.方法 分别在 4 例 LVH患者和 4 例健康志愿者血浆样本中进行miRNA测序,并在 25 例健康志愿者和 35 例LVH患者血浆样本中进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证.通过预测差异性miRNA的靶基因、基因本体富集分析、京都基因与基因组百科全书信号通路分析、构建蛋白质-蛋白质相互作用网络等生物信息学分别进行分析,并通过ROC曲线下面积(AUCROC)评估miRNA对LVH的诊断价值.结果 共鉴定出 945 个差异表达的miRNA,其中 1 个显著上调,9 个显著下调.经 qRT-PCR 验证,hsa-miR-942-5p 和 hsa-miR-184 的表达水平显著下调;hsa-miR-942-5p的AUCROC为0.694 6,hsa-miR-184 的AUCROC为0.880 4.生物信息学分析显示,靶基因主要富集在细胞衰老、鞘脂代谢、TGF-β信号通路、p53、糖尿病代谢相关通路.结论 LVH患者血浆样本中hsa-miR-942-5p和hsa-miR-184 的表达水平显著降低,提示其具有良好的诊断潜力.

目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miR-NA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络.方法:选取 6 只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6 只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型.处死小鼠后取肾脏组织进行高通量测序,利用DESeq软件筛选两组差异表达的lncRNA、miRNA,使用Miranda软件进行差异表达的miRNA靶基因预测.构建lncRNA相关ceRNA调控网络并进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路富集分析.结果:共筛选出DKD小鼠差异表达的lncRNA 1 495 个、差异表达的miRNA 72 个.成功构建由MSTRG.7252.3、MSTRG.10465.2、MSTRG.16253.3等23 个lncRNA、23 个miRNA与2 个mRNA组成,与lncRNA相关的ceRNA网络.GO功能富集分析显示,该网络主要涉及生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG信号通路富集显示,主要与PPAR信号通路、造血细胞谱系、细胞黏附分子、TNF信号通路等有关.结论:成功构建DKD小鼠lncRNA相关的ceRNA调控网络.

目的 通过寻找调控黑色素瘤缺乏因子2(AIM2)的微小RNA(miRNA,miR),分析miRNA/AIM2轴对胃癌(GC)细胞生物学特性的影响.方法 采用R studio软件Limma软件包分析数据集GSE113255和GSE118897差异表达基因,通过韦恩图筛选出与细胞焦亡相关的共同基因,确定目标基因.收集2022年1月至2023年1月在山西医科大学附属运城市中心医院胃肠外科就诊的56例GC患者癌组织及癌旁组织,检测目标基因表达.在人GC细胞MKN45中过表达AIM2,采用碘化丙锭(PI)染色法、细胞计数试剂盒(CCK-8)法和Matrigel侵袭实验检测细胞凋亡、增殖及侵袭.利用Targetscan网站预测调控AIM2的miRNA,并采用荧光素酶报告基因检测AIM2启动子区与其结合情况.在MKN45细胞中转染miR-575类似物(miR-575 mimics)/阴性对照(NC mimics)或miR-575 抑制剂(miR-575 inhibitor)/阴性对照(NC inhibitor),采用 PI 染色法、CCK-8 法和 Matrigel侵袭实验检测细胞凋亡、增殖及侵袭能力.在MKN45细胞给予Ad-GFP/Ad-AIM2以及NC mimics/miR-575 mimics处理,采用蛋白质免疫印迹法、酶联免疫吸附试验(ELISA)检测miR-575/AIM2轴对细胞焦亡和增殖的调控作用.组间差异采用t检验或方差分析(ANOVA)进行统计.结果 经分析发现AIM2蛋白差异最为明显,癌组织中AIM2蛋白及RNA水平均显著低于癌旁组织(蛋白:0.52±0.14 比 0.99±0.17,t=7.023,P＜0.01;RNA:0.58±0.11 比 1.01±0.18,t=6.379,P＜0.01).PI染色法、CCK-8法和Matrigel侵袭实验结果显示,Ad-AIM2组细胞凋亡数目显著高于Ad-GFP组[(43.52±3.08)％比(17.72±2.21)％,t=6.114,P＜0.01],细胞增殖和侵袭能力显著低于Ad-GFP组(48h:1.17±0.18 比 1.45±0.22,t=5.027,P＜0.05;72 h:1.58±0.36 比 2.31±0.42,t=4.822,P＜0.05).利用Targetscan网站预测,并通过荧光素酶报告基因实验验证,发现miR-575与AIM2有互补的核苷酸序列,miR-575 mimics与野生型AIM2共转染后,miR-575 mimics组细胞荧光素酶活性显著低于 NC mimics 组(0.52±0.06 比 0.98±0.14,t=5.323,P＜0.05);而 miR-575 mimics与突变型AIM2共转染后,miR-575 mimics组细胞荧光素酶活性较NC mimics组无显著变化(0.93±0.08 比 1.00±0.12,t=0.972,P＞0.05).免疫印迹法结果显示,Ad-AIM2+miR-575 mimics组细胞凋亡相关斑点样蛋白(ASC)、裂解的半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶1(cleaved Caspase-1)/Caspase-1以及高迁移率族蛋白B1(HMGB1)的表达水平显著高于Ad-GFP+miR-575 mimics 组(ASC:1.62±0.31 比 0.73±0.19,t=4.302,P＜0.05;cleaved Caspase-1/Caspase-1:1.44±0.21 比 0.78±0.16,t=3.198,P＜0.05;HMGB1:1.32±0.14 比 0.81±0.11,t=5.029,P＜0.05).结论 AIM2在GC中表达降低,miR-575通过靶向抑制AIM2的表达,进而抑制细胞焦亡,促进MKN45细胞的增殖侵袭.

[目的]解析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂幼虫肠道发育过程中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)差异表达谱,并揭示差异表达 lncRNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA)在幼虫肠道发育中的调控作用.[方法]基于前期获得的意大利蜜蜂工蜂4,5和6日龄幼虫肠道转录组数据(分别为Am4,Am5和Am6),利用相关软件筛选Am4 vs Am5比较组和Am5 vs Am6比较组中的DElncRNA,分析DElncRNA和两个比较组中共同上调和下调lncRNA的顺式调控作用及竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控作用.通过RT-qPCR验证转录组数据的可靠性.[结果]在Am4 vs Am5比较组中筛选出214条上调和251条下调lncRNA,在Am5 vs Am6比较组中筛选出141条上调和332条下调lncRNA;两个比较组共有的上调和下调lncRNA分别为7和16条.Am4 vs Am5比较组中的DElncRNA潜在调控250个邻近基因,涉及细胞进程等28个GO条目及Wnt信号通路等58条KEGG通路;Am5 vs Am6比较组中的DElncRNA潜在调控295个邻近基因,涉及细胞部分等35个GO条目及FoxO信号通路等73条KEGG通路;上述两个比较组中共有的7个上调lncRNA潜在调控10个邻近基因,涉及1个GO条目及代谢通路、谷胱甘肽代谢和核质转运等7条KEGG通路.共有的16个下调lncRNA潜在调控27个邻近基因,涉及8个GO条目及精氨酸生物合成、谷胱甘肽代谢和代谢通路等13条KEGG通路.此外,Am4 vs Am5比较组中的49条DElncRNA可靶向16个差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)进而靶向 122 条差异表达 mRNA(differentially expressed mRNA,DEmRNA),可注释到代谢进程等24个GO条目和Wnt信号通路等21条KEGG通路.Am5 vs Am6比较组中的38条DElncRNA可靶向8条DEmiRNA进而靶向67条DEmRNA,可注释到催化活性等21个GO条目和FoxO信号通路等10条KEGG通路;上述两个比较组共有的1条下调lncRNA MSTRG.10589.2 可靶向 ame-miR-6052 和 miR-511-y,进而靶向 29 条 DEmRNA.RT-qPCR 结果显示随机选取的7条DElncRNA的相对表达量与测序数据一致,证实了所用转录组数据的可靠性.[结论]意大利蜜蜂工蜂幼虫肠道发育过程伴随着lncRNA的动态差异表达,DElncRNA可通过顺式作用和ceRNA网络潜在参与对幼虫肠道发育的调控,在幼虫肠道发育中潜在发挥重要的调控作用.

目的 分析Ly6/Plaur结构域包含蛋白1(LYPD1)在肝癌(HCC)组织中的表达并探讨LYPD1作为肝癌预测因子的潜在可能性,微小RNA(miRNA)MTCO3P38-LYPD1通路作为肝癌治疗靶标的可行性.方法 分析在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载的419例肝组织(其中肝癌组织369例,正常肝组织50例,配对肝癌组织50对)中LYPD1表达差异,使用GraphPad Prism 8软件计算以LYPD1表达量为肝癌诊断预测模型的ROC曲线下面积.设计对照组和miRNA MTCO3P38组,分别采用脂质体转染对照miRNA和miRNA MTCO3P38至Huh7和HCCLM9肝癌细胞,转染24～48 h后,荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测LYPD1 mRNA表达;蛋白质印迹法(Western blot)检测LYPD1蛋白水平的表达;细胞计数试剂盒(CCK-8)分析两组细胞增殖能力;划痕实验分析两组细胞的迁移能力.组间计量数据比较采用配对样本t检验或非配对样本t检验.结果 LYPD1表达值在369例肝癌组织中高于50例正常肝组织,差异有统计学意义(1.233±0.065比0.148±0.033,t=6.082,P＜0.01);LYPD1表达值在50例配对肝癌组织中高于50例正常肝组织,差异有统计学意义(1.434±0.222比0.148±0.033,t=5.734,P＜0.01).以肝癌组织和正常肝组织中LYPD1表达值作为模型预测肝癌诊断,ROC曲线下面积为0.871±0.022[95％可信区间(CI)=0.828～0.914,P＜0.01].qPCR 结果显示 LYPD1 mRNA 表达值在 miRNA MTCO3P38 组低于对照组,差异有统计学意义(0.263±0.018 比 1.033±0.088,t=7.375,P＜0.05);Western blot 结果显示miRNA MTCO3P38组的LYPD1蛋白表达低于对照组,差异有统计学意义(0.800±0.029比2.167±0.088,t=13.480,P＜0.01);CCK-8 实验结果显示 miRNA MTCO3P38 组细胞活性低于对照组,差异有统计学意义(1.530±0.135比3.553±0.128,t=7.695,P＜0.05);划痕实验结果显示miRNA MTCO3P38组细胞迁移率低于对照组,差异有统计学意义(5.400±0.057比9.167±0.375,t=11.850,P＜0.01).结论 miRNA MTCO3P38下调肝癌潜在诊断预测因子LYPD1的表达抑制肝癌细胞系的细胞增殖和迁移行为.

目的 研究 TLR4 与 miR-21-5p 对皮肤鳞状细胞癌细胞增殖的影响及两者的靶向关系.方法 通过免疫组化法检测皮肤鳞状细胞癌组织中的TLR4 表达,通过Toll样受体4(TLR4)质粒和miR-21-5p inhibitor转染过表达细胞中的TLR4 和抑制细胞中miR-21-5p,通过生物信息学分析TLR4 与miR-21-5p的关系,通过RT-qPCR检测细胞中TLR4 和miR-21-5p的表达,通过CCK8 检测A431 细胞生长情况,通过Western bloting检测细胞中TLR4 和增殖分子ki-67 的表达.结果 TLR4 在皮肤鳞状细胞癌癌旁组织中表达最高,且在低分化组织中表达低于高分化组织,差异有统计学意义(P<0.05),TLR4 在A431 人皮肤鳞状细胞癌细胞中表达低于HaCaT人永生化角质形成细胞,差异有统计学意义(P<0.05).miR-21-5p可能是TLR4 的潜在miRNA靶基因.A431 细胞过表达TLR4,发现细胞增殖抑制,差异有统计学意义(P<0.05),miR-21-5p表达降低,差异有统计学意义(P<0.05).A431 细胞抑制miR-21-5p表达,发现细胞增殖抑制,差异有统计学意义(P<0.05),TLR4 表达降低,差异有统计学意义(P<0.05).结论 miR-21-5p与TLR4 的相互调节影响A431 细胞的增殖,miR-21-5p与TLR4 的相互作用在皮肤鳞状细胞癌的细胞行为中发挥重要作用.

目的 探讨慢性间歇低氧(CIH)和复氧对大鼠胰岛素抵抗(IR)及骨骼肌miR-27a-3p/PPARγ/IRS1/PI3K/AKT表达的影响.方法 从基因表达数据库(GEO)中下载CIH条件下miRNA数据集,运用DESeq2筛选差异表达最显著的miRNA作为研究对象,使用miRNA walk网站对差异miRNA的靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并Cytoscape软件构建miRNA-mRNA-pathway调控网络.将48只雄性SD大鼠随机分为对照(CON)组和CIH组,24只/组,CON组常氧环境饲养12周,CIH组先予CIH环境饲养8周,再恢复常氧饲养4周.两组均在基线、8周、12周时留取血样和骨骼肌组织,检测空腹血糖(FBG)、空腹胰岛素(FINS)水平,HE染色观察骨骼肌病理改变并计算肌纤维横截面积,实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)和Western blotting法检测骨骼肌miR-27a-3p、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)、葡萄糖转运蛋白4(GLUT4)、胰岛素受体1(IRS1)、p-IRS1、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)、磷酸激酶B(AKT)、p-AKT表达,比较组间差异.结果 生信分析发现,GEO数据库未筛选出CIH状态下肌肉组织相关的miRNA数据集,仅得到肾脏组织差异表达miRNA的GSE202480数据集,从CON组和CIH组样本中筛选出165个差异表达的miRNA,选最显著miR-27a-3p作为研究对象.GO和KEGG分析显示,差异miRNA的靶基因主要参与肌肉调节和胰岛素信号传导.miRNA-mRNA-pathway调控网络显示miR-27a-3p是PPAR信号通路和PI3K/AKT信号通路的关键调控因子.动物实验发现,基线时,两组各项观察指标均无统计学意义(P>0.05);8周时,与CON组相比,CIH组FBG、FINS、HOMA-IR、PPARγ显著升高(P<0.05或P<0.01),肌纤维排列疏松,肌纤维横截面积、miR-27a-3p、p-IRS1/IRS1、PI3K、p-AKT/AKT显著降低(P<0.05或P<0.01),GLUT4表达呈升高趋势但无统计学意义(P>0.05);12周时,两组各项观察指标均无统计学意义(P>0.05).结论 CIH可导致大鼠IR增加和骨骼肌病理改变,而复氧可以逆转;CIH可致骨骼肌miR-27a-3p表达下调,PPARγ表达上调,IRS1/PI3K/AKT胰岛素信号转导受到抑制,而复氧干预可以逆转;miR-27a-3p可能通过调控PPARγ/IRS1/PI3K/AKT信号通路参与了CIH所致的IR.

目的 基于基因组芯片数据,研究自噬相关基因(ARG)在原发性老年性骨质疏松症(OP)骨髓间充质干细胞的表达水平,并探讨其在基因组的调控作用网络.方法 从GSE35959 中分析原发性老年性OP骨髓间充质干细胞的差异表达基因(DEG),结合人类自噬数据库(HADb)筛选出原发性老年性OP骨髓间充质干细胞差异表达的自噬相关基因(AR-DEG),利用STRING 11.0 数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),利用Network Analyst建立转录因子-基因-miRNA共表达网络和环境化学物-AR-DEGs调控网络.结果 2 866 个原发性老年性OP的DEG参与了该疾病的发生发展,其中上调基因2 592 个(90.44%),下调基因 274 个(9.56%).获得 31 个原发性老年性OP的AR-DEG,均呈高表达状态.肿瘤蛋白 53(TP53)、表皮生长因子受体(EGFR)、泛素C(UBC)、周期蛋白依赖激酶抑制因子 1A(CDKN1A)对原发性老年性OP具有重要的生物学作用.自噬机制影响原发性老年性OP过程中,会受到转录因子、miRNA、环境因素的深度影响.结论 自噬相关基因的过表达参与了原发性老年性OP发生进展的过程,该过程与免疫功能具有一定联系,且受到多种转录因子、miRNA、微量元素和环境化学物的影响,但上述调节机制仍需要深入研究探讨.

目的:探讨微小RNA(miR)-4317通过锌指蛋白322(ZNF322)调控结肠癌细胞增殖和转移的分子机制。方法:选取2019年6月至2022年6月河南省人民医院收集的68例结肠癌组织和癌旁组织作为研究对象。采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析分析肿瘤组织和癌旁组织中miR-4317表达水平。人结肠癌细胞系SW1116分为miR对照组和miR-4317组，分别采用miRNA对照慢病毒和miR-4317过表达慢病毒感染建立稳转细胞系，采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、克隆形成实验、划痕实验和Transwell分析两组细胞的增殖、迁移和侵袭能力。采用生物信息学和双荧光素酶报告基因分析miR-4317的靶蛋白；蛋白质免疫印迹分析肿瘤组织和细胞靶蛋白表达水平。组间比较采用 t检验。 结果:癌旁组织中miR-4317表达水平(1.13±0.14)明显高于结肠癌组织(0.67±0.11)，差异有统计学意义( t＝21.120， P<0.05)。miR对照组细胞吸光度( A)值(2.00±0.08)明显高于miR-4317组(1.13±0.14)，差异有统计学意义( t＝15.780， P<0.05)。miR对照组细胞EdU阳性率[(89.38±3.64)%]明显高于miR-4317组[(73.03±4.24)%]，差异有统计学意义( t＝7.165， P<0.05)。miR对照组细胞划痕愈合率[(86.25±4.37)%]明显高于miR-4317组[(64.72±6.68)%]，差异有统计学意义( t＝6.606， P<0.05)。miR对照组细胞侵袭数量[(133.83±8.11)个]明显高于miR-4317组[(103.50±5.28)个]，差异有统计学意义( t＝7.877， P<0.05)。ZNF322是miR-4317的靶基因。癌旁组织中ZNF322表达水平(1.11±0.14)明显低于结肠癌组织(1.59±0.24)，差异有统计学意义( t＝14.320， P<0.05)。miR对照组细胞ZNF322表达水平(1.30±0.08)明显高于miR-4317组(0.74±0.12)，差异有统计学意义( t＝9.434， P<0.05)。 结论:miR-4317在结肠癌组织中呈低表达，通过调控下游蛋白ZNF322参与结肠癌细胞的增殖和转移过程。