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lncRNA MIR210HG在子痫前期胎盘组织中的表达及其功能分析
编辑人员丨6天前
目的:研究子痫前期(PE)产妇胎盘组织中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达及其中之一MIR210HG对绒毛膜滋养层细胞系HTR8/SVneo细胞生物学特性的影响,并对MIR210HG进行功能分析。方法:选取2018年7月至2019年7月青岛大学附属医院收治的PE产妇39例(PE组)和同期正常妊娠产妇39例(对照组)。(1)采用转录组测序(RNA-seq)技术分析两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA;实时荧光定量PCR技术方法检测两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA之一MIR210HG的表达水平,并分析MIR210HG表达水平与收缩压、舒张压和新生儿出生体重的相关性。(2)构建小分子干扰RNA(siRNA),转染HTR8/SVneo细胞以敲低MIR210HG的表达,实验分为两组,即MIR210HG敲低(KD)组(HTR8/SVneo细胞转染siRNA敲低了MIR210HG的表达)和阴性对照(NC)组(HTR8/SVneo细胞转染NC siRNA),采用活细胞计数(CCK-8)法、穿膜小室(transwell小室)体外实验检测两组HTR8/SVneo细胞增殖和迁移能力的变化。(3)采用RNA相互作用百科全书(ENCORI)数据库预测与MIR210HG相互作用的RNA,并采用基因本体(GO)功能注释、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和BioCarta通路富集方法对MIR210HG的功能进行分析。结果:(1)RNA-seq技术共检测出显著差异表达的lncRNA 26个,其中表达上调21个、下调5个。MIR210HG在PE组产妇胎盘组织中的表达水平显著高于对照组(分别为9.30 ±1.90、1.10 ±0.20; t=4.425, P<0.01);MIR210HG的表达水平与收缩压( r2=0.234, P<0.05)和舒张压( r2=0.190, P<0.05)均呈线性正相关关系,与新生儿出生体重呈线性负相关关系( r2=0.157, P<0.05)。(2)与NC组相比,KD组HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移能力均显著增强( P均<0.05)。(3)ENCORI数据库分析共预测出可能与MIR210HG相互作用的RNA 38个。GO功能注释分析显示,MIR210HG可能参与免疫应答分子中介物产生的调控等27条通路的功能;KEGG通路富集显示,MIR210HG可能参与同种异体移植物排斥等8条通路的功能;BioCarta通路富集显示,MIR210HG可能参与翻译起始因子通路等8条通路的功能。 结论:lncRNA MIR210HG在PE产妇的胎盘组织中表达上调,降低MIR210HG的表达水平可促进HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移,MIR210HG可能是滋养层细胞生物学行为的调节因子。
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编辑人员丨6天前
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环状RNA circGPX1通过调节miRNA-150表达影响甲状腺癌细胞增殖和侵袭
编辑人员丨6天前
目的:探讨环状RNA(circRNA)circGPX1在甲状腺癌组织中的表达及体外circGPX1对甲状腺癌细胞增殖和侵袭的影响和分子机制。方法:基于GeneCards数据库分析circGPX1在甲状腺癌组织和癌旁组织中转录水平表达差异,比较不同临床分期患者circGPX1表达水平。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测circGPX1在人正常甲状腺上皮细胞株Nthy-ori3-1和甲状腺癌细胞株SW579、TPC-1、B-CPAP、TT中的表达。将circGPX1表达水平最高的TPC-1细胞转染载有干扰circGPX1小干扰RNA(siRNA)序列的质粒和载有阴性对照siRNA序列的质粒,分别为si-circGPX1组和si-NC组。采用CCK-8法和Transwell实验分别检测两组TPC-1细胞增殖(以吸光度值为细胞增殖能力)和侵袭能力。采用CircAtlas软件预测circGPX1与miRNA-150(miR-150)互补,应用双荧光素酶报告基因实验验证二者的靶向关系。qRT-PCR法检测两组TPC-1细胞中miR-150表达。蛋白质印迹法检测两组TPC-1细胞中Wnt/β-连接素(catenin)信号通路β-catenin、c-myc、p-GSK3β、细胞周期蛋白D蛋白表达。结果:GeneCards数据库中,与癌旁组织相比,甲状腺癌组织中circGPX1转录水平高表达,差异有统计学意义( P<0.01);甲状腺癌患者临床分期越高,circGPX1相对表达量越高,差异有统计学意义( P<0.01)。各甲状腺癌细胞株中circGPX1转录水平相对表达量均高于Nthy-ori3-1细胞,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。si-circGPX1组TPC-1细胞中circGPX1相对表达量较si-NC组低(1.2±0.4比6.1±0.5),差异有统计学意义( t=8.48, P=0.001)。铺板后36、48、60、72 h,si-circGPX1组TPC-1细胞的增殖能力均低于si-NC组,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。培养27 h,si-circGPX1组侵袭的TPC-1细胞数少于si-NC组[(40±6)个比(96±11)个],差异有统计学意义( t=4.30, P=0.005)。双荧光素酶报告基因实验显示,circGPX1-野生型与miR-150共转染的TPC-1细胞相对荧光素酶活性低于circGPX1-野生型与miR-150阴性对照共转染的TPC-1细胞,差异有统计学意义( t=5.32, P=0.002),提示circGPX1与miR-150之间存在互补序列。si-circGPX1组TPC-1细胞中miR-150相对表达量高于si-NC组,差异有统计学意义( t=5.55, P=0.001)。si-circGPX1组TPC-1细胞β-catenin、c-myc、p-GSK3β、cyclin D蛋白的相对表达量均低于si-NC组,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。 结论:circGPX1在甲状腺癌组织和细胞中高表达,体外敲减circGPX1可能通过调控miR-150/Wnt/β-catenin轴而抑制甲状腺癌TPC-1细胞的增殖和侵袭。
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编辑人员丨6天前
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miR-27b-3p通过靶向PLK2促进乳腺癌细胞的辐射抵抗
编辑人员丨6天前
目的:研究miR-27b-3p对乳腺癌细胞辐射抵抗的影响。方法:通过检索基因表达(GEO)数据库,筛选分析miR-27b-3p在正常乳腺组织和乳腺癌组织中的表达水平。利用实时荧光定量PCR技术分析其在不同乳腺癌细胞系中的表达水平。通过细胞克隆形成、免疫荧光和5-乙炔基-2′-脱氧尿苷(EDU)检测技术评价miR-27b-3p对乳腺癌细胞辐射抵抗作用。采用荧光素酶报告基因技术确定miR-27b-3p的靶基因PLK2,并在乳腺癌细胞中进一步验证miR-27b-3p的辐射抵抗作用。结果:与正常乳腺组织和细胞相比,miR-27b-3p在乳腺癌组织( t=2.99, P<0.01)和乳腺癌细胞中表达水平显著上调( t=21.21、32.88, P<0.05)。尤其在抗辐射细胞MCF-7R中升高更加明显( t=25.63, P<0.05)。过表达miR-27b-3p增强了MCF-7细胞的克隆形成能力( t=10.32, P<0.05),且随着辐照剂量的增加,miR-27b-3p对MCF-7增殖能力的保护效应逐渐凸显( t=8.77、8.26、8.03, P<0.05);干扰miR-27b-3p则抑制MCF-7R细胞克隆形成数( t=40.00, P<0.05),且随着辐照剂量的增加,进一步削弱了MCF-7R细胞的增殖能力( t=8.54、8.32、8.23, P<0.05)。报告基因实验结果表明,PLK2是miR-27b-3p的直接靶标。过表达PLK2抑制了miR-27b-3p介导的乳腺癌细胞辐射抵抗(MCF-7: t=9.66, P<0.05;MCF-7R: t=6.42, P<0.05)。 结论:miR-27b-3p可通过靶向PLK2提高乳腺癌细胞的辐射抗性。
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编辑人员丨6天前
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microRNA-27b、microRNA-221、microRNA-222和血管内皮生长因子在瘢痕疙瘩中的表达及相关性研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨瘢痕疙瘩中microRNA-27b(miR-27b)、miR-221和miR-222的表达及与血管内皮生长因子(VEGF)的关系。方法:选取2021年1月至2022年1月新疆维吾尔自治区人民医院皮肤性病科手术切除的瘢痕疙瘩组织(瘢痕疙瘩组)及对应瘢痕旁正常组织(正常对照组)各36例,另选择同期符合诊断标准的扁平瘢痕(扁平瘢痕组)12例。采用免疫组织化学法测定3组中VEGF蛋白表达情况和微血管密度,通过实时荧光定量PCR检测miR-27b、miR-221和miR-222表达水平。采用SPSS 27.0统计软件进行分析,正态分布的计量资料以 ± s表示,多组间比较采用单因素方差分析,两两多重比较采用LSD法;非正态分布的计量资料以 M( Q1, Q3)表示,组间比较采用Kruskal-Wallis H检验;数据间的相关性分析采用Spearman相关分析法,所有检验均为双侧检验, P<0.05为差异有统计学意义。 结果:瘢痕疙瘩组VEGF蛋白表达水平和微血管计数[0.28±0.08、(47.78±14.06)条/400倍视野]明显高于正常对照组[0.09±0.05、(10.25±5.08)条/400倍视野]和扁平瘢痕组[0.19±0.06、(23.75±7.94)条/400倍视野],差异有统计学意义( P<0.01)。瘢痕疙瘩组miR-27b表达水平[0.50(0.32,0.64)]显著低于正常对照组[0.69(0.37,1.69)]和扁平瘢痕组[1.35(1.25,1.74)],差异有统计学意义( P<0.01);而3组miR-221及miR-222的表达水平差异无统计学意义( P>0.05)。相关性分析显示,瘢痕疙瘩组中miR-27b、miR-221、miR-222与VEGF蛋白表达均呈正相关关系( r=0.36、0.41、0.37, P均<0.05)。 结论:miR-27b在瘢痕疙瘩、扁平瘢痕及正常组织中表达具有差异性,瘢痕疙瘩中miR-27b、miR-221和miR-222与VEGF表达呈正相关,提示miRNA/VEGF轴可能在瘢痕疙瘩发生和进展中起到关键性作用。
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编辑人员丨6天前
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缺氧缺血自然复苏的新生大鼠模型中外周血miRNA的差异表达
编辑人员丨6天前
目的:评估缺氧缺血(HI)自我复苏的新生SD大鼠模型外周血微小RNA(miRNA)指标。方法:3只孕鼠所产幼鼠按窝别分为3组,A组为空白对照组,B组为HI组,C组备用。采用高通量深度测序方法比较对照组和HI组新生4日龄SD大鼠外周血中miRNA的表达谱。应用生物信息学分析研究这些差异表达的miRNA。采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组学百科全书(KEGG)分析方法预测相关的细胞信号通路和功能。通过miRBD预测miRNA及与缺氧缺血性脑病(HIBD)相关的靶基因。应用HE染色观察脑组织病理变化。结果:经外周血深度测序后可得到成熟miRNA序列为1 049种。A组miRNA种类为525种;HI组miRNA种类为524种;其中A组有27种miRNA与HI组存在差异,且2组间miRNA种类呈高度相关。HI新生大鼠外周血中有38个miRNA表达异常,并存在显著差异表达(2 -ΔΔCt值>2.5, P< 0.05),其中21个miRNA显著过表达,17个显著低表达。KEGG通路富集分析和GO分析显示这些差异的miRNA与谷氨酸能突触通路、髓鞘脂类代谢、神经活性配体-受体相互作用和血管上皮生长因子(VEGF)信号通路与缺氧/缺血诱导的脑损伤有关,并且过度活化。2组间幼鼠脑组织未见皮质及胼胝体下白质病变、脑室扩大、灰质神经元排列紊乱和明显凋亡。 结论:HI自然复苏模型大鼠外周血中miRNA差异表达提示,miRNA对缺氧缺血有积极的应答。存在高度显著差异的miR-200家族、miR-471家族、miR-429、miR-216和miR-871,与神经系统损伤分子生物学机制有关,有望成为HIBD或HI新的生物学诊断指标,对HI新的治疗靶点的研究探索是有益的。
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编辑人员丨6天前
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长链非编码RNA小核仁RNA宿主基因22靶向作用于微小RNA-27a-3p/胰岛素样生长因子-1信号轴对三阴性乳腺癌细胞侵袭能力的影响
编辑人员丨6天前
目的:观察三阴性乳腺癌细胞中长链非编码RNA小核仁RNA宿主基因22(SNHG22)靶向作用于微小RNA(miR)-27a-3p/胰岛素样生长因子-1对细胞侵袭能力的影响。方法:选取2019年6月至2022年3月河北医科大学第二医院甲状腺乳腺外科收治30例三阴性乳腺癌及其癌旁组织标本作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析癌及癌旁组织中SNHG22和miR-27a-3p的表达变化;将SNHG22过表达质粒和miR-27a-3p模拟物(mimics)分别转染至三阴性乳腺癌MDA-MB-231细胞中,利用细胞侵袭实验观察两者对细胞侵袭能力的影响;利用生物信息学软件及双荧光素酶报告基因分析SNHG22和miR-27a-3p的关系及miR-27a-3p的下游靶基因。将miR-27a-3p mimics、miRNA阴性对照(miR-NC)分别与SNHG22共转染后,观察上调miR-27a-3p表达对过表达SNHG22的MDA-MB-231细胞侵袭能力的影响。两组间比较采用 t检验。 结果:荧光定量PCR实验结果显示,SNHG22在三阴性乳腺癌组织中的表达水平(3.184±1.800)明显高于癌旁组织(1.295±0.659, t=5.395, P<0.05);miR-27a-3p的表达水平(0.547±0.414)明显低于癌旁组织(1.521±0.845, t=5.623, P<0.05);三阴性乳腺癌细胞中过表达SNHG22组侵袭细胞数(406.500±9.492)明显高于对照组(172.000±14.142, t=67.000, P<0.05),而转染miR-27a-3p mimics转染组侵袭细胞数(139.000±19.789)明显低于对照组(391.000±21.213, t=252.000, P<0.05);生物信息学预测及荧光素酶报告基因分析结果表明,miR-27a-3p可与SNHG22结合降低细胞的荧光素酶活性(0.415±0.054比1.014±0.106, t=16.360, P<0.05),而miR-27a-3p可与IGF-1的3’端非编码区(3’UTR)结合降低细胞的荧光素酶活性(0.367±0.049比1.015±0.021, t=12.860, P<0.05);挽救实验结果表明SNHG22+miR-27a-3p mimics组侵袭细胞数(186.500±14.849)明显低于SNHG22+miR-NC组细胞(345.000±24.061),差异有统计学意义( t=24.380, P<0.05)。 结论:长链非编码RNA SNHG22可通过靶向作用于miR-27a-3p/IGF-1调控三阴性乳腺癌细胞的侵袭能力。
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编辑人员丨6天前
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微小RNA-486-5p通过调控缺氧诱导因子-1α/人第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因/磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶A信号通路影响结肠癌的发生发展
编辑人员丨6天前
目的:探讨微小RNA-486-5p(miR-486-5p)通过调控缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)/人第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因(PTEN)/磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶A(Akt)信号通路影响结肠癌的发生发展。方法:脂质体Lipofectamine? 3000将miR-486-5p模拟物NC(对照),miR-486-5p模拟物转入SW480结肠癌细胞中,细胞购自上海细胞库。反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测miR-486-5p表达,噻唑蓝(MTT)法检测细胞活力,流式细胞术检测细胞凋亡及细胞周期,Transwell实验检测细胞侵袭,蛋白质印迹法(Western blot)检测B淋巴细胞瘤-2基因(bcl-2)、bcl-2相关蛋白X(bax)、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、p27、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、HIF-1α、PTEN、PI3K及磷酸化Akt(p-Akt)蛋白表达。组间比较采用 t检验进行分析。 结果:miR-486-5p模拟物组细胞miR-486-5p表达量(1.87±0.09比1.00±0.10, t=5.589, P<0.05)、细胞早期凋亡率[(15.48±0.97)%比(1.47±0.09)%, t=4.327, P<0.05],细胞晚期凋亡率[(27.46±1.54)%比(3.24±0.13)%, t=5.652, P<0.05],细胞周期G 1期[(60.32±4.43)%比(24.08±1.96)%, t=4.578, P<0.05]、bax(0.96±0.08比0.18±0.01, t=5.373, P<0.05)、p27(0.86±0.06比0.32±0.01, t=5.762, P<0.05)及PTEN(1.64±0.09比0.46±0.02, t=4.874, P<0.05)蛋白表达量高于对照组,miR-486-5p模拟物组细胞活力(0.33±0.01比0.54±0.03, t=4.582, P<0.05)、细胞侵袭数目[(37.59±2.64)个比(179.93±6.96)个, t=4.147, P<0.05],bcl-2(0.21±0.01比1.04±0.09, t=5.287, P<0.05)、Cyclin D1 (0.14±0.00比0.85±0.07, t=4.642, P<0.05)、MMP-9(0.28±0.02比0.84±0.06, t=4.643, P<0.05)、HIF-1α(0.45±0.03比1.53±0.09, t=5.562, P<0.05)、PI3K(0.38±0.01比1.78±0.10, t=5.468, P<0.05)及p-Akt(0.38±0.02比1.10±0.08, t=4.129, P<0.05)蛋白表达量低于对照组。 结论:上调miR-486-5p表达量可诱导结肠癌细胞SW480凋亡、抑制细胞侵袭、使细胞周期发生阻滞,可能与抑制HIF-1α/PTEN/PI3K/Akt信号通路有关。
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编辑人员丨6天前
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微小RNA-27b-3p靶向干扰素调节因子4调控结肠癌细胞B细胞淋巴瘤-6表达的研究
编辑人员丨6天前
目的:观察微小RNA(microRNA,miR)-27b-3p与干扰素调节因子4(IRF4)的靶向关系,分析其对结肠癌细胞B细胞淋巴瘤分子-6(bcl-6)表达的影响。方法:2015年12月至2017年1月在南昌大学第二附属医院确诊为结肠癌患者共53例,以肿瘤组织作为研究组,以正常结肠黏膜组织作为对照组。应用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测miR-27b-3p的表达。应用免疫组织化学法检测结肠癌中干扰素调节因子4(IRF4)和B细胞淋巴瘤-6(bcl-6)的表达。选择人结肠癌细胞系116,构建阴性对照组、miR-27b-3p转染组、miR-27b-3p和IRF4共转染组,应用免疫印迹实验检测各组中IRF4和bcl-6的表达。应用双荧光素酶报告基因实验观察miR-27b-3p与IRF4的结合情况。组间比较采用 t检验、配对 t检验及方差分析。 结果:结肠癌中miR-27b-3p的表达(2.67±0.40)明显低于对照组(3.68±0.45, t=6.180, P<0.01),miR-27b-3p的表达在不同肿瘤最大径(≥5 cm为2.49±0.39,<5 cm为2.87±0.36)、浸润深度(浆膜及以外为2.44±0.34,未及浆膜为2.88±0.36)、脉管癌栓(有癌栓为2.28±0.42,无癌栓为2.77±0.31)、片状坏死(有坏死为2.36±0.42,无坏死为2.79±0.39)和淋巴结转移(有转移为2.37±0.41,无转移为2.81±0.22)分组的表达中差异有统计学意义( t=4.250、5.180、5.690、5.110、5.190, P值均<0.05)。miR-27b-3p与生存时间有关( χ2=5.080, P<0.05),差异有统计学意义。miR-27b-3p与IRF4( r=-0.600, P<0.05)、miR-27b-3p与bcl-6( r=-0.690, P<0.05)均呈负相关性。双荧光素酶报告基因实验显示miR-27b-3p与IRF4具有靶向关系。miR-27b-3p转染组中IRF4和bcl-6的表达低于阴性对照组( t=3.240、4.330, P<0.05),差异有统计学意义,共转染组能逆转上述改变。 结论:miR-27b-3p靶向负调控IRF4调节结肠癌细胞bcl-6的表达,miR-27b-3p低表达是肿瘤形成和进展的重要事件,检测miR-27b-3p的表达可能与生存时间有关。
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编辑人员丨6天前
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调节miR-27b-3p和Nrf2对人RPE细胞代谢记忆形成的抑制作用
编辑人员丨6天前
目的:探讨微小RNA-27b-3p(miR-27b-3p)/核因子E2相关因子2(Nrf2)对人视网膜色素上皮(RPE)细胞代谢记忆损伤的影响及其调控机制。方法:取ARPE-19细胞,将其置于5.5 mmol/L葡萄糖培养基培养6 d作为正常对照组;于30 mmol/L高糖培养基中培养3 d后,换成5.5 mmol/L葡萄糖培养基继续培养3 d作为代谢记忆组;慢病毒转染细胞并加入嘌呤霉素,筛选转染成功的细胞,并将其置于30 mmol/L高糖培养3 d后换成5.5 mmol/L葡萄糖培养基继续培养3 d作为miR-27b-3p抑制剂组;细胞于30 mmol/L高糖+利拉鲁肽培养基培养3 d后换成5.5 mmol/L葡萄糖培养基继续培养3 d作为利拉鲁肽组。采用实时荧光定量PCR检测miR-27b-3p、Nrf2、醌氧化还原酶-1(NQO1)、血红素加氧酶-1(HO-1)mRNA表达水平;采用Western blot法检测Nrf2总蛋白、核蛋白水平;采用细胞免疫荧光检测Nrf2、NQO1、HO-1蛋白表达水平;采用细胞计数试剂盒8(CCK-8)检测细胞增生率以评估细胞活力;采用DHE试剂盒检测活性氧簇(ROS)水平。结果:正常对照组、代谢记忆组、miR-27b-3p对照组和miR-27b-3p抑制剂组miR-27b-3p mRNA相对表达量分别为1.000±0.000、1.881±0.034、1.683±0.088和0.111±0.008,总体比较差异有统计学意义( F=850.815, P<0.001),其中,正常对照组miR-27b-3p mRNA相对表达量低于代谢记忆组,miR-27b-3p抑制剂组miR-27b-3p mRNA相对表达量低于正常对照组,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。代谢记忆组Nrf2 mRNA及总蛋白、核蛋白相对表达量较正常对照组降低,miR-27b-3p抑制剂组较miR-27b-3p对照组明显升高,差异均有统计学意义(均 P<0.01);代谢记忆组NQO1、HO-1 mRNA相对表达量较正常对照组降低,miR-27b-3p抑制剂组较miR-27b-3p对照组明显升高,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。代谢记忆组Nrf2、NQO1、HO-1荧光强度均低于正常对照组,miR-27b-3p抑制剂组Nrf2、NQO1、HO-1荧光强度均高于miR-27b-3p对照组,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。与代谢记忆组相比,利拉鲁肽组miR-27b-3p mRNA相对表达量下降,差异有统计学意义( P<0.05)。利拉鲁肽组Nrf2、NQO1、HO-1 mRNA、Nrf2总蛋白及核蛋白相对表达水平均较代谢记忆组升高,差异均有统计学意义(均 P<0.05),利拉鲁肽组荧光强度较代谢记忆组增强,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。与正常对照组及利拉鲁肽组相比,代谢记忆组细胞增生活力均下降,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。代谢记忆组ROS相对含量较正常对照组及利拉鲁肽组升高,差异均有统计学意义(均 P<0.01)。 结论:利拉鲁肽通过下调miR-27b-3p逆转代谢记忆对Nrf2、NQO1和HO-1的抑制作用。
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编辑人员丨6天前
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全基因组测序筛选非小细胞肺癌敏感甲基化位点的肺癌预警体系的构建
编辑人员丨6天前
目的:探讨全基因组测序筛选非小细胞肺癌(NSCLC)敏感甲基化位点的肺癌早期预警体系的构建。方法:本研究选择2014年3月至2016年11月在江南大学附属医院肿瘤科接受NSCLC手术切除的患者。实验分为两组:正常组织、非小细胞肺癌组织,通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测NSCLC细胞中切除修复交叉互补基因1(ERCC1)、β-微管蛋白Ⅲ(TUBB3)和核糖核苷还原酶调节因子1(RRM1) mRNA的表达;通过全基因组测序检测NSCLC细胞甲基化在基因上分布,使用测序数据进行胞嘧啶(C)-磷酸(p)-鸟嘌呤(G)甲基化图谱分析(CpG甲基化分析),组蛋白修饰数据分析组蛋白修饰和DNA甲基化之间的关系,通过蛋白质免疫检测正常组织和非小细胞肺癌组织中组蛋白甲基化蛋和甲基化相关酶的表达。 t检验(或Wilcoxon秩和检验)和 χ2检验(或Fisher精确检验)分别用于分析连续和分类变量。Pearson(或Spearman)的秩相关系数用于分析两个连续变量之间的相关性。使用R软件(版本3.1.1)进行统计分析。 结果:与对照细胞比较,NSCLC细胞中ERCC1[(0.78±0.14)比(0.12±0.04), χ2=6.370, P<0.05]、TUBB3[(0.48±0.11)比(0.08±0.02), χ2=1.240, P<0.05]和RRM1 mRNA[(0.52±0.07)比(0.05±0.01), χ2=5.360, P<0.05]的表达下调表达;NSCLC组甲基化水平在转录起始位点升高,在基因间区降低( χ2=3.140, P<0.05);NSCLC组发现9个CpG的甲基化敏感位点(RUNX3、MIR196A1、HOXA11、OTP、GATA4、PTPRU、SLC15A3、ZIC1和TFAP2B);NSCLC组与对照组比较,组蛋白乙酰化(H3K9ac[(43.57±8.84)比(10.64±4.35), χ2=8.730, P<0.05]和H3K27ac[ (40.52±8.64)比(9.67±3.58), χ2=5.470, P<0.05])和组蛋白甲基化(H2az[(42.56±9.74)比(12.47±6.05), χ2=7.420, P<0.05],H3K4me1[(37.47±6.42)比(15.46±7.34), χ2=5.380, P<0.05],H3K4me2[(50.37±10.24)比(9.47±6.54), χ2=9.270, P<0.05],H3K4me3[(52.37±6.49)比(10.58±5.88), χ2=1.690, P<0.05]和H3K79me2[(34.55±6.42)比(11.23±6.94), χ2=3.450, P<0.05])降低;NSCLC组DNMT1(1.88±0.24)比(0.12±0.01), χ2=5.430, P<0.05]、DNMT3a(1.75±0.36)比(0.49±0.11), χ2=7.890, P<0.05]、DNMT3b(0.88±0.14)比(0.13±0.05), χ2=1.360, P<0.05]、H3K4me3(2.53±0.35)比(0.35±0.08), χ2=5.440, P<0.05]和H3K9me2(0.55±0.07)比(0.05±0.01), χ2=3.270, P<0.05]下调表达( P<0.05)。 结论:组蛋白修饰和DNA甲基化密切相关,组蛋白甲基化和甲基化相关酶的表达也受到影响,甲基化敏感位点可以作为早期检测NSCLC的生物标志物。
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