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单细胞TCR测序在肿瘤免疫治疗中的应用
编辑人员丨1周前
T细胞受体(TCR)序列可作为分辨T细胞特异性的唯一标签,因其多样性的特征,在特定时间内个体循环系统中所有TCR构成的TCR组库可以反映个体的抗肿瘤免疫状态.单细胞TCR测序技术能够在单细胞水平上检测编码TCR双链的基因序列和表达量等信息,包括获得TCR的α链和β链的配对信息,从而在细胞水平上更为准确地探索TCR组库的异质性,还可结合其他技术将TCR序列与基因组、转录组、蛋白质组等多组学信息成套配对,精准展现细胞水平上的多角度信息.因该技术具有高通量、高分辨率的优势而被广泛应用于肿瘤免疫治疗相关研究,为探索TME中T细胞功能、发展T细胞受体工程化T细胞(TCR-T)疗法、预测免疫检查点抑制剂(ICI)疗效等提供重要依据,成为重要的筛选工具,期待该技术的发展使更多肿瘤患者受益.
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编辑人员丨1周前
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不同病因型急性前循环大血管闭塞性缺血性卒中患者机械取栓术后定量数字减影血管造影参数的预后预测价值
编辑人员丨1周前
目的:探究定量数字减影血管造影(DSA)参数在接受机械取栓治疗的急性前循环缺血性脑卒中患者中的预后预测价值,并分析对于不同病因型卒中患者其临床价值是否存在差异。方法:对前瞻性多中心Captor试验进行事后分析,纳入于2018年4月至2019年7月成功再通的急性前循环大血管闭塞患者。对其再通后DSA造影序列进行后处理分析,于靶血管选定4个感兴趣区:感兴趣区1(颈内动脉C2段近端)、感兴趣区2(颈内动脉C7段起点)、感兴趣区3(大脑中动脉M1段末端)和感兴趣区4(大脑中动脉 M2段末端)。达峰时间定义为感兴趣区内对比剂浓度达到峰值所对应的时间,相对达峰时间(rTTP)定义为所选感兴趣区与感兴趣区1的达峰时间差值。成功再通定义为术后改良脑梗死溶栓(mTICI)分级≥2b级,良好功能预后定义为术后3个月改良Rankin量表评分0~2分。根据改良Rankin量表评分将患者分为预后良好组和预后不良组,比较两组患者的临床特征、术后血流动力学参数等数据之间的差异。利用单因素、多因素Logistic回归分析良好预后的相关因素,并探究不同急性卒中Org10172治疗试验病因分型中血流动力学参数的预后预测价值。结果:共收集245例患者,161例最终纳入分析[年龄69(60,76)岁,男性92例(57.1%)],其中大动脉粥样硬化(LAA)型卒中36例,心源性栓塞(CE)型76例,其他病因卒中49例。71例(44.1%)患者神经功能预后良好。术后血流动力学分析发现,预后良好患者(71例)比预后不良患者(90例)具有更高的术后mTICI 3级者比例[54/71(76.1%)比41/90(45.6%),χ 2=15.26, P<0.001]和更低的rTTP 31[即达峰时间 感兴趣区3-达峰时间 感兴趣区1;0.33(0.23,0.54)s比0.47(0.31,0.65)s, Z=-2.71, P=0.007]。根据mTICI分级和rTTP 31分别建立多因素回归模型,结果显示mTICI 3级(校正 OR=5.97,95% CI 2.49~14.27, P<0.001)与rTTP 31(校正 OR=0.24,95% CI 0.06~0.99, P=0.048)都和患者良好的功能预后显著相关,受试者工作特征曲线下面积差异无统计学意义( P=0.170)。亚组分析显示,rTTP 31与LAA型卒中患者预后显著相关( OR=0,95% CI 0~0.25, P=0.014),而mTICI分级与CE型( OR=3.91,95% CI 1.40~10.91, P=0.009)和其他原因卒中患者( OR=7.35,95% CI 1.92~28.14, P=0.004)预后相关。 结论:在机械取栓成功再通的急性前循环缺血性卒中患者中,术后mTICI分级和rTTP 31对患者术后3个月良好神经功能预后都具有显著的预测价值。在不同病因的卒中患者中,rTTP 31与LAA型卒中患者预后显著相关,而mTICI分级与CE型和其他原因型卒中患者预后显著相关。
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编辑人员丨1周前
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发热伴出疹症候群监测预警研究进展
编辑人员丨1周前
目的:对发热伴出疹症候群(RFS)监测预警研究进行系统综述,为我国RFS监测与防控提供参考。方法:以“发热”“出疹”“监测”以及 “fever” “rash” “surveillance”为中英文检索词并补充其自由词,系统检索中国知网、万方数据知识服务平台、PubMed、Web of Science数据库,语种限定为中文及英文,对纳入文献信息进行摘录整理及汇总描述。结果:共纳入36篇文献,中英文分别为21篇和15篇。RFS病原学监测共19篇,病原体主要包括麻疹病毒、水痘-带状疱疹病毒、风疹病毒、肠道病毒、人类B19病毒、登革病毒、A组链球菌、伤寒/副伤寒沙门菌、人疱疹病毒、腮腺炎病毒和腺病毒;重大活动/突发自然灾害监测8篇,监测时段集中在2010-2015年,包括运动会、世界博览会、地震、热带风暴和宗教集会等;异常病例/聚集性疫情监测预警8篇,以国外研究为主,监测症候群范围广,监测场所为医疗机构,主要依靠《国际疾病分类》第九版(ICD-9)编码或患者主诉中诊断及症状进行自动判别预警;仅1篇针对预测研究,为蒙古国开展的基于传染病监测数据预测研究。36篇文献的分析方法包括描述性分析法、基于时间的预警模型(如回归分析法、固定阈值法、休哈特控制图法及累积和控制图法)和时间序列分析方法。结论:未来RFS监测体系方向应聚焦已知病原和可能的未知病原监测预警相结合的模式,可进一步完善预警系统设计,实现无感化病例监测与早期预警,应用当下的信息抓取技术和智能建模方法,提高RFS监测预警的敏感度和特异性。
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编辑人员丨1周前
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颈动脉体瘤线粒体琥珀酸脱氢酶基因突变与临床病理特征的关系及其对患者预后的预测价值
编辑人员丨1周前
目的:分析颈动脉体瘤(CBT)线粒体琥珀酸脱氢酶(SDH)亚单位(A、B、C、D)基因突变与临床病理特征的相关性,并探讨其对患者预后的预测价值。方法:选取2013年8月至2016年7月郑州大学第一附属医院散发性CBT患者95例,其中男43例,女52例,年龄范围为39~70岁,均为单侧肿瘤(左侧55例/右侧40例),肿瘤直径1.5~10.0 cm,Glenner分型为化学感受器瘤47例,嗜铬细胞瘤44例,混合型4例,设为CBT组;另取健康受试者95例,其中男41例,女54例,年龄范围为10~69岁,设为健康组。采用聚合酶链反应(PCR)法扩增SDH各亚单位基因外显子并测定DNA序列,分析基因突变情况,比较CBT组与健康组SDH各亚单位基因突变率,并分析突变率有差异的亚单位基因与患者临床病理特征的关系及对预后生存的影响,探讨对预后的预测价值。理论频数<1的组间计数资料比较采用Fisher精确检验,1~5则采用校正检验,>5则采用检验,等级计数资料采用秩和检验;应用 Logistic回归分析法分析计算比值比( OR)及95%可信区间( CI)。 结果:CBT组SDHB、SDHD突变率分别为26.32%、8.84%。CBT组与健康组SDHA、SDHC、SDHD突变率比较,差异均无统计学意义( χ2=2.021、2.212, P>0.05);CBT组SDHB突变率高于健康组( χ2=18.472, P<0.05),差异有统计学意义。SDHB突变组与未突变组性别、年龄、体重指数(BMI)、病变部位、肿瘤大小、Shamblin分型、浸润包膜患者、术中保留颈动脉患者构成比比较,差异均无统计学意义( χ2/ Z=1.175、0.064、1.375、0.484、1.579、0.578、0.685、1.821, P>0.05);SDHB突变组包膜不完整、浸润临近软组织、有淋巴结转移构成比高于SDHB未突变组( χ2/ Z=4.859、5.566、9.365, P<0.05); Logistic回归分析显示,年龄>60岁、包膜不完整、浸润临近软组织、有淋巴结转移及SDHB突变均是导致CBT患者预后不良的危险因素[比值比( OR)=2.264、3.596、3.117、3.320、2.440, P<0.05],差异有统计学意义。95例患者中位随访时间为42个月,SDHB未突变组与突变组患者3年无病生存率分别为95.71%、64.00%;生存曲线分析,SDHB未突变组患者3年无病生存情况优于SDHB突变组患者( χ2/ Z=4.859、5.566、9.365, P<0.05),差异有统计学意义。 结论:CBT患者易携带SDHB、SDHD突变基因,且SDHB突变基因与CBT分化程度、有无远端转移及预后关系密切。
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编辑人员丨1周前
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两个 FGB基因c.1115 T>A杂合变异导致的遗传性异常纤维蛋白原血症家系的表型及遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:对2个遗传性异常纤维蛋白原血症家系进行临床表型和基因型分析,初步探讨其发病机制。方法:采集先证者及其家系成员的外周血并进行常规出凝血、血浆纤维蛋白原活性(fibrinogen activity,Fg∶A)和纤维蛋白原抗原(fibrinogen antigen,Fg∶Ag)检测。用PCR方法扩增纤维蛋白原 FGA、 FGB和 FGG基因的所有外显子及其侧翼序列,扩增产物纯化后直接测序分析,寻找基因变异位点;用4个生物信息学预测软件对变异进行功能预测;采用PyMol软件对变异蛋白进行结构分析;用Clustal X软件分析变异氨基酸的保守性。 结果:2例先证者凝血酶时间(thrombin time, TT)延长且不能被硫酸鱼精蛋白校正,Fg∶A明显降低,分别为(1.25 g/L和1.17 g/L),但Fg∶Ag含量正常,分别为(3.50 g/L和3.81 g/L)。基因分析显示2例先证者均为 FGB第7外显子c.1115 T>A(p.Val372Glu)杂合错义变异,变异均来源于父亲。4个生物信息学软件预测结果均表示此变异为有害变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异标准与指南,c.1115 T>A变异判定为可能致病性变异(PM2+PP1+PP2+PP3+PP4)。Clustal X软件保守性分析结果表明Val372在同源物种间高度保守;PyMol显示p.Val372Glu变异使Fg蛋白二级结构和三维结构改变,导致活性降低。 结论:2例先证者是 FGB c.1115 T>A所致的遗传性异常纤维蛋白原血症,该位点为尚未见报道的新变异。
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编辑人员丨1周前
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我国2009-2018年病毒性肝炎的发病趋势分析和预测研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨我国5种病毒性肝炎(肝炎)的时间序列特征,并通过有效的模型预测其发病率。方法:按照甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、戊型肝炎和未分型肝炎5种不同类型肝炎分类方式收集2009-2018年的月度发病数据,进行描述性和时间序列研究,采用趋势分解法以季节指数形式表示时间序列中的季节性,以线性回归模型表示其长期趋势,为每种肝炎建立差分自回归移动平均(ARIMA)模型。结果:2009-2018年报告肝炎14 856 990例,5种肝炎季节指数的极差均<1,戊型肝炎的季节性特征较为显著,其发病呈单峰型,其余4种肝炎的季节性特征一般。甲型肝炎、戊型肝炎和未分型肝炎的发病基本趋于平稳,在一个较低的水平上呈缓慢下降趋势,乙型肝炎发病数在5种肝炎中占比最高(79.59%,11 824 262/14 856 990),但其下降趋势也为各型肝炎中最快(-0.01/10万)。丙型肝炎发病呈不断上升的趋势,上升速率一直保持稳定(0.005/10万)。ARIMA模型拟合的2009年1月至2018年12月的预测值与实际值较一致,平均绝对误差百分比范围为3.756 8~8.068 3。结论:对于法定报告传染病监测数据的时间序列分析有助于更好地了解我国肝炎的发病特征,ARIMA模型可用于我国肝炎的短期预测,具有较好的应用价值。
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编辑人员丨1周前
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时间序列模型在肿瘤患者医院感染发病率预测中的应用
编辑人员丨1周前
目的:探讨时间序列模型在上海市肿瘤患者医院感染发病率预测中的应用,为医院感染的早期预警和防控提供参考。方法:基于2013年至2018年上海市某三级甲等肿瘤专科医院住院患者的医院感染发病率数据,应用SPSS 22.0统计软件构建自回归求和移动平均(autoregressive integrated moving average,ARIMA)模型和指数平滑模型,通过比较两种模型的拟合精度,确定最优拟合模型。以2019年1月至6月的医院感染发病率数据作为验证数据集,评价模型的预测效果。结果:2013年至2018年共监测379 477例住院患者,其中3 170例发生医院感染,总感染率为0.84%。霍尔特-温特相加法模型为拟合最优模型( R2=0.82)。应用霍尔特-温特相加法模型预测2019年1月至6月的医院感染发病率,预测值和实际值动态趋势较一致,平均相对误差为15.22%。 结论:霍尔特-温特相加法模型能较好地拟合和预测肿瘤患者医院感染的发生趋势,可为肿瘤专科医院感染的监测预警提供依据。
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编辑人员丨1周前
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Neoseq模式在新生儿脂肪酸氧化代谢类疾病筛查中的应用
编辑人员丨1周前
目的:探讨Neoseq模式在新生儿脂肪酸氧化代谢类疾病(fatty acid oxidation disorders,FAOD)筛查与诊断中的应用价值。方法:采用回顾性病例对照研究方法,以常州地区2015年4月至2021年4月出生的163 500例活产新生儿作为研究对象,分别采用2种模式进行FAOD筛查与诊断。(1)传统模式:所有新生儿足跟采血进行串联质谱(tandem mass spectrum,TMS)筛查,初筛阳性者召回复查,并进行二代测序(next generation sequencing,NGS)基因包检测及其他鉴别诊断。(2)Neoseq模式:对传统模式确诊病例(真阳性组)、TMS初筛结果阴性样本(初筛阴性组)以及TMS初筛假阳性样本(初筛假阳性组)进行Neoseq检测分析。比较分析2种模式对FAOD的检出率、额外发现、报告周期等参数。对数据采用描述性统计方法进行分析。结果:(1)FAOD的筛查和诊断情况:基于传统模式筛查诊断18例FAOD确诊病例,本地区FAOD发病率为1/9 083。TMS初筛阳性率为0.55%(907/163 500),复查阳性率为0.04%(73/163 500),阳性预测值为2.0%(18/907),阳性召回样本中98%(889/907)为假阳性。(2)Neoseq筛查效果:①18例确诊病例中的16例检测到致病基因突变,2种筛查模式的突变位点符合率为16/18。2例确诊病例Neoseq未检出,包括1例β-酮硫解酶缺乏检出1个致病性突变位点,1例中链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症未检出致病性突变。②在57例TMS初筛假阳性样本中,Neoseq均未发现致病基因突变。③100例TMS初筛阴性样本中,Neoseq额外检出1例 DUOX2杂合突变,1例 MTTL1半合子突变。④18例样本采用传统模式的中位报告周期为43.5 d(28.0~104.0 d),而采用Neoseq模式则为12.0 d(10.0~15.0 d)。 结论:Neoseq对于FAOD的检出率较高。Neoseq同步TMS筛查,可降低FAOD生化筛查的假阳性率;可在较短时间明确遗传学病因,缩短疾病诊断周期;同时可拓展生化筛查以外的病种。
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编辑人员丨1周前
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Lesch-Nyhan综合征的诊治分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨Lesch-Nyhan综合征的病因、临床诊断和治疗策略。方法:回顾性分析2019年8月郑州市第一人民医院收治的2例严重运动障碍、智力障碍和复杂性泌尿系结石患者的病例资料。例1,男,9岁,因泌尿系多发结石入院。入院前1年因双肾多发结石、膀胱结石于外院行经尿道膀胱结石钬激光碎石取石术。术后结石成分分析结果为无水尿酸结石。术后1周复查膀胱充盈良好,未见残留结石。本次入院前1周复查彩色多普勒超声示双肾多发结石并膀胱结石。既往发育落后,智力低下。足月剖宫产,无出生缺氧、窒息及抢救史。查体:清醒状态,任何刺激均无语言反应;右侧鼻唇沟浅,口角左斜;竖头、独坐、站立等大运动丧失;躯干呈扭转性痉挛状态,四肢肌力2~3级,四肢呈痉挛性肌张力增高状态,四肢关节僵硬,双手呈握拳状,无不自主运动和肌束震颤;肱二头肌反射、膝腱反射未引出,病理反射阳性。血尿酸517μmol/L。例2,男,6岁,为例1胞弟。家属代诉例2患儿间断发热2年余,每次发热持续时间和体温表述不清,未予特殊治疗。体征和查体与例1类似。影像学检查提示双肾结石。血尿酸373μmol/L。为明确诊断,联合河南省人民医院遗传研究所会诊并行基因检测。采用全外显子测序技术对例2和其父母进行全外显子检测,采用Sanger测序技术对例2和其父母进行突变位点检测验证。查找NCBI-Homologene数据库中人HPRT1基因的同源序列,并与其他物种进行对比,分析蛋白的保守性。利用在线网站PredictProtein(http://www.predactprotein)对HPRT1基因的二维结构进行预测。结果:基因测序结果显示,例2的HPRT1基因存在1个新发突变(c.571T>G [p.Tyr191Asp]),该突变遗传自患儿母亲。结合患儿临床表现和基因检测结果诊断为Lesch-Nyhan综合征。基因分析结果显示,191位置氨基酸Tyr和其前后氨基酸均具有高度的保守性,191位置氨基酸参与蛋白的β折叠。对例2进行最低剂量的别嘌呤醇和儿童常规剂量的枸橼酸氢钾钠颗粒治疗,并予低嘌呤饮食。治疗3个月后复查血尿酸降至255μmol/L,泌尿系结石较前未见明显增多。结论:结合患儿临床表现和HPRT1基因检测结果可诊断Lesch-Nyhan综合征。对于此类患者,最低剂量的别嘌呤醇和儿童常规剂量的枸橼酸氢钾钠颗粒治疗,结合饮食治疗的效果较好。
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编辑人员丨1周前
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复合杂合变异所致遗传性凝血因子Ⅶ缺陷症三个家系的遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:分析3个复合杂合变异所致的遗传性凝血因子Ⅶ(FⅦ)缺陷症家系的基因变异类型及其临床特征。方法:选取2021年12月至2022年10月就诊于温州医科大学附属第一医院的3个家系为研究对象。检测3例先证者及其家系成员的凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)和FⅦ活性(FⅦ:C)。用PCR法扩增先证者 F7基因所有的外显子及其侧翼序列,通过直接测序进行变异分析,并用反向测序进行验证,同时分析家系成员相应的变异位点。用ClustalX-2.1-win软件分析变异位点的保守性;用Varcards和Spcards在线软件预测变异位点的致病性;用Pymol软件分析变异前后蛋白质空间结构及分子作用力的变化。 结果:3例先证者的PT均明显延长,APTT在正常范围,FⅦ:C显著下降。基因分析共发现4种 F7基因变异,3例先证者均携带复合杂合变异。先证者1携带p.Cys389Gly和p.His408Gln复合杂合变异;先证者2携带p.Cys389Gly和IVS6+1G>T复合杂合变异;先证者3携带IVS6+1G>T和IVS1a+5G>A复合杂合变异。保守性分析显示p.Cys389和p.His408位点在同源物种间均呈高度保守;Varcards和Spcards软件分析显示上述变异位点均为致病性;蛋白模型分析显示p.Cys389Gly和p.His408Gln变异会分别导致蛋白质空间结构改变和氢键发生变化。 结论:3个FⅦ缺陷症先证者的FⅦ水平降低可能分别与p.Cys389Gly和p.His408Gln复合杂合变异、p.Cys389Gly和IVS6+1G>T复合杂合变异及IVS6+1G>T和IVS1a+5G>A复合杂合变异有关,这3种复合杂合变异的组合既往均未见报道。
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编辑人员丨1周前
