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脓毒血症患者急性肺损伤的差异基因表达分析
编辑人员丨4天前
目的:借助生物信息学分析脓毒血症患者急性肺损伤(ALI)的差异基因,为临床的进一步研究提供理论支持。方法:首先下载基因芯片数据集GSE10474,并使用limma包对数据进行了标准化处理,接着利用贝叶斯算法筛选脓毒血症和ALI的差异靶点基因并对其结果进行可视化处理,之后利用R的ClusterProfile包对所筛选出的差异基因进行功能注释(GO)和通路分析(KEGG),最后借助string数据库和cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络分析并构建及识别网络中的核心驱动基因。结果:脓毒血症合并ALI组( n=13)和单纯脓毒血症组( n=21)数据经标准化处理前,其基线较为紊乱,而在进行标准化处理后,基线基本趋于一致。初步筛选出73个差异基因(45个上调基因和28个下调基因)。前10个差异基因中,上调基因为BTNL8、CDKN1A、TREM1、TAK1、H4FH,下调基因为CYBRD1、HOPX、UPB1、NME8、FAR2;且前10个差异基因在脓毒血症患者和脓毒血症合并ALI患者中的表达差异有统计学意义。GO富集分析可见这些差异基因主要富集在反式高尔基网络膜、细胞膜腔侧以及IRE1介导的未折叠蛋白反应中。KEGG分析其通路信号有3条,即ZAP-70酪氨酸激酶、CD3和TCR Zeta链的磷酸化以及PD-1信号通路。string数据库和cytoscape软件分析发现FCGR2B、HLA-DQB1、HLA-DRA、CD74、CD86、CD4、SEC31A与其他基因存在较强的互作关系。 结论:应用生物信息学可有效分析脓毒血症患者合并ALI的差异基因,为研究脓毒血症的发病机制提供一定方向。
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编辑人员丨4天前
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内质网应激与髓细胞白血病耐药关系的新进展
编辑人员丨4天前
内质网是蛋白质合成、折叠和修饰,脂质合成和钙储存的关键细胞器。不同的细胞应激,导致未折叠和错误折叠的蛋白质在内质网中累积,从而发生内质网应激(ERS)反应。在髓细胞白血病(ML)中,ERS常以激活未折叠蛋白反应(UPR)和自噬的方式,缓解ERS反应,帮助ML细胞逃避长时间ERS诱导的细胞死亡作用。因此,UPR和自噬可能是ERS调控ML发生耐药的重要机制。笔者通过ERS概述、ERS与ML耐药、ERS介导的自噬与ML耐药等方面的研究进展,就ERS与ML耐药的关系进行阐述。
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编辑人员丨4天前
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基于基因表达综合数据库筛选调控急性T淋巴细胞白血病超高剂量率放疗敏感性的枢纽基因
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学方法对基因表达综合(GEO)数据库中超高剂量率(FLASH)放疗的数据进行分析,寻找参与调控急性T淋巴细胞白血病FLASH放疗敏感性的枢纽(Hub)基因。方法:从GEO数据库中下载和提取接受FLASH放疗恶性肿瘤基因表达谱芯片数据,采用R软件进行差异基因的筛选,并对这些基因进行生物学功能、信号传导通路等分析。通过STRING在线软件分析差异基因的蛋白质相互作用(PPI) 网络,Cytoscape插件筛选Hub基因。最后,应用肿瘤基因组图谱(TCGA)和GTEx数据库验证Hub基因在急性T淋巴细胞白血病中的表达情况。结果:自GEO数据库中获得GSE100718芯片数据,共有12 800个基因与急性T淋巴细胞白血病放疗敏感性相关。选择表达量显著改变的61个基因进行进一步分析,这些基因参与代谢、应激反应、免疫应答等生物学过程。主要涉及氧化磷酸化、未折叠蛋白应答、脂质代谢等信号转导通路。通过PPI分析筛选出的Hub基因及后续验证表明HSPA5及SCD参与调控FLASH放疗敏感性,且在合并TRD/LMO2融合基因的急性T淋巴细胞白血病中显著高表达。结论:通过生物信息学分析可以有效筛选出调控FLASH放疗敏感性的Hub基因,基因表达谱可用于指导肿瘤患者分层以实现精准放疗。
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编辑人员丨4天前
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Lesch-Nyhan综合征的诊治分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨Lesch-Nyhan综合征的病因、临床诊断和治疗策略。方法:回顾性分析2019年8月郑州市第一人民医院收治的2例严重运动障碍、智力障碍和复杂性泌尿系结石患者的病例资料。例1,男,9岁,因泌尿系多发结石入院。入院前1年因双肾多发结石、膀胱结石于外院行经尿道膀胱结石钬激光碎石取石术。术后结石成分分析结果为无水尿酸结石。术后1周复查膀胱充盈良好,未见残留结石。本次入院前1周复查彩色多普勒超声示双肾多发结石并膀胱结石。既往发育落后,智力低下。足月剖宫产,无出生缺氧、窒息及抢救史。查体:清醒状态,任何刺激均无语言反应;右侧鼻唇沟浅,口角左斜;竖头、独坐、站立等大运动丧失;躯干呈扭转性痉挛状态,四肢肌力2~3级,四肢呈痉挛性肌张力增高状态,四肢关节僵硬,双手呈握拳状,无不自主运动和肌束震颤;肱二头肌反射、膝腱反射未引出,病理反射阳性。血尿酸517μmol/L。例2,男,6岁,为例1胞弟。家属代诉例2患儿间断发热2年余,每次发热持续时间和体温表述不清,未予特殊治疗。体征和查体与例1类似。影像学检查提示双肾结石。血尿酸373μmol/L。为明确诊断,联合河南省人民医院遗传研究所会诊并行基因检测。采用全外显子测序技术对例2和其父母进行全外显子检测,采用Sanger测序技术对例2和其父母进行突变位点检测验证。查找NCBI-Homologene数据库中人HPRT1基因的同源序列,并与其他物种进行对比,分析蛋白的保守性。利用在线网站PredictProtein(http://www.predactprotein)对HPRT1基因的二维结构进行预测。结果:基因测序结果显示,例2的HPRT1基因存在1个新发突变(c.571T>G [p.Tyr191Asp]),该突变遗传自患儿母亲。结合患儿临床表现和基因检测结果诊断为Lesch-Nyhan综合征。基因分析结果显示,191位置氨基酸Tyr和其前后氨基酸均具有高度的保守性,191位置氨基酸参与蛋白的β折叠。对例2进行最低剂量的别嘌呤醇和儿童常规剂量的枸橼酸氢钾钠颗粒治疗,并予低嘌呤饮食。治疗3个月后复查血尿酸降至255μmol/L,泌尿系结石较前未见明显增多。结论:结合患儿临床表现和HPRT1基因检测结果可诊断Lesch-Nyhan综合征。对于此类患者,最低剂量的别嘌呤醇和儿童常规剂量的枸橼酸氢钾钠颗粒治疗,结合饮食治疗的效果较好。
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编辑人员丨4天前
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Marinesco-Sjögren综合征研究进展
编辑人员丨4天前
Marinesco-Sj?gren综合征(MSS)又称遗传性共济失调-侏儒-智力缺陷综合征,是一种罕见的常染色体隐性遗传性共济失调综合征。本文现围绕MSS的临床特征、致病基因突变位点、发病机制及临床诊疗等方面的近期研究进展进行综述,以期提高临床医生对该病的认识及诊治水平,减少对该病的漏诊误诊。
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编辑人员丨4天前
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内质网应激与多发性骨髓瘤细胞耐药的机制研究
编辑人员丨4天前
多发性骨髓瘤是来源于浆细胞的恶性肿瘤,为血液系统第二大常见的恶性肿瘤。以硼替佐米(bortezomib,BTZ)为代表的蛋白酶体抑制剂(proteasome inhibitor,PI)是一类重要的多发性骨髓瘤治疗药物,其总体有效率高达80%~90%。但是,大多数骨髓瘤患者最终会出现耐药,导致疾病复发。因此,增加骨髓瘤细胞对PI的敏感性是一个亟待解决的临床问题。近年来的研究发现,骨髓瘤恶性增殖的过程中,细胞内累积大量异常免疫球蛋白,使内质网(endoplasmic reticulum stress,ER)应激增强,继而激发未折叠蛋白反应(nfolded protein response,UPR)。硼替佐米可阻止蛋白质的降解,增加细胞内的蛋白质负荷,加重ER应激,引发细胞凋亡。文章就ER应激在多发性骨髓瘤中的作用及其与骨髓瘤耐药的关系作一综述,进而为临床治疗多发性骨髓瘤提供新的思路。
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编辑人员丨4天前
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纤维囊性肝病发生与发展的分子机制研究进展
编辑人员丨4天前
纤维囊性肝病(FLD)是一类与常染色体基因变异相关的疾病,早期症状不明显,易被忽视。随着病情进展,FLD逐渐表现为进行性胆管上皮过度增殖、胆管微错构瘤和多个扩张肝囊肿形成。现有药物治疗效果有限且无法阻止疾病进展,肝移植被认为是唯一有效手段。FLD是胆管癌的危险因素,但FLD向胆管癌转变的发病机制目前仍不明确。因此,研究FLD的发病机制及其向胆管癌转变的分子机制,对于阻止FLD的发生、进展,寻找更有效的治疗方案,以及降低罹患胆管癌的风险均具有重要意义。
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编辑人员丨4天前
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内质网应激:急性缺血性卒中的潜在治疗靶点
编辑人员丨4天前
内质网是蛋白质合成、折叠和翻译后修饰以及Ca 2+动态平衡的场所。急性缺血性卒中造成的缺血缺氧等因素会诱导内质网应激(endoplasmic reticulum stress, ERS)的发生。轻度ERS可恢复细胞内环境的稳定以及增强细胞的生存能力,但严重且持续的ERS则会诱导细胞凋亡或引起坏死性损伤。文章主要介绍促进细胞内源性生存的可能途径以及ERS诱导细胞死亡的可能机制,探讨急性缺血性卒中的潜在治疗靶点。
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编辑人员丨4天前
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内质网应激在巩膜重塑中的研究现状及进展
编辑人员丨4天前
近视的发生发展与巩膜重塑密切相关。因此,为了有效防治近视,阐明巩膜重塑的发生机制至关重要。近年来,我国学者发现内质网应激可以通过未折叠蛋白反应中的肌醇需求蛋白-1/X盒结合蛋白-1通路调节凋亡蛋白的表达,从而参与调节缺氧状态下巩膜成纤维细胞的状态调节巩膜重塑的发生发展。与此同时,部分研究发现,通过药物及遗传学方法同时敲除内质网应激中的蛋白激酶RNA样内质网激酶和转录激活因子6,可以有效抑制眼轴的增长。这证明了内质网应激在巩膜重塑的发生发展过程中起到了重要作用。但对于内质网应激与巩膜重塑的综合分析国内外尚无报道。深入分析内质网与巩膜重塑的关联,对后续巩膜重塑机制的分析研究具有重要意义。
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编辑人员丨4天前
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慢性牙周炎相关差异表达基因谱筛选及其与病情严重程度的相关性
编辑人员丨4天前
目的:研究慢性牙周炎(CP)的差异表达基因,探讨其与牙周炎程度的相关性。方法:在高通量基因表达(GEO)数据库中筛选与CP相关的基因表达谱数据并用GEO2R在线软件进行分析,绘制火山图。对筛选出的CP相关差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(KEEG)、基因本体论(GO)分析,预测其可能功能及信号通路。采用蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)分析筛选出的CP相关差异表达基因的编码蛋白之间的相互作用关系。并用Cytohubba软件鉴定信号通路关键基因。选取120例CP患者和40名健康对照。采用实时聚合酶链锁反应(q-PCR)法对筛选出的CP相关基因进行验证。结果:共筛选出符合要求的CP差异表达基因1 151个。这些基因在GO通路上主要富集于粒细胞分化的正调控、辅助性T细胞分化、白细胞聚集、急性炎症反应调节、趋化因子介导和内质网未折叠蛋白反应等;在KEGG路上主要富集于NFB通路、趋化因子通路、细胞因子受体相互作用、白细胞跨内皮迁移通路、B细胞受体通路、Toll样受体通路等。使用筛选到的CP相关差异表达基因构建蛋白质间相互作用网络,共包括78个节点和496个链接,平均聚集系数和平均连接度分别为0.69和12.7。Cytohubba分析结果显示,Sell为信号通路的关键基因,其在不同程度的3个CP组中齿龈液的相对表达水平(1.14±0.46、0.86±0.41、0.52±0.46)显著低于对照组(1.50±0.65)( P<0.05)。用齿龈液中Sell表达水平诊断CP的受试者工作特征曲线下面积(AUC)为0.79(95% CI:0.71~0.86)。将Sell作为评价CP严重程度的生物学标志物时,95% CI条件下的AUC值均大于0.65。 结论:CP相关差异表达基因主要富集于牙周炎炎症反应相关的信号通路上。Sell基因在CP患者的齿龈沟液中的表达水平明显减低,并与病情严重程度有关。Sell基因有望成为CP分级的生物标志物。
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编辑人员丨4天前
