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一例胎儿羊水15号染色体两个额外小标记片段重复分析
编辑人员丨5天前
应用传统G显带技术对1例胎儿羊水细胞及其父母外周血进行染色体核型分析,进一步用染色体拷贝数变异(copy number variant,CNV)技术明确胎儿额外小标记染色体(small supernumerary marker chromosome,sSMC)的来源.胎儿羊水染色体G显带核型分析结果为47,XY,+mar;羊水CNV-seq显示dup(15)(q11.2q13.2)区域重复和dup(15)(q13.2q13.3)区域重复,片段大小分别为7.64 Mb和1.58 Mb,为致病性.胎儿父亲未检出染色体非整倍体,母亲3号染色体q13.13处缺失0.28 Mb区域,临床意义未明确.通过CNV技术可以确定sSMC的来源,可作为传统核型分析的补充,为临床产前诊断和遗传咨询提供可靠的依据.
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编辑人员丨5天前
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孕妇外周血游离DNA检测结果的随访及妊娠结局分析
编辑人员丨5天前
目的:通过分析孕妇外周血游离DNA(cf-DNA)检测结果的随访资料及相关的妊娠结局,评估cf-DNA检测在产前筛查中的价值。方法:收集2011年8月至2017年12月于南京医科大学附属妇产医院进行cf-DNA检测的孕妇的临床资料,包括孕妇的一般情况、cf-DNA检测结果及随访结果。并分析cf-DNA检测结果为常见染色体三体(包括21三体、18三体、13三体)高风险和低风险孕妇的妊娠结局,评价cf-DNA检测的价值,包括敏感度、特异度及阳性预测值、阴性预测值。结果:(1)本研究共纳入了43 615例行cf-DNA检测的孕妇,其中44例(0.10%,44/43 615)检测失败;检出结果为常见染色体三体高风险314例(0.72%,314/43 571),低风险43 257例(99.28%,43 257/43 571)。(2)cf-DNA检测结果为常见染色体三体高风险的314例孕妇中,277例(88.21%,277/314)完成随访,其中228例(82.31%,228/277)孕妇接受了侵入性产前诊断为低风险的43 257例孕妇中,36 826例(85.13%,36 826/43 257)完成随访,其中572例(1.55%,572/36 826)妊娠结局不良,包括4例为cf-DNA检测结果假阴性。(3)在完成随访的37 103例孕妇中,21三体、18三体、13三体的敏感度分别为97.96%、96.67%、100.00%,特异度分别为99.96%、99.95%、99.95%,阳性预测值分别为90.57%、63.04%、17.39%,阴性预测值分别为99.99%、99.98%和100.00%。结论:cf-DNA检测在胎儿常见染色体三体的产前筛查中具有极高的敏感度和特异度,但仍有一定数量的cf-DNA检测结果为常见染色体三体高风险的孕妇拒绝行侵入性产前诊断以验证cf-DNA检测结果。常见染色体三体低风险的孕妇,因未行侵入性产前诊断,导致部分孕妇出现不良妊娠结局时,无法获得胎儿的染色体核型信息。
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编辑人员丨5天前
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胎儿圆锥动脉干畸形的遗传学病因及拷贝数变异测序和全外显子组测序在其中的意义:196例分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨胎儿圆锥动脉干畸形(conotruncal defects,CTDs)的遗传学病因及拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)和全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)在其遗传学病因检测中的意义。方法:回顾性纳入2017年6月至2021年12月于首都医科大学附属北京安贞医院行超声心动图检查诊断为CTDs的胎儿196例。对其小家系(胎儿及其父母)先行CNV-seq筛查染色体异常[非整倍体及拷贝数变异(copy number variation,CNV)],未检出染色体异常的病例行WES。总结不同分型CTDs的遗传学异常(非整倍体+CNV+单核苷酸变异)以及CNV-seq和WES的检出异常情况,采用 χ2检验进行统计学分析。 结果:CNV-seq检出54例胎儿染色体异常(27.6%,54/196),包括非整倍体14例(7.1%,14/196),CNV 39例(19.9%,39/196),非整倍体合并CNV 1例。CNV-seq未检出异常的142例接受WES,检出13例致病性或可能致病单核苷酸变异。196例CTDs胎儿遗传学异常检出率为34.2%(67/196)。WES使CTDs胎儿的遗传学异常检出率提高了9.2%(13/142)。不同分型CTDs遗传学异常检出率差异有统计学意义( χ2=20.31, P=0.002);主动脉弓离断(B型)、肺动脉瓣缺如综合征(法洛四联症型)的遗传学异常检出率较高,分别为9/10和8/12,大动脉转位的遗传学异常检出率最低(12.5%,5/40)。 结论:CTDs的遗传学异常以CNV常见,单核苷酸变异在CTDs遗传学异常中也占一定比例。建议CTDs胎儿均进行遗传学检测,条件允许的情况下可以联合应用CNV-seq和WES,有助于提高遗传学病因的检出率,以指导遗传咨询。
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编辑人员丨5天前
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多发性骨性连接综合征1型一个家系的表型及致病变异分析
编辑人员丨5天前
目的:探究1个多发性骨性连接综合征1型(SYNS1)家系的临床表型与致病性变异。方法:选取2019年8月就诊于郑州大学第一附属医院儿科门诊的1个汉族SYNS1家系为研究对象。采集家系相关临床资料,提取各家系成员的外周血基因组DNA,进行全外显子组测序(WES)和全基因组测序(WGS)。结果:该家系共3代14人,其中6人表现为传导性耳聋或混合性耳聋,同时合并近端指间关节粘连、鼻根宽平、鼻翼发育不良、弱视、斜视、短指、足趾分隔不全,与SYNS1的典型症状相符。WES未发现先证者及其父母存在 NOG基因编码区致病性单碱基变异与插入缺失变异(InDel),但是先证者及其母亲 NOG基因及相邻基因区域存在大片段杂合缺失。WGS进一步确定先证者染色体17q22区存在约1.0 Mb杂合片段缺失(chr17:54171786_55143998),该区域包含 NOG基因。参照美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关标准与指南,该拷贝数变异(CNV)判定为致病性变异。 结论:NOG基因及其相邻区域的杂合缺失可能是该SYNS1家系的遗传学病因,丰富了中国人群的 NOG基因变异和临床表型图谱。在常规测序方法未发现致病变异的SYNS1患者中,应对CNV进行分析。
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编辑人员丨5天前
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一例火棉胶样婴儿 TGM1基因变异的致病性研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨1个先天性常染色体隐性遗传性鱼鳞病家系的遗传学病因。方法:对1例火棉胶样婴儿进行全外显子组测序,Sanger测序验证基因变异位点。应用PolyPhen-2、PROVEAN和Mutation Taster软件以及蛋白同源建模方法预测基因变异的性质;实时荧光定量PCR和Western印迹法分析变异对等位基因mRNA与蛋白表达量的影响。结果:全外显子组测序与Sanger验证结果证实患儿 TGM1基因第6外显子存在c.919C>T(p.Arg307Trp)变异,第7外显子存在c.1019G>A(p.Gly340Glu)变异,且两变异等位基因分别遗传自其母亲与父亲。生物信息学预测提示两种变异均对蛋白结构有害,蛋白同源建模结果进一步证实上述结论。体外实验显示转染野生型质粒与转染c.919C>T或c.1019G>A突变型质粒的293T细胞 TGM1基因mRNA表达量差异无统计学意义( t值分别为1.97、1.28, P值分别为0.12、0.27),但转染突变型TGM1质粒的细胞TGase1蛋白含量显著下降。 结论:TGM1基因c.919C>T与c.1019G>A变异可能是该严重鱼鳞病患儿的分子遗传学病因,其编码的错义氨基酸可能通过破坏TGase1蛋白结构,从而影响蛋白功能。
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编辑人员丨5天前
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中国 ATF6基因相关全色盲一家系分子遗传学和临床特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析中国汉族全色盲一家系的临床特征和致病基因变异。方法:采用家系调查研究方法,收集2010年7月至2019年7月于北京协和医院眼科就诊的中国汉族全色盲一家系,纳入该家系2代5名成员,包括2例患者和3名表型正常者。询问病史并进行详细眼科检查,包括视力、色觉、彩色眼底照相、眼底自发荧光(FAF)、光相干断层扫描(OCT)、视野及视网膜电图(ERG)检查。采集2例患者及家系成员外周血并提取DNA。利用全外显子测序(WES)技术筛选致病基因变异,进行Sanger验证及家系共分离分析。通过1000 Genomes、人类基因突变数据库(HGMD)、ExAC、ClinVar以及OMIM等数据库对变异位点进行注释,判断是否为单核苷酸多态性或已报道变异;根据美国医学遗传学和基因组学(ACMG)遗传变异分类标准与指南进行致病性评估。结果:先证者父母近亲结婚,家系遗传特点符合常染色体隐性遗传。2例患者均为男性,均自幼双眼视力低下伴有畏光和色觉障碍。眼底表现为黄斑中心凹处反光不明显。FAF显示黄斑中心凹处弱荧光。OCT显示未见明显黄斑中心凹结构,且相应区域椭圆体带和交接带缺失。视野检查显示中心暗点伴或不伴周边视野缺损。ERG显示暗适应0.01、3.0及10.0反应波形大致正常;振荡电位振幅下降;明适应3.0及30 Hz闪烁光反应未记录到波形。随诊9年,患者的临床表现显示疾病未见明显进展。测序结果显示2例患者均携带纯合 ATF6基因新发致病变异c.947insA(p.Asn316Lysfs*46),先证者母亲携带杂合变异,未患病的胞兄弟未携带变异,符合家系共分离。ACMG遗传变异分类标准与指南评级为致病性变异。 结论:ATF6基因c.947insA(p.Asn316Lysfs*46)为该全色盲家系的致病基因变异位点,该变异位点为首次报道。
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编辑人员丨5天前
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复发性外阴阴道假丝酵母菌病患者反复发作期阴道分离菌株的同源性及耐药性分析
编辑人员丨5天前
目的:检测复发性外阴阴道假丝酵母菌病(RVVC)患者反复发作期假丝酵母菌的核型同源性,了解假丝酵母菌菌株随临床进展对抗真菌药物的敏感性变化情况。方法:2018年9月至2019年6月在首都医科大学附属北京妇产医院初次确诊的RVVC患者10例,收集其确诊RVVC时及在本院治疗后再发时的阴道分泌物,分离纯化并鉴定假丝酵母菌菌株,采用基因组DNA限制性内切酶分析方法(使用限制性内切酶 BssHⅡ)联合脉冲场凝胶电泳方法检测分离自同一患者菌株的核型,同时检测临床分离的菌株对5种抗真菌药物(克霉唑、氟康唑、咪康唑、伊曲康唑及制霉菌素)的敏感性。 结果:(1)10例RVVC患者首诊及复发时分离的20株菌株均为白假丝酵母菌,其染色体DNA经内切酶 BssHⅡ酶切后电泳图谱极其相似,来自同一患者的前后(首诊及复发时)分离菌株的电泳条带完全一致。(2)10例患者经药物治疗后复发时,临床分离的白假丝酵母菌菌株对除制霉菌素外的其他4种抗真菌药物的敏感性普遍下降,制霉菌素(首诊和复发:100%敏感、100%敏感)>克霉唑(首诊和复发:100%敏感、90%敏感)>氟康唑(首诊和复发:80%敏感、70%敏感)>伊曲康唑(首诊和复发:60%敏感、50%敏感)>咪康唑(首诊和复发:30%敏感、20%敏感)。 结论:(1)阴道内同一定植菌株的潜伏可能是RVVC反复发作的原因。(2)抗真菌药物对真菌存在选择性诱导耐药作用,同时真菌对抗真菌药物存在交叉耐药,RVVC患者反复发作时重复进行真菌培养及药物敏感性分析对正确选择敏感的抗真菌药物十分重要。
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编辑人员丨5天前
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COL7A1与PLEC双基因突变致大疱性表皮松解症一例国内首报
编辑人员丨5天前
目的:对1例营养不良型大疱性表皮松解症患儿家系进行基因突变分析。方法:收集1例营养不良型大疱性表皮松解症患儿临床资料,提取患儿及其父母外周血DNA进行全基因组外显子测序,将测序结果与既往报道的大疱性表皮松解症基因进行比对,比对结果采用Sanger测序方法进行验证并预测生物学信息,在100例健康对照中验证该位点。结果:患儿存在复合杂合突变,共携带3个致病突变,即COL7A1基因c.3625_3635 del11、c.6270delT突变和PLEC基因c.12772G>A突变。其中COL7A1基因c.6270delT突变和PLEC基因c.12772G>A突变皆为新发突变。COL7A1基因c.3625_3635 del11及c.6270delT突变来自父亲,导致肽链合成提前终止,产生截短蛋白;PLEC基因c.12772G>A突变来自母亲,导致网蛋白第4258位谷氨酸被赖氨酸替代(p.Glu4258Lys)。结论:该患儿是由COL7A1与PLEC双基因突变所致的常染色体隐性遗传营养不良型大疱性表皮松解症。
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编辑人员丨5天前
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应用全外显子结合全基因组低深度测序诊断2q37缺失综合征一例
编辑人员丨5天前
目的:探讨1例2q37缺失综合征患儿的临床及遗传学特征。方法:采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,进行全外显子组及全基因组低深度测序,并采用染色体核型分析及荧光定量PCR对基因组拷贝数异常区域进行验证。结果:测序结果显示患儿在染色体2q37区存在6 Mb的杂合性缺失,涉及 GBX2、LINC01881等98个基因。对其父母的检测提示,该缺失为新发变异。患儿染色体核型分析未发现异常。荧光定量PCR分析结果与测序结果一致。 结论:通过临床及基因测序分析,患儿被诊断为2q37缺失综合征。全外显子组测序结合全基因组低深度测序技术具有高分辨、高通量、高灵敏度等优点,能够显著提高智力障碍、多发畸形及临床疑似综合征患者的诊断率。
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编辑人员丨5天前
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一例der(X) t(X;Y)(p22.3;q11.2)胎儿的产前诊断及遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:对1例无创性DNA检测提示性染色体异常胎儿进行产前诊断和遗传学分析,探讨其病因及遗传学特征。方法:综合应用染色体G显带核型分析技术、BoBs(BACs-on-Beads)技术及单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)检测胎儿的染色体结构异常,并对其父母的外周血染色体核型进行分析。结果:G显带核型分析显示,胎儿及其母亲染色体核型为46, X, add(X) (p22),而父亲外周血染色体核型未见异常。羊水BoBs结果提示胎儿染色体存在Xp22的缺失,且有Yq11片段存在。SNP-array检测进一步明确,胎儿及其母亲的衍生X染色体短臂存在7.13 Mb的缺失(p22.33p22.31, 608 021-7 736 547),同时附着有Y染色体长臂12.52 Mb的拷贝(q11.221q11.23, 16 271 151-28 788 643)。结论:胎儿衍生X染色体遗传自母亲,核型为46,X,der(X) t(X;Y) (p22.3;q11.2)mat。多种产前诊断方法的联合应用,有利于确定胎儿染色体结构异常类型及来源,为预测胎儿发生畸形的风险及后续妊娠的选择提供帮助。
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编辑人员丨5天前
