-
基于不同型别腺病毒标准品的呼吸道病原体核酸试剂最低检测限性能评价
编辑人员丨4天前
目的:利用不同型别呼吸道腺病毒核酸标准品对呼吸道病原体核酸检测试剂进行最低检测限性能评价。方法:选择已研制的1、2、3、4、5、7、55型呼吸道腺病毒核酸标准品,参照美国临床实验室标准化协会(CLSI)的EP17-A2文件,采用Probit回归方法对28种不同方法学原理的呼吸道病原体核酸检测试剂的最低检测限(Lod)进行评估,比较各试剂盒声称Lod和评估Lod之间以及对不同腺病毒型别检测Lod之间的差异。结果:28种试剂盒中能够准确评估Lod的比例为50%(12/24)。12种试剂盒的评估Lod与声称Lod一致性较好;12种试剂盒一致性较差,其中4种试剂盒差异较小(measured Lod<5×claimed Lod),8种试剂盒差异较大(measured Lod>5×claimed Lod),最大者可达24 000倍。不同试剂间评估的Lod浓度差异可达10 6数量级以上(最低和最高分别为20拷贝/ml和4.8×10 7拷贝/ml);同种试剂对不同型别腺病毒的检测Lod均不相同,其浓度差异最高可达10 4数量级(最低和最高分别为5.0×10 3拷贝/ml和4.8×10 7拷贝/ml)。 结论:部分呼吸道病原体核酸检测试剂检测腺病毒的最低检测限性能评估缺乏准确性,使用检测范围内的多种病原体型别或亚型进行性能评估尤为必要。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
甲型肝炎病毒四种核酸检测方法的比较
编辑人员丨4天前
目的:比较甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)四种核酸检测方法。方法:采用A、B、C实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)及D微滴芯片数字RT-PCR(RT-dPCR)分别对HAV质粒标准品、梯度稀释的HAV疫苗进行灵敏度检测;对相关病毒核酸进行特异性检测;用A、B、C方法对40份人工污染HAV牡蛎、市售牡蛎及血清标本、HAV疫苗标本进行检测,比较检出率;比较A、D方法对低浓度HAV人工污染牡蛎的回收率。结果:A、B方法对质粒标准品均可检测至10拷贝/μL;检测梯度稀释的HAV疫苗,A、B、C方法的斜率、R 2值、扩增效率(-3.446~-3.297、0.991~0.998、95.07%~101.051%)均在可接受范围;40份不同来源的标本,A、B、C方法的阳性检出率分别是50%(20/40)、47.5%(19/40)、55%(22/40),差异无统计学意义( χ2=0.467, P=0.792);A、D方法对梯度稀释疫苗检测灵敏度无明显差别,对低浓度HAV人工污染牡蛎检测,D方法回收率高于A方法,但差异无统计学意义(F=0.294,P=0.642)。 结论:A、B、C方法无明显差异,较方便快捷;在检测低浓度HAV污染的食品时,D方法略有优势,但检测成本稍高,选取检测方法可根据实际情况选择。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
建立与高通量测序试剂匹配的简化版院内流程体系
编辑人员丨4天前
目的:基于本实验室测序平台,建立与肿瘤基因高通量测序试剂性能匹配的,符合本实验室可实施的简化版的验证流程体系,为临床实验室应用提供实操依据。方法:标准流程选取来自不同厂家的6例DNA标准品和2例RNA标准品,从甲醛固定石蜡包埋(formalin fixation and paraffin-embedding,FFPE)的肿瘤样本中提取DNA和RNA,按杂交捕获实验流程制备文库后进行高通量测序,通过6次测序分别进行重复实验、不同投入量、常见干扰物质等研究,从下机数据质控、变异类型、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定检出情况进行评估。基于标准流程的结果,用同一方法原理、检测范围相近的试剂盒检测不同的参考品,制定用时短、耗资低的简化流程,通过准确性、特异度和灵敏度评估,并参加国家卫生健康委临床检验中心(NCCL)室间质量评价活动。结果:标准流程试剂验证评估合格,参加NCCL室间质评合格,但耗时长耗资大;简化流程试剂准确性、特异度、灵敏度评估合格,参加NCCL室间质评合格。结论:基于本实验室建立了简化可行的肿瘤基因检测试剂盒性能确认流程,为院内开展肿瘤基因检测及其临床应用提供了实验室依据。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
水痘-带状疱疹病毒RAA检测方法的建立及初步应用
编辑人员丨4天前
目的:建立水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)的重组酶等温扩增(recombinase-aid amplification,RAA)快速检测方法。方法:通过全球共享数据库下载VZV全基因组序列进行比对分析,针对四个保守基因分别设计特异性引物与探针并筛选出最佳组合,通过引物与探针浓度梯度筛选出最佳反应体系,建立荧光型RAA检测方法。用VZV阳性质粒标准品与梯度稀释的临床样本评价方法的灵敏度,以最低检出极限浓度的阳性质粒标准品进行重复实验评价方法的重复性,以其他病毒核酸评价方法的特异性,同时用本方法和荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time PCR,qPCR)对临床样本进行检测并对检测结果进行比较。结果:本方法筛选出针对开放阅读框架(open reading frame,ORF)28基因的引物对F2/R2与探针P2为最佳组合;考虑到成本因素,最佳引物浓度为500 nmol/L,最佳探针浓度为280 nmol/L;最低检出极限为10 1拷贝/μL,最低可检测到Ct值为36.027的临床阳性样本;重复实验的检测结果一致;该方法与其他病毒核酸无交叉反应;临床阳性样本的检出率为93.33%,与qPCR检测结果几乎完全一致。 结论:本方法操作简便、灵敏度高、特异性强、对实验条件要求低、检测结果直观可视,在20 min内就能够检测出样本中的VZV核酸,是一种可以被临床检测考虑的VZV快速检测方法。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
2021年尿碘外质控考核结果的不确定度评定
编辑人员丨4天前
目的:评定尿碘外质控考核结果的不确定度。方法:采集国家碘缺乏病参照实验室于2021年发放的冻干人尿考核样品2份,武汉市疾病预防控制中心公共检验检测中心根据《尿中碘的测定 第1部分:砷铈催化分光光度法》(WS/T 107.1-2016)的操作步骤检测尿碘,识别不确定度的来源,量化不确定度,并合成总不确定度。结果:2份考核样品中尿碘浓度检测结果分别为(64.6 ± 4.7)、(227 ± 16)μg/L,考核合格,其中用移液枪移取标准品、样品和试剂溶液,加标回收实验及拟合标准曲线是不确定度的主要来源,其变量为5% ~ 36%。结论:选用精度高的玻璃器皿和检定合格的移液枪,增加测定标准系列和样品的测定次数,可提高操作水平,保证标准曲线较好的相关性和回收率的精确度,达到降低不确定度的影响,提高检测结果准确度的目的。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
指环病毒7型、8型与10型实时荧光定量PCR检测体系的建立
编辑人员丨4天前
目的:建立指环病毒7型(TTV7)、8型(TTV8)、10型(TTV10)实时荧光定量PCR检测体系并进行临床验证。方法:本研究根据GenBank已发布的TTV7、TTV8、TTV10基因序列设计特异性引物,构建重组质粒pMD19-T-TTV7、pMD19-T-TTV8、pMD19-T-TTV10,以其作为阳性标准品建立了基于FAM-Eclipse探针法的实时荧光定量PCR检测,并进行特异性、敏感性试验与临床样本检测。结果:TTV7、TTV8、TTV10的实时荧光定量PCR检测体系标准曲线方程分别为 y=-0.340 2 x+114.780 0、 y=-0.351 1 x+114.940 0、 y=-0.348 9 x+115.020 0,相关系数都在0.99以上,与其他病毒无交叉反应,检测敏感性分别为108拷贝/μl、84拷贝/μl、98拷贝/μl。在临床小儿血清样本中的检测阳性率分别为10.9%、2.1%和4.3%。 结论:本研究建立的TTV7、TTV8、TTV10实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏性高等特点,可为临床血清样本TTV检测提供一个快速手段。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
数字PCR在EB病毒核酸检测中的临床价值
编辑人员丨4天前
目的:评估EB病毒(EBV)多拷贝和单拷贝基因的数字PCR(dPCR)核酸检测方法在EBV核酸定量检测中的性能,并探讨其在临床应用中的适用性。方法:对多拷贝BamHI-W基因及单拷贝EBNA1基因dPCR体系的灵敏度、特异性、精密度、检测下限(LoD)和线性进行性能验证比对,采用最小二乘线性回归分析评估其线性。同时,收集2022年1—7月就诊于南方医科大学南方医院疑似EBV感染相关疾病患者的血浆样本182例,使用dPCR和实时荧光定量PCR(qPCR)同步检测EBV DNA载量,采用最小二乘线性回归分析评估其定量相关性。结果:多拷贝和单拷贝基因的dPCR体系均有良好的线性相关( R2分别为0.992、0.997, P均<0.001),BamHI-W基因dPCR体系LoD为188 IU/ml,EBNA1基因dPCR体系LoD为358 IU/ml;BamHI-W基因dPCR体系和EBNA1基因dPCR体系中高浓度样本(1 000 000 IU/ml)对数变异系数( CV)值分别为0.34%和0.21%,中低浓度样本(5 000 IU/ml)对数 CV值分别为0.98%和0.64%;7种常见临床感染病原体和EB病毒阳性样本对照检测中,dPCR检测体系中只有EBV阳性样本产生阳性信号,与其他病原体无交叉反应。在182份样本检测中,BamHI-W基因dPCR阳性率为47.80%(87/182),EBNA1基因dPCR阳性率为35.16%(64/182),qPCR阳性率为43.41%(79/182)。定量相关性分析中,BamHI-W基因dPCR体系和EBNA1基因dPCR体系与qPCR检测浓度值线性拟合 R2值分别为0.837和0.763( P均<0.001)。临床样本中的BamHI-W基因的拷贝数为3~18拷贝,不同患者感染的EBV的BamHI-W基因拷贝数不同。对于每例患者,多拷贝BamHI-W基因dPCR体系和单拷贝EBNA1基因dPCR体系检测的载量监测变化曲线趋势具有较高的一致性。 结论:基于dPCR技术的检测多拷贝BamHI-W基因和单拷贝EBNA1基因的EBV检测方法均具有较高的灵敏度和特异性,精密度和定量准确性均适用于临床样本检测。多拷贝BamHI-W基因dPCR方法在提高检测灵敏度方面具有较大的优势,可作为目前EBV DNA载量检测方法的补充,特别是在低浓度样本中;同一患者的EBV DNA检出和动态监测使用多拷贝基因效果更好,不同患者比较EBV载量需要用单拷贝基因或以同一标准品标化后比较。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
基于电感耦合等离子体质谱法血清钙离子检测候选参考方法的建立
编辑人员丨4天前
目的:基于电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS),建立一种检测血清钙离子的候选参考方法。方法:方法学建立.将从医院收集到的血清标本以0.3%硝酸溶液直接稀释100倍,在血清标本基质溶液中添加不同浓度钙标准溶液,配制含血清基质的标准品溶液。以锗(Ge)为内标,采用标准加入法,计算血清钙离子浓度。对所建立的候选参考方法进行线性、精密度、正确度的性能评估和方法比对。结果:血清钙离子浓度在0.000~20.400 mmol/L内(稀释后浓度为0.000~0.204 mmol/L)线性良好(R 2>0.999 9);批内不精密度为0.22%~0.47%,批间不精密度为0.64%~0.77%,总不精密度为0.98%~1.09%;检测3个浓度SRM 956d,结果均在证书要求的不确定度范围内,相对偏移分别为-0.16%,0.04%,0.23%;该方法参加2017年参考实验室外部质量评价计划(RELA),比对通过。与检验医学溯源联合委员会(JCTLM)所列参考方法进行比较,结果一致性良好。本研究所建立的候选参考方法与临床常规电极方法进行比较,具有良好的相关性。 结论:成功建立血清钙离子检测候选参考方法,线性范围宽、具有良好的精密度与准确度。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
质谱技术在临床应用中的质量管理特点
编辑人员丨4天前
由于临床质谱方法大多是实验室自建方法且缺少标准化,因此检测质量管理显得尤为重要。质谱方法相比常规检测方法有独特的质量管理要点和应对措施。首先在开发阶段要重视标准品的准确性和方法性能验证。其次实际运行中不仅要逐一审核样本的保留时间、内标强度、离子比等数据,还需要对批内样本的信噪比和内标变异度做整体分析。此外对于长期项目管理,回顾性分析和参加室间质量评价项目是必不可少的。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
SARS-CoV-2 Omicron变异株TaqMan探针法荧光定量RT-PCR的建立及应用
编辑人员丨4天前
目的:开发和评估一种快速、简单和经济的替代测序的Omicron变异株荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)。方法:针对SARS-CoV-2 ORF1ab保守区域、Omicron变异株S基因高频共同突变位点设计引物和TaqMan探针,建立Omicron株RT-qPCR检测方法,用经全基因组测序确定型别的样本进行验证,并对该方法的特异度和敏感度进行评估。结果:本研究建立的RT-qPCR分型法可以将Omicron变异株与包括早期A型流行株、Alpha和Delta变异株在内的SARS-CoV-2毒株进行区分,结果与全基因组测序结果一致,符合率为100.00%(28/28);与其他6种呼吸道病毒及柯萨奇病毒A组16型无交叉反应;该方法RNA标准品在10 9~10 3拷贝/μl之间呈良好的线性关系,相关系数 R2均大于0.99,检测敏感度为10 3拷贝/μl。 结论:本研究设计的针对Omicron变异株的RT-qPCR敏感度高且特异度好,在任何可以进行PCR检测的实验室中都容易开展,可极大地促进对Omicron变异株的传播监测。
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
