RUNX1基因突变在骨髓增生异常综合征(MDS)、急性髓细胞白血病(AML)等多种血液肿瘤中发生率较高，并且提示患者预后不良。近年研究结果显示， RUNX1突变在髓系肿瘤的发生、发展中起重要作用，是其第Ⅱ类致病基因。笔者通过RUNX1蛋白结构与功能、不同髓系肿瘤中 RUNX1突变的发生情况、 RUNX1突变的致病机制、伴 RUNX1突变的不同髓系肿瘤患者的临床特点及治疗策略等方面，对 RUNX1突变在髓系肿瘤中的临床及相关分子学研究的新进展进行阐述。

目的:构建人干扰素基因刺激因子(stimulator of interferon genes, STING)沉默子的荧光素酶报告质粒，在人胚肾细胞(HEK293T)和人类宫颈癌细胞(HeLa)中检测荧光素酶活性，生物信息学预测其可能结合的转录因子并通过实验验证。方法:通过PCR扩增人STING-5-1a(-124～+267，相对于转录起始位点，TSS: 0)和STING-5-2a(-124～+168)区域，亚克隆至pGL3-Basic质粒；将人STING沉默子区域STING-5-1b(+169～+267)正向反向亚克隆至pGL3-Control质粒(pGL3-C-5-1b-positive/negative)，并把STING-5-1b分为两段互补片段，亚克隆至pGL3-Control载体上，命名为pGL3-C-STING-5-1b-α(+169～+209)/pGL3-C-STING-5-1b-β(+210～+267)，双荧光素酶报告活性分析检测上述重组质粒在HEK293T和HeLa中的活性。应用生物信息学方法预测人STING沉默子的转录因子结合位点，将预测结合位点进行多点突变，检测荧光素酶活性。敲低转录因子，免疫印迹试验检测STING的表达水平。染色体免疫共沉淀反应进一步验证转录因子与人STING沉默子的结合。结果:核酸测序证实，上述重组质粒构建成功。截短STING-5-1b(+169～+267)片段后相对荧光素酶活性上升。同时，与pGL3-Control质粒相比，pGL3-C-5-1b-positive重组质粒的相对荧光素酶活性下降( P<0.05)，其中，STING-5-1b-β(+210～+267)序列起主要抑制作用。应用生物信息学软件预测发现转录因子PR结构域锌指蛋白4(PRDM4)、Thanatos相关蛋白1(THAP1)、TEA域转录因子1(TEAD1)、核受体亚家族4 A组成员1(NR4A1)、类Krueppel因子4(KLF4)和叉头转录蛋白O3(FOXO3)可能与人STING沉默子区域(+210～+267)结合。对上述转录因子的结合位点进行多点突变构建突变体并转染至HEK293T和HeLa，发现THAP1-Mut和TEAD1-Mut的相对荧光素酶活性显著上升，提示STING沉默子可能含有THAP1和TEAD1的结合位点。将转录因子THAP1和TEAD1敲低后，STING的表达水平有显著上升。染色体免疫共沉淀试验表明，转录因子TEAD1和THAP1在细胞内与人STING沉默子区域结合。 结论:本实验成功构建了人STING沉默子荧光素酶报告质粒，通过活性比较，推测人STING的核心沉默子区位于+210～+267区域，通过生物信息学分析及点突变实验初步确定人STING沉默子可能含有的潜在转录因子结合位点。并使用免疫印迹试验和染色体免疫共沉淀进一步证实转录因子TEAD1和THAP1与人STING沉默子的结合，为后续研究提供实验资料。

[目的]结合数据挖掘及网络药理学,探讨运脾法治疗儿童功能性便秘的用药规律及作用机制.[方法]收集562例功能性便秘患儿病案,采用SPSS Statistic 24.0软件进行聚类分析,SPSS Modeler 18.0软件进行关联规则分析,Liquorice软件进行复杂网络分析,得出核心方药.运用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中药分子机制 生物信息学分析工具(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM)数据库筛选核心方活性成分及靶点,通过基因组注释数据平台(Genome Annotation Database Platform,GeneCards)数据库筛选功能性便秘相关靶点,取交集后获得预测靶标.基于蛋白质基因相互作用分析(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins,STRING)数据库构建靶基因蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI),利用Cytoscape 3.8.0软件建立核心方成分-便秘-靶点网络图,借助Network Analyzer工具进行拓扑分析,确定核心靶点.基于STRING数据库,使用R语言4.2.2进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析.[结果]所纳病案包含1 121诊次方药记录,各疗程的症状改善率在86％～97％,便秘三大主症的改善率均在90％左右.涉及中药119味,药性以寒、平为主,药味以苦、甘居多,归经多属胃、脾.通过药物关联、聚类和复杂网络分析得到9味药物构成的核心组方.核心组方调治便秘的主要活性成分为槲皮素、甲基庚烯酮、胆汁三烯、烟酸、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素.关键靶点包括前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)、V-Jun肉瘤病毒17癌基因同源物(V-Jun sarcoma virus 17 oncogene homolog,JUN)、蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、磷酸肌醇-3-激酶调节亚基 1(phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 1,PIK3R1)、磷脂酰肌醇-3-激酶 α 催化亚基(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate-3-kinase catalytic subunit alpha isoform,PIK3CA).对炎症相关通路如磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶 B(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K/AKT)的调节可能是核心组方改善便秘的作用机制.[结论]运脾法治疗小儿便秘核心方包括麸炒枳实、厚朴、生白术、鸡内金、焦山楂、连翘、决明子、火麻仁、胡黄连,其主要成分可能通过影响炎症因子水平、修复肠道黏膜以恢复肠道平滑肌功能,改善便秘症状,对运脾法的临床应用及儿童功能性便秘的中医药治疗有一定借鉴意义.

目的:应用网络药理学分析蒲公英-桑叶在急性髓系白血病(AML)发生发展过程的作用,阐明其治疗AML的活性成分和作用机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选蒲公英-桑叶的活性成分,采用SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,在症状映射(SymMap)数据库、人类基因数据库(GeneCards)、DisGeNET数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库中检索AML相关基因和蛋白靶点.对AML相关基因和蒲公英-桑叶靶基因进行比较,确定富集基因,并进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.采用Cytoscape 3.8.0软件根据靶点信息构建药物-有效成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用CytoNCA插件筛选出核心基因,通过AutoDock软件进行分子对接验证.结果:对数据库检索结果进行筛选后得到39种有效成分,收集蒲公英-桑叶与AML的共同靶点148个.GO功能富集分析主要涉及细胞因子介导的信号传导途径、激酶活性正向调节和氧化应激反应等.KEGG信号通路富集分析主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和Janus激酶/信号转导和转录激活因子(JAK/STAT)信号通路等.拓扑分析得到信号转导和转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)、蛋白激酶B1(AKT1)、重组人表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、原癌基因MYC、肿瘤蛋白P53(TP53)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、肉瘤基因SRC、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、连环蛋白B1(CTNNB1)、磷酸肌醇3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、白细胞介素6(IL-6)、TNF、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)和磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)等核心靶点.分子对接,结合亲和力最高的配对结果为蒲公英萜醇(taraxerol)与MYC(-8.74 kcal·mol-1),槲皮素(quercetin)、kaemfprol、木犀草素(luteolin)和 artemetin 与各个靶点均有很好的结合亲和力.结论:蒲公英-桑叶主要活性成分quercetin、taraxerol、kaemfprol、luteolin和 artemetin可能通过调控 AKT1、STAT3、HSP90AA1、IL-6 和 MAPK1 发挥抗 AML 的作用,对PI3K-AKT信号通路的调节是蒲公英-桑叶发挥抗AML作用的重要机制.

目的:研究银甲片治疗盆腔炎的有效成分及作用机制.方法:利用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Exactive Orbitrap MS),结合文献与对照品比对鉴定银甲片的化学成分.将化学成分和盆腔炎疾病的交集靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用Cytoscape 3.9.1 软件构建药材-成分-靶点-通路可视化图;利用Maestro 11.9 软件进行分子对接.结果:从银甲片中共鉴定 58 个化学成分,包含黄酮类、有机酸类、萜类、生物碱类.PPI分析得到类固醇受体辅激活因子(SRC)、热休克蛋白 90α家族A类成员 1(HSP90AA1)、磷脂酰肌醇 3-激酶调节亚基 1(PIK3R1)、信号转导和转录激活因子 3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶 3(MAPK3)5 个核心靶点;KEGG 结果显示银甲片主要通过磷脂酰肌醇 3-激酶-蛋白激酶 B(PI3K-Akt)、MAPK 等通路发挥作用.分子对接结果表明,木犀草苷、山柰酚、木犀草素、香叶木素等成分与 SRC、HSP90AA1、PIK3R1 等 5 个核心靶点的对接构象稳定.结论:银甲片可能通过木犀草苷、山柰酚、木犀草素、香叶木素、芹菜素等活性成分调控PI3K-Akt、MAPK等通路发挥治疗盆腔炎作用.

目的 基于网络药理学和体外实验探究左归丸作用于头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的靶点并分析潜在机制.方法 自2022年11月至2023年3月分别通过TCMSP、BATMAN-TCM、GeneCards、CTD、OMIM数据库筛选左归丸的活性成分并筛选左归丸作用于HNSCC的潜在靶点;使用String数据库构建潜在靶点互作网络,并进行多步拓扑分析筛选出核心靶点;使用DAVID和Metascape数据库对潜在靶点进行富集分析;最后运用Auto Dock Vina进行核心成分与靶点的分子对接并通过细胞计数试剂盒(CCK-8)、蛋白质印迹法验证左归丸对HNSCC的治疗作用及机制.结果 左归丸的8种活性成分具有487个药物靶点,其中440个为HNSCC相关基因;两步拓扑结构分析得到表皮生长因子(EGFR)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、核因子kappa B激酶亚基β抑制剂(IKBKB)和螺旋环螺旋结构域扩散激酶(CHUK)5个核心靶点;富集结果提示左归丸通过影响多种生物学功能和信号通路在HNSCC中发挥作用;分子对接结果显示,左归丸与核心靶点之间结合稳定.体外实验显示,与对照组相比,左归丸处理组显著抑制了WSU-HN6和CAL-27细胞增殖能力(P＜0.001)并且可以降低CCND1,IKBKB和CHUK(P＜0.05)的蛋白表达水平.结论 左归丸能够靶向多条促癌信号通路从而对HNSCC起到抑制作用.

目的 采用代谢组学与网络药理学方法探讨羟基红花黄色素A(HSYA)治疗脓毒症急性肝损伤作用机制.方法 将50只C57BL/6小鼠随机分为假手术组(10只)、脓毒症组(20只)和HSYA组(20只),采用盲肠结扎穿刺法构建脓毒症急性肝损伤小鼠模型,HSYA组造模后2 h皮下注射HSYA(2.25 mg/kg).检测小鼠血清炎症因子含量及肝功能,HE染色观察肝组织病理变化,超高效液相色谱-四级杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)对肝组织进行代谢组学分析,多元数据统计方法筛选差异代谢物,采用网络药理学预测HSYA治疗脓毒症急性肝损伤潜在靶点,并对潜在靶点进行GO和KEGG通路富集分析,用Metabo Analyst 5.0数据库对模型组和HSYA组差异代谢物与潜在靶点进行匹配,构建靶点-代谢物-代谢通路网络,使用AutoDock Vina软件对HSYA与核心靶点进行分子对接,最后采用RT-qPCR验证核心基因表达.结果 HSYA能降低模型小鼠血清白细胞介素(IL)-1β、IL-6、肿瘤坏死因子(TNF)-α含量,恢复肝功能,减轻肝组织病理损伤.代谢组学筛选出26个向假手术组回调的差异代谢物,包括氟芬那酸、白叶藤碱、邻苯二甲酸、甲氰菊酯等,主要涉及不饱和脂肪酸的生物合成、α-亚麻酸代谢等5条代谢通路.网络药理学分析得到HSYA治疗脓毒症急性肝损伤潜在靶点81个,涉及2 735个GO条目、124条信号通路;联合分析共匹配到5个差异代谢物,对应IL1B、STAT3、PTGS2、TP53等14个靶点参与HSYA对脓毒症急性肝损伤代谢紊乱的调控.分子对接结果显示,HSYA与IL1B、STAT3、PTGS2、TP53有良好的结合活性.RT-qPCR结果显示,HSYA能抑制肝组织IL1B、STAT3、PTGS2基因表达.结论 HSYA可能通过调节IL1B、STAT3、PTGS2基因表达抑制炎症因子释放,维持机体代谢稳态,从而减轻脓毒症急性肝损伤.

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨药桑总黄酮治疗肝癌的作用机制.方法 通过中国知网、万方数据知识服务平台、维普中文期刊服务平台、PubMed以及SwissADME等数据库预测并筛选药桑总黄酮活性成分及靶点信息.通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据库获取肝癌疾病靶点及药桑有效黄酮类成分与肝癌的交集基因,将交集基因导入STRING数据库后构建蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape 3.9.1软件预测核心蛋白并构建"药物-药效成分-靶点"网络图.通过Metascape数据库和微生信对作用靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.运用AutoDock-Tools软件将核心成分与关键靶点进行分子对接.结果 药桑有效黄酮类成分共21种,基于主要活性成分筛选获得293个靶点,肝癌疾病靶点8949个,取交集获得270个靶点,其中关键靶点为非受体酪氨酸激酶SRC、磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1(PIK3R1)、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、蛋白激酶B(AKT)、淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶(LCK)、表皮生长因子受体(EGFR)、Janus激酶2(JAK2)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、蛋白酪氨酸激酶2(PTK2).飞燕草色素、木犀草素、山奈酚可能是药桑总黄酮治疗肝癌的关键成分.GO功能富集分析显示,交集基因主要参与蛋白质磷酸化、细胞对各物质的反应、酶活性、酶结合、蛋白质结合等.KEGG通路富集分析显示,磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/AKT、Ras、erb-b2受体酪氨酸激酶(ERBB)、细胞衰老等信号通路可能是药桑总黄酮治疗肝癌的重要信号通路.结论 药桑总黄酮治疗肝癌的核心靶点是SRC、PIK3R1、PIK3CA、HSP90AA1、AKT等,药桑总黄酮可能通过多靶点、多成分、多途径治疗肝癌.

目的:基于网络药理学和分子对接技术分析山楂叶治疗2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的作用机制.方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、BATMAN、HERB、SymMap、TCM-ID等数据库筛选山楂叶中的化学成分,构建山楂叶化学成分库并导入SwissADME数据库筛选山楂叶的活性成分,从Swiss Target Prediction数据库检索相关文献并获取山楂叶的潜在靶点.利用DrugBank、TTD、Gene-Cards、CTD、OMIM数据库检索T2DM相关靶点,绘制韦恩图得到两者的交集靶点.借助STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络,进行拓扑分析从而筛选关键靶点和核心成分,并采用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接验证.在DAVID 6.8数据库中进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,并筛选关键通路.利用BioGPS和The Human Protein Atlas数据库分析关键组织及高表达基因在不同细胞的分布情况.结果:山楂叶活性成分92个及潜在靶点622个,山楂叶与T2DM的交集靶点306个,进一步筛选得到 16 个关键靶点,包括 ALB、GAPDH、IL-6、SRC、TNF、AKT1、EGFR、VEGFA、MAPK3、ESR1、STAT3、PTGS2、mTOR、HSP90AA1、NR3C1、PPARA.山楂叶核心成分28个,包括α-亚麻酸、柚皮素、桑黄素等.KEGG富集分析筛选得到170条通路,其中血糖调节相关通路包括AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、PI3K-Akt信号通路、血管内皮生长因子信号通路、胰岛素抵抗、胰岛素信号通路等.分子对接结果显示,14个关键靶点与27个核心成分均具有良好的亲和力和结合活性.交集基因在甲状腺、肝脏、心脏和肺中的数量最多,主要分布在甲状腺腺细胞、肝细胞、肺泡细胞、平滑肌细胞等.结论:山楂叶治疗T2DM具有多成分、多靶点、多通路、多组织的特点,其可能通过柚皮素、桑黄素、木犀草素等多种活性成分作用于IL-6、AKT1、VEGFA、STAT3等关键靶点,调节AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗等多条通路.

目的:利用网络药理学和分子对接技术探讨西洋参茎叶三醇组皂苷(PQTS)在缺血性脑卒中(IS)发生发展过程中潜在的作用机制.方法:整合Swiss Target Prediction、中医药百科全书(ETCM)、SEA Search Server和 DisGeNET 等数据库获取 PQTS 作用于 IS 的潜在靶点.利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建潜在作用靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过拓扑网络分析得到PQTS作用于IS的核心靶点.通过DAVID在线分析网站进行潜在作用靶点的基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,获取相关信号通路.应用Cytoscape 3.9.1软件构建PQTS-靶点-信号通路网络,进行拓扑网络分析,筛选PQTS潜在主要活性成分.通过AutoDock Vina软件对活性成分和核心靶点进行分子对接验证.结果:得到PQTS作用IS的潜在作用靶点122个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡调控、细胞内信号传导过程和细胞对外源性物质的调控等生物学过程,KEGG富集分析涉及白细胞介素信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路和PI3K/Akt/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路.分子对接分析,拟人参皂苷F11、20(S)-原人参三醇、人参皂苷Rg1、人参皂苷Rh1、拟人参皂苷RT5和人参皂苷Re与信号转导和转录激活因子3(STAT3)、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、表皮生长因子受体(EGFR)和丝裂原活化蛋白激酶 14(MAPK14)均能形成结合能较低的稳定构象.结论:PQTS对IS的保护作用可能与STAT3、PIK3CA、EGFR和MAPK14及PI3K/Akt信号通路有关.