目的:探讨携带核心蛋白聚糖( decorin，DCN)基因的重组质粒对兔耳增生性瘢痕的治疗作用。 方法:将PCR扩增的人 Decorin基因片段克隆到质粒载体pUDK上构建重组质粒pDCN，并进行酶切和测序鉴定。重组质粒 pDCN转染293T细胞，并检测细胞内 DCN及TGF-β1的表达。建立兔耳增生性瘢痕模型，将12只新西兰大白兔采用随机数字表法分为PBS组、空质粒组、rhDCN组、pDCN低剂量(20 μg/cm 2)组、pDCN中剂量(40 μg/cm 2)组、pDCN高剂量(60 μg/cm 2)组，观察肥大指数、瘢痕组织病理改变及 DCN表达等，研究pDCN对兔耳增生性瘢痕的治疗作用。 结果:经过酶切、测序鉴定， Decorin基因片段成功插入质粒载体pUDK上，重组质粒 pDCN构建成功。 pDCN转染至293T细胞后， DCN的RNA及蛋白表达水平均上调，TGF-β1表达受到抑制。应用不同剂量的 pDCN实验性治疗兔耳增生性瘢痕，结果显示pDCN中剂量组兔耳瘢痕的肥大指数(1.61±0.40)显著小于PBS组(2.07±0.55)( P<0.05)，而pDCN低剂量和高剂量组肥大指数均与PBS组没有显著差异。免疫组织化学结果显示，pDCN中剂量组中兔耳局部 DCN表达显著高于PBS组( P<0.05)；同时，病理检测显示瘢痕组织中炎性细胞浸润明显减少，纤维沉积减少，表明中剂量 pDCN可有效抑制兔耳增生性瘢痕的增生。 结论:携带 Decorin基因的质粒 pDCN通过抑制TGF-β1表达，对兔耳增生性瘢痕有一定的治疗作用。

目的:探讨神经梅毒患者脑脊液(CSF)中的视黄酸受体应答基因2(RARRES2)、微管微丝交联因子1(MACF1)和核心蛋白多糖(DCN)的表达及其对神经梅毒的诊断价值。方法:纳入2020年6月至2022年9月期间南京市第二医院收治的64例非神经梅毒的梅毒患者(梅毒组)和78例神经梅毒患者(神经梅毒组)。神经梅毒患者中包括48例早期神经梅毒患者(早期组)和30例晚期神经梅毒患者(晚期组)。神经梅毒患者均给予常规对症治疗及抗生素驱梅治疗。通过qRT-PCR检测各患者治疗前及神经梅毒患者治疗前后的CSF中RARRES2、MACF1和DCN mRNA水平。采用美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评估神经梅毒患者治疗前后的神经功能。采用受试者工作特征(ROC)曲线分析各指标对神经梅毒的诊断价值。结果:神经梅毒组患者CSF中的RARRES2、MACF1和DCN mRNA水平均高于梅毒组(均 P<0.001)。晚期神经梅毒组患者CSF中的RARRES2、MACF1和DCN mRNA水平均高于早期组(均 P<0.001)。与治疗前相比，神经梅毒患者治疗后的NIHSS评分以及RARRES2、MACF1和DCN mRNA水平均降低(均 P<0.001)。CSF中RARRES2、MACF1和DCN mRNA联合诊断神经梅毒的曲线下面积(AUC)、灵敏度和特异度分别为0.995、100.00%和93.75%，AUC和灵敏度高于单独诊断。 结论:神经梅毒患者CSF中RARRES2、MACF1和DCN表达升高，并且与疾病严重程度和治疗反应有关，这三种基因可能是诊断神经梅毒的候选生物标志物。

目的:通过网络药理学及实验验证探讨天水涤肠汤治疗溃疡性结肠炎的潜在机制。方法:通过TCMSP筛选天水涤肠汤组方药物的有效成分及作用靶点，通过OMIM、GeneCard、TTD数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点，将天水涤肠汤有效成分靶点与溃疡性结肠炎潜在靶点取交集，采用STRING数据库构建PPI网络，筛选核心靶点；采用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药-疾病-有效成分-靶点”网络；利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。将48只小鼠按随机数字表法分为对照组、模型组、美沙拉嗪组（0.3 g/kg）及天水涤肠汤低、中、高剂量组（7.5、15、30 g/kg），每组8只。除对照组外，其余各组小鼠构建溃疡性结肠炎模型，相应药物干预7 d后，进行小鼠疾病活动指数（DAI）评分，采用HE染色观察结肠病理学改变，采用PCR和Western blot法检测结肠组织IL-6、信号转导及转录激活因子3（STAT3）mRNA及蛋白表达情况。结果:获得天水涤肠汤组方药物活性成分127个，溃疡性结肠炎靶点560个；天水涤肠汤与溃疡性结肠炎交集靶点89个，核心靶点包括IL6、TNF、IL1B、AKT1、TP53、VEGFA、JUN、PTGS2、CXCL8、CCL2、STAT3、MMP9等；主要涉及氧化应激应答、脂多糖的代谢、细菌源性应答、信号转导等生物过程，主要通过癌症途径、IL17、TNF、MAPK等信号通路发挥治疗溃疡性结肠炎的作用。实验结果显示，天水涤肠汤中、高剂量组DAI评分降低（ P<0.05），结肠组织IL-6、STAT3蛋白表达降低（ P<0.05），天水涤肠汤各剂量组结肠组织IL-6、STAT3 mRNA水平降低（ P<0.05）。 结论:天水涤肠汤可能通过多成分-多靶点-信号通路对溃疡性结肠炎发挥一定的治疗作用，其机制与调节IL-6/STAT3信号通路、抑制肠黏膜炎症反应相关。

目的:探索使用网络药理学方法和动物实验研究黄连治疗龋齿的作用机制。方法:通过中药系统药理学（TCMSP）数据库与分析平台筛选出黄连有效成分及其靶点，并通过GeneCards数据库在线检索疾病靶点。在Venny 2.1网站筛选出黄连和龋齿的交集靶点，并将交集靶点在线进行蛋白-蛋白相互作用分析和基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。然后，使用Cytoscape制作"成分-靶点-通路"网络图。将大鼠随机分为模型组和黄连组，建立龋齿大鼠模型。模型组大鼠用浸有150 μl 0.9%氯化钠溶液小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min，黄连组大鼠将浸有黄连（5.8 mg黄连融入150 μl 0.9%氯化钠溶液）的小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min。2组大鼠每周处理1次，连续处理4周。对变异链球菌菌落数进行计数，并采用酶联免疫法检测血清丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、JUN、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、B淋巴细胞瘤-2（Bcl-2）蛋白表达。结果:黄连中有11个有效成分，通过干预54个靶点，调节多个分子通路，从而治疗龋齿。槲皮素、小檗碱、黄藤素、小檗浸碱和四氢小檗碱等是核心成分，AKT1、JUN、IL-6、TNF、Bcl-2为核心靶点。GO分析显示，BP主要包括细胞因子活性、信号受体激活剂活性、信号受体调节剂活性、细胞因子受体结合和受体配体活性等；CC主要包括对脂多糖的反应、对细菌分子的反应、细胞对脂质的反应、炎症反应和细胞群体增殖负调控等；MF主要包括膜筏、膜微区、细胞外基质、外部封装结构和质膜蛋白复合物等。KEGG分析显示晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、TNF、IL-17、Toll样受体、缺氧诱导因子-1（HIF-1）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、核因子-κB（NF-κB）、表皮生长因子受体（EGFR）、Janus激酶-信号转导子与转录激活子（JAK-STAT）、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）等信号通路与黄连治疗龋齿相关。动物实验结果显示，黄连治疗后血清Bcl-2蛋白表达增加，血清AKT1、JUN、IL-6、TNF等蛋白表达减少。结论:黄连可以通过多种通路参与调控龋齿的靶点，具有良好的治疗效果和广泛的作用机制，有望成为开发治疗龋齿的中成药的重要组分。

目的:通过蛋白微阵列筛选糖尿病肾病模型中高表达的炎症因子，利用生物信息学分析差异性基因及其调控网络，并预测可能具有治疗作用的小分子化合物。方法:利用炎症因子芯片筛选糖尿病肾病细胞模型和动物模型中具有相同趋势的炎症因子。通过基因本体论(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析R语言所筛选的差异性基因。STRING在线构建蛋白互作网络，Cytoscape软件解析核心子网络，Connectivity Map寻找预测小分子化合物。结果:16周db/db小鼠和高糖刺激的系膜细胞被确定为糖尿病肾病的模型，其中趋化因子(C-X-C基序)配体1(C-X-C motif chemokine ligand 1, CXCL1)的表达在两模型中均有升高。多个GEO数据芯片均显示CXCL1的高表达与糖尿病肾病有明显关联。其中GSE30122包括30个基因的上调和23个的下调。GO富集分析集中在体液免疫和脂多糖反应等生物过程；而KEGG富集主要在百日咳和凝血级联通路。CytoHubba识别了10个中枢基因，例如ALB、LUM和CXCL1等。此外，使用Connectivity Map预测了10种小分子化合物作为潜在的治疗药物。结论:CXCL1可能是糖尿病肾病发生发展的关键基因，ALB、LUM、CXCL1、MMP7、TGFBI、CCL2、S100A4、SOX9、VCAN和CLU可能参与以CXCL1为中心的调控网络，有10种小分子化合物可能作为潜在的治疗药物。

目的:寻找内毒素耐受（ET）的潜在关键基因，为脓毒症的治疗提供理论和实验依据。方法:①实验1（基因芯片与生物信息分析）：从基因表达数据库（GEO）中下载ET相关基因数据集GSE47783，该数据集由脂多糖（LPS）刺激小鼠巨噬细胞建立脓毒症模型（LPS组）和ET模型（ET组）后进行实验获得；利用IDEP 0.92软件筛选数据集中两组差异表达基因（DEG），同时进行基因本体（GO）分析，并定位DEG主要富集的功能和信号通路。利用基因与蛋白质相互作用检索数据库（STRING），针对DEG构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，筛选出核心基因甲型肝炎病毒细胞膜蛋白受体2（HAVCR2）进行后续验证研究。②实验2（小鼠巨噬细胞株RAW264.7模型制备）：体外培养RAW264.7细胞，通过LPS刺激制备ET模型（ET组，用10 μg/L的LPS培养24 h后，再用100 μg/L的LPS培养4 h）和脓毒症模型（LPS组，用100 μg/L的LPS培养4 h）；磷酸盐缓冲液（PBS）组给予等体积溶媒PBS培养4 h。采用实时荧光定量聚合酶链反应（RT-qPCR）和蛋白质免疫印迹试验（Western blotting）检测细胞HAVCR2的mRNA及蛋白表达。③实验3（HAVCR2慢病毒载体转染RAW264.7细胞）：为进一步明确HAVCR2是否参与ET形成，用慢病毒短发夹RNA（shRNA）技术敲低RAW264.7细胞中的HAVCR2后，再制备ET模型（HAVCR2 --ET组），并设非敲低HAVCR2的对照组（ET组）。采用RT-qPCR法检测细胞中巨噬细胞极化关键基因〔精氨酸酶1（ARG1）、CD206、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-1β（IL-1β）、一氧化氮合酶2（NOS2）〕的mRNA表达。 结果:①实验1：共获得1 013个DEG；与LPS组比较，ET组有521个上调基因，492个下调基因；这些DEG的功能主要为增加生物合成、抑制炎症反应，主要富集于Janus激酶/信号转导与转录激活因子（JAK/STAT）、NOD样受体、Toll样受体（TLR）、TNF、缺氧诱导因子-1（HIF-1）等信号通路。选择ET组第一个表达上调的膜蛋白HAVCR2作为验证研究的目标。②实验2：体外实验结果显示，经大剂量LPS处理后，RAW264.7细胞中HAVCR2 mRNA表达较PBS组明显下调；而ET组HAVCR2 mRNA表达明显高于LPS组（2 -ΔΔCT：1.10±0.10比0.60±0.10， P<0.05）；Western blotting检测结果与RT-qPCR结果一致。③实验3：与ET组相比，HAVCR2 --ET组细胞ARG1和CD206的mRMA表达明显降低〔ARG1 mRNA（2 -ΔΔCT）：0.50±0.10比1.00±0.10，CD206 mRNA（2 -ΔΔCT）：0.73±0.10比1.00±0.10〕，下游因子TNF-α和IL-1β的mRNA表达明显升高〔TNF-α mRNA（2 -ΔΔCT）：2.20±0.10比1.00±0.10，IL-1β mRNA（2 -ΔΔCT）：9.00±0.10比1.00±0.10〕，差异均有统计学意义（均 P<0.05）；两组NOS2 mRNA表达差异无统计学意义。 结论:HAVCR2参与脓毒症下游炎性因子的调节，参与ET的形成，有望成为脓毒症新的治疗靶点。

目的:利用网络药理学方法探讨抗敏止嗽颗粒治疗支气管哮喘的潜在作用机制，并结合动物实验加以验证。方法:借助BATMAN-TCM数据库筛选抗敏止嗽颗粒的活性成分及对应靶点信息，通过GeneCards、OMIM数据库获得支气管哮喘的相关疾病靶点，将药物靶点与支气管哮喘靶点取交集后导入STRING数据库，建立PPI网络，采用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-交集靶点”网络，筛选核心靶点，利用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。制备卵蛋白诱导的哮喘小鼠模型，经抗敏止嗽颗粒干预后，观察小鼠肺组织病理学变化，采用ELISA法检测血清TNF-α、IL-6、IL-1β水平。结果:得到抗敏止嗽颗粒活性成分240个，潜在作用靶点1 364个，筛选得到TNF、IL-6、AKT1、ALB、IL-1β等11个核心靶点。GO功能富集分析结果显示，抗敏止嗽颗粒治疗支气管哮喘主要涉及蛋白质磷酸化的正调节、炎症反应的调节、脂多糖反应等生物进程及TNF、MAPK、IL-17等信号通路。动物实验显示，抗敏止嗽颗粒可降低血清TNF-α、IL-6、IL-1β水平（ P<0.05），减少小鼠肺组织炎性细胞浸润，从而缓解哮喘症状。 结论:抗敏止嗽颗粒可能通过作用于TNF-α、IL-6、IL-1β等靶点发挥抗炎作用，进而缓解哮喘症状。

[目的]通过网络药理学和体外实验预测并验证二氢杨梅素(DHM)治疗炎症性肠病(IBD)的潜在靶点及作用机制.[方法]使用Pubchem数据库获取DHM作用靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGKB、Drugbank数据库获取IBD疾病靶点,获取药物与疾病的交集靶点.利用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络并使用Cytoscape可视化筛选核心靶点.运用R语言进行基因本体(GO)功能分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.体外实验验证DHM的抗炎作用及可能机制.[结果]DHM作用靶点与IBD疾病靶点相交共得到42个交集靶点,并筛选出5个核心靶点凝血因子Ⅱ(F2)、内皮型一氧化氮合酶3(NOS3)、丝氨酸羟甲基转移酶1(SHMT1)、造血细胞激酶(HCK)、二氢叶酸还原酶(DHFR).GO功能分析和KEGG富集分析显示DHM可能通过黏附连接、趋化因子、Ras信号通路等发挥作用.实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)显示DHM能抑制脂多糖(LPS)诱导的HT-29细胞炎症因子肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-18(IL-18)mRNA水平升高.RT-PCR提示在LPS诱导后靶点NOS3、HCK mRNA表达水平升高,而DHM干预后其表达水平下降.蛋白免疫印迹法(Western blot)检测显示DHM能有效恢复LPS诱导的HT-29细胞连接蛋白的下调.[结论]研究揭示了 DHM通过多通路、多靶点治疗IBD,并可能通过恢复细胞间连接改善屏障功能受损有效治疗结肠炎.

目的 探讨《中华医典》中治疗腰腿痛方剂的用药特点及其规律.方法 检索《中华医典》方书类古籍治疗腰腿痛的方剂,建立数据库,对中药四气、五味、归经和分类进行分析,使用采用IBM SPSS Statistics 25和IBM SPSS Modeler 18软件对筛选处方中的药物进行关联规则分析和聚类分析,选取频率最高的药对作为网络药理学分析对象,采用HERB平台构建相应靶点数据库,采用GeneCards数据库预测疾病相关靶点基因.使用维恩图取交集靶点,并导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并将蛋白质-蛋白质相互作用网络导入Cytoscape 3.10筛选核心靶点,通过微生信网站进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)信号通路富集分析.结果 筛选后共纳入方剂490首,包含中药202种,总用药频次4 737次,药物四气五味以温、辛、苦为主,归经主要在肝、脾、肾;中药分类以祛风湿药、补阳药、活血化瘀药为主.关联性药物以当归-附子-肉桂出现频次最高.59种高频药物共聚为六类.中药关键核心靶点包括TNF、PTGS2、CXCL8、CASP3、MYC、BCL2、RELA、CASP8、IL-18、NFKBIA;GO富集分析结果可知,主要涉及生物过程包括对脂多糖的反应等;主要涉及的细胞组分为膜筏、膜微区、膜区、突触前膜的组成部分等;主要涉及的分子功能为蛋白质异二聚等.KEGG富集最显著的通路为RIG-I样受体通路和IL-17通路.结论《中华医典》中治疗腰腿痛处方古籍中治疗腰腿痛的药物具有温、通、补的特点,当归、附子、肉桂作为核心药物对TNF、PTGS2、CXCL8等相关靶点,通过调控RIG-I样受体、IL-17等通路治疗腰腿痛.

目的:分析基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中食管腺癌(EAC)基因表达数据,阐明EAC发病的潜在核心基因与肿瘤淋巴细胞浸润的关系,为EAC的诊断和治疗提供分子靶标.方法:在GEO数据库检索"esophageal adenocarcinoma",下载包括EAC和食管正常组织的高通量芯片数据集GSE13898、GSE26886、GSE74553和GSE92396.采用R软件的limma包筛选EAC组织和食管正常组织的差异表达基因(DEGs),并通过韦恩图获取共同DEGs,采用STRING数据库分析后导入Cytoscape软件筛选核心基因并构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库验证核心基因表达水平,采用阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(UALCAN)和Kaplan-Meier Plotter数据库分析核心基因与EAC患者预后和临床资料的关联性,采用肿瘤免疫评价资源(TIMER)数据库分析核心基因与肿瘤免疫浸润的关系,采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对LinkedOmics数据库获得的核心基因中正相关表达基因进行功能和信号通路富集分析.结果:对GEO获得的4个数据集的DEGs取交集,共获得340个DEGs,其中上调基因127个,下调基因213个.经STRING数据库和Cytoscape软件筛选后,最终获得评分最高的关键核心基因分泌型磷蛋白1(SPP1)和转化生长因子β1(TGFB1).GEPIA数据库分析,与食管正常组织比较,癌组织中SPP1和TGFB1 mRNA表达水平明显升高(P＜0.01);SPP1低表达组EAC患者1、3和5年总体生存期均高于SPP1高表达组(HR=10.1,P＜O.05;HR=3.09,P＜0.05;HR=2.32,P＜0.05),TGFB1低表达组EAC患者5年总体生存期高于TGFB1高表达组(HR=2.36,P＜0.05).UALCAN数据库分析,与食管正常组织比较,Ⅱ-Ⅲ期及N1-N2期淋巴结转移的EAC患者癌组织中SPP1和TGFB1mRNA表达水平明显升高(P＜0.01).TIMER分析,SPP1和TGFB1 mRNA表达水平与EAC患者癌组织中巨噬细胞(r=0.353,P＜0.01;r=0.187,P＜0.05)和树突状细胞(r=0.236,P＜0.01;r=0.221,P＜0.01)浸润呈正相关关系.GO功能和KEGG信号通路富集分析,SPP1和TGFB1及其排名前50位正相关基因主要参与细胞迁移、细胞活性和血管发育等生物学过程及肿瘤蛋白多糖、细胞外基质(ECM)-受体互作和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)等信号通路.结论:SPP1和TGFB1与EAC患者临床分期、淋巴结转移和总体生存期有密切关联.SPP1和TGFB1高表达可能导致巨噬细胞和树突状细胞浸润,从而改变肿瘤微环境.SPP1和TGFB1可能成为EAC诊断和治疗的新靶点.