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Al Kaissi综合征1例患儿的基因变异分析及文献复习
编辑人员丨1周前
目的:探讨1例Al Kaissi综合征患儿的遗传学病因,并为其家系提供产前诊断。方法:选取2021年3月6日于河南省郑州大学第一附属医院就诊的1例Al Kaissi综合征患儿为研究对象。提取患儿基因组DNA,应用拷贝数变异测序(CNV-seq)和全外显子组测序(WES)技术对患儿进行遗传变异筛查,应用PCR-琼脂糖凝胶电泳和实时荧光定量PCR技术(qPCR)对筛查结果进行验证,同时验证其父母以明确变异来源,并对该家系的产前绒毛样本进行检测。结果:患儿为6岁4个月男性,具有低耳位、招风耳和三角脸等特殊面容,语言和智力发育迟缓,存在先天性室间隔缺损。CNV-seq结果未见明显异常,WES结果提示患儿 CDK10基因第1、2外显子纯合缺失,PCR-琼脂糖凝胶电泳和qPCR结果进一步证实患儿父母均为 CDK10基因第1、2外显子杂合缺失携带者。该家系产前绒毛样本提示胎儿为 CDK10基因第1、2外显子杂合缺失携带者。 结论:结合临床表型,上述患儿考虑为 CDK10基因第1、2外显子纯合缺失所致的Al Kaissi综合征。
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编辑人员丨1周前
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基于重组酶介导的等温扩增和CRISPR-Cas13a检测幽门螺杆菌的方法的建立
编辑人员丨1周前
目的:开发一种基于重组酶介导的等温扩增(RAA)和成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)及其相关蛋白(Cas13a)系统的幽门螺杆菌核酸检测体系。方法:选取2021—2022年于应急总医院收集的30株幽门螺杆菌以及大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、阴沟肠杆菌和肺炎克雷伯菌各2株。针对幽门螺杆菌UreC基因保守区序列,设计RAA-Cas13a 核酸检测体系所需的特异性引物及CRISPR RNA(crRNA)。再通过琼脂糖凝胶电泳筛选出产生非特异性产物最少的引物对,并应用Cas13a切割荧光探针产生的荧光强度筛选出切割效率最高的crRNA序列,构建了RAA-Cas13a核酸检测体系,通过检测梯度浓度稀释的幽门螺杆菌ATCC 43504基因组DNA以及5种不同的临床常见病原体基因组DNA,评价基于RAA-Cas13a核酸检测体系的最低检测限及特异性。通过RAA-Cas13a核酸检测体系与已建立的荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)方法同时检测临床菌株,得到该方法与qPCR方法的一致性。采用双侧配对 t检验对两组间的荧光值进行比较, P<0.05为差异有统计学意义。 结果:建立的RAA-Cas13a核酸检测系统可以在1 h内检测出低至10拷贝/μl的靶标DNA( t=11.05, P<0.01),且与其他5种临床常见菌株无交叉反应。RAA-Cas13a方法与传统的qPCR方法具有良好的一致性,Kappa系数为1。 结论:建立了一种将RAA与CRISPR-Cas13a结合进行幽门螺杆菌检测的方法,可用于快速且灵敏的识别幽门螺杆菌感染。
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编辑人员丨1周前
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青岛市区5家医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌耐药基因检测及分析
编辑人员丨1周前
目的:通过对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯杆菌(CRKP)的碳青霉烯酶表型的筛查及耐药基因检测,明确青岛市区该细菌耐药基因的分布及构成,为临床上合理应用抗菌药物治疗提供依据。方法:收集2016年10月至2019年9月青岛市区5家三甲医院临床分离出的非重复CRKP共54株,采用琼脂稀释法或纸片扩散法(K-B法)进行常用抗菌药物的药敏试验;应用改良Hodge试验进行碳青霉烯酶表型筛查;采用聚合酶链反应(PCR)扩增 blaKPC-2、 blaNDM-1、 blaOXA-48、 blaIMP、 blaVIM目的基因,扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。 结果:药敏试验显示,CRKP对阿米卡星耐药率最低(35.2%),其次为复方新诺明(53.7%)、庆大霉素(55.6%)、左氧氟沙星(75.9%)、亚胺培南/西司他丁(88.9%),哌拉西林/他唑巴坦、美罗培南、头孢噻肟、头孢哌酮/舒巴坦钠的耐药率均高于90%。改良Hodge试验阳性菌株有43株(阳性率为79.63%),阴性菌株为11株。PCR耐药基因检测共检出带有碳青霉烯酶耐药基因的菌株40株,目的耐药基因检出率为74.07%。其中35株携带KPC-2基因,7株携带OXA-48基因,4株携带NDM-1基因,1株携带IMP基因,其中携带有OXA-48基因的菌株均同时携带KPC-2基因,未检测出携带VIM基因的菌株,剩余14株未检测出目标碳青霉烯酶基因。结论:青岛市区5家医院CRKP携带的产碳青霉烯酶基因主要为KPC-2,其次为OXA-48及NDM-1。
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编辑人员丨1周前
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外周血样本的存储和运输对BCR-ABL(P210)转录本水平定量检测结果的影响
编辑人员丨1周前
目的:探索慢性髓性白血病(CML)患者外周血样本的存储和运输对实时定量PCR(RQ-PCR)检测BCR-ABL(P210)转录本水平的影响。方法:采集84例CML患者外周血样本,根据储存时间(0、6、12、24、48和72 h)、温度[室温(18~24 ℃)和低温(2~8 ℃)]以及振荡条件(振荡时长3、6和12 h)设置不同分组,RQ-PCR法检测不同条件下外周血样本BCR-ABL(P210)转录本水平。本研究将BCR-ABL拷贝数、ABL拷贝数和BCR-ABL(P210)转录本水平等原始数据进行对数转化(log 10N)。 结果:①琼脂糖凝胶电泳结果显示:室温条件下,储存48、72 h的样本RNA出现显著降解;②储存温度方面,总体样本中,室温储存48、72 h的样本BCR-ABL拷贝数检测水平显著低于低温储存的样本( P<0.05);然而BCR-ABL(P210)转录本水平在低温储存与室温储存条件下检测结果差异无统计学意义( P>0.05);③储存时间方面,与基线的3.35±1.60相比,总体样本的BCR-ABL拷贝数检测结果仅在室温储存储存下48 h(2.93±1.59)和72 h(2.79±1.42)显著下降( P<0.05);与基线的5.47±0.35相比,总体样本中ABL拷贝数检测结果在48 h(低温5.29±0.30,室温5.06±0.38)和72 h(低温5.11±0.54,室温4.64±0.79)均显著下降( P<0.05)。但是,与基线的-0.56±1.51相比,无论低温或室温条件下,不同储存时间(6、12、24、48和72 h)的样本BCR-ABL(P210)转录本水平检测结果无显著改变( P>0.05);④振荡方面,与基线的-0.60±1.37相比,振荡3、6、12 h的样本BCR-ABL(P210)转录本水平检测结果无显著改变( P>0.05)。 结论:样本储存时间、储存温度及运输振荡因素可以影响BCR-ABL、ABL拷贝数的检测结果,但对BCR-ABL(P210)转录本水平定量检测结果无显著影响。
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编辑人员丨1周前
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间质细胞双尾C基因条件性敲除小鼠模型建立及其表型分析
编辑人员丨1周前
目的:构建间质细胞双尾C(Bicc1)基因条件性敲除小鼠模型,并对其表型进行分析。方法:将CRISPR Cas9方法构建的Bicc1 f/+小鼠子代与Pdgfra启动子驱动的Cre小鼠进行杂交,获得子代小鼠,饲养1~2周后提取其脚趾及鼠尾组织基因组DNA,经PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳后,在DNA水平检测小鼠基因型;选取经鉴定后生长至3周龄的Bicc1基因条件性敲除小鼠(实验组)、野生型小鼠(对照组)各3只进行后续实验:通过腹腔注射他莫昔芬进行诱导敲除Bicc1基因,于1周后取小鼠肾脏、骨骼肌、皮肤及脂肪组织,一部分组织通过实时定量PCR(RT-qPCR)鉴定其中的Bicc1 mRNA表达水平;另一部分组织以10%多聚甲醛固定,随后进行HE染色和Masson染色,在光镜下观察分析。应用SPSS 28.0软件对数据进行分析,组间比较采用 t检验, P<0.05表示差异有统计学意义。 结果:通过繁育获得间质细胞Bicc1基因条件性敲除小鼠,基因型为Bicc1 f/fCre +/-,野生型小鼠基因型为Bicc1 f/fCre -/-;RT-qPCR检测结果显示,实验组小鼠肾脏、骨骼肌、皮肤、脂肪组织中Bicc1 mRNA表达水平均显著低于对照组( P均<0.01);HE染色和Masson染色显示,与对照组相比,实验组小鼠肾小球萎缩,肾小囊形状不规则,部分肾小囊消失;骨骼肌纤维排列疏松散乱,肌纤维堆积不致密;皮肤及脂肪组织未见明显差别。 结论:成功建立了间质细胞Bicc1基因条件性敲除小鼠模型,可以为研究Bicc1基因在组织器官间质细胞中的作用提供动物模型;3周龄小鼠间质细胞中敲除Bicc1后1周,其肾脏和骨骼肌发生病理性改变。
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编辑人员丨1周前
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烧伤患者耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌携带质粒及其与菌株传播的相关性
编辑人员丨1周前
目的:探索烧伤患者耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌(CRKP)的质粒携带情况,分析这些质粒与CRKP传播的相关性。方法:采用回顾性观察性研究方法。取从陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院2017年1—12月收治的22例烧伤患者[男20例、女2例,年龄(42±16)岁]临床相关标本中分离保存的26株CRKP,对其进行编号。采用碱裂解法提取菌株质粒,用核酸浓度检测仪测定浓度后行琼脂糖凝胶电泳观察条带情况,并对质粒行大致分型。从各个质粒分型中选取最小编号CRKP携带质粒转化感受态大肠埃希菌TOP10菌株(以下简称TOP10菌株),观察各转化菌株与TOP10菌株涂布含氨苄西林的固体LB培养基并过夜培养后生长情况,计算成功转化比例。取成功转化TOP10菌株的最小编号CRKP携带质粒的转化菌株(以下简称最小成功转化菌株)与相应编号CRKP,提取菌株携带质粒,行琼脂糖凝胶电泳观察条带情况。取前述各成功转化菌株与TOP10菌株,采用药物敏感试验检测菌株对17种临床常用抗生素的耐药性。取最小成功转化菌株携带质粒,使用第二代测序技术进行基因测序,并完成蛋白质编码基因预测、序列比对等生物信息分析,后续根据耐药基因携带情况命名为pKP03-NDM1。根据最小成功转化菌株携带质粒全基因组序列,采用PCR法及琼脂糖凝胶电泳与基因测序检测剩余25株CRKP携带质粒的新德里金属β-内酰胺酶-1( blaNDM-1)基因携带情况,结合文献分析26株CRKP多位点序列分型中的ST分型。 结果:从26株CRKP中均提取到质粒,质粒质量浓度为19.3~189.8 ng/μL。26株CRKP携带质粒的琼脂糖凝胶电泳均可见2 500 bp以上条带,可大致分为A、B、C、D、E、F型6个型别。过夜培养后,在含氨苄西林的固体LB培养基上,未见A、B、D、E型CRKP携带质粒转化TOP10菌株或单纯TOP10菌株菌落生长,可见3号CRKP携带的C型质粒和15号CRKP携带的F型质粒转化TOP10菌株大量菌落生长(转化菌株被分别命名为TOP10-pKP03、TOP10-pKP15),成功转化比例为1/3。TOP10-pKP03携带质粒琼脂糖凝胶电泳图仅表现为1个条带,大小与3号CRKP携带质粒最大的条带一致。TOP10菌株对所检测的17种临床常用抗生素全敏感;TOP10-pKP03和TOP10-pKP15对青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类抗生素耐药,对单环β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类抗生素以及替加环素敏感。TOP10-pKP03携带质粒全长为41 190 bp,该质粒携带 blaNDM-1、 bleMBL、 T4SS、博来霉素抗性基因且包含接合转移元件、松弛酶等片段,与从大肠埃希菌JN24中提取的质粒pJN24NDM1长度相同且核苷酸相似性为99%。从16株(61.5%)CRKP携带质粒中检测到了 blaNDM-1基因,该16株CRKP的ST型别中,ST11型11株,ST215型、ST260型、ST395型、ST2230型、新ST型各1株;不携带 blaNDM-1基因的10株CRKP的ST型别中,ST11型8株,ST395型、ST2230型各1株。 结论:自烧伤患者CRKP中分离测序了一个高携带率的包含 blaNDM-1基因的质粒pKP03-NDM1,该质粒可能通过介导 blaNDM-1基因在CRKP间以及CRKP和大肠埃希菌间的水平转移,导致耐药性传播。
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编辑人员丨1周前
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无精子症因子微缺失拓展检测方法在2例性染色体拷贝数异常患者中的应用价值
编辑人员丨1周前
目的:探讨Y染色体无精子症因子(azoospermia factor,AZF)微缺失拓展检测方法在遗传性不育和性发育异常疾病中的应用价值。方法:本研究分别运用多重聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)结合琼脂糖凝胶电泳方法、复合荧光多重PCR毛细管电泳DNA片段分析技术以及染色体核型分析技术对2020年3月就诊于河南省人民医院生殖中心的1例不育症患者(患者1)和2020年4月就诊于河南省人民医院内分泌科的1例性腺发育异常儿童(患者2)进行检测。结果:针对15个序列标签位点(sequence tagged site,STS)对这2例患者进行检测,结果未提示Y染色体AZF微缺失;针对27个STS遗传标记进行拓展检测,结果检测提示患者1位于X染色体长臂的STS位点扩增峰值是X染色体短臂扩增峰值的近3倍(Xqp),X染色体长臂的STR质控位点扩增峰为2个峰,且比值约为2∶1(GATA31E08和DXS6809),TAF9b位点在X染色体长臂扩增峰值与常染色体扩增峰值的比值约为3∶2,该患者X染色体长臂可能存在拷贝数异常。患者2,C03Yp、TAF9b、C01Yq和C11Xp位点在X染色体或Y染色体的扩增峰值与常染色体扩增峰值比值约为1∶1,X染色体的STR质控位点扩增峰为2个峰,且比值约为1∶1(GATA31E08和DXS6795),该患者可能存在X和Y染色体拷贝数异常;染色体核型分析显示患者1染色体核型为47,XY,i(X)(q10);患者2染色体核型为48,XXYY,与AZF微缺失拓展检测结果相印证。结论:与传统AZF检测方法相比,本拓展检测方法不仅可以满足AZF检测需要,还可以提示性染色体拷贝数异常,较染色体核型分析技术,具有操作简捷的特点,可减低临床检验成本及工作量。
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编辑人员丨1周前
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基于自转运蛋白Ag43的HPV16L1蛋白的细菌表面展示
编辑人员丨1周前
目的:通过构建含有不同大小乘客结构域的Ag43表面展示载体,观察其将外源蛋白HPV16L1展示在细菌细胞表面的效率。方法:(1)利用基因工程手段将不同长度的Ag43基因序列连接到pET22b载体,获得4种Ag43表面展示载体:Ag43/138、Ag43/551、Ag43/552、Ag43/700;(2)克隆HPV16L1编码基因序列,利用基因工程手段将其分别连接到上述4种Ag43表面展示载体,获得4种重组蛋白表达载体;(3)HPV16L1-Ag43融合蛋白表达及SDS-PAGE分析;(4)利用胰蛋白酶消化验证HPV16L1蛋白在大肠埃希菌的表面展示。结果:琼脂糖凝胶电泳结果显示PCR扩增获得的Ag43和HPV16L1条带与预期大小一致,表面展示载体和重组蛋白表达载体的基因序列均通过基因测序验证无误。经IPTG诱导后,构建的4种Ag43表面展示载体均能表达HPV16L1蛋白。胰蛋白酶消化后,4种重组蛋白条带均减弱,且Ag43/700-HPV16L1条带减弱最明显。结论:成功构建了基于自转运蛋白Ag43的细菌表面展示载体,HPV16L1蛋白可通过构建的4种Ag43表面展示载体表达并展示在大肠埃希菌表面,且仅保留α-螺旋和β-桶状结构域部分的Ag43表达载体即Ag43/700的表面展示效果最优。
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编辑人员丨1周前
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不明原因智力障碍患者的 FMR1基因分析及产前诊断
编辑人员丨1周前
目的:对不明原因智力障碍患者进行FMR1基因(CGG)n重复数分析,调查智力障碍患者中脆性X综合征的发病率,进而对患者家系成员进行遗传咨询和产前诊断。方法:本研究募集了201例不明原因智力障碍患者(男173例、女28例),应用PCR-琼脂糖凝胶电泳(结合FMR1基因RNA表达)、Perkin Elmer FragilEase? PCR-毛细管电泳检测方法对FMR1基因(CGG)n重复数进行分析,并对前突变/全突变携带者孕妇进行产前诊断;同时对智力障碍的全突变携带者女性进行X染色体失活模式检测。结果:在201例不明原因智力障碍患者中共鉴定出15个脆性X综合征全突变家系(先证者为13男2女),智力障碍患者中脆性X综合征的发病率为7.5%(15/201)。并对6名FMR1基因前突变/全突变携带者孕妇进行了产前诊断。智力障碍全突变携带者女性的X染色体失活模式均为偏斜失活。结论:脆性X综合征在不明原因智力障碍患者中的发病率较高,对不明原因智力障碍患者进行FMR1基因(CGG)n重复数分析,可以为患者及其家系的遗传咨询和产前诊断提供理论依据,FMR1基因分析应作为不明原因智力障碍患者的一线检测手段。
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编辑人员丨1周前
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重组磷脂酶A2受体串联显性表位免疫吸附去除原发性膜性肾病中抗磷脂酶A2受体自身抗体
编辑人员丨1周前
目的:探究重组磷脂酶A2受体(phospholipase A2 receptor,PLA2R)串联显性表位(PLA2RTD)在去除原发性膜性肾病(primary membranous nephropathy,PMN)抗PLA2R自身抗体(anti-PLA2R)中的作用。方法:在杆状病毒穿梭载体-昆虫细胞体系中表达重组蛋白分子PLA2RTD(富含半胱氨酸结构域、C型凝集素样结构域1和C型凝集素样结构域7),圆二色谱法测定PLA2RTD的二级结构,酶联免疫吸附测定法和免疫荧光法测定PLA2RTD的生物活性,环氧活化法耦联重组PLA2RTD与琼脂糖凝胶CL-6B微球以制备anti-PLA2R的特异性免疫吸附剂。结果:该研究实现了PLA2RTD在杆状病毒穿梭载体-昆虫细胞系统中的首次表达,证明了PLA2RTD具有良好的免疫原性和较高的结合特异性。PLA2RTD免疫吸附剂体外单次吸附可平均消除76.66%的anti-PLA2R[(6.66±0.30)RU/ml比(28.54±2.10)RU/ml],吸附完成后血浆中IgG、IgA、白蛋白、β2微球蛋白、白细胞介素6和肿瘤坏死因子α的含量变化<4%,第2~3次重复使用时仍可保持65%左右的吸附效率。结论:基于PLA2RTD的特异性免疫吸附剂能够有效地清除血浆中anti-PLA2R,为特异性清除与PMN相关的自身抗体提供了一种新途径。
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编辑人员丨1周前
