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富里酸干预缺氧诱导人视网膜微血管内皮细胞基因表达谱的MiSeq测序分析
编辑人员丨1天前
目的:观察富里酸(FA)干预缺氧诱导的人视网膜微血管内皮细胞(hRMEC)基因表达谱的MiSeq测序分析结果。方法:体外培养hRMEC,并将其分为缺氧组(缺氧处理)和FA干预组(即缺氧后FA干预)。采用MTT比色法检测不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC活性的影响。选择FA的最佳作用浓度,通过实时荧光定量PCR (RT-PCR)验证FA对缺氧诱导hRMEC中细胞间黏附分子-1 (ICAM-1)、IL-1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、MMP-2、TNF-α、TNF-β等炎症因子及炎症相关因子mRNA表达的影响。收集处于对数生长期的缺氧组和FA干预组细胞,应用MiSeq测序技术对两组细胞进行全转录组测序,获得生物学大数据,在此基础上分析差异表达的miRNA;通过基因注释(GO)功能显著性富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路显著性富集分析对差异miRNA的功能及信号通路进行分析。组间炎症因子及炎症相关因子表达比较时,通过miRNA mimic调节细胞中相应miRNA的表达水平,观察其对细胞功能的影响,从而判断该miRNA的作用。结果:不同浓度和不同作用方式的FA对hRMEC的细胞活性无影响。RT-PCT检测结果显示,缺氧组hRMEC中ICAM-1、IL-1β、IL-6和TNF-β的mRNA表达较正常组明显上调,差异有统计学意义( t=3.426、6.011、5.282、6.500 , P=0.027、0.004、0.006、0.003);FA干预组hRMEC中ICAM-1、IL-6、TNF-α和TNF-β的mRNA表达较缺氧组明显下降,差异有统计学意义( t=9.961、3.676、3.613、3.387, P=0.001、0.021、0.023、0.028 )。缺氧组和FA干预组之间共有14个差异表达miRNA,其中上调基因9个,下调基因5个。共4个差异miRNA (hsa-miR-1 285-3p、hsa-miR-30d-3p、hsa-miR-3 170、hsa-miR-7 976)的预测靶基因均为ICAM-1。GO功能显著性富集分析结果显示,差异基因的功能主要富集在细胞发育、细胞分化和单生物发育过程中。KEGG通路显著性富集分析结果显示,差异miRNA表达高度富集的是癌症中蛋白多糖通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,差异表达较明显的是花生四烯酸代谢通路和安非他明成瘾性通路。 结论:FA可能通过调控多个miRNA的表达,影响下游ICAM-1 mRNA的表达水平,从而对缺氧刺激hRMEC后细胞的炎性状态产生影响。
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编辑人员丨1天前
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急性淋巴细胞白血病患者异常骨髓微环境的研究现状
编辑人员丨1天前
急性淋巴细胞白血病(ALL)为一种起源于B系或者T系淋巴细胞的恶性血液系统疾病,其发生、发展与骨髓微环境密切相关。骨髓微环境是一个包含成骨细胞、基质细胞、间充质干细胞(MSC)、脂肪细胞、巨噬细胞、调节性T细胞(Treg)的复杂系统。这些细胞的生物学性状改变,而形成的异常骨髓微环境,为ALL细胞提供适宜生长、增殖的空间。为了探究异常骨髓微环境对ALL发生、发展的影响,笔者拟就ALL患者异常骨髓微环境,及其相关细胞与ALL细胞之间相互作用的研究现状进行介绍。
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编辑人员丨1天前
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分选蛋白17对胰腺癌细胞生物学性状的影响
编辑人员丨1天前
目的:探讨分选蛋白(SNX)17通过激活表皮生长因子受体(EGFR)影响胰腺癌细胞侵袭、增殖和迁移能力。方法:采集3例人胰腺癌组织及癌旁组织样本,自2021年1月至2021年3月收集于贵州医科大学附属医院肝胆外科,用免疫组织化学(IHC)染色检测癌组织与癌旁组织中SNX17的表达量。用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)技术检测胰腺癌细胞系中SNX17的相对表达量;用空siRNA以及两种敲低SNX17的小干扰RNA(siRNA)分别转染上述细胞,分组为NC组、SNX17-si1组和SNX17-si2组。通过细胞计数试剂盒(CCK-8)、平板克隆实验检测胰腺癌细胞的增殖能力,Transwell及划痕实验检测胰腺癌细胞迁移能力。蛋白质印迹法(Western blot)检测在SNX17敲低的癌细胞中EGFR以及细胞外调节激酶(ERK)的相对表达量差异。最后在胰腺癌细胞中共转染siRNA以及EGFR的过表达质粒进行功能回复实验(分组为NC组、SNX17-si1组、EFGR-overexpression+SNX17-si1组),组间比较采用 t检验,组内两两比较采用LSD- t检验。 结果:免疫组织化学检测结果显示癌组织中SNX17相对表达量高于癌旁组织(5.750±1.323, t=4.345, P<0.05),差异有统计学意义。RT-qPCR发现在胰腺癌细胞系中,人胰腺癌细胞-2(MIA PaCa-2,19.240±2.048、 t=8.844, P<0.05)和人胰腺癌细胞-1(PANC-1,5.796±1.256, t=3.712, P<0.05)细胞中SNX17相对表达量显著高于其他胰腺癌细胞系,差异有统计学意义。CCK-8实验技术结果显示,SNX17-si1组、SNX17-si2组低于NC组吸光度值(0.707±0.059比0.346±0.075比1.109±0.052比0.602±0.047, t=12.060、4.642、21.440、12.750, P<0.01),差异有统计学意义。平板克隆结果显示转染组细胞集落数减少。划痕实验结果显示敲低SNX17降低细胞的侵袭能力。Transwell迁移实验结果显示,SNX17-si1组、SNX17-si2组单位视野穿过的细胞数低于NC组[(666.300±14.400)个比(574.300±10.800)个比(129.300±4.300)个比(93.700±3.100)个, t=46.260、53.220、29.850、15.450, P<0.01],差异有统计学意义。而侵袭实验结果表示,SNX17-si1组、SNX17-si2组单位视野穿过的细胞数低于NC组[(137.5±20.1)个比(100.8±17.4)个比(324.5±7.9)个比(289.8±10.2)个, t=6.836、5.807、41.020、28.430, P<0.01],差异有统计学意义。Western blot检测结果显示,SNX17-si1组与SNX17-si2组EGFR的相对表达量低于NC组(0.477±0.032比0.278±0.042比0.853±0.053比0.826±0.050, t=14.920、6.640、16.130、16.430, P<0.01),差异有统计学意义。在回复实验中,CCK-8、Transwell实验及划痕实验证明共转染EGFR-overexpression+SNX17-si1逆转敲低SNX17所导致的胰腺癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的降低。最后用Western blot结果表明,共转染组比较单独转染SNX17-si1的组别,EGFR的相对表达量分别增高(0.712±0.010、 t=70.220, P<0.05;1.002±0.027、 t=37.580, P<0.05),差异均有统计学意义。 结论:SNX17通过影响EGFR促进胰腺癌细胞MIA PaCa-2和PANC-1的增殖、侵袭、迁移能力。
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编辑人员丨1天前
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双膦酸盐对正畸牙根吸收和修复相关细胞作用的研究进展
编辑人员丨1天前
牙根吸收是正畸治疗中常见并发症之一,其高发性已引起正畸医师的关注。双膦酸盐一类骨吸收抑制剂,能调节体内钙代谢。近年来,有研究证实双膦酸盐能有效缓解正畸导致的牙根吸收。本文就双膦酸盐的生物学性状和应用,以及对牙根吸收和修复相关细胞的影响进行综述。
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编辑人员丨1天前
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胆囊癌人源性肿瘤异种移植模型的建立及肿瘤相关突变基因筛选
编辑人员丨1天前
目的:建立胆囊癌人源性肿瘤异种移植(PDX)模型,筛选胆囊癌相关突变基因,为胆囊癌的个体化治疗提供有效的临床前模型和新的治疗靶点。方法:取10例手术切除的胆囊癌新鲜组织建立裸鼠胆囊癌PDX模型。通过对其中两例PDX肿瘤组织进行HE染色、Ki67免疫组化染色和全外显子测序(WES),比较其在组织结构和分子病理方面与原代供体肿瘤的生物学性状差异,高通量筛选肿瘤突变基因。结果:胆囊癌PDX模型构建成功率为70%(7/10),PDX肿瘤组织与供体肿瘤的病理组织结构和生长特征基本相似;经WES测序的2例建模患者中,PDX模型有害突变基因与原代供体肿瘤相同率为71.4%(15/21)和65.2%(15/23),相同基因分别占模型有害突变的93.8%(15/16)和71.4%(15/21)。两例供体肿瘤与PDX模型肿瘤共同的突变基因包括TP53、ABCC4、AMPD1等22个;通过生物信息学分析,最终筛选出可能与胆囊癌发生发展密切相关的TP53、ABCC4等10个基因。结论:胆囊癌PDX模型可以有效替代胆囊癌患者进行个体化治疗的临床前研究,TP53、ABCC4等10个突变基因可能成为胆囊癌新的潜在治疗靶点。
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编辑人员丨1天前
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miR-548b-3p通过调控诱骗受体3的表达影响肝癌细胞恶性生物学性状的研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨 miR-548b-3p是否可以通过下调诱骗受体3(DcR3)的表达进而调节肝癌细胞的恶性生物学性状。 方法:通过实时荧光定量PCR检测Hep3b、HepG2、Huh7.5.1、PLC、97H等5种常见肝癌细胞系中 miR-548b-3p的水平,实验用肝癌细胞系购自上海市肿瘤研究所。裸鼠皮下成瘤性实验包括 miR-548b-3p过表达和低表达两部分: miR-548b-3p过表达实验包括Huh7.5.1- miR-548b-3p细胞组和Huh7.5.1-NC细胞组; miR-548b-3p低表达实验组包括PLC- miR-548b-3p-sponge组和PLC-NC细胞组,每组分别5只裸鼠。实验用裸鼠为雄性Balb/c品系,体重20~25 g,4~6周龄。利用Starbase软件预测 miR-548b-3p与 DcR3是否存在结合位点;双荧光素酶报告实验验证 DcR3是否为 miR-548b-3p的靶基因。通过拯救实验验证 miR-548b-3p对肝癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响是否通过 DcR3来实现。采用Graphpad Prism 9进行统计分析,符合正态分布的计量资料以均数±标准差( ± s)表示,组间比较采用 t检验。 结果:实时荧光定量PCR以2 -ΔΔCt相对表达量为参数进行比较,假设Hep3b相对表达量为1,HepG2相对表达量为0.902,Huh7.5.1相对表达量为0.712,PLC相对表达量为1.293,97H相对表达量为0.818,最后结果表明, miR-548b-3p表达最高的是PLC细胞,表达最低的是Huh7.5.1细胞;裸鼠皮下成瘤性实验表明,实验4周后,Huh7.5.1- miR-548b-3p组成瘤体积为(444.77±142.34) mm 3,Huh7.5.1-NC组成瘤体积为(918.80±139.21) mm 3;PLC- miR-548b-3p-sponge组成瘤体积为(407.49±58.50) mm 3,PLC-NC组成瘤体积为(218.62±47.55) mm 3;利用Starbase软件预测到 miR-548b-3p与 DcR3存在结合位点;双荧光素酶报告实验证明 DcR3是 miR-548b-3p的靶基因;拯救实验验证 miR-548b-3p对肝癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响是通过 DcR3来实现的。 结论:miR-548b-3p可调节肝癌细胞的增殖、侵袭和迁移等恶性生物学性状,并且是通过下调 DcR3的表达水平来实现的。
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编辑人员丨1天前
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容受前期与容受期子宫内膜基因表达及代谢物水平差异分析
编辑人员丨1天前
目的:分析容受前期和容受期子宫内膜基因表达及宫颈分泌物中氨基酸和肉碱水平差异,为探讨新的子宫内膜容受性分子标记物提供线索和依据。方法:选取2020年1月6号至2022年1月31日就诊于临沂市人民医院生殖医学科的共59例不孕女性患者作为研究对象,收集临床资料。匹配年龄、体质量指数及不孕年限等因素选取准备胚胎移植的不孕女性3对(6名),取内膜组织进行基因转录表达分析。另选经辅助生殖技术妊娠25例为对照组,门诊监测排卵未妊娠女性28例为病例组,采用超声判定内膜容受性状态。前者提取子宫内膜组织进行测序后,进行差异表达基因的GO数据库和KEGG数据库富集分析。后者取对照组和病例组宫颈分泌物,经质谱检测其中氨基酸和肉碱水平。采用秩和检验、t检验及 χ2检验进行统计学分析。 结果:研究对象基本临床资料无明显差异( P>0.05)。基因测序提示上/下调最显著的基因分别是 HLA-DRB5和 MMP10。GO和KEGG富集差异表达基因较多的生物学过程、分子功能和通路主要有免疫调控、细胞粘附和色氨酸代谢等。分泌物代谢分析发现多种氨基酸和肉碱代谢物水平在二组间差异明显( P<0.05),主要为氨基酸和肉碱水平如丙氨酸、缬氨酸、3-羟基丁酰肉碱(C4OH)+丙二酰肉碱(C3DC)/葵酰肉碱(C10)等。 结论:容受前期与容受期子宫内膜组织相比,基因转录表达差异显著,可能与子宫内膜容受性状态存在关联。氨基酸和肉碱水平提示差异变化较大指标可能作为标记物预测子宫内膜容受性状态。
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编辑人员丨1天前
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创伤性脑损伤后基因表达谱数据的权重基因共表达网络分析
编辑人员丨1天前
目的:通过对创伤性脑损伤(TBI)后脑组织的基因表达谱数据进行权重基因共表达网络分析(WGCNA),筛选具有重要意义的基因集,并明确其涉及的功能及信号通路,为TBI的机制研究和治疗提供参考。方法:在基因表达数据库(GEO)中下载大鼠TBI基因表达谱数据GSE2871,将全部47个大鼠脑组织样本的8 799个基因的表达情况进行WGCNA分析;计算选择β加权软阈值后,对全部基因构建无向加权基因网络,识别具有高度绝对相关性的基因集;从数据库中获取样本信息并计算样本特征与模块间的相关性,选取与损伤程度及取样部位相关的模块进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,从而获悉上述关键模块中基因涉及的生物学过程和通路;计算关键模块内基因的模块相关度和性状相关度,进而遴选关键模块中的核心基因。结果:将GSE2871表达谱数据库中的所有大鼠脑组织样本和基因纳入WGCNA,共得出22个模块,分别标记为模块A~V。其中模块E、G、T、U与取样部位显著相关,模块E和模块G同时与损伤程度显著相关;GO分析和KEGG通路分析提示,与损伤程度和取样部位均显著相关的模块E、G中的基因主要参与白细胞迁移、细胞趋化及各种免疫反应调控等相关生物学过程,涉及抗原处理与呈递、细胞因子-细胞因子受体相互作用及白细胞介素(IL)-17信号等信号通路。与取样部位显著相关的模块T、U主要参与低氧反应、细胞代谢、细胞膜离子通道调控和信号传导等生物学过程,涉及神经退行性疾病信号通路、核糖体、自噬、神经活性的配体-受体相互作用等信号通路;Tuba1b/1c、Ifitm3、Cebpd、Nfkbia、Serinc3、Pmpcb、Cyp4a8等为上述关键模块的核心基因。结论:与大鼠TBI显著相关的基因主要参与免疫激活、炎症反应、能量代谢异常、钙离子通道失调、自噬异常及细胞凋亡等病理生理环节。
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编辑人员丨1天前
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连续传代对鼠衣原体生长相关性状及其毒力影响的初步研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨体外特殊条件下鼠衣原体( Chlamydia muridarum, Cm)连续传代培养后在感染性、生长发育以及致病性等生物学性状上的变化,为筛选减毒活疫苗,筛查毒力相关基因提供依据。 方法:将实验室 Cm野生株(G0)通过常规细胞培养,在辅助或不辅助培养条件下交替连续传代后,将亲本株G0与获得的传代株G28进行衣原体感染离心依赖性、细胞吸附能力、衣原体感染细胞生长曲线、衣原体形成的噬斑大小以及两种菌株在感染小鼠生殖道后所形成的输卵管病变情况进行检测。 结果:与亲本株G0相比,传代株G28对感染离心条件的依赖性显著下降( P<0.05);对感染细胞的吸附能力却明显上升( P<0.05);G0与G28在感染细胞32 h内的生长曲线差异并无统计学意义;在感染细胞中所形成的噬斑大小也无明显区别;但体内毒力试验中,G0感染小鼠后致输卵管病变率为87.5%,而G28的输卵管病变率仅为37.5%,两者形成差异有统计学意义。 结论:Cm传代株G28与亲本株G0相比,在感染能力显著增强的情况下,其致病性却显著降低,为后续鉴定毒力基因,进一步提取基因型单一的减毒株并应用于衣原体减毒活疫苗带来了希望。
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编辑人员丨1天前
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长链非编码RNA01137在胰腺癌细胞生物学特性中的作用
编辑人员丨1天前
目的:探究Lnc01137对胰腺癌细胞生物学特性的影响。方法:收集2021年6月至2021年9月贵州医科大学肝胆外科34例人胰腺癌组织及癌旁组织样本。通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测Lnc01137在胰腺癌细胞系中和胰腺癌组织中的表达水平。在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中提取胰腺癌组织与癌旁组织中Lnc01137的表达量,提取胰腺癌患者总生存月数和无病生存月数并进行分析。RT-qPCR检测Lnc01137在细胞核和细胞质中的相对表达,并进行RNA荧光原位杂交(FISH)定位。通过慢病毒转染在胰腺癌细胞中敲低Lnc01137的表达,检测上皮-间充质转化(EMT)相关蛋白的表达。采用通路富集分析(GSEA)在京都基因与基因组百科全书(KEGG)中进行基因富集分析,组间比较采用 t检验,组内两两比较采用LSD- t检验。 结果:Lnc01137在胰腺癌细胞系MIA PaCa-2和PANC-1中表达较高,在胰腺癌组织中的表达明显高于胰腺癌癌旁组织,并在细胞质中呈现高表达状态,另外Lnc01137高表达与患者预后不良相关。功能试验显示敲低Lnc01137显著抑制胰腺癌细胞增殖功能。细胞计数试剂盒(CCK-8)实验显示在吸光度为450 mm,第96小时,siLnc01137-1组与siLnc01137-2组吸光度低于NC组(0.586±0.049、 t=11.890,0.281±0.029、 t=9.602, P<0.01;0.850±0.125、 t=6.811,0.442±0.0.70、 t=6.304, P<0.01)差异有统计学意义。划痕实验、Transwell实验显示敲低Lnc01137显著抑制胰腺癌细胞迁移和侵袭功能。蛋白质印迹法(Western blot)实验显示敲低Lnc01137能明显降低胰腺癌细胞EMT相关蛋白的表达。划痕实验显示在48 h时,siLnc01137-1组与siLnc01137-2组的愈合率相比NC组降低(0.696±0.057、 t=12.190,0.383±0.064、 t=5.987,0.390±0.035、 t=11.230,0.207±0.038、 t=5.429, P<0.01),差异有统计学意义。Transwell实验中迁移实验结果显示siLnc01137-1组与siLnc01137-2组单位视野穿过细胞数低于NC组[(645.300±21.330)个、 t=30.260,(409.700±26.920)个、 t=15.220,(580.000±24.790)个、 t=23.400,(269.700±14.240)个、 t=18.940, P<0.01),差异有统计学意义;侵袭实验显示siLnc01137-1组与siLnc01137-2组单位视野穿过细胞数低于NC组[(193.700±24.890)个、 t=7.781,(394.700±18.210)个、 t=21.670,(330.000±9.775)个、 t=33.760,(151.700±26.060)个、 t=5.820, P<0.01],差异有统计学意义。GSEA分析结果显示Lnc01137在JAK-STAT、MAPK、MTOR、P53通路显著富集。错误发现率(FDR)为<0.25和标准化 P<0.05的基因集被认为是显著的。 结论:Lnc01137对胰腺癌细胞生物学性状有显著影响,敲低Lnc01137的表达显著抑制胰腺癌细胞增殖、侵袭、转移的功能和EMT相关蛋白的表达。
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编辑人员丨1天前
