南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6％、T 28.9％、G 15.0％和 C 19.5％,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.

目的:了解青海省玉树藏族自治州（简称玉树州）鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）的基因分型，探讨其遗传特征。方法:选取1963 - 2007年分离自玉树州鼠疫自然疫源地的44株代表性鼠疫菌，提取DNA，针对CRISPR的3个位点（YPa、YPb和YPc）设计引物，进行PCR扩增，并对扩增产物进行测序及分析，鉴定CRISPR间区序列（spacer），确定CRISPR基因型和类群。结果:44株鼠疫菌在CRISPR 3个位点上共有23种spacer，YPa位点14种、YPb位点6种、YPc位点3种，其中有2种新spacer，a106和a107。根据spacer阵列形式，44株鼠疫菌被分为15个CRISPR基因型、6个CRISPR类群，6个类群分别为Cb4、Cc3′、Ca7、Ca7′、Ca△5′和Ca35′，其中Ca7为主要流行类群（34株）。结论:玉树州鼠疫菌CRISPR位点具有多种基因型，遗传多态性较高，种群结构复杂。

目的:分离培养WU多瘤病毒(WU polyomavirus，WUPyV)并分析全基因组系统进化、同源性及种群动态特征。方法:采用实时荧光定量PCR检测2020—2022年间北京友谊医院呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本，利用气液两相的原代人呼吸道上皮细胞模型对WUPyV阳性样本进行病毒分离培养，Sanger测序获得全基因组，结合GenBank数据库中已公布的全基因组信息进行系统发育和进化动力学研究。结果:WUPyV在2020—2022年的检出率为4.7%(31/659)，并成功分离1株Ⅲc型WUPyV临床病毒株BJ0593。WUPyV全基因组及各基因片段同源性较高，VP2基因的平均进化速率约为每年1.256×10 －4个氨基酸替换/位点，种群动态在近十年内趋于平缓。 结论:本研究首次成功分离Ⅲ型WUPyV临床病毒株，为WUPyV的分子进化及致病性研究提供基础。

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

目的:探讨肺炎型肺癌患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中微生物菌群的多样性和群落差异等特征及其临床意义。方法:以回顾性研究方法采集9例肺炎型肺癌、11例结节型(最大径≤3 cm)早期肺癌患者与7例健康人的BALF，提取BALF菌群的总DNA，经通用引物扩增16s rRNA基因，利用高通量测序平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4)区高通量二代测序(NGS)分析后，分析微生物菌群分数量及分布特征，并比较肺炎型、结节型肺癌患者及对照组3组间BALF中微生物菌群差异。采用受试者工作特征曲线(ROC)检测肺炎型肺癌诊断预测价值。结果:肺炎型组患者BALF中中位细菌序列数量为9 235(3 498，30 743)，高于对照组[382(98，2 508)]及结节型组[486(96，780)]( P值均＝0.001)；中位细菌菌种种类肺炎型组[9(6.5，10.5)]高于对照组[2(2，6)]及结节型组[4(2，7)]，肺炎型组较对照组和结节型组细菌菌种增多( P＝0.015及 P＝0.021)；肺炎型组中肺炎链球菌属、普雷沃菌属的检出阳性率(9/9，100.0%)、(8/9，88.9%)，均高于对照组(3/7，42.9%)、(2/7，28.6%)及结节型组(4/11，36.4%)、(4/11，36.4%)( P值均<0.05)；肺炎型组检出占优势菌黑普雷沃菌8例(8/9，88.9%)，较结节型组3例(3/11，27.3%)及对照组1例(1/7，14.3%)优势患者占比增高，差异有统计学意义( P值均<0.01)；产黑普雷沃菌序列数为2 392(521.3，11 715)高于对照组(219)及结节型组[48(9，498)]( P值均<0.05)。以普雷沃菌属序列数占比为37.3%或产黑普雷沃菌序列数263为临界值，预测肺炎型肺癌诊断的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.84(0.663，1.000， P＝0.004 7)和0.92(0.785，1.000， P＝0.000 5)。 结论:肺炎型肺癌患者下呼吸道微生物菌属菌种、数量较健康人复杂，微生物菌群种群分布与局部早期肺癌患者及健康对照组存在差异，其中以普雷沃菌属及产黑普雷沃细菌分布较为普遍，占明显优势，普雷沃菌属占比及产黑普雷沃细菌序列数对肺炎型肺癌可能具有一定的诊断预测价值。

目的:分析甘肃省人畜间布鲁氏菌病(简称布病)空间、季节以及年龄分布的变化,为下一步制定防控措施提供参考依据。方法:收集2018 - 2020年甘肃省人畜间布病报告数据,人间疫情数据来源于"中国疾病预防控制信息系统",畜间阳性数据来源于甘肃省动物疫病控制中心所的月报信息。人间布病根据年份、月份、年龄、地区等因素进行分类分析,畜间布病根据年份、月份、种群、地区等因素进行分类分析。运用ArcGIS 10.2软件对数据进行空间流行特征分析,运用Measuring Geographic工具计算2018 - 2020年人畜间布病发病重心转移距离。结果:2018 - 2020年,甘肃省人间布病共报告6 375例,40 ~ 59岁年龄段占总报告的54.96%(3 504/6 375)。其中,2018年1 584例、2019年1 787例、2020年3 004例。人间布病高发时间为7和11月份。畜间共检出布病阳性牲畜48 180只,其中阳性羊47 342只,占检出总阳性数的98.26%(47 342/48 180)。畜间布病高发时间为10月份。14个市(州)中畜间布病报告主要集中在庆阳市、张掖市、酒泉市。人间布病发病重心位于武威市古浪县境内;畜间布病发病重心2018年位于武威市境内,2020年位于庆阳市境内。结论:甘肃省人畜间布病病例呈增长趋势,部分地区存在人畜疫情分离问题,应主动加强监测力度,落实高危地区人畜间布病防控措施,遏制疫情蔓延态势。

目的:分析北京地区呼吸道感染住院儿童人博卡病毒1型(human bocavirus 1，HBoV1)的流行病学特征，阐明遗传进化特点。方法:采用real-time PCR方法对2017—2019年北京友谊医院呼吸道感染住院患儿的2 848份鼻咽抽吸物样本进行HBoV1核酸检测，结合临床信息进行流行病学分析；利用巢氏PCR方法扩增HBoV1的NP1和VP1基因，分析序列同源性；构建VP1的最大分支可信度树和种群进化图，进行时间进化分析。结果:2 848份样本中检出HBoV1阳性样本90份，感染率为3.16%，5岁以下患儿居多(93.33%，84/90)。HBoV1感染全年可见，10月份病例数最多，检出率为7.23%(18/249)。HBoV1阳性病例多与其他呼吸道病毒混合感染(48.89%，44/90)，临床症状多为咳嗽和发热。巢氏PCR扩增获得NP1区序列55条和VP1序列47条，核酸同源性分别为98.9%~100%和99.1%~100%。HBoV1 VP1时间进化分析显示本研究获得的HBoV1基因序列出现在两个进化分支上，HBoV1种群动态平稳。结论:HBoV1是导致北京地区儿童呼吸道感染的常见病毒之一，其基因进化相对稳定，但仍需持续监测。

腽肭脐为一味传统的补肾壮阳药，通过本草考证、香港及内地市场及生产厂家的调查，南极半岛及南设得兰群岛海域的实地考察，提出以下结论：腽肭脐(海狗肾)在历史上其实是一个比较笼统的概念，主要指源自海狗、海豹类几种海洋动物的外肾。腽肭脐一词，属于古代的外来语，其读音贴近海狗肾来源之一的海象Walrus一词。因为海象的肥耎，汉语中出现了一个音译词"腽肭"。最初宋代的《本草图经》与明代的《本草品汇精要》描述的原动物为海豹类。《本草纲目》(金陵版)所绘者与有鬃毛的海狗(毛皮海狮)的特征比较符合。《补遗雷公炮制便览》及此后本草书中，加入了主观臆想成分，进而以讹传讹。通过在南极周边海域的实地考察，了解到历史上腽肭脐可能源自海狗(毛皮海狮)及海豹类，这与现今药材市场海狗与海豹两大种群基本吻合。经对现今中国内地与香港市场品种实地考察，以海狗肾之名售卖者，包括海狗、海象、海豹类外生殖器。

目的:研究广西汉族和壮族女性宫颈人乳头瘤状病毒(HPV)感染的构成分布。方法:回顾性分析2012年8月至2020年10月在广西医科大学第一附属医院妇产科门诊及住院的女性患者20 736例，分为汉族组16 390例和壮族组4 346例，应用聚合酶链反应(PCR)技术进行HPV 21分型检测，分析该地区不同民族女性宫颈HPV的流行病学特征。结果:20 736例中，HPV阳性占27.0%(5 591例)，其中汉族组HPV阳性占27.7%(4 536例)，壮族组阳性占24.3%(1 055例)，二者比较差异有统计学意义( χ2＝20.17， P<0.01)，且壮族女性感染高峰年龄大于65岁。该地区女性最常见的5种HPV基因型均为HPV 16、52、58、18及53。HPV16、52在阳性女性中的构成比随增龄而升高，HPV6和HPV11的构成比随增龄降低。 结论:广西地区壮族女性HPV、高危型HPV阳性构成比较汉族女性低；女性中阳性构成比最高的HPV分型为HPV 16、52、58、18及53；基因分型呈增龄性变化。

目的:建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型（MLST）方法，探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法:筛选出7个管家基因（ gyrA、 gyrB、 hsp65、 sodA、 secA1、 rpoB、16S rRNA），设计引物并进行PCR扩增和测序，测序所得序列通过SeqMan 软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价；采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别（ST）采用M-L法构建系统发育树，采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树，并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。 结果:所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物；Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致，提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力；MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs，85.7%的菌株形成克隆复合体（CC）结构，CC19形成了优势克隆复合体，但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论:我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性，CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型，但尚需优化改进。