目的:探索重度特应性皮炎（AD）成人患者急性期及缓解期皮肤微生态结构和功能的变化特点。方法:采集2019年10月至2020年11月于广州市皮肤病防治所门诊就诊的4例成人重度AD患者急性期和缓解期5个部位（面颊、肘窝、手背、腹部、下肢）皮屑标本，利用第二代高通量测序技术进行宏基因组测序，构建皮肤微生物样本基因集，获得各个样本的物种注释信息并进行生物信息学数据分析。结果:4例重度AD患者皮肤中，共检测到18个门，37个纲，73个目，142个科，237个属，331个种。与急性期相比，缓解期AD患者皮肤微生物群落多样性上升，皮肤微生物的相对丰度发生变化（ P < 0.05）。在微生物种水平上，金黄色葡萄球菌对AD急性期的影响程度最高，表皮葡萄球菌、奥斯陆莫拉菌、弗朗西丝菌、科氏葡萄球菌、沃氏葡萄球菌、球形马拉色菌以及限制性马拉色菌在AD缓解期富集（｜lg线性判别分析值｜ > 2，Kruksal-Wallis检验，均 P < 0.05）。对微生物丰度差异基因行KEGG功能通路分析，共注释富集于355个功能通路，其中显著富集的通路38个（均 P < 0.05），主要涉及金黄色葡萄球菌感染、色氨酸代谢、组氨酸代谢、氮代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成与降解、脂肪酸降解及过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等。 结论:重度AD患者急性期和缓解期皮肤微生态结构存在显著差异，预测其可能与多个功能通路（如金黄色葡萄球菌感染、色氨酸代谢、组氨酸代谢、氮代谢等）水平相关。

目的:评估单核苷酸多态性微阵列（single nucleotide polymorphisms array，SNP-array）技术和第二代高通量测序（next generation sequencing，NGS）技术在胚胎植入前遗传学检测（preimplantation genetic testing，PGT）中的检测能力和效率。方法:回顾性描述分析2020年1月至2022年8月期间于广西壮族自治区妇幼保健院生殖中心就诊、夫妇双方均携带有明确致病性基因突变并要求进行第三代试管婴儿助孕的188例患者资料。经卵胞质内单精子注射授精和体外培养后，共收获995枚囊胚并进行活检。患者胚胎细胞遗传物质经全基因组扩增之后，分别采用SNP-array或NGS分析其携带致病基因突变和染色体拷贝数变异（copy number variation，CNV）的情况，同时采用Sanger测序或间隙聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）对突变进行直接检测。分析女方年龄和获囊胚数的关系、胚胎携带突变和致病性CNVs的比例，比较不同分子诊断技术在PGT中的检测成功率和准确性。经遗传学检测后，选择合适的胚胎进行子宫腔内移植，并于中孕期进行羊水穿刺产前诊断。结果:①成功对924个胚胎进行遗传学检测，总的检测成功率为92.9%。根据遗传学检测结果，共有389个（42.1%）胚胎可用于移植。②对胚胎进行缺失型α-地中海贫血突变检测，间隙PCR的成功率［84.9%（465/548）］低于SNP-array［98.7%（81/82）］和NGS［92.5%（431/466）］。对点突变进行检测，Sanger测序的成功率［98.5%（440/447）］与SNP-array［95.6%（110/115）］和NGS［96.1%（319/332）］的差异无统计学意义。有38个胚胎因等位基因脱扣导致直接位点检测法的结果与SNP单体型分析的结果不一致。另外，有4个胚胎因染色体重组导致SNP单体型分析失败。③与NGS相比，SNP-array检测CNV的成功率［83.7%（165/197）］较低，但是可检出更多种类的染色体拷贝数异常。④共进行了152例胚胎移植，其中有107例成功临床妊娠，有69例完成了羊水穿刺产前诊断，有42个健康儿顺利分娩。结论:从检测效率考虑，SNP-array适用于分析胚胎携带多个基因突变、罕见单基因突变或者缺失型突变，而NGS适用于检测常见的单基因突变类型。同时辅以Sanger测序和间隙PCR等技术对突变位点直接进行检测，可进一步提高PGT的检测成功率和准确性。本研究成果可为PGT从业者根据突变类型和患者的需求选择合适的检测平台提供依据。

目的:通过高通量测序技术分析极低频电磁场(ELF-EMFs)辐射干扰小鼠成纤维细胞后转录组的变化情况，并筛选出可能参与ELF-EMFs调控成纤维细胞生长的相关通路及基因。方法:将小鼠NIH/3T3细胞分为电磁辐射组和正常对照组，电磁辐射组细胞置于0.2 mT、50 Hz的电磁辐射系统中，正常对照组置于同等条件未通电的相同线圈系统中，于细胞培养箱中培养24 h后收集细胞，提取RNA。采用第2代高通量测序技术对2个组进行转录组测序，对筛选的差异基因进行基因功能注释及信号通路数据库分析。筛选出部分高表达基因进行实时荧光定量PCR验证。结果:本次转录组测序共鉴定出17 980个基因，筛选出140个有显著差异的基因，其中上调120个，下调20个。差异基因富集在酶的催化活性、细胞代谢过程、生物调控、生物合成等方面。京都基因与基因组百科全书分析结果显示，差异基因主要涉及55条通路，富集显著的10条通路集中于氨酰基-tRNA的生物合成、血小板活化、神经营养蛋白信号通路、肾素-血管紧张素系统等，与细胞的生物合成密切相关，进一步从中筛选出可能参与细胞辐射后应激的差异基因，包括有丝分裂原激活的蛋白激酶12( MAPK12)、神经营养性酪氨酸激酶受体3型( NTRK3)、2型血管紧张素Ⅱ受体( AGTR2)、血管内皮生长因子( VEGF)等。实时荧光定量PCR结果显示，电磁辐射组MAPK12、NTRK3、AGTR2、VEGF mRNA相对表达量分别为2.389±0.003、2.481±0.350、2.354±0.081和1.559±0.110，明显高于正常对照组的1.011±0.190、1.011±0.180、1.007±0.150、1.008±0.153，差异均有统计学意义( t＝12.540、6.309、13.710、3.078，均 P<0.05)。 结论:ELF-EMFs干扰小鼠成纤维细胞后， MAPK12、 NTRK3、 AGTR2、 VEGF等基因表达明显上调，主要涉及神经营养蛋白信号通路、肾素-血管紧张素系统等通路，这部分基因及通路可能是ELF-EMFs影响成纤维细胞的主要途径。

目的:检测和分析中国2型巴特综合征（Bartter syndrome type 2，BS2）患者的 KCNJ1基因变异，观察患者临床表型和药物治疗疗效。 方法:收集2012年6月至2019年1月经青岛市立医院确诊的5例BS2患者及其亲属临床资料和血标本。采用第2代高通量测序法行全外显子基因测序确定基因变异。根据2015年美国医学遗传学和基因组学学会（ACMG）分类标准和指南评估变异基因的致病性。回顾性分析患者临床表现和实验室检查结果，随访观察患者药物治疗疗效和病情转归。结果:全外显子测序和Sanger测序验证共确定 KCNJ1基因10个变异，其中6个为新发现变异，变异类型多为错义变异。5例患者常见的临床表现依次为：多饮多尿（5/5），其中1例尿崩；母体羊水增多和患儿早产（4/5）；生长迟缓（3/5）。2例患者初诊表现为低氯性代谢碱中毒合并低血钾（2/5），其余患者均无明显酸碱失衡，1例合并高血钾。1例患者存在明显的甲状旁腺素（PTH）抵抗[低血钙、高血磷和血全段PTH（iPTH）水平升高]；3例患者存在明显的PTH反应过度（高血钙、低血磷和血iPTH水平轻度升高）；1例患者血iPTH水平为正常值上限，血钙和血磷水平正常。5例患者均存在高尿钙或肾钙质沉积，其中1例患儿伴有肾结石。吲哚美辛对改善患者的多饮多尿、生长迟缓、电解质紊乱、高尿钙和血iPTH升高有明显疗效。 结论:共发现 KCNJ1基因10个变异，其中6个为新变异，丰富了人类基因突变库。BS2患者临床表型表现多样，应注意与其他甲状旁腺疾病鉴别。

目的:探讨下颌髁突软骨祖细胞对流体剪切力的反应.方法:对体外培养的软骨祖细胞施以可致细胞退变的流体剪切力刺激,然后做第二代高通量RNA测序.使用DESeq2软件筛选差异基因,做基因本体(GO)功能富集分析、京都基因和基因百科全书(KEGG)通路富集分析及蛋白互相网络分析(PPI),对PPI筛选的核心基因进行qRT-PCR验证.结果:共得到1 996个差异表达基因,主要包括炎症反应及细胞周期相关分子.其中Acta1、Atf3、Cc12、I16、Nfkbia、Ret、Vcam1被鉴定为核心基因.结论:流体剪切力刺激通过作用于软骨祖细胞的炎症反应和细胞周期相关信号通路,影响软骨祖细胞功能.

目的:筛选c-MYC/Bcl-2 重排的弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)潜在的高风险致病基因及致病通路,为此类淋巴瘤的发病机制提供理论依据.方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE44164 及GSE43677 数据集,选择c-MYC/Bcl-2 重排的DLBCL数据为实验组、生发中心B细胞为对照组.采用R程序语言的limma包、WGCNA包及clusterProfiler包对获得的mRNA转录组数据进行差异表达分析、基因共表达变化分析、GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析.使用STRING数据库对差异表达基因(DEGs)进行蛋白互相作用网络分析,并使用Cytoscape软件内置的插件(包括Cyto-Hubba及CytoNca插件)筛选核心基因.采用第二代高通量测序技术对IM-9 细胞系及DOHH-2 细胞系进行mRNA转录组测序,使用Read count值将核心基因进行配对样本t检验,筛选P值具有统计学意义的基因为疾病的核心基因.挑选部分关键基因使用Western Blot技术在蛋白层面进行验证.结果:差异分析共得到835 个DEGs,WGCNA获得一个与c-MYC/Bcl-2 重排的DLBCL高度相关的模块(turquoise模块,cor =0.86,P值<0.05).GO富集分析结果显示生物学进程BP共富集到 1 437 条,细胞组分CC富集到123 条,分子功能相关MF富集到147 条;KEGG富集到72 条相关通路,主要与ECM受体相互作用、B细胞受体信号通路及PI3K-Akt信号通路等相关.STRING数据库中PPI网络共得到284 个相互关联作用的蛋白质,通过 Cytoscape 软件进一步筛选,再通过二代高通量测序及蛋白验证得出 COL1A1、COL3A1、COL1A2、MMP2、COL5A1、COL5A2、COL4A2、TIMP1、MMP9、POSTN、BGN、DCN、LUM为此类淋巴瘤的核心基因,影响此类淋巴瘤细胞生存、侵袭和迁移等.结论:使用生物信息学及基础实验相结合的方法探究与c-MYC/Bcl-2 重排的DLBCL淋巴瘤细胞致病或侵袭迁移等相关的关键基因,为更深入地探索此类淋巴瘤发生发展机制及寻找相关靶向药物提供理论依据.

掌握旅游干扰对土壤微生物多样性及群落结构的影响,有助于旅游区环境资源的恢复和管理.该研究在北京松山国家级自然保护区油松(Pinus tabuliformis)林内设置了不同旅游干扰强度(高干扰、低干扰和无干扰)的样地,调查样地内微生境状况,测量土壤理化性质,利用第二代高通量测序技术测定土壤微生物多样性和群落结构,以评价不同旅游干扰强度对油松林土壤微生物的影响机制.结果显示:1)高强度干扰显著降低了土壤真菌α多样性,低强度干扰显著降低了土壤真菌系统发育多样性.干扰强度越大,土壤真菌多样性越低,而土壤细菌多样性越高.2)在土壤真菌群落方面,3类样地的土壤优势真菌门均为担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota);高强度干扰显著降低了子囊菌门相对多度,对担子菌门相对多度无显著影响,而低强度干扰均对担子菌门和子囊菌门无显著影响.LEfSe分析表明无干扰区的差异类群为真菌Pseudogymnoascus属和3个真菌物种(Oidiodendron griseum、Acrodontium hydnicola、Metacordyceps chlamydosporia);低干扰区内未能检测到差异类群;高干扰区差异类群为真菌Clavariaceae科.3)在土壤细菌群落方面,3类样地的土壤优势细菌门均为变形菌门(Proteobacteria).放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria);高强度干扰和低强度干扰对它们的多度无显著影响.LEfSe分析表明无干扰区的差异类群占总差异类群的82.05％,指示性最强的为细菌Gaiellales和Solirubrobacterales目;低干扰区未发现差异类群;高干扰区的差异类群占总差异类群的17.95％,主要表现为病原指示菌和与人类活动相关的菌群,指示性最强的为细菌Flavobacteriia纲和疣微菌门(Verrucomicrobia)下一属.4)偏最小二乘法路径模型(PLS-PM)发现干扰强度显著影响微生境指标和土壤真菌多样性;冗余分析显示,土壤状况和微生境指标分别解释了不同干扰强度下真菌和细菌群落结构变化的71.35％和74.47％,乔木胸径、草本盖度和凋落物盖度是不同干扰强度下真菌和细菌群落差异的主要因子.由上可见,旅游干扰显著降低了油松林土壤微生物α多样性,并显著影响了其群落结构,影响效果的不同与干扰强度和微生物种类有关,并且受到土壤理化性质和微生境状况调控.因此未来应注意旅游区内微生境和土壤状况的修复.

目的 揭示萎缩性阴道炎患者阴道群落特征,并探讨阴道菌群结构与萎缩性阴道炎发病之间的潜在关联.方法 共纳入30名萎缩性阴道炎患者参与本研究(萎缩性阴道炎组),另有30名进行体检的绝经后健康妇女作为对照组.以16S rRNA基因为研究靶点,采用Illumina第二代高通量测序技术结合生物信息学分析,得阴道菌群结构数据.采用正则变量的逐步判别分析,对两组间群落组成的关联和差异进行比较.采用Spearman等级回归分析,探讨单个物种数量与疾病严重程度间的关系.结果 在所有60例中,总共测得288个属的细菌.萎缩性阴道炎组和对照组间阴道菌群总体结构差异有统计学意义(P<0.05).其中12个属的主要细菌相对丰度差异显著.在绝经后正常妇女的阴道内,乳酸杆菌占据整个阴道微生物群落主导地位.萎缩性阴道炎组阴道加德纳菌相对丰度(41.7％)显著高于对照组(16.7％,P<0.0001),并取代乳酸杆菌成为阴道群落中生物优势最大的种群.萎缩性阴道炎组的乳酸杆菌失去了其生物优势地位,相对丰度(11.2％)显著低于对照组(53.2％,P<0.0001).相关性分析显示,萎缩性阴道炎组患者生殖道症状的严重程度与乳酸杆菌的相对丰度呈显著负相关(r=-0.301,P<0.001),而与加德纳菌(r=0.278,P<0.001)及奇异菌属(r=0.166,P<0.05)的数量呈显著正相关.结论 阴道微生物群落失衡与萎缩性阴道炎发病存在关联.对于绝经后女性而言,处于生物优势地位的乳酸杆菌在维持阴道健康方面起到更为重要的作用.而阴道加德纳菌属和奇异菌属与绝经后妇女生殖道萎缩症状的严重程度有关,且这2种微生物的过度生长可能增加了罹患萎缩性阴道炎的风险.

目的 筛选4℃储存前、后期红细胞差异表达的circRNA并初步预测其功能.方法 采集健康无偿献血者5(人)份血样200 mL/份,制备成悬浮红细胞,滤除白细胞后(悬浮滤白红细胞)分为3组:4℃储存0、20及40 d组,对3组标本用第2代高通量测序技术检测,根据FDR＜0.05且｜log2FC｜＞1这2个条件,以火山图和表达模式聚类分析筛选出差异基因并用cytoscape作出mRNA—circRNA—miRNA网络图;通过KEGG和GO分析筛选出与ATP代谢相关的circRNA验证;最后通过生信软件预测hsa_circ_0007470—hsa-miR-155-5p—MRP4的分子结合具体区域及生物学功能.结果 红细胞储存20d较0d时差异表达的circRNA有119个,40d较20 d时差异表达的circRNA有110个,2个储存阶段都有差异表达的circRNA共有41个.KEGG和GO分析显示在差异表达的circRNA中hsa_circ_0007470的亲本基因MRP4富集于cAMP代谢通路.mireap、miranda、targetscan、circBase、miRBase、mirTarBase软件分析及序列比对显示hsa_circ_00007470可与hsa-miR-155-5p结合;hsa-miR-155-5p可与MRP4结合.经PCR验证,红细胞储存在0、20、40d时,hsa_circ_00007470、MRP4、hsa-miR-155-5p的变化倍数分别为1.00±0.02、1.36±0.09、0.53±0.16,1.00±0.01、1.87±0.48、0.45±0.20,1.00±0.02、0.43±0.20、0.98±0.29.红细胞储存0、20、40 d时,总ATPase(U/gHb)分别是40.87±5.883、18.300±2.847、10.21±1.636;ATP (U/gHb)分别是8.708± 1.25、3.082±0.166、2.462±0.252.结论 储存红细胞中存在circRNA,且含量会随储存时间发生改变,储存20 d后红细胞的hsa_circ_00007470与ATPase及ATP表达呈同向相关性,hsa_circ_00007470或许能解除hsa-miR-155-5p对MRP4的抑制作用,通过ATP代谢途径改善红细胞变形能力.

[背景]草莓是我国和世界上重要的园艺作物,主要采用一年一栽的栽培模式,导致连作现象普遍存在,其中真菌性病害引起的土传病害是草莓栽培中面临的一个主要问题.[目的]以草莓连作土壤为材料,探讨土壤熏蒸剂棉隆加生物菌肥对草莓连作土壤微生物真菌多样性的影响,以期为草莓连作障碍治理提供理论依据.[方法]分别采集棉隆消毒前(A)、棉隆消毒后(B)、棉隆消毒后未添加生物菌肥(C1)和添加生物菌肥(C2)初花期的草莓连作土壤(或根际土壤)样本,提取DNA,通过PCR扩增建立文库,利用HiSeq 2500平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学,分析土壤真菌ITS1区域的丰富度、多样性以及群落结构.[结果]从4个不同处理草莓连作土壤样本中获得了723个真菌OTU (Operational taxonomic unit),其中子囊菌门和担子菌门均为优势真菌.多样性和丰富度研究发现,棉隆处理降低草莓连作土壤微生物丰富度和多样性;添加生物菌肥增加根际土壤生物丰富度,并降低其多样性.从门水平看,棉隆处理担子菌门真菌比例减少,子囊菌门真菌比例增加;添加生物菌肥处理两者比例均有增加.优势真菌群落分析表明棉隆消毒减少了枝顶孢属、曲霉属、管柄囊霉属、镰刀菌属、踝节菌属、链格孢属等真菌比例,增加了马拉色氏霉菌属、线孢虫草菌属、侧耳属等真菌比例;添加生物菌肥减少了管柄囊霉属、镰刀菌属、被孢菌属、轮枝菌属、隔指孢属等真菌比例,增加了曲霉属、青霉菌属、踝节菌属、简单壳菌属等真菌比例.[结论]采用棉隆消毒和生物菌肥处理草莓连作土壤可降低微生物真菌群落的多样性,并减少或灭杀土壤中的大部分致病菌属,增加有益菌属,起到有效防治草莓土传病害的作用.