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类甲基转移酶3通过促进叉头框蛋白O3的N6-甲基腺苷修饰及其表达参与糖尿病诱导的内皮细胞凋亡
编辑人员丨5天前
目的:探讨类甲基转移酶3(METTL3)通过促进叉头框蛋白O(FOXO)3的N6-甲基腺苷修饰(m6A)及其表达参与糖尿病诱导的内皮细胞凋亡的机制。方法:构建晚期糖基化终末产物(AGE)诱导的人主动脉内皮细胞(HAEC)损伤模型,将HAEC分为6组:细胞对照组、细胞AGE组、细胞对照+阴性对照小干扰RNA(siRNA)组、细胞AGE+阴性对照siRNA组、细胞AGE+ FOXO3 siRNA组、细胞AGE+ METTL3 siRNA组,每组设置3个平行组。采用甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-Seq)及生物信息学技术检测并分析其m6A修饰谱,采用RNA结合蛋白免疫沉淀(RIP)检测 FOXO3 mRNA的m6A修饰水平,采用流式细胞术检测细胞凋亡,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测 FOXO3 mRNA表达水平,Western blotting法检测FOXO3和METTL3蛋白水平。6只6周龄载脂蛋白E基因敲除雄性小鼠按随机数字表法分为单纯动脉粥样硬化组和糖尿病动脉粥样硬化组,每组均为3只。通过Western blotting检测小鼠FOXO3、METTL3蛋白表达,采用免疫荧光共定位检测小鼠FOXO3、METTL3在内皮细胞中的表达。采用两独立样本 t检验进行组间比较。 结果:与细胞对照组相比,细胞AGE组的总m6A修饰及FOXO3的m6A修饰显著升高( P<0.001),FOXO3和METTL3的蛋白表达显著升高( P<0.05)。与单纯动脉粥样硬化组相比,糖尿病动脉粥样硬化组小鼠主动脉斑块区域内皮细胞的FOXO3和METTL3的蛋白表达显著升高( P<0.05)。与细胞AGE+阴性对照siRNA组相比,细胞AGE+ FOXO3 siRNA组的凋亡显著降低( P<0.01)。与细胞AGE+阴性对照siRNA组相比,细胞AGE+ METTL3 siRNA组FOXO3的m6A修饰( P<0.001)及FOXO3蛋白表达均显著下降( P<0.05),且凋亡显著降低( P<0.001)。 结论:AGE诱导的HAEC中m6A修饰发生了显著变化,METTL3通过促进 FOXO3 mRNA的m6A修饰并调控其表达,从而参与糖尿病诱导的血管内皮细胞凋亡。
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编辑人员丨5天前
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儿童高间接胆红素血症的 UGT1A1基因突变谱
编辑人员丨5天前
目的:探讨尿苷二磷酸-葡萄糖醛酸转移酶1A1( UGT1A1)基因突变与儿童高间接胆红素血症表型的相关性。 方法:回顾性分析2013年7月至2019年11月于南京医科大学附属儿童医院消化科就诊的16例高间接胆红素血症患儿,分为Gilbert综合征(GS)、Crigler-Najjar综合征II型(CNS-II)及 UGT1A1基因突变无法解释的高间接胆红素血症组,比较其一般临床资料、基因突变位点信息的差别,并通过 t检验分析探讨基因突变谱与胆红素水平的关系。 结果:16例高间接胆红素血症的患者中,10例为GS,3例为CNS-II, 3例为 UGT1A1基因突变无法解释的高间接胆红素血症。共检测到6个变异类型,其中c.211G?>?A占37.5%(6/16),c.1456T?>?G占62.5%(10/16), TATA占37.5% (6/16);与GS相比,CNS发病较早,且血清总胆红素( t ?=?5.539, P ?0.05)及间接胆红素水解( t ?=?5.312, P ?<0.05)均较高,但两组直接胆红素水平( t ?=?1.223, P ?>?0.05)和发病年龄( t ?=?0.361, P ?>?0.05)差异无统计学意义。 UGT1A1基因变异的数量与血清胆红素水平之间无相关性,c.1456T?>?G纯合突变儿童的血清胆红素水平最高。 结论:儿童 UGT1A1基因常见致病变异依次为c.1456T?>?G、c.211G?>?A、TATA,说明这些位点突变与儿童高间接胆红素血症的发生相关,对于儿童高间接胆红素血症病因分析,具有重要指导意义。
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编辑人员丨5天前
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胆管癌差异性甲基化基因综合分析及预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1和神经营养受体酪氨酸激酶3的鉴定
编辑人员丨5天前
目的:鉴定并筛选胆管癌差异性甲基化基因以预测胆管癌患者的预后。方法:选择2019年10月至2020年5月福建省立医院8例胆管癌患者胆管癌组织及癌旁组织进行850K甲基化测序分析,获取差异性甲基化基因。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载2018年36例患者胆管癌全基因组甲基化数据及临床信息,从基因表达综合(GEO)数据库下载2012年胆管癌甲基化数据(GSE32879),从GEPIA2数据库下载2018年TCGA数据库胆管癌总生存(OS)及无病生存(DFS)差异生存基因组数据。联合送检样本850K甲基化测序分析的差异甲基化位点(DMP)和差异甲基化区域(DMR)结果、TCGA和GEO数据库中甲基化基因以及胆管癌生存基因,在Sangerbox VENN工具中进行多数据集合分析,交集筛选得出共同差异性甲基化基因。在Sangerbox中运用最小 P值法确定基因表达的临界值,分为差异性甲基化基因高、低表达组,比较两组胆管癌患者OS、DFS、疾病特异性生存(DSS)、无病间隔(DFI)、无进展间隔(PFI)。进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。 结果:8例患者的胆管癌组织与癌旁组织850K甲基化测序共鉴定出121 954个DMP,DMR中共鉴定出差异性甲基化基因1 399个;交集鉴定得出共同预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1(GCNT1)和神经营养受体酪氨酸激酶3(NTRK3)。GCNT1在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异有统计学意义( P=0.040);NTRK3在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异无统计学意义( P=0.790)。采用最小 P值法,以GCNT1及NTRK3联合表达情况预测胆管癌患者预后,按两基因表达量总和排序,以排序的30%为临界值时,胆管癌高表达组及低表达组间DFS差异最为显著( P<0.001);两组间OS差异无统计学意义( P=0.065)。GO功能分析结果显示,GCNT1与蛋白质糖基化、大分子糖基化、糖化、糖蛋白生物合成过程、糖蛋白代谢过程、转移酶活性和转移糖基、蛋白质O-聚糖基化、O-聚糖加工等有关;NTRK3与神经营养素信号通路、Ras信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制、ErbB信号通路、磷脂酶D信号通路、癌症中枢碳代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等有关。KEGG分析结果显示,GCNT1主要与黏蛋白型O-聚糖生物合成、代谢途径等系统功能相关联,NTRK3主要与细胞表面受体通路、细胞内信号转导、刺激反应的正向调节、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、酶联受体蛋白信号通路、MAPK信号通路级联及调节、蛋白质磷酸化信号转导等系统功能相关联。 结论:胆管癌差异性甲基化基因GCTNT1、NTRK3表达对胆管癌患者预后有一定预测作用。
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编辑人员丨5天前
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cisAB09亚型一个家系的ABO血型血清学特征及分子遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨1个cisAB09亚型家系的ABO血型血清学特征与分子遗传学机制。方法:选取2022年2月2日于厦门大学附属中山医院输血科进行ABO血型鉴定的1个cisAB09亚型家系为研究对象。采用常规ABO血型血清学检测方法对先证者及其家系成员ABO血型进行鉴定,采用血浆A和B糖基转移酶活性测定方法测定先证者及其母亲血浆中A和B糖基转移酶活性强度,采用流式细胞术检测先证者红细胞表面A、B抗原表达情况。抽取先证者及其家系成员外周静脉血样,提取基因组DNA后,对 ABO基因第1~7外显子及其侧翼内含子进行测序,并对先证者及其母亲和大女儿 ABO基因第7外显子进行Sanger测序验证。 结果:常规ABO血型血清学检测结果提示,先证者及其母亲和大女儿ABO血型初步判断为A 2B表型,先证者妻子及其小女儿为O型。血浆A和B糖基转移酶活性测定结果提示,先证者及其母亲B糖基转移酶活性滴度分别为32、256,分别较A 1B表型阳性对照活性滴度(128)低与高。流式细胞术检测结果显示,先证者红细胞表面A抗原表达数量减少,B抗原表达数量未见异常。 ABO基因测序结果显示,先证者及其母亲和大女儿在 ABO*B.01等位基因基础上,第7外显子发生c.796A>G变异,导致B糖基转移酶第266位氨基酸由甲硫氨酸变为缬氨酸,符合 ABO*cisAB.09等位基因的特征。先证者及其大女儿 ABO基因型为 ABO*cisAB.09/ABO*O.01.01,先证者母亲为 ABO*cisAB.09/ABO*B.01,先证者妻子及其小女儿为 ABO*O.01.01/ABO*O.01.01。 结论:ABO*B.01等位基因c.796A>G变异导致B糖基转移酶第266位甲硫氨酸变为缬氨酸,是产生cisAB09亚型的分子遗传学基础, ABO*cisAB.09等位基因编码的糖基转移酶,可在红细胞表面合成正常水平B抗原和较低水平A抗原。
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编辑人员丨5天前
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类孟买表型 FUT1新等位基因的鉴定及家系研究
编辑人员丨5天前
目的:报告1例类孟买血型并探讨其分子机制。方法:对1例ABO血型常规检测正反定型不相符的就诊者,采用吸收放散试验检测红细胞弱表达的ABH血型抗原,唾液酸实验检测唾液中血型物质。采用PCR产物直接测序法进行 ABO基因第6、7外显子和 FUT1和 FUT2基因序列分析。 结果:ABO血型正定型为O型,反定型为AB型,唾液中检测到有H和A、B物质,直接测序发现先证者 FUT1基因存在c.35C>T、c.328G>A、c.504delC复合杂合变异,单倍型序列分析表明先证者的 FUT1基因型为h 328A/h 35T+504delC,已上传NCBI,序列号为MW323551。 结论:本研究发现了1例由 FUT1基因复合杂合新变异c.504delC引起的类孟买表型AB mh,该变异可能影响糖基转移酶的活性,导致其酶的功能缺陷。
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编辑人员丨5天前
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呼吸道上皮细胞感染人偏肺病毒与核心代谢途径的改变有关
编辑人员丨5天前
人偏肺病毒(human metapneumovirus, hMPV)是导致婴儿、老年人和免疫缺陷患者急性下呼吸道感染的重要原因。微阵列数据的通路分析表明,影响hMPV感染呼吸道上皮细胞的20%基因与代谢有关。研究发现,在hMPV感染后,人呼吸道上皮细胞中糖酵解途径酶己糖激酶2、丙酮酸激酶M2和乳酸脱氢酶A的水平,以及属于己糖胺生物合成和糖基化途径的酶的水平均显著上调。另一方面,属于三羧酸循环的大多数酶的表达显著减少,己糖激酶2和糖基化酶O-连接N-乙酰氨基葡萄糖转移酶的抑制导致hMPV滴度显著降低。研究表明hMPV感染引起的代谢变化在病毒生命周期中起主要作用,可作为潜在的抗病毒靶点。
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编辑人员丨5天前
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α-1,3- N-乙酰半乳糖胺基转移酶基因新变异的家系研究
编辑人员丨5天前
目的:通过对一例ABO亚型家系血清学和基因序列分析,研究该家系中α-1,3- N-乙酰半乳糖胺基转移酶基因新变异位点的特征。方法:收集先证者及其3名家系成员血液标本,血清学方法进行ABO表型检测,荧光PCR进行ABO血型基因分型。通过对先证者ABO基因全编码区直接测序及第6、7外显子克隆测序方法进行基因序列及单体型分析。结果:先证者血型为AxB亚型,ABO血型基因分型为A/B。克隆测序结果显示A新等位基因在 ABO* A1.02序列基础上存在第7外显子c.797_798 insT变异。家系调查发现,先证者及其姐姐新变异均遗传自其父亲。c.797_798insT新变异序列已注册基因数据库(MK125137)。 结论:α-1,3- N-乙酰半乳糖胺基转移酶基因第7外显子c.797_798insT新变异为可遗传变异,可导致A抗原表达减弱。
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编辑人员丨5天前
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加权基因共表达网络分析和差异基因表达分析鉴定氯离子通道附件1基因对结肠癌预后保护作用
编辑人员丨5天前
目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因,并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据,筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块,通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI )网络,利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因,使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库,对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果:TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3 481个,GSE68468数据集中DEG共7 275个,共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因,分别为氯离子通道附件1( CLCA1)、 MAPK3、胰高血糖素( GCG)、溶质载体家族26成员3( SLC26 A3)、核受体亚家族1组H成员4( NR1 H4)、脂肪酸结合蛋白1( FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A( GUCA2 A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3( UGT2 A3)、肉碱棕榈酰转移酶2( CPT2)和跨膜4域A12( MS4 A12)。与正常组织相比,TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的 CLCA1、 GCG、 SLC26 A3、 NR1 H4、 FABP1、 GUCA2 A、 UGT2 A3、 CPT2和 MS4 A12 9个核心基因均下调( P均<0.05),其中 CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组( P均<0.05),免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。 结论:CLCA1可能在结肠癌的发展中起关键作用,可作为进一步诊断和治疗的潜在生物标志物。
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编辑人员丨5天前
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A糖基转移酶基因变异所致A 3表型1例的遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨1例A 3表型个体的血清学特性和分子机制。 方法:选取2022年5月12日就诊于中国医科大学附属第四医院的1名27岁汉族女性作为研究对象。使用标准血清学方法检测其ABO血型,通过PCR扩增产物直接测序法鉴定 ABO基因及第6~7外显子的单链序列,并使用生物信息学软件对变异位点进行分析。 结果:检测结果提示该个体为A 3表型,其第6、7外显子存在c.261delG、c.467C>T和c.745C>T杂合变异。单链测序结果提示样本存在 ABO* A3. 07和 ABO* O. 01. 01等位基因,其中 ABO* A3. 07等位基因在 ABO* A1. 02等位基因的背景下存在c.745C>T(p.R249W)变异。生物信息学分析预测c.745C>T(p.R249W)为可能有害变异,自由能变化(ΔΔG)值预测其可能影响蛋白稳定性。蛋白模拟模型提示p.R249W可造成α-1,3-N-乙酰半乳糖胺转移酶局部氢键网格的改变。 结论:α-1,3-N-乙酰半乳糖胺转移酶基因的c.745C>T(p.R249W)变异可能造成酶蛋白结构和功能的失稳,进而导致A抗原表达减弱。
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编辑人员丨5天前
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FUT1基因两种新的变异检测与一例类孟买型血型的家系分析
编辑人员丨5天前
目的:鉴定罕见的类孟买型Bm h,并研究其分子遗传背景。 方法:应用血清学方法鉴定先证者及其家系成员的红细胞ABO及H表型,采用聚合酶链反应-序列特异性引物基因分型方法检测先证者ABO血型基因型。应用扩增产物直接测序法和克隆测序法分析类孟买表型家系的α-1,2-岩藻糖基转移酶基因( FUT1)编码序列。 结果:先证者为罕见的类孟买Bm h型, ABO基因型为 ABO* B.01/ ABO* O.01.01型,测序发现 FUT1基因存在c.508dupT及c.787A>C两种变异, FUT1基因型为h 508dupT/h 787C。蛋白活性分析软件预测这两种变异均会造成酶失活,与血清学结果一致。 结论:鉴定了c.508dupT及c.787A>C两种 FUT1新等位基因,尚未见报道,且其为引起先证者类孟买表型的分子机理。
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编辑人员丨5天前
