新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)是禽类最重要的疫病病原之一,其中基因Ⅵ型NDV在鸽群广泛流行,给养鸽业造成了严重的经济损失.为深入了解基因Ⅵ型NDV在世界不同地理区域和宿主间的传播动态,本研究通过病毒分离鉴定、高通量测序、完整F基因系统发育树构建和贝叶斯系统动力学等方法进行综合分析,结果获得4株广西NDV分离株,均为基因Ⅵ型.进一步的时空分析显示,基因Ⅵ型NDV最近的共同祖先时间为1972年(95％置信区间:1965～1978),估计进化速率为1.43×10-3 substitution/site/year(95％置信区间:1.27×10-3～1.59×10-3);意大利是欧洲基因Ⅵ型NDV早期的外溢传播中心,该病毒从欧洲传播至我国,随后华东和华南成为我国的主要传播中心;病毒存在从鸽(Columba livia)到野鸟和鸡(Gallus gallus)、从野鸟到鹌鹑(Coturnix coturnix)等的跨物种传播,但病毒传播最重要的宿主是鸽.分析结果表明基因Ⅵ型NDV正快速进化,有作为突变库的潜在威胁.基于"One Health"理念,应在全球范围内加强主动监测,改善家禽管理策略,避免不同家禽之间及不同家禽与野鸟之间的直接和间接接触.这些信息有助于了解基因Ⅵ型NDV的起源、传播与进化,为制定相应防控策略提供科学依据.

目的:了解河南省漯河市2017—2022年急性呼吸道感染（ARIs）病例中鼻病毒（RV）的感染状况及其分子型别组成。方法:于2017年10月至2022年6月，收集河南省漯河市中心医院2 270例ARIs病例的临床和流行病学资料，并采集病例咽拭子标本，采用实时荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）筛选RV阳性标本，随后对阳性标本使用巢式逆转录聚合酶链式反应（nested RT-PCR）扩增VP1区全长，并使用MEGA软件结合国际病毒分类委员会推荐的169条RV参考株序列构建系统进化树以确定RV分型。结果:2 270例ARIs病例中，男性病例1 283例（56.52%）；年龄 M（ Q 1， Q 3）为3（1，6）岁，5岁以下人群占68.59%（1 557/2 270）；137例病例（6.04%）检出RV，其中68例病例（49.64%）与其他病毒合并检出，与肠道病毒的合并检出最常见，占14.60%（20/137）。0~4岁、5~14岁、15~59岁和≥60岁年龄组中RV检出率分别为6.42%（100/1 557）、4.69%（21/448）、3.80%（6/158）和9.35%（10/107），差异无统计学意义（ χ2=5.310， P=0.150）。新型冠状病毒感染疫情前（2017—2019年）和期间（2020—2022年），RV总体检出率差异无统计学意义（ χ2=1.823， P=0.177）。共获得109条VP1序列，包含62个型别，其中RV-A、RV-B和RV-C三个种分别检出42、3和17个型别。 结论:RV为2017—2022年河南省漯河市ARIs病例中主要流行的病原体之一，存在多个RV型别共流行，无明显优势型别。

黏膜相关恒定T(MAIT)细胞是机体内一组在进化上保守的T细胞亚群，其特征为具有高度保守的T细胞受体(TCR)，以及对微生物代谢产物的高度敏感性。MAIT细胞在多种感染性疾病、自身免疫性疾病和恶性肿瘤中发挥不同作用，尤其是在抵抗病原微生物感染中发挥保护机体的重要作用。研究表明，MAIT细胞可能参与血液系统疾病的发生、发展。笔者拟就MAIT细胞的基本特征、功能，以及在血液系统疾病中的研究现状进行阐述，旨在加深相关研究者对MAIT细胞的认识。

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。

目的:了解浙江省MSM HIV/AIDS与性伴之间分子传播关系和相关危险因素。方法:采用横断面调查的方法，对浙江省2015-2017年新确证的MSM HIV/AIDS及参与性伴驱动检测的阳性性伴开展分子流行病学研究。收集血浆并提取RNA，运用RT-PCR和巢式PCR扩增并获得HIV-1的 pol区基因序列，构建系统进化树，分析分子传播簇，判定性伴间的传播关系。 结果:共937例MSM HIV/AIDS参与性伴驱动检测，检出173名阳性性伴。有61例性伴间（31对）形成传播簇，成簇比例为50.8%（61/120），其中7对性伴结合新发感染结果初步判定传播方向。在性伴分子传播网络的相关因素分析中，性伴之间确证年份为相同年份（与不同年份相比， OR=12.190，95% CI：1.563~95.054），现住址所在地为不同区（县）［与相同区（县）相比， OR=17.054，95% CI：1.742~166.982］更可能存在分子传播关系。 结论:MSM HIV/AIDS的性伴驱动检测，结合分子传播网络分析技术，可以提高HIV/AIDS精准溯源，同时根据新发感染结果，初步判定传播方向。建议对MSM HIV/AIDS确证后，应尽早进行性伴驱动检测，包括跨区域的性伴追踪检测，有利于传染源追踪。

目的:了解2016年至2019年云南省德宏傣族景颇族自治州(以下简称"德宏州")境内新报告缅甸籍人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)/丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)合并感染者的HIV和HCV基因亚型分布特征。方法:通过全国艾滋病综合防治数据信息系统收集2016年1月至2019年12月德宏州境内新报告缅甸籍HIV/HCV合并感染者共1 289例，选取血浆样本留存量≥200 μL的996例患者进行HIV和HCV基因亚型检测。采用巢式聚合酶链反应分别扩增HIV pol基因区、HCV核心蛋白结合包膜蛋白(core protein-binding envelope protein， CE1)基因区和非结构蛋白5B(non-structural protein 5B， NS5 B)基因区，通过MEGA 7.0软件构建系统进化树，明确基因分型。统计学分析采用 χ2检验，采用趋势 χ2检验分析HIV和HCV基因亚型逐年变化趋势。 结果:996例HIV/HCV合并感染者中，554例(55.6%)成功扩增HIV和HCV基因片段并明确分型。HIV和HCV基因分型呈多样化。HIV基因亚型以C型和BC重组亚型为主，分别占40.3%(223/554)和33.6%(186/554)；其次为B型、流行重组型(circulating recombinant form，CRF)01_AE型，分别占6.5%(36/554)和3.6%(20/554)。HCV基因亚型以3b型为主，占31.2%(173/554)；其次为6u、1a、6n、3a、6xg型，分别占19.5%(108/554)、17.5%(97/554)、11.4%(63/554)、8.7%(48/554)、6.3%(35/554)。2016年至2019年HIV C型的构成比呈逐年下降趋势( χ趋势2＝7.23， P<0.001)，BC重组亚型呈上升趋势( χ趋势2＝5.97， P<0.001)。2019年BC重组亚型构成比为54.9%(101/184)，高于C型的21.7%(40/184)。2016年至2019年HCV 3b型、6u型、1a型的构成比无明显变化趋势( χ趋势2＝1.43、1.79、0.39， P＝0.152、0.074、0.695)。不同民族患者的HIV基因亚型分布差异有统计学意义( χ2＝22.06， P＝0.037)。 结论:德宏州境内缅甸籍HIV/HCV合并感染者的HIV和HCV基因亚型种类复杂多样。其中，HIV BC重组亚型成为优势传播毒株的趋势显著，需要进一步加强对境内缅甸籍人群中HCV和HIV基因亚型流行特征的监测。

目的:分析我国6个省19个城市男男性行为人群（MSM）HIV-1基因亚型分布及抗病毒治疗前耐药情况。方法:2019年4-11月，在河北、山东、江苏、浙江、福建和广东6个省19个城市收集未接受抗病毒治疗MSM HIV-1感染者的血浆样本574份，提取RNA，反转录后经巢式PCR扩增HIV-1 pol 基因区片段。PCR 产物测序后进行序列分析，构建系统进化树判定病毒基因亚型，提交斯坦福耐药数据库分析耐药。 结果:有479份样本PCR扩增成功并获得核酸序列，检出的HIV-1基因亚型有9种，其中CRF01_AE（43.4%）和CRF07_BC（36.3%）所占比例较大，随后依次为B（6.3%）、CRF55_01B（5.9%）、CRF59_01B（0.8%）、CRF65_cpx（0.8%）、CRF103_01B（0.4%）、CRF67_01B（0.4%）和CRF68_01B（0.2%）；另有26份（5.5%）样本的基因亚型为未知亚型。不同省份之间的基因亚型构成比差异有统计学意义（ χ2=44.141， P<0.001）。总体抗病毒治疗前耐药率为4.6%（22/479），其中对非核苷类反转录酶抑制剂、核苷类反转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂的耐药率分别为3.5%（17/479）、0.8%（4/479）和0.2%（1/479）。新近感染者的抗病毒治疗前耐药率高于长期感染者，差异有统计学意义（ χ2=4.634， P=0.031）。 结论:我国6个省19个城市MSM 的HIV-1感染者中HIV-1基因亚型多样化，不同省份之间的基因亚型构成比不同；整体抗病毒治疗前耐药率处于低水平，但新近感染者的耐药率较高，建议重点加强此类人群的耐药监测。

目的:分离培养WU多瘤病毒(WU polyomavirus，WUPyV)并分析全基因组系统进化、同源性及种群动态特征。方法:采用实时荧光定量PCR检测2020—2022年间北京友谊医院呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本，利用气液两相的原代人呼吸道上皮细胞模型对WUPyV阳性样本进行病毒分离培养，Sanger测序获得全基因组，结合GenBank数据库中已公布的全基因组信息进行系统发育和进化动力学研究。结果:WUPyV在2020—2022年的检出率为4.7%(31/659)，并成功分离1株Ⅲc型WUPyV临床病毒株BJ0593。WUPyV全基因组及各基因片段同源性较高，VP2基因的平均进化速率约为每年1.256×10 －4个氨基酸替换/位点，种群动态在近十年内趋于平缓。 结论:本研究首次成功分离Ⅲ型WUPyV临床病毒株，为WUPyV的分子进化及致病性研究提供基础。

目的:了解浙西南山区(丽水市)人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染者和艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome，AIDS)患者的分子传播网络特征。方法:收集丽水市2020年新确证且未经抗病毒治疗HIV/AIDS感染病例血样共147例，扩增HIV-1 pol区基因并测序。使用MEGA6.0软件构建系统进化树判断亚型，HIVDB在线分析治疗前耐药突变及耐药水平；计算两两序列间基因距离(genetic distance，GD)，确定最佳GD阈值，通过Cytoscape3.7.0软件绘制分子传播网络图。统计学方法采用χ 2或Fisher精确概率法。 结果:成功得到134条 pol基因序列，共发现9种亚型，以CRF08_BC (34.33%，46/134)，CRF01_AE (29.85%，40/134)和CRF07_BC (23.88%，32/134)为主，年龄、户籍地、教育程度和传播途径对亚型分布的差异均有统计学意义( P<0.05)。发现19个样本存在耐药，治疗前人群耐药率为14.18%(19/134)。以GD阈值为1.2%绘制HIV-1分子传播网络图，形成15个分子簇(簇内患者数2~29例)，入网率49.25%(66/134)，入网病例以男性(75.76%，50/66)、异性性传播(81.82%，54/66)和感染CRF08_BC(50.00%，33/66)为主。发现一个包含29个病例(其中2例暗娼)的CRF08_BC较大分子簇(平均度值22.7)，簇内病例集中在S县，平均年龄57.21岁，异性性传播为主(96.55%, 28/29)，包括7例耐药病例，簇内序列的同源性分析显示与云南流行株的关联性最高。 结论:浙西南山区(丽水市)HIV-1亚型多元，治疗前耐药达到较高水平，发现特定区域存在以老年嫖客为聚集特征的分子传播簇，急需制定和实施精准干预策略，遏制HIV的传播。

目的:掌握2013－2017年河北省其他肠道病毒感染所致手足口病重症和死亡病例的流行病学特征；分析柯萨奇病毒A组6型（CoxA6）的基因特征，进一步阐明其遗传进化特点及规律。方法:利用描述性流行病学方法对2013－2017年河北省其他肠道病毒感染所致手足口病重症和死亡病例的三间分布特征进行分析。运用Mega 5.2软件对CoxA6的VP1区序列进行系统进化树分析。结果:2013－2017年河北省累计报告其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例86例（重症84例，死亡2例），占其他肠道病毒手足口病报告病例的1.12%（86/7 698）。每年4月份发病人数逐渐上升，5－7月达到最高峰。人群分布上，1～岁年龄组儿童的5年累计占比65.12%（56/86）。男女性别比为1.39∶1（50/36）。职业分布上，散居儿童占总发病人数的93.02%（80/86）。标本经病毒分离获得阳性毒株39份，阳性分离率为45.35%（39/86）。亲缘进化树显示，CoxA6分离株与D3a和D3b这2种亚型代表株处于同一分支。结论:2013－2017年河北省其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例在发病时间上呈现季节性，与手足口病流行的整体趋势一致。CoxA6属于D3基因型，且未出现新的进化分支。