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生物信息学分析转录因子E2F1/2/7/8在前列腺癌中的作用
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学分析转录因子E2F1/2/7/8在前列腺癌(PCa)中的生物学作用。方法:在GEPIA数据库中,以50%为界值将E2F1/2/7/8基因表达水平分为低表达组和高表达组,分析E2F1/2/7/8表达差异与PCa患者无病生存率(DFS)的关系。TCGA数据库包含497例PCa和52例正常前列腺组织,UALCAN网站分析TCGA数据库中基因转录水平及其与Gleason评分的关系。分别获取E2F1/2/7/8的相关基因,将4组相关基因取交集绘制韦恩图获得最终相关基因,进一步行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果:E2F1/2/7/8表达水平越低,PCa患者DFS越高(均 P<0.05)。与正常前列腺组织比较,PCa组织中E2F1/2/7表达升高(均 P<0.05)。E2F1/2/7/8表达水平越高,PCa患者的Gleason评分越高(均 P<0.05)。126个最终相关基因的GO功能分析显示,相关基因在生物学过程(BP)方面主要富集于细胞分裂、有丝分裂、姐妹染色体结合、细胞增殖以及DNA复制等,在细胞成分(CC)方面主要富集于细胞核、细胞核质、细胞质以及细胞溶质等,在分子功能(MF)方面主要富集于蛋白结合、ATP及DNA结合等;KEGG富集于细胞周期、卵母细胞减数分裂、孕酮介导的卵母细胞成熟等信号通路。 结论:转录因子家族中E2F1/2/7/8可通过调节细胞周期,发挥致癌基因作用。
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编辑人员丨5天前
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MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
编辑人员丨5天前
目的:探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法:将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据 P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。 结果:共筛选出DEGs 100个,DMGs 7 441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7 439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7 626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8 006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7 360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因 CSPG5和 RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组 GSPG5、 RBP1、 ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义( t=7.885、7.613、7.345,均 P<0.01)。 结论:RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。 CSPG5和 RBP1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
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编辑人员丨5天前
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拓扑异构酶ⅡA基因在卵巢癌细胞中的表达与CD4 +T细胞的数量及临床预后的相关性分析
编辑人员丨5天前
目的:分析上皮性卵巢癌中拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)的表达与CD4 +T细胞数量及临床预后的相关性分析。 方法:使用基因信息数据库(GEPIA)、生存分析Kaplan-Meier Plotter和人类蛋白质谱数据库(The Human Protein Atlas)并采用独立样本 t检验和卡方检验研究了TOP2A信使RNA(mRNA)在正常卵巢组织和上皮性卵巢癌(EOC)组织中的表达情况,及与EOC患者Kaplan-Meier生存预后的关联;同时,在基因注释富集数据库中还对TOP2A的共表达基因及其在基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路中的富集情况进行了分析。此外,通过免疫相关分析数据库平台及pearson相关性分析研究了TOP2A基因与CD4 +T细胞及其亚群以及其他免疫细胞之间的关系。 结果:TOP2A在正常卵巢组织和CD4 +T细胞中表达差异无统计学意义(8.60比8.40, t=1.225, P>0.05),但在EOC组织中显著高表达(4.78±2.63比0.44±1.22,|log2FC|>2, P<0.05; χ2=14.548, P<0.05);共表达基因的功能富集涉及在有丝分裂细胞周期、PID-E2F途径和转录调控TP53等,而KEGG主要富集在代谢调节过程、正/负反馈调控生物过程、细胞周期以及细胞的生长发育;TOP2A基因的表达与肿瘤细胞纯度以及CD4 +T细胞和多种免疫细胞的数量显著相关( r=0.123, P<0.05);TOP2A组织中高表达不利于EOC患者的生存预后[40个月比48个月,风险比( HR)=1.21,95%可信区间( CI):1.06~1.38, P<0.05]。但仅有肿瘤微环境浸润CD8 +T细胞数量对EOC患者生存预后有显著影响[ HR=1.40,95%可信区间( CI):0.98~2.02, P<0.05]。 结论:EOC组织中TOP2A mRNA表达与CD4 +T细胞数量呈正相关,且肿瘤浸润CD8 +T细胞的低分布不利于EOC患者的生存预后。
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编辑人员丨5天前
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恩沃利单抗治疗晚期微卫星高度不稳定/错配修复缺陷结肠癌长获益后再发小细胞肺癌1例
编辑人员丨5天前
患者男,61岁,因"腹胀、腹泻伴右下腹疼痛1个月"于2017年5月8日就诊。既往体健,吸烟史10年(平均20支/d),饮酒史8年(平均100 ml/d),一妹妹有乳腺癌病史。初诊时腹部CT示,回盲部占位性病变,肠系膜淋巴结肿大。癌胚抗原(carcinoembryonic antigen, CEA)7.29 ng/ml。5月21日行剖腹探查+右半结肠切除+腹腔淋巴结清扫+末段回肠横结肠吻合术。术后病理诊断:(结肠)黏液腺癌,部分呈印戒细胞癌,侵及肠壁全层。免疫组化染色:癌细胞错配修复蛋白同源物1(mutL protein homolog 1, MLH1)、减数分裂后分离增强蛋白2弱阳性,错配修复蛋白同源物2(mutS protein homolog 2, MSH2)、错配修复蛋白同源物6阴性,Ki-67指数约为70%,肠周淋巴结可见转移癌(5/17)。术后病理分期为T3N2aM0 ⅢB期。术后3个月复查肿瘤标志物CEA,在正常范围。6—12月接受奥沙利铂+卡培他滨方案辅助化疗8个周期。末次化疗后3个月(2018年3月6日)常规复查腹部增强CT,见腹主动脉旁增大淋巴结,转移不除外。进一步行正电子发射计算机断层显像(positron emission tomography-computed tomography, PET-CT)检查,示腹腔多发增大淋巴结,代谢异常增高,考虑转移(图1)。患者当时无特殊不适症状,未接受进一步治疗。2018年6月患者开始出现腰腹部疼痛并逐渐加重,伴体重减轻,口服阿片类止痛药物症状缓解。8月21日行腹部增强CT检查,示吻合口周围肠管扩张,腔内积液,并可见气液平面,考虑肠梗阻;腹主动脉旁淋巴结较前明显增大,局部呈肿块样改变,与邻近降主动脉及脊柱分界不清(图2)。对手术标本进行基因检测,结果提示为微卫星高度不稳定(high frequency microsatellite instability, MSI-H),肿瘤突变负荷为36.67个/Mb,检测到MLH1 K196fs、MSH2 Y757X基因突变,未检测到Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物、神经母细胞瘤RAS病毒癌基因同源物、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物B基因突变。遗传性肿瘤变异基因检测未见致病性胚系突变。患者入组了恩沃利单抗纳米抗体Ⅰb期临床试验,于9月3日开始接受恩沃利单抗治疗,180 mg(2.5 mg/kg体重),皮下注射,每周1次。11月21日(治疗后3个月)首次疗效评价达部分缓解(partial remission, PR)。之后恩沃利单抗维持治疗2年,末次用药日期为2020年10月12日,后停药观察,维持PR,截至影像学末次疗效评价日期(2022年7月20日)依然未见复发(图2),期间未出现明显的免疫治疗相关不良反应。
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编辑人员丨5天前
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去势抵抗性前列腺癌神经内分泌转化的关键基因的研究
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学方法研究去势抵抗性前列腺癌发展成为神经内分泌性前列腺癌的关键基因。方法:从cBioPortal数据库下载前列腺癌的转录本测序数据,使用R语言和加权基因共表达网络分析(WGCNA)软件包进行数据分析,明确癌症类型相关性最高的基因集。对该基因集进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,明确该群基因和细胞周期及细胞分裂的相关性。再利用STRING数据库计算该基因集内基因的相关性,导入Cytoscape软件中构建基因网络,并计算出处于网络核心的前10个基因。然后在GSE105416数据集中验证这10个基因的表达。最后选择关键基因UBE2C和NUF2做GSEA分析。结果:鉴定了10个在前列腺癌神经内分泌转化中的关键基因,分别是BUB1、CDCA8、CENPF、HJURP、KIF23、KIF2C、NUF2、PTTG1、TPX2和UBE2C。结论:本研究对前列腺癌的神经内分泌转化提供了新视角,鉴定出关键基因可作用于影响前列腺癌细胞的细胞周期和AR信号通路来影响其神经内分泌转化。
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编辑人员丨5天前
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核纤层蛋白B2通过细胞分裂周期相关蛋白3调控内皮细胞血管新生
编辑人员丨5天前
目的:探讨核纤层蛋白B2(LMNB2)在血管内皮细胞介导的血管新生中的作用及其调控方式。方法:人脐静脉内皮细胞(HUVEC)购自美国典型菌种保藏中心(ATCC)。利用LMNB2的短发夹RNA(shRNA)质粒在HUVEC细胞中下调LMNB2的表达,检测对内皮细胞体外成管的影响,统计单视野管状结构长度及节点数目;通过噻唑蓝(MTT)、细胞计数试剂盒(CCK-8)及划痕实验检测LMNB2对内皮细胞增殖及迁移的影响;蛋白质印迹法(Western blot)检测细胞增殖及迁移相关标志物,包括细胞核增殖抗原(Ki-67)、增殖细胞核抗原(PCNA)、基质金属蛋白酶(MMP)-2及MMP-9的表达;实时定量PCR(qPCR)检测细胞分裂周期相关蛋白3(CDCA3)的mRNA表达;荧光素酶报告基因实验及CHIP实验检测LMNB2对CDCA3的调控作用。采用Student’s t检验进行分析。 结果:在HUVEC细胞中,下调LMNB2会抑制内皮细胞血管新生,单视野平均管状结构总长由(6.45±0.63) mm下降至(2.61±0.52) mm,下降59.5%( t=4.709, P<0.01),节点数量下降由单视野的(14.75±1.25)个下降为(7.75±0.48)个,下降57.5%( t=5.230, P<0.01);LMNB2的敲低会抑制内皮细胞的增殖与迁移,伤口愈合率下降25%( t=4.541, P<0.05),且Ki-67、PCNA、MMP-2及MMP-9表达均显著降低;在HUVEC细胞中,LMNB2结合CDCA3启动子位点,促进CDCA3的转录。回复实验证实下调LMNB2后过表达CDCA3会回复由LMNB2缺失导致的增殖及血管新生缺陷。 结论:LMNB2可调控内皮细胞增殖、迁移,并通过调控CDCA3的表达调控血管新生。
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编辑人员丨5天前
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CDCA8与肿瘤发生发展及干细胞干性维持的关系
编辑人员丨5天前
细胞分裂周期相关基因8(CDCA8)参与细胞分裂周期的准确调控,其表达的改变可影响多种肿瘤的发生发展及患者预后。近年来研究发现,CDCA8可能在肿瘤干细胞的干性维持中起重要作用。探索CDCA8影响肿瘤的相关机制对于肿瘤的诊治具有十分重要的意义。
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编辑人员丨5天前
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Dynamin 3在胃癌中的作用机制及预后价值
编辑人员丨5天前
目的:探讨Dynamin 3(DNM3)在胃癌中的作用机制及预后价值。方法:采用生物信息分析、实验研究方法和回顾性队列研究方法。收集2013年1月至2018年7月福建医科大学附属协和医院收治的153例行根治性胃切除术胃癌患者的临床病理资料、新鲜胃癌及配对正常组织样本和石蜡切片,行实时荧光定量聚合酶链式反应检测、免疫印迹实验、流式细胞周期实验、免疫组织化学染色检测和预后分析。收集癌症基因组图谱(TCGA)数据库的胃腺癌(STAD)数据集进行生物信息分析。观察指标:(1)胃癌中DNM3基因在TCGA-STAD中的表达情况。(2)胃癌中DNM3的突变和拷贝数改变。(3)胃癌中DNM3的启动子甲基化水平。(4)胃癌中DNM3、p53的蛋白相对表达量。(5)胃癌中DNM3相关性和富集性分析。(6)流式细胞周期G0/G1期、S期、G2/M期的比例。(7)胃癌中免疫细胞浸润和DNM3之间的相关性。(8)免疫组织化学染色检测与临床特征之间的相关性。(9)影响胃癌患者5年总生存率的独立因素分析。正态分布的计量资料以 x± s表示,多组间比较采用方差分析,进一步两两比较采用LSD法;两组间比较采用 t检验;偏态分布的计量资料以 M( Q1, Q3)表示,组间比较采用Mann-Whitney U检验。计数资料以绝对数或百分比表示,组间比较采用 χ2检验或Fisher确切概率法。配对样本采用威尔科克森符号秩检验。等级资料采用秩和检验。运用Pearson相关系数或Spearman相关系数检验两组的相关性。单因素和多因素分析采用COX比例风险回归模型。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线并计算生存率,采用Log-Rank检验进行生存情况分析。使用Benjamini-Hochberg错误发生率校正对 P值进行调整。 结果:(1)胃癌中DNM3基因在TCGA-STAD中的表达情况。TCGA-STAD数据库中DNM3基因在27个肿瘤组织和配对正常组织中的表达水平分别为0.775(0.605,1.161)和1.216(0.772,1.681),两者比较,差异有统计学意义( Z=-2.64, P<0.05)。DNM3基因在笔者中心48对胃癌组织和配对正常组织中mRNA表达水平分别为4.370(2.870,6.040)和2.520(0.850,4.170),两者比较,差异有统计学意义( Z=-4.39, P<0.05)。(2)胃癌中DNM3的突变和拷贝数改变。TCGA-STAD数据库中16例胃癌患者发生DNM3突变或体细胞拷贝数改变,其中6个错义突变,1个截断突变,8个拷贝数增加,1个拷贝数减少。TCGA-STAD数据库370例胃癌患者中DNM3突变前后的mRNA表达水平分别为6.13(5.40,7.08)和5.02(3.98,5.46),两者比较,差异有统计学意义(Log 2FC=-1.11, Z=-2.59, P<0.05)。(3)胃癌中DNM3的启动子甲基化水平。TCGA-STAD数据库中372例胃癌患者DNM3甲基化水平与DNM3 mRNA的检测结果显示:DNM3甲基化水平为0.198(-0.458,0.301),DNM3 mRNA表达水平为6.014(5.141,6.628),DNM3甲基化水平与DNM3 mRNA表达水平呈负相关( r=-0.38, P<0.05)。32例患者随访结果显示:16例DNM3高甲基化组和16例DNM3低甲基化组患者3年总生存率分别为18.8%和41.3%,两者比较,差异有统计学意义(风险比=1.40, P<0.05)。免疫印迹实验结果显示:AGS细胞用0、0.5、1.0 μmol/L 5-azacytidin处理后的DNM3相对表达量分别为0.270±0.020、0.357±0.051、0.599±0.039,3组比较,差异有统计学意义( F=57.84, P<0.05)。HGC-27细胞用0、0.5、1.0 μmol/L 5-azacytidin处理后的DNM3相对表达量分别为0.316±0.038、0.770±0.031、0.877±0.052,3组比较,差异有统计学意义( F=156.30, P<0.05)。(4)胃癌中DNM3、p53的蛋白相对表达量。免疫印迹实验结果显示:转染DNM3质粒和对照质粒的AGS细胞中DNM3、p53的蛋白相对表达量分别为0.688±0.047、0.872±0.041和0.249±0.029、0.352±0.020;转染DNM3质粒和对照质粒的AGS细胞比较,上述蛋白相对表达量差异均有统计学意义( t=13.77,19.74, P<0.05)。转染DNM3质粒和对照质粒的HGC-27细胞中上述蛋白相对表达量分别为0.969±0.069、1.464±0.081和0.456±0.048、0.794±0.052,差异均有统计学意义( t=10.57,12.06, P<0.05)。(5)胃癌中DNM3相关性和富集性分析。相关性分析结果显示:DNM3与胃癌中RBMS3、CNTN4、PDE1A基因呈正相关( r=0.52,0.52,0.50, P<0.05),与SLC25A39、PAICS、GAPDH基因呈负相关( r=-0.41,-0.40,-0.40, P<0.05)。基因集富集分析结果显示:与核糖体和氧化磷酸化有关的基因集在DNM3低表达组中上调[富集分数(NES)=-3.30,-2.16, P<0.05],而淋巴细胞和非淋巴细胞之间的免疫调节相互作用在DNM3高表达组中上调(NES=1.67, P<0.05)。基因本体论分析结果显示:DNM3低表达与有丝分裂姐妹染色体分离(编号:0000070)、无义介导衰变的核转录mRNA分解过程、姐妹染色体分离(编号:0000819)、核转录mRNA分解代谢过程、氧化磷酸化的调控有关(NES=-2.29,-3.10,-2.33,-2.56,-2.68, P<0.05)。京都基因与基因组百科全书分析结果显示:DNM3低表达在核糖体和氧化磷酸化中存在上调和串联(NES=-3.34,-2.21, P<0.05)。(6)流式细胞周期G0/G1期、S期、G2/M期的比例。流式细胞周期实验结果显示:转染pCMV-DNM3质粒的AGS细胞G0/G1期、S期、G2/M期的比例分别为65.1%±3.0%、17.3%±3.0%、17.6%±1.0%,转染对照质粒的AGS细胞上述指标分别为53.4%±4.0%、26.3%±2.0%、20.3%±3.0%。转染DNM3质粒与转染对照质粒的AGS细胞比较,G0/G1期、S期差异均有统计学意义( t=4.05,4.32, P<0.05)。(7)胃癌中免疫细胞浸润和DNM3之间的相关性。免疫细胞浸润实验结果显示:DNM3 mRNA表达水平与肥大细胞,NK细胞,pDCs,B细胞,滤泡辅助T细胞,有效记忆T细胞,T细胞,中央记忆T细胞,CD8 T细胞,DC细胞,巨噬细胞,γ-δT细胞(Tgd),iDCs,嗜酸性粒细胞浸润水平呈正相关(Spearman相关系数分别为0.41,0.29,0.26,0.20,0.22,0.22,0.13,0.16,0.15,0.14,0.14,0.17,0.18,0.22, P<0.001,<0.001,<0.001,<0.001,<0.001,<0.001, P=0.015,0.002,0.004,0.005,0.005, P<0.001,<0.001,<0.001);与Th17细胞,Th2细胞,NK CD56dim细胞浸润水平呈负相关( r=-0.18,-0.23,-0.10, P<0.001, P=0.001和 P=0.046)。(8)免疫组织化学染色检测与临床特征之间的相关性。免疫组织化学分析结果显示:DNM3在105例胃癌组织和105例配对正常组织中的免疫组织化学染色评分分别为3(2,4)分和6(4,9)分,差异有统计学意义( Z=-7.35, P<0.05)。70例DNM3低表达与35例DNM3高表达胃癌患者性别、肿瘤部位、N分期比较,差异均有统计学意义( χ2 =4.29,7.67,6.86, P<0.05)。(9)影响胃癌患者5年总生存率的独立因素分析。多因素分析结果显示:病理学T分期为T3~4期和DNM3染色评分低是胃癌患者5年总生存率的独立危险因素(风险比=1.91,0.51,95%可信区间为1.06~3.43,0.26~0.98, P<0.05)。DNM3低表达组胃癌患者和高表达组胃癌患者的5年总生存率分别为44.3%和65.7%,两者比较,差异有统计学意义( χ2=5.02, P<0.05)。 结论:DNM3是一种肿瘤抑制因子,也是胃癌预后不良的独立预测因子,它可能通过甲基化调控胃癌的细胞周期和肿瘤微环境中的免疫抑制。
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编辑人员丨5天前
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细胞分裂周期相关蛋白5在肾透明细胞癌中的表达及临床意义
编辑人员丨5天前
目的:探讨细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)基因在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达情况和预后意义。方法:基于肿瘤基因组图谱(TCGA)的UALCAN等多个在线数据库筛选肾透明细胞癌分级、分期和预后高度相关的差异表达基因(DEGs)。收集2012年1月至2016年8月于解放军总医院行肾癌切除术且随访超过5年的127例患者临床病理资料,用癌组织及癌旁组织蜡块标本制作组织芯片(TMA),免疫组织化学评分评估CDCA5表达高低,将其分为CDCA5低表达组( n=77)和CDCA5高表达组( n=50),并分析预后相关性。采用 χ2检验比较患者临床病理CDCA5表达差异,Kaplan-Meier法和Cox回归模型进行生存分析和预后影响因素分析。 结果:组织芯片免疫组织化学显示CDCA5在ccRCC组织中高表达率为39.37%(50/127),低表达率为60.63%(77/127)。CDCA5高表达组与较大肿瘤直径( χ2=5.550, P<0.05)、远处转移( χ2=13.402, P<0.01)、高TNM分期( χ2=19.634, P<0.01)、高Furhman分级( χ2=9.342, P<0.01)有关,与年龄、性别、体重指数、术前血尿、手术入路、手术方式、有无合并慢性病等无明显相关。随访时间(72.77±15.64)个月,CDCA5高表达组5年无进展生存期(PFS)为60.00%,总生存期(OS)为90.00%;CDCA5低表达组5年PFS为88.31%,OS为90.91%,Kaplan-Meier生存分析显示CDCA5表达和Furhman分级是影响OS的独立预后因素,多因素Cox回归比例风险模型显示,CDCA5高表达量[风险比( HR)=145.920, P<0.01]是影响OS的危险因素,淋巴结无转移( HR=0.010, P<0.05)则降低对OS的影响;CDCA5高表达量( HR=15.217, P<0.01)和年龄>60岁( HR=4.203, P<0.05)是影响PFS的危险因素。 结论:CDCA5表达上调是肾透明细胞癌不良预后新的分子标志物和肿瘤治疗潜在新靶点。
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编辑人员丨5天前
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丝氨酸-精氨酸蛋白激酶2与前列腺癌细胞周期的相关性
编辑人员丨5天前
目的:探讨丝氨酸-精氨酸蛋白激酶2(SRPK2)与前列腺癌细胞周期的相关性。方法:通过皮尔森相关性分析探索癌症基因组图谱(TCGA)数据库中前列腺癌和SRPK2的相关基因集,并进一步将SRPK2相关基因集导入蛋白质相互作用关系检索工具(STRING)蛋白互作网络在线分析网站,通过Cytoscape软件进行可视化,提取与SRPK2相关联蛋白子网络;将上述分析所得基因通过京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据集分析出与SRPK2潜在相关的通路,运用基因探针富集分析(GSEA)富集分析探索SRPK2所激活和抑制的相关通路;构建SRPK2敲低的前列腺癌细胞株DU145,分为空白载体组(DU145-KO-NC)和敲低组(DU145-KO-SRPK2),通过细胞周期检测试剂盒、细胞增殖-毒性检测试剂盒、划痕实验、侵袭实验检测细胞的周期变化、增殖、迁移和侵袭能力,组间比较采用独立样本 t检验。 结果:TCGA数据库分析结果显示有2 158个基因在表达量上与SRPK2呈正相关,779个基因与SRPK2呈负相关;通过STRING蛋白互作网络在线分析,SRPK2与SF3B1、SRSF10、PRPF40A、PRPF4B、DDX46、BCLAF1、NUDT21、CLASRP等基因除了在表达量上存在统计学相关性,在蛋白层面上同样存在着相互作用的关系。对2 937个与SRPK2相关的基因进行功能和通路分析,结果显示SRPK2与细胞周期相关通路相关,如有丝分裂纺锤(Mitotic Spindle),G 2~M期检查点(G 2~M Checkpoint),E2F靶点(E2F Targets),Myc-V1靶点(Myc-V1 Targets)通路。KEGG数据集表明与SRPK2潜在相关的通路有细胞周期(Cell Cycle)、核糖体(Ribosome)、线粒体自噬(Mitophagy)、凋亡(Apoptosis)等。通过进一步GSEA富集分析,结果显示SRPK2同样在前列腺癌中激活细胞周期相关通路,如有丝分裂纺锤体(Mitotic Spindle),G 2~M期检查点(G 2~M Checkpoint),E2F靶点(E2F Targets)(NES>0)。为了进一步验证SRPK2对细胞周期的影响,成功构建SRPK2敲低的DU145细胞株,结果提示敲低SRPK2基因后,敲低组的S期高于空白载体组(DU145-KO-NC比DU145-KO-SRPK2为27.053±0.860比33.297±0.883, t=-7.166, P<0.01),而敲低组的增殖(DU145-KO-NC比DU145-KO-SRPK2为0.085±0.002比0.344±0.042, t=10.655; P<0.01)、迁移(30 h:DU145-KO-NC比DU145-KO-SRPK2为0.929±0.066比0.690±0.057, t=6.101, P<0.01)、侵袭能力(DU145-KO-NC比DU145-KO-SRPK2为81.667±4.163比42.333±7.572, t=5.750, P<0.05)低于空白载体组,差异均具有统计学意义。 结论:SRPK2可能通过促进细胞周期从而影响前列腺癌进展。
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