目的:了解青海省玉树藏族自治州（简称玉树州）鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）的基因分型，探讨其遗传特征。方法:选取1963 - 2007年分离自玉树州鼠疫自然疫源地的44株代表性鼠疫菌，提取DNA，针对CRISPR的3个位点（YPa、YPb和YPc）设计引物，进行PCR扩增，并对扩增产物进行测序及分析，鉴定CRISPR间区序列（spacer），确定CRISPR基因型和类群。结果:44株鼠疫菌在CRISPR 3个位点上共有23种spacer，YPa位点14种、YPb位点6种、YPc位点3种，其中有2种新spacer，a106和a107。根据spacer阵列形式，44株鼠疫菌被分为15个CRISPR基因型、6个CRISPR类群，6个类群分别为Cb4、Cc3′、Ca7、Ca7′、Ca△5′和Ca35′，其中Ca7为主要流行类群（34株）。结论:玉树州鼠疫菌CRISPR位点具有多种基因型，遗传多态性较高，种群结构复杂。

鼠疫是由鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）引起的一种烈性传染病，发病急、传播快且病死率极高。历史上发生过3次鼠疫大流行，导致上亿人口死亡。近20年来全球鼠疫疫情呈上升趋势，2000 - 2018年，世界卫生组织（WHO）共收到来自美洲、非洲和亚洲21个国家报告的2万多起鼠疫病例 [1]。我国动物间鼠疫一直较为活跃，且除个别年份外，几乎每年都有人间鼠疫发生。2019年11月，北京市首先出现2例内蒙古自治区输入性肺鼠疫病例，随后内蒙古自治区又报道2例腺鼠疫病例，提示这一甲类传染病仍对人们的生命安全具有极大的潜在威胁 [2,3,4]。链霉素是WHO鼠疫手册 [5]和我国《鼠疫诊疗方案（试行）》（卫办应急发[2011]第18号） [6]中治疗鼠疫的首选药物。但值得注意的是，2021年Dai等 [7]发现国内1株鼠疫菌因编码核糖体蛋白S12的rpsL基因第128 bp位点的碱基发生了突变，从而产生了对链霉素的高度耐药性。为此，本研究应用基于TaqMan-MGB荧光探针的实时荧光PCR法（简称MGB荧光探针法），选取鼠疫流行较为严重的玉树藏族自治州（以下简称玉树州）鼠疫自然疫源地内分离的鼠疫菌，检测链霉素耐药位点rpsL基因第128 bp位点碱基的突变情况，判断当地菌株的耐药情况，为鼠疫疫情的防控提供参考。

目的:了解江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌的分布特点及分子特征。方法:2017-2021年，在小肠结肠炎耶尔森菌国家级主动监测点江苏省徐州市铜山区和盐城市东台市，采集腹泻患者粪便标本，进行耶尔森菌菌株分离；同时，收集全省哨点医院疑似耶尔森菌菌株。提取分离菌株DNA进行全基因组重测序，并上传至EnteroBase数据库进行耶尔森菌种型鉴定，原始数据经清洁和处理后进行16S核糖体RNA（16S rRNA）基因多态性分析；通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）和病原菌毒力因子数据库（VFDB）扫描5种毒力基因（ail、ystA、ystB、yadA、virF）携带情况，同时构建K-mer树并进行基因组特征分析。结果:2017-2021年，共采集腹泻患者粪便标本2 058份，经分离鉴定，得到57株耶尔森菌；同时，通过哨点医院收集到2株耶尔森菌。经EnteroBase数据库比对，51株菌为小肠结肠炎耶尔森菌，4株菌为 Yersinia proxima，阿利克西奇耶尔森菌、马赛耶尔森菌、中间耶尔森菌及 Yersinia canariae各1株。16S rRNA基因多态性分析显示，全部菌株被聚类为3个大组，可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。51株小肠结肠炎耶尔森菌中，49株为毒力基因Ⅲ型（ail-、ystA-、ystB+、yadA-、virF-），2株为毒力基因Ⅱ型（ail+、ystA+、ystB-、yadA-、 virF-）；8株其他耶尔森菌均为毒力基因Ⅳ型（ail-、ystA-、ystB-、yadA-、virF-）。K-mer分析可区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌，JS-XZ-2020001菌株与其他小肠结肠炎耶尔森菌距离较远，血清型为O8的小肠结肠炎耶尔森菌分布较集中。 结论:江苏省腹泻患者临床分离耶尔森菌以小肠结肠炎耶尔森菌为主，其他耶尔森菌少量并存，同时发现了 Yersinia proxima和 Yersinia canariae两个耶尔森菌新种型。小肠结肠炎耶尔森菌的毒力基因携带以Ⅲ型为主。16S rRNA基因多态性分析和K-mer分析均可有效区分小肠结肠炎耶尔森菌和其他耶尔森菌。

目的:分析甘肃省肃北、肃南县喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地内气象因素对鼠疫流行的影响。方法:收集1973 - 2016年肃北、肃南2个县喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫监测资料（来源于甘肃省疾病预防控制中心）和当年及领先1、2、3年（相对于当年作为参照的前1、2、3个年份）的气象因素（年均降雨量、气温、相对湿度）资料（来源于中国气象数据共享服务网）。采用R2.3.2软件，以年鼠疫检菌阳性率为因变量，气象因素为自变量建立时间序列半参数广义相加模型（generalized additive model，GAM），采用非线性效应关系定量研究气象因素对鼠疫的影响。结果:2006 - 2016年与1974 - 1983年相比，年均气温、相对湿度、降雨量的平均值肃北县分别上升了0.99 ℃、3.55%RH、12.16 mm；肃南县分别上升了1.00 ℃、2.01%RH、14.60 mm。1973 - 2016年共发生11起人间鼠疫，发病12例，死亡7例。肃北县鼠疫疫源地内领先3年年均降雨量在一定范围内每升高1.00 mm，动物鼠疫发生增加0.40%；领先2年年均相对湿度在一定范围内每升高1.00%RH，动物鼠疫发生增加11.66%。肃南县鼠疫疫源地内领先1年年均降雨量在一定范围内每升高1.00 mm，动物鼠疫发生增加1.32%；领先3年年均相对湿度在一定范围内每升高1.00%RH，动物鼠疫发生增加11.96%。另外，肃北、肃南县领先2年年均气温在一定范围内每升高1.00 ℃，动物鼠疫发生分别增加73.17%、70.18%。结论:甘肃省肃北、肃南县鼠疫的发生流行与气象因素关系密切，一定范围内的年均气温上升对鼠疫的流行不仅有明显的促进作用，而且存在滞后效应。另外，同一疫源地内不同类型气候对动物鼠疫流行的影响存在一定差异。

目的:分析青海省鼠疫疫情监测结果，掌握青海省鼠疫流行态势，为今后的鼠疫防控工作提供科学依据。方法:收集2011-2020年青海省人间鼠疫疫情资料（来自青海省地方病预防控制所人间病例数据库）和动物间鼠疫疫情资料（来自青海省鼠疫监测数据和鼠疫疫源地调查数据），采用描述性流行病学方法进行分析，包括人间鼠疫疫情，动物间鼠疫疫情地区分布，宿主动物、病原学和血清学监测结果等。结果:2011-2020年，青海省发生人间鼠疫疫情1起，因剥食旱獭时不慎划伤右手中指感染，自死者的心、肝、肺、淋巴结穿刺液、气管分泌物和咽拭子样本中均分离出鼠疫耶尔森菌。共发生动物间鼠疫疫情16起，流行地区分布在海西州、玉树州和海北州，其中海西州动物间鼠疫流行最多，10年间共发生13起。宿主动物监测显示，主要宿主动物为喜马拉雅旱獭，其平均密度为0.07匹/hm 2。病原学监测显示，共分离出鼠疫耶尔森菌31株，其中海西州分离出27株；分离出鼠疫耶尔森菌的宿主动物以喜马拉雅旱獭为主，占总数的77.42%（24/31）。血清学监测显示，共检出鼠疫F1抗体阳性血清66份，其中犬阳性血清最多，为43份；喜马拉雅旱獭次之，为20份。 结论:2011-2020年青海省动物间鼠疫连年不断，局部地区呈活跃态势，鼠疫防控总体形势严峻。

目的:探讨上海市浦东新区腹泻患者小肠结肠炎耶尔森菌的流行特征状况。方法:回顾性分析2013年1月至2019年12月，上海市浦东新区疾病预防控制中心所在区的3所三级医院、9所二级医院和2所社区卫生服务中心的腹泻病原主动监测情况，使用冷增菌法分离小肠结肠炎耶尔森菌，并分析菌株生物/血清型、毒力基因型和抗微生物药物敏感性。使用χ2检验或Fisher确切概率法进行率的比较。结果:2013年1月至2019年12月共纳入腹泻患者12 941例，0.7%（88/12 941）患者经确认感染小肠结肠炎耶尔森菌。67.0%（59/88）患者为单一感染，33.0%（29/88）患者为混合感染。年度病原检出率呈升高趋势（0.3%~1.2%）。<5岁年龄组（1.1%，37/3 218）和春季（1.1%，32/2 998）检出率最高（χ 2分别为18.64和9.76， P<0.05）。58.0%（51/88）患者的粪便性状为水样便，15.9%（14/88）患者有发热症状，14.8%（13/88）患者有呕吐症状。3/O：3型为优势菌型（53.4%，47/88），其次为1A/O：8型（15.9%，14/88）和1A/O：5型（6.8%，6/88）。3/O：3型在<5岁年龄组占比89.2%（33/37）。所有3/O：3型菌株4种致病性毒力基因（ ail、 ystA、 yadA、 virF）均阳性，11/14的1A/O：8型菌株和4/6的1A/O：5型菌株 ystB基因阳性。对氨苄西林（80.7%，71/88）和阿莫西林/克拉维酸（71.6%，63/88）的耐药率最高，63.6%（56/88）菌株为多重耐药。3/O：3型和非3/O：3型菌株间对氨苄西林、头孢西丁、萘啶酸、四环素、氨苄西林/舒巴坦耐药率比较，差异均有统计学意义（χ 2分别为14.68、43.80、41.86、30.54、5.07， P<0.05）。 结论:小肠结肠炎耶尔森菌在上海市浦东新区腹泻儿童中的检出率高于成人，优势菌型为致病性和多重耐药性的3/O：3型。

目的:了解我国是否存在耐药及耐消毒剂鼠疫菌株，为鼠疫临床治疗提供准确信息。方法:收集我国1943 - 2016年分离自10处鼠疫自然疫源地的2 753株鼠疫菌，根据美国国立生物信息中心（NCBI）公布的耐氨基糖苷类链霉素基因strA、strB，耐β-内酰胺类抗菌药物基因TEM、SHV、CTX-M，耐磺胺类药物基因sul1、sul2、sul3，耐消毒剂基因qacE△1-sul1的序列信息，分别针对每个基因设计1对引物。提取2 753株鼠疫菌基因组DNA，采用PCR法对所有DNA样本进行上述9个目的基因扩增。结果:PCR检测阴性对照和阳性对照成立，2 753株鼠疫菌DNA样本均未见耐氨基糖苷类链霉素基因strA、strB，耐β-内酰胺类抗菌药物基因TEM、SHV、CTX-M，耐磺胺类药物基因sul1、sul2、sul3及耐消毒剂基因qacE△1-sul1对应的目的条带。结论:我国鼠疫菌尚未检测到上述耐药及耐消毒剂基因，但鼠疫菌耐药性的监测工作仍需持续开展。

目的:研究甘肃省鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）的规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPR）位点多态性及地区分布。方法:选取1962-2014年分离的203株鼠疫菌，培养并提取DNA。采用3对CRISPR引物对菌株DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行测序。根据菌株CRISPR位点的间区序列种类和排列情况，确定菌株的基因型（类群），采用BioNumerics 5.10软件进行聚类分析。结果:203株鼠疫菌发现有16种间区序列，包括YPa位点9种、YPb位点4种、YPc位点3种，发现新的间区序列a1′。共发现5个CRISPR基因簇，分别为Cb2、Ca7、Ca7′、CaΔ5′、Ca35′。不同的基因簇呈现区域性特征：Cb2主要分布在会宁县、平川区，Ca7主要分布阿克塞哈萨克族自治县；Ca7′主要分布在夏河县；Ca35′主要分布肃北蒙古族自治县、玉门市；CaΔ5′主要集中在肃南裕固族自治县。结论:CRISPR分子分型方法能够较好地区分甘肃省不同疫源地的菌株，且各基因簇呈现一定的区域性特征。对研究甘肃省鼠疫菌进化规律和人间疫情分子生物学溯源有一定意义。

目的:了解甘肃喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地夏河、碌曲县鼠疫主要宿主动物耶尔森菌感染状况，为探索该疫源地鼠疫流行状态提供依据。方法:2014 - 2018年，现场采集20世纪50 - 60年代鼠疫活跃疫源地甘肃夏河、碌曲县鼠疫主要宿主动物肠回盲部及内容物、咽拭子（或舌根部）、血液样本，分别进行耶尔森菌分离、毒力测定及鼠疫耶尔森菌F1抗体检测。结果:958份回盲部及内容物样本检出24株耶尔森菌，检菌率为2.51%，分别为13株小肠结肠炎耶尔森菌（ Yersinia enterocolitia，Y.e）、1株克氏耶尔森菌（ Yersinia kristensenii，Y.k）、2株弗氏/中间耶尔森菌（ Yersinia frederiksenii/intermedia，Y.f/i）、6株中间耶尔森菌（ Yersinia intermedia，Y.i）、1株奥氏耶尔森菌（ Yersinia aldouae，Y.a）、1株 Yersinia massiliensis（Y.m）。958份咽拭子（或舌根部）样本检出19株耶尔森菌，检菌率为1.98%，分别为8株Y.e、1株假结核耶尔森菌（ Yersinia pseudotuberculosis，Y.p）、4株Y.k、1株Y.f/i、4株Y.i、1株 Yersinia ruckeri（Y.r）。检出的21株Y.e均没有致病性，毒力型别有ail -ystA -ystB +yadA -virF -rfbc -、ail -ystA -ystB -yadA -virF -rfbc -两种，分别占9.52%（2/21）、90.48%（19/21）。1 079份血清样本F1抗体检测结果均为阴性。 结论:夏河、碌曲县鼠疫主要宿主动物咽部及肠道内广泛存在耶尔森菌群，检出的Y.e均为非致病性菌株。本次调查结果为进一步研究该疫源地鼠疫耶尔森菌在宿主动物和其生存环境中如何保存提供了线索。

目的:了解云南省大臭鼩携带鼠疫噬菌体情况，探讨其流行病学意义。方法:2015 - 2018年，在云南省家鼠鼠疫历史疫源地、新增疫源地（1982年后）和顽固疫源地的10个调查点进行鼠疫宿主动物调查。利用大臭鼩的肠道标本分离培养鼠疫噬菌体，采用双层平板法观察噬菌斑的生长情况，电镜下观察鼠疫噬菌体的形态结构，同时检测肠道标本鼠疫耶尔森菌特异标识基因F1抗原结构基因caf1。结果:共捕获大臭鼩157只，分离出16株鼠疫噬菌体，总分离率为10.19%；历史疫源地（10.00%，1/10）与顽固疫源地（16.22%，12/74）、新增疫源地（4.11%，3/73）的鼠疫噬菌体分离率比较差异均无统计学意义（χ 2 = 0.00， P = 0.965；Fisher检验， P = 1.000），而顽固疫源地与新增疫源地鼠疫噬菌体分离率比较差异有统计学意义（χ 2 = 5.88， P = 0.015）；不同性别、生长发育期和生境鼠疫噬菌体的分离率比较差异均无统计学意义（均 P > 0.05）；分离噬菌体的噬菌斑形态表现多样；电镜下显示4株噬菌体均为肌尾病毒科噬菌体；所有标本F1抗原结构基因caf1检测均为阴性。 结论:大臭鼩在云南省家鼠鼠疫疫源地分布广泛，且该动物携带一定数量的鼠疫噬菌体。定期对大臭鼩及其携带噬菌体进行监测，对云南省鼠疫监测预警有一定的指导意义。