目的 分析射干麻黄汤与定喘汤治疗支气管哮喘寒热证候的机制差异.方法 用中药系统药理学数据库与分析平台分别筛选射干麻黄汤与定喘汤中各组成药物的有效成分及作用靶点.通过基因与疾病关联数据库和人类基因信息数据库获取支气管哮喘对应的基因靶点,分别筛选射干麻黄汤与冷哮、定喘汤与热哮的核心作用靶点及成分,并用网络分析在线平台进行网络拓扑分析,通过在R软件中用"org.Hs.eg.db"软件包进行基因本体(GO)与京都基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,预测其不同作用机制,并用Autodock Vina软件对核心活性成分和核心靶点进行分子对接技术分析验证.结果 射干麻黄汤药物活性成分130个,定喘汤药物活性成分236个,相同活性成分54个.在与支气管哮喘相关靶点中,射干麻黄汤有52个潜在治疗靶点,定喘汤有45个潜在靶点.GO与KEGG分析显示:射干麻黄汤与定喘汤在血小板活化、脂肪细胞因子信号通路、酒精性肝病、瞬时受体电位通道的炎症介质调节、炎症性肠病、心肌细胞中的肾上腺素能信号、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B等信号通路等存在差异.射干麻黄汤中核心化合物鸢尾甲黄素9CI、鸢尾甲黄素A与定喘汤中核心化合物花生四烯酸、甘草查尔酮A等存在差异;定喘汤治疗热哮与射干麻黄汤治疗冷哮药物作用机制在信号转导与转录活化因子3(STAT3)、辣椒素受体(TRPV1)与Ras同源基因(RHO)靶点存在差异.结论 2种中药方剂调节哮喘寒热证候引起的不同分子和生物过程反映了冷哮和热哮2种中医证候之间的生物学差异.

目的:筛选脑死亡供者(DBD)肝移植术后早期肝移植物功能不良(PEGF)相关分子标志物，并构建肝移植术后PEGF早期预测模型。方法:基于美国基因表达数据库(GEO)GSE23649数据集中16例DBD供肝复灌2 h标本(8例发生PEGF，8例未发生PEGF)转录组数据，采用差异表达分析筛选PEGF相关基因；运用LASSO-Logistics回归筛选最佳建模基因集合构建风险评分模型，使用受试者工作特征曲线下面积(AUC)与Nomogram图评估模型预测效力及可视化；采用基因集富集分析(GSEA)探索PEGF相关生物学通路。结果:本研究筛选出6个与DBD肝移植术后PEGF密切相关的关键基因，包括4个上调基因(HBB、PFDN5、RPS3A、RPS5)和2个下调基因(RPL22、FAM62B)。基于该6基因所构建的风险评分模型对DBD肝移植术后PEGF有良好的预测价值(AUC＝1， P＝0.000 8)。GSEA提示DBD肝移植术后PEGF可能与"血管内皮生长因子"、"自然杀伤细胞介导的细胞毒性"等通路相关(均 P<0.05)。 结论:该模型将有助于DBD肝移植术后早期精准评估PEGF风险，且未来有望联合常温机械灌注用于术前供肝质量评估。

目的:全面分析肝癌的RNA结合蛋白和转录因子基因表达及免疫浸润对肝癌预后的预测价值。方法:在癌症基因组图谱(TCGA)( n＝365)、基因表达综合数据库GSE54236( n＝78)和GSE14520( n＝221)中筛选RNA结合蛋白和转录因子的共同基因集，单因素Cox回归分析进行初筛，通过LASSO-Cox构建生存回归模型，通过标准化得到整合RNA结合蛋白和转录因子的复合指数CIRT，根据其中位数将肝癌患者分为CIRT high组( n＝182)和CIRT low组( n＝182)，并分析两组免疫浸润等差异。 结果:共筛选出37个预后相关的RNA结合蛋白和转录因子基因，通过LASSO-Cox构建基于其中7个最相关基因的预后预测模型。CIRT high组患者的M1型巨噬细胞( P＝0.032)、M2型巨噬细胞( P＝0.009)、静息肥大细胞( P<0.001)、活化自然杀伤细胞( P＝0.007)和静息记忆CD4 ＋ T细胞水平较低( P<0.001)，而CIRTlow组的静息树突状细胞( P＝0.048)、M0型巨噬细胞( P<0.001)、中性粒细胞( P＝0.049)、滤泡辅助性T细胞( P＝0.004)和调节性T细胞( P＝0.001)水平较低，差异具有统计学意义。基因富集分析显示，CIRT high组的TCGA和GSE14520在细胞周期、DNA修复过程中高度富集。在TCGA队列中，CIRT low组的患者比CIRThigh组的患者总生存更优。对TCGA队列中5年随访数据进行分析，CIRT对于肝癌患者长期生存预后具有良好的预测价值(受试者工作特征曲线下面积0.71)。 结论:在肝癌中建立了基于RNA结合蛋白和转录因子表达谱以及免疫细胞浸润的新的预后指标，CIRT可以作为一个独立的预后预测指标。

目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱，为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据，根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组，每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析，应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络，筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法，通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分，根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT－qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果:TCGA数据分析显示，AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均 P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因，其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调，451个基因表达下调。GO功能分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关，而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体－受体相互作用、细胞因子－细胞因子受体相互作用通路，而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集，该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15，其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关，且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关( r＝0.475， P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT－qPCR检测结果显示，特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达，其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关，但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。 结论:AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展，其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用，并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。

目的:观察肝细胞生长因子(HGF)对人毛囊生长的影响，并探讨其促进毛发生长的作用机制。方法:毛囊来源于中国医学科学院整形外科医院4例除皱术后患者废弃的正常头皮组织，分离单根毛囊进行体外器官培养。以常规培养为对照组，培养液中添加浓度为10 ng/ml的HGF作为实验组，显微镜下测量不同培养天数毛囊的生长长度；通过观察培养毛囊毛球部毛基质与毛乳头的形态，评价HGF对毛囊生长周期的影响。分离培养人毛囊上皮细胞，应用流式细胞术对其表面标志进行鉴定；以常规培养的毛囊上皮细胞为对照组，以培养基添加10 ng/ml的HGF处理48 h后的毛囊上皮细胞为实验组，收集细胞提取RNA，转录组测序分析HGF对毛囊上皮细胞基因表达的影响，应用real-time PCR对测序分析结果进行验证。各项定量数据以均值±标准差表示，2组间比较应用独立样本 t检验， P<0.05为差异具有统计学意义。 结果:随着体外培养时间的延长，毛囊生长趋于停止；毛囊体外培养7、10、14 d时，对照组毛囊生长长度(单位0.1 mm)分别为12.210±4.191、13.710±3.518、14.000±4.057，实验组HGF促进毛发生长，生长长度分别为16.700±5.143、18.800±4.917、23.000±7.196，差异具有统计学意义( t＝2.353， P<0.05； t＝2.962， P<0.01； t＝3.910， P<0.01)；分离培养的毛囊上皮细胞呈典型的铺路石样形态，表达上皮细胞表面标志分子CD49f；转录组测序结果显示，毛囊上皮细胞高表达上皮细胞标志基因KRT14、KRT5、KRT6A、CDH1、SOX9、CD49f，FPKM值分别为6 012±2 141、4 072±1 369、3 896±1 991、95.06±21.48、101.30±38.52、162.00±47.83；不表达或极低表达间质细胞标志基因THY1、DPP4、CDH2 (N-cadherin)、ACTA2、PDGFRA、COL1A1、COL3A1，FPKM值分别为0.740±0.825、0.632±0.765、0.000±0.034、1.674±1.235、0.000±0.014、2.526±3.531、0.000±0.015；与对照组相比，实验组经HGF处理后毛囊上皮细胞中改变的基因显著富集于细胞周期及细胞分裂相关生物学过程，相关基因的表达下调；Real-Time PCR验证显示CENPA、CDC20、UBE2C、CDK1、AURKB、NDC80分别降为对照组的0.689±0.053 ( t＝10.170, P<0.001)、0.676±0.121 ( t＝4.652, P<0.01)、0.761±0.148 ( t＝2.785, P<0.05)、0.599±0.153 ( t＝4.530, P<0.05)、0.706±0.113 ( t＝4.507, P<0.05)、0.579±0.092 ( t＝7.931, P<0.01)倍，差异具有统计学意义。 结论:HGF促进毛囊体外器官培养的生长并延长其生长时间；但在细胞水平上抑制毛囊上皮细胞增殖相关基因表达。

目的:基于转录组测序（RNA-Seq），分析比较非酒精性脂肪性肝炎（NASH）早期小鼠模型中Yes相关蛋白（YAP）阳性肝细胞和YAP阴性肝细胞的差异表达基因（DEGs），初步了解此类YAP阳性肝细胞的功能学特征。方法:蛋氨酸-胆碱缺乏（MCD）饲喂C57BL/6小鼠2周构建NASH早期模型，对照组为正常饮食。肝组织行苏木精-伊红（HE）、天狼星红染色和病理学评分；免疫组织化学（IHC）观察YAP、p-YAP在肝组织的表达。胶原酶灌注联合Percoll密度梯度离心获取活率大于90%的原代肝细胞。进行YAP抗体标记、流式分选获得YAP阳性和YAP阴性肝细胞并进行RNA-Seq。测序结果用GO、KEGG和相互作用网路的分析方法筛选DEGs。RT-PCR验证模型组肝组织中YAP以及部分DEGs的表达水平。两样本均数比较采用独立样本 t检验。 结果:与对照组相比，MCD诱导小鼠2周的HE染色肝组织可见脂肪变（病理评分1.07±0.21），伴有小叶炎症（病理评分1.13±0.32）和肝细胞气球样变（病理评分0.80±0.20），天狼星红染色未见明显肝纤维化（病理学评分0.40±0.40）。IHC显示NASH早期的部分肝细胞YAP表达为阳性。RNA-Seq分析，YAP阳性和YAP阴性的肝细胞分别得到Clean reads为49 310 604条、54 820 036条。与YAP阴性肝细胞相比，YAP阳性肝细胞导致5 565个基因差异表达，包括上调基因1 662个，下调基因3 903个。上调基因的GO分析显示，嘌呤三磷酸核苷和三磷酸核苷等线粒体功能相关的代谢过程为显著富集的生物学过程（BP）；下调基因分析到显著富集的BP为嗅觉受体相关过程。KEGG分析显示，DEGs富集到292条通路，氧化磷酸化（OXPHOS）通路为显著富集信号通路。RT-PCR确认炎症因子（白细胞介素-1β、白细胞介素-6）、YAP及其靶基因（Cyr61、Ankrd1）以及OXPHOS通路的Cox5b、Sdhc基因水平显著上调，与测序结果一致。相互作用网络分析预测到8个关键基因。结论:NASH早期肝细胞代谢水平的变化可能与YAP活性增加有关。

目的:研究RNA结合蛋白Musashi-2(MSI2)在肝细胞癌(HCC)中的作用及相关机制。方法:获取来自癌症基因组图谱数据库(TCGA)和基因型-组织表达数据库(GTEX)的HCC患者mRNA表达数据及相应的临床信息，在50对匹配的肿瘤/正常HCC样本中，评估MSI2的表达水平。进一步通过蛋白质相互作用网络(PPI)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和RNA互作组百科全书(ENCORI)数据库，探究MSI2如何影响HCC进展。设计3对针对MSI2和β-catenin的短发夹RNA(shRNA)序列，将他们分别克隆到慢病毒载体中，作为敲减质粒分别转染HepG2、MHCC97H和MHCC97L细胞，用于构建MSI2敲减组细胞(HepG2 sh-MSI2组、MHCC97H sh-MSI2组)、β-catenin敲减组细胞(MHCC97L sh-β-catenin组)和各自的阴性对照组细胞(HepG2 sh-Ctrl组、MHCC97H sh-Ctrl组以及MHCC97L sh-Ctrl组)。通过蛋白质印迹法检测MSI2的过表达水平。CCK-8和集落形成实验检测肝癌细胞增殖情况。将HepG2 sh-Ctrl组、HepG2 sh-MSI2组、MHCC97L sh-Ctrl组和MHCC97L sh-β-catenin组细胞悬液分别注射于各组裸鼠的前大腿处皮下，4周后处死裸鼠，取出肿瘤测量体积。 结果:基于TCGA和GTEX数据库的分析显示，MSI2在50对匹配的肿瘤中的表达高于正常样本(2.073±0.767比1.256±0.260)，差异具有统计学差异( P<0.001)。利用PPI、KEGG通路富集以及ENCORI数据库分析MSI2在HCC进展中的潜在机制，结果显示，在HCC中，MSI2与β-catenin( r＝0.455， P<0.001)、转录因子7(TCF7)( r＝0.142， P＝0.006)、淋巴增强因子1(LEF1)( r＝0.246， P<0.001)均呈正相关。与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组中MSI2、β-catenin、TCF7、LEF1的表达均下调，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组中MSI2、β-catenin、TCF7、LEF1的表达均下调，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组中β-catenin的表达下降，差异具有统计学意义( P<0.001)。CCK-8增殖实验结果显示，与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组肝癌细胞活性降低，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组肝癌细胞活性降低，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组肝癌细胞活性降低，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。集落形成实验结果显示，与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组肝癌细胞形成集落的能力降低，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组肝癌细胞形成集落的能力降低，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，与MHCC97L sh-β-catenin组肝癌细胞形成集落的能力降低，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组裸鼠的肿瘤体积减小[(160.19±60.22)mm 3比(480.46±65.28)mm 3]，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组裸鼠的肿瘤体积减小[(456.48±38.23)mm 3比(845.67±33.19)mm 3]，差异均具有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:MSI2表达上调通过Wnt/β-catenin信号通路促进肝癌细胞增殖。

目的:基于生物信息学方法筛选与胃癌预后、5-氟尿嘧啶疗效相关的生物标志物。方法:从基因表达综合（GEO）数据库下载基于GPL570平台的GSE54129、GSE79973、GSE51725胃癌数据集。从GEPIA2在线基因表达谱分析工具下载前500例胃癌患者总生存（OS）相关基因。利用GEO2R工具鉴别胃癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因，使用STRING数据库建立蛋白质互作网络（PPI）并鉴定关键基因，通过OmicShare平台进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。利用Kaplan-Meier Plotter计算关键基因对患者OS的预测价值，患者样本按基因表达量的最佳临界值分为高表达组和低表达组。结果:共筛选出59个差异表达基因，其中39个上调基因，20个下调基因。通过PPI分析，成对同源结构域转录因子2（PITX2）、肝细胞生长因子（HGF）、成纤维细胞生长因子1（FGF1）、转化生长因子β 2（TGFB2）、凝血酶反应蛋白1（THBS1）是上调基因PPI中的关键基因。生存分析结果显示，FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因低表达的胃癌患者OS均较好（均 P<0.01），THBS1基因低表达的胃癌患者OS较差，但差异无统计学意义（ P>0.05）。采用5-氟尿嘧啶为基础的化疗方案治疗的PITX2基因低表达患者OS较好（ P<0.01），THBS1、HGF基因低表达的患者OS较差（ P<0.05）。富集分析发现关键基因参与调控TGF-β信号通路、Rap1信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路、Ras信号通路、黏着斑通路。 结论:FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因表达与胃癌预后相关，PITX2、THBS1、HGF表达与5-氟尿嘧啶疗效相关，可能作为胃癌患者氟尿嘧啶治疗敏感性的预测标志物。

目的:运用网络药理学方法挖掘锦灯笼干预肺癌的潜在有效成分、相关作用靶点及信号通路，阐明其干预肺癌的作用机制。方法:通过TCMSP获取锦灯笼的有效成分，使用SWISS、SEA预测有效成分作用靶基因；通过收集美国FDA批准的抗肺癌药物靶点和检索药物靶标数据库（TTD)、基因疾病关联数据库（DisGeNET)、人类孟德尔遗传综合数据库（OMIM）及文献中抗癌靶点，构建肺癌的疾病相关靶基因数据库；取二者交集得到药物-疾病蛋白靶基因，并通过Cytoscape 3.7.2软件将结果进行网络化展示；运用注释、可视化和集成发现数据库（DAVID）在线工具对关键靶基因进行KEGG通路富集分析，结合相关文献分析锦灯笼防治肺癌的有效成分及作用机制。结果:共得到锦灯笼有效成分11种，通过靶向表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体α(ESR1)、p53结合蛋白同源物（MDM2)、MMP2、肝细胞生长因子受体（MET）等19个肺癌相关靶点发挥抗癌作用；参与15条信号通路包括癌症相关信号通路组：肿瘤蛋白多糖通路、肿瘤MicroRNAs通路、肿瘤相关通路、肿瘤转录失调通路、PI3K-Akt信号通路等。结论:锦灯笼抗肺癌的有效成分可能是油酸、环阿屯醇、钝叶醇、禾本甾醇、β-谷甾醇等，作用机制可能与肿瘤蛋白多糖通路、肿瘤转录失调通路、PI3K-Akt信号通路等多条癌症相关信号通路有关。

目的:利用网络药理学方法探讨三七抗肿瘤转移的作用机制。方法:检索TCMSP筛选三七的有效成分及靶点，运用GeneCards数据库筛选抗肿瘤转移相关靶点，将有效成分靶点与疾病靶点进行Venn分析，得到三七抗肿瘤转移的关键靶点。借助Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-疾病网络。运用STRING数据库构建PPI网络。借助Bioconductor对靶点基因进行KEGG信号通路和GO生物过程富集分析。结果:从三七中筛选出活性成分119个，符合条件的有效成分8个，对应162个相关靶点，与抗肿瘤转移有关靶点121个，PPI网络筛选出关键靶点30个，包括AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6等。GO功能富集分析主要涉及细胞因子受体结合、血红素结合、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素蛋白连接酶结合、类固醇激素受体活性等生物过程，KEGG通路富集分析得到与三七抗肿瘤转移相关的信号通路149条，主要涉及AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路，以及乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染等多种病毒感染及多种肿瘤。结论:三七可通过人参皂苷f2、人参皂苷rh2、β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素等多个活性成分，通过AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6等多个靶点作用于PI3K-Akt等信号通路，发挥抗肿瘤转移作用。