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基于宏基因组二代测序技术检测肾移植术后肺部感染的病原学研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨肾移植术后肺部感染病原学特点和宏基因组二代测序技术(mNGS)的诊断价值。方法:选取2018年1月至2021年1月在西安交通大学第一附属医院肾移植科确诊的40例肺部感染受者,并通过常规病原体检测方法和mNGS明确病原体。常规病原体检测方法包括:血培养、支气管肺泡灌洗液(BALF)和痰培养及涂片染色、肺部组织病理、抗原检测和PCR等,mNGS则进行BALF检测寻找病原体。通过比较两种检测方法的结果,给予精准抗感染治疗,并对其临床资料进行回顾性分析。结果:最终36例受者治愈出院,4例死亡。40例肺部感染受者,BALF的mNGS病原体检测呈阳性者37例,阴性3例,其检测敏感性92.5%,其中单一型肺部感染15例,混合型肺部感染22例,包括8例以细菌感染为主,9例病毒感染为主和20例真菌感染为主,耶氏肺孢子菌(20/40,50%)和人巨细胞病毒(10/40,25%)是最为常见的病原体。相比之下,通过常规病原体检测方法阳性者12例,检出率仅为30%,两种检测方法差异有统计学意义( χ2=32.92, P<0.05);对于混合型肺部感染两种检测方法诊断率分别为55%和10%,两者差异具有统计学意义( χ2=18.46, P<0.05),而单一型肺部感染诊断率分别为30%和20%,两者差异无统计学意义( χ2=2.99, P>0.05)。 结论:与常规病原体检测方法相比,mNGS在病原体种类和分布、检测时效、敏感性、混合型感染诊断率及受益等方面更具优势,利用mNGS可更加高效寻找肾移植术后肺部感染的病原体,采取精准化治疗,减少费用,提高治愈率,值得广泛推广应用。
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编辑人员丨4天前
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骨髓增生异常综合征继发肺泡蛋白沉积症1例并文献复习
编辑人员丨4天前
目的:探讨骨髓增生异常综合征(MDS)继发肺泡蛋白沉积症(PAP)患者的临床特点,提高对该病的诊治水平。方法:回顾性分析2019年9月河南省人民医院收治的1例继发于MDS的PAP患者的临床资料与诊治过程,并进行文献复习。结果:该例患者诊断为MDS,拟行异基因造血干细胞移植,但受凉后出现逐渐加重的肺部弥漫性病变,先后考虑卡氏肺孢子菌肺炎、肺部真菌感染及过敏性肺炎,先后予以多种抗生素及激素治疗,效果不佳,后行两次肺泡灌洗均未发现PAP的典型表现。患者肺部弥漫性病变及MDS病情均逐渐进展,最终通过肺活组织检查确诊为继发于MDS的PAP,3个多月后死于呼吸衰竭。结论:继发于血液系统疾病的PAP发病隐匿,早期诊断困难,需尽早行肺泡灌洗;对临床疑诊病例行肺活组织检查,争取早期诊治。
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编辑人员丨4天前
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宏基因组二代测序技术检测支气管肺泡灌洗液中病原体对器官移植患者肺部感染的诊断价值
编辑人员丨4天前
目的:评估宏基因组二代测序(mNGS)技术在支气管肺泡灌洗液(BALF)中检测病原菌对重症监护病房(ICU)器官移植患者肺部感染的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集2018年8月至2021年8月中国科学技术大学附属第一医院重症医学科收治的46例器官移植后肺炎/疑似肺炎患者的BALF,均进行了同步mNGS和常规微生物综合试验(CMT)检测,并以CMT结果作为参考标准,比较mNGS和CMT在器官移植患者肺部感染中诊断价值的差异,并分析mNGS对于混合感染的诊断价值。结果:①肺炎病原体:在入组的35例患者中共检测出31种病原体,包括细菌(16种)、真菌(9种)、病毒(6种),其中mNGS和CMT共同检测到25种病原体,仅mNGS检测到19种病原体。采用mNGS方法分离出的微生物中,铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌及肺炎克雷伯菌的检出率较高〔分别为51.4%(18/35)、42.9%(15/35)、31.4%(11/35)〕;白色假丝酵母菌、曲霉属和肺孢子菌属是最常检测出的真菌〔分别为31.4%(11/35)、22.9%(8/35)、22.9%(8/35)〕;有20例患者病毒检测呈阳性,最常检测到的病毒为巨细胞病毒、疱疹病毒和EB病毒〔分别为28.6%(10/35)、20.0%(7/35)、17.1%(6/35)〕。此外mNGS还检测出1例布鲁氏菌。②诊断效能:就细菌检测而言,对纳入研究的35例患者样本进行CMT检测有20例阴性结果,对阴性样本采用mNGS方法检测共产生10例阳性结果;mNGS阳性样品的百分比显著高于CMT阳性样品〔优势比( OR)=5.5,95%可信区间(95% CI)为1.2~24.8, P=0.02〕;mNGS对于诊断细菌的敏感度和特异度分别为93.3%、50.0%,而阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)分别为58.3%、91.1%。就真菌检测而言,两种检测方法阳性样品的百分比无明显差异( OR=1.5,95% CI为0.5~4.2, P=0.60);mNGS对于诊断真菌的敏感度和特异度分别为72.2%、64.7%,PPV和NPV分别为68.4%、68.8%;对纳入35例样本进行CMT检测产生17例阴性结果,对检测阴性样本使用mNGS检测共产生6例阳性结果。共20例患者样本采用mNGS检测到病毒阳性。此外,23例患者(占65.7%)被确诊为肺部混合感染。 结论:使用mNGS检测BALF中的病原体提高了危重症器官移植患者肺部感染细菌鉴定的敏感度和特异度,mNGS在检测病毒和识别混合感染方面有明显优势。
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编辑人员丨4天前
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免疫抑制患者重症社区获得性肺炎的病原学分布特点
编辑人员丨4天前
目的:分析免疫抑制合并重症社区获得性肺炎患者的病原学分布情况,确定其基础疾病与感染微生物的关系。方法:对2017年1月1日至2019年12月31日入住中日友好医院呼吸与危重症医学科(MICU)的119例重症社区获得性肺炎合并免疫抑制患者的病原学分布进行回顾性分析,其中男性65例(54.6%),年龄(59.3±14.5)岁,入MICU时序贯器官衰竭(SOFA)评分为6.7±3.6,急性生理与慢性健康(APECHE)Ⅱ评分为 19.4±6.8。60例(50%)患者最终好转出院。长期使用激素是患者处于免疫抑制状态的最主要危险因素。计算不同病原微生物在原发病是否累及肺部患者中的差异及院内病死率的影响。结果:99例(83.2%)患者检出阳性的病原学结果,混合感染发生率54.5%。位列前3位的病原体分别是肺孢子菌(55.6%)、巨细胞病毒(47.5%)和曲霉(23.2%)。细菌感染中最常见的是金黄色葡萄球菌,其次是铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌。无基础肺部受累的患者发生肺孢子菌感染的风险明显高于有肺部受累的患者(64.3% vs 44.2%, P=0.046)。患者院内死亡与病原种类差异无统计学意义( P>0.05),但与是否存在混合感染相关(56.7% vs 33.9, P=0.013)。 结论:肺孢子菌和巨细胞病毒是ICU内免疫抑制患者重症社区获得性肺炎最常见的感染病原体,无肺部基础病变的患者肺孢子菌感染发生率更高。
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编辑人员丨4天前
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HIV感染者侵袭性真菌病的诊治进展
编辑人员丨4天前
侵袭性真菌病是HIV/AIDS患者机会性感染和死亡的主要原因。近2年来国内外多部关于HIV/AIDS感染者侵袭性真菌病诊断与治疗的指南与共识相继发布,真菌病原学诊断、抗原抗体检测、分子生物学检测方法均取得了新的进展。治疗方面,国内外对于念珠菌病、隐球菌病、肺孢子菌肺炎等HIV/AIDS患者不同类型侵袭性真菌病的治疗方案求同存异,新型抗真菌药物的研发及抗逆转录病毒疗法的优化也进一步推动了侵袭性真菌病诊疗的进步。本研究针对HIV/AIDS患者侵袭性真菌病相关的诊断及治疗进展予以综述,以期为临床诊疗工作提供参考。
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编辑人员丨4天前
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马克斯克鲁维酵母(乳酒念珠菌)感染8例临床特征及耐药性分析
编辑人员丨4天前
目的:了解罕见致病菌马克斯克鲁维酵母(乳酒念珠菌)临床感染状况和耐药趋势,为临床诊疗提供经验。方法:对上海长海医院皮肤科真菌实验室于1例泌尿系结石患者中段尿标本中分离出的1株马克斯克鲁维酵母菌株进行形态学及分子生物学鉴定,体外微量稀释药物敏感性(简称药敏)试验,扫描电镜观察在不同药物作用下菌株超微结构的破坏情况。回顾性分析上海长海医院2009—2021年马克斯克鲁维酵母菌感染临床病例资料。结果:分离到的菌株沙氏琼脂培养基上形成光滑、柔软、奶酪样酵母菌落,镜下可见卵圆形至细长形孢子。经菌落形态、质谱分析和测序分析鉴定为马克斯克鲁维酵母,药敏试验显示两性霉素B最低抑菌浓度0.5 μg/ml,氟康唑0.5 μg/ml,伊曲康唑0.03 μg/ml,伏立康唑≤ 0.03 μg/ml,泊沙康唑0.06 μg/ml,氟胞嘧啶0.5 μg/ml,卡泊芬净≤ 0.016 μg/ml,米卡芬净0.06 μg/ml。扫描电镜观察到未经药物处理时该菌为卵圆形至细长形,大小(3.0 ~ 6.5) μm × (5.5 ~ 11.0) μm;在1 μg/ml药物作用24 h后,泊沙康唑较两性霉素B和伏立康唑对该菌的破坏作用更强,细胞膜皱缩凹陷更明显。2009—2021年上海长海医院共收集8例马克斯克鲁维酵母感染患者,男6例,女2例,菌株分离自腹水3株、肺泡灌洗液1株、痰液和中段尿各2株。结论:对于可疑马克斯克鲁维酵母感染,应利用多种方法尽早确定致病菌种,并完善菌株收集和药敏试验,有助于临床针对性治疗。
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编辑人员丨4天前
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抗病毒治疗后不同免疫重建水平HIV感染者基线生化指标及艾滋病直接相关合并症差异
编辑人员丨4天前
目的:了解抗病毒治疗(ART)后不同免疫重建水平HIV感染者的基线生化指标及艾滋病直接相关合并症差异。方法:以2010年1月至2017年12月广州医科大学附属市八医院感染门诊随访超过24个月成年初治HIV感染者为研究对象。根据基线CD4 + T淋巴细胞计数<200、200~350和>350个/μl的不同水平分为免疫重建不良组、部分免疫重建组和免疫重建良好组。采用Kruskal-Wallis H和 χ2检验分析不同组的基线社会人口学特征、生化指标及艾滋病直接相关合并症的差异。采用SPSS 20.0软件进行统计学分析。 结果:共纳入研究对象3 900例,免疫重建不良组、部分免疫重建组和免疫重建良好组分别为385例(9.9%)、1 206例(30.9%)和2 309例(59.2%)。免疫重建不良组的基线白细胞、血小板、血红蛋白、TG、TC、FPG、AST、ALT及总胆红素等生化指标与免疫重建良好组差异有统计学意义(均 P<0.05)。免疫重建不良组的基线合并肺结核、耶氏肺孢子菌肺炎、播散性真菌病、食管念珠菌病、肺外结核、皮炎、口腔念珠菌感染、口腔黏膜毛状白斑、持续腹泻≥1个月及持续或间断发热≥1个月等艾滋病直接相关合并症的占比明显高于免疫重建良好组,差异有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:ART后获得不同免疫重建水平的HIV感染者基线生化指标和艾滋病直接相关合并症存在明显差异,需加强基线异常生化指标的监测和合并症的诊治。
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编辑人员丨4天前
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肝移植术后肺皮疽诺卡菌感染1例
编辑人员丨4天前
肝移植受者术后长期服用免疫抑制剂,感染发生率高,尤其是真菌、结核、卡氏肺孢子菌等特殊病原菌感染。诺卡菌属感染在器官移植术后比较少见,其中皮疽诺卡菌的感染更为罕见。本文报道1例肝移植术后肺皮疽诺卡菌感染的临床诊治。受者在移植术后近2年时发病,临床症状及影像学表现不典型,通过肺部病灶穿刺及血培养发现致病菌明确诊断,给予复方磺胺甲噁唑及美罗培南等药物联合治疗后,效果显著。
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编辑人员丨4天前
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肾移植术后肺孢子菌肺炎13例临床分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨肾移植术后肺孢子菌肺炎(pneumocystis carinii pneumonia,PCP)的临床诊治经验。方法:回顾性分析2020年1月至2022年1月广西医科大学第二附属医院收治的通过宏基因组二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)确诊PCP的13例肾移植受者的临床资料。其中,女性3例,男性10例;年龄(46±10)岁;术后发病中位时间为10(2~21)个月;临床表现为发热11例,咳嗽7例,咳痰6例,气促11例。采用配对 t检验,对受者入院及出院时的实验室检查结果进行对比分析。 结果:13例PCP肾移植受者均通过肺泡灌洗液/静脉血mNGS检测确诊。入院时G试验、LDH检测、总T淋巴细胞绝对计数(CD3+Abs)、抑制/细胞毒T淋巴细胞计数(CD3+CD8+Abs)、辅助/诱导T淋巴细胞绝对计数(CD3+CD4+Abs)分别为(543.27±440.49)pg/ml、(529.98±222.43)U/L、(191.92±119.42)个/μl、(87.33±50.59)个/μl、(106.92±87.42)个/μl,与出院时的(69.58±50.21)pg/ml、(285.38±46.62)U/L、(888.58±672.99)个/μl、(336.83±305.21)个/μl、(520.08±388.76)个/μl比较,差异均有统计学意义( P<0.001、 P=0.002、0.006、0.017、0.005)。13例均采用复方磺胺甲恶唑+卡泊芬净联合方案进行治疗,治愈12例,另1例治疗21 d后因感染性休克而死亡。 结论:mNGS检测是早期确诊PCP的重要方法之一;复方磺胺甲恶唑+卡泊芬净的抗感染效果良好;免疫功能监测对于抗感染及免疫抑制剂方案的调整具有重要意义。
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编辑人员丨4天前
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药物性肝损伤合并吉尔伯特综合征治疗中继发肺孢子菌及巨细胞病毒混合感染1例
编辑人员丨4天前
药物性肝损伤(drug-induced liver injury,DILI)在临床诊治中越来越多见,部分患者与自身免疫性肝炎(autoimmune hepatitis,AIH)鉴别困难,当治疗效果欠佳时要积极评估是否合并其他疾病,适时的肝脏病理和基因检测尤为重要。糖皮质激素可用于DILI的治疗,但可继发多种不同病原体的感染,增加临床诊治的难度,影响患者预后。现报道1例DILI合并吉尔伯特综合征的诊治过程,同时对糖皮质激素应用过程中继发感染的及时监测进行讨论和分析,以期为临床提供参考帮助。
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编辑人员丨4天前
