目的 探讨儿童自身免疫性多内分泌腺病综合征Ⅰ型(APS-Ⅰ)临床特征及AIRE基因变异.方法 回顾分析河南省儿童医院2019年5—10月收治的2例APS-Ⅰ病儿临床资料,并复习相关文献,对已报道中国儿童APS-Ⅰ临床表型及基因型进行总结.结果 2例男性APS-Ⅰ病儿,病例1,12岁,3岁慢性念珠菌感染,12岁重度贫血;病例2,15岁,7岁甲状旁腺功能减退,8岁慢性念珠菌感染,15岁肾上腺皮质功能减退症和重度贫血.高通量测序提示AIRE基因变异,病例1为c.44G>A(p.R15H)和c.1036C>T(p.Q346*)杂合突变,病例2为c.38T>C(p.L13P)和c.1400+2T>C杂合突变,其中c.1036C>T(p.Q346*)和c.1400+2T>C为HGMD及ClinVar数据库未报道过的变异位点,经美国人类遗传学和基因组学医学学会(ACMG)指南评估分别为疑似致病及致病变异.2例病儿给予药物治疗后临床症状缓解.分别检索PubMed、万方和CNKI数据库,共检索到22例确诊为APS-Ⅰ中国病儿,包括本研究2例,共24例,其中15例基因诊断,有14种基因变异,无热点变异,9例临床诊断.结论 新的变异位点扩大了AIRE基因变异谱,APS-Ⅰ临床表现多样,且出现时间跨度大,相关抗体及AIRE基因检测有助于疾病早期诊断,多学科诊疗提供个体化的治疗策略.

目的:了解江苏省淮安市H3N2亚型流感病毒的生物学特性和变异情况，为流感疫情防控与疫苗研发提供参考依据。方法:选取4株2022年淮安市流感监测网络实验室分离的流感毒株，通过全基因组核酸提取、文库构建，应用Nanopore三代测序平台对H3N2亚型毒株进行全基因组序列测定，利用生物信息学软件比对基因组序列相似性、构建系统发育树，解析氨基酸变异特征。结果:8个基因节段之间的核苷酸相似性为97.1%～100.0%，相似性差异最大的是HA基因(97.1%～99.9%)，差异最小的是MP基因(98.6%～99.9%)。核苷酸位点变异频率最高和最低的节段分别是HA基因(3.06%)和MP基因(1.43%)，不同基因节段核苷酸变异率有统计学意义( χ2＝14.293， P＝0.046)。HA和NA基因发育树拓扑结构基本一致，3株隶属3C.2a1b.2a.1a进化簇，1株独立属于3C.2a1b.1b进化分支且糖基化位点相较于另外3株在HA1蛋白142NWT、149NGT和NA蛋白436NLS位点发生丢失。4株淮安株均对NA抑制剂和金刚烷胺类药物敏感。 结论:1株淮安株抗原性发生了改变，与当年疫苗株匹配性较低，建议持续加强H3N2流感病毒的基因监测，为流感防控及流感疫苗筛选提供科学依据。

作为具有重要临床意义的病原体，白念珠菌可以在人体多个生态位上广泛定植，尤其会对免疫功能低下的人群产生严重的后果。目前能够使用的抗真菌药物非常有限，然而白念珠菌的基因组又具有较高的变异性，可以帮助其快速适应抗真菌药物带来的压力。因此，该物种的耐药问题仍是威胁临床的巨大隐患。本研究重点关注白念珠菌频繁发生的杂合性丢失(loss of heterozygosity, LOH)事件，总结了LOH与白念珠菌其他基因组变异形式之间的关联，并从新发突变频率、耐药基因的纯合性以及生殖方式等方面进一步探讨其与抗真菌药物耐药之间的相关性。

目的:检测凋亡相关长非编码RNA(lncRNA)对肺腺癌(LUAD)预后的预测能力，并探讨其分子机制。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和高通量基因表达数据库(GEO)分别下载535例和125例LUAD患者转录组和临床信息，筛选出与161个凋亡基因高度相关的lncRNA。通过Cox回归和lasso分析获取预后相关lncRNA并构建预测模型，并验证模型的稳定性。通过肿瘤突变负荷(TMB)、药物敏感性、免疫细胞相关性和基因集变异分析探讨该模型可能的生物学途径及潜在的分子机制。结果:研究构建一个由19个凋亡相关的lncRNA组成的LUAD预后预测模型。通过模型风险评分可将LUAD患者分为高低风险组，高评分与患者总生存率呈负相关( P<0.05)。训练集和测试集中1、3、5年的受试者工作特征曲线下面积(AUC)均>0.7。该评分与患者的临床指标如总分期[Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ+Ⅳ分别为－0.069(－0.256，0.169)比0.063(－0.156，0.309)比0.099(－0.099，0.463)， H＝16.9， P<0.01]、T分期[T1/T2/T3+T4分别为－0.083(－0.389，0.130)比0.037(－0.165，0.282)比0.180(－0.066，0.392)， H＝20.8， P<0.01]和N分期[N0/N1/N2+N3分别为－0.055(－0.252，0.201)比0.043(－0.143，0.357)比0.119(－0.064，0.457)， H＝13.1， P<0.01]成正相关，可作为LUAD的独立预后因素(风险比＝3.402，95%可信区间：2.338~4.952， P<0.01)。高评分组患者对Gefitinib的药物敏感性高于低评分组[2.168(2.101，2.239)比2.204(2.153，2.251)， Z＝11.60， P<0.01]，同时对Dasatinib[0.989(0.353，2.056)比1.463(0.809，2.402)， Z＝11.60， P<0.01]以及Imatinib[4.925(4.873，4.971)比4.937(4.892，4.972)， Z＝10.60， P<0.05]的药物敏感性也高于低评分组。评分影响肿瘤免疫细胞含量。高风险组TMB高于低风险组[6.105(2.395，12.421)比4.342(1.579，10.237)， Z＝8.41， P<0.05]，且主要富集glycolysis，myc targets v1和mtorc1 signaling等信号通路。 结论:建立基于凋亡相关lncRNA的LUAD预后模型，并验证了该模型的性能。

目的:对临床分离的致关节感染的两株皮疽诺卡菌（ Nocardia farcinica）进行全基因组测序并分析其耐药性。 方法:2020年1月收集两株导致老年患者膝关节感染的皮疽诺卡菌菌株，采用全基因组测序对细菌进行鉴定，根据CLSI M24推荐的微量肉汤稀释法和E-test法进行药物敏感性分析，通过ABRicate工具比对获得性耐药和毒力基因，Snippy等生物信息学工具进行同源性等基因特征分析。结果:本研究的临床分离株均为皮疽诺卡菌，对头孢曲松、头孢吡肟、头孢噻肟、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑（TMP/SMX）耐药，对亚胺培南、利奈唑胺和含有酶抑制剂类抗生素阿莫西林/克拉维酸敏感。携带A类β内酰胺酶基因 far-1、RNA聚合酶结合蛋白基因 RbpA、多耐药外排泵转录激活因子基因 MtrA和调节转录因子基因 vanR-O，分别介导对β内酰胺抗生素、利福平、大环内酯类药物和万古霉素的耐药性。不含有获得性TMP/SMX耐药基因，二氢叶酸还原酶家族基因存在多个错义突变，均携带与结核分枝杆菌同源的 icl、 mbtH、 phoP、 relA毒力基因，SNP同源分析表明两株皮疽诺卡菌具有很近的亲缘关系，两株菌仅存在10个SNP位点、6个复合基因和1段基因缺失变异。 结论:全基因测序技术有助于研究诺卡菌的分子特征和耐药机制；皮疽诺卡菌对TMP/SMX耐药现象需要重视，参与二氢叶酸代谢途径的酶基因突变有可能是TMP/SMX耐药的原因之一。

左乙拉西坦（LEV）是第二代广谱抗癫痫药，与其他抗癫痫药相比，具有独特的抗癫痫机制、良好的疗效及耐受性。随着LEV的广泛应用，其不良反应也越来越受到临床关注，尤其是精神相关不良反应。基因多态性可能是造成上述药物反应个体差异性的重要因素。本文以LEV药物基因组学相关的作用靶点、代谢、不良反应相关的遗传变异及疗效预测等研究进展进行综述，为临床实践中癫痫患者应用LEV个体化治疗提供决策，进而提高癫痫患者的生活质量，减轻癫痫患者的疾病负担。

阿片类药物作为一种有效的镇痛药被广泛应用于疼痛的治疗。阿片类药物的镇痛效果在不同个体之间存在很大差异，有效的疼痛治疗受到巨大个体差异的阻碍。遗传因素研究与药物基因组学的快速发展使基因变异与阿片类药物使用的相关性越来越密切。文章综述了阿片类镇痛药物需求与基因多态性之间的关系，导致对阿片类药物反应个体差异的不同因素，可能作为预测阿片类药物镇痛作用的候选基因，以及基于相关基因多态性的预测公式在个体化疼痛治疗中的应用等。随着药物基因组学研究的不断深入，个体化疼痛治疗有望得到更大的进步。

目的:以拥有不同抗菌药物耐药性的幽门螺杆菌( H. pylori)临床菌株为研究对象，基于全基因组测序探索 H. pylori对克拉霉素和左氧氟沙星(LVX)耐药相关新基因。 方法:纳入2016年9月1日至2019年8月31日在香港大学深圳医院消化及肝脏科因上消化道相关症状就诊且 13C尿素呼气试验阳性的1 749例患者，在行胃黏膜活体组织检查后进行胃黏膜组织 H. pylori分离培养，成功保存 H. pylori菌株90株。依据体外药敏试验结果，分别筛选克拉霉素单耐药(克拉霉素组)10株，LVX单耐药(LVX组)10株，克拉霉素和LVX双重耐药(双重耐药组)10株，克拉霉素、LVX、阿莫西林、呋喃唑酮、四环素、甲硝唑全敏感(全敏感组)10株，总计40株 H. pylori菌株。通过全基因组测序，与综合抗性基因数据库(CARD)进行比对，分析单核苷酸变异(SNV)和插入缺失突变情况，筛选 H. pylori对克拉霉素和LVX耐药相关基因并分析耐药相关新基因在4组间的表达差异。统计学方法采用独立样本 t检验、单因素方差分析、最小显著差数法和卡方检验。 结果:克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组SNV位点数[(74 952.00±8 755.21)、(77 128.10±3 191.35)、(78 639.90±601.23)、(77 474.60±2 421.05)个]和插入缺失突变数[(2 582.20±265.45)、(2 653.60±108.37)、(2 667.10±43.82)、(2 641.10±80.25)个]比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)。与CARD进行比对，共检出223个耐药相关基因，其中克拉霉素组克拉霉素单耐药相关基因19个，LVX组LVX单耐药相关基因24个，双重耐药组中有克拉霉素单耐药相关基因16个，LVX单耐药相关基因14个，双重耐药相关基因12个；全敏感组中有克拉霉素单耐药相关基因11个，LVX单耐药相关基因17个，双重耐药相关基因13个。克拉霉素单耐药相关基因中，红霉素酯酶基因( ere)B在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组的检出率(0/10、0/10、3/10、0/10)比较差异有统计学意义( χ2＝5.79， P＝0.049)；红霉素核糖体甲基化酶基因( erm)家族在克拉霉素组和双重耐药组中的检出率高于LVX组和全敏感组[45.0%(9/20)比10.0%(2/20)]，差异有统计学意义( χ2＝6.14， P＝0.013)，游离甲硫氨酸-(R)-亚砜还原酶基因( msrC)在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(10/10、7/10、6/10、4/10)比较差异有统计学意义( χ2＝8.97， P＝0.030)。LVX单耐药相关基因中，喹诺酮抗性五肽重复蛋白基因( qnr)家族在LVX组和双重耐药组的检出率高于克拉霉素组和全敏感组[60.0%(12/20)比25.0%(5/20)]，差异有统计学意义( χ2＝5.01， P＝0.025)； qnrB4在克拉霉素组、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出率(1/10、3/10、7/10、1/10)比较差异有统计学意义( χ2＝10.17， P＝0.010)。4组中克拉霉素单耐药相关外排转运的基因个数少于LVX单耐药和双重耐药相关基因个数(11个比29个，11个比23个)，差异有统计学意义( χ2＝11.87、5.80， P＝0.001、0.016)。LVX相关外排转运基因在克拉霉素、LVX组、双重耐药组、全敏感组检出个数(28、40、24、27个)比较差异有统计学意义( χ2＝10.26， P＝0.016)。 结论:erm家族和 msrC可能是介导 H. pylori对克拉霉素耐药的重要基因， qnr家族与介导 H. pylori对LVX耐药相关。外排转运基因可能在药物外排过程中有协同作用，其更倾向介导 H. pylori对LVX耐药。

目的:探讨1例经超声检出的隐眼畸形胎儿的遗传学病因。方法:以2017年1月因超声提示面部发育异常行药物引产的1例无双侧眼裂胎儿(先证者)作为研究对象，回顾性分析孕妇的临床资料。采集引产胎儿的脐带血及家系成员外周血样，提取基因组DNA，通过全外显子组测序(WES)确定致病性候选变异，用Sanger测序进行家系验证，结合生物信息学分析和蛋白结构模拟进行致病性分析。根据结果为该家系进行进一步的产前基因诊断。结果:先证者母亲既往曾有4次不良妊娠史。本次引产胎儿为第5胎，其双侧上下眼睑融合，切开后可见发育不良的眼球，角膜与上眼睑粘附，低位耳，足底前部纹理异常，拟诊为隐眼畸形，尚无文献报道这2个变异与隐眼畸形的关联。基因测序结果提示胎儿存在 FREM2基因c.4537G>A(p.D1513N)和c.7292C>T(p.T2431M)复合杂合变异。蛋白结构模拟显示二者均可造成蛋白氨基酸之间氢键的改变。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南，二者均被判定为可能致病性变异(PM1_Supporting＋PM2_Supporting＋PM5＋PP3＋PP4；PM2_Supporting＋PM3＋PP3＋PP4)。孕妇第6次妊娠时接受了针对性的基因检测，并娩出一表型正常的胎儿。 结论:FREM2：c.4537G>A和c.7292C>T复合杂合变异可能是该家系隐眼畸形胎儿的遗传学病因。该2个新变异的检出扩展了 FREMI的致病变异谱。

目的:探讨1例严重肺动脉高压、呼吸衰竭新生儿的诊治过程及遗传特征。方法:以2021年3月于泉州市妇幼保健院·儿童医院收治的1例患儿作为研究对象。收集患儿的围产期情况、临床表现、实验室及影像学检查结果以及诊治资料。对患儿进行全外显子组测序，对检出的候选变异进行Sanger测序家系验证。结果:患儿为女性，出生后不久出现进展性呼吸衰竭与顽固性肺动脉高压，机械通气、血管活性药物、吸入一氧化氮等常规治疗无效，经体外膜肺氧合治疗撤机后再发持续性肺动脉高压，家属放弃治疗后死亡。全外显子组测序发现其携带 FOXF1基因c.682_683insGCGGCGGC(p.G234Rfs*148)新发杂合变异，根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南评级为致病性变异，证据项为PVS1_Strong+PM2_Supporting+PS2。根据其临床特征及基因检测结果，诊断患儿为肺泡毛细血管发育不良伴肺静脉错位(ACD/MPV)。 结论:FOXF1基因c.682_683insGCGGCGGC(p.G234Rfs*148)的发现丰富了 FOXF1基因的变异谱，为其临床诊治和遗传咨询提供了依据。