目的 基于定量蛋白质组学技术明确西黄丸抗乳腺增生(hyperplasia of mammary glands,HMG)中乳腺组织的差异蛋白并验证,探讨其作用机制.方法 将SD大鼠随机分为空白组、模型组和西黄丸组,每组10只.除空白组外,肌注雌孕激素建立HMG大鼠模型,为期30 d.给药西黄丸14 d后,观察各组大鼠表观形态变化,HE染色观察乳腺组织病理改变,定量蛋白质组学技术筛选各组差异表达蛋白(differen-tially expressed proteins,DEPs),并进行生物信息学分析和Western blot验证.结果 与模型组比较,西黄丸组表观病理形态明显改善,大鼠乳头高度直径明显降低(P＜0.01),组织病理程度明显缓解.定量蛋白质组学鉴定出乳腺组织4 299个DEPs,对西黄丸组与空白组相对模型组变化一致的14个DEPs进行生物信息学分析,发现与肌肉系统过程的调节、肌肉收缩调节、DNA复制和DNA复制启动前过程有关.Western blot结果表明,与模型组比较,西黄丸组大鼠乳腺组织ACLY与ALDOC蛋白表达水平明显降低,BIN1蛋白表达水平明显增加(P＜0.01).结论 西黄丸可能通过调控BIN1、ACLY及ALDOC蛋白水平,调控DNA复制、DNA复制启动前和肌肉系统过程的调节、肌肉收缩调节等途径发挥抗HMG作用.

目的 综述单细胞蛋白质组学的新兴技术及其在各类癌症中的不同应用现状.方法 以"单细胞、蛋白质组学、质谱分析、癌症"为中文关键词;以"single cell、proteomics、MS、cancer"为英文关键词,检索PubMed和中国知网数据库2006-01-01-2023-05-01发表的相关文献.纳入标准:(1)单细胞组学概述;(2)单细胞组学中单细胞蛋白质组学概述;(3)单细胞组学质谱法;(4)单细胞蛋白质组学在癌症方面的应用.排除标准:会议摘要及中文学位论文等非正式发表的文献.依据纳入和排除标准,最终纳入37篇文献进行分析.结果 单细胞蛋白质组学在很多方面都有了新兴技术,特别是在样本制备与分离、电解和电离、质谱和电气分离方面.单细胞蛋白质组学对于癌症的监测、免疫治疗、靶向治疗、放疗、化疗等具有良好的应用前景,也可用于癌症预后评估.但仍然存在一些技术上的挑战,例如敏感性及高效性.结论 单细胞蛋白质组学在癌症的监测、免疫治疗、靶向治疗、放疗、化疗、预后方面虽然取得了一定进展,仍然面临敏感性、高效性、普遍性等相关问题的挑战.

生物膜基质由胞外多糖、eDNA、膜囊泡和蛋白质组成. 研究者利用蛋白质组学分析技术已经鉴定出了各种基质蛋白,但与其他生物膜组分相比,这些基质蛋白在生物膜中的功能还有待研究. 一些研究已经证实,铜绿假单胞菌生物膜中的OprF是一种含量丰富的基质蛋白,更具体地说,它是生物膜囊泡的一种组成部分.

目的 利用蛋白质组学寻找抑制冠心病血瘀证的关键蛋白,并基于核因子(nuclear factoer,NF)-κB炎性信号通路和内皮细胞活化模型验证关键蛋白纤维连接蛋白(fibronectin 1,Fn)对冠心病血瘀证的作用.方法 将冠心病血瘀证组患者和健康组受试者的血清进行相对定量和绝对定量的等比标记(isobaic tag for relative and absolute quantitation,ITRAQ)蛋白质组学分析,将差异蛋白进行GO和KEGG功能富集,从与冠心病密切相关的富集通路中筛选出关键蛋白Fn.利用 60 μg/mL的氧化低密度脂蛋白(oxidized low density lipoprotein,oxLDL)构建内皮细胞活化模型,在内皮细胞活化模型中加入 5 μg/cm2、10 μg/cm2、20 μg/cm23个浓度的血浆Fn或敲减内皮细胞来源Fn的方法进行干预.分组为空白组、模型组、对照组、FnEC-KD 组、Fn5 组、Fn10 组、Fn20 组.细胞免疫荧光法和免疫印迹法检测各组 NF-κB 核位移和 NF-κB 蛋白表达水平,ELISA 检测培养上清的细胞间黏附分子(intercellular cell adhesion molecule,ICAM)-1、血管细胞黏附分子(vascular cell adhesion molecule,VCAM)-1、前列环素 I-2(Proataglandin-I-2,PGI2)、内皮素的蛋白含量.结果 血清蛋白质组学结果显示健康组和冠心病血瘀证组存在 121 种差异蛋白,51 种血瘀证组下调蛋白集中在补体与凝血级联、肌动蛋白细胞骨架的调节、细胞外基质-受体相互作用途径,70 种血瘀证组上调蛋白集中在补体与凝血级联、肌动蛋白细胞骨架的调节、血小板活化、吞噬体途径.Fn与冠心病密切相关且在血瘀证患者中下调.细胞实验发现各组NF-κB总蛋白表达差异无统计学意义(P>0.05);与空白组比较模型组NF-κB 核位移增强,ICAM-1、VCAM-1、内皮素表达上调,PGI2 分泌下调(P<0.05);与模型组比较,Fn5 组、Fn10 组、Fn20 组NF-κB 核位移减弱,VCAM-1、ICAM-1、内皮素分泌下调(P<0.05),PGI2 分泌显著上调(P<0.05);与模型组比较,FnEC-KD 组NF-κB 核位移减弱,VCAM-1、ICAM-1、内皮素表达含量明显降低(P<0.05),PGI2 表达明显增加(P<0.05).结论 血浆Fn抑制内皮细胞活化和功能障碍,内皮细胞来源的Fn促进内皮细胞活化和功能障碍.

体表慢性难愈合创面的诊断和治疗一直充满着挑战，对医疗和社会造成巨大负担。利用高通量测序技术结合组学分析可以揭示慢性创面形成的潜在机制，识别与慢性创面诊断、预后和筛查相关的潜在生物标志物。而联合多个水平的组学分析能进一步探索和理解其中详细的分子机制，为制订个性化治疗方法提供线索，为慢性创面的精准医疗打下坚实的基础。因此，该文针对近年各种组学分析在体表慢性难愈合创面相关研究中的进展进行综述。

再生是组织修复的“圣杯”，但皮肤损伤通常会产生纤维化的、无功能的瘢痕。如何通过再生治疗避免创面愈合后形成瘢痕，需要对损伤到纤维化或再生进程中的分子过程进行深度理解。该文报道了导致皮肤创面细胞瘢痕化或再生的不同分子事件，从转录（单细胞RNA 测序）、蛋白质（timsTOF蛋白质组学）和组织（ECM 超微结构分析）水平上刻画了瘢痕形成与YAP抑制下的创面再生；利用单细胞表面标记，整合长时程多模态数据来揭示纤维化和再生愈合的分子轨迹。结果表明，阻断YAP 机械转导可通过激活Trps1和Wnt信号的Fb实现再生修复。最后，作者通过体内实验进行创面基因敲除和过表达，确定Trps1 是必要的和部分充分的创面再生关键调控基因。该研究建立了一个成年哺乳动物创面再生的分子生物学、细胞生物学以及蛋白质图谱，为未来研究皮肤创面再生与阻断纤维化瘢痕形成提供了广泛的研究资源。

目的:评价体外冲击波对糖尿病神经痛大鼠脊髓磷酸化蛋白质组学的影响。方法:SPF级健康雄性SD大鼠36只，2月龄，体质量200～250 g。采用随机数字表法分为3组( n＝12)：对照组(C组)、糖尿病神经痛组(D组)和体外冲击波＋糖尿病神经痛组(E组)。C组大鼠持续普通饲料喂养，D组和E组大鼠高糖高脂喂养8周后，腹腔注射链脲佐菌素35 mg/kg，注射后3、7和14 d时尾静脉随机血糖均>16.7 mmol/L，大鼠机械缩足反应阈(MWT)和热缩足潜伏期(TWL)≤85%基线值即视作大鼠糖尿病神经痛模型制备成功。E组于造模后进行体外冲击波，冲击量1 000冲击/次，频率10 Hz，能量1.0 bar，1次/周，共4次。于造模前(T 0)、造模后1、2、3和4周(T 1-4)时测定MWT和TWL。最后一次冲击后麻醉处死大鼠取腰段脊髓组织行蛋白质组学分析，免疫组化法检测胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、IL-1β和TNF-α的表达。 结果:与C组比较，D组和E组T 1-4时MWT和TWL降低( P<0.05)；与D组比较，E组T 1-4时MWT和TWL升高( P<0.05)。磷酸化蛋白质组学筛选结果，D组与C组共筛选出差异磷酸化蛋白284个，E组与C组共筛选出差异磷酸化蛋白282个，E组与D组共筛选出差异磷酸化蛋白303个，磷酸化mGluR5表达差异有统计学意义( P<0.05)。免疫组化结果显示，与C组比较，D组脊髓GFAP、IL-1β和TNF-α表达上调( P<0.05)；与D组比较，E组脊髓GFAP、IL-1β和TNF-α表达下调( P<0.05)。 结论:体外冲击波减轻大鼠糖尿病神经痛的机制与抑制星形胶质细胞激活及mGluR5过度磷酸化有关。

目的:通过非标记蛋白质组学技术研究肺腺癌中蛋白质表达。方法:选取北京大学人民医院5例未经治疗的肺腺癌患者，提取肿瘤组织和配对癌旁组织的总蛋白，通过高效液相色谱-质谱联用技术进行质谱分析。质谱原始数据使用Maxquant软件进行查库和非标记定量分析。Maxquant所得的查库文件使用Perseus软件进行分析。肺腺癌肿瘤组织与配对癌旁组织进行配对 t检验，筛选出差异表达蛋白后并对差异蛋白进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，以 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:通过数据库比对获得11 295条多肽，分别对应于908个蛋白，其中312个蛋白在肺腺癌中存在显著差异表达，110个蛋白表达上调，212个蛋白表达下调。肺癌中上调倍数最高的为铁蛋白，下调倍数最高的为COL6A3。GO分析提示肺腺癌中差异表达的蛋白主要富集的分子功能为RNA binding。KEGG通路分析也证实剪接体通路在差异表达蛋白中显著富集。结论:通过非标记蛋白质组学技术发现312个在肺腺癌中显著差异表达的蛋白质。

目的:采用定量蛋白质组学技术分析高度近视患者房水中的蛋白质组谱。方法:纳入2019年1—8月在天津医科大学眼科医院于白内障手术中用1 ml注射器采集伴或不伴高度近视的年龄相关性白内障患者房水标本各34例34眼(每例100 μl)，分别作为高度近视白内障组和单纯白内障组。各组分别选取16例16眼房水标本，采用BCA法进行蛋白定量并比较，采用非标记液相色谱串联质谱分析得到2个组的差异表达蛋白。进一步将生物大数据用基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析差异表达蛋白的功能和信号转导通路。各组分别选取18例18眼房水标本采用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行质谱检测结果的扩大样本量验证。结果:高度近视白内障组房水标本平均蛋白质量浓度为(1 134.91±104.78)ng/L，明显高于单纯白内障组的(706.71±85.43)ng/L，差异有统计学意义( t＝11.977， P<0.01)。2个组患者房水标本中共鉴定出463个可定量蛋白质，其中86个差异表达蛋白质，包括49个表达上调蛋白和37个表达下调蛋白。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、细胞外基质蛋白、载体蛋白、细胞间信号分子、蛋白质修饰酶等，分别占32.70%、14.50%、9.10%、9.10%和7.30%。生物信息学分析表明，86个差异表达蛋白主要富集在补体激活及其调节、急性炎症反应、细胞外基质组织重塑等生物学过程。其中21个差异表达蛋白富集于补体和凝血级联通路，15个差异表达蛋白富集于细胞外基质-受体相互作用通路，8个差异表达蛋白富集于PI3K-Akt信号通路。ELISA结果表明，随机选取的3个差异表达蛋白在2个组之间表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果一致。 结论:高度近视白内障与单纯白内障之间房水蛋白质表达谱有显著变化，高度近视与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

目的:阻塞性睡眠呼吸暂停(obstructive sleep apnea and hypopnea syndrome, OSAHS)是一种睡眠疾病，对体内代谢有多方面的影响，生物标志物研究成为热点和方向。但是很多蛋白表达本身存在昼夜变化，本研究拟对早晚采样时间点蛋白差异变化进行探索性研究。方法:研究对象是经整夜睡眠监测确定为非OSAHS的无鼾成年男性28例。采集整夜睡眠监测前后的早晚唾液样本。每份唾液样本中都加入内参蛋白(牛胎球蛋白和酿酒酵母乙醇脱氢酶)，同步进行平行反应监测(parallel reaction monitoring，PRM)，通过靶向蛋白质组学方法定量分析98种与OSAHS相关的唾液蛋白。结果:唾液蛋白的个体差异较大，总计平均变异系数为95.9%，其95%置信区间为(84.7%，107.2%)。以差异倍数>2倍且 P<0.05的标准筛选早晚差异表达蛋白，得到早晨表达上调蛋白有13个，未见下调蛋白，表达无差异蛋白72个。无表达差异蛋白主要为细胞骨架蛋白及相关结合蛋白、氧化应激相关蛋白、免疫炎症相关蛋白和代谢相关蛋白等。表达差异蛋白功能涉及方面较广，包括机体免疫、血管生成、物质与能量代谢、神经发育和钙离子结合等。 结论:本研究发现部分唾液蛋白存在早晚明显差异，提示无鼾正常男性部分唾液蛋白的昼夜节律性变化。研究OSAHS患者生物标志物时，应考虑部分唾液蛋白固有的昼夜节律特性，规定时间段采样，并推荐早晚都进行采样。