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角鲨烯环氧化酶在软组织肉瘤组织的表达及其临床意义
编辑人员丨1天前
目的:利用生物信息学方法分析角鲨烯环氧化酶(SQLE)在软组织肉瘤(SARC)中的表达、预后及其作用机制。方法:下载UCSC数据库中泛癌的表达及预后数据,分析SQLE在泛癌中的表达及预后。分析SQLE在GTEx正常组织表达与SARC肿瘤组织表达的差异,然后通过单因素和多因素分析SQLE在SARC中的预后意义。探讨SQLE表达与SARC中免疫浸润细胞的关系,并通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析探讨SQLE在SARC中的潜在机制。结果:SQLE在多种肿瘤中异常表达,并且与多种肿瘤的总体生存率(OS)和无进展生存期(PFS)明显相关。与GTEx中正常软组织比较,SQLE在SARC中表达明显升高( P<0.001),并且在每种亚型中均表达升高( P<0.001)。生存分析结果显示,SQLE高表达的SARC患者有更差的OS( P<0.001)和PFS( P<0.01)。单因素分析和多因素分析结果显示,SQLE在SARC中是OS( P<0.001)和PFS( P<0.05)的独立风险因素。肿瘤浸润免疫细胞分析发现,SQLE表达与SARC中休眠树突细胞、嗜酸性粒细胞、M0巨噬细胞、休眠肥大细胞、单核细胞、CD8T淋巴细胞6种免疫细胞明显相关。 结论:SQLE在多种肿瘤中表达升高,包括SARC。SQLE表达与SARC的差预后相关,是不良预后的独立风险因素。
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编辑人员丨1天前
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脂质组学在痤疮皮脂分析中的应用
编辑人员丨1天前
痤疮是毛囊皮脂腺单位的慢性炎症性疾病。皮脂含量增加是痤疮发生的前提,皮脂成分改变促进痤疮炎症反应。皮脂稳态失衡是痤疮发生的关键因素之一。由于皮脂成分复杂、结构多样,使用单一的实验方法很难对皮脂中的所有脂质化合物进行分析。脂质组学可对数百种不同性质和生物活性的脂质进行定性和定量分析,为深入了解皮脂在痤疮发病机制中的作用提供了可能。本文综述目前脂质组学在痤疮皮脂分析中的应用。
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编辑人员丨1天前
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基于脂质组学的新生儿痤疮面部皮损脂质分析
编辑人员丨1天前
目的:分析新生儿痤疮皮损和健康婴儿面部正常皮肤表面脂质(SSL)的差异。方法:2018年6-8月在首都儿科研究所附属儿童医院皮肤科收集36例新生儿痤疮(痤疮组)面部皮损及36例健康婴儿(对照组)面部皮肤脂质标本。采用超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱联用技术得到脂质图谱,用多元数据分析方法得到脂质成分的具体信息。采用SPSS19.0软件进行独立样本 t检验分析两组间差异。 结果:与对照组相比,痤疮组患儿面部皮肤甘油脂类和孕烯醇酮脂类显著增加(均 P < 0.001),但脂肪酸类、甘油磷脂类、鞘脂类、固醇脂类、糖脂类、多聚乙烯类显著下降( P < 0.01或0.05)。进一步分析显示,痤疮组脂质总量、甘油二酯、蜡酯、角鲨烯平均相对含量均高于对照组( P < 0.001或0.05),但亚油酸平均相对含量低于对照组( P < 0.001)。 结论:新生儿痤疮面部皮损脂质总量较健康婴儿明显增加,脂质成分也存在明显差异。
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编辑人员丨1天前
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铁死亡相关风险评估模型在宫颈癌研究中的应用
编辑人员丨3周前
目的 构建铁死亡相关风险评估模型,探讨铁死亡对宫颈癌生存期的影响,并预测靶向的微小RNA(miRNA).方法 首先通过FerrDb、MSigDB数据库及已有的研究中定义一个新的铁死亡相关基因数据集,下载TCGA、GEO数据库中宫颈癌数据进行差异分析,筛选出差异表达(DE)的铁死亡相关基因.其次,用LASSO Cox回归分析构建风险评分模型,根据风险评分中位值将TCGA数据库中的宫颈癌患者分为高、低风险2组.用Kaplan-Meier分析、受试者工作曲线、临床病例特征以及免疫分析对评分模型预测进行评估.最后,通过miRDB、TargetScan、StarBase数据库预测潜在调控目的基因的miRNA.结果 在宫颈癌组织中共获得28个DE铁死亡相关基因.高风险组患者的总体生存期更短(0.76年vs 1.00年,P<0.001),具有更高水平免疫抑制细胞的浸润.宫颈癌组织中铁死亡相关基因角鲨烯环氧化酶(SQLE)的表达显著升高.通过数据库预测得出,miR-579-3p可能调控SQLE的表达.结论 本研究构建了用于预测宫颈癌预后的铁死亡基因风险评分模型,筛选出潜在的miRNA——miR-579-3p,调控宫颈癌组织中铁死亡相关基因SQLE的表达.
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编辑人员丨3周前
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鸡嗉子榕传粉榕小蜂表皮碳氢化合物的性二型及季节变化
编辑人员丨1个月前
生存与繁殖对生物体维持和延续种群数量稳定至关重要.表皮碳氢化合物具有维持昆虫水分平衡和信息通讯的双重功能,目前对于昆虫在不同气候条件下如何权衡防脱水与保持化学信号可靠性的潜在冲突尚不清楚.本文以寄生于鸡嗉子榕(Ficus semicordata)雄花期果内的传粉榕小蜂窝榕小蜂(Ceratosolen gravelyi)为研究对象,利用气相色谱-质谱联用仪(GC-MS)解析雨季、雾凉季和干热季中雌、雄成虫表皮碳氢化合物的种类及含量,运用非度量多维尺度排序、相似性分析、置换多元方差分析和随机森林等方法分析了窝榕小蜂表皮碳氢化合物对不同季节变化的响应机制.结果表明:(1)窝榕小蜂表皮碳氢化合物由34种C7-C44的化合物组成,包括正链烷烃、甲基烷烃、烯烃和甲基烯烃;其中角鲨烯(squalene)、2-甲基二十八烷(2-Me-C28)、正三十四烷(n-C34)、正三十六烷(n-C36)和正四十四烷(n-C44)为主要成分(>5%).(2)不同性别窝榕小蜂表皮碳氢化合物的组成及含量存在显著差异,正四十二烷(n-C42)、17-三十五烯(17-C35∶1)、1-二十九烯(C29∶1)、2-Me-C28和角鲨烯是造成两性差异的重要贡献量化合物.(3)雌、雄成虫表皮碳氢化合物均具有明显的季节变化:在干热季中,雌蜂正链烷烃(n-C34、n-C36和n-C44)的比例及碳氢化合物的总绝对含量增加,2-Me-C28和角鲨烯的比例降低;雄蜂甲基烯烃的比例增加,正链烷烃和甲基烷烃的比例降低,碳氢化合物总绝对含量无明显变化.本研究发现窝榕小蜂表皮碳氢化合物具有明显的性二型和强烈的季节可塑性,2-Me-C28和角鲨烯可作为雄蜂配偶识别时的候选性信息素;雌、雄成虫在适应高温和/或干燥的气候条件时存在差异化响应,表明窝榕小蜂两性表皮碳氢化合物在不同季节变化中采取不同的适应性策略.本研究揭示了榕小蜂应对不同气候环境的化学适应机制,为研究昆虫双重性状和理解生态适应与物种形成之间的功能联系奠定了化学基础.
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编辑人员丨1个月前
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茯苓多糖通过SQLE/NLRP3/GSDMD信号通路调控肝癌细胞焦亡
编辑人员丨2024/4/27
目的:应用生物信息学分析技术初步探索肝细胞癌(HCC)脂代谢异常差异表达基因,并结合实验验证,探讨茯苓多糖通过角鲨烯环氧酶(SQLE)/核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)/消皮素D(GSDMD)信号通路影响细胞焦亡的分子机制.方法:(1)利用GEO、GSEA、DAVID、STRING和GEPIA数据库筛选HCC脂代谢异常差异表达基因.(2)收集HCC患者肿瘤组织(n=9)验证SQLE基因的差异表达.(3)培养人HCC细胞系HepG2,采用CCK-8法筛选茯苓多糖浓度.(4)将HepG2细胞分为对照组和茯苓多糖(800 mg/L)组,划痕实验观察细胞迁移能力,RT-qPCR检测细胞中SQLE的mRNA表达水平.(5)进一步采用构建过表达SQLE(OE-SQLE)的HepG2细胞,再用茯苓多糖处理,分为5组:对照组、过表达阴性对照(OE-NC)组、OE-SQLE组、OE-NC+茯苓多糖组和OE-SQLE+茯苓多糖组.RT-qPCR和Western blot检测SQLE和焦亡相关因子的mRNA及蛋白表达水平;比色法检测乳酸脱氢酶(LDH)活性;ELISA法检测白细胞介素1β(IL-1β)和IL-18释放水平;流式细胞术检测细胞坏死水平.结果:生物信息学分析筛选出差异表达基因SQLE.HCC患者肿瘤标本验证SQLE的mRNA表达水平显著升高(P<0.01).800 mg/L茯苓多糖干预48 h对HepG2细胞活力具有显著抑制作用,且可显著降低SQLE的mRNA表达水平(P<0.01).SQLE过表达后,焦亡相关因子的mRNA和蛋白表达水平、细胞坏死水平,以及LDH、IL-1β和IL-18释放水平均显著降低(P<0.05);茯苓多糖干预后,上述指标均显著升高(P<0.05).结论:SQLE在HCC中异常高表达;茯苓多糖可通过SQLE激活NLRP3/GSDMD焦亡通路,从而影响HCC细胞生长.
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编辑人员丨2024/4/27
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基于转录组测序的兔儿伞羽扇豆醇合成途径及关键酶基因研究
编辑人员丨2024/4/6
为解析兔儿伞羽扇豆醇生物合成途径,探究其关键酶基因,研究运用DNBSEQ测序平台对兔儿伞的叶、茎、根及根茎进行转录组测序,从头组装后获得了 191541条Unigenes.KEGG代谢通路分析表明有961条Unigenes涉及兔儿伞羽扇豆醇生物合成途径,其中,395条Unigenes编码羽扇豆醇生物合成途径的17个关键酶.根与其他各组织比较,24条共有差异表达基因涉及羽扇豆醇生物合成途径,编码了法尼基焦磷酸合酶(farnesyl diphosphate synthase,FPPS)、角鲨烯合成酶(squalene synthase,SS)、角鲨烯环氧酶(squalene epoxidase,SE)等关键酶.对关键酶FPPS、SS和SE进行结构分析,发现它们均具有保守的催化结构域和底物结合结构域.研究丰富了兔儿伞植物的功能基因数据库,为进一步研究羽扇豆醇生物合成途径及其关键酶基因的功能和调控机制奠定了基础.
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编辑人员丨2024/4/6
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鹅不食草化学成分及其抗炎活性研究
编辑人员丨2024/3/30
目的:研究鹅不食草化学的成分及其抗炎活性.方法:采用柱色谱和制备液相色谱等方法对鹅不食草的80%乙醇提取物进行分离纯化,结合NMR、MS等现代波谱技术对化合物进行结构鉴定;通过检测化合物对脂多糖(LPS)诱导小鼠巨噬细胞(RAW264.7)释放炎症介质NO评价其抗炎活性.结果:从鹅不食草中共分离鉴定了22 个化合物,分别为:蒲公英甾醇醋酸酯(1)、角鲨烯(2)、羽扇烯酮(3)、蒲公英甾醇(4)、无羁萜(5)、蒲公英甾酮(6)、伪蒲公英甾醇醋酸酯(7)、lupeol acetate(8)、β-谷甾醇(9)、9-羟基百里酚(10)、8-hydroxy-9-isobutyryloxy-10(2)-methylbutyryloxythymol(11)、8,10-dihydroxy-9-isobutyryloxythymol(12)、E-pcoumaryl-alcohol ethyl ether(13)、2-hydroxy-4-methy-lbenzoic acid(14)、3-deuteriomethyl-5-methyl-2,3-dihydrobenzofyran(15)、间苯二甲醚(16)、香草酸(17)、eth-yl-2-(3,4-dihydroxyphenyl)acetate(18)、5-羟基-6,8-二甲氧基香豆素(19)、吲唑(20)、糙叶败酱碱(21)、5-(hydroxy-methyl)-2,4,4-trimethyl-2-cyclohexen-1-one(22).结论:其中,化合物 2、3、5、6、13~22 为首次从石胡荽属植物中分离得到,化合物 10~15、17、19~22 表现出较强的抗炎活性.
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编辑人员丨2024/3/30
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甲基-β-环糊精通过限制脂质代谢抑制横纹肌肉瘤细胞的增殖、迁移和侵袭
编辑人员丨2024/3/16
目的 探讨抑制脂质合成对人骨骼横纹肌肉瘤细胞的影响及其分子机制.方法 采用肿瘤基因表达数据库检查人骨骼肌细胞(HSMC)和人骨骼横纹肌肉瘤细胞脂质合成相关基因固醇调节元件结合蛋白1(SREBP1)和角鲨烯环氧化酶(SQLE)mRNA表达水平并通过qRT-PCR验证.通过细胞增殖实验选出脂质抑制剂甲基-β-环糊精(mβCD)的细胞处理浓度.分别将3株人骨骼横纹肌肉瘤细胞(RD、SJCRH30和A673)作为对照组,1 mmol/L mβCD处理的三株人骨骼横纹肌肉瘤细胞分别作为实验组.平板克隆实验、软琼脂集落形成实验、细胞迁移及侵袭实验和裸鼠成瘤实验检测对照组和mβCD处理组人骨骼横纹肌肉瘤细胞增殖、迁移、侵袭和肿瘤生长的变化.通过脂质组学及三酰甘油(TG)分析探究mβCD抑制人骨骼横纹肌肉瘤细胞恶性的分子机制.结果 相对于HSMC,人骨骼横纹肌肉瘤细胞脂质合成相关基因SREBP1、SQLE表达增高(P<0.001);与对照组相比,mβCD组人骨骼横纹肌肉瘤细胞的增殖、平板克隆、迁移侵袭和集落形成能力减弱(P<0.05);裸鼠肿瘤体积和肿瘤质量增加也减少(P<0.05);脂质组学和TG试剂盒检测结果发现,与对照组相比,mβCD组TG含量降低(P<0.01).结论mβCD可能通过降低TG等脂质代谢过程从而抑制人骨骼横纹肌肉瘤细胞的增殖、迁移和侵袭等恶性生物学行为.
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编辑人员丨2024/3/16
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胆固醇代谢标志物对急性非ST段抬高型冠状动脉综合征患者PCI术中慢血流的预测价值
编辑人员丨2024/3/16
目的 探讨急性非ST段抬高型冠状动脉综合征(NSTE-ACS)患者血清胆固醇代谢标志物(角鲨烯和谷固醇)水平对经皮冠状动脉介入治疗(PCI)术中发生慢血流(SF)的预测价值.方法 回顾分析2017年1月至2019年12月于北京安贞医院综合心内科接受PCI的238例NSTE-ACS患者资料,根据PCI术中是否发生慢血流分为慢血流组(SF组,n=90)和非慢血流组(NSF组,n=148),比较两组基线资料、冠状动脉(冠脉)介入治疗情况、血清胆固醇代谢标志物(角鲨烯和谷固醇)水平等,分析慢血流的影响因素以及上述血清胆固醇代谢标志物对慢血流的预测价值.结果 SF组患者血清胆固醇吸收标志物(谷固醇)水平、Syntax评分、冠脉植入支架总长度以及血清超敏C反应蛋白(hs-CRP)显著高于NSF组.多因素回归分析显示,谷固醇和支架长度是NSTE-ACS患者PCI术中发生慢血流的独立预测因素.ROC曲线分析显示,当血清谷固醇>15.02 mg/L时,谷固醇对慢血流的预测价值较高,曲线下面积(AUC)为0.787(95%CI:0.726~0.848,P=0.000),灵敏度为66.7%,特异度为85.8%.结论 血清胆固醇吸收标志物谷固醇对NSTE-ACS患者PCI术中发生慢血流具有较高的预测价值,可用于指导冠脉介入治疗,减少PCI术中慢血流的发生.
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编辑人员丨2024/3/16
