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单细胞测序和数字PCR技术筛选单核细胞差异基因集对脓毒症早期诊断的临床意义
编辑人员丨4天前
目的:验证脓毒症中特异分化的单核细胞亚群,并筛选及构建用于早期诊断脓毒症的单核细胞差异基因集。方法:选择广东省人民医院2020年6月至2021年3月收治的脓毒症患者,提取外周血单个核细胞(PBMC),应用单细胞测序技术和拟时序分析对单核细胞差异亚群进行验证。利用生物信息学手段分析差异亚群中的基因表达,并筛选出差异基因用于初步构建候选差异基因集。利用数字聚合酶链反应(PCR)技术分别在脓毒症患者PBMC以及脓毒症人髓系白血病单核细胞株(THP-1)模型中对候选差异基因进行验证,并利用韦恩图构建最终的单核细胞差异基因集。使用基因表达数据库(GEO)对差异基因集进行外部数据验证。结果:①细胞注释及拟时序分析结果显示,NEAT1 +CD163 +单核细胞的分化明显区别于其他亚群,并在脓毒症早期就已经出现,是脓毒症病理过程中的特征亚群。②从NEAT1 +CD163 +单核细胞的基因表达中筛选出22个与脓毒症相关的差异基因,经过数字PCR进一步验证后,最终筛选出碱性亮氨酸拉链ATF样转录因子(BATF)、原癌基因JUNB、癌胚抗原相关细胞黏附分子4(CEACAM4)、第9号染色体上95开放阅读框(C9orf95)、G蛋白α亚基15(GNA15)、补体C3A受体1(C3AR1)、转录生长因子β1(TGFB1)、线粒体载体同源物1(MTCH1)8个基因,用于构建最终的单核细胞差异基因集。③外部验证结果显示,由于C9orf95基因在GEO数据库的GSE154918及GSE133822两个数据集中均无数据,因此在验证时将其排除。在GSE154918数据集,单核细胞差异基因集中BATF、JUNB、CEACAM4、GNA15、C3AR1、TGFB1、MTCH1的表达在脓毒症组均较健康对照组明显升高(log 2表达量:BATF为12.78±0.08比11.39±0.35,JUNB为16.88±0.07比16.04±0.03,CEACAM4为14.73±0.08比13.77±0.05,GNA15为13.16±0.06比12.30±0.04,C3AR1为14.62±0.13比12.87±0.05,TGFB1为16.95±0.05比16.57±0.36,MTCH1为14.80±0.02比14.61±0.15,均 P<0.05);在GSE133822数据集,基因集中BATF、CEACAM4、GNA15、C3AR1的表达在脓毒症组明显高于健康对照组(log 2表达量:BATF为8.66±0.16比7.92±0.14,CEACAM4为9.20±0.16比8.36±0.20,GNA15为10.66±0.18比10.13±0.16,C3AR1为11.49±0.27比10.48±0.16,均 P<0.05),而JUNB、TGFB1、MTCH1的表达在两组人群中差异无统计学意义。基因集差异分析(GSVA)显示,在GSE154918及GSE133822两个数据集中,脓毒症组单核细胞差异基因集的富集分数均显著高于健康对照组(GSE154918:0.38±0.04比-0.44±0.02,GSE133822:0.56±0.02比0.20±0.05,均 P<0.01)。受试者工作特征曲线(ROC曲线)分析显示,单核细胞差异基因集在GSE154918及GSE133822两个数据集中对脓毒症早期诊断的ROC曲线下面积(AUC)及95%可信区间(95% CI)分别为0.993(0.980~1.000)和0.944(0.873~1.000),提示其具有可靠的诊断价值。 结论:通过单细胞测序技术及数字PCR技术筛选得到的BATF、JUNB、CEACAM4、GNA15、C3AR1、TGFB1、MTCH1单核细胞差异基因集对脓毒症患者具有良好的早期诊断效能,或许能够为早期诊断脓毒症提供新思路。
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编辑人员丨4天前
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PMFBP1基因变异所致的无头精子症1例患者的临床特征及遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:分析1例无头精子症造成的原发性男性不育症患者的临床特点和遗传学病因。方法:选取2022年10月1日就诊于河南省人民医院生殖中心的1例男性不育症患者作为研究对象。收集患者夫妇的临床信息、实验室以及精子的电镜检查结果。对患者进行全外显子组测序分析,并对候选致病位点进行Sanger测序家系验证和致病性分析。结果:全外显子组测序显示患者携带 PMFBP1基因c.853del(p.Ala285Leufs*24)和c.1276A>T(p.Lys426X)复合杂合变异,既往均未见报道。Sanger测序的结果提示c.853del(p.Ala285Leufs*24)变异遗传自患者已去世的母亲,c.1276A>T(p.Lys426X)变异遗传自父亲。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南,上述变异均被判定为致病性(PVS1+PM2_Supporting+PP4)。 结论:PMFBP1基因变异可能是患者的遗传学病因。新变异的检出丰富了人类无头精子症的致病突变谱。
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编辑人员丨4天前
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X连锁显性遗传型Alport肾病综合征患儿1例的临床及遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨1例X连锁显性遗传Alport综合征(XLAS)患儿的临床特征及基因变异特点。方法:选取2019年5月至郑州大学第一附属医院肾内科就诊的1例XLAS患儿为研究对象。收集患儿的临床资料。应用二代测序(NGS)对患者进行基因检测,针对候选致病变异,进行Sanger测序家系验证。结果:患为12岁男性,儿主要临床表现为肉眼血尿、蛋白尿、肾病综合征,呈渐进性肾损害,伴听力下降,肾穿刺病理活组织检查提示肾小球基底膜弥散厚薄不均。基因检测结果提示患儿及其母亲携带 COL4A5基因c.2632G>A(p.G878R)半合子变异,其父亲及弟弟该位点为野生型。该变异既往未见报道,根据美国医学遗传学和基因组学学会相关指南评估为致病性变异(PS1+PM1+PM2_Supporting+PP3) 结论:母源性 COL4A5基因c.2632G>A(p.G878R)变异可能为该XLAS患儿的遗传学病因。本研究丰富了 COL4A5基因的变异谱。
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编辑人员丨4天前
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Schaaf-Yang综合征患儿1例的临床与遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨1例Schaaf-Yang综合征(SYS)患儿的临床特征与遗传学病因。方法:选取2020年11月30日于华中科技大学同济医学院附属武汉儿童医院就诊的1例SYS患儿为研究对象。抽取患儿及其父母外周静脉血样,应用全外显子组测序对患儿进行基因检测,采用Sanger测序进行家系验证,并对候选变异进行生物信息学分析。结果:①本例患儿为男性,1岁9个月,具有发育迟滞、阴茎短小、特殊面容等临床表现。②基因检测结果提示,患儿 MAGEL2基因存在c.3078dupG(p.Leu1027Valfs*28)新发杂合变异,Sanger测序结果显示患儿父母均未携带该变异,提示为新发变异。③ MAGEL2基因c.3078dupG(p.Leu1027Valfs*28)变异在ESP、1000 Genomes与ExAC等数据库中均未见收载,根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)制定的《ACMG遗传变异分类标准与指南》,该变异被评级为致病性变异。 结论:MAGEL2基因c.3078dupG(p.Leu1027Valfs*28)变异可能为本例SYS患儿的遗传学病因,进一步拓展了 MAGEL2基因变异谱。
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编辑人员丨4天前
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KMT2D基因新发变异所致歌舞伎综合征4例患儿的临床及遗传学特征
编辑人员丨4天前
目的:探讨4例 KMT2D基因变异所致的歌舞伎综合征(KS)患儿的临床及遗传学特点。 方法:选取2020年1月至2022年12月就诊于山西省儿童医院的4例KS患儿作为研究对象。对4例患儿及其家系成员进行全外显子组测序,并对候选变异进行Sanger测序家系验证和致病性分析。结果:4例患儿的KS表型评分分别为7分、8分、6分和6分,患儿2还伴有罕见的孤肾畸形。基因检测结果显示4例患儿分别携带 KMT2D基因c.16472_16473del、c.858dup、c.11899C>T和c.12844C>T新发变异,根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南,上述变异均被判定为致病性。 结论:对表现为特殊面容、智力低下、发育迟缓、心脏发育异常、泌尿系统异常等表型的患儿,需考虑KS并尽早通过基因检测实现早期诊断和干预。
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编辑人员丨4天前
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TFAP2B基因变异所致Char综合征1例患儿的临床特征及遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨1例Char综合征患儿的临床特征及遗传学病因。方法:选取2022年2月就诊于河南省儿童医院儿童保健科的1例Char综合征患儿作为研究对象。收集患儿的临床资料,采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,对患儿进行全外显子组测序,用Sanger测序对候选变异进行家系验证和致病性评定。结果:患儿主要表现为特殊面容、动脉导管未闭、全面发育迟缓、小拇指、脚中趾弯曲,全外显子组测序显示其携带 TFAP2B基因c.944A>C(p.Glu315Ala)杂合变异。Sanger测序显示其父母未携带相同的变异。根据美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)相关指南,该变异被判定为可能致病性(PM1+PM2_Supporting+PM6+PP3)。 结论:TFAP2B基因c.944A>C(p.Glu315Ala)杂合变异可能是上述Char综合征患儿的遗传学病因。新变异的检出拓宽了 TFAP2B基因的变异谱和临床表型谱,有助于临床对Char综合征的早期识别与诊断。
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编辑人员丨4天前
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Kabuki综合征患儿2例的基因变异及临床表型分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨2例 KMT2D基因变异所致Kabuki综合征(KS)的患儿,并总结其临床特征与基因变异的特点。 方法:以分别于2021年8月19日和11月10日就诊于宁波市妇女儿童医院的2例KS患儿作为研究对象,收集其临床资料,对其进行全外显子组测序(WES),并对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果:2例患儿均表现为运动、语言发育迟缓、特殊面容、智力障碍等。WES检测发现其分别携带 KMT2D基因的c.10205del(p.Leu3402Argfs*3)及c.5104C>T(p.Arg1702*)杂合变异,根据美国医学遗传学和基因组学学会相关指南均评估为致病性变异(PVS1+PM6+PM2_Supporting+PP4)。 结论:KMT2D基因的c.10205del(p.Leu3402Argfs*3)和c.5104C>T(p.Arg1702*)新发变异可能是2例KS患儿的遗传学病因。上述发现不仅为临床确诊和遗传咨询提供了依据,并且丰富了 KMT2D基因的变异谱。
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编辑人员丨4天前
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ITPR1基因新发变异所致脊髓小脑性共济失调29型患儿1例的诊断
编辑人员丨4天前
目的:分析1例 ITPR1基因新发变异所致脊髓小脑性共济失调29型(SCA29)患儿的临床特征和遗传学特点。 方法:选取2020年7月1日于河北省人民医院就诊的1例SCA29患儿为研究对象。对患儿进行高通量测序,通过Sanger测序对候选变异进行家系验证。结果:高通量测序显示患儿携带 ITPR1基因c.800C>T(p.T267M)杂合变异,胎儿及父母Sanger测序均未检测到此变异,此新发变异既往国内未见报道,且位于 ITPR1基因的变异热点区域,结合患儿的临床表型,诊断其为SCA29。 结论:ITPR1基因c.800C>T(p.T267M)位点杂合变异可能是本例SCA29患儿的重要致病原因。
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编辑人员丨4天前
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血尿素氮水平与脓毒症患者中医证候要素的相关性研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨不同BUN水平脓毒症患者中医证候要素的特征。方法:将符合入选标准的2017年1月-2018年12月广州中医药大学第二附属医院(广东省中医院)大学城医院252例重症医学科住院患者,按BUN水平分为较低水平组(BUN<9.25 mmol/L)与较高水平组(BUN≥9.25 mmol/L),收集患者的基线资料、并发症、感染部位等数据,按中医四诊信息并结合BUN水平进行中医证候要素判定,对单因素分析中 P<0.2的变量作为候选变量引入并进行中医证候要素与BUN的相关性多因素 logistic回归分析。 结果:与较低水平组比较,较高水平组中医实性证候要素中瘀血证[74.60%(94/126)比53.17%(67/126)]患者比例更高( P<0.01),毒热证[52.38%(66/126)比65.87%(83/126)]患者比例更低( P=0.029);中医虚性证候要素中气虚证[67.46%(85/126)比45.24%(57/126), P<0.01]、阳虚证[11.90%(15/126)比3.97%(5/126), P=0.032]患者比例更高( P<0.05)。 Logistic回归分析显示,较高水平组脓毒症发生率与气虚证( OR=3.425,95% CI:1.934~6.068, P<0.01)、阳虚证( OR=3.460,95% CI:1.160~10.325, P=0.026)、肾虚证( OR=2.212,95% CI:1.173~4.173, P=0.014)有相关性。 结论:较高水平组脓毒症患者瘀血证、气虚证、阳虚证比例更高,可能与气虚证、阳虚证、肾虚证发生率增加有关。
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编辑人员丨4天前
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Lesch-Nyhan综合征一个家系的遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨1个Lesch-Nyhan综合征家系的遗传学病因。方法:选取2022年2月10日在临沂市人民医院接受遗传咨询的1个Lesch-Nyhan综合征家系作为研究对象。收集先证者的临床资料及家族史,对先证者及其父母进行家系全外显子组测序(trio-WES),对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果:先证者主要表现为精神及行为异常、运动发育迟缓和高尿酸血症,其表弟存在类似症状。基因检测发现先证者及其表弟均携带既往未见报道的 HPRT1基因c.385-1G>C半合子变异,先证者母亲、外祖母、大姨、小姨、表妹均携带 HPRT1基因c.385-1G>C杂合变异,家系中表型正常的男性该位点均为野生型,符合X连锁隐性遗传的特征。 结论:HPRT1基因c.385-1G>C半合子变异可能是该Lesch-Nyhan综合征家系的遗传学病因。
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编辑人员丨4天前
