目的:探讨上尿路尿路上皮癌(UTUC)患者的尿路菌群特征。方法:收集皖南医学院第一附属医院弋矶山医院2021年7月至2022年7月收治的23例UTUC患者(UTUC组)和22例良性疾病患者(对照组)的尿液样本。UTUC组与对照组年龄[(60.9±5.7)岁与(61.4±8.8)岁]、性别(男/女：15/8与9/13)、体质量指数[(22.9±1.8) kg/m 2与(23.4±1.7)kg/m 2]差异均无统计学意义( P>0.05)。使用NovaSeq 6000测序平台对尿液样本微生物16S rRNA的V4区测序，使用QLLME2软件处理所得数据。采用Shannon指数、辛普森指数和Chao1指数分析组间α多样性；使用非加权主坐标分析(PCoA)进行组间β多样性分析。线性判别分析(LEfSe)鉴定组间丰度存在差异的菌群，以线性判别分析值(LDA)>2为有显著差异。 结果:UTUC组较对照组的Chao1指数(703.12±265.54与506.20±214.02)和Shannon指数(5.61±1.85与5.07±1.34)均明显增高( P<0.05)，UTUC组较对照组患者尿液微生物的α多样性升高，但β多样性差异无统计学意义( P＝0.161)。UTUC组中拟杆菌科、瘤胃球菌科、氨基酸球菌科、栖热菌科、韦荣球菌科和红蝽菌科丰度较高，且与对照组存在显著差异(LDA>2)。对UTUC患者进一步行亚组分析，肌层浸润组与非肌层浸润组的Chao1指数(706.44±271.84与784.09±272.72)、Shannon指数(6.04±1.30与5.91±1.67)和辛普森指数(0.94±0.08与0.89±0.22)差异均无统计学意义( P>0.05)，即两组菌群α多样性差异无统计学意义，但β多样性差异有统计学意义( P＝0.047)。非肌层浸润患者的尿液微生物群中γ-变形菌纲、痤疮丙酸杆菌属、红球菌属、放线菌科丰度更高，且与肌层浸润患者存在显著差异(LDA>2)。 结论:本研究结果显示UTUC患者较非UTUC患者尿液微生物群更丰富，且拟杆菌科、瘤胃球菌科、氨基酸球菌科、栖热菌科、韦荣球菌科和红蝽菌科在UTUC患者尿液中丰度更高。非肌层浸润患者较肌层浸润患者尿液中γ-变形菌纲、痤疮丙酸杆菌属、红球菌属、放线菌科丰度更高。

目的:掌握江西省羊种布鲁氏菌分子特征，了解分离菌株流行病学间相关性。方法:采用多位点可变数目串联重复序列分析方法（MLVA）对江西省17个县（区）25株人分离羊种布鲁氏菌进行分析。结果:25株羊种布鲁氏菌聚类可分为24个独立基因型，相似度为67.00%~100.00%，辛普森指数在0.000~0.773之间，MLVA8型有3个基因型，60.00%（15/25）为42型，32.00%（8/25）为43型，8.00%（2/25）为63型。MLVA11型有7个基因型，116、125型为主要基因型，两型菌株占56.00%（14/25）。结论:25株人分离羊种布鲁氏菌基因具有高度遗传多样性，菌株基因型繁多，各菌株间无明显流行病学相关性，表明江西省羊种布鲁氏菌传染来源复杂。

目的:评价并验证成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPRs）、血清学和多位点测序分型（MLST）方法对大肠埃希菌分型的效果。方法:使用CRISPRsFinder分析大肠埃希菌全基因组序列的CRISPRs间隔序列，使用在线软件SeroTypeFinder和 MLST获得血清型和序列型（ST）；采用PCR扩增并分析349株大肠埃希菌CRISPRs，使用CRISPRs间隔序列预测血清型和ST，并比较血清学和MLST分型结果。结果:将I-E型CRISPR/Cas、I-F型CRISPR/Cas和CRISPR3-4分别命名CT-Ⅰ、CT-Ⅱ和CT-Ⅲ。根据CRISPRs间隔序列构成和排列进一步进行分型，203株大肠埃希菌被分为79个CT型别，76个血清型和66个ST。CRISPRs分型的区分能力最强，辛普森指数为0.936。CRISPRs和血清学的关联程度最高，调整兰德指数为0.908。CRISPRs型能进一步区分相同血清或ST产志贺毒素的大肠埃希菌［O157∶H7（ST11）、O104∶H4（ST678）和O26∶H11（ST21）］菌株。扩增实验室菌株的CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3、CRISPR4和CRISPR3-4，检出率分别为81.1%、94.5%、1.4%、1.4%和4.6%；根据CRISPRs间隔序列预测O157∶H7（ST11）和ST131准确率分别为95.0%和100.0%。结论:基于CRISPRs的大肠埃希菌的分子分型方法呈现较好的分型效果和临床应用效果，预期可以成为大肠埃希菌分型的重要分子标志物。

目的:分析宏基因组二代测序(mNGS)技术在重症肺炎病原菌未明患者中的应用价值。方法:回顾性分析扬州大学附属医院2019年6月至2020年2月采用肺泡灌洗液mNGS技术辅助诊疗的重症肺炎病原菌未明患者8例的临床资料，包括肺泡灌洗液涂片、培养、mNGS检测等结果，分析患者的临床特点与mNGS检测情况。依据mNGS结果并结合临床医师的判断，将是否明确为病原菌分为病原菌确定组、病原菌未确定组，比较两组辛普森菌群多样性指数。结果:8例患者中，男5例，女3例；年龄范围41～71岁，中位年龄62.5岁。除1例患者无慢性疾病外，其余患者合并糖尿病、慢性阻塞性肺疾病、肾脏移植等。8例患者mNGS检测阳性，3例患者常规检测阳性。病原菌确定组( n＝5)与病原菌未确定组( n＝3)辛普森菌群多样性指数比较，差异有统计学意义[(0.398±0.222)比(0.763±0.061)， t＝2.709， P＝0.035]。2例患者mNGS检测阳性与常规检测阳性结果不同。3例卡氏肺孢子虫mNGS检测阳性患者的核酸序数为120～15 580，相对丰度为24.6%～99.8%。 结论:肺泡灌洗液mNGS技术有助于医师快速、全面掌握病原菌信息，特别适用于重症肺炎病原菌未明患者。

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在单纯疱疹肺炎混合感染患者中的应用价值。方法:回顾性分析扬州大学附属医院2018年6月至2021年1月行肺泡灌洗液传统病原检测和mNGS检测的肺炎患者的临床资料，包括患者一般资料、mNGS检测结果、细菌培养结果等信息，评价mNGS技术对单纯疱疹肺炎混合感染诊疗的价值。结果:共纳入41例mNGS检测为单纯疱疹病毒-1型(HSV-1)阳性的患者，包括4例HSV-1病原携带者和37例HSV-1感染者(12例为HSV-1单一感染，25例为HSV-1混合感染)。男22例，女19例，年龄范围46~83岁，中位年龄67岁。采用mNGS技术检测的25例HSV-1混合感染患者占比较高的病原体分别为耶氏肺孢子虫(6例，24.0%)、鲍曼不动杆菌(4例，16.0%)、肺炎克雷伯菌(4例，16.0%)、烟曲霉(3例，12.0%)。HSV-1病原携带组、HSV-1单一感染组和HSV-1混合感染组辛普森菌群多样性指数比较，差异具有统计学意义( P<0.05)。与12例HSV-1单一感染者比较，25例HSV-1混合感染者的体温恢复正常时间更长[(5.16±2.04)d vs (3.75±1.29)d]，抗感染药疗程也更长[(10.60±2.18)d vs (8.92±1.98)d]，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:mNGS技术在识别HSV-1混合感染优势明显，有利于医师精准治疗。

目的:探讨组织追踪二尖瓣环位移(TMAD)技术评价保留射血分数无症状重度主动脉瓣狭窄(SAS)病人左室纵向运动功能及其对预后的预测价值.方法:入选60例保留射血分数无症状SAS病人,依据随访结果分成2组,其中有心血管相关事件定义为A组(21例),未发生心血管相关事件定义为B组(39例).收集研究对象临床资料,所有入选病人检查后进行24个月随访.采集病人连续4个心动周期心尖四腔、三腔及两腔切面动态图像,双平面辛普森法测量左室射血分数(LVEF).利用二维斑点追踪超声心动图技术获取左室整体纵向应变(LVGLS),四腔心获取间隔与侧壁瓣环连线中点的纵向平均位移(TMAD Midpt),设备并可自动获取TMAD占舒张末期左室长径的百分比(TMAD Midpt％).比较2组上述各参数的差异,并分析TMAD Midpt％预测SAS病人发生心脏相关事件的价值.结果:60例病人中A组TMAD Midpt％及LVGLS低于B组(P<0.01),2组LVEF差异无统计学意义(P>0.05);A组病人心肌质量指数(MI)与B型脑钠肽(BNP)明显高于B组(P<0.01),2组其他临床资料及超声心动图参数比较差异均无统计学意义(P>0.05).60例病人TMAD Midpt％随着LVGLS的降低而降低,两者呈正相关关系(r=0.696,P<0.01).ROC曲线分析显示,TMAD Midpt％预测心脏事件与LVGLS具有相当的价值,曲线下面积分别为0.897、0.901(P<0.01).结论:TMAD Midpt％在预测心脏事件发生方面与LVGLS具有相同的价值,而技术简便,可以快速地评估左室射血分数保留的无症状SAS病人左室功能损害及预测心脏事件的发生,值得临床推广应用.

目的 探讨阴道菌群失调与早孕流产风险的关系.方法 选取2021年5月至2022年3月在陕西中医药大学第二附属医院妇科就诊的147名孕妇为研究对象,其中病例组为早孕流产(妊娠12周内确诊)患者(n=64),对照组为健康足月分娩者(n=83).采用基于16S rRNA基因测序,对病例组与对照组研究对象妊娠早期的阴道菌群组成进行比较及分析.结果 病例组与对照组在年龄、体质量指数、吸烟者人数、妊娠情况、既往流产、胎龄、阴道pH值的分布比较差异均无统计学意义(P＞0.05).在总样本队列中鉴定出244种细菌.样本分为5个主要类型,其中菌落状态类型(CST)Ⅰ的特征是卷曲乳酸杆菌占优势,CST Ⅱ的特征是加氏乳酸杆菌占优势,CST Ⅲ的特征是内乳酸杆菌占优势,CST Ⅴ的特征是詹氏乳酸杆菌占优势,而CST Ⅳ的特征是乳酸杆菌属的丰度较低.在CST Ⅳ型群落中观察到了最高的a多样性和丰度.与对照组相比,病例组的阴道菌群组成中乳酸杆菌属消耗的比例显著增加[25.0％(16/64)vs.6.0％(5/83),x2=10.626,P＜0.01].病例组中CST Ⅳ型为主阴道菌群组成的比例明显增加[29.7％(19/64)vs.12.0％(10/83),x2=7.100,P＜0.01].病例组的逆辛普森指数(2.81±1.20 vs.1.41±0.48)和丰度(28.06±15.08 vs.17.13±6.83)均明显高于对照组(t值分别为4.641、3.523,P＜0.05).当从病例组中排除报告阴道出血评分＞1的孕妇时,这种相关性仍然存在.与稽留流产相比,不完全/完全流产的阴道菌群组成中乳酸杆菌属消耗的比例显著增加[19.2％(10/52)vs.75.0％(9/12),x2=14.527,P＜0.01].不完全/完全流产中CST Ⅳ型为主阴道菌群组成的比例显著增加[23.1％(12/52)vs.75.0％(9/12),x2=11.923,P＜0.01].结论 高度多样性的阴道菌群群落和乳酸杆菌减少是早孕流产的危险因素.

目的 通过分析桥本甲状腺炎(Hashimoto's thyroiditis,HT)患者肠道菌群分布特征及肠道菌群变化与HT的相关性和对HT发生的预测价值,为临床HT诊疗提供参考.方法 选取秦皇岛市中医医院2022年6月～2023年6月收治的120例HT患者纳入观察组,另选择该院同期30例健康体检者纳入对照组.两组均进行肠道菌群检测及甲状腺功能检测,对比两组及不同甲状腺功能HT患者的肠道菌群α多样性和门水平肠道菌群相对丰度,用Spearman相关性分析HT患者肠道菌群α多样性及门水平肠道菌群相对丰度与血清甲状腺球蛋白抗体(anti-thyroglobulin antibodies,TgAb)、甲状腺过氧化物酶抗体(thyroid peroxidase antibodies,TPOAb)水平及甲状腺功能的相关性;用受试者工作特征(Receiver operating characteristic,ROC)曲线分析肠道菌群α多样性及门水平肠道菌群相对丰度对HT的预测效能.结果 与对照组比较,观察组的肠道菌群α香农多样性指数(Shannon-wiener diversity index,shannon)(4.66±0.61 vs 5.21±0.46)和辛普森多样性指数(Simpson diversity index,simpson)(0.89±0.06 vs 0.93±0.07)均较低,差异有统计学意义(t=4.617,3.156,均P＜0.05);观察组的拟杆菌门的相对丰度(52.31％±2.02％vs 58.59％±2.11％)较低,厚壁菌门(37.15％±2.43％vs 33.46％±2.56％)、变形菌门(3.36％±0.26％vs 2.79％±0.19％)、梭杆菌门(1.02％±0.09％vs 0.65％±0.11％)、放线菌门(1.01％±0.12％vs 0.57％±0.13％)和疣微菌门(0.82％±0.11％vs 0.41％±0.09％)的相对丰度均较高,差异具有统计学意义(t=15.096,7.360,11.267,19.231,17.665,18.882,均P＜0.001);观察组的血清 TgAb 水平(169.12±10.23 IU/ml vs 18.59±1.78 IU/ml)和 TPOAb 水平(56.43±12.11 IU/ml vs 2.51±0.57 IU/ml)均较高,差异具有统计学意义(t=80.097,24.319,均P＜0.001).该研究120例HT患者甲状腺功能正常者89例、异常者31例,与正常者比较,甲状腺功能异常者的肠道菌群α多样性指数shannon(4.49±0.64 vs 4.83±0.58),simpson(0.87±0.07 vs 0.91±0.05)较低,差异有统计学意义(t=2.736,3.439,均 P＜0.05);拟杆菌门相对丰度(49.10％±1.99％vs 55.52％±2.05％)较低,厚壁菌门(38.87％±2.60％vs 35.43％±2.26％)、变形菌门(3.60％±0.26％vs3.12％±0.19％)、梭杆菌门(1.15％±0.09％vs0.89％±0.11％)和放线菌门(1.16％±0.13％vs 0.86％±0.11％)、疣微菌门(0.97％±0.13％vs 0.67％±0.09％)的相对丰度均较高,差异具有统计学意义(t=15.128,7.016,9.849,14.576,12.464,14.148,均P＜0.001).Spearman相关性分析显示,HT患者的肠道菌群α多样性指数shannon,simpson及拟杆菌门的相对丰度与血清TgAb,TPOAb水平呈负相关(r=-0.436,-0.427,-0.402;-0.419,-0.456,-0.416,均P＜0.001),与甲状腺功能均呈正相关(r=0.401,0.409,0.487,均P＜0.001);厚壁菌门、变形菌门、梭杆菌门、放线菌门和疣微菌门的相对丰度与血清TgAb,TPOAb水平呈正相关(r=0.411,0.441,0.447,0.421,0.447;0.425,0.415,0.438,0.402,0.469,均 P＜0.001),与甲状腺功能呈负相关(r=-0.412,-0.417,-0.475,-0.463,-0.471,均P＜0.001).ROC曲线分析显示,肠道菌群α多样性指数shannon预测HT的最佳截断值、曲线下面积(area under curve,AUC)、敏感度、特异度、95％置信区间(95％confidence interval,95％CI)和约登指数分别为 4.677,0.749,49.17％,96.67％,95％CI(0.672～0.816),0.458;simpson 预测 HT 的最佳截断值、曲线下面积、敏感度、特异度、95％置信区间和约登指数分别为 0.940,0.644,80.00％,53.33％,95％CI(0.562～0.721),0.333;simpson 和shannon联合检测预测HT的曲线下面积、敏感度、特异度、95％置信区间和约登指数分别为0.752,85.83％,50.00％,95％CI(0.664～0.810),0.462;门水平各肠道菌相对丰度联合检测预测HT的AUC,敏感度、特异度、95％置信区间和约登指数分别为0.743,96.67％,46.67％,95％CI(0.665～0.811),0.548.结论 HT存在肠道菌群失调;肠道菌群失调与HT患者的甲状腺细胞破坏、甲状腺功能异常有关;肠道菌群检测对HT有预测效能.

为探讨环境浓度多西环素长期暴露对斑马鱼焦虑行为、学习记忆、认知灵活性及肠道菌群的影响,采用不同环境浓度多西环素(0、0.01、0.1和1 μg/L)对斑马鱼成鱼进行水体暴露染毒21d后,采用新缸实验、Y迷宫、明暗实验和斑马鱼行为学高通量监测系统方法检测环境浓度多西环素对斑马鱼行为学和肠道菌群的影响.结果表明:在新缸实验中,与对照组相比,0.01、0.1和1 μg/L浓度组斑马鱼平均游泳速度显著降低;随着多西环素浓度升高,斑马鱼最大游泳速度和总游动距离与对照组相比呈现下降趋势,其中1 μg/L浓度组同对照组相比差异显著;在底部区域停留时间上,与对照组相比,0.01、0.1和1μg/L组均有升高,0.01μg/L差异显著.在Y迷宫实验中,0.01 μg/L浓度组斑马鱼在探索臂停留时间与对照组相比显著增加,0.1和1μg/L浓度组显著降低;0.01 μg/L浓度组斑马鱼在探索臂的转弯角度与对照组相比增加,而0.1和1 μg/L浓度组显著降低.在明暗实验中,斑马鱼在光区停留时间随着多西环素浓度增加具有上升的趋势.在斑马鱼行为学高通量监测系统实验中,斑马鱼总游动距离随着多西环素浓度的增加呈现下降趋势,其中1 μg/L浓度组同对照组相比差异显著.基于16SrRNA测序技术对肠道菌群进行分析,12份肠道样本共获得1454814条原始有效序列,筛选后获得1314404条优质序列供后续分析.同时利用DADA2方法降噪,以100％相似度聚类,发现多西环素各浓度组减少了斑马鱼肠道菌群的丰度,博斯氏菌属、副球菌属、不动杆菌等菌属丰度降低,棒状杆菌属和漫游球菌等菌属丰度升高.香农指数、辛普森指数和chaol指数染毒组同对照组相比显著降低,此外,主坐标分析中多西环素组和对照组之间的群落不同.综上,环境浓度多西环素长时间暴露能够引起斑马鱼行为改变,产生焦虑样行为,0.01 μg/L浓度组能够提高斑马鱼短期学习记忆能力和认知灵活性;多西环素长期暴露引起斑马鱼肠道菌群丰度和多样性改变.

目的 探讨不同含糖饮料摄入水平小学生肠道菌群的差异,为更好地识别儿童健康风险并制定有针对性的健康政策提供科学依据.方法 于2022年6月,采用分层整群随机抽样方法选取成都市健康小学生192名,采用膳食频率问卷调查含糖饮料摄入量,依据小学生每日含糖饮料摄入量中位水平分为低摄入组(96名)和高摄入组(96名).使用16S rRNA高通量测序对两组小学生新鲜粪便标本进行肠道菌群检测,比较两组肠道菌群的多样性和群落结构差异.结果 低摄入组小学生含糖饮料摄入量为(21.3±1.6)mL/d,高摄入组摄入量为(269.6±37.3)mL/d.多样性分析结果显示,低摄入组与高摄入组肠道菌群 α 多样性的可观测的 OTU(Observed_otus)指数[298.50(259.75,342.25),305.50(244.25,367.75)],测序深度(Goods_coverage)指数[1.00(1.00,1.00),1.00(1.00,1.00)],Chao 指数[304.18(260.75,348.78),305.88(245.68,370.88)],香农(Shannon)指数[5.88(5.29,6.45),5.71(4.89,6.28)],辛普森(Simpson)指数[0.95(0.91,0.97),0.94(0.88,0.97)]差异均无统计学意义(Z值分别为-0.64,-0.76,-0.54,-1.76,-1.67,P值均＞0.05);两组肠道菌群的β多样性差异无统计学意义(R2=0.006,P＞0.05).在菌属水平,低摄入组中布劳特氏菌属[0.033(0.018,0.055)]、纺锤链杆属[0.009(0.005,0.015)]丰度均高于高摄入组[0.024(0.013,0.041),0.006(0.003,0.011)],差异均有统计学意义(Z值分别为-2.52,-2.81,P值均＜0.05).LEfSe分析显示两组菌群的组间差异主要体现在布劳特氏菌属、纺锤链杆属及八叠球菌属(LDA值分别为3.56,3.12,3.53,P值均＜0.05).结论 不同含糖饮料摄入水平的小学生肠道菌群多样性和整体结构差异不大,但菌属水平存在物种差异,可为识别小学生的健康风险,制定健康对策提供科学依据.