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HLA-DQB1*03:90N碱基缺失的序列分析及确认
编辑人员丨4天前
目的:确认人类白细胞抗原罕见等位基因HLA-DQB1*03:90N的序列,探讨检测方法,以提高HLA分型的准确性。方法:采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligonudeotide probe,SSOP)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库深圳分库登记的2265例造血干细胞捐献者进行HLA分型检测,针对1例HLA-DQB1罕见等位基因进一步选择聚合酶链反应-直接测序分型(sequence-based tying,SBT)技术和基于Ion Torrent S5平台的二代测序(next generation sequencing,NGS)分析技术进行确认。结果:HLA-DQB1位点SSOP分型结果显示为罕见等位基因,经SBT复核发现序列在第2外显子疑似插入或缺失,最后通过NGS确认结果为DQB1*03:90N,DQB1*06:01。结论:经SSOP法检测得到的罕见等位基因不能轻易排除,应借助多种方法复核确认,保证HLA基因分型结果的准确性。罕见等位基因或新等位基因序列存在碱基缺失,采用二代测序技术可能得到更准确的结果。
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编辑人员丨4天前
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山东滨州地区汉族造血干细胞捐献志愿者 HLA- A、- B、- DRB1高分辨等位基因及其单体型多态性分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨山东滨州地区汉族造血干细胞(HSC)捐献志愿者中人类白细胞抗原( HLA)- A、- B、- DRB1高分辨等位基因及其单体型的多态性分布特征。 方法:选择2010年1月至2018年12月,于滨州市中心血站行 HLA- A、- B、- DRB1高分辨基因分型的2 620例无亲缘关系健康汉族HSC捐献志愿者为研究对象。HSC捐献志愿者年龄为18~45岁;男性志愿者为1 482例,女性为1 138例。采用PCR-序列特异的寡核苷酸探针杂交(SSOP)法,对HSC捐献志愿者全血基因组DNA标本的 HLA- A、- B、- DRB1位点进行高分辨基因分型。采用直接计数法计算HSC捐献者 HLA- A、- B、- DRB1的基因频率和基因型频率。采用Arlerquin 3.5统计学软件计算 HLA- A、- B、- DRB1等位基因单倍型频率,并对 HLA- A、- B、- DRB1的基因分布进行Hardy-Weinberg平衡检验。滨州地区汉族HSC捐献志愿者与文献报道的中国其他地区汉族人群的 HLA- A、- B、- DRB1等位基因频率比较,采用 χ2检验。本研究遵循的程序符合2013年修订版《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求,并且与所有受试者签署《中国造血干细胞捐献者资料库志愿捐献者同意书》。 结果:①本组2 620例HSC志愿捐献者的 HLA- A、- B、- DRB1基因分布的Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,各基因位点基因频率的观察值与期望值分别比较,差异均无统计学意义( P>0.05),即本组HSC捐献志愿者 HLA- A、- B、- DRB1基因分布,符合Hardy-Weinberg平衡定律。②本组2 620例HSC捐献者DNA标本中,检出的 HLA- A、- B、- DRB1等位基因分别为52、89和52种,多态性最高基因组分别为 A*02组(11种), B*15组(20种)和 DRB1*14组(11种)。2 620例志愿者的血样DNA标本中,检出 HLA- A- B- DRB1单倍型为2 604种,其中频率>0.10%的单倍型为133种,频率>1.00%的单倍型为 A*30:01- B*13:02- DRB1*07:01(1.77%)和 A*02:01- B*13:02- DRB1*07:01(1.13%)。③本组2 620例志愿者的血样DNA标本中,检出等位基因频率>1.00%的 HLA- A、- B、- DRB1等位基因共计65个,并且在文献报道的广西、上海、江苏、河南、黑龙江、陕西等地区人群中亦均被检出,但是各地区 HLA基因高频基因型(基因频率>5.00%)的分布比较,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:滨州地区HSC捐献汉族志愿者的 HLA- A,- B,- DRB1基因单体型分布具有高度的遗传多态性和地域分布特点。阐明滨州地区HSC捐献汉族志愿者的 HLA- A,- B,- DRB1高分辨等位基因及其单体型多态性,有助于寻找HLA相合的HSC捐献者,并且可对进一步进行本地区人群的人类学及免疫遗传学研究提供参考。
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编辑人员丨4天前
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人类白细胞抗原基因分型方法分辨水平的专家共识
编辑人员丨1个月前
人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因分型已广泛应用于造血干细胞捐献者资料库建立、供受者组织配型、血小板基因数据库建立以及疾病关联诊断、遗传学和其他科学研究.随着HLA等位基因数量的增加和分型技术发展,对于HLA基因分型分辨水平界定、供受者HLA位点结果描述和配合判定等存在一定差异,为提高对HLA基因分型分辨水平的界定和解读的规范性,HLA基因检测实验室和临床移植领域的多名专家,依据国内外相关文献和临床实践制定此专家共识,对国内HLA基因分型分辨水平的定义、分型方法、供受者结果描述和相合判定等进行了概述并达成共识,以期进一步规范实验室HLA基因分型,保障检测结果的准确性.
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编辑人员丨1个月前
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陕西地区血小板供者基因数据库拓展性应用的研究
编辑人员丨2023/8/26
目的 通过分析本地区无偿献血与造血干细胞捐献群体之间的共性和特性,挖掘包括血小板基因供者库在内的无偿献血者与造血干细胞捐献者资料库间的融合潜力,提高招募成功率和已知结果库存率.方法 应用数据库建模和比对方法对本市近10年无偿献血者与中华骨髓库陕西分库造血干细胞捐献者之间的匹配度和融合度进行筛选分层,采用Arlequin3.5.2.2软件计算HLA、HPA基因频率及单体型频率,并根据表型频率计算不同血小板供者后备库中找到HLA、HPA全匹配供者概率.结果 在本地区已入库造血干细胞志愿捐献者中,依据其献血行为挖掘出的活跃献血者分别划分为血小板供者库后备一、二、三、四梯队,分别为696名、2 752名、9 092名和12 028名捐献者.第一梯队具有10~50次血小板捐献经历和10~20次全血捐献经历的占比最高,分别为13.65%和26.01%;第二梯队具有10~20次全血捐献经历和10~50次血小板捐献经历者占比分别为15.04%和1.38%,与其他梯队献血特征有差异(P<0.05).在现有血小板库+一二梯队的核心库容中(n=4 955),患者找到至少1名HLA-A,B表型相同的供者的概率可达69.02%;当考虑到ABO和HPA同型时,找到至少1名HLA、HPA全相合且ABO同型供者概率(B型为例)为48.73%.结论 西安地区全血捐献、单采血小板捐献和造血干细胞捐献这3类群体存在较大交叉分布性,与从头开始扩充库容相比,造血干细胞捐献者资料库中的活跃献血者是血小板供者库的后备有声力量,在扩大有效库容的同时能够最大限度降低建库成本和资源需求.
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编辑人员丨2023/8/26
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非血缘异基因外周血造血干细胞动员与采集的效果及安全性评价
编辑人员丨2023/8/6
目的 评价非血缘异基因外周血造血干细胞动员与采集的效果及安全性.方法 按照中华造血干细胞资料库制定的非血缘异基因干细胞动员方案,结合移植医院的动员要求及捐献者的体质情况制订合理的干细胞动员方案,对山西医科大学第二医院2012年5月至2017年1月行非血缘异基因外周血造血干细胞采集的64名健康供者,采用动员剂粒细胞集落刺激因子(G-CSF)5~10μg·kg-1·d-1,单次或分次皮下注射,3~4 d后使用COBE Spectra血细胞分离机进行外周血造血干细胞采集.对不同年龄、性别供者的动员、采集效果及不良反应进行分析.结果3 d或4 d动员方案均可达到采集要求,采集的单个核细胞数≥5.0×108/kg,CD34阳性细胞数≥2.0×106/kg.单次采集成功率(采集的单个核细胞及CD34阳性细胞数达标)为65%,采集效率为52%,可降低患者费用及供者的风险.年轻、体质好的供者采集的干细胞质量高于年龄偏大者.16名(25%)供者出现轻度不良反应,无需特殊处理.结论非血缘异基因干细胞动员、采集是安全的.从节省医疗资源、更多关注供者利益出发,采用3 d或4 d动员方案提高单次采集成功率是可行的.采集过程中应做好供者低血钙症状的观察并给予相应的健康教育,以缓解供者的紧张情绪.
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编辑人员丨2023/8/6
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中国南方汉族造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1高分辨等位基因多态性分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨中国南方汉族造血干细胞捐献者人类白细胞抗原(HLA)-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点高分辨等位基因的多态性分布.方法 选择2016年1月至2017年12月于中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)深圳分库登记的4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者为研究对象.采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(SSO)和二代测序(NGS)技术对本研究4 262例造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点进行高分辨等位基因分型检测.采用直接计数法分别计算上述5个HLA位点的常见、确认及罕见等位基因频率.采用x2检验判断研究对象的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1各位点等位基因的分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律.结果 ①本研究4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点等位基因观察值与期望值分别比较,差异均无统计学意义(x2 =295.068、572.482、355.205、362.584、312.150,P>0.05).本研究4 262例造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律.②本研究4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者中,检出的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点的等位基因分别为49、97、37、48和22种,其中等位基因频率>0.05的常见等位基因包括:HLA-A* 11∶01、24∶02、02∶07、02∶01、33∶03和02∶03,累计等位基因频率为0.767 1;HLA-B* 40∶01、46∶01、58∶01、13∶01和51∶01,累计等位基因频率为0.471 6;HLA-C* 01∶02、07∶02、03∶04、08∶01、03∶02、06∶02和03∶03,累计等位基因频率为0.782 5;HLA-DRB1* 09∶01、15∶01、12∶02、07∶01、08∶03、03∶01、11∶01和04∶05,累计等位基因频率为0.656 4;以及HLA-DQB1* 03∶01、03∶03、06∶01、05∶02、03∶02、02∶01、05∶03、06∶02和02∶02,累计等位基因频率为0.877 6.③本研究4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者中,HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点的确认及罕见等位基因分别检出22、42、14、11和7种,其中HLA-A* 29∶03,HLA-B* 18∶04、15∶296和54∶03,HLA-C* 12∶12、HLA-DRB1* 04∶101,以及HLA-DQB1*02∶10为罕见等位基因,目前尚未被收录于CMDP的《常见及确认等位基因表(CWD)》2.3版本.结论 本研究获得较为完整的中国南方汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点的高分辨等位基因多态性分布数据,记录并统计HLA确认及罕见等位基因.本研究结果有助于CMDP中HLA基因人群分布和多态性数据的积累,并且为完善CMDP的CWD提供参考依据.
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编辑人员丨2023/8/6
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人类白细胞抗原系统分型技术及其应用的现状分析和展望
编辑人员丨2023/8/6
人类白细胞抗原(HLA)在移植免疫、人类遗传学、疾病关联、药物组学、输血医学等领域中发挥重要的作用.下一代测序(NGS)技术已应用于HLA基因分型,不同分型策略和结果指定信息系统的分型准确率存在差异.已公布的中国人群HLA常见等位基因和确认等位基因,存在明显的人群分布特点,可作为国内HLA基因分型指定的参考标准.供者特异性抗-HLA在实体器官移植、造血干细胞移植中具有重要的作用,准确鉴定出这种抗体有助于提升移植患者存活率.HLA、MICA和KIR与疾病关联研究中大部分报道病例数较低,今后需要多中心合作的大样本分析.血站系统HLA实验室多数已具有高分辨分型能力,但发展存在不均衡现象,整体上规模偏小.国内初步建立了血小板捐献者HLA基因型数据库,其库容量的扩展可与中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)的发展协同规划.
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编辑人员丨2023/8/6
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供者干细胞动员中诱发肺泡出血1例并文献复习
编辑人员丨2023/8/6
干细胞采集这一技术自1992年我国造血干细胞捐献者资料库建立以来,已经形成了较为成熟、安全的技术体系,HLA相合无关供者是目前异基因造血干细胞移植中干细胞的主要来源之一,在造血干细胞动员过程中,有少部分健康供者在接受重组人粒细胞集落刺激因子(granulocyte colonystimulating factors,G-CSF)后会出现相关不良反应,但大部分症状轻微、持续时间较短,无需特殊干预可自行缓解.本中心1例健康供者在造血干细胞动员期间出现严重肺泡出血较为少见,特报告如下.
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编辑人员丨2023/8/6
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39628份造血干细胞捐献者HLA分型数据分析
编辑人员丨2023/8/5
目的:了解重庆地区干细胞捐献者HLA-A,-B,-C,-DRB1及DQB1位点基因多态性分布特征,探讨人类白细胞抗原(HLA)单倍体特征的临床意义.方法:回顾性收集2002-2019年重庆地区上传中华骨髓库干细胞捐献者HLA分型数据39 628份,使用直接计数法计算等位基因频率,利用Arlequin 3.5软件进行Hardy-Weinberg平衡检验及估算单倍型频率.结果:39 628份HLA分型数据包括高分数据12 085份、G组数据5751份、中低分数据21 792份.将基因型转化为对应的抗原特异性后,共检出HLA-A位点抗原特异性19个、HLA-B位点抗原特异性37个、HLA-C位点抗原特异性13个、HLA-DRB1位点抗原特异性15个,HLA-DQB1位点抗原特异性5个.其中,频率最高的抗原分别为HLA-A * 02(30.23%)、B * 40(17.29%)、C * 03(23.02%)、DRB1 * 09(17.09%)、DQB1 * 03(44.97%).12 085份高分数据中观察到 HLA-A-B-DR 单体型3738种,频率大于0.01的共9种.三位点单倍型中A* 02:07-B* 46:01-DRB1 * 09:01(5.34%)频率最占优势,A * 33:03-B* 58:01-DRB1 * 03:01(2.43%)次之,与大连等北方地区比较差异有统计学意义(P<0.05).理论上在重庆骨髓库中寻找到至少1例HLA-ABDR抗原全配合供者的概率为47.95%.结论:重庆地区汉族人群HLA等位基因分布具有自身特征,目前重庆地区干细胞捐献者资料库的库容量需进一步扩充.
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编辑人员丨2023/8/5
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3个HLA-A新等位基因的序列分析及确认
编辑人员丨2023/8/5
目的 确认3个HLA新等位基因,并分析其核苷酸和氨基酸序列.方法 应用DNA测序分型技术(Sanger测序)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库入库样本A/B/C/DRB1/DQB1位点进行常规检测,采用二代测序(Next Generation Sequence,NGS)方法对Sanger测序检测到A位点无匹配结果的3个样本进行测序确认,所得序列与已知同源性最高的等位基因序列进行比对,分析其核苷酸序列的差异.结果 样本1与其同源性最高的A*02:07:01相比,第3外显子520碱基发生G>A变异,导致第174位密码子GCC>ACC,氨基酸由丙氨酸(Ala)变成苏氨酸(Thr);样本2与其同源性最高的A*02:06:01相比,第4外显子641碱基发生C>T变异,导致第214位密码子ACT>ATT,氨基酸由苏氨酸(Thr)变成异亮氨酸(Ile);样本3与其同源性最高的A*02:01:01相比,第4外显子652碱基发生G>C变异,导致第218位密码子GTC>CTC,氨基酸由缬氨酸(Val)变成亮氨酸(Leu).结论 3个等位基因均为HLA-A新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会分别正式命名为:HLA-A*02:897、HLA-A*02:898、HLA-A*02:899.
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编辑人员丨2023/8/5
