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呼吸道病原体多重核酸扩增在老年患者呼吸系统感染检测中的应用
编辑人员丨5天前
目的:了解多重RT-PCR方法检测13种常见呼吸道感染病原体,在老年患者呼吸系统感染病原体检测中的应用价值。方法:317例2016年6月至2017年5月在石家庄市第一医院老年科就诊的具有呼吸系统感染症状的老年患者,年龄60~98岁,采集其抽吸痰液,提取病毒DNA/RNA,利用多重RT-PCR技术扩增,通过毛细管电泳,同时检测13种呼吸道病原体;并以直接测序方法和荧光实时PCR法为标准,评价该试剂的临床性能。结果:使用直接测序和荧光实时PCR结果为参照,多重RT-PCR技术的准确性为99.93% (95% CI: 99.79%~99.98%),阳性预测值为99.24% (95% CI: 97.78%~99.74%),阴性预测值为100% (95% CI: 99.9%~100%),Cohen’s kappa值为0.9958 (95% CI: 0.965 2~1.026)。在317例老年患者中,呼吸道病原阳性检出率为75.7% (240/317),其中甲型流感病毒最高,为20.2% (64/317),主要为H3亚型(70.3% (45/64);其次为鼻病毒、腺病毒、肺炎支原体和乙型流感病毒,检出率分别为15.5% (49/317)、13.6% (43/317)、11.0% (35/317)和10.1% (32/317)。此外,同时检出2种以及2种以上病原体的老年患者为81例,检出率为25.6% (81/317)。 结论:多重RT-PCR方法能满足临床对呼吸道病原体检测的需求,并为老年患者呼吸系统感染的防治提供有效的临床资料。
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编辑人员丨5天前
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CRL4B复合物抑制分泌型卷曲相关蛋白1促进胰腺癌的发生发展
编辑人员丨5天前
目的:探讨CRL4B复合物在胰腺癌发生发展中的作用及其分子机制。方法:将胰腺癌细胞分为对照组(转染阴性对照慢病毒)、shCUL4B组(转染CUL4B慢病毒)、shDDB1组[转染DNA损伤结合蛋白1(DDB1)慢病毒]和shCUL4B+siSFRP1组[转染CUL4B慢病毒+分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)-siRNA]。对敲低CUL4B和DDB1的胰腺癌细胞系进行RNA测序(RNA-seq),寻找CRL4B复合物调控的靶基因,采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测靶基因mRNA的表达,染色质免疫共沉淀(ChIP)-PCR实验鉴定CRL4B复合物直接调控的靶基因,Western blot法检测上皮-间充质转化(EMT)标志物蛋白的表达水平,EdU细胞增殖实验检测细胞增殖能力,划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。采用GEO、TCGA和GTEx数据库中胰腺癌相关肿瘤样本和正常组织样本的测序数据,分析CUL4B、DDB1和其下游靶基因的表达相关性。结果:RNA-seq结果显示,CRL4B复合物调控的靶基因涉及多种恶性肿瘤相关信号通路。qRT-PCR检测结果显示,shCUL4B和shDDB1组待验证靶基因的mRNA表达水平均高于对照组,差异有统计学意义(均 P<0.05)。ChIP-PCR实验结果显示,CRL4B复合物直接结合在NME1和SFRP1靶基因启动子区,敲低CUL4B的表达后,靶基因启动子区域组蛋白H2A第119位赖氨酸单泛素化富集减少。对照组PANC-1细胞增殖率为(32.10±3.58)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(13.95±1.66)%和(22.38±0.77)%,均 P<0.05];对照组AsPC-1细胞增殖率为(35.47±7.80)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(19.60±3.58)%和(30.09±0.81)%,均 P<0.05]。细胞划痕实验显示,对照组PANC-1细胞迁移率为(53.18±3.70)%,高于shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(17.46±2.62)%和(44.99±9.18)%,均 P<0.05]。Western blot结果显示,对照组细胞上皮标志物α-catenin和γ-catenin的表达分别为1.00±0.03和1.01±0.11),低于shCUL4B组(分别为1.44±0.01和1.21±0.06,均 P<0.05),对照组细胞间充质标志物Fibronectin和Vimentin表达水平分别为1.01±0.14和1.02±0.18,高于shCUL4B+siSFRP1组(分别为1.53±0.13和1.22±0.07,均 P<0.05)。对照组细胞的迁移率为(100.00±3.96)%,与shCUL4B组和shCUL4B+siSFRP1组[分别为(35.49±0.34)%和(107.06±2.77)%]比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。CUL4B和DDB1在胰腺癌中表达升高,且与SFRP1的表达呈负相关( r分别为-0.342和-0.264)。 结论:胰腺癌中CRL4B复合物转录抑制靶基因SFRP1进而促进胰腺癌的发生发展,且CRL4B复合物在胰腺癌中的高表达支持了其作为胰腺癌治疗的潜在靶点。
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编辑人员丨5天前
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艾滋病患者抗病毒治疗效果的影响因素分析
编辑人员丨5天前
目的:了解艾滋病患者抗病毒疗效的影响因素。方法:选择2016年1月至2018年6月在北海市人民医院艾滋病门诊初治且依从性良好的107例艾滋病患者,根据患者是否自愿接受中药治疗分为两组,接受高效抗反转录病毒治疗(highly active anti-retroviral therapy,HAART)联合平肝解毒方剂治疗组(42例),单纯接受HAART组(65例)。比较两组患者在治疗48周时的病毒学和免疫学应答情况。采用聚合酶链反应产物直接测序法对白细胞介素-28B(interleukin-28B,IL-28B) rs12979860进行基因分型。采用logistic回归分析艾滋病患者抗病毒疗效的影响因素。组间比较采用独立样本 t检验、配对样本 t检验或 χ2检验。 结果:治疗48周时,42例HAART联合平肝解毒方剂组患者中,41例(97.62%)获得了病毒学应答,65例单纯HAART组患者中有58例(89.23%)获得了病毒学应答,差异无统计学意义( χ2=0.100, P>0.05);HAART联合平肝解毒方剂组患者的CD4 +T淋巴细胞计数增加了(244.32±101.83)/μL,与单纯HAART组患者的(211.56±112.50)/μL相比,差异无统计学意义( t=1.522, P>0.05)。92例携带IL-28B CC基因型的患者中,88例(95.65%)获得了病毒学应答,而15例携带IL-28B非CC基因型患者中有11例获得了病毒学应答,差异无统计学意义( χ2=0.394, P>0.05)。携带IL-28B CC基因型患者的CD4 +T淋巴细胞计数增加了(229.72±101.17)/μL,高于携带IL-28B非CC基因型患者的(173.40±89.64)/μL,差异有统计学意义( t=2.028, P=0.045)。多因素logistic回归分析显示:基线CD4 +T淋巴细胞计数≤200/μL、IL-28B CC基因型、HAART方案中含蛋白酶抑制剂有助于提高抗病毒的疗效。 结论:基线CD4 +T淋巴细胞计数≤200/μL、IL-28B CC基因型、HAART方案中含蛋白酶抑制剂是艾滋病患者抗病毒疗效的影响因素。
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编辑人员丨5天前
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遗传性异常纤溶酶原血症导致脑梗死分析
编辑人员丨5天前
目的:对2个遗传性异常纤溶酶原血症家系进行表型及基因突变分析,探讨遗传性异常纤溶酶原血症与脑梗死之间的关系。方法:回顾性分析2021年1月和3月温州医科大学附属第一医院神经内科确诊的2例发生脑梗死患者的临床资料,采集先证者1及其家系成员(共4代8人)和先证者2及其家系成员(共3代5人)的外周静脉血标本,检测纤溶酶原活性(PLG:A)、蛋白C活性、蛋白S活性、抗凝血酶活性及纤溶酶原抗原(PLG:Ag)、纤维蛋白原、D-二聚体和纤维蛋白(原)降解产物含量等指标进行分析。采用聚合酶链反应扩增PLG基因的所有19个外显子及其5′和3′侧翼区,用DNA直接测序法分析其扩增产物;测序结果使用Chromas软件与美国国家生物技术信息中心数据库中公布的人类PLG基因参考序列进行比对,寻找突变位点,采用反向测序法予以证实。结果:2例脑梗死患者均为青年起病,先证者1的PLG:A降低为21%,其4名家庭成员的PLG:A降低至50%左右;先证者2及2名家庭成员的PLG:A降低至50%左右;2例先证者及其家系成员的PLG:Ag和其余检测指标均基本正常。通过基因分析发现,先证者1的PLG基因第15号外显子存在c.1858G>A纯合错义突变,先证者1的4名家系成员和先证者2及其2名家系成员的PLG基因第15号外显子存在c.1858G>A杂合错义突变,导致纤溶酶原的第620位丙氨酸突变为苏氨酸(p.Ala620Thr)。结论:PLG:A水平降低与PLG基因p.Ala620Thr错义突变有关,先证者出现脑梗死可能与p.Ala620Thr错义突变导致机体纤维蛋白溶解功能受抑制有关。
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编辑人员丨5天前
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ABO基因第7外显子c.940A>G变异致A W37B亚型及其家系的调查分析
编辑人员丨5天前
目的:分析1例A w37B亚型患者及其家系的血清学和分子特征,探讨其分子生物学机制及在疑难血型鉴定和临床输血中的意义。 方法:应用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-sequence specific primer,PCR-SSP)进行 ABO基因分型,并对 ABO基因的全部外显子进行扩增产物直接测序。进一步对第6、7外显子进行克隆测序。 结果:先证者红细胞为A弱B表型,其血清样本中含有弱反应性抗-A抗体,依据血清学特征可定义为A wB血型。血型基因分型检测到 A和 B等位基因。基因克隆测序显示在 A等位基因第7外显子存在 ABO* AW.37的特征性变异c.940A>G,导致多肽链第314位的赖氨酸(Lys)被谷氨酸(Glu)替换。同时测序发现先证者的女儿遗传了 ABO* AW.37等位基因。 结论:ABO血型基因第7外显子c.940A>G变异导致α-1,3-N-乙酰半乳糖基转移酶活性降低,产生A w37表型。
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编辑人员丨5天前
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中国儿童谷氨酸脱氢酶型先天性高胰岛素血症临床及遗传学特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析中国儿童谷氨酸脱氢酶型先天性高胰岛素血症(GDH-HI)的临床特征及遗传学特征。方法:选取2008年2月至2018年12月间首都医科大学附属北京儿童医院收治并诊断为GDH-HI的10例患儿家系为研究对象,对患儿的临床特征、致病基因携带情况和后期随访等进行回顾性分析。采用聚合酶链反应DNA(PCR-DNA)直接测序法和二代测序技术对10例患儿及其亲属进行GLUD1基因测序分析。结果:10例患儿中9例出生体重正常,1例为巨大儿。9例患儿伴有无症状性高氨血症,1例患儿血氨正常。9例患儿曾试用二氮嗪治疗,均有效。10例患儿均携带GLUD1基因突变,其中5例携带GLUD1基因c.965C>T(p.R322H)突变,其余5例分别携带c.1388A>T(p.N463I)、c.1495C>A(p.G499C)、c.1493C>T(p. S498L)、c.1519G>A(p.H507Y)、c.1388A>G(p.N463S)突变;9例(90%)为新生突变,1例为父系常染色体显性遗传。8例患儿经长期随访,其中1例于确诊8年后自行缓解,7例需长期口服二氮嗪维持正常血糖水平,其中2例合并癫痫。结论:中国GDH-HI患儿出生体重多为正常,少数患儿血氨正常;GLUD1基因突变多为新生突变,其中GDH p.R322H突变为中国儿童GDH-HI的热点突变。GDH-HI患儿多对二氮嗪治疗有效,随着病程的进展,部分患儿可出现癫痫,少数患儿有自行缓解倾向。
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编辑人员丨5天前
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2022年河南省两起发热伴血小板减少综合征聚集性疫情流行病学及病原学调查
编辑人员丨5天前
调查河南省信阳市2022年连续两起发热伴血小板减少综合征聚集性疫情,分析其发生原因、传播方式、影响因素及病毒遗传变异特征。根据病例定义展开病例搜索,采集病例、家属、邻居血液样本和生物媒介样本,进行逆转录-聚合酶链反应检测发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)核酸。通过全基因组测序,构建系统进化树,分析核苷酸同源性和氨基酸变异位点。两起聚集性疫情涉及首发病例2例,续发病例10例,均涉及家庭聚集性病例,其中9例续发病例曾直接接触首发病例血液,判定直接接触血液是两起聚集性疫情的主要危险因素。经基因组测序分析发现,本次聚集性疫情SFTSV基因型为A型,与该地区既往流行株亲缘关系近,病例的SFTSV核苷酸序列高度同源,共9个编码区氨基酸突变位点,不排除其变异位点对疫情暴发可能产生影响。
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编辑人员丨5天前
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1型糖尿病大鼠睾丸内转录组差异表达基因分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨糖尿病大鼠睾丸的转录组学改变。方法:2019年9月至2020年5月从华中科技大学同济医学院实验动物中心购入18只4周龄SD大鼠,其中8只作为对照组大鼠,另外10只大鼠建立1型糖尿病大鼠模型,最终获得对照组与糖尿病组大鼠各6只。分别从两组中筛选出3只大鼠后,对6只大鼠的睾丸进行RNA测序,比较正常大鼠与1型糖尿病大鼠睾丸组织的转录组差异,并通过生物信息学分析对靶基因可能相关通路进行了预测以及实时定量聚合酶链反应实验验证。采用双样本双尾 t检验进行统计分析。 结果:糖尿病组大鼠睾丸重量明显高于对照组[(0.42±0.15) g比(2.27±0.20) g, P<0.01, t=-18.124],睾丸生精小管结构受到严重损伤,糖尿病组精子质量低于对照组。糖尿病组睾丸共有138个基因高于对照组,119个基因低于对照组,其中4个基因与睾丸发育和精子的发生直接相关,可能参与了类固醇激素的合成以及氧化还原稳态的维持。2个基因与糖原合成、生长发育密切相关。经实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证,以上基因的表达趋势与RNA测序结果一致。 结论:糖尿病可能通过影响睾丸内生精相关基因以及糖原代谢基因的转录表达,从而损害睾丸的生精功能。
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编辑人员丨5天前
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抗-Di b血型不合致新生儿溶血病一例
编辑人员丨5天前
分析1例怀疑由抗-Di b抗体引起的新生儿溶血病(HDFN)。患儿出生两天,诊断为贫血,高胆红素血症。患儿父母均为O型,RhD阳性,排除ABO、RhD溶血。患儿母亲抗体鉴定实验结果怀疑为抗-Di b抗体引起的HDFN,由于市面上缺乏检测Di b抗原的试剂,导致抗-Di b抗体引起的HDFN不易被发现,使用序列特异引物引导的PCR反应及聚合酶链反应-直接测序法检测患儿及父母Di a、Di b抗原。结果显示该患儿血型为Di(a+b+),患儿母亲血型为Di(a+b-),患儿父亲血型为Di(a-b+),该患儿所患HDFN为罕见抗体抗-Di b抗体所致。
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编辑人员丨5天前
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增生型糖尿病视网膜病变患者外周血差异基因转录组学与基因表达总库的联合分析与验证研究
编辑人员丨5天前
目的:筛选增生型糖尿病视网膜病变(DR)患者差异表达基因(DEG ),为增生型DR(PDR)治疗提供新的生物学治疗靶点。方法:基础研究。2020年10月于天津医科大学眼科医院检查确诊的PDR患者3例(PDR组)及非糖尿病患者3例(对照组)纳入研究。另外分别选取同期PDR、非糖尿病患者各40例并据此分为PDR验证组、对照验证组。PDR验证组、对照验证组行外周血验证试验;PDR组、对照组进行RNA测序。采用转录组学(RNAseq)测序技术筛选PDR组、对照组DEG。对筛选得到的DEG进行基因注释(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)的信号通路富集分析和蛋白-蛋白互作网络(PPI)分析。应用基因表达总集数据库查找与PDR相关高通量数据行多队列比对分析,通过Targetscan平台对差异表达的miRNA进行靶基因预测,明确筛选所得DEG与PDR的相关性。采用逆转录聚合酶链反应、蛋白免疫印迹法对与PDR相关的DEG mRNA、蛋白表达进行验证。PDR验证组、对照验证组之间PDR相关的DEG mRNA、蛋白相对表达量比较行配对 t检验。 结果:RNAseq测序共筛选出1 337个DEG,上调基因419个,下调基因918个。具有低等电点的直接凋亡抑制蛋白结合蛋白( DIABLO)、锌指和含BTB域10 ( ZBTB10 )、polo样激酶3 ( PLK3 )、调节亚单位1 ( PIK3R1)、B细胞易位基因3 ( BTG3)等基因在PDR组患者中差异表达。GO功能富集分析结果显示, DIABLO、 ZBTB10、 PLK3、 PIK3R1、 BTG3等基因参与了与PDR相关的病理过程。KEGG富集分析结果显示,细胞外基质受体作用、细胞因子调控通路、p53信号通路、半乳糖代谢等糖代谢途径可能参与了DEG涉及过程。PPI分析结果提示,DEG关联蛋白节点越大,关联的节点数量越多,其中 DIABLO、 ZBTB10、 PLK3、 PIK3R1、 BTG3等基因对该作用网络形成作用显著。Targetscan平台预测发现,DR患者房水、玻璃体、血浆中显著差异miRNA与本研究所发现的DEG具有调控关系。与对照验证组比较,PDR验证组患者外周血中 DIABLO、 ZBTB10、 PLK3、 PIK3R1 mRNA、蛋白相对表达量上调, BTG3 mRNA、蛋白相对表达量下调。 结论:PDR患者的DEG为 DIABLO、 ZBTB10、 PLK3、 PIK3R1、 BTG3,其通过调控细胞增生、纤维化及氧化应激等生物学过程参与疾病进程。
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编辑人员丨5天前
