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基于生物信息学分析的结直肠癌关键基因筛选
编辑人员丨5天前
目的:筛选结直肠癌发生发展中的关键基因,并分析其与生存预后和肿瘤免疫浸润的关系.方法:从GEO数据库下载结直肠癌基因表达谱GSE178145.用R软件筛选结直肠癌组织与正常组织样本间的差异表达基因(DEGs),通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析这些基因以确定它们的生物学作用.构建蛋白相互作用网络(PPI)鉴定结直肠癌进展的关键基因,然后通过GEPIA2 数据库验证其表达水平及生存预后情况.最后利用TIMER数据库分析预后相关基因与免疫浸润细胞的相关性.结果:共筛选出 897 个DEGs.GO分析表明,DEGs主要集中在调控金属离子输运、离子通道活性、收缩纤维等过程.KEGG通路分析表明DEGs主要参与细胞因子-受体相互作用、钙信号传导等通路.通过PPI分析得到10 个关键基因,使用GEPIA2 数据库验证发现,其中CXCL2、IL-1β、CXCL10 和UPS18 的差异方向一致且有显著性差异.生存分析显示CXCL2 和IL-1β延长结直肠癌患者的生存率.免疫浸润分析得出,CXCL2 和IL-1β的表达与巨噬细胞的浸润相关.结论:CXCL2、IL-1β为结直肠癌发生发展中的关键基因,并与结直肠癌的生存预后和免疫浸润有关.
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编辑人员丨5天前
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基于RNA测序分析高频重复经颅磁刺激对脑梗死大鼠认知功能的影响机制
编辑人员丨5天前
目的:阐明高频重复经颅磁刺激(rTMS)对脑梗死大鼠认知功能的影响,通过RNA测序探索其潜在机制。方法:选择30只SD雄性大鼠进行短暂性大脑中动脉闭塞(tMCAO)造模,根据Bederson评分排除10只不在1~3分的大鼠,剩余20只模型大鼠用随机数字表法分为tMCAO组( n=10)和rTMS组( n=10),另设假手术组( n=10)。rTMS组大鼠于术后第7~28天接受20 Hz rTMS干预治疗。术后第28~33天进行Morris水迷宫实验检测各组大鼠认知功能,在rTMS组和tMCAO组各取3只大鼠的梗死灶周围皮质组织进行RNA测序。 结果:rTMS组[(53±4)s]和假手术组[(51±5)s]的逃避潜伏期明显短于tMCAO组[(58±4)s, P<0.05];rTMS组[2.5(1.5~3.0)次]和假手术组[3.0(1.5~3.0)次]大鼠在60 s内穿越原平台的次数多于tMCAO组[1.0(0.5~1.5)次, P<0.05]。RNA测序共发现16个显著差异表达基因,包括9个上调基因和7个下调基因。GO分析结果显示,上调基因的功能主要集中于化学和金属离子稳态等过程,而下调基因的功能则主要集中于炎症反应。 结论:20 Hz rTMS能够显著改善脑梗死大鼠的认知功能,其机制可能与维持化学和金属离子稳态及调控小胶质细胞的极化减轻神经炎症相关。
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编辑人员丨5天前
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P2X4信号轴对帕金森病动物模型中铁代谢的影响
编辑人员丨5天前
目的:阐明P2X4信号轴对用6-羟基多巴胺(6-OHDA)成功诱导的帕金森病雄性大鼠模型黑质中铁代谢的影响。方法:将120只雄性大鼠采用随机数字表法随机分为对照组、6-OHDA组(帕金森病组)、携带P2X4基因病毒(P2X4-positive intervention,P2X4-PI)组、P2X4基因空载病毒(P2X4-negative control,P2X4-NC)组、P2X4-PI+6-OHDA组(先注射P2X4基因病毒,2周后注射6-OHDA)以及P2X4-NC+6-OHDA组(先注射空载基因病毒,2周后注射6-OHDA),共6组,每组20只。应用脑立体定位仪分别将上述相应的分组药品定位注射于大鼠左侧黑质。造模完成2周后进行行为学实验,筛选出合格大鼠模型,并进一步通过平衡杆实验评价各组大鼠的始动性及平衡能力。将造模完成且合格的大鼠模型断头取脑,留取脑组织,进行相关处理后保存备用。采用免疫荧光染色法、蛋白质印迹法分别检测6组大鼠左侧黑质中酪氨酸羟化酶(TH)阳性多巴胺能神经元数量的变化以及P2X4嘌呤受体(P2X4R)、二价金属离子转运体1(DMT1)、膜铁转运蛋白1(FPN1)的蛋白表达水平。结果:免疫荧光染色结果显示:与对照组(7 942.0±461.6)相比,帕金森病组(4 724.0±261.1, t=13.17, P<0.01)和P2X4-NC+6-OHDA组(4 470.0±228.9, t=14.21, P<0.001)大鼠左侧黑质中TH阳性多巴胺能神经元数量明显减少;P2X4-PI+6-OHDA组(2 493.0±371.6, t=8.092, P<0.01)大鼠左侧黑质中TH阳性多巴胺能神经元数量显著少于P2X4-NC+6-OHDA组。蛋白质印迹结果显示:与对照组(1.723±0.146、1.369±0.107、1.020±0.059)相比,帕金森病组(2.107±0.070, t=4.368, P<0.05;1.733±0.117, t=4.245, P<0.05;0.783±0.042, t=5.795, P<0.01)和P2X4-NC+6-OHDA组(2.104±0.110, t=4.326;1.737±0.073, t=4.291;0.804±0.037, t=5.282;均 P<0.05)大鼠左侧黑质中P2X4R、DMT1蛋白表达水平上升,FPN1蛋白表达水平下降;与P2X4-NC+6-OHDA组相比,P2X4-PI+6-OHDA组(2.875±0.170, t=8.770;2.845±0.180, t=12.92;0.550±0.040, t=6.216;均 P<0.01)大鼠左侧黑质中P2X4R、DMT1蛋白表达水平上升,FPN1蛋白表达水平下降。 结论:P2X4基因过表达可使大鼠中脑黑质中的DMT1表达上调、FPN1表达下调,从而导致中脑黑质中铁元素的沉积,可能进而对多巴胺能神经元造成损伤,最终对帕金森病的发生和发展产生影响。
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编辑人员丨5天前
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肺炎克雷伯菌氨基肽酶A的克隆表达与活性鉴定
编辑人员丨5天前
目的:对肺炎克雷伯菌(KP)中标注的氨基肽酶(PepA)进行序列扩增与蛋白表达,鉴定其酶活特性。方法:根据(美国)国家生物技术信息中心(NCBI)公布的KP PepA基因序列(Reference Sequence:NZ_CP045783.1)设计扩增引物,以本科室前期分离到的一株KP基因组为模板,通过聚合酶链反应(PCR)扩增出PepA基因全长,使用NdeⅠ和XhoⅠ双酶切后连接至表达载体pET-30a。将重组质粒pET-30a-PepA转化至大肠杆菌BL21(DE3),经异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达出KP PepA蛋白,使用N 2+层析柱对重组His标签蛋白进行纯化。以亮氨酸-对硝基苯胺(Leu-pNA)为底物,测定KP PepA对其水解能力,并摸索不同的反应温度和pH值条件对水解反应的影响。在反应体系中加入不同二价金属离子,观察各离子对KP PepA氨基肽酶活性的作用。组间比较采用 t检验。 结果:扩增出长度为1 527 bp的KP PepA基因,并获得可溶性KP PepA蛋白,大小为56.1×10 3,与预测大小一致。KP PepA加入组反应产物pNA浓度显著高于KP PepA不加组[(205.00±5.00) μmol/L比(8.00±2.00) μmol/L, t=63.36, P<0.01],表明重组KP PepA可以水解Leu-pNA。KP PepA水解Leu-pNA的最适温度为37 ℃,最适pH值为pH 8.0。Co 2+、Mn 2+均可以提高KP PepA酶活性,其中Co 2+激活作用最强,加入Co 2+组的相对酶活性显著高于不加离子组(181.70±7.64比95.00±0.00, t=16.44, P<0.01);Zn 2+、Fe 2+均可以抑制KP PepA酶活性,其中Zn 2+抑制作用最强,加入Zn 2+组的相对酶活性显著低于不加离子组(44.67±8.97比95.00±0.00, t=8.49, P<0.01)。 结论:肺炎克雷伯菌中标注的PepA具有体外氨基肽酶活性。
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编辑人员丨5天前
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脊髓DMT1亚硝基化修饰与瑞芬太尼诱发大鼠痛觉过敏机制的关系
编辑人员丨5天前
目的:探讨脊髓二价金属离子转运体1(DMT1)亚硝基化修饰与瑞芬太尼诱发大鼠痛觉过敏机制的关系。方法:清洁级健康成年雄性SD大鼠40只,2~3月龄,体质量240~260 g,采用随机数字表法分为4组( n=10):对照组(C组)尾静脉输注生理盐水0.1 ml·kg -1·min -1 60 min;瑞芬太尼组(R组)尾静脉输注瑞芬太尼1.0 μg·kg -1·min -1 60 min;L-NAME组(C+L组)腹腔注射一氧化氮合酶抑制剂L-NAME 30 mg/kg,10 min后尾静脉输注生理盐水0.1 ml·kg -1·min -1 60 min;瑞芬太尼+L-NAME组(R+L组)腹腔注射L-NAME 30 mg/kg,10 min后尾静脉输注瑞芬太尼1.0 μg·kg -1·min -1 60 min。分别于静脉输注前24 h、输注结束后6、24和48 h(T 0~3)时测定机械缩足反应阈(MWT)和热缩足潜伏期(TWL)。最后一次测定痛阈后麻醉状态下处死大鼠,取L 4~6脊髓标本,采用实时定量PCR法检测脊髓nNOS和DMT1 mRNA的表达;生物素转化法提取亚硝基化蛋白质,Western blot法检测nNOS、总体DMT1和亚硝基化DMT1的表达;分光光度法测定脊髓NO含量;原子吸收分光光度计法测定脊髓铁含量。 结果:与C组比较,R组T 1~3时MWT降低,TWL缩短,R组和R+L组脊髓nNOS及其mRNA和亚硝基化DMT1表达上调,NO和铁含量升高( P<0.05);C+L组各指标差异均无统计学意义( P>0.05);与R组比较,R+L组T 1~3时MWT升高,TWL延长,脊髓nNOS及其mRNA和亚硝基化DMT1表达下调,NO和铁含量降低( P<0.05);与C+L组比较,R+L组T 1~3时MWT降低,TWL缩短,脊髓nNOS及其mRNA和亚硝基化DMT1表达上调,NO和铁含量升高( P<0.05);各组脊髓DMT1 mRNA和总体DMT1表达比较差异均无统计学意义( P>0.05)。 结论:脊髓nNOS激活引起NO生成增加,介导DMT1亚硝基化修饰,可能与瑞芬太尼诱发大鼠痛觉过敏的机制有关。
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编辑人员丨5天前
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Cu-Fe-Zn合金微丝敷料抗菌性能、生物相容性的实验研究及其对伤口愈合的疗效观察
编辑人员丨5天前
目的:研究Cu-Fe-Zn合金微丝敷料的抗菌性能及体内、体外生物相容性,通过临床应用检测其促创面愈合功效。方法:以Cu-Fe-Zn合金微丝敷料为研究对象,利用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)测定金属离子释放浓度;在体外通过平板计数法评估敷料的综合抗菌性能;将Cu-Fe-Zn合金微丝敷料浸提液分别与表皮细胞(HaCaT)、成纤维细胞(NIH-3T3)共培养后,通过CCK-8试验测定其体外生物相容性;进一步将Cu-Fe-Zn合金微丝敷料应用于糖尿病小鼠创面以检测材料的体内生物相容性。通过前瞻性随机对照试验,选取中南大学湘雅三医院烧伤整形外科收治的50例烧伤、创伤患者,分为观察组25例与对照组25例,观察组行Cu-Fe-Zn合金微丝敷料治疗,对照组应用纳米银抗菌敷料,对比两组患者创面愈合时间和创面治疗效果。结果:ICP-MS检测Cu-Fe-Zn合金微丝敷料的Cu 2+释放浓度为1.3 μg/ml,其具备促进HaCaT、NIH-3T3细胞增殖功效(均 P<0.05)。Cu-Fe-Zn合金微丝敷料对铜绿假单胞菌、大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的抗菌率均达到100%。应用Cu-Fe-Zn合金微丝敷料的糖尿病小鼠创面愈合率[(87.39±1.83)%]显著高于对照组[(58.66±3.54)%, P<0.05],创面组织炎症反应较轻且创缘基质完整。经过Cu-Fe-Zn合金微丝敷料治疗的25例患者的创面愈合时间[(23.52±10.02)d]短于对照组患者[(40.84±21.22)d]( t=17.159, P<0.001),且患者的总体治疗有效率(96%)显著高于对照组患者(64%)(χ 2=8.472, P=0.015)。 结论:Cu-Fe-Zn合金微丝敷料具备良好的抗菌性能及生物相容性,作用于伤口具有显著促愈合的治疗效用,在有效促进创面愈合的同时发挥抗感染的效用,有望作为一种新型创面修复敷料。
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编辑人员丨5天前
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金属硫蛋白在妇科恶性肿瘤中的研究进展
编辑人员丨5天前
金属硫蛋白(MT)不仅在维持机体内金属离子稳态和重金属解毒等方面发挥着重要的作用,同时也与肿瘤的发生发展密切相关。子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢上皮性癌是严重威胁女性生命健康的生殖系统三大恶性肿瘤。研究表明,MT在妇科恶性肿瘤中多呈高表达,且其表达水平与肿瘤的恶性程度及耐药性密切相关。因此,深入研究MT在肿瘤发生发展中的分子机制,对妇科恶性肿瘤的早期诊断、预后评估及靶向治疗等方面均具有重要的指导意义。
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编辑人员丨5天前
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基于网络药理学及实验验证探讨雷公藤治疗肾癌的作用机制
编辑人员丨5天前
目的:采用网络药理学和实验验证的方法探索雷公藤治疗肾癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学(TCMSP)数据库与分析平台筛选雷公藤的有效成分,并通过Swiss数据库预测雷公藤的靶点。自DisGeNET、GeneCards和OMIM数据库收集肾癌相关靶点,并通过Venny 2.1.0获得交集靶点。使用STRING数据库和Cytoscape软件绘制蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Cytoscape软件构建"成分-靶点-通路"网络。诱导肾癌皮下移植瘤模型,将裸鼠随机分为对照组和治疗组,每组5只,治疗组灌胃615 mg/ml雷公藤溶液(将1 845 mg雷公藤颗粒溶于3 ml水)2.46 g/kg,10 μl/次,1次/d,共给药21 d;对照组灌胃等量生理盐水。每5天测量1次肿瘤体积,并采用酶联免疫法检测丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导子与转录激活子3(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、T肿瘤蛋白p53(TP53)、JUN、丝裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)和MAPK14表达情况。结果:筛选出雷公藤有效药物成分28个,潜在靶点117个。识别出13 425个相关疾病靶点,最后获得113个药物和疾病交集靶点。在PPI网络中,AKT1、STAT3、TNF、TP53、JUN、MAPK8和MAPK14是核心靶点。GO分析显示BP主要包括核受体活性、配体激活的转录因子活性、RNA聚合酶特异性DNA结合转录因子结合、核类固醇受体活性、肾上腺素能受体活性等;CC主要包括对激素的反应、细胞对脂质的反应、积极调节细胞迁移、对TNF的反应、炎症反应、细胞对激素刺激的反应、对缺氧的反应、对金属离子的反应等;MF涉及膜筏、膜微区、质膜的外侧、膜侧、质膜筏、突触前膜、小窝、转录调控复合体、突触后膜、突触膜等。KEGG分析显示雷公藤治疗肾癌涉及脂质和动脉粥样硬化、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、TNF、Toll样受体、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)和MAPK等信号通路。实验验证结果显示雷公藤治疗后肿瘤体积减小( P<0.05),TP53蛋白表达增加( P<0.001),AKT1、STAT3、TNF、JUN、MAPK8和MAPK14蛋白表达均降低(均 P<0.001)。 结论:预测了雷公藤治疗肾癌的靶点及信号通路,为进一步研究其保护机制及临床应用提供参考依据。
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编辑人员丨5天前
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氢气对慢性脑缺血大鼠脑组织铁代谢相关蛋白表达的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨氢气对慢性脑缺血(CCI)大鼠脑组织铁代谢相关蛋白表达的影响。方法:健康成年雄性Wistar大鼠36只,体重300~400 g,采用随机数字表法分为3组( n=12):假手术组(Sham组)、CCI组、富氢盐水组(H组)。采用改良的双侧颈总动脉永久性结扎法制备大鼠CCI模型。CCI组及H组在大鼠建模4周后每天固定时点,分别腹腔注射生理盐水或富氢盐水10 ml/kg,1次/d,持续2周。CCI建模第6周时,处死大鼠,取脑组织,免疫组化法检测特异性神经元核蛋白(NeuN)、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX-4)的表达,采用改良Perl染色法检测病灶脑组织铁沉积量,采用比色法测定MDA、谷胱甘肽(GSH)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-px)水平,采用ELISA法检测4-羟基壬烯酸(4-HNE)水平,采用流式细胞术检测神经细胞ROS水平,采用RT-PCR法检测转铁蛋白(TF)、转铁蛋白受体1(TFR1)、铁蛋白轻链(FTL)、铁蛋白重链-1(FTH1)、二价金属离子转运体(DMT1)、铁反应元件结合蛋白2(IREB2)的mRNA表达。 结果:与Sham组比较,CCI组及H组海马CA1区NeuN、GPX-4染色阳性细胞百分比、GSH、GSH-px水平降低,铁染色阳性细胞百分比、MDA、4-HNE及神经细胞ROS水平升高,FTL mRNA、FTH1 mRNA表达下调,TF mRNA、TFR1 mRNA、DMT1 mRNA和IREB2 mRNA表达上调( P<0.05);与CCI组比较,H组海马CA1区NeuN、GPX-4染色阳性细胞百分比、GSH和GSH-px水平升高,铁染色阳性细胞百分比、MDA、4-HNE及神经细胞ROS水平降低,FTL mRNA、FTH1 mRNA表达上调,TF mRNA、TFR1 mRNA、DMT1 mRNA和IREB2 mRNA表达下调( P<0.05)。 结论:氢气对CCI大鼠可产生神经保护作用,机制可能与其调控CCI后铁代谢及转运相关蛋白的表达,减轻神经细胞铁超载,进而抑制氧化应激有关。
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编辑人员丨5天前
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问号钩端螺旋体vWF-A基因产物结合人胶原蛋白的作用与机制
编辑人员丨5天前
目的:确定问号钩端螺旋体vWF-A基因产物结合人胶原蛋白的作用与机制。方法:采用生物信息学软件分析问号钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株vWF-A基因(LA_0012、LA_0697和LA_4207)产物结构与功能。构建上述基因vWF-A功能结构域片段原核表达系统,采用SDS-PAGE和Ni-NTA亲和层析法检查目的重组蛋白rLep0012、rLep0697和rLep4207表达情况和提纯效果。采用ELISA和表面等离子共振法(SPR)检测目的重组蛋白与人Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅵ型胶原蛋白(hCOL1/3/4/6)的结合能力。采用实时荧光定量RT-PCR和Western blot检测问号钩端螺旋体赖株感染人和小鼠血管内皮细胞(HUVEC和EOMA)时vWF-A基因转录和表达水平变化。结果:vWF-A基因产物均为含vWF-A超家族结构域表面或跨膜蛋白,但LA_0697和LA_4207基因还含有金属离子依赖性黏附位点(MIDAS)。所构建的原核表达系统能有效表达目的重组蛋白,Ni-NTA亲和层析法提纯后SDS-PAGE检测均显示为单一蛋白条带。ELISA结果显示rLep0697与hCOL3/6、rLep4207与hCOL1/4呈强结合。SPR结果显示rLep0697快速结合hCOL3/6但快速解离( KD值=5.71×10 -8和5.89×10 -8 mol/L),rLep4207快速并稳定结合hCOL1/4( KD值=6.4×10 -9和3.2×10 -9 mol/L)。感染HUVEC和EOMA细胞时,上述vWF-A基因转录和表达水平均显著升高( P<0.05)。 结论:LA_0697和LA_4207基因产物可作为问号钩端螺旋体感染过程中的黏附因子。
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编辑人员丨5天前
