目的:探讨脂蛋白(a)[Lp(a)]基因单核苷酸多态性(SNP)与钙化性主动脉瓣膜疾病(CAVD)、冠心病(CHD)的相关性。方法:前瞻性研究。纳入2018年1—12月天津市胸科医院心内科CAVD或CHD住院患者248例，根据心脏超声多普勒、冠状动脉造影或冠状动脉CT检查结果分为两组：CAVD组101例、CHD组147例；同时选取2018年3—12月天津市胸科医院体检中心排除CAVD或CHD的171位健康体检者为对照组。检测各组Lp(a)、低密度脂蛋白(LDL)、高密度脂蛋白(HDL)、载脂蛋白A(ApoA)、载脂蛋白B(ApoB)等生化指标，采用SNaPshot SNP分型技术对Lp(a)基因rs7770628、rs6415084、rs10455872三个位点进行基因分型；采用二元logistic回归分析不同基因型及Lp(a)水平对钙化性主动脉瓣疾病及冠心病发病的影响，采用线性回归分析不同基因型及ApoB水平对Lp(a)水平的影响。结果:三组间比较，患者BMI和饮酒史差异均无统计学意义( P值均>0.05)，性别、年龄、吸烟史、糖尿病史、高血压病史差异均有统计学意义( P值均<0.05)。Lp(a)检测值在对照组、CAVD组、CHD组分别为23.6(9.4，48.6)、37.2(16.5，79.6)、46.7(21.5，104.6)nmol/L，三组间比较差异有统计学意义( H＝13.337， P<0.01)；LDL值各组分别为(2.74±0.80)、(3.07±0.81)、(3.14±1.18)mmol/L，三组间差异有统计学意义( F＝3.662， P<0.05)；HDL值各组分别为(1.24±0.93)、(1.18±0.30)、(1.09±0.33 )mmol/L，三组间比较差异有统计学意义( F＝4.281， P<0.05)；ApoA值各组分别为(1.42±0.25)、(1.30±0.26)、(1.26±0.26) g/L，三组间比较差异有统计学意义( F＝7.339， P<0.01)；ApoB检测值各组分别为0.97(0.82, 1.10)、1.04(0.87, 1.26)、1.12(0.88, 1.31)g/L，三组间比较差异有统计学意义( H＝3.948， P<0.05)。Lp(a)基因rs7770628位点对照组、CAVD组、CHD组TT基因型分别为130(76.0%)、75(74.3%)、103(70.1%)，CT基因型分别为36(21.1%)、23(22.8%)、40(27.2%)，CC基因型分别为5(2.9%)、3(2.9%)、4(2.7%)，三组间比较差异无统计学意义( F＝1.718， P>0.05)；Lp(a)基因rs6415084位点对照组、CAVD组、CHD组TT基因型分别为5(2.9%)、2(2.0%)、4(2.7%)，CT基因型分别为33(19.3%)、20(19.8%)、32(21.8%)，CC基因型分别为133(77.8%)、79(78.2%)、111(75.5%)，三组间比较差异无统计学意义( F＝0.551， P>0.05)；Lp(a)基因rs10455872位点对照组、CAVD组、CHD组AA基因型分别为171(100%)、99(98.0%)、147(100%)，AG基因型分别为0(0.0%)、2(2.0%)、0(0.0%)，三组间比较差异无统计学意义( P＝0.058)。经logistic回归分析，与对照组相比，CAVD组及CHD组的Lp(a)水平更高，其差异有统计学意义，但未发现Lp(a)基因rs7770628及rs6415084两个位点的基因分布频率的差异有统计学意义( P>0.05)。线性回归结果表明，rs7770628以及rs6415084两个基因位点的基因分布均与Lp(a)水平升高有关。rs10455872位点只有2例SNP基因型为AG，且皆出现于CAVD组。 结论:Lp(a)基因rs7770628、rs6415084位点的基因分布均与Lp(a)的升高有关，Lp(a)高表达与CAVD以及CHD患病具有相关性。

法医SNP系谱推断技术是利用基因组中的高密度 SNP 数据,基于血缘同源片段长度分析等算法,推断远亲缘关系的一种新型侦查技术手段.与传统STR亲缘关系鉴定方法相比,法医SNP系谱推断技术可以分析更远的亲缘关系,且可以在社会公共DNA数据库中进行家族关系搜索,应用场景更为广阔,包括犯罪嫌疑人查找、受害者的身源鉴定、失踪人口寻找等.本文就法医SNP系谱推断技术的遗传学原理、高密度SNP分型技术、常用的推断算法以及在低质量DNA中的应用等方面的研究进展进行阐述,以期为该技术应用时选择合适的检测技术和亲缘关系分析算法提供思路.

高抗性淀粉的稻米有益于改善人类健康并降低与饮食相关的慢性疾病风险.挖掘新的水稻籽粒抗性淀粉相关基因,对揭示水稻籽粒抗性淀粉合成的遗传机理有重要意义,同时可为选育高抗性淀粉水稻新品种提供新的基因资源.本研究以宁夏本地高产粳稻品种宁粳28号和外引粳稻品种JTD,以及构建的126个F,重组自交系(RILs,recombination inbred lines)群体为研究材料,通过全基因组重测序技术构建了一张含有1,856个Bin标记的遗传连锁图谱.该图谱全长1973.86cM,标记间平均遗传距离为1.06 cM.采用CIM区间作图法对水稻群体的抗性淀粉性状进行QTL定位,检测到1个控制抗性淀粉的QTL,位于第7号染色体上,LOD值为4.2,贡献率为9.7％.深入分析获得候选基因Os07g0444000(预测为水稻葡萄糖神经酰胺酶)和Os07g0443500(含有MYB结构域的DNA结合蛋白).研究发现Os07g0444400上SNP15740179和SNP15740207位点的基因型频率在RIL群体高抗性淀粉组和低抗性淀粉组之间存在显著差异.在灌浆过程中,Os07g0443500和Os07g0444000在父本JTD(高抗性淀粉亲本)中的表达量均不同程度的高于母本宁粳28号.由此推测这两个候选基因可能参与水稻籽粒灌浆过程中抗性淀粉的形成.本研究通过挖掘水稻籽粒抗性淀粉QTL位点和相关基因为选育高抗性淀粉水稻新品种提供新的基因资源.

目的:探讨CDKN2B-AS1基因位点rs4977574单核苷酸多态性(SNP)与女性早发冠心病的相关性.方法:采用病例对照研究,连续入选女性早发(<65岁发病)冠心病患者226例(病例组)和同期冠状动脉造影阴性、年龄匹配的女性患者79例(对照组),采用小测序法(SNaPshot技术)检测CDKN2B-AS1基因位点rs4977574多态性,同时测定血浆中总胆固醇(TC)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、甘油三酯(TG)、血尿酸(UA)、空腹血糖(FPG)及糖化血红蛋白(HbA1c)水平,评估rs4977574多态性与上述生物标志物的相关性.结果:与对照组相比,病例组血TG、UA、FPG、HbA1c水平明显升高(P<0.05),校正年龄、体重指数、相关病史及危险因素后,高HbA1c(HbA1c>6.2%)明显增加女性早发冠心病的发生风险(OR=3.35,95%CI:1.41~8.00,P=0.006);rs4977574基因型及等位基因频率在病例组和对照组中分布有显著差异(P<0.05),病例组等位基因G频率明显高于对照组(OR=1.24,95%CI:1.05~1.48,P=0.019).进一步分析发现,rs4977574多态性与高HbA1c相关;与AA基因型受试者相比,(GG+GA)基因型受试者中高HbA1c的发生率明显增加(OR=2.08,95%CI:1.11~3.89,P=0.022).结论:CDKN2B-AS1基因SNP位点rs4977574多态性与女性早发冠心病相关,并与高HbA1c相关.

目的 研究载脂蛋白H(ApoH)基因单核苷酸多态性(SNP)与缺血性脑卒中(ICS)患者颈动脉斑块的相关性.方法 选取上海交通大学医学院附属瑞金医院及上海市闵行区中心医院神经内科住院的ICS中确诊患者,其中ICS伴颈动脉斑块431例(斑块组),不伴颈动脉斑块306例(对照组).采用多重聚合酶链反应(PCR)及基因序列分析技术,对ApoH基因SNP位点(rs8178842、rs6933、rs4791079、rs2873966和rs1801690)进行2个组间基因型及等位基因频率的差异比较,并对相对风险进行评估.结果 经统计分析发现,斑块组的甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、非高密度脂蛋白胆固醇(non-HDL-C)、收缩压和血糖均明显高于对照组(P<0.05).对ApoH基因SNP基因型频率在斑块组与对照组间进行比较分析发现,斑块组rs4791079位点CA、CA/AA基因型频率为15.3%、16.5%,显著高于对照组(8.8%、8.8%),差异具有统计学意义(P=0.008、P=0.022).而斑块组rs1801690位点GC/CC基因型频率(8.8%)显著低于对照组(13.4%),差异具有统计学意义(P=0.049).对ApoH基因SNP等位基因频率在斑块组与对照组间进行比较分析发现,斑块组rs4791079位点A等位基因频率(8.8%)显著高于对照组(4.4%),差异具有统计学意义(P=0.001).似然比分析发现,携带A等位基因者发生斑块的危险性显著增加[比值比(OR)=2.095,95%可信区间(CI)1.333~3.292].斑块组rs1801690位点C等位基因频率(4.4%)显著低于对照组(7.0%),差异具有统计学意义(P=0.030).相对风险度分析发现,携带C等位基因者发生斑块的危险性降低(OR=0.610,95%CI 0.389~0.956).结论 ApoH基因rs4791079位点和rs1801690位点基因多态性与ICS伴颈动脉斑块的发病具有相关性.

目的 探索LDLR基因多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与突聋易感性相关性.方法 采集139份突聋散发病例和139例无耳疾(听力正常)个体血样,检测血清甘油三酯、总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、载脂蛋白A1、载脂蛋白B水平,提取血液基因组DNA,采用荧光多重酶连接反应技术(improved multiplex ligation detection reaction,iMLDR)及ABI 3730XL测序仪对LDLR基因3个SNPs进行分型.比较两组基因型频率和等位基因型频率的差异,并通过构建基因模型,检验SNPs与突聋易感性的关联性;并比较不同基因型突聋患者的血脂水平.结果 突聋组甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平较对照组显著增高,差异具有统计学意义(P＜0.05);突聋组LDLR基因rs5929(Exton10)位点的T等位基因频率(P=0.022＜ 0.05,OR=1.529,95％ CI=1.063-2.198)、rs2738464(Exton18)位点的G等位基因频率(P=0.016＜0.05,OR=1.572,95％ CI=1.088-2.272)和rs1433099(Exton18)位点的T等位基因频率(P =0.015＜0.05,OR=1.578,95％ CI=1.090-2.283)显著高于对照组.LDLR基因rs5929位点rs2738464位点及rs1433099位点与突聋易感性有关联.rs5929、rs2738464和rs1433099位点不同基因型患者的血脂水平无统计学差异(P＞0.05).结论 甘油三酯、总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇水平升高可能是突聋发病的危险因素,LDLR基因第10外显子区rs5929位点及第18外显子区rs2738464、rs1433099位点与突聋易感性相关;rs5929位点T等位基因、rs2738464位点G等位基因、rs1433099位点T等位基因可能是突聋发病的易感基因,提示携带这三种等位基因的个体可能足突聋发病的高危人群.未发现LDLR基因rs5929、rs2738464、rs1433099位点的不同基因型与血脂水平相关.

目的 探究脂肪酸结合蛋白4(FABP4)基因启动子rs77878271多态性与颈动脉粥样硬化的关系.方法 选取2013年10月-2014年9月在河北省人民医院就诊的颈动脉粥样硬化患者580例,采用TaqMan SNP基因分型技术检测rs77878271多态性;采用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测FABP4 mRNA相对表达量,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测FABP4蛋白.rs77878271基因型与颈动脉中层内膜厚度(IMT)的关系分析采用多元线性回归分析,与颈动脉斑块的关系分析采用多因素Logistic回归分析.结果 本组患者中携带TT基因型者占88.6％(514/580)、携带TC基因型者占10.0％ (58/514)、携带CC基因型者占1.4％ (8/58).不同rs77878271基因型患者随访期间心血管事件发生率比较,差异无统计学意义(P＞0.05).不同rs77878271基因型患者男性比例、年龄、吸烟率、肥胖发生率、高血压发生率、糖尿病发生率、使用降压药物者所占比例、使用降糖药物者所占比例、使用降脂药物者所占比例、使用抗栓药物者所占比例及总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白(HDL)、三酰甘油(TG)、空腹血糖(FBG)、空腹胰岛素(INS)、C反应蛋白(CRP)水平比较,差异均无统计学意义(P＞0.05);不同rs77878271基因型患者体质指数(BMI)、IMT、颈动脉斑块者所占比例及低密度脂蛋白(LDL)水平比较,差异均有统计学意义(P＜0.05).多元线性回归分析结果显示,rs77878271基因型与颈动脉粥样硬化患者颈动脉IMT有关(β=0.23,P＜0.05);多因素Logistic回归分析结果显示,rs77878271基因型是颈动脉粥样硬化患者颈动脉斑块的影响因素[OR=3.02,95％CI (1.46,7.97),P＜0.05].TC基因型患者FABP4 mRNA相对表达量和蛋白相对表达量均低于CC基因型患者(P＜0.05).结论 FABP4基因启动子rs77878271多态性与颈动脉粥样硬化程度有关.

目的 探究FOXO1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)与2型糖尿病肾病(type 2 diabetic nephropathy,T2DN)之间的相关性.方法 应用病例-对照研究方法,选取资料完整的654例中国汉族2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)患者,将其分为2型糖尿病合并肾病组(260例)和T2DM无肾病组(394例).利用Hapmap数据库选取FOXO1基因的6个标签SNP.应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)技术,对6个标签SNP进行测定,同时也对研究对象的临床特点进行评估.利用多因素降维法(multifactor dimensionality reduction,MDR)分析SNP与这些临床因素的交互作用.结果 在调整年龄、性别、糖尿病(diabetes mellitus,DM)病程、体重指数(body mass index,BMI)、HbA1C、三酰甘油(triglycerides,TG)、总胆固醇(total cholesterol,TC)、高密度脂蛋白胆固醇(high-density lipoprotein-cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(low-density lipoprotein-cholesterol,LDL-C)、高血压史、DM家族史、吸烟、饮酒等因素后,FOXO1基因rs17446614位点突变基因型携带者罹患T2DN的风险显著增加;rs17446593位点突变基因型携带者则罹患T2DN的风险显著降低.进一步的危险因素分层分析显示,FOXO1基因rs17446614位点突变基因型携带者罹患T2DN的风险增加与患者的性别、有无高血压及血清胆固醇水平无关;同时在年龄>60岁、BMI>24 kg/m2、LDL-C≤3.5 mmol/L或者有DM家族史的人群中,罹患T2DN的风险显著增加;rs2721068位点突变基因型携带者在年龄≤60岁、无DM家族史的人群中可显著降低T2DN的发病风险;rs2951787位点突变基因型携带者在DM病程>10年、有DM家族史的人群中可显著增加T2DN的发病风险;rs17592236位点突变基因型携者在男性或TC>5 mmol/L的人群中可显著增加T2DN的发病风险;rs17446593位点突变基因型携带者在男性、DM病程>10年、BMI≥24 kg/m2的人群中可显著降低T2DN的发病风险.rs17446614、DM病程、高血压史和TC在T2DN发生中具有交互作用(P>0.01).结论 FOXO1基因rs17446614位点、rs2721068位点、rs2951787位点、rs17592236位点、rs17446593位点的SNP可能与T2DM患者罹患T2DN的风险相关.

目的 探讨沉默信息调节因子1(SIRT1)基因rs12778366位点和载脂蛋白C3(APOC3)基因rs2854116位点单核苷酸多态性(SNP)与非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)发病易感性的关系.方法 数据源于2015年苏州市相城区医院体检人群,共收集病例560人,根据B超结果,筛选纳入NAFLD病例132例,随机选取正常对照人群252例,采集血液样本,分析总胆固醇、甘油三酯、高密度脂蛋白胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、空腹血糖、丙氨酸氨基转移酶、天门冬氨酸氨基转移酶和血尿酸的血生化指标,及身高、体重、腰围、臀围、血压一般指标,全血中提取DNA,采用聚合酶链反应(PCR)、MassARRAY时间飞行质谱技术分析SIRTl rs12778366和APOC3rs2854116位点基因型.结果 SIRTl rs12778366位点TC +CC基因型携带者相对于TT基因型携带者,发生NAFLD的OR=1.126(95％ CI0.673 ～1.886),P＞0.05.与APOC3 rs2854116位点CC基因型携带者相比较,TC+TT基因型携带者发生NAFLD的OR=1.044(95％ CI0.601～1.814),P＞0.05.校正性别、年龄、体质指数的混杂因素后OR均无明显改变(P＞0.05).多因素Logistic回归分析显示:甘油三酯、体质指数、空腹血糖、腰围和尿酸是NAFLD发病可能的独立危险因素(P＜0.05),而SIRTl rs12778366和APOC3 rs2854116位点基因多态性与NAFLD的发病风险无明显关联.结论 SIRT1 rs12778366和APOC3 rs2854116位点基因多态性与NAFLD的发生无明显相关性,均不会影响NAFLD的发病风险.

目的 探讨脂蛋白相关磷脂酶A2(Lp-PLA2)基因多态性与急性心肌梗死(AMI)易感性之间的关系.方法 选取2017年1月~2018年2月于西安交通大学医学院第一附属医院住院的AMI患者176例(AMI组)以及健康体检志愿者191例(对照组),采集受试者血清标本,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测Lp-PLA2基因rs1805017、rs16874954、rs1051931位点单核苷酸多态性(SNP);采用Logistic回归分析Lp-PLA2基因突变与AMI易感性的相关性.结果 rs1805017位点检测到GG、GA、AA三种基因型;rs16874954位点检测到CC、AC两种基因型;rs1051931位点检测到AA、AC、CC三种基因型;AMI组rs1805017位点AA基因型以及rs16874954位点CC基因分布频率相对对照组更高(P＜0.05).rs1805017位点GA+AA基因型患者三酰甘油(TG)水平高于GG基因型患者,而高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平明显低于GG基因型患者(P＜0.05);rs16874954位点AC基因型患者TG水平明显高于CC基因型患者(P＜0.05);其余血脂水平在不同基因型患者之间并无统计学差异(P＞0.05).经单因素二元Logisitic回归分析,rs1805017(OR＝0.788,95%CI:0.713～0.923,P＜0.05)、rs16874954(OR＝0.923,95%CI:0.859～0.983,P＜0.05)位点SNP与AMI密切相关.多因素回归分析结果表明rs1805017位点多态性与AMI发病独立相关(OR＝0.839,95%CI:0.804～0.975,P＜0.05).结论本研究人群Lp-PLA2基因rs1805017、rs16874954多态性位点与急性心肌梗死的发生有关,而rs1051931位点SNP与AMI的发生可能无直接相关性.