目的:探讨第三代测序技术在染色体微重复相关ATR-X综合征家系胚胎植入前遗传学检测中的临床应用价值。方法:2022年10月就诊于江西省妇幼保健院辅助生殖中心的1例生育过疑似ATR-X综合征患儿的家系为研究对象。染色体拷贝数变异测序（copy number variation sequencing，CNV-Seq）检测女方携带Xq21.1区域550 kb临床意义不明确的杂合微重复，该重复累及 ATRX基因部分序列。采用第三代长读长测序技术对女方基因组序列进行检测，确定上述重复插入基因组的物理位置，明确该重复的致病性，并获得与上述微重复连锁遗传的单核苷酸多态性位点（single nucleotide polymorphism，SNP）单倍型。夫妻双方签署知情同意书后行胚胎植入前遗传学检测（preimplantation genetic testing，PGT）助孕。挑选1枚不携带致病性微重复的整倍体胚胎移植，于孕中期羊水穿刺后进行产前诊断，验证是否与PGT结果一致，跟踪随访胎儿出生后情况。 结果:第三代长读长测序及Sanger测序验证结果显示，女方携带的Xq21.1微重复插入至基因组chrX：76804463-76804464（GRCh37/hg19），为 ATRX基因内串联重复，预测可能导致ATRX蛋白正常功能受损。该家系经PGT治疗，获得27枚卵子，卵胞质内单精子注射（intracytoplasmic sperm injection，ICSI）受精后成功养成13枚囊胚。囊胚活检细胞经遗传学检测显示，2枚胚胎为不携带上述致病微重复的整倍体胚胎。冻融胚胎移植1枚正常胚胎，成功妊娠，孕17周羊水穿刺检测结果未见异常，2023年11月孕39 +5周顺产娩一女活婴，体健。 结论:第三代测序技术凭借其长读长的特点，对临床意义不明确微重复进行PGT检测时有显著优势，不仅能够明确微重复插入基因组的位置，判断其致病性，还能够获得与目标变异连锁遗传的SNP单倍型，为后续胚胎检测做准备。

目的:对比分析小脑幕上胶质肉瘤与胶质母细胞瘤的临床特点。方法:回顾性分析华中科技大学同济医学院附属同济医院神经外科2011年4月至2018年9月收治的12例小脑幕上胶质肉瘤患者(胶质肉瘤组)和63例小脑幕上胶质母细胞瘤患者(胶质母细胞瘤组)的临床资料。两组患者均采用开颅肿瘤切除术，术后均行病理学检查。比较两组患者的一般资料、影像学及病理学资料。结果:两组的年龄和性别的差异均无统计学意义(均 P>0.05)。两组的肿瘤位置、体积、强化形式、瘤周水肿程度及瘤内囊变坏死间的差异均无统计学意义(均 P>0.05)，但胶质肉瘤组侵犯硬膜的占比高于胶质母细胞瘤组(分别为8/12、16/63， P<0.05)。胶质肉瘤组组织学上表现为典型的胶质瘤成分和间叶组织成分，其中胶质瘤成分的染色情况基本同胶质母细胞瘤组，肉瘤成分特异性表达网状纤维。两组在异柠檬酸脱氢酶1/2突变、1p杂合性缺失、19q杂合性缺失、1p/19q联合缺失、α地中海贫血伴精神发育迟滞综合征(ATRX)的致病基因突变、 p53突变及表皮生长因子受体活化突变间的差异均无统计学意义(均 P>0.05)，但胶质肉瘤组的Ki-67值高于胶质母细胞瘤组[分别为(32.3±14.2)%、(20.5±9.7)%， P<0.001]，且胶质肉瘤组发生 TERT启动子区突变的占比高于胶质母细胞瘤组(分别为6/8、8/37， P<0.05)，而发生 MGMT启动子区甲基化的占比低于胶质母细胞瘤组(分别为1/8、20/37， P<0.05)。两组在肿瘤切除程度方面的差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:胶质肉瘤与胶质母细胞瘤的影像学表现无明显差异，但胶质肉瘤易侵犯硬膜、Ki-67值较高、易发生 TERT启动子区突变、但不易发生 MGMT启动子区甲基化，其中的肉瘤成分特异性表达网状纤维。

目的:探讨双侧丘脑胶质瘤的临床特点、治疗及预后。方法:回顾性分析2015年1月至2019年12月解放军总医院第六医学中心神经外科通过立体定向活组织检查术明确病理诊断的18例双侧丘脑胶质瘤患者的临床资料。以门诊复查和电话回访的方式随访患者的后续治疗、生存状况及生存期。结果:18例患者的中位年龄为35.5岁(3岁4个月至68岁)，成人15例，儿童3例；男、女患者的比例为1.25 ∶1.00。首发症状表现为颅内压增高症状者4例，嗜睡3例，复视3例，癫痫发作3例，眼睑下垂2例，听力下降1例，肢体无力1例，流涎1例。18例患者均明确病理诊断，其中异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型弥漫性星形细胞瘤10例，IDH野生型间变性星形细胞瘤2例，H3 K27M突变型弥漫性中线胶质瘤6例；13例存在表皮生长因子受体阳性，Ki-67标记指数为3%～20%，无一例发生IDH1和α地中海贫血伴智力低下综合征X连锁(ATRX)基因突变。18例患者术后的中位随访时间为10个月(6周至21个月)。明确诊断后行放疗1例，替莫唑胺化疗2例，同步放化疗15例；9例肿瘤继发脑积水，其中5例患者行脑室-腹腔分流术。至末次随访，16例患者死亡，2例存活，16例患者的中位生存期为13个月(6周至21个月)。结论:双侧丘脑胶质瘤常见于成人，临床症状多不典型，且多继发脑积水，明确诊断后可给予放化疗及脑室-腹腔分流术等综合治疗，但该病总体预后较差。

目的:探讨发生于中枢神经系统的尤因肉瘤的临床病理学特征、病理诊断。方法:收集南京医科大学第一附属医院2015—2022年间收治的经病理确诊的发生于中枢神经系统的尤因肉瘤6例，对其临床表现、组织学形态、免疫表型及分子遗传学改变进行分析总结，并复习相关文献。结果:6例患者中男性4例，女性2例，男女比例2∶1，发病年龄17~40岁，中位年龄23岁，6例均位于脊柱椎管内（颈椎2例、胸椎1例、腰椎2例、骶椎1例），临床表现多为腰痛、肢体乏力麻木疼痛，其中1例术后肿瘤复发转移至鞍上区及第三脑室内。镜下观察：肿瘤呈弥漫浸润性生长，部分病例肿瘤与脊膜关系密切，肿瘤细胞排列呈片状、小叶状、细条索、巢团结构，可见Homer-Wright菊形团；肿瘤细胞小至中等大，大多数细胞胞质稀少，少数细胞胞质透亮，部分区域肿瘤细胞呈横纹肌样，细胞核形规则，局灶轻度多形性，染色质均匀细腻，核仁不明显，核分裂象易见；肿瘤间质见宽窄不等的纤维结缔组织分隔，可伴黏液变性。免疫组织化学：肿瘤细胞均表达CD99、NKX2.2、Fli1、ERG；H3K27me3、ATRX、INI1、BRG1均保留；不表达上皮细胞膜抗原、胶质纤维酸性蛋白、少突胶质细胞转录因子2等；Ki-67阳性指数30%~70%。荧光原位杂交检测均存在EWSR1基因断裂重组。结论:尤因肉瘤发生在中枢神经系统部位少见，需与多种具有原始未分化小细胞形态的肿瘤鉴别，确诊需结合免疫组织化学及特征性的分子遗传学证据。

原发性颅内DICER1突变型肉瘤（primary intracranial sarcoma，DICER1-mutant）是一种罕见的中枢神经系统肉瘤，其特征为组织学伴横纹肌细胞分化的肿瘤。本文报道1例本院确诊儿童病例，患儿为8岁男性，肿瘤细胞呈束状、旋涡状、人字交叉排列，瘤细胞梭形、短梭形或卵圆形，胞质嗜酸性，部分似横纹肌母细胞形态。免疫表型：肿瘤细胞CD99、波形蛋白、INI1阳性，Ki-67阳性指数70%；广谱细胞角蛋白、胶质纤维酸性蛋白、CD34、S-100蛋白、平滑肌肌动蛋白、结蛋白、NKX2.2、WT1、cyclin D1、SATB2、广谱酪氨酸激酶、ATRX均为阴性表达。中枢神经系统肿瘤相关基因中级套餐二代测序检测：DICER1基因点突变。该肿瘤确诊依赖病理检查，形态学及分子检测DICER1突变有助于其诊断及鉴别诊断。

目的:探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因及分子标志物。方法:收集2017—2018年间31例在中国医学科学院肿瘤医院采用根治性同期放化疗的局部晚期食管鳞癌患者治疗前外周血并提取血浆Cf DNA，采用基于NovaSeq6000高通量测序平台的目标基因捕获测序技术检测靶基因与肿瘤突变负荷(TMB)变化。根据放化疗近期疗效将患者分为放化疗敏感组(CR+PR)和放化疗抗拒组(SD+PD)，综合生物信息学和临床资料分析两组间的基因突变和TMB差异。结果:31例患者测序数据中突变频率>10%的肿瘤相关基因为Tp53、NOTCH1、BRAF、FGFR4、CDKN2A、ATRX和AXIN2，他们在放化疗敏感组和放化疗抗拒组均有分布且相近。高频突变基因主要与7条信号通路相关，主要涉及凋亡信号通路和细胞周期信号通路等，它们主要参与的是RTK-RAS信号通路。放化疗敏感组患者TMB值高于放化疗抵抗组( P＝0.04)，但GXYLT1和KRT18基因在放化疗抵抗组患者的突变率高于放化疗敏感组( P<0.05)。 结论:Tp53、NOTCH1和CDKN2A可能是与食管鳞癌发生发展相关的高频突变基因，而KRT18、GXYLT1和TMB与局部晚期食管鳞癌患者同期放化疗敏感性密切相关。

目的:探讨骨肉瘤基因突变的分布和特点，并对突变位点的频率和类型进行分析，寻找骨肉瘤个体化治疗的潜在靶点。方法:收集北京积水潭医院2018年11月至2021年12月接受手术切除或活检并进行二代测序检测的64例骨肉瘤的新鲜组织或石蜡包埋组织标本，提取DNA通过靶向测序技术检测肿瘤组织的体细胞突变及胚系突变基因变异情况，结合患者的临床病理特征进行分析。结果:64例患者中，男性41例，女性23例，发病年龄6~65岁，中位年龄17岁，其中儿童（18岁以下）36例，成人28例。骨肉瘤组织学亚型包括普通型骨肉瘤52例、毛细血管扩张型骨肉瘤3例，继发性骨肉瘤7例，骨旁骨肉瘤2例。基因突变的检出率为84.4%（54/64），共检测出180个突变基因中存在324个变异信息，包括拷贝数变异125个，点突变109个，插入或缺失83个，基因融合7个。最常见的突变基因为TP53、VEGFA、CCND3、ATRX、MYC、RB1、PTEN、GLI1、CDK4及PTPRD。其中TP53的突变比例最高（21/64，32.8%），点突变是其主要变异类型（14/23，60.9%），并有2例携带TP53胚系突变基因。VEGFA和CCND3在7例患者中同时出现拷贝数扩增。结论:TP53的高频突变提示其在骨肉瘤的发生发展中起着重要作用，VEGFA、CCND3及ATRX等是值得进一步研究的骨肉瘤突变基因，结合临床可为难治或复发转移患者提供个体化治疗依据。

目的:探讨血清甲胎蛋白（AFP）升高伴肠母细胞分化胃腺癌（GAED）患者的免疫表型和分子生物学特征。方法:收集2018—2020年山西省肿瘤医院收治的13例血清AFP升高且伴有GAED患者的临床病理资料，应用免疫组织化学（IHC）及二代测序方法对13例血清AFP升高伴GAED患者的病理组织进行免疫标志物和分子生物学特征分析，生存分析采用Kaplan-Meier法和Log rank检验。结果:13例GAED患者中，男12例，女1例，年龄41～70岁，中位年龄64岁，病灶位置以胃窦部（5例）、胃体部（4例）为主。IHC显示可表达瘤胚胎蛋白（AFP、SALL4、GPC3）、肠上皮分化蛋白（CDX-2、CD10）和一些原始肠上皮表型标志物（OCT3/4、Claudin6），联合应用多种标志物诊断可降低漏诊率。13例患者中，12例存在至少1个基因突变（1个基因突变：1例，2～5个基因突变：3例，6～15个基因突变：8例），1例未检测到突变。突变频率最高的基因是TP53（10例），其他突变基因包括EPHB1（3例）、ATRX（2例）、EPHA5（2例）、GATA3（2例）、LRP1B（2例）和MAP2K4（2例）。13例患者中3例存在基因结构变异，分别为C14orf177-GNAS、AIM1-FGFR3、EPHA6-ROS1基因重排。13例患者均存在拷贝数变异，11例患者存在2个以上基因的拷贝数变异。常见的扩增基因为IRS2（5例）、PTEN（5例）、GNAS（4例）、CCNE1（3例）、CEBPA（3例）、PCK1（3例）、ERBB2（2例），常见的缺失基因为SOX2（5例）、MYC（5例）。13例患者中，死亡4例，死亡患者中有2例出现肝转移；无病生存患者4例，5例患者病情进展，其中3例出现腹腔转移，2例出现肝转移。血清AFP升高伴GAED患者3年生存率为65.9%，3年无进展生存率为30.7%。基因LRP1B点突变与预后不良有关（ P＜0.001）。行免疫治疗较单纯化疗的患者预后无明显改善（ P=0.595），但进行术后化疗或术后化疗加免疫治疗较只进行手术患者预后好（均 P＜0.05）。 结论:血清AFP升高伴GAED是一种具有高度侵袭性的肿瘤，有独特的分子特征，往往同时伴有多个分子事件，TP53突变是其最常见的基因突变类型，此外，部分患者伴有人表皮生长因子受体2扩增和基因重排。

目的:探讨KRAS基因突变的毛细胞星形细胞瘤的临床病理学特征。方法:回顾性分析2例KRAS基因突变的毛细胞星形细胞瘤，包括组织学形态、免疫组织化学染色、BRAF荧光原位杂交（FISH）、二代测序、DNA甲基化谱聚类分析结果，并复习相关文献。结果:2例患者均为女性，年龄分别为15岁和30岁。例1病变位于左侧岛叶，例2位于左侧脑室前角旁。2例均可见毛细胞星形细胞瘤形态，其中1例部分区表现为毛黏液样星形细胞瘤形态。肿瘤细胞均表达胶质纤维酸性蛋白、Olig2、ATRX，不表达BRAF（VE1）、CD34、IDH1、p53、NeuN，Ki-67阳性指数1%~3%。基因突变检查未检出BRAF p.V600E、IDH1/2和TERT基因启动子热点突变。FISH检查未检出BRAF基因易位。2例行二代测序均检出KRAS第3号外显子p.Q61K错义突变并经Sanger测序证实。DNA甲基化聚类分析将例2归入幕上毛细胞星形细胞瘤。结论:KRAS基因突变的毛细胞星形细胞瘤极为罕见，常发生于幕上。在形态学考虑毛细胞星形细胞瘤但是未检出BRAF基因突变和易位时不能轻易排除毛细胞星形细胞瘤的可能。二代测序和DNA甲基化谱分析有助于诊断。

高级别胃肠胰神经内分泌肿瘤（HG-GEP-NEN）是一种罕见但预后很差，且是一种未被充分研究的肿瘤类型。包括分化良好的神经内分泌瘤（NET G3）以及分化差的神经内分癌（NEC）。NET G3的预后优于NEC，但对于铂类为基础的化疗敏感性不如NEC。HG GEP-NEC的治疗参考小细胞肺癌的治疗。目前，对于HG GEP-NEN的分类、治疗和预后的分子标志物普遍缺乏。经过病理重新评估，该研究分析了181例HG-GEP-NEN患者的肿瘤DNA和匹配的血液样本，其中152例NEC和29例NET G3。根据对360个癌症相关基因的测序，评估突变和拷贝数变化，NEC中高频突变基因为TP53（64%）、APC（28%）、KRAS（22%）和BRAF（20%）。RB1只有14%发生突变，但有34%的拷贝数变化影响RB1。其他高频拷贝数缺失为ARID1A（35%）、ESR1（25%）和ATM（31%），其中出现高频拷贝数扩增/增加的两个基因为MYC（51%）和KDM5A（45%）。虽然这些分子特征与小细胞肺癌（SCLC）的相似性有限，但在66%的NEC样本中发现了潜在的靶向性改变。突变和拷贝数变化因原发肿瘤部位的不同而不同，BRAF突变主要见于结肠（49%），FBXW7突变主要见于直肠癌（25%）。152例NEC中有8例（5.3%）为微卫星不稳定（MSI）。NET G3中高频突变常见于MEN1（21%）、ATRX（17%）、DAXX（14%）、SETD2（14%）和TP53（14%）。此外该研究还发现HG-GEP-NEN的分子差异与形态分化和起源部位有关。总之其分子水平与小细胞肺癌的相似之处有限，但高比例的靶向性改变表明，个体化治疗的潜力很大。