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长链非编码RNA CRNDE对胶质瘤干细胞特性改变的影响及其机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨长链非编码RNA CRNDE对胶质瘤干细胞特性改变的影响及其机制。方法:应用免疫磁珠法从人胶质瘤细胞系U251中分离出CD133 +U251干细胞(U251s)。将实验细胞分为U251s组、U251s-CRNDE组及U251组、U251-CRNDE组,其中U251s-CRNDE组、U251-CRNDE组细胞预先用CRNDE短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体转染以下调CRNDE的表达。应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测各组细胞中 CRNDE mRNA的表达水平,应用细胞计数试剂(CCK)-8法检测各组细胞的增殖变化,应用Transwell小室实验检测各组细胞的侵袭能力,应用划痕实验检测各组细胞的迁移能力,应用平板克隆实验检测各组细胞的克隆形成能力,应用流式细胞术检测各组细胞的周期改变,应用Western blotting法检测U251s组、U251s-CRNDE组细胞中干细胞标志蛋白A2B5、CD133、巢蛋白、Sox2、Oct-4、Nanog以及磷脂酰肌醇激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)-雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路关键蛋白PI3K、AKT、磷酸化(p)-AKT、mTOR蛋白的表达水平。 结果:与U251组相比,U251s组细胞中 CRNDE mRNA的表达水平明显升高,差异有统计学意义( P<0.05)。U251s-CRNDE组与U251s组细胞相比,U251-CRNDE组与U251组细胞相比,前者的细胞增殖率、穿膜细胞数量、细胞迁移率、细胞集落形成数目、G2/M期细胞比例明显降低,G1/G0期细胞比例明显升高,差异均有统计学意义( P<0.05)。与U251s组相比,U251s-CRNDE组细胞中CD133、巢蛋白、Sox2、Oct-4及PI3K、AKT、p-AKT、mTOR蛋白的表达水平明显降低,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:CRNDE在胶质瘤干细胞中表达增高,而下调CRNDE的表达后可以抑制胶质瘤干细胞的特性,且这种影响与PI3K-AKT-mTOR信号通路的调控有关。
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编辑人员丨4天前
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CRNDE靶向微RNA-212-5p基因对骨关节炎软骨细胞增殖、凋亡及炎症因子分泌的影响
编辑人员丨4天前
探讨CRNDE对白细胞介素1β(IL-1β)诱导的软骨增殖、凋亡和炎性因子表达的影响及可能机制。研究发现,与对照组比较,骨关节炎组患者软骨组织中CRNDE表达升高,而miR-212-5p表达降低。下调CRNDE可靶向负调控miR-212-5p提高IL-1β诱导的软骨细胞增殖,并降低细胞凋亡和炎性因子表达,CRNDE/miR-212-5p轴可能为骨关节炎的治疗提供了新靶点。
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编辑人员丨4天前
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长链非编码RNA结直肠肿瘤差异表达基因微RNA-181a-5p和自噬相关蛋白5在原发性痛风性关节炎中的表达及临床意义
编辑人员丨4天前
目的:探索长链非编码RNA(lncRNA)结直肠肿瘤差异表达基因(CRNDE)、微RNA-181a-5p(miR-181a-5p)、自噬相关蛋白5(ATG5)在原发性痛风性关节炎(GA)患者外周血中的表达及临床意义。方法:收集80例GA患者[急性期痛风(AG)、间歇期痛风(IG)各40例]和50名健康体检者(HC)临床资料、实验室检查指标及外周血标本。采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测lncRNA CRNDE、miR-181a-5p、ATG5 mRNA表达水平;蛋白质印迹法检测ATG5蛋白表达水平。比较3组间lncRNA CRNDE、miR-181a-5p、ATG5 mRNA表达量并与临床指标做相关性分析,构建受试者工作特征曲线(ROC)评估lncRNA CRNDE、miR-181a-5p、ATG5 mRNA在痛风诊断中的价值。符合正态分布的计量资料使用 t检验或方差分析,非正态分布用Mann-Whitney U检验或Kruskal-Wallis H检验,变量间的相关分析采用Spearman分析,各指标的诊断价值采用ROC曲线。 结果:①LncRNA CRNDE、miR-181a-5p、ATG5 mRNA在3组间表达差异均有统计学意义( H=32.12、57.73、68.32, P均<0.001)。其中,lncRNA CRNDE表达水平在AG组明显高于IG组和健康对照组[61.95(11.39,108.30)×10 -3,25.71(15.40,38.40)×10 -3,13.80(3.97,23.99)×10 -3; Z=-3.24, P=0.001; Z=-5.03, P<0.001],且在IG组的表达水平高于健康对照组( Z=-3.56, P<0.001);miR-181a-5p、ATG5 mRNA表达水平在AG组明显低于IG组及健康对照组[miR-181a-5p:39.81(31.22,69.38)×10 -3,60.74(44.19,90.35)×10 -3,121.30(101.50,316.90)×10 -3; Z=-3.01, P=0.030; Z=-6.93, P<0.001。ATG5 mRNA:4.52(2.31,26.63)×10 -3,43.63(13.72,102.70)×10 -3,153.90(66.62,365.80)×10 -3; Z=-5.47、-7.36, P均<0.001)],在IG组的表达水平低于健康对照组( Z=-5.25、-4.47, P均<0.001)。ATG5蛋白表达水平在3组间表达的差异有统计学意义( F=6.24, P=0.030),AG组高于健康对照组,差异有统计学意义[(0.96±0.13)与(0.61±0.04), t=4.25, P=0.013],但IG组(0.78±0.15)与AG组( t=1.51, P=0.206)、HC组( t=1.85, P=0.138)差异无统计学意义。②Spearman相关性分析显示,在GA组中lncRNA CRNDE与miR-181a-5p、ATG5 mRNA的表达水平呈负相关( r=-0.49, P<0.001; r=-0.35, P=0.002);miR-181a-5p与ATG5 mRNA表达水平在呈正相关( r=0.64, P<0.001);lncRNA CRNDE表达水平与ESR、WBC呈正相关( r=0.49, P<0.001; r=0.43, P=0.001);miR-181a-5p表达水平与ESR、WBC呈负相关( r=-0.29, P=0.009; r=-0.35, P=0.002);ATG5 mRNA表达水平与ESR、WBC、中性粒细胞绝对值(GR)呈负相关( r=-0.26, P=0.021; r=-0.26, P=0.024; r=-0.27, P=0.021)。在AG组中lncRNA CRNDE与ESR、WBC呈正相关( r=0.36, P=0.022; r=0.36, P=0.026),miR-181a-5p与WBC呈负相关( r=-0.34, P=0.038)。③ROC曲线显示:lncRNA CRNDE、miR-181a-5p、ATG5 mRNA表达水平预测痛风的ROC曲线下面积分别为0.764、0.875、0.864;三者联合预测痛风的ROC曲线下面积为0.928。 结论:LncRNA CRNDE、miR-181a-5p、ATG5可能参与了GA的发病机制,并且有望成为监测痛风发病的生物学指标。
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编辑人员丨4天前
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基于转录组构建n7-甲基鸟苷相关长链非编码RNA的胶质瘤预后模型
编辑人员丨4天前
目的:探讨n7-甲基鸟苷(m7G)相关长链非编码RNA(lncRNA)的表达与胶质瘤预后的关系,并建立m7G相关lncRNA评估胶质瘤患者预后的模型。方法:从癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库和中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库下载测试集和验证集相关数据。对数据进行LASSO回归分析和随机森林算法,建立与m7G相关lncRNA胶质瘤预后模型。利用提取后的12个lncRNA系数加权表达水平计算出个体化的风险评分,根据中位风险评分将测试集和验证集胶质瘤患者分为高风险组和低风险组。绘制Kaplan-Meier生存曲线,比较采用log-rank检验。绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估风险评分预测胶质瘤患者1、3和5年生存率的效能。结果:共获得12个与m7G相关的lncRNA,风险评分= 1.026 × AC002454.1 + 1.086 × AC131097.4 + 1.039 × AC147651.3 + 1.01 × AGAP2-AS1 + 1.036 × CRNDE + 0.733 × GDNF-AS1 + 1.321 × HOXD-AS2 + 0.934 × LINC00641 + 1.183 × PAXIP1-AS2 + 1.258 × PVT1 + 0.909 × SOX21-AS1 + 0.754 × TTC28-AS1,中位风险评分为- 0.45分。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,高风险组中位生存时间明显短于低风险组(1.98年比9.51年,log-rank χ2 = 131.78, P<0.01)。ROC曲线分析结果显示,风险评分预测胶质瘤患者1、3和5年生存率的曲线下面积(AUC)分别为0.891、0.923和0.912。验证集胶质瘤患者Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,高风险组中位生存时间明显短于低风险组(1.29年比6.88年,log-rank χ2 = 103.27, P<0.01);ROC曲线分析结果显示,风险评分预测1、3和5年生存率的AUC分别为0.724、0.795和0.762。测试集和验证集多因素Cox回归分析结果显示,风险评分均是影响胶质瘤患者预后的独立危险因素( HR = 1.992和1.247, P<0.01或<0.05)。 结论:基于转录组构建的m7G相关lncRNA的风险评分模型是预测胶质瘤患者预后的一种新方法。
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编辑人员丨4天前
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长链非编码RNA Crnde通过调节Wnt/β-连环蛋白信号通路影响小鼠成骨细胞增殖的研究
编辑人员丨4天前
目的:观察长链非编码RNA Crnde通过调节Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)信号通路对小鼠成骨细胞增殖的影响。方法:培养MC3T3-E1成骨细胞,随后诱导分化3周,实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测Crnde表达,应用CRISPR-Cas9方法构建Crnde基因敲除小鼠模型,同时以野生型小鼠作为对照,分为Crnde基因敲除小鼠组( n=25)和野生型小鼠组( n=25),小鼠处死前12 h腹腔注射BrdU进行染色观察成骨细胞增殖,检测血清1型前胶原N末端(P1NP)和Ⅰ型胶原羧基端交联肽(CTX-Ⅰ)表达,蛋白质印迹法(Western blot)检测骨组织Wnt和β-catenin蛋白表达,原位缺口末端标记法(TUNEL)染色检测细胞凋亡情况,分别运用Osteomeasure系统和MicroCT分析进行骨组织形态计量分析,双荧光素酶报告基因验证Crnde与Wnt蛋白的靶向调节关系。组间比较采用 t检验。 结果:成骨细胞分化过程Crnde表达情况为在诱导的3周时间内,随着时间延长,Crnde表达明显增加,在第3周表达最高( P>0.05);Wnt和β-catenin在Crnde -/-小鼠和正常小鼠中表达情况中,蛋白质印迹法(Western blot)结果显示,Crnde -/-组中Wnt和β-catenin蛋白表达低于WT小鼠组( P<0.05);BrdU免疫荧光染色结果显示,正常对照组小鼠胫骨存在大量BrdU阳性细胞,而Crnde -/-小鼠细胞显著减少;TUNEL染色显示正常对照组小鼠与Crnde -/-小鼠小鼠凋亡成骨细胞数量差异无统计学意义( P>0.05);μCT和Osteomeasure系统结果显示,椎骨的组织形态分析BV/TV,WT组[(19.43±1.53)%],Crnde -/-组[(20.14±1.56)%],Crnde -/-鼠的小梁和皮质骨均显示出低骨量表型,Crnde -/-小鼠的骨形成参数均与野生型小鼠差异有统计学意义( P<0.05);Crnde -/-小鼠血清P1NP和CTX-I分别为(15.62±1.23) μg/L和(12.36±1.12) μg/L,WT小鼠血清P1NP和CTX-I分别为(22.81±1.56) μg/L和16.21±1.21) μg/L,Crnde -/-小鼠组均比WT小鼠组明显下降( P<0.05);双荧光素酶报告基因检测结果显示Crnde模拟物显著降低了野生型组荧光素酶活性( P<0.05),而对突变组荧光素酶活性基本无影响( P>0.05)。 结论:Crnde通过Wnt/β-catenin信号传导调节骨形成。
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编辑人员丨4天前
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前列腺癌多组学基因筛选及分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨与前列腺癌发生进展有关的核心基因及其调控网络。方法:获取2018年11月1日至2018年12月31日在癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载的495例前列腺癌和52例对照样本的基因表达数据、498例前列腺癌和50例对照样本的甲基化芯片数据、494例前列腺癌和52例对照样本的miRNA表达谱数据,核对及更新于2020年12月1日至2020年12月30日,整合NCBI-gene和OMIM上的前列腺癌相关基因,构建前列腺癌致病基因表达谱矩阵,包括编码蛋白基因、非编码基因及甲基化基因,并进行差异分析、共表达网络及pivot分析。结果:共筛选出1 083个差异表达的蛋白编码基因,筛选出149个差异lncRNA。挖掘到9个模块,与前列腺癌最相关的模块是棕色和青绿色模块(均 P<0.001)。青绿色模块可以将样本分成两个聚类,两个聚类中的前列腺癌样本数比较,差异有统计学意义(163例vs. 332例, P<0.05)。富集分析发现青绿色模块基因与细胞黏附、细胞迁移等生物学过程有关,这些基因参与了转化生长因子-β(TGF-β)、过氧化物酶体增殖剂激活受体(PPAR)信号通路,与是否患病具有相关性( P<0.05)。蛋白质互助分析发现包括溶血磷脂酸受体1(LPAR1)、人腺苷酸环化酶5(ADCY5)等5个前列腺癌差异基因。筛选出651个差异甲基化位点,青绿色模块中有31个基因显著表达,同时也是差异表达基因。筛选出55个差异miRNA,参与这些miRNA的调节因子包括CRNDE、FENDRR、NEAT1和H19。差异转录因子的pivot分子包括KLF5、PGR、TWIST1、TWIST2。 结论:多个差异表达的蛋白编码基因及ncRNAs通过影响细胞迁移、调控转录因子及基因甲基化调控等作用,影响前列腺癌患病及进展,这可为了解前列腺癌机制及潜在治疗靶点提供一定理论基础。
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编辑人员丨4天前
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外泌体长链非编码RNA在胰腺癌诊断中的应用现状与展望
编辑人员丨4天前
胰腺癌发病率逐年升高,早期诊断困难,现有血清标志物难以满足临床需求,需要开发新的诊断标志物。液体活检技术在胰腺癌诊断及疗效评估中具有较好的应用前景,检测分析胰腺癌细胞来源外泌体中特异性分子标志物有助于胰腺癌的诊断及预后评估。目前在外泌体长链非编码RNA(lncRNA)检测应用领域还处于探索阶段。本文针对外泌体lncRNA在胰腺癌诊断中的研究现状与进展进行综述,旨在评价循环外泌体lncRNA检测在胰腺癌诊断中的潜在价值与应用前景。近年研究证实了检测循环外泌体lncRNA用于胰腺癌诊断具有可行性,部分lncRNAs如转移相关肺腺癌转录物(MALAT1)、结直肠肿瘤差异表达基因(CRNDE)、肝癌高表达转录本(HULC)、SOX2重叠转录本(Sox2ot)、AK296146和尿路上皮癌相关基因1(UCA1)等具有成为胰腺癌诊断标志物的潜能,联合检测多种lncRNAs可能具有更高的诊断价值。然而,目标lncRNA的筛选、循环外泌体富集纯化流程的标准化和外泌体lncRNA的检测及定量方法等,尚需进一步探索。
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编辑人员丨4天前
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低表达长链非编码RNA结直肠肿瘤差异表达基因促进人骨肉瘤MG63细胞凋亡并抑制其增殖和侵袭
编辑人员丨4天前
目的:观察长链非编码RNA(lncRNA)结直肠肿瘤差异表达基因(CRNDE)对骨肉瘤细胞增殖、侵袭和凋亡能力的影响。方法:采用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测6种骨肉瘤细胞株(Saos-2、HOS、MG63、143B、U-2OS)及正常骨细胞(hFOB1.19,购自中国北京医学科学院)中lncRNA CRNDE的表达,小干扰RNA(siRNA)技术构建MG63 lncRNA CRNDE低表达株。将lncRNA CRNDE小干扰RNA(lncRNA CRNDE-siRNA、无意义阴性序列(si-NC)分别转染MG63细胞,然后将转染后MG63分为3组,lncRNA CRNDE小干扰RNA(siRNA)组(lncRNA CRNDE-siRNA)、阴性对照组(Control-si)和空白对照组(Control-nc);细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞增殖;膜联蛋白V-异硫氰酸荧光素(Annexin V-FITC)/碘化丙锭(PI)检测细胞凋亡;Transwell法检测细胞迁移能力。细胞增殖结果以及流式细胞法凋亡结果采用重复测量资料的方差分析;细胞迁移检测结果的组间比较采用单因素方差分析,组间两两比较采用LSD- t检验。 结果:与正常骨细胞(1.037±0.025)比较,5种骨肉瘤细胞株的表达量升高,分别为Saos-2(4.034±0.033)、HOS(3.896±0.045)、MG63(5.932±0.045)、143B(2.905±0.030)、U-2OS(5.632±0.015),而骨肉瘤细胞中MG63 lncRNA CRNDE1表达水平最高( F=215.568, P<0.01);RT-qPCR显示,转染后MG63细胞内的lncRNA CRNDE表达明显降低,低表达细胞株构建成功( F=32.535, P<0.01);CCK-8实验结果显示,与阴性对照组(Control-si)和空白对照组(Control-nc)比较,lncRNA CRNDE-siRNA组MG63细胞增殖活力明显受到抑制,24、48、72 h的吸光度( A)值分别为(0.422±0.023)%、(0.402±0.019)%、(0.320±0.021)%( F=48.632, P<0.01)、(0.659±0.032)%、(0.696±0.035)%、(0.409±0.032)%( F=18.110, P<0.05)以及(1.006±0.078)%、(0.982±0.069)%、(0.713±0.030)%( F=27.751, P<0.05);Annexin V-FITC/PI检测结果显示,Control-si、Control-nc和lncRNA CRNDE-siRNA组MG63细胞的凋亡率显著上升,分别为(5.871±0.501)%、(4.231±0.261)%、(14.231±1.591)%( F=119.480, P<0.01);Transwell结果显示,Control-si、Control-nc和lncRNA CRNDE-siRNA组迁移细胞数分别为(85.0±3.2)、(88.0±8.0)、(54.0±1.9)个( F=282.690, P<0.01)。 结论:lncRNA CRNDE在骨肉瘤细胞中高表达,且与癌细胞增殖,凋亡和侵袭高度相关。
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编辑人员丨4天前
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乌司他丁对新生大鼠脓毒症肺损伤缓解作用的研究
编辑人员丨2周前
目的 探讨乌司他丁减轻新生大鼠脓毒症肺损伤的分子作用机制.方法 选取脓毒症诱导肺损伤患儿(脓毒症肺损伤组)及同期出生的健康新生儿(对照组)作为研究对象,采集各组新生儿静脉血备用.将新生SD大鼠随机分为空白对照组(给予等量的0.9%NaCl)、模型组(4 mg·kg-1脂多糖)、乌司他丁组(4 mg·kg-1脂多糖+5×104 U·kg-1乌司他丁),每组12只,在注射24 h内观察大鼠存活情况,24 h后心脏采血后收集肺组织.用实时荧光定量聚合酶链反应法检测血清和肺组织长链非编码RNA(Lnc)CRNDE和miR-29a的表达水平,用酶联免疫吸附试验法检测白细胞介素6(IL-6)水平,用试剂盒法检测活性氧(ROS)水平,用蛋白质印迹法检测血红素氧合酶1(HO-1)的表达水平,用原位荧光杂交实验检测CRNDE和miR-29a的表达水平.结果 对照组和脓毒症肺损伤组患儿血清CRNDE相对表达水平分别为1.00±0.16和0.41±0.09,miR-29a相对表达水平分别为1.00±0.14和1.83±0.25,IL-6表达水平分别为(4.13±0.86)和(12.61±2.57)ng·mL-1,脓毒症肺损伤组的上述指标与对照组比较,在统计学上差异均有统计学意义(均P<0.05).空白对照组、模型组和乌司他丁组的肺损伤评分分别为(0.62±0.24)、(4.96±1.28)和(2.13±0.86)分,ROS 水平分别为(0.93±0.15)、(2.61±0.35)和(1.58±0.23)U·mg-1,HO-1蛋白相对表达水平分别为 1.00±0.17、2.19±0.31 和 1.17±0.16,IL-6水平分别为(46.15±7.62)、(186.77±21.30)和(113.46±14.68)pg·mL-1,CRNDE相对表达水平分别为 1.00±0.12、0.41±0.06 和 0.82±0.13,miR-29a相对表达水平分别为1.00±0.14、2.38±0.21和1.62±0.19.空白对照组的上述指标与模型组比较,乌司他丁组的上述指标与模型组比较,在统计学上差异均有统计学意义(均P<0.05).结论 乌司他丁可能通过CRNDE/miR-29a信号通路缓解新生儿脓毒症肺损伤.
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编辑人员丨2周前
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非小细胞肺癌组织LncRNA CRNDE表达及临床意义
编辑人员丨2024/6/8
目的:分析长链非编码RNA结直肠肿瘤差异表达基因(LncRNA CRNDE)在非小细胞肺癌(NSCLC)组织中的表达及临床病理意义.方法:2020 年2 月至 2023 年 5 月,来自我院的 63 例NSCLC患者被纳入研究.采用实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测肿瘤组织和邻近正常组织中LncRNA CRNDE的表达.利用本研究队列和TCGA队列分析LncRNA CRNDE的临床病理意义和预后价值.结果:RT-qPCR分析显示,LncRNA CRNDE在肿瘤组织中的表达显著高于邻近的正常组织[3.04(0.56,13.04)vs.0.24(0.05,1.99),P<0.001].在受试者工作特征曲线中,LncRNA CRNDE是有能力区分NSCLC肿瘤组织和邻近正常组织的,曲线下面积为0.713(P<0.001),特异度较高,为81.0%.肿瘤组织LncRNA CRNDE在TNM Ⅲ期中表达水平高于Ⅰ~Ⅱ期患者(P =0.001).TCGA数据显示,与邻近的正常组织(n =106)相比,LncRNA CRNDE在NSCLC肿瘤组织(n =1 014)中呈高表达[41.00(24.00,72.00)vs.22.60(10.60,47.70),P<0.001].Ln-cRNA CRNDE高表达与所有患者较短的总生存(OS)时间以及肺鳞癌患者较短的OS时间和首次进展时间有关(P<0.05).多变量生存分析结果也表明,N2/3分期(P =0.004)和LncRNA CRNDE高表达(P =0.010)与NSCLC患者较短的OS时间显著相关.结论:LncRNA CRNDE有希望作为NSCLC的潜在诊断标志物和治疗靶点.
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编辑人员丨2024/6/8