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多巴胺受体D2基因启动子区CpG岛DNA甲基化与持续性姿势-知觉性头晕的关系分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨多巴胺受体D2( DRD2)基因启动子区CpG岛DNA甲基化水平与持续性姿势-知觉性头晕(PPPD)发病的关系。 方法:对自2017年1月至6月在烟台市烟台山医院神经内科确诊的43例PPPD患者(试验组)于收治时采集血样,对同期收治的未予选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRI)类或5-羟色胺和去甲肾上腺素再摄取抑制剂(SNRI)类药物治疗的、且随访3个月以上头晕症状未再发而排除PPPD诊断的45例急性前庭外周性眩晕患者(对照组)于随访时采集血样,应用重亚硫酸盐测序法进行 DRD2基因启动子区CpG岛甲基化水平的检测并比较2组间的差异。 结果:试验组 DRD2基因启动子区CpG岛的甲基化阳性率(58.1%)明显高于对照组(15.6%),CpG岛位点甲基化率(0.15±0.18)明显高于对照组(0.04±0.10),差异均有统计学意义( P< 0.05)。 结论:PPPD发病可能与患者 DRD2基因启动子区CpG岛DNA甲基化水平增高有关。
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编辑人员丨4天前
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胶质母细胞瘤骨髓基质细胞抗原2基因的表达及其与非CpG岛DNA甲基化和预后的关系
编辑人员丨4天前
目的:探讨骨髓基质细胞抗原2(BST2)基因在胶质母细胞瘤(GBM)中的表达水平及其与DNA甲基化水平和患者预后的关系。方法:共纳入3组GBM样本[美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库(35例)、基因表达综合(GEO)数据库中GSE22891队列(50例)、中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库(105例)]及非肿瘤对照脑组织(NTB)(TCGA数据库10例、GSE22891队列6例、CGGA数据库5例用于基因表达水平比较,GSE63347队列25例、GSE22891队列4例以及CGGA数据库8例用于甲基化数据比较)。利用公共数据库中GBM基因表达芯片和DNA甲基化芯片数据,通过GBM与NTB间BST2基因表达水平比较、生存分析、生物信息学分析等,获得BST2基因在GBM中的表达状态以及其与非CpG岛DNA甲基化、GBM分子亚型[CpG岛甲基化表型(G-CIMP),非G-CIMP的前神经元型、神经元型、经典型和间质型]、患者总生存(OS)时间以及功能基因表达谱之间的关系。结果:与NTB样本比较,BST2 mRNA在GBM中呈高表达状态(mRNA表达数据采用Z-score标准化)(TCGA数据库比GSE63347队列:-0.97±1.14比-2.32±0.21, t=3.74, P<0.05;GSE22891队列:9.03±1.28比7.18±0.22, t=3.42, P<0.05;CGGA数据库:-0.43±1.11比-0.62±0.35, t=2.09, P<0.05)。TCGA数据库中,BST2 mRNA在不同肿瘤分子亚型中均高表达(G-CIMP为-1.96±0.94,非G-CIMP的前神经元型为-1.74±0.88,神经元型为-0.83±0.98,经典型为-0.71±1.18,间质型为-0.55±1.01),与NTB样本(-2.32±0.21)比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05);BST2 mRNA在神经元型、经典型及间质型肿瘤之间表达差异均无统计学意义(均 P>0.05),但均高于G-CIMP和非G-CIMP的前神经元型(均 P<0.05)。BST2非CpG岛DNA甲基化水平与其mRNA表达负相关(TCGA数据库: r=-0.30, P<0.05;GSE22891队列: r=-0.54, P<0.05;CGGA数据库: r=-0.29, P>0.05)。生存分析表明,非G-CIMP且非前神经元型患者的BST2 mRNA表达水平与OS呈负相关( HR=1.18,95% CI 1.00~1.39, P<0.05),而在G-CIMP及前神经元型的亚组中,BST2 mRNA表达与患者OS无相关性( HR=1.08,95% CI 0.84~1.40, P>0.05)。生物信息学分析表明,在TCGA数据库非G-CIMP且非前神经元型的样本中,高表达BST2的GBM样本显著富集于与免疫反应负性调控和核因子κB(NF-κB)通路激活相关的功能基因簇。 结论:BST2基因在GBM中表达上调,可能与非CpG岛DNA低甲基化改变有关;该基因可能成为评估非G-CIMP且非前神经元型GBM亚型临床预后的潜在生物标志物。
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编辑人员丨4天前
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T细胞内抗原1在乳腺癌中的甲基化状态及与乳腺癌多层螺旋CT征象相关性研究
编辑人员丨4天前
目的:探究T细胞内抗原1(T-cell intracellular antigen 1,TIA1)在乳腺癌组织中的表达和TIA1启动子区甲基化状态,并分析乳腺癌多层螺旋CT征象与TIA1甲基化状态之间的关系。方法:选取2019年2月至2020年3月浙江省台州市第一人民医院收治的50例乳腺癌患者,荧光定量PCR法检测所有患者肿瘤组织和癌旁组织TIA1表达水平。通过生物信息学软件MethPrimer预测TIA1启动子区域发现存在cPG岛。采用甲基化特异性聚合酶链反应(Methylmion Specific PCR,MSP)检测肿瘤组织和癌旁组织中TIA1甲基化状态,采用多层螺旋CT对患者进行检查,观察肿块大小、形态、钙化区域、淋巴结转移及边缘,分析TIA1甲基化状态与CT征象之间的相关性。结果:乳腺癌组织TIA1表达水平低于癌旁组织(0.50±0.12 vs 0.95±0.10, P=0.00),但TIA1基因启动子甲基化率高于癌旁组织(64% vs 42%, χ2=4.86, P<0.05)。乳腺癌患者TIA1基因启动子甲基化率在肿块形态和有无钙化方面差异无统计学意义( P>0.05)。肿块直径≥2 cm患者TIA1基因启动子甲基化率显著高于肿块直径<2 cm患者(78.57% vs 45.45%, P<0.05),且淋巴结转移患者TIA1基因启动子甲基化率显著高于无淋巴结转移患者(79.17% vs 50.00%, P<0.05)。肿块边缘有毛刺的患者TIA1基因启动子甲基化率显著高于无毛刺的患者(80.77% vs 45.83%, P<0.05)。 结论:乳腺癌CT显像与TIA1基因启动子甲基化率之间存在相关性,这可为乳腺癌恶变程度和预后的判断提供依据。
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编辑人员丨4天前
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甲基胞嘧啶双加氧酶1在肿瘤中的研究进展
编辑人员丨4天前
甲基胞嘧啶双加氧酶1(TET1)蛋白是一种5-甲基胞嘧啶(5-mC)羟化酶,属于人类α-酮戊二酸加氧酶TET蛋白家族。其功能是识别并结合到基因组5’-胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤基序(CpG)-3’二核苷酸密度高的区域如CpG岛,启动DNA去甲基化程序,维持DNA甲基化和去甲基化平衡,以保持基因组甲基化稳态,实现表观遗传调控。TET1表达和/或功能异常与肿瘤的发生和进展密切相关,在不同来源的肿瘤中可以表现为原癌基因或者抑癌基因属性。本文综述近年来TET1在肿瘤中的作用及机制的研究进展。
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编辑人员丨4天前
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6q24新生儿暂时性糖尿病的临床特点及分子遗传学研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨6q24新生儿暂时性糖尿病(6q24-related transient neonatal diabetes mellitus, 6q24-TNDM)的临床特征和分子遗传学特点。方法:回顾性分析2017年上海市儿童医院新生儿科收治的2例6q24-TNDM患儿的临床资料。采用焦磷酸测序方法,对6q24区域内甲基化差异修饰区域(differentially methylated region, DMR)中16个胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤二核苷酸(cytidine-phosphate-guanosine, CpG)位点的甲基化水平进行定量分析。结果:2例患儿均为男性,例1为5日龄,例2为11日龄,均为剖宫产娩出。例1胎龄37周 +4,出生体重2 340 g;例2胎龄38周 +2,出生体重2 600 g。2例均为小于胎龄儿,生后均因高血糖入院,体格检查见皮肤弹性略差,皮下脂肪偏少,入院时血糖分别为12.95和8.00 mmol/L,血胰岛素低于正常值(分别为<1.39和3.94 pmol/L),C-肽低于正常值(分别为0.05和0.14 nmol/L),尿糖阳性,尿酮体阴性,血清抗谷氨酸脱羧酶抗体、抗胰岛素抗体、胰岛细胞抗体阴性,胰腺大小正常。皮下注射胰岛素2周余,2例患儿好转出院,分别在生后69和42 d停用胰岛素,糖尿病缓解。2例患儿产前诊断提示染色体核型正常,单核苷酸多态性芯片提示6号染色体单亲二体,入院后二代测序均未检测到明确的致病性点突变。使用焦磷酸测序发现患儿6q24区域DMR中16个CpG位点的甲基化水平均低于10%(健康对照儿童相应位点的甲基化水平约为40%),呈现明显的低甲基化。 结论:对于出生时小于胎龄儿、高血糖时血胰岛素和C-肽水平低的TNDM患儿,采用焦磷酸测序技术对甲基化差异修饰区域中CpG位点的甲基化水平进行定量分析,可以对6q24-TNDM进行快捷直接诊断,有助于指导治疗和评估预后。
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编辑人员丨4天前
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锯齿状结直肠癌的癌变途径和临床特点
编辑人员丨4天前
结直肠癌是常见的的消化道恶性肿瘤之一,其癌变途径包括了经典的腺瘤-癌途径,炎-癌途径及de novo途径,在过去的十年里,已经有证据表明结直肠癌可能通过锯齿状途径发生。世界卫生组织指南建议将锯齿状病变分为增生性息肉(HPs)、传统锯齿状腺瘤(TSAs)和无蒂锯齿状病变(SSLs)3种亚型。锯齿状通路的特征性改变是BRAF基因的突变、CpG岛的广泛甲基化、丝裂原活化蛋白激酶级联(MAPK)信号通路激活和Wnt信号通路的失活。锯齿状结直肠癌可根据其不同的分子表型进行分型。本文将详细介绍锯齿状病变的分类、致癌机制和锯齿状结直肠癌的临床特点。
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编辑人员丨4天前
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结核分枝杆菌对CD4 +T细胞白细胞介素6受体3′非翻译区甲基化的作用及机制研究
编辑人员丨4天前
目的:研究DNA甲基化在结核分枝杆菌(MTB)裂解物诱导CD4 +T细胞白细胞介素6受体(IL-6R)表达下调中的作用及机制。 方法:本研究属于前瞻性研究。收集并分选2019—2020年深圳市第三人民医院10名健康人(对照组)和10例结核病患者(TB组)外周血单个核细胞(PBMC)中CD4 +T细胞,亚硫酸氢盐测序法分析 IL-6R启动子区和3′非翻译区(UTR)区CpG岛甲基化变化;RT-qPCR和Western blotting分别检测IL-6R和DNA甲基转移酶(DNMT)表达;进一步通过MTB裂解物刺激anti-CD3/CD28抗体活化的对照组PBMC和Jurkat E6-1细胞,检测 IL-6R不同区域CpG岛甲基化和IL-6R、DNMT表达的变化;双荧光素酶报告基因系统检测 IL-6R 3′UTR区甲基化状态对其转录活性的影响;两组间采用非配对 t检验,三组及以上多组运用one-way ANOVA分析。 结果:在对照组和TB 组外周血CD4 +T细胞中,TB组中IL-6R表达低于对照组,而DNMT1和DNMT3B则高于对照组;且与对照组比, IL-6R启动子CpG岛甲基化水平差异无统计学意义;3′ UTR区CpG岛甲基化率分别为54.3%±4.7%和69.5%±3.4%,差异有统计学意义( P<0.001);在体外,MTB裂解物刺激活化对照组PBMC后,IL-6R表达低于未刺激的,而DNMT1和DNMT 3B表达高于未刺激的;同时CD4 +T细胞中 IL-6R 3′ UTR区CpG岛甲基化率由58.9%±11.6%增加至79.4%±10.9%,差异有统计学意义( P<0.001);同样地,MTB刺激活化Jurkat E6-1细胞后的结果与对照组PBMC相一致。进一步发现DNA甲基转移酶抑制剂地西他滨(5-aza)与MTB裂解物共处理后IL-6R 的表达均高于MTB 裂解物单独刺激的;DNA甲基转移酶抑制剂地西他滨(5-aza)与MTB裂解物共处理后 IL-6R 3′ UTR区CpG岛甲基化水平低于MTB 裂解物单独刺激的,并且完全非甲基化修饰的 IL-6R 3′UTR报告基因的转录活性高于完全甲基化修饰的 IL-6R 3′ UTR区CpG岛。 结论:MTB裂解物刺激通过诱导CD4 +T细胞 IL-6R 3′UTR区CpG岛高甲基化抑制 IL-6R转录活性进而下调其表达;MTB诱导CD4 +T细胞 IL-6R 3′UTR区CpG岛高甲基化可能与DNMT1、DNMT3B表达增加有关。
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编辑人员丨4天前
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轻甲硫氨酸限制对肝癌细胞增殖的影响及其机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨轻甲硫氨酸限制(10%MR)对肝癌细胞增殖能力的影响及其机制。方法:采用对照短发夹RNA(shCtrl)及脂肪酸合酶(FASN)短发夹RNA (shFASN)慢病毒感染HuH7和HepG2,构建对照组和shFASN组细胞;采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、克隆形成分析细胞增殖能力;采用流式细胞仪分析细胞周期变化;采用蛋白质免疫印迹分析增殖细胞核抗原(PCNA)、FASN、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、蛋白激酶B(Akt)和磷酸化蛋白激酶B(pAkt)的蛋白水平;分别采用荧光定量聚合酶链式反应(PCR)、亚硫酸氢盐测序、油红染色和Bodipy染色分析10%MR对FASN的mRNA、FASN的CpG岛甲基化及脂质累积的影响。组间比较采用 t检验。 结果:10%MR处理组HuH7细胞活性高于对照组(0.666±0.013比0.510±0.007, t=-26.50, P<0.001);处在G 2期的细胞比例高于对照组[(19.8±1.3)%比(12.1±1.8)%, t=-5.91, P<0.01];PCNA水平高于对照组(1.280±0.051比0.447±0.067, t=-17.07, P<0.001);mTOR蛋白表达高于对照组(1.161±0.277比0.478±0.061, t=-4.17, P<0.05);pAkt水平高于对照组(0.938±0.194比0.357±0.169, t=-3.90, P<0.05);FASN的CpG岛甲基化水平低于对照组(0.233±0.252比0.833±0.153, t=3.53, P<0.05);FASN的mRNA高于对照组(1.360±0.137比1.003±0.081, t=-4.49, P<0.01);FASN的蛋白高于对照组(0.915±0.118比0.648±0.034, t=-3.76, P<0.05)。ShFASN组HuH7细胞活性低于对照组(0.303±0.019比0.414±0.018, t=10.25, P<0.001);G 2期的细胞比例低于对照组[(3.5±1.4)%比(7.6±1.4)%, t=3.69, P<0.05];mTOR蛋白水平低于对照组(0.276±0.079比0.646±0.068, t=6.17, P<0.01);pAkt水平低于对照组(0.296±0.016比0.494±0.051, t=6.37, P<0.01)。10%MR处理的shFASN组HuH7细胞活性低于10%MR处理的shCtrl组(0.369±0.003比0.495±0.007, t=41.06, P<0.001);G 2期的细胞比例低于10%MR处理的shCtrl组[(11.1±0.4)%比(19.4±2.8)%, t=5.05, P<0.01];mTOR蛋白水平低于10%MR处理的shCtrl组(0.419±0.187比0.939±0.072, t=4.49, P<0.05);pAkt水平低于10%MR处理的shCtrl组(0.421±0.060比0.623±0.060, t=4.11, P<0.05)。 结论:轻甲硫氨酸限制通过上调FASN的表达,加速细胞周期,进而促进肝癌细胞增殖。
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编辑人员丨4天前
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miRNA-135b上调APC基因甲基化在2型糖尿病肾病发生、发展中的作用及分子机制
编辑人员丨4天前
目的:本研究旨在探讨外周血中APC基因DNA甲基化与糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)发生、发展的关系,分析其对基因转录和蛋白表达水平的影响,探讨miRNA135b对APC基因甲基化水平的调控作用。方法:选择2018年3月至2020年3月在浙江大学附属杭州市第一人民医院肾内科的96例DN患者和同期100例健康体检者作为研究对象,分别检测两组APC基因CpG岛甲基化水平、mRNA水平和蛋白表达水平。用三联法构建Sprague-Dawely(SD)大鼠DN模型,分为DN组、miRNA-135b过表达慢病毒组和空载病毒组,将miRNA-135b过表达慢病毒和空载病毒通过尾静脉注射到大鼠体内,1个月后处死大鼠,测定其肾组织中的miRNA-135b的表达水平和APC基因甲基化水平。结果:DN患者的APC-1岛的甲基化水平为(3.05±0.65)%,显著高于健康对照组的甲基化水平(2.34±0.56)%( t=5.231, P<0.001);DN患者的APC-2岛的甲基化水平为(1.65±0.37)%,显著高于健康对照组的甲基化水平(1.17±0.29)%( t=4.381, P<0.001);Pearson相关分析结果显示,APC-1岛的甲基化水平与血清肌酐和尿酸比值呈显著正相关关系( P均<0.05),APC-2岛的甲基化水平与尿酸呈显著正相关( P<0.05);DN患者APC-1岛的甲基化水平与mRNA相对表达量间呈显著负相关( r=-0.426, P=0.019);此外,DN患者的APC-1岛的甲基化水平与APC蛋白水平间呈显著负相关( r=-0.569, P=0.004)。miRNA-135b在过表达慢病毒组大鼠中的表达均显著高于空载病毒组( t=5.432, P<0.001)和DN组大鼠( t=5.812, P<0.001);miRNA-135b过表达慢病毒组大鼠的APC甲基化水平也均显著高于DN组( t=6.217, P<0.001)和空载病毒组大鼠( t=6.446, P<0.001)。 结论:miRNA-135b可能通过上调APC基因DNA甲基化,降低mRNA和蛋白表达水平,从而参与到DN的发生、发展中。
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编辑人员丨4天前
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胃癌易感性与人Runt相关基因3启动CpG岛甲基化的关系
编辑人员丨4天前
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编辑人员丨4天前
