目的:确定1个Schubert-Bornschein型不完全型先天性静止性夜盲（CSNB）家系的致病基因突变。方法:回顾性临床研究。2021年2月于河南省人民医院经临床、基因检查确诊的一个汉族Schubert-Bornschein型不完全型CSNB家系中1例患者及其父母、兄长纳入研究。详细询问患者病史、家族史并行最佳矫正视力（BCVA）、色觉、眼底彩色照相、全视野视网膜电图（ERG ）、频域光相干断层扫描（OCT）检查。采集受试者外周静脉血5 ml，提取全基因组DNA。受检者基因组DNA进行文库构建、聚合全外显子探针进行捕获。对可疑致病突变位点通过Sanger进行验证，并行生物信息学分析确定基因突变位点的致病性。结果:先证者（Ⅱ2）双眼BCVA均为0.4；色觉检查不能辨认红色。眼底检查未见明显异常。双眼黄斑区视网膜厚度轻度变薄。全视野ERG检查，双眼暗适应3.0刺激下ERG b波振幅明显降低，呈负波形。先证者母亲（Ⅰ2）双眼BCVA、色觉、眼底彩色照相、频域OCT检查均正常。全视野ERG检查，双眼各反应振幅轻度降低，暗适应震荡电位振幅明显降低。基因检测结果显示，先证者（Ⅱ2）电压依赖钙离子通道α1F亚基基因（ CACNA1F基因）第14号外显子存在c.1761dupC半合子突变。蛋白序列同源性分析结果显示，该位点在多个物种中均高度保守；生物信息学分析结果显示， CACNA1F基因c.1761dupC （pY588fs）其后发生移码突变，在第10位变成终止密码子在蛋白质保守区出现翻译终止。根据美国医学遗传学和基因组学学会标准和指南，该突变判断为可能致病性变异。先证者母亲（Ⅰ2）为该位点突变携带者。先证者父亲、兄长临床及基因检测结果均未见异常。 结论:CACNA1F基因c.1761dupC是该Schubert-Bornschein型不完全型CSNB家系致病的突变位点。

目的:基于本实验室测序平台，建立与肿瘤基因高通量测序试剂性能匹配的，符合本实验室可实施的简化版的验证流程体系，为临床实验室应用提供实操依据。方法:标准流程选取来自不同厂家的6例DNA标准品和2例RNA标准品，从甲醛固定石蜡包埋（formalin fixation and paraffin-embedding，FFPE）的肿瘤样本中提取DNA和RNA，按杂交捕获实验流程制备文库后进行高通量测序，通过6次测序分别进行重复实验、不同投入量、常见干扰物质等研究，从下机数据质控、变异类型、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定检出情况进行评估。基于标准流程的结果，用同一方法原理、检测范围相近的试剂盒检测不同的参考品，制定用时短、耗资低的简化流程，通过准确性、特异度和灵敏度评估，并参加国家卫生健康委临床检验中心（NCCL）室间质量评价活动。结果:标准流程试剂验证评估合格，参加NCCL室间质评合格，但耗时长耗资大；简化流程试剂准确性、特异度、灵敏度评估合格，参加NCCL室间质评合格。结论:基于本实验室建立了简化可行的肿瘤基因检测试剂盒性能确认流程，为院内开展肿瘤基因检测及其临床应用提供了实验室依据。

目的:比较侵袭性牙周炎（aggressive periodontitis，AgP）、慢性牙周炎（chronic periodontitis，CP）与牙周健康者（periodontally healthy，PH）龈下菌群的差异，为牙周病的病因学研究及基于菌群调控的牙周病新疗法提供参考。方法:按纳入标准收集2013年12月至2014年12月在南京大学医学院附属口腔医院·南京市口腔医院牙周病科门诊就诊的AgP（AgP组）、CP（CP组）患者和PH受试者（PH组）各10例，根据X线片和口内情况初步预估取样位点后，收集各组龈下菌斑并记录各项牙周临床指数，提取龈下菌斑样本中的DNA，PCR扩增、构建DNA文库并对16S rDNA测序。最终可成功构建文库并测序者包含：8例AgP患者的18个样本，10例CP患者的31个样本和8名PH志愿者的10个样本。对各组样本的α多样性和β多样性以及菌群构成进行分析和比较，并采用Pearson相关性分析评价细菌与探诊深度的相关性。结果:菌群分析显示，AgP组龈下菌群的α多样性显著低于其他两组（ P<0.05）。在门水平，AgP和CP组拟杆菌门丰度[分别为（36.8±7.4）%、（37.2±6.3）%]、螺旋体门丰度[分别为（16.0±5.4）%、（11.8±3.6）%]均显著高于PH组[分别为（27.5±11.2）%、（5.2±4.4）%]（ P<0.05），而放线菌门和变形菌门丰度[AgP组分别为（4.2±3.3）%、（12.9±5.1）%；CP组分别为（6.1±2.6）%、（12.1±4.0）%]均显著低于PH组[分别为（19.3±13.1）%、（23.0±10.1）%]（ P<0.01）；AgP组龈下菌群中螺旋体门和柔壁菌门的丰度[分别为（16.0±5.4）%、（1.7±1.2）%]均显著高于CP组[分别为（11.8±3.6）%、（0.7±0.6）%]（ P<0.05）。在属水平，AgP组龈下菌群中棒状杆菌属、放线菌属、 Saccharibacteria_norank、月形单胞菌属、 Oribacterium的丰度显著低于CP组，而产线菌属、 Lentimicrobiaceae_norank、 Defluviitaleaceae_UCG_011、 Family_XI_unclassified的丰度显著高于CP组( P<0.05）。主坐标分析显示，各组样本存在聚类现象。线性判别分析显示，AgP组富集菌包括螺旋体科等，CP组富集菌包括拟杆菌科等。相关性分析显示，AgP组中密螺旋体属、 Defluviitaleaceae_UCG_011、支原体属、卡氏菌属、 Fretibacterium的丰度与探诊深度呈显著正相关（ r=0.525~0.750， P<0.05），丛毛单胞菌科-未分类的属、链球菌属、二氧化碳噬纤维菌属、奈瑟菌属、普雷沃菌属、消化球菌属、劳尔菌属、 Bergeyella和放线菌属的丰度与探诊深度呈显著负相关（ r=-0.617~-0.490， P<0.05）；CP组小类杆菌属、 Family_XI_unclassified、卡氏菌属、消化链球菌属、 Pelospora和理研菌科_RC9_肠组的丰度与探诊深度呈显著正相关（ r=0.430~0.533， P<0.05）。 结论:牙周炎症和健康时其龈下菌群存在明显不同；AgP和CP的龈下菌群也存在明显差异，提示这可能是两种不同的疾病。

目的:探索并建立基于循环游离DNA（cfDNA）末端基序检测的食管鳞状细胞癌（ESCC）预测模型，并评估其用于ESCC早期检测的可行性。方法:前瞻性收集2021年8月至2022年11月中国医学科学院肿瘤医院201例ESCC、46例食管高级别上皮内瘤变（HGIN）、46例食管低级别上皮内瘤变（LGIN）、176例食管良性病变患者和29例健康对照的血浆样本进行cfDNA提取、文库构建与测序。将ESCC患者和对照组受试者随机分为训练集（284例）和验证集（122例）。对训练集中ESCC及对照组cfDNA末端基序矩阵标准化处理及差异特征筛选，经主成分分析降维、十折交叉验证及随机森林递归特征消除后训练并建立随机森林分类模型Motif-1（M1），在验证集和癌前病变组中验证其性能。将癌前病变组患者纳入数据集后随机分为训练集（243例）、验证集（105例）、测试集（150例），采用与M1相同的方法使用训练集训练并构建随机森林模型Motif-2（M2），在验证集中检验并确定最佳阈值，在测试集中进行性能检测。结果:构建了2个基于cfDNA 末端基序检测的ESCC及其癌前病变的预测模型，M1模型在验证集中的灵敏度为90.0%，特异度为77.4%，曲线下面积（AUC）为0.884；M1模型预测LGIN、HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度分别为76.1%、80.4%和91.2%，联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为85.0%，且预测分值和灵敏度随着恶性肿瘤的临床分期上升而增加（ P＜0.001）。M2模型在测试集中灵敏度为87.5%，特异度为77.4%，AUC为0.857；M2模型预测食管癌前病变及ESCC的灵敏度分别为80.0%和89.7%，联合预测HGIN及T1aN0期食管癌的灵敏度为89.4%。 结论:构建的2种基于 cfDNA 末端基序的血浆检测模型在ESCC及其癌前病变中具有较高的灵敏度及特异度，可用于早期ESCC检测。

目的:探讨全基因组拷贝数变异(WGCNV)检测和评分系统在肺腺癌诊断和预后预测中的价值。方法:应用显微微切割技术获取76例肺腺癌患者肿瘤组织标本91份和癌旁正常对照组织样本20份，通过全基因组扩增(WGA)富集DNA并构建测序文库，进行二代测序。评估肺腺癌手术和恶性胸水细胞学标本的肿瘤细胞核级别改变，在肿瘤核细胞大小、核分裂象计数、细胞核不典型性和不典型核分裂4个方面进行分级。评价WGCNV评分的预测预后的价值，根据受试者工作特征(ROC)曲线分析WGCNV评分在肺腺癌中的诊断价值。结果:20例癌旁正常肺组织样品WGCNV改变作为正常对照，所有肿瘤标本WGCNV评分为0～9.95分，中位WGCNV评分为2.7分。核级别评分与WGCNV评分之间存在正相关( r＝0.780 90， P<0.000 1)。中评分组(1.74～4.23分)相对低评分组(<1.74分)的风险比为4.11(95% CI为0.72～23.57)，高评分组(>4.23分)相对低评分组的风险比为2.07(95% CI为0.30～14.12)，中、高评分组风险呈上升趋势。ROC曲线分析显示，当临界值为0.01时，诊断肺腺癌的灵敏度和特异度分别为97.8%和95.0%，阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)分别为99.0%和90.1%，ROC曲线下面积(AUC)为0.981，WGCNV评分具有较好的诊断肺腺癌的价值。当临界值为1.8时，鉴别浸润性腺癌与原位腺癌及微浸润性腺癌的灵敏度和特异度分别为78.1%和94.4%，PPV和NPV分别为98.0%和52.0%，AUC为0.896。 结论:WGCNV评分系统在肺腺癌标本中有一定的诊断和预测预后价值。

目的:利用指数富集的配体系统进化技术(SELEX)筛选与大鼠骨髓间充质干细胞(BMSCs)特异性结合的核酸适配子(apt)，探讨apt与BMSCs的结合方式及能力。方法:利用SELEX技术，以大鼠BMSCs为靶点，从构建的核酸文库中反复筛选、克隆、测序及分析，获得候选apt。流式细胞术测定和软件分析获得不同浓度(0、4、8、16、32、64、128、256 nmol/L)候选apt与BMSCs的结合曲线及平衡解离常数。胰酶消化实验探究apt与BMSCs结合的靶点，并观察apt体外捕获BMSCs的能力。结果:流式细胞术与荧光共聚焦实验表明SELEX筛选第9轮文库与BMSCs结合能力最高。经序列分析适配子apt7与BMSCs的亲和力最高，平衡解离常数为(11.79±0.72) nmol/L。胰酶消化实验表明当胰酶消化细胞时间超过10 min后，apt7与BMSCs的亲和力下降甚至消失。体外捕获实验表明固定于培养皿上面的apt7能体外捕获骨髓细胞液中的大鼠BMSCs。结论:本研究通过SELEX技术成功分离出能高亲和力、高特异性结合大鼠BMSCs的特异性适配子apt7，为进一步将适配子应用于组织工程支架表面招募循环干细胞研究提供了实验依据。

目的:探讨非小细胞肺癌（NSCLC）甲醛固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的不同保存年限对DNA质量及靶向捕获二代测序的影响。方法:收集上海市胸科医院经手术切除、FFPE后常规储存的NSCLC标本共147例。这些标本按储存年限分为<1年（ n=43）、1~3年（ n=40）、>3~5年（ n=37）、>5年（ n=27）4组，采用磁珠法提取DNA，然后对其进行靶向捕获二代测序。分析不同保存时间对DNA片段化程度、文库产量、文库复杂度、测序成功率及测序突变类型的影响。 结果:随标本保存年限的增长，DNA片段化程度增高；文库总产量、总建库复杂度、测序成功率降低；测序单碱基突变类型C>T（G>A）频率最高。结论:在常规FFPE标本储存条件[可控的低湿度室温（20~25 ℃）环境]下，3年内的FFPE标本能够进行二代测序且结果高度可信；>3~5年的FFPE标本可进行二代测序，但存在假阴、阳性结果；5年以上的FFPE标本大部分仅可尝试进行二代测序检测。

目的:用高通量方法筛选口腔鳞癌放疗抵抗相关的激酶基因，为口腔鳞癌的临床治疗决策提供理论基础。方法:以慢病毒构建的短发夹核糖核酸(shRNA)激酶文库(含4 675个不同shRNA序列，覆盖709个人激酶基因)感染舌鳞癌Cal-27细胞，嘌呤霉素筛选去除未成功感染的细胞后，以光子射线进行照射(0、10和15 cGy)，然后继续培养3 d，以增加不同射线抗性细胞的丰度差异。提取细胞基因组DNA，利用PCR获得完整shRNA序列，同时每组引入不同标签序列，利用illumina平台进行二代测序，找出丰度发生显著变化的shRNA，其对应基因即为影响射线抗性的基因。结果:本次实验共筛选到5个影响口腔鳞癌放射线抗性的激酶基因，其中，PKLR和IPMK敲减后会增加射线抵抗，AURKB、ITPKB和DLG2敲减后会导致放射敏感，其高表达会导致患者对放疗耐受。结论:本研究利用shRNA慢病毒文库结合二代测序方法筛选到3个口腔鳞癌放射抵抗基因，但具体作用机制尚需进一步探究。

开发了石英晶体微天平(QCM)-指数富集配体系统进化(SELEX)技术,用于筛选出与砷(Ⅲ)有高亲和力的适配体.设计随机单链DNA文库,以砷(Ⅲ)为靶标固定在巯基乙胺修饰的晶振片上,捕获溶液中处于游离状态的适配体,构建QCM-SELEX筛选方法.经过6轮筛选,对次级文库进行高通量测序,通过QCM共振频率变化计算得出6S1解离系数Kd值为0.36 μmol/L.将6S1作为探针,构建QCM生物传感器用于检测砷(Ⅲ),该传感器在0.01 μmol/L～0.2 μmol/L范围内有较好的线性关系,对砷(Ⅲ)检测限为5.2 nmol/L(3σ),具有良好的选择性.

目的:在哺乳动物细胞内基于线性双链DNA"与门"基因线路构建纳米抗体文库。方法:应用基于线性双链DNA的"与门"逻辑基因线路构建纳米抗体文库，首先通过PCR扩增将互补决定区（CDR）随机序列引入上、下游线性双链DNA，将其共转染至HEK293T细胞，转染48 h后，经RNA提取、cDNA合成、PCR扩增、高通量测序和数据处理步骤，鉴定"与门"形成的纳米抗体文库序列，对本策略进行了分析与评价。结果:深度测序共测得4 173 356条序列，其中约88.18%的序列为纳米抗体文库序列。文库核酸序列最丰富的序列长度为264 bp，为理论设计长度。后续在264 bp序列中鉴定出22 172种纳米抗体序列，且CDR1~3序列中的核苷酸频率符合NNK模式。结论:本研究开发了一种基于线性双链DNA"与门"逻辑基因线路在哺乳动物细胞中构建纳米抗体文库的新方法。