目的:通过对癌症基因组图片(TCGA)数据库中转录组数据进行分析，筛选与膀胱尿路上皮癌相关的预后分子标签。方法:提取TCGA数据库中膀胱尿路上皮癌患者的临床数据以及膀胱尿路上皮癌和癌旁组织中的转录组数据，采用LASSO-Cox回归分析筛选膀胱尿路上皮癌预后相关的mRNA，并构建膀胱尿路上皮癌的预后分子标签。结果:首先筛选出膀胱尿路上皮癌和膀胱正常组织中差异表达基因8738个，经过单因素Cox分析得到2824个与膀胱尿路上皮癌预后相关的基因( P<0.05)，选取 P<0.0001的mRNA 225个，进一步采用LASSO-Cox回归分析筛选出11个与膀胱尿路上皮癌预后相关的基因，分别为TPST1、ANXA1、LINC01138、AMIGO2、HOOK1、AC005730.2、KANK4、PEX5L、AL353572.1、CATSPER4、AL645939.1，最后联合这11个基因构建出膀胱尿路上皮癌的预后分子标签。利用分子标签基因构建的模型能将膀胱尿路上皮癌划分为高表达组和低表达组，绘制分子标签生存曲线及受试者工作特征(ROC)曲线，结果显示：分子标签表达水平与膀胱尿路上皮癌患者的预后有显著性关联，分子标签值越高，患者预后越差。 结论:通过对TCGA数据库的分析，发现TPST1、ANXA1、LINC01138、AMIGO2、HOOK1、AC005730.2、KANK4、PEX5L、AL353572.1、CATSPER4、AL645939.1和AL645939.1对膀胱尿路上皮癌的预后有影响，且构建的分子标签表达水平与膀胱尿路上皮癌的预后有显著性关联。

目的:探讨间变性淋巴瘤激酶（ALK）重排Spitz黑色素细胞瘤（ALK rearranged Spitz melanocytoma）临床病理、免疫组织化学及分子病理学特征。方法:收集复旦大学附属肿瘤医院病理科2020年8月院外会诊病例及上海阿克曼医学检验所2022年6月会诊病例，共2例皮肤ALK重排Spitz黑色素细胞瘤。回顾性分析其临床病理学资料，分别进行光镜观察、免疫组织化学标记和分子检测，并复习相关文献。结果:2例病例，男性和女性各1例，年龄分别为8岁和11岁。表现为右大腿和左耳廓皮肤息肉样新生物，最大径分别为1.0 cm和1.2 cm。镜下观察，肿瘤由中等偏大的上皮样至胖梭形细胞组成，在皮肤真皮浅层内呈巢状、丛状或束状排列。瘤细胞胞质丰富，嗜伊红色，核呈圆形或卵圆形，可见小核仁。例2瘤细胞显示轻至中度多形性，并可见核分裂象（平均2个/mm 2）。免疫组织化学标记显示，瘤细胞弥漫表达S-100蛋白、SOX10和ALK（1A4和D5F3），不表达HMB45、PNL2和MiTF。荧光原位杂交检测显示均有ALK基因重排。二代测序分别检测出KANK1：：ALK融合和TPM3：：ALK融合基因。2例病例分别随访34和14个月，均无复发或转移。 结论:ALK重排Spitz黑色素细胞瘤是Spitz黑色素细胞瘤的一种少见分子亚型，好发于儿童和青少年，以具有Spitz样形态、丛状生长方式、弥漫表达ALK和ALK融合基因为特征。部分病例显示多形性和核分裂活性，需注意与Spitz黑色素瘤相鉴别。

目的:分析46,XY单纯性腺发育不全合并卵巢无性细胞瘤临床诊疗方法.方法:对我院收治的1例22岁因盆腔包块就诊的患者的临床资料及相关文献进行回顾性分析,对其诊断、治疗进行阐述.结果:该患者表现型为女性,染色体核型为46,XY,染色体微阵列检测结果显示4号染色体4p16.3区域有约1.08 Mb的重复,9号染色体9p24.3p3p24.1区域有约4.49 Mb的缺失,该缺失区域包含9p缺失综合征,该综合征患者主要表现为性反转,部分或全部性腺发育不良.患者左侧性腺恶变,病理结果为无性细胞瘤.结论:对于母亲有胎儿畸形史、染色体异常家族史,血清学异常、B超表现异常的胎儿,可选择染色体检查及基因检测.对于无青春期月经来潮患者,可通过妇科B超、性腺激素、染色体检查的手段排除染色体异常甚至性腺肿瘤.这类患者一经确诊,应尽早切除性腺.

The Bama Xiang pig (BMX) is a famous early-maturing Chinese indigenous breed with a two-end black coat.To uncover the genetic basis of the BMX phenotype,we conducted comparative genomic analyses between BMX and East Asian wild boars and Laiwu pigs,respectively.Genes under positive selection were enriched in pathways associated with gonadal hormone and melanin synthesis,consistent with the phenotypic changes observed during development in BMX pigs.We also performed differentially expressed gene analysis based on RNA-seq data from pituitary tissues of BMX and Large White pigs.The CTTNBP2NL,FRS2,KANK4,and KATNAL1 genes were under selection and exhibited expressional changes in the pituitary tissue,which may affect BMX pig puberty.Our study demonstrated the positive selection of early maturity in the development of BMX pigs and advances our knowledge on the role of regulatory elements in puberty evolution in pigs.

目的:利用全基因组测序(WGS)技术分析一对双胞胎脑瘫患儿的遗传学病因.方法:采用WGS技术对一对双胞胎脑瘫患儿进行检测,同时对其父母进行了基因芯片的验证试验.结果:共发现30个与脑瘫有关联的基因,其中相关热点的基因有人类转录激活因子蛋白4、GAD1、ADD3等;在KANK1外显子区域发现一个共有的SNP突变;在2号染色体上发现有大约120 kb的重复,14号染色体上有大约280 kb和540 kb的缺失;14号染色体片段异常来自母亲.结论:脑瘫遗传因素复杂,可能由多个基因诱发;WGS技术适用于脑瘫的遗传学研究.

目的 探讨ISYNA1在胰腺导管腺癌(PDAC)中的表达及其与临床病理学参数的关系.方法 收集2008年3月至2017年12月中国医科大学附属第一医院普通外科收治的68例PDAC患者的临床资料和术后标本.男性39例,女性29例,年龄33～81岁(中位数59岁).运用免疫组化方法检测68例PDAC石蜡标本中ISYNA1的表达水平,其中34例有配对的癌旁组织,统计其与临床病理学参数的相关性,并分析48例PDAC患者中ISYNA1与p53表达的相关性;再应用实时定量PCR(qRT-PCR)和免疫印迹法分别检测17例配对冷冻保存的新鲜PDAC标本中ISYNA1 mRNA和蛋白的表达水平.利用siRNA干扰技术抑制三种胰腺癌细胞株Capan-2、SW1990和Miapaca-2中p53基因的表达,探讨p53与ISYNA1表达的关系.分别采用t检验、x2检验、Kaplan-Meier法、Log-kank检验和Pearson相关系数分析等方法进行统计学分析.结果 免疫组化检测结果显示,ISYNA1在癌组织的表达水平(3.681±2.198)明显低于癌旁组织(6.012±3.428)(t=-3.611,P=0.001).在17例配对的新鲜组织标本中,癌旁组织的ISYNA1 mRNA表达水平(△CT值为3.721±2.234)高于癌组织(△CT值为5.889±1.607)(t=-4.636,P＜0.01);癌旁组织的ISYNA1蛋白表达水平(0.815±0.418)亦高于癌组织(0.517±0.240)(t=2.948,P=0.009).相关性分析结果显示,ISYNA1的表达水平与肿瘤浸润深度(x2=7.534,P=0.030)和血管浸润(x2=5.048,P=0.043)相关,而与突变型p53表达无关(x2=1.377,P=0.359);在p53野生型Capan-2和SW1990细胞中,敲除p53后ISYNA1表达明显降低,而在p53突变型Miapaca-2细胞中,敲除p53后ISYNA1表达未受影响.Kaplan-Meier生存分析和Log-rank检验结果显示,ISYNA1低表达的患者中位生存时间较短(x2=4.953,P=0.026),预后较差.结论 ISYNA1在PDAC中呈明显低表达,有助于评估患者的预后,且其表达仅与野生型p53有关,与突变型p53无关;ISYNA1的表达异常可能与PDAC的恶性进程密切相关.

目的 应用微阵列芯片技术检测早期自然流产绒毛组织,探讨其在自然流产遗传学诊断中的应用价值,并分析相关致病基因.方法 收集2018年在杭州市中医院妊娠早期自然流产并行清宫术患者的胚胎组织标本127例,进行染色体微阵列分析,并查找相关致病基因.结果 125例标本获得检测结果,检出成功率98.4％,染色体异常检出率52.8％(66/125),染色体数目异常占45.6％(57/125),染色体结构异常占7.2％(9/125),在染色体结构异常的病例中,发现拷贝数变异样本6例,杂合性缺失样本2例,既有拷贝数变异也有杂合性缺失样本1例.发现流产相关致病基因6个,即NFATC 1、ERCC 6 L、RPS 4 X、KANK 1、SMARCA 2、PMP 22.结论 染色体异常是妊娠早期自然流产主要病因,应用微阵列芯片技术检测自然流产绒毛组织,对于分析自然流产的原因有重要意义,为再次生育提供更多遗传学信息;NFATC 1、ERCC 6 L、RPS 4 X、KANK 1、SMARCA 2、PMP 22等基因变异可能是引起早期自然流产的致病基因.

目的:对脑性瘫痪(简称脑瘫)儿童进行相关基因检测,通过研究基因致病性变异与临床表型之间的联系,分析脑瘫的遗传学病因,为脑瘫的早期防治提供新的见解及依据.方法:研究对象为2015年1月至2016年6月期间诊断明确的1至12岁脑瘫儿童,来自黑龙江省小儿脑性瘫痪防治疗育中心等全国6家医院,对临床相关数据进行整理,并且采集儿童及其父母的静脉血,运用二代测序技术对相关基因进行检测,并对候选基因变异进行Sanger测序验证.结果:共收集149例脑瘫儿童的DNA合格样本,男97例,女52例,其中14例儿童携带脑瘫可疑基因致病性变异,约占9.40％(14/149).最终发现19个疑似致病性变异位点,在19个突变位点中有1例为新发突变,其余均为遗传性变异(遗传于亲代).共涉及12个受累基因,分别为KANK1、ACADS、ATR、POLR3A、SLC2A1、SLC16A2、AP4S1、MECP2、GFAP、ALDH3A2、ALDH5A1、SPAST.其中,KANK1基因致病性变异频次最高,占31.58％(6/19).ACADS、ATR、POLR3A基因均出现2次,各占10.53％(2/19).其他突变基因只出现1次.结论:单基因致病性变异是脑瘫的致病因素之一.KANK1基因致病性变异可能是我国脑瘫儿童的主要致病基因之一,其临床表型存在异质性.

目的 探讨Kank1基因在儿童神经母细胞瘤组织中的表达及其临床意义.方法 运用RT-PCR技术检测38例神经母细胞瘤肿瘤组织及其相应瘤旁组织Kank1基因mRNA的表达水平,蛋白质印迹检测组织中Kank1蛋白的表达,并分析其与临床病理参数的关系.结果 神经母细胞瘤肿瘤组织Kank1基因mRNA和蛋白的表达较癌旁组织显著降低,神经母细胞瘤中kank1基因mRNA的表达与患者的病理亚分型、INSS分期有明显相关性(P＜0.05).结论 Kank1基因mRNA及蛋白在神经母细胞瘤组织表达水平降低,提示可能是促进儿童神经母细胞瘤发生的一个重要因素.

目的 探讨1例具有子宫发育不全而无面容异常和智力语言障碍的XX核型女性9p缺失综合征患者的临床及分子细胞遗传学特征.方法 对患者及其父母行外周血染色体G显带核型分析,并对患者行全外显子组测序,分析9p末端缺失相关的临床表现、分子细胞遗传学特征及两者之间可能的关联性.结果 该例9p末端缺失女性患者的临床症状主要为原发性闭经、幼稚子宫、性激素异常、癫痫等,未见三角头畸形和智力语言障碍等常见的9p缺失综合征典型症状.核型分析结果为46,XX,del(9)(p23),其父母核型未见异常.全外显子组测序结果显示,患者在9p24.3-p23(24846～13022661)区域存在单拷贝缺失,缺失片段长度约为13.0 Mb,覆盖了61个已知基因,包括DMRT1、DMRT3、DMRT2、DOCK8、KANK1、FOXD4等多个与9p缺失综合征表型密切相关的关键基因,在染色体其他区域并未发现其他致病性拷贝数变异(CNV)、碱基插入和缺失.结论 9p末端缺失导致DMRT1基因单倍剂量不足可能是患者幼稚子宫、原发性闭经的主要致病因素.全外显子组测序提供了与临床表型相关的基因型背景数据.