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基于RNA-seq的脓毒症相关性脑病小鼠海马转录组分析及竞争性内源性RNA调控网络的构建
编辑人员丨6天前
目的:采用转录组测序技术(RNA-seq)筛选脓毒症相关性脑病(SAE)小鼠海马差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)及mRNA,构建竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法:清洁级健康雄性C57BL/6小鼠10只,6~8周龄,体质量20~25 g,采用随机数字表法分为2组( n=5):假手术组(Sham组)和脓毒症组(Sepsis组)。Sepsis组采用盲肠结扎穿孔(CLP)法制备小鼠脓毒症模型,Sham组只开腹不进行盲肠结扎和穿孔。分别于术前1 d及术后3 d时行Morris水迷宫实验和条件恐惧实验检测小鼠认知功能。随后Sham组随机处死3只小鼠,Sepsis组处死认知功能测试最差的3只小鼠,取海马组织,通过BGISEQ-500平台行转录组测序,得到差异表达的mRNA和lncRNA,测序结果通过深圳华大基因科技服务有限公司提供的Dr.Tom平台行可视化分析,利用Cytoscape软件构建ceRNA调控网络。 结果:与Sham组比较,Sepsis组逃避潜伏期延长,靶向限停留时间百分比和僵直时间百分比降低( P<0.05)。转录组数据分析共获得差异表达的lncRNA 62个,其中45个lncRNA表达上调,17个lncRNA表达下调;差异表达的mRNA 282个,其中173个mRNA表达上调,109个mRNA表达下调。对差异表达的mRNA进行生物学过程的GO富集分析,结果显示差异表达的mRNA参与了记忆、学习或记忆、炎症应答、衰老相关行为减退的调空、突触可塑性调节等生物学过程;对差异表达的mRNA进行KEGG通路富集分析,结果显示差异表达的mRNA富集于IL-17信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路等。对差异表达的mRNA进行KDA分析,结果示Ch25h、Il6ra、Lcn2、Sgk1、Nr4a3、Osm、Saa3、Ccl7、Sqle、Dhcr24为SAE的关键基因。基于9个lncRNA、28个mRNA和134个miRNA成功构建了SAE小鼠海马的ceRNA调控网络。 结论:RNA-seq结果分析发现Ch25h、Il6ra、Lcn2、Sgk1、Nr4a3、Osm、Saa3、Ccl7、Sqle、Dhcr24 10个mRNA以及Rian、Gm35874、Gm34347等lncRNA是调控小鼠SAE的关键基因;同时成功构建了SAE小鼠海马基于lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络。
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编辑人员丨6天前
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视网膜类器官在体移植及感光细胞长期存活实验研究
编辑人员丨6天前
目的:探究体外将人诱导多能干细胞(hiPSCs)定向分化成视网膜类器官(ROs)的进程并进行小鼠在体细胞移植。方法:使用定向分化培养基使BC1-eGFP hiPSCs悬浮培养得到神经球,培养第7天时将神经球贴壁培养诱导出神经视网膜上皮结构,然后人工分离类视网膜结构悬浮培养,进一步定向诱导分化得到成熟的ROs。采用实时荧光定量PCR检测培养第0、7、15、21和30周标志基因的表达水平变化,采用免疫荧光染色法检测培养第8天、第15天、第15周、第21周和第30周标志基因的蛋白水平变化来鉴定诱导分化进程及效果。在体移植ROs实验中,首先破坏外界膜,然后将经消化的RO细胞悬液从角巩膜缘注射到 Gnat1-/-小鼠视网膜下腔,细胞移植后5个月进行视网膜切片的免疫荧光染色检测植入细胞的存活情况、与宿主视网膜的整合以及进一步的成熟分化情况。 结果:形态学和免疫荧光染色结果显示,体外诱导hiPSCs早期形成的眼区细胞高表达神经视网膜上皮特异性标志物PAX6和SOX1,随后细胞可以表达视网膜祖细胞特异性标志物LHX2,集落外圈逐渐形成圆形透明马蹄状的类视网膜结构。机械分离并悬浮培养得到的ROs直径约为1 mm,类视网膜组织逐渐增厚并出现类视网膜色素上皮细胞。实时荧光定量PCR结果显示视网膜祖细胞标志基因 VSX2表达在第7周即达峰值并持续高表达( F=168.30, P<0.01),视网膜前体细胞标志基因 RCVRN在第7周也开始出现并逐渐高表达( F=271.60, P<0.01),感光蛋白基因 RHO在第15周开始表达( F=95.02, P<0.01),而成熟感光细胞标志 OPN1LW/ MW的表达在第21周明显升高( F=40.57, P<0.01)。免疫荧光染色进一步检测到感光蛋白RHO在第30周达高表达状态。RO细胞移植后3周,自身带有绿色荧光的细胞成功在宿主小鼠的视网膜外核层中长期存活,移植后5个月植入细胞表达功能性光信号转导蛋白GNAT1。 结论:体外3D培养诱导hiPSCs生成ROs可成功地模拟人体内视网膜的发育过程,移植的RO细胞能在受体小鼠眼内长期存活,进入外核层并进一步发育成熟为类感光细胞。
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编辑人员丨6天前
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类固醇生成因子-1基因突变及其相关临床表型研究进展
编辑人员丨6天前
类固醇生成因子(SF-1,NR5A1)是在性腺及肾上腺发育过程中起关键调控作用的转录因子。NR5A1基因突变是性发育异常(disorders of sex development,DSD)常见病因之一,目前临床报道的病例多为杂合突变。该基因突变患者临床表型复杂,早期报道的患者表现为不同程度的46,XY性腺发育不良,近年发现该基因突变与男性无精症或女性的卵巢早衰有关,多数患者无肾上腺皮质功能不全。目前认为患者临床表型异质性,可能与不同基因突变对转录活性的功能影响、下游靶基因(如SOX9等)基因剂量效应以及寡基因突变等的遗传背景等相关。通过对NR5A1突变的基因型和相关表型开展研究,有助于人们深入理解性腺发育的过程及其调控机制。
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编辑人员丨6天前
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206例46,XY性发育异常患者的分子诊断和临床特点分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨46,XY性发育异常(DSD)患者的分子诊断方法和临床特点,加深对疾病的认识。方法:采用基于多重PCR的AA芯片法和探针捕获法两种靶向二代测序技术,对2009年7月至2021年6月于上海交通大学医学院附属第九人民医院诊治的206例46,XY DSD患者进行基因检测,并对分子诊断明确患者的临床特点进行分析。结果:206例患者中,同时有小阴茎、尿道下裂、隐睾三种表型的患者诊断率最高,可达75.28%。患者均有不同程度外生殖器男性化不全表现,其中小阴茎伴有尿道下裂最为常见(87.25%)。81例(39.32%)患者检测为单一基因突变,104例(50.49%)患者存在多个基因突变,21例(10.19%)患者未检测到基因突变。根据美国医学遗传学和基因组学(ACMG)指南统计致病和可疑致病比例,发现明确分子诊断的有107例,诊断率为51.94%,包括类固醇5α-还原酶2(SRD5A2)突变40例(37.38%),雄激素受体(AR)突变36例(33.64%),类固醇生成因子1(NR5A1)突变18例(16.82%),17β-羟类固醇脱氢酶3(HSD17B3)突变6例(5.61%),17α-羟化酶/17,20-裂解酶(CYP17A1)、Wilms肿瘤相关基因1(WT1)、GATA结合蛋白4(GATA4)突变各2例(1.87%),黄体生成素受体(LHCGR)突变1例(0.93%)。在81例青春期后患者中,29例有乳房发育,其中25例(86.21%)为AR突变。结论:46,XY DSD患者的临床表型和分子病因复杂。靶向二代测序具有高通量、高效率、低成本的优势,尤其对遗传异质性较强的46,XY DSD病因诊断具有重要价值。
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编辑人员丨6天前
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转移性结直肠癌免疫微环境及预后相关的免疫相关差异表达基因分析
编辑人员丨6天前
目的:通过生物信息学方法,分析转移性结直肠癌原发肿瘤组织及转移灶组织的免疫微环境差异,筛选与预后相关的转移性结直肠癌特异性免疫相关差异表达基因。方法:从基因表达综合(GEO)数据库中下载结直肠癌及转移灶基因芯片数据集GSE131418,包括莫菲特癌症中心MCC队列的样本数据517例和Consortium队列样本数据618例;从免疫学数据库和分析门户IMMPORT中下载免疫相关基因集,包含免疫相关的基因2 483个。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载结直肠癌组织及癌旁组织的RNA测序数据共695例,临床信息627例。采用ESTIMATE算法计算转移灶组织和原发肿瘤组织的基质细胞评分、免疫细胞评分、基质免疫总评分,并用CIBERSORT反卷积算法对结直肠癌原发肿瘤组织及转移灶组织的22种免疫细胞浸润情况进行比较分析。筛选免疫相关差异表达基因并进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。根据各免疫相关差异表达基因表达水平的中位数将患者分为高、低表达组,分别使用Kaplan-Meier法和Cox比例风险模型对免疫相关差异表达基因进行分析,筛选两种方法结果中与预后显著相关的基因(均 P<0.01),用Cox回归进行多因素分析。比较TCGA数据库和GEO数据库GSE131418数据集中各基因在肿瘤组织和癌旁组织、原发肿瘤组织和转移灶组织中的表达差异,并进行生存分析。 结果:转移性结直肠癌转移灶组织基质细胞评分、免疫细胞评分、基质免疫总评分均低于原发肿瘤组织(均 P<0.001)。与原发肿瘤组织相比,转移灶组织中活化的自然杀伤(NK)细胞、单核细胞、CD8 + T细胞、T细胞、活化的树突细胞比例增高,而未活化的肥大细胞、未活化的树突细胞、未活化的NK细胞、活化的记忆CD4 + T细胞、M1型巨噬细胞以及中性粒细胞比例降低。转移性结直肠癌转移灶组织与原发肿瘤组织免疫相关差异表达基因289个,其中上调基因101个,下调基因188个。KEGG信号通路富集结果显示,在转移性结直肠癌转移灶组织的免疫微环境中,发生了血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、程序性死亡受体配体1(PD-L1)表达与程序性死亡受体1(PD-1)检查点通路、辅助性T细胞(Th)1和Th2细胞分化、Th17细胞分化、NF-κB信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、MAPK信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等信号通路的富集。筛选出7个预后相关的免疫相关差异表达基因,分别为ANGPTL5、FPR1、HSPA8、NR2E3、PSMD2、PSMD8、SBDS。Cox回归多因素分析结果显示,转移性结直肠癌免疫相关差异表达基因ANGPTL5( HR=2.69,95% CI 1.22~5.92, P<0.05)、HSPA8( HR=0.57,95% CI 0.33~0.97, P<0.05)、SBDS( HR=2.23,95% CI 1.18~4.21, P<0.05)是转移性结直肠癌独立的预后影响因素。ANGPTL5在肿瘤组织中表达低于正常组织,在转移灶组织中的表达高于原发肿瘤组织,而肿瘤组织高表达ANGPTL5的患者预后更差。HSPA8在肿瘤组织中表达高于正常组织,在转移灶组织中的表达低于原发肿瘤组织,而肿瘤组织高表达HSPA8的患者预后更好。SBDS在肿瘤组织中表达低于正常组织,在转移灶组织中的表达低于原发肿瘤组织,而肿瘤组织高表达SBDS的患者预后更差。 结论:转移性结直肠癌的免疫微环境与原发肿瘤相比存在较大差异,其免疫细胞浸润程度降低,整体处于免疫抑制状态,筛选出预后相关的转移性结直肠癌特异性免疫相关差异表达基因可能是新的转移性结直肠癌治疗靶点。
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编辑人员丨6天前
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维奈克拉联合阿扎胞苷治疗急性髓系白血病近期效果观察
编辑人员丨6天前
目的:探讨维奈克拉(Ven)联合阿扎胞苷(AZA)治疗初治及复发难治急性髓系白血病(AML)的近期临床效果。方法:回顾性分析2020年4月至2022年6月在南京中医药大学附属苏州市中医医院接受Ven+AZA治疗的18例初治及复发难治AML患者资料。分析初治和复发难治及不同基因突变患者完全缓解或血细胞计数未完全恢复的完全缓解(CR/CRi)情况及客观缓解率(ORR)[以CR/CRi+部分缓解(PR)计算]。随访截至2022年6月30日,分析复发难治患者总生存(OS)情况。总结不良反应发生情况。结果:18例患者中位年龄58岁(23~81岁),男性8例,女性10例;初治6例,复发难治12例;中位随访时间3个月(1~15个月)。6例初治患者经1个周期Ven+AZA治疗后,5例达CR/CRi,ORR为83.3%(5/6);12例复发难治患者经1个周期Ven+AZA治疗后,5例达CR/CRi,3例PR,ORR为66.7%(8/12)。18例患者中,FLT3-ITD/TKD突变7例,1个周期Ven+AZA治疗后,其中1例达CR/CRi,1例PR,ORR为28.6%(2/7);NPM1突变3例,均合并FLT3-ITD/TKD突变,其中1例达CR/CRi,ORR为33.3%(1/3);IDH1/2突变4例,其中3例合并FLT3-ITD/TKD突变,均未缓解,另1例合并K/NRAS突变,为复发难治患者,达CR/CRi;K/NRAS突变4例中,2例合并FLT3-ITD/TKD突变,其中1例未缓解、1例PR,另外2例达CR/CRi,ORR为75.0%(3/4)。12例复发难治患者中,至随访结束,6例死亡,中位OS时间2.6个月(1~8个月),其中4例疾病进展,2例疾病复发;生存的6例患者病情稳定。18例患者均发生≥3级血液学不良反应,非血液学不良反应包括肺部感染、恶心、呕吐、腹泻等。结论:Ven+AZA治疗初治及复发难治AML患者可获得较高的治疗反应率,不良反应可耐受,但对于伴FLT3-ITD/TKD突变的AML患者疗效不佳。
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编辑人员丨6天前
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常染色体隐性遗传增强蓝视锥细胞综合征中国汉族一家系临床和遗传学特征分析
编辑人员丨6天前
目的:分析增强蓝视锥细胞综合征(ESCS)一家系的临床表型及致病基因。方法:采用家系调查研究方法,收集2021年6—9月于河南省立眼科医院就诊的中国汉族疑似ESCS一家系,该家系共3代8人,其中患者1例。对先证者进行全面的眼科检查,包括视力、斜视程度、眼前节和眼底情况、视网膜自发荧光、荧光素眼底血管造影、全视野视网膜电图(ERG)、多焦ERG、光相干断层扫描,以评估表型。收集该家系成员外周血样本,提取DNA,采用全外显子组测序(WES)技术进行测序,筛查致病基因及变异位点。采用Sanger测序验证变异位点是否与临床表型共分离。采用SIFT、Polyphen2、MutationTaster在线工具分析变异位点有害性;采用美国医学遗传学及基因组学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南分析变异位点致病性;采用SIFT分析变异位点对应氨基酸序列保守性。结果:该家系符合常染色体隐性遗传方式。先证者自幼夜盲、远视、调节性内斜视、周边视网膜色素样沉积、视网膜劈裂、ERG明视反应以大振幅波为主。WES检测发现1个复合杂合变异 NR2E3 5号外显子c.671C>T:p.S224L和6号外显子c.955G>A:p.E319K,Sanger测序验证结果显示变异位点与临床表型共分离。2个变异位点均为错义变异,在gnomAD数据库东亚人群中变异频率为0;SIFT、Polyphen2、MutationTaster预测基因产物有害;其中c.671C>T变异在疾病数据库ClinVar中有意义不明记录,c.955G>A变异为未报道新位点。ACMG遗传变异分类标准与指南显示2个变异均为临床意义未明变异。2个变异位点对应的氨基酸序列在不同物种中均具有高度保守性。 结论:该家系符合ESCS的临床特征和遗传学诊断。本研究发现了 NR2E3基因2个未报道的变异位点c.671C>T:p.S224L和c.955G>A:p.E319K。
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编辑人员丨6天前
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过硫谷胱甘肽可改善高脂食物导致的雄鼠低睾酮水平状态
编辑人员丨6天前
目的:探究过硫谷胱甘肽(glutathione persulfate,GSSH)是否可以改善雄性肥胖小鼠的低睾酮水平,并探讨其作用机制。方法:将45只小鼠平均分为3组,低脂饮食(low-fat diet,LFD)组:喂LFD 10周,随后45 d继续LFD同时每天腹腔注射生理盐水(normal saline,NS),记为LFD+NS组( n=15);高脂饮食(high-fat diet,HFD)组:喂HFD 10周,随后45 d继续HFD同时每天腹腔注射NS,记为HFD+NS组( n=15);HFD+GSSH组( n=15):HFD 10周,随后45 d HFD同时每天腹腔注射GSSH(200 mg/kg)。处理结束后所有小鼠眼眶取血,断颈处死小鼠并解剖取出睾丸,分别用ELISA、qPCR以及Western blotting的方法检测小鼠血清睾酮和丙二醛(malondialdehyde,MDA)水平、睾酮关键合成酶(StAR、3β-HSD、Cyp11a1、Cyp17a1)以及抗氧化蛋白(StAR、3β-HSD、NR5A1、EHD3)表达水平等。此外,用100 μmol/L的GSSH处理小鼠睾丸碎片后检测睾酮合成酶表达水平。最后用50 μmol/L和100 μmol/L的GSSH分别处理小鼠睾丸间质TM3细胞株24 h后,加入100 μmol/L的H 2O 2,继续培养TM3细胞24 h,然后收集细胞检测NR5A1、SOD与Nrf2蛋白表达水平。 结果:①给药结束后,LFD+NS组、HFD+NS组与HFD+GSSH组小鼠的体质量分别是(30.67±1.22)g、(40.43±1.56)g、(33.30±0.95)g;HFD+NS组体质量增加了24.53%,给药前后差异有统计学意义( P=0.002),而LFD+NS组、HFD+GSSH组的体质量在给药前后差异均无统计学意义(均 P>0.05)。②HFD+NS组小鼠睾酮浓度为(12.9±1.7)μg/L,显著低于LFD+NS组[(18.3±1.2)μg/L],差异有统计学意义( P=0.020);HFD+GSSH组小鼠睾酮浓度为(25.4±2.1)μg/L,显著高于HFD+NS组,差异有统计学意义( P=0.030)。RT-PCR检测结果显示,与LFD+NS组小鼠相比,HFD+NS组小鼠睾丸所有被检测的睾酮合成关键基因( StAR、3β- HSD、 Cyp11a1及 Cyp17a1)表达水平都显著下降( P=0.003、 P=0.007、 P<0.001、 P<0.001)。这些基因的表达水平则在HFD+GSSH组小鼠睾丸中得到了恢复( P=0.002、 P<0.001、 P<0.001、 P=0.006)。③与LFD+NS组小鼠[(9.00±1.59)nmol/mL]相比,HFD+NS组小鼠血清MDA水平[(10.61±1.73)nmol/mL]显著升高( P=0.016);与HFD+NS组小鼠相比,HFD+GSSH组小鼠血清MDA水平[(9.23±0.94)nmol/mL]下降,且具有统计学意义( P=0.048)。④HFD+NS组的肥胖小鼠睾丸中NR5A1、EHD3、StAR与3β-HSD蛋白水平与LFD+NS组小鼠相比明显下调( P=0.002、 P=0.012、 P=0.004、 P=0.043),HFD+GSSH组小鼠睾丸中NR5A1、EHD3、StAR与3β-HSD蛋白水平与HFD+NS组的肥胖小鼠相比则显著上升( P<0.001、 P=0.017、 P=0.004、 P<0.001)。⑤TM3细胞在H 2O 2的存在下,NR5A1、Nrf2与SOD的表达水平皆发生显著下调( P<0.001、 P=0.002、 P=0.004)。 结论:GSSH通过提高睾酮合成所需关键基因表达而改善HFD喂养的雄鼠睾酮水平。
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编辑人员丨6天前
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一例 NR5A1基因新变异所致46,XY性发育异常的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨1例46,XY性发育异常(disorders of sex development,DSD)患儿的遗传学机制,并分析其基因型与表型的相关性。方法:对患儿进行全外显子组测序,并对其 NR5A1基因的第1~7外显子进行多重连接探针扩增检测。 结果:患儿表现为幼稚女童外阴,Tanner分期为1期。B超可见卵巢和子宫。患儿外周血染色体核型为46,XY,全外显子组测序发现其携带 NR5A1基因第5外显子杂合缺失(chr9q33.3:127 255 298-127 255 438),为新发现的致病变异,遗传自母亲,父亲未见异常。 结论:46,XY DSD患儿主要表现为外生殖器男性化不足, NR5A1基因变异是其重要的遗传学病因。全外显子组测序提高了基因变异的检出率,为患儿家庭的遗传咨询提供了确切的依据。
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编辑人员丨6天前
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荧光原位杂交检测骨与软组织肿瘤EWSR1基因重排的临床应用价值及不典型信号分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨应用荧光原位杂交(FISH)检测骨与软组织肿瘤EWSR1基因重排的临床应用价值并对出现不典型信号的病例进行分析。方法:收集首都医科大学附属北京积水潭医院2014—2021年应用FISH检测EWSR1基因重排的病例,分析其用于诊断相关骨与软组织肿瘤的临床应用价值并对FISH检测结果呈不典型信号的病例进行二代测序以进一步分析。结果:应用FISH检测EWSR1基因重排病例211例,检测成功205例(205/211,97%),失败6例(6/211,3%)。6例检测失败病例中,4例因骨组织脱钙不当未检测到荧光信号,1例因切片太厚信号重叠无法判读,1例因信号扩增且杂乱无法判读。205例检测成功病例中,阳性122例(122/205,59%),不典型阳性8例(8/205,4%),阴性75例(75/205,37%)。阳性者其阳性细胞百分数为34%~98%,其中120例(120/122,98%)阳性细胞百分数>50%。205例检测成功病例中,156例组织学诊断为尤因肉瘤,其中阳性110例(110/156,71%),不典型阳性7例(7/156,4%),阴性39例(39/156,25%)。9例组织学诊断为软组织透明细胞肉瘤,其中阳性6例(6/9),不典型阳性1例(1/9),阴性2例(2/9)。5例组织学诊断为骨外黏液样软骨肉瘤,其中阳性2例(2/5),阴性3例(3/5)。3例组织学诊断为血管瘤样纤维组织细胞瘤,其中阳性2例(2/3),阴性1例(1/3)。2例组织学诊断为软组织肌上皮瘤,其中阳性1例(1/2),阴性1例(1/2)。1例组织学诊断为嗅神经母细胞瘤,结果为阳性。检测其他肿瘤29例,包括骨肉瘤、滑膜肉瘤、恶性黑色素瘤等,均为阴性。以组织学为金标准,将不典型阳性按阴性考虑,以29例其他肿瘤为对照组病例,检测EWSR1基因重排诊断尤因肉瘤的灵敏度为71%,特异度为100%;诊断软组织透明细胞肉瘤的灵敏度为67%,特异度为100%;诊断骨外黏液样软骨肉瘤的灵敏度为40%,特异度为100%;诊断血管瘤样纤维组织细胞瘤的灵敏度为67%,特异度为100%;诊断软组织肌上皮瘤的灵敏度为50%,特异度为100%;诊断嗅神经母细胞瘤的灵敏度为100%,特异度为100%。8例具有不典型阳性信号的病例中4例有足够组织材料送检二代测序,结果均证实存在EWSR1基因重排,形成的融合基因分别为EWSR1::FLI1(尤因肉瘤)、EWSR1::NFATC2(EWSR1::NFATC2肉瘤)、EWSR1::ATF1(软组织透明细胞肉瘤)和EWSR1::NR4A3(骨外黏液样软骨肉瘤)。结论:应用FISH检测EWSR1基因重排对骨与软组织肿瘤的诊断具有重要意义。对于出现不典型信号病例的解读要紧密结合组织形态,必要时应用其他分子检测方法验证。
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编辑人员丨6天前
