目的:探索转录因子（transcription factors, TFs）和结肠癌预后的联系，通过TCGA和GEO双数据库构建预后模型，从而量化患者的风险并指导临床治疗决策。方法:本研究运用TCGA和GEO数据库中结肠癌的转录组和临床数据，先将转录组数据进行基因注释并计算基因表达量，对TCGA和GEO中TFs行差异性分析（| log2FC| >1，P-Value（Fdr）<0.05）。取双数据交集的差异TFs行相关预后分析（ P<0.01）。利用COX多因素分析计算出预后相关TFs的风险系数和其风险值，应用"survival"和"glmnet"包进行COX模型构建TFs预后模型。绘制出序列集和验证集的生存曲线（ P<0.001）及ROC曲线（AUC>0.75），对风险值的分布进行可视化。按风险值分组后计算GSEA富集分析，构建基因集网格，进行靶基因预测，最后进行GO和KEGG的通路富集分析。 结果:取TCGA和GEO数据库两者交集的387个表达差异的TFs绘制热图，火山图及TFs相关的森林图，按照COX多因素分析构建出结肠癌预后模型=0.310×HSF4+0.137×IRX3-0.127× ATOH1+0.290×OVOL3+0.137×HOXC6+0.155×SIX2+0.092×ZNF556-0.444×CXXC5+0.429×TIGD1+0.413×TCF7L1。通过富集分析，结果显示这些预后因子可能直接或间接作用于癌通路，如基础细胞癌与癌症信号通路、局部组织与细胞黏附及细胞外基质等。结论:构建的TFs对结肠癌预后模型可量化结肠癌预后风险，其高风险组是结肠癌预后的独立风险因素，该模型是一种评估结肠癌预后的新方式。

目的:探讨微小RNA(miR)-30a-5p/OVOL2轴对人恶性脑胶质瘤(HMG)U-87 MG细胞增殖能力的调控作用及信号通路机制。方法:利用定量聚合酶链反应(qPCR)和蛋白质印迹法(Western blot)分别检测miR-30a-5p和OVOL2在HA1800和U-87 MG细胞系中的mRNA水平和蛋白水平；通过细胞计数试剂盒(CCK-8)检测抑制miR-30a-5p表达后U-87 MG的细胞增殖能力和过表达OVOL2后U-87 MG细胞的增殖能力；用qPCR和Western blot实验检测抑制miR-30a-5p表达后U87-MG细胞中OVOL2的mRNA和蛋白表达水平；通过miRNA靶基因网站预测OVOL2 mRNA的3’端非编码区(3’UTR)与miR-30a-5p的结合序列，通过双荧光素酶报告基因实验验证靶向结合关系；利用CCK-8检测下调miR-30a-5p表达的同时下调OVOL2表达后U-87 MG的增殖水平，利用Western blot检测下调miR-30a-5p表达或上调OVOL2表达后U-87 MG细胞中总β-连环蛋白(t-β-catenin)和磷酸化β-catenin(p-β-catenin)的蛋白表达水平。两组间比较采用 t检验。 结果:在U-87 MG中miR-30a-5p表达高于HA1800细胞，而OVOL2表达低于HA1800细胞；下调miR-30a-5p的表达可以抑制U-87 MG细胞的增殖能力；上调OVOL2的表达可以抑制U-87 MG细胞的增殖能力；miR-30a-5p通过靶向抑制OVOL2的表达调控U-87 MG细胞的增殖能力；下调OVOL2的表达逆转了下调miR-30a-5p表达所导致的U-87 MG细胞增殖能力的抑制，下调miR-30a-5p或上调OVOL2的表达抑制了该细胞中Wnt/β-catenin信号通路的水平。结论:miR-30a-5p/OVOL2轴通过Wnt/β-catenin信号通路调控HMG细胞的增殖能力。

目的 初步探索转录因子Ovo样锌指2(Ovol2)对食管鳞状细胞癌(ESCC)增殖、迁移能力的影响和相关机制.方法 体外培养食管鳞癌细胞系HKESC1、EC109、EC9706、KYSE30、KYSE140、KYSE180、KYSE410、KYSE510、KYSE520和正常食管上皮细胞系NE1,用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测上述细胞系中Ovol2的mRNA表达水平,采用Western blot检测上述细胞Ovol2蛋白表达水平、EC9706和TE1稳定株对照组(DMSO处理)和实验组(Doxycycline处理)Ovol2蛋白表达水平及EC9706和TE1细胞空白对照组(Blank)、稳定株对照组(DMSO处理)和稳定株实验组(Doxycycline处理)中上皮间充质转化(EMT)相关基因的蛋白表达水平;采用慢病毒感染的方法构建Ovol2诱导过表达稳定株,1 μg/mL的Doxycycline处理稳定株诱导Ovol2表达,1DMSO处理稳定株作为对照;平板克隆形成实验、CCK-8细胞增殖实验检测细胞增殖能力;划痕愈合实验、Transwell细胞迁移实验检测食管癌细胞迁移能力.结果 与正常食管上皮细胞系NE1相比,Ovol2在食管癌细胞系中蛋白表达水平明显降低,且Ovol2在不同食管癌细胞系中的表达存在明显差异,差异均有统计学意义(P<0.05);Ovol2在食管癌细胞系和NE1中的mRNA表达水平差异有统计学意义(P<0.05).EC9706和TE1细胞实验组的克隆形成数量较对照组减少,其中EC9706对照组为(246.33±11.50)个,EC9706实验组为(83.00±7.55)个,TE1对照组为(170.00±9.00)个,TE1实验组为(20.33±3.06)个,两个细胞系过表达组和对照组的差异均有统计学意义(P<0.05);EC9706和TE1实验组的增殖速率较对照组减慢,差异均有统计学意义(P<0.05).EC9706和TE1细胞实验组较对照组穿过Transwell小室的细胞数量减少,其中EC9706对照组为(150.00±20.27)个,EC9706实验组为(25.00±7.00)个;TE1对照组为(180.00±10.40)个,TE1实验组为(33.00±6.70)个,以上差异均有统计学意义(P<0.05);EC9706细胞实验组在同样时间内划痕愈合范围较对照组缩小,差异有统计学意义(P<0.05).EC9706实验组细胞形态更加接近上皮细胞,与对照组相比,EC9706细胞克隆形态更加规则,克隆边缘毛刺减少.EC9706和TE1细胞实验组较空白对照组和对照组中E-cadherin表达升高,N-cadherin、Vimentin表达下降,差异有统计学意义(P<0.05).结论 Ovol2通过调控上皮间充质转化(EMT)而抑制食管癌细胞的增殖及迁移能力.

目的 通过C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)亲本品系小鼠流感感染后相关表型及杂交子代BXD小鼠肺脏转录本数据的系统性分析进行基因筛选,以找到在流感病毒感染中发挥作用的候选基因.方法 共选取41个BXD小鼠及亲本品系B6和D2的雌性小鼠,在8～12周龄之间给予流感病毒甲型鼠肺适应株(H1N1,PR8M)得到相关表型及基因表达量数据,对基因表达量进行聚类分析及加权基因共表达网络分析,构建模块特征值与小鼠病毒载量的相关性,经表达数量性状座位分析,皮尔逊相关性分析,结合全基因组关联研究(GWAS)、小鼠基因组信息学(MGI)、国际小鼠表型联合会(IMPC)三个基因数据库中的信息分析筛选流感病毒感染相关的候选功能基因及确定该基因的遗传调控方式;最后将挑选出的基因进行通路富集分析.结果 通过聚类分析和加权基因共表达网络分析,将24 219个基因分为23个模块;通过模块与表型的相关性分析,发现MEred、MEgreen、MEma-genta模块与感染密切相关,将其作为核心模块;对核心模块基因通过KEGG和MPO富集分析,结果显示流感病毒相关基因显著参与MAPK信号通路、TNF信号通路等多个细胞免疫相关通路;对核心模块内基因与BXD小鼠流感病毒感染的3种表型(体质量减轻,平均死亡时间和感染后体质量减轻中位数)进行相关性分析,共发现21个基因的肺mRNA表达水平与3种表型均相关(P＜0.05);进一步通过GeneNetwork中GEMMA算法对这21个基因行表达数量性状座位分析,结果表明Acpl2受顺式遗传调控,Dusp12、Ovol2、Catsper4、Tmc5、Acsm 1、Fam81a、Rtn4、Rhpn1受反式遗传调控;通过结合MGI,IMPC,GWAS三个基因数据库中的信息分析发现部分基因在免疫通路方面发挥作用.结论 通过系统遗传学分析,在小鼠基因组上鉴定了影响流感病毒感染相关的21个候选基因,后续可做进一步的功能验证来阐明其参与流感病毒感染的遗传调控机制.

目的:对基因芯片表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的胰腺癌数据进行生物信息学分析,探讨长链非编码RNA(lncRNA)与mRNA在胰腺癌中的差异表达和预后价值.方法:首先对GEO数据库中的胰腺癌数据注释获得mRNA和lncRNA,并对芯片中的mRNA和lncRNA取交集获得差异mRNA和lncRNA.然后对差异mRNA和lncRNA进行基因分析,同时对TCGA数据库中胰腺癌的相关数据进行生存分析.结果:通过基因分析获得与胰腺癌相关可信度高的差异mRNA 1147个,lncRNA 336个,通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,构建lncRNA-mRNA共表达网络、lncRNA-mRNA-pathway网络、信号通路关系网络及蛋白质相互作用网络,结果证明mRNA和lncRNA对胰腺癌的发生发展有着重要影响;生存分析发现有12个lncRNA与胰腺癌的预后相关,分别是ATP1A1-AS1、CBR3-AS1、CTD-3080P12.3、FAM66D、FAM87A、FLJ38576、LINC00476、LINC00574、LINC01554、PYY2、LINC00857、OVOL1-AS1.结论:lncRNA对胰腺癌的发生发展及预后有显著影响,有望为胰腺癌的靶向治疗和预后评估提供新的治疗靶点和分子标志物.

Objective:The aim of the present study was to analyze the prognostic factors in patients with hepatoblastoma (HB) in our single center and to evaluate periostin (POSTN) expression in HB and its association with clinicopathological variables.In addition,the underlying mechanism of how POSTN promotes HB progression was discussed.Methods:POSTN expression was investigated in HB tumors by immunohistochemistry (IHC),immunofluorescence (IF) and Western blot (WB).The association among POSTN expression,clinicopathological features and overall survival (OS) was also evaluated.The migration and adhesion ability of HB cells were measured using chemotaxis and cell-matrix adhesion assays,respectively.Epithelial-mesenchymal transition (EMT)-associated markers and activation of the ERK pathway were detected by WB.Results:HB patients had poor prognosis which displayed lymph node metastasis,vascular invasion,POSTN and vimentin expression.POSTN expression was also associated with lymph node metastasis.Furthermore,overexpressed POSTN promoted migration and the adhesive ability of HB cells in vitro.In addition,we demonstrated that POSTN activated the MAPK/ERK pathway,upregulated the expression of Snail and decreased the expression of OVOL2.Finally,POSTN promoted the expression of EMT-associated markers.Conclusions:POSTN might modulate EMT via the ERK signaling pathway,thereby promoting cellular migration and invasion.Our study also suggests that POSTN may serve as a therapeutic biomarker in HB patients.

OVOL2在神经管、心脏、胎盘和乳腺等的发育过程中发挥重要作用,近年来研究表明OVOL2参与调控肿瘤的发生发展.OVOL2通过抑制上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)相关基因(ZEB1、SLUG、TWIST1等)的表达和WNT、TGF-β信号通路,从而抑制癌细胞的侵袭和转移,其表达水平与癌症患者的总生存率呈正相关.研究发现,中等程度的EMT与癌细胞干性相关,OVOL2除了通过EMT调控癌细胞干性之外,可能还存在其他调控机制.因此,OVOL2是治疗恶性肿瘤的一个潜在靶点,恢复或提高OVOL2的表达水平可为治疗某些恶性肿瘤提供新策略.

目的:探讨三基序蛋白58(TRIM58)与OVOL1蛋白在结直肠癌组织中的表达及对临床预后的意义.方法:选取2016年11月—2017年10月经抚顺市中心医院确诊并进行治疗的62例结直肠癌患者,收集其癌组织标本及对应的癌旁组织标本.采用免疫组织化学染色法检测癌组织与癌旁组织中TRIM58与OVOL1蛋白表达水平.采用χ2检验和Cox回归分析分别探讨TRIM58与OVOL1蛋白表达与结直肠癌患者临床病理特征及预后的关系.结果:结直肠癌组织中TRIM58、OVOL1蛋白高表达率均明显低于癌旁组织(32.26％比61.29％;35.48％比59.68％;P<0.001).不同年龄、性别、肿瘤部位、分化程度及肿瘤直径结直肠癌患者TRIM58、OVOL1高低表达率差异无统计学意义(P>0.05);但结直肠癌不同TNM分期、是否淋巴结转移患者TRIM58、OVOL1高低表达率差异有统计学意义(P<0.05),且TNM分期越高、出现淋巴结转移的结直肠癌组织中的TRIM58、OVOL1表达明显降低(P<0.05).TRIM58蛋白高表达的结直肠癌患者中位生存期(35个月)明显高于TRIM58蛋白低表达患者(25个月),OVOL1蛋白高表达的结直肠癌患者中位生存期(36个月)明显高于OVOL1蛋白低表达患者(24个月),差异均有统计学意义(P<0.05).单因素分析得出,TNMⅢ～Ⅳ期、淋巴结转移、TRIM58低表达、OVOL1低表达结直肠癌患者的生存时间均缩短(P<0.05);Cox多因素回归分析得出:TNMⅢ～Ⅳ期、淋巴结转移、TRIM58低表达、OVOL1低表达均为结直肠癌预后的危险因素(P<0.05).结论:TRIM58、OVOL1蛋白在结直肠癌组织中均呈低表达,TRIM58、OVOL1蛋白表达水平与患者临床病理特征显著相关,TRIM58、OVOL1蛋白低表达的结直肠癌患者预后较差.

OVO样蛋白家族(OVO-like proteins,OVOL)是一类含C2H2 锌指结构域的转录因子,包括三个成员OVOL1、OVOL2 和OVOL3.OVOL家族在胚胎发育中发挥重要作用,可抵抗上皮细胞向间充质细胞转化.近年来,越来越多的研究表明OVOL家族在肿瘤恶性进展过程中也发挥重要作用.目前已发现OVOL家族在包括乳腺癌、肺癌和结直肠癌等在内的多种恶性肿瘤中表达失调,并通过调控上皮-间充质转化(epithelial-to-mesenchymal transition,EMT)在肿瘤侵袭转移中发挥重要作用.本文主要综述OVOL家族在肿瘤转移中的调控作用及其机制.