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基于CRISPR/Cas9技术构建SLC19A2基因敲除小鼠及其表型验证
编辑人员丨1天前
目的 利用CRISPR/Cas9技术构建SLC19A2基因敲除的纯合子小鼠模型,并验证其表型.方法 设计gRNA载体,将构建好的gRNA载体和Cas9载体进行体外转录后共注射到受精卵,经胚胎移植后获得6只(雌性3只、雄性3只)阳性F0代小鼠.通过繁育获得12只(雄性6只、雌性6只)SLC19A2基因敲除纯合子小鼠[SLC19A2-/-小鼠(C57BL/6)].8周龄野生型C57BL/6小鼠和SLC19A2-/-小鼠各12只(雄性6只、雌性6只),分别设为野生型组与基因敲除纯合子组.采用PCR扩增凝胶电泳法鉴定小鼠基因型;采用实时荧光定量PCR检测胰腺组织和肝脏组织中SLC19A2 mRNA表达,采用蛋白质印迹法检测胰腺组织和肝脏组织中THTR-1蛋白表达.结果 PCR扩增凝胶电泳法成功鉴定出SLC19A2-/-小鼠.基因敲除纯合子组胰腺组织和肝脏组织中SLC19A2 mRNA及THTR-1蛋白表达水平低于野生型组,差异有统计学意义(P<0.05).结论 基于CRISPR/Cas9技术成功构建了 SLC19A2基因敲除小鼠.
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编辑人员丨1天前
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基于生物信息学方法筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因
编辑人员丨1天前
目的:利用生物信息学技术筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因(FRG)。方法:使用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载RNA测序数据,共545例结直肠腺癌患者临床信息,602例数据集。从FerrDb数据库下载FRG基因集。取FRG基因集与TCGA数据库基因集交集,得到FRG表达数据集。使用R软件筛选结直肠腺癌组织与癌旁组织间差异表达FRG和预后相关基因,获得影响结直肠腺癌预后的FRG。通过在线蛋白互作网络工具分析蛋白之间的互作关系及蛋白质表达的相关性。使用LASSO回归分析构建患者5年总生存率的预后风险模型,计算TCGA数据库509例结直肠腺癌样本的风险值,以中位风险值为临界值,将患者分为高风险组(≥中位风险值)、低风险组(<中位风险值),并绘制生存曲线。绘制依据FRG预后模型的风险值预测TCGA数据库中结直肠腺癌患者5年总生存率时间依赖的受试者工作特征(ROC)曲线,使用Cox比例风险模型进行单因素和多因素生存分析,筛选影响预后的因素。基于基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对与结直肠腺癌预后相关的FRG进行通路富集分析。结果:数据库中545例患者临床信息,602个数据集中,通过比较发现199个在结直肠腺癌中差异表达的FRG,28个预后相关的FRG,取交集后发现21个影响结直肠腺癌患者预后的FRG。DUOX2、NOX4、NOX1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、ULK1、ATG3与WIPI1基因间可能有相关性;NOX4、NOX5、PLIN4和ATP6V1G2基因表达呈正相关,ULK1与MAPK1、MYB、FANCD2、ATG3、ATP5MC3基因表达呈负相关。使用LASSO回归分析,最终筛选出15个FRG(ATP5MC3、NOX4、NOX5、ALOX12B、ATG3、WIPI1、MAPK1、MYB、AKR1C1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、DRD4、SLC2A3、PLIN4),构建风险模型,风险值=NOX4×0.139-ATP5M3×0.108+NOX5×1.486+ALOX12B×0.475-ATG3×0.030-WIPI1×0.170-MAPK1×0.271-MYB×0.063+AKR1C1×0.021+DDIT3×0.186+JDP2×0.292+ATP6V1G2×0.777+ DRD4×0.294+SLC2A3×0.059+PLIN4×0.113。高风险组患者总生存较低风险组差( P<0.001),低风险组5年总生存率为76.8%,高风险组5年总生存率为48.2%。多因素生存分析显示年龄和风险值是预后的独立影响因素。使用预后相关FRG构建的风险模型能够较好地预测患者5年总生存率(曲线下面积0.728)。高、低风险组患者中的差异表达基因可能与细胞外基质组成和细胞外结构构成、局部黏附等基因通路有关。 结论:依据筛选的FRG构建的预后风险模型可较好评估结直肠腺癌患者预后,这些FRG有望成为结直肠腺癌预后相关新的候选生物标志物。
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编辑人员丨1天前
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多发性骨骺发育不良一个家系的基因变异鉴定与致病机制分析
编辑人员丨1天前
目的:明确1个多发性骨骺发育不良(MED)家系的基因变异及遗传学病因。方法:选取2020年9月13日于首都医科大学附属北京积水潭医院就诊的1个MED家系作为研究对象。收集该家系的临床资料,采集家系成员的外周血样,提取基因组DNA。对先证者进行全外显子组测序(WES)和生物信息学分析,确定变异位点,并通过Sanger测序法进行家系验证。分别构建 SLC26A2基因野生型和变异型表达质粒,瞬时转染人原代软骨细胞,应用免疫荧光技术与CCK8试剂检测变异对于蛋白定位和细胞增殖的影响。 结果:WES与PCR-Sanger检测发现先证者携带 SLC26A2基因复合杂合变异:c.484G>T(p.Val162Leu)和c.485_486delTG(p.Val162Glyfs*12),分别遗传自其父亲与母亲。免疫荧光检测结果显示变异型SLC26A2 Val162Leu和SLC26A2 Val162Glyfs*12蛋白在人原代软骨细胞的细胞核和细胞质中均有分布,细胞增殖检测结果显示变异型SLC26A2 Val162Leu和SLC26A2 Val162Glyfs*12蛋白均能减少人原代软骨细胞的增殖。 结论:SLC26A2基因c.484G>T和c.485_486delTG变异均可影响人原代软骨细胞的增殖,可能是导致先证者患MED的遗传学病因。
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编辑人员丨1天前
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MassARRAY基因分型技术在新生儿遗传代谢病诊断中的应用
编辑人员丨1天前
目的:探讨MassARRAY基因分型技术应用于新生儿遗传代谢病诊断的准确性、时效性及可行性。方法:回顾性研究。收集2016年12月至2020年1月在浙江省新生儿筛查中心应用串联质谱筛查的疑似阳性患儿7 922例,采用MassARRAY技术进行27种遗传代谢病的常见变异位点检测,通过Sanger或二代测序验证并进一步寻找潜在变异。结果:共1 408份样本送检MassARRAY,307例确诊为遗传代谢病患儿,其中高苯丙氨酸血症检出率最高,其次为原发性肉碱缺乏症、短链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症和甲基丙二酸血症。经Sanger测序验证100%(307/307)符合。287例检测为携带者,49.1%(141/287)经Sanger测序确认为携带者,以 SLC22A5、 MCCC1基因为主。50.8%(146/287)还检测到另一个等位基因变异,以 PAH、 PTS和 ACADS基因为主。814例未发现变异,对其中158例复查后串联质谱特征性指标持续阳性、尿有机酸及其他生化检测等异常的样本进行二代测序,38%(60/158)检测到2个等位基因变异。最终确诊513例遗传代谢病患者,MassARRAY的总检出率为59.8%(307/513)。 结论:MassARRAY技术可作为新生儿遗传代谢病的早期分子筛查方法,在高苯丙氨酸血症、原发性肉碱缺乏症等热点变异集中的疾病中检出率较高,后期需不断优化新的疾病基因和变异位点从而进一步提升其潜在应用价值。
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编辑人员丨1天前
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高通量基因拷贝数变异检测在前庭水管扩大诊断中的应用价值
编辑人员丨1天前
目的:探讨高通量基因拷贝数变异(CNV)检测在前庭水管扩大(EVA)诊断中的应用价值。方法:设计一种基于双重连接和多重荧光PCR的高通量连接探针扩增(HLPA)分析方法,对2014年5月至2016年12月就诊于中南大学湘雅医院的46例非综合征型EVA患者行3个EVA相关基因(SLC26A4、FOXI1和KCNJ10基因)的拷贝数变异检测,用GeneMapper v4.1进行数据分析。对照组为100名听力正常,无其他遗传疾病的健康志愿者。结果:共检测46例EVA患者,男32例,女14例,年龄1~26岁。在4例EVA患者中检测到SLC26A4基因1~3号外显子缺失(4/46,8.7%),该CNV在健康人群DGV(人类基因组结构变异数据库)以及文献中未见报道,且在100名正常对照中未检出。未检测到FOXI1和KCNJ10基因的拷贝数变异。结论:本研究应用HLPA技术以EVA的已知基因为靶向区域进行CNV检测,是对耳聋基因点突变检测的补充,有助于实现EVA的精准基因诊断。
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编辑人员丨1天前
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儿童单基因肾结石病基因型特点分析
编辑人员丨1天前
目的:分析单基因肾结石病患儿的基因型特点。方法:回顾性分析2016年1月至2020年12月在首都医科大学附属北京友谊医院诊治的56例单基因肾结石病患儿临床资料和基因检测结果,所有患儿均为全外显子测序诊断,分析患儿基因型特点。结果:56例单基因肾结石病患儿中男39例、女17例,平均年龄4岁(5个月~14岁),共发现11种基因存在突变,包括常染色体隐性遗传基因7种,X连锁隐性遗传基因1种,显性和隐性遗传基因3种,其中HOGA1基因突变最为常见(16例,28.6%),其次为AGXT基因(15例,26.8%),SLC3A1基因(6例,10.7%),SLC7A9基因(5例,8.9%)和GRHPR基因(5例,8.9%)。突变类型包括无义突变、移码突变和剪切位点突变等,新发突变14个。AGXT、GRHPR和HOGA1等基因具有突变热点或热点区域,分别为c.815-816insGA和c.33dupC突变、c.864_865delTG突变和c.834-834+1突变区域;SLC3A1和SLC7A9基因有9种新发突变,但未发现突变热点或热点区域。结论:儿童单基因肾结石病多为常染色体隐性遗传,致病基因中以HOGA1、AGXT、SLC3A1、SLC7A9和GRHPR等基因突变多见;AGXT、GRHPR和HOGA1等基因具有突变热点或热点区域,且突变可能具有种族差异性。
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编辑人员丨1天前
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SLC25A1基因相关性先天性肌无力综合征二例并文献复习
编辑人员丨1天前
目的:探讨SLC25A1基因相关性先天性肌无力综合征(CMS)的临床及遗传学特征。方法:回顾性分析2015年1月至2019年6月复旦大学附属儿科医院诊治的2例SLC25A1基因相关性CMS患儿的临床资料,并以“SLC25A1”“先天性肌无力综合征”为关键词对万方数据知识服务平台、中国期刊全文数据库(CNKI),以“SLC25A1”“congenital myasthenic syndrome”为关键词,对美国国家生物技术中心(NCBI)、生物医学文献数据库(Pubmed)建库至2020年6月收录的论文进行检索。总结SLC25A1基因相关性CMS的临床表型及基因型特点。结果:2例患儿均为男性,分别为9岁、2岁,发病年龄均在婴儿期,其共同临床表现除典型的CMS症状(波动性肌无力,包括上睑下垂、斜视、咀嚼无力、声音低弱、四肢无力)外,还具有智力障碍、发育迟缓及代谢异常(尿中2-酮戊二酸升高、乳酸升高或者2-羟基戊二酸尿症),家系全外显子测序检测发现存在SLC25A1基因复合杂合变异。文献检索到3篇英文文献共15例患儿,包括本组2例共17例纳入分析,均于2岁以内起病,9例合并轻度智力低下,1例合并发育迟缓;共发现5个SLC25A1基因变异,包括3个错义变异及1个无义变异、1个缺失变异,其中6个家系中12例患儿携带c.740G>A(R247Q)纯合变异,本组2例患儿均有c.145G>A(V49M)变异。结论:SLC25A1基因相关性CMS患儿起病早,多合并智力障碍或者发育迟缓,部分有代谢异常表现,基因型中R247Q和V49M具有重复性。
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编辑人员丨1天前
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铁死亡相关基因在瘢痕疙瘩中的表达及意义
编辑人员丨1天前
目的:探究铁死亡相关基因在人瘢痕疙瘩组织中的表达及意义。方法:收集新疆医科大学第一附属医院整形科2022年1月至2022年6月诊治的35例瘢痕疙瘩及因其他手术切除的20例正常皮肤组织标本,应用免疫组织化学染色法检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中铁死亡标志物谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)的表达情况,实时定量聚合酶链反应技术(RT-qPCR)检测各组GPX4、溶质载体家族7成员11(SLC7A11,又称xCT)、转铁蛋白受体(TFRC)及核转录因子红系2相关因子2(Nrf2) mRNA的表达水平,蛋白质印迹法检测各组GPX4、xCT、TFRC及α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)的蛋白表达水平,比色法检测各组组织铁含量。计量资料符合正态分布时,组间比较采用 t检验,若不符合正态分布,组间比较采用Mann-Whitney- U检验。 结果:免疫组织化学染色结果显示,瘢痕疙瘩组铁死亡标志物GPX4的蛋白表达水平低于正常皮肤组(0.77±0.08比0.92±0.09, t=-3.54, P<0.01)。RT-qPCR结果显示,瘢痕疙瘩组GPX4、xCT及Nrf2 mRNA的表达水平低于正常皮肤组[GPX4:0.74±0.29比1.14±0.49, t=-3.22, P<0.01;xCT:0.81(0.71,1.25)比1.52(0.86,4.64), Z=-2.679, P<0.01;Nrf2:0.49(0.38,1.04)比1.25(0.49,1.73), Z=-2.234, P<0.05],TFRC mRNA的表达水平高于正常皮肤组[1.68(1.13,2.36)比0.87(0.48,1.35), Z=-3.886, P<0.01]。蛋白质印迹法结果显示,瘢痕疙瘩组GPX4、xCT的蛋白表达水平低于正常皮肤组[GPX4:0.75(0.42,0.91)比1.04(0.92,1.96), Z=-3.731;xCT:0.71(0.55,0.86)比0.98(0.95,1.14), Z=-4.941, P均<0.001],TFRC及α-SMA的蛋白表达水平高于正常皮肤组(TFRC:1.13±0.22比0.62±0.16, t=6.342;α-SMA:1.33±0.12比0.51±0.21, t=9.669, P均<0.001)。瘢痕疙瘩组铁含量高于正常皮肤组[(7.59±1.60) μg/g比(3.05±1.28) μg/g, t=9.086, P<0.01]。 结论:瘢痕疙瘩中存在铁死亡现象。
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编辑人员丨1天前
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与嘌呤代谢相关的单基因肾结石病的研究进展
编辑人员丨1天前
一些肾结石病是由单基因病所致,其中与嘌呤代谢相关的单基因病主要包括腺嘌呤磷酸核糖基转移酶(APRT)缺乏症、次黄嘌呤-鸟嘌呤-磷酸核糖基转移酶(HPRT)缺乏症、遗传性黄嘌呤尿症(HX)以及由PRS1、SLC22A12、SLC2A9和ABCG2等基因突变所致病症。这类疾病可导致嘌呤和尿酸代谢异常,进而形成2,8-二羟基腺嘌呤结石、尿酸结石或黄嘌呤结石等。此类疾病临床罕见,不同类型的与嘌呤代谢相关的单基因肾结石病的基因型和表型有其各自特点,且不被广泛认知。目前药物治疗是此类疾病的主要治疗方法。随着基因诊断和治疗技术的进步,不断有新的致病基因和位点被发现,同时随着CRISPR/Cas9等基因编辑技术的逐步应用,与嘌呤代谢相关的单基因肾结石病在未来有望从根本上得到治愈。
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编辑人员丨1天前
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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨1天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨1天前