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原发性远端肾小管酸中毒患者的基因突变分析和临床表型研究
编辑人员丨6天前
目的:对原发性远端肾小管酸中毒(distal renal tubular acidosis,dRTA)患者进行基因突变分析和基因型-表型相关性研究,以提高对该病的认识和理解。方法:通过Sanger测序或全外显子组测序的方法对2010年4月至2020年9月青岛大学附属医院和青岛大学附属市立医院确诊的来自37个家系的44例原发性dRTA患者进行致病基因突变分析,根据2015年美国医学遗传学和基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)的分类标准和指南评估变异致病性。总结患者的临床特点,并进行基因型和表型的关联研究。结果:44例dRTA患者共确定 SLC4A1基因7个变异, ATP6V0A4基因17个变异, ATP6V1B1基因15个变异,其中新增11个新变异;根据ACMG指南,39个变异中致病性、可能致病性和良性变异分别为22、16和1个。9例患者是 SLC4A1基因突变导致的常染色体显性遗传dRTA,4例患者为 SLC4A1基因突变导致的常染色体隐性遗传dRTA合并东南亚卵圆形红细胞增多症并伴有贫血,14例和8例患者分别为 ATP6V0A4基因和 ATP6V1B1基因突变导致的常染色体隐性遗传dRTA,2例患者不符合常染色体隐性遗传模式仅携带1个 ATP6V1B1杂合突变,7例患者检测结果为阴性。43例患者均为完全性dRTA,1例患者为不完全性dRTA。 ATP6V0A4基因和 ATP6V1B1基因突变导致患者感音神经性耳聋的患病率分别为2/14和6/10。成人、儿童和婴幼儿慢性肾脏病的发生频率分别为4/4、2/4、1/36。经以枸橼酸钾钠合剂为基础的药物治疗后,大部分患儿的生长发育(28/40)和电解质紊乱(41/44)得到明显改善。 结论:本研究44例原发性dRTA共发现3个致病基因 SLC4A1、 ATP6V0A4、 ATP6V1B1的39个变异位点,其中11个为新变异。dRTA人群基因型和表型密切相关。经恰当的治疗后,大部分患者的病情获得改善。本研究丰富了人类基因突变数据库,将为dRTA人群的遗传咨询和诊治提供有益的借鉴。
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编辑人员丨6天前
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肺腺癌关键基因及潜在药物的生物信息学分析
编辑人员丨6天前
目的:基于生物信息学筛选肺腺癌预后基因,探讨预后基因与免疫治疗反应性的关系,同时筛选其潜在药物。方法:在基因表达谱(GEO)数据库用GEO2R对GSE30219、GSE31210、GSE32863、GSE33532、GSE40791和GSE75037数据集进行差异表达分析,取 P<0.05且Log2(fold change)≥1的基因,用在线网站取交集得共同上调基因。在GSE31210、GSE42127、GSE68465、GSE72094数据集和癌症基因图谱计划(TCGA)数据库中获取生存资料,用R软件对上调基因行单因素COX回归分析,得到7个预后关键基因。通过基因表达谱交互分析(GEPIA2)网站验证基因表达与预后的关系。使用人类蛋白图集(HPA)在线工具验证关键基因的蛋白表达水平。京东基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)进行基因功能富集分析。使用仙桃学术分析关键基因与免疫治疗反应的相关性。最后通过CellMiner数据库筛选关键基因的敏感性药物。两组间的比较通过Student’s t检验评估。 结果:共获得142个共同上调基因,经单因素COX回归分析和GEPIA2网站验证得到7个预后关键基因,即细胞周期蛋白B2(CCNB2)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、瓣状核酸内切酶1(FEN1)、鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)上皮细胞转化序列2(ECT2)、微小染色体维持蛋白4(MCM4)、母胚亮氨酸拉链激酶(MELK)和溶质载体家族2成员1(SLC2A1)。通过GO和KEGG功能富集分析,关键基因生物学功能主要富集在作用于DNA的催化活性方面,以及在细胞周期、人类T细胞白血病病毒1感染等信号通路上。此外,免疫相关性分析显示7个关键基因与肿瘤突变负荷(TMB)、表面抗原分化簇274(CD274)表达以及肿瘤免疫功能障碍和排斥评分(TIDE)明显相关。最后,7个关键基因得到37个对应的敏感性药物。结论:CCNB2、CDC20、FEN1、ECT2、MCM4、MELK和SLC2A1可以作为肺腺癌预后不良标志物,且可能与免疫治疗低反应性相关,同时得到37个对应的敏感性药物。
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编辑人员丨6天前
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糖原累积病Ⅰb型合并炎症性肠病2例临床表现及基因变异分析并文献复习
编辑人员丨6天前
目的:探讨2例糖原累积病Ⅰb型(GSDⅠb)合并炎症性肠病的临床表现和基因变异特点。方法:对就诊于河北省儿童医院的2例GSDⅠb合并炎症性肠病患儿的临床表现及基因检测结果进行分析,回顾相关文献。结果:2例患儿均为男性,表现为肝脏肿大、空腹低血糖、高乳酸血症、生长迟缓等代谢障碍及中性粒细胞降低、婴幼儿期反复感染、难以愈合的口腔溃疡、难治性腹泻,肠镜检查均发现结肠溃疡,应用粒细胞集落刺激因子(G-CSF)及恩格列净治疗,患儿感染控制、腹泻缓解,出现追赶性生长。检测到4种SLC37A4基因突变,其中c.1145_1163del、c.351delC目前未有报道,SIFT、PolyPhen_2等在线软件预测为致病性变异。结论:当GSDⅠb患儿出现腹泻、腹痛、消化道出血等胃肠道表现,须警惕炎症性肠病的发生,新变异位点的检出丰富了SLC37A4基因的突变谱。
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编辑人员丨6天前
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基于基因组学数据的缺血性脑卒中免疫分子标志物的鉴定
编辑人员丨1个月前
目的 基于基因组学数据,探索缺血性脑卒中免疫相关分子标志物,为缺血性脑卒中的预防和临床治疗提供理论依据.方法 选取基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中GSE16561和GSE58294两个数据,对缺血性脑卒中相关免疫分子标志物进行分析和探索.基于免疫学数据库和分析网站(the immunology database and analysis portal,ImmPort)数据库,获取免疫相关的基因,分析其在缺血性脑卒中组和正常对照组中的差异表达,鉴定差异表达免疫基因(differentially expressed immune genes,DEIGs),并利用蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI)鉴定免疫相关的关键基因.基于DEIGs进行通路富集分析,发现缺血性脑卒中可能富集的分子信号通路.最后,基于CIBERSORT算法评估22种免疫细胞的浸润丰度,并计算其在缺血性脑卒中组和正常对照组中的差异,以此推断缺血性脑卒中相关的免疫细胞.结果 差异分析结果表明37个DEIGs在两组间差异均有统计学意义(均P<0.05),包含缺血性脑卒中样本上调基因31个,下调基因6个.通路分析结果表明鉴定的DEIGs主要富集于免疫相关分子通路上.PPI的分析结果显示,TLR4、TLR2、MMP-9、CCR7、STAT3、TNFSF13B、S100A12、CD19、CAMP和SLC11A1是缺血性脑卒中密切相关的关键免疫基因.CIBERSORT结果表明,与正常对照样本相比较,缺血性脑卒中样本免疫回应细胞的富集水平较低(均P<0.05),而免疫抑制细胞的水平较高(均P<0.05).结论 研究基于转录组表达数据鉴定了缺血性脑卒中相关的免疫基因、免疫信号通路和免疫细胞,从3个分子水平上揭示了与缺血性脑卒中相关的免疫分子标志物,对缺血性脑卒中的有效防控和治疗策略的制定具有重要意义.
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编辑人员丨1个月前
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miR-137通过靶向MCL1和谷氨酰胺转运SLC1A5调节肺癌细胞的铁死亡机制
编辑人员丨2024/3/30
目的 探讨 miR-137 通过靶向髓系白血病 1 蛋白(MCL1)和谷氨酰胺转运蛋白溶质载体家族 A1 成员(SLC1A)5 调节肺癌细胞铁死亡的机制.方法 非小细胞肺癌(NSCLC)细胞系A549 从美国典型培养物保藏中心获得.培养基均补充有 10%胎牛血清(FBS),在 37℃的含 5%CO2 的潮湿空气中孵育.培养细胞以进行miR-137 载体转染,直至细胞融合度达到 70%~80%.将培养细胞分为对照组、miR-137 转染组和miR-137 沉默组.通过实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)分析细胞MCL1 和SLC1A5、谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)4 mRNA表达.通过双重荧光素酶报告基因测定miR-137 与MCL1 和SLC1A的靶向作用.通过铁测定试剂盒测量每个细胞系中的Fe2+浓度.通过线粒体超氧化物(MitoSOX)指示剂测量了细胞中MitoSOX的产生.通过相应试剂盒检测活性氧(ROS)、还原型谷胱甘肽(GSH)和丙二醛(MDA)水平.通过流式细胞仪检测细胞凋亡.通过Transwell法测定miR-137 对细胞迁移、侵袭的影响.结果 miR-137 沉默组较miR-137 转染组和对照组MCL1、GPX4 和SLC1A5 mRNA表达显著升高(P<0.05),miR-137 转染组较对照组MCL1、SLC1A5 和GPX4 mRNA表达显著降低(P<0.05).与对照组相比,miR-137 转染组显著降低了用Wt-SLC1A5 和Wt-MCL1 载体共转染的NSCLC细胞中的荧光素酶活性(P<0.05),而Mut-SLC1A5 和Mut-MCL1 模拟共转染荧光素酶活性酶无显著变化(P>0.05).miR-137 沉默组较miR-137转染组和对照组Fe2+浓度、MitoSOX浓度显著降低,线粒体相对膜电位显著升高(P<0.05),miR-137 转染组较对照组Fe2+浓度、MitoSOX浓度显著升高,线粒体相对膜电位显著降低(P<0.05).miR-137 沉默组较miR-137 转染组和对照组ROS和MDA浓度显著降低,GSH浓度显著升高(P<0.05),miR-137 转染组较对照组ROS和MDA浓度显著升高,GSH浓度显著降低(P<0.05).24、48 和 72 h时,miR-137 转染组较miR-137 沉默组和对照组细胞凋亡率显著升高(P<0.05),72 h时miR-137 沉默组较对照组细胞凋亡率显著降低(P<0.05).miR-137 沉默组较 miR-137 转染组和对照组细胞迁移、侵袭数量显著增多(P<0.05),miR-137 转染组较对照组细胞迁移、侵袭数量显著减少(P<0.05).结论 miR-137 可以靶向调控SLC1A5 和MCL1,诱导肺癌细胞铁死亡,从而促进细胞凋亡.
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编辑人员丨2024/3/30
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芜湖地区109例听障儿童及家属耳聋基因突变检测结果分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 应用基因芯片对先天性耳聋儿童及其家属行耳聋基因检测,了解芜湖地区耳聋儿童常见的致聋基因.方法选取来自芜湖市第二人民医院的37例非综合征型耳聋儿童及其家属(共109例),行耳聋高危因素问卷调查、耳鼻咽喉科专科检查、听力学评估及影像学检查,应用基因芯片对109例受检者行GJB2、GJB3、SLC26A4、mtDNA 4个常见基因9个热点突变点位的检测.结果37例受检儿童,23例检测出基因突变,阳性率为62.16%,其中15例GJB2基因突变(40.54%)(235delC纯合突变6例、杂合突变4例;299del AT杂合突变1例;235delC和299del AT复合杂合突变3例;176del16和235delC复合杂合突变1例);7例SLC26A4基因突变(18.92%)(IVS7-2纯和合突变2例、杂合突变5例);1例mtDNA基因突变(2.70%)(1555A>G均质突变).检出GJB2或/和SLC26A4突变的聋儿,其父母均检测出相应的基因突变.结论芜湖地区耳聋儿童常见的致聋基因是GJB2、SLC26A4、mtDNA,最常见的是GJB2基因235delC点位突变,GJB2及SLC26A4基因与遗传高度相关.
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编辑人员丨2023/8/6
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新生儿脐血耳聋基因高通量筛查及分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 分析新生儿遗传性耳聋基因的突变率,探讨开展新生儿遗传性耳聋基因普遍筛查的必要性及临床意义.方法 前瞻性选择2015年5月至2017年5月我院出生的新生儿,生后留取脐带血,采用基因芯片技术进行常见4个耳聋基因筛查,并于出生48 h后进行新生儿听力筛查,42 d复查.采用x2检验对基因筛查结果及42 d后听力筛查数据进行分析.结果 共纳入2 615例新生儿,出生48 h后听力筛查通过2 455例,通过率为93.9% (2 455/2 615).42 d后复查听力筛查通过143例,通过率为99.3% (2 598/2 615).脐血耳聋基因突变107例,突变率4.1%.携带耳聋突变基因患儿听力筛查通过96例,通过率为89.7%(96/107);未携带耳聋突变基因患儿听力筛查通过2 502例,通过率为99.8%(2 502/2 508);携带耳聋突变基因患儿听力筛查通过率明显低于未携带者,差异有统计学意义(x2=160.199,P<0.001).107例耳聋基因突变患儿以GJB2基因突变最为常见(49例,45.8%),其次是SLC26A4(37例,34.6%)和mtDNA 12SrRNA(13例,12.1%),GJB3基因突变最少(8例,7.5%).对17例42 d后听力复筛未通过的新生儿在3月龄时进行听力学诊断,最终确诊新生儿听力下降6例,其中耳聋基因突变导致听力下降5例.结论 本组患儿耳聋基因突变以GJB2、SLC26A4突变为主,新生儿听力和基因联合筛查具有临床可行性,能发现暂无听力下降的耳聋基因携带者,有利于对其进行早期干预.
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编辑人员丨2023/8/6
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新生儿听力筛查联合遗传性耳聋基因检测在NICU新生儿听力障碍筛查中的应用价值
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨新生儿听力筛查联合遗传性耳聋基因检测在NICU新生儿听力障碍筛查中的应用价值.方法 选取2015年8月至2017年8月我院妇产科正常分娩出生的及NICU收治住院的新生儿2000例,在其出生48 h和72h后行常规听力筛查及遗传性耳聋基因筛查.常规听力筛查采用耳声发射法(OAE)和自动听性脑干反应(AABR)法,初筛未通过的新生儿在出生后42 d复筛,复筛仍未通过的新生儿则于出生后3个月行听力学诊断,确诊其是否存在听力障碍.遗传性耳聋基因筛查采用微阵列芯片法,对4个耳聋易感基因9个突变位点进行检测.统计筛查结果.结果 2000例NICU新生儿中遗传性耳聋基因突变携带率为4.20% (84/2000),其中GJB2基因突变携带率为1.85% (37/2000)、GJB3基因突变携带率为0.35%(7/2000)、SLC26A4基因突变携带率为1.70% (34/2000)、线粒体12S rRNA基因突变携带率为0.30% (6/2000).听力筛查未通过且携带耳聋基因突变的新生儿16例,经听力学诊断确诊为听力障碍的新生儿8例(分别为GJB2 299 de1 AT杂合型突变2例、GJB2 235 de1 C杂合型突变5例、SLC26A4 IVS 7-2 A>G纯合型突变1例),诊断符合率为50.00%.结论 新生儿听力筛查联合遗传性耳聋基因检测可相互弥补筛查范围的局限性,遗传性耳聋基因筛查可以作为NICU新生儿听力功能筛查的重要补充,以利于发现潜在性、迟发性耳聋患儿,提高新生儿听力障碍检出能力,并对其进行早期干预,具有一定的临床应用价值.
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编辑人员丨2023/8/6
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听力筛查联合遗传性耳聋基因在新生儿听力中的应用效果及发病影响单因素、多因素logistic分析研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨听力筛查联合遗传性耳聋基因在新生儿听力中的应用效果及发病影响单因素、多因素logistic分析.方法 我院顺利完成分娩新生儿18 473例, 胎儿娩出后3d后对新生儿采用初筛耳声发射 (OAE) 与复筛OAE、选择自动听性脑干反射法对新生儿听力进行筛查;采用荧光聚合酶链式反应法 (荧光PCR) 法完成异常基因的筛选;采用医院自拟问卷调查表对新生儿听力正常与异常者临床资料进行调查, 对资料进行单因素、多因素logistic分析.结果 18 473例新生儿均顺利完成听力筛查, 新生儿中563例初筛未通过, 占3.05%;563例新生儿进行复筛, 37例未通过, 占6.57%.37例新生儿最终均得到确诊, 14例新生儿听力缺损, 10例前庭导水管扩张综合征, 13例先天性遗传性耳聋;18 473例新生儿共筛选出730例耳聋基因突变写到者, 基因突变携带率为3.95%.耳聋基因筛查突变率排在前三位的分别为GJB2基因为235del C杂合突变型、235del AT杂合突变型、SLC26A4基因位IVS7-2A>G杂合突变, 分别占:25.89%、12.74%和12.33%;从37例复筛未通过患者中共检测出20例发生基因突变, 排在前三位的分别为GJB2位点235del C杂合突变型、SLC26A4位点IVS7-2A>G杂合突变型及IVS7-2A>G纯合突变型, 分别占:45.00%、30.00%和10.00%;单因素及多因素logistic分析结果表明:新生儿耳聋发病率与耳别、早产、体重、外耳畸形、高胆红素血症、新生儿窒息关系密切 (P<0.05) .结论 新生儿耳聋发病影响因素相对较多, 且临床上将听力筛查联合遗传性耳聋基因用于新生儿听力筛查中效果理想, 有助于提高耳聋筛查率, 值得推广应用.
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编辑人员丨2023/8/6
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芯片法和飞行时间质谱法在非综合征性耳聋基因筛查中的应用比较
编辑人员丨2023/8/6
目的 通过对比芯片法和飞行时间质谱法在非综合征性耳聋基因筛查中的优劣,为非综合征性耳聋筛查方法的选择提供依据.方法 应用芯片法和飞行时间质谱法对710例研究对象(儿童、成年人及胎儿)进行耳聋基因筛查.结果 芯片法检出异常37例,其中杂合突变25例,纯合/同质突变11例;飞行时间质谱法检出异常45例,其中杂合突变32例,纯合/同质突变11例.两种方法GJB2的检出率均为3.24%,在所有基因中检出率最高,其次为SLC26A4.两种方法的检测结果比较,差异无统计学意义(P>0.05).结论 耳聋基因检测应用于疾病筛查,可早期发现疾病、明确病因,通过早期干预延缓疾病进程;芯片法和飞行时间质谱法各有其优缺点,医疗或研究机构可根据自身条件选择合适的筛查方法.
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编辑人员丨2023/8/6
