目的:观察斯钙素2(STC2)蛋白在胃癌腹腔侵袭转移中的作用。方法:2018年6月至2019年4月利用腺病毒载体将短发夹RNA(shRNA)转染人胃癌SGC7901细胞(湖北省重点实验室提供)以沉默STC2，构建沉默STC2的SGC7901细胞株，分为实验组(STC2-shRNA组)及对照组(SGC7901组)，并用蛋白质印迹法(Western blot)验证沉默STC2效果。构建裸鼠胃癌模型：选取6～8周龄雌性裸鼠36只(购自武汉大学动物实验中心)，实验组及对照组各18只。经胃前壁大弯侧直接注射胃癌细胞SGC7901悬液接种构建鼠胃癌转移模型。接种后两组裸鼠成瘤数量、瘤体大小及重量比较采用 t检验；两组裸鼠腹腔各脏器成瘤率、抑瘤率、裸鼠生存时间、存活率、生命延长率等比较采用 χ2检验，最后Western blot检测两组胃癌肿瘤的血管内皮生长因子-C(VEGF-C)、白细胞介素-10(IL-10)蛋白表达水平。 结果:Western blot实验显示，沉默STC2基因后，实验组细胞STC2蛋白量的表达较对照细胞明显减少，说明STC2沉默成功。接种8～15 d后裸鼠均有肿瘤生长，术区可触及质硬且活动不良结节。STC2-shRNA组裸鼠瘤体(0.76±0.14) mm 3、重量(1.23±0.14) g、数目(5.25±1.17)个，与SGC7901组[(3.61±0.44) mm 3、(3.98±0.21) g、(18.65±2.39)个]比较，差异有统计学意义( t＝2.364、3.022、2.523， P<0.05)。STC2-shRNA组裸鼠胃、肝脏、脾、肾、肠及肠系膜、腹膜的成瘤率依次为50.0%、33.3%、11.1%、16.7%、22.2%、5.6%，SGC7901组成瘤率依次为100.0%、100.0%、55.6%、67.7%、72.2%、67.7%，STC2-shRNA组抑瘤率达到69.1%，两组各指标比较差异有统计学意义( χ2＝5.464、5.995、7.281、5.462、9.826， P<0.05)；STC2-shRNA组组裸鼠存活时间上明显延长，30 d后裸鼠存活14只，存活率77.8%，生命延长率达到64.5%，差异有统计学意义( χ2＝6.044， P<0.05)。免疫组织化学结果显示，STC2-shRNA组VEGF-C、IL-10蛋白蛋白表达水平明显弱于胃癌细胞组，抑瘤率分别达到70.7%、71.4%。 结论:沉默STC2后的胃癌细胞SGC7901侵袭转移潜能下降，提示STC2可能有促进胃癌发生侵袭转移的作用。

目的:寻找准确预测食管鳞癌患者生存的生物标志物。方法:通过TCGA数据库筛选出与食管鳞癌患者总生存时间(OS)相关的免疫相关基因，构建预后风险评分模型。采用Kaplan-Meier法比较高风险和低风险组患者的预后情况，采用受试者工作特征(ROC)曲线评估模型的准确性。收集安阳市肿瘤医院的83例病理诊断为食管鳞癌患者的肿瘤组织样本进行外部验证。采用Cox回归分析综合评估预后风险评分与各临床特征对食管鳞癌患者OS的影响。结果:从TCGA数据库筛选出7个与生存预后相关的免疫相关基因分别为S100A12、SLC40A1、FABP9、TNFSF10、IGHA2、IL1F10和STC2纳入预后风险评分模型。低风险组(40例)患者的1、2年生存率分别为94.3%和82.5%，高风险组(40例)患者的1、2年生存率分别为75.9%和32.9%；高风险组与低风险组患者比较，预后更差( P<0.001)。83例外部验证样本运用该预后风险评分模型得到一致的结果。预后风险评分与食管鳞癌组织中CD4 + T淋巴细胞含量呈正相关( rs＝0.259, P＝0.020)，与B淋巴细胞、CD8 +T淋巴细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞含量的无相关性(均 P>0.05)。 结论:S100A12、SLC40A1、FABP9、TNFSF10、IGHA2、IL1F10和STC2是与食管鳞癌患者OS相关的风险基因。预后风险评分是食管鳞癌患者OS的独立预后因素，与食管鳞癌组织中CD4 + T淋巴细胞含量有关。

目的:探讨基于生物信息学方法构建免疫相关基因（immune-related genes，IRG）预后模型以准确预测喉癌患者的预后。方法:从癌症基因组图谱（the Cancer Genome Atlas，TCGA）数据库获得111个喉癌组织和12个正常相邻组织之间的差异表达基因（differentially expressed genes，DEG）。利用ImmPort数据库识别出差异表达的IRG。Cox单变量生存分析用于筛选与生存相关的IRG。差异表达的与生存相关的IRG被认为是预后相关的免疫基因。然后构建免疫基因预后模型计算患者风险值，受试者ROC曲线分析验证模型准确性。通过该模型行单因素、多因素独立预后分析证明其独立预测能力。最后分析关键免疫基因与临床病理参数的关联。结果:鉴定喉癌的DEG并筛选出IRG。接着与预后生存时间结合，鉴定8个关键免疫基因（CXCL11、RBP1、AQP9、CYSLTR2、BTC、STC2、UCN和FCGR3B）作为免疫基因预后模型，这种预后模型可以准确的将患者分为高危和低危人群。总体生存分析表明，高危患者的生存时间比低危患者要短（ P<0.0001）。模型的ROC曲线下面积为0.810，提示预后模型具有较高的敏感性和准确性。单因素和多因素Cox回归表明其为喉癌患者预后的独立预测因素。此外，我们发现模型中的5个关键基因与临床病理特征显著相关。 结论:基于生物信息学方法构建喉癌的免疫相关基因预后模型，发现8个基因有助于预测喉癌患者的预后，其中5个与临床病理特征显著相关。

目的:探讨斯钙素2(STC2)基因对肝癌细胞增殖凋亡的影响并初步分析其分子作用机制。方法:2018年4月至2019年3月，采用慢病毒介导的小干扰RNA(siRNA)技术构建STC2敲减组和对照组SMMC-7721肝癌细胞株(购自中国科学院生化与细胞研究所)，应用黄色噻唑蓝(MTT)生长曲线、细胞周期测定、克隆形成实验和膜联蛋白V-别藻蓝蛋白荧光素(Annexin V-APC)染色法检测两组细胞增殖凋亡的差异，采用荧光实时定量PCR阵列(PCR Array)技术检测92个增殖凋亡相关基因在两组细胞中的表达水平差异，并且应用荧光实时定量PCR法(RT-qPCR)验证差异表达的基因，两组比较采用 t检验。 结果:STC2敲减组SMMC-7721肝癌细胞中的STC2基因表达量明显低于对照组(0.472±0.041比1.003±0.091， t＝9.207， P<0.01)，STC2敲减组细胞的增殖速率明显低于对照组(3.090±0.045比4.190±0.052， t＝27.218， P<0.01)，其集落形成数目也明显低于对照组(96.670±4.163比161.000±3.606， t＝20.232， P<0.01)。STC2敲减组细胞的凋亡水平明显高于对照组[(17.113±0.350)%比(6.397±0.350)%， t＝37.546， P<0.01]。与对照组比较，STC2敲减组细胞处于G 0～G 1期的细胞比例稍增多[(67.183±0.945)%比(64.500±0.341)%， t＝4.625， P<0.05]，S期的细胞比例则稍减少[(29.360±0.403)%比(30.777±0.640)%， t＝3.243， P<0.05]，G 2～M期细胞比例未见明显差异[(3.457±0.558)%比(4.723±0.598)%， t＝2.684， P>0.05]。PCR Array筛选和RT-qPCR验证的结果显示，STC2敲减组细胞中凋亡蛋白酶激活因子-1(APAF1)、第10号染色体同源缺失性磷酸酶-张力蛋白同源基因(PTEN)、腺瘤性结肠息肉病基因(APC)的表达水平明显高于对照组(APAF1：2.49±0.29比1.00±0.03， t＝8.724， P<0.05；PTEN：2.10±0.15比1.00±0.06， t＝11.888， P<0.01；APC：2.59±0.14比1.00±0.05， t＝18.113， P<0.01)。 结论:STC2基因可能通过抑制APAF1、PTEN和APC等基因的表达而发挥其调控肝癌细胞增殖凋亡的作用。

目的:筛选成骨型骨肉瘤与正常成骨细胞的差异表达基因，寻找成骨型骨肉瘤发生、发展的关键基因。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库获得正常成骨细胞和骨肉瘤组织的基因表达数据集GSE33382，采用R语言的limma包筛选正常成骨细胞和成骨型骨肉瘤的差异表达基因，对差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用String数据库构建蛋白交互网络，应用Cytoscape软件的分子复合物检测(MCODE)插件筛选互作网络中的网络模块，应用Cytoscape软件中的BiNGO模块对MCODE筛选得到的前3个主要模块所包含的差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析。采用MCC算法筛选蛋白互作网络中前10个关键基因。从GEO数据库获得骨肉瘤的基因表达和生存数据集GSE39055，采用Kaplan-Meier法进行生存分析。选取2005年1月至2015年12月福建医科大学附属第一医院收治的48例成骨型骨肉瘤患者的资料进行验证，采用免疫组化法测定骨肉瘤组织中STC2蛋白的表达，结合患者的临床资料进行生存分析。结果:从GSE33382数据集中共鉴定出差异表达基因874个，其中下调基因402个，上调基因472个。KEGG富集分析显示，差异表达基因主要与p53信号通路、谷胱甘肽代谢、细胞外基质受体相互作用、细胞黏附分子、抗叶酸盐耐受、细胞衰老等通路有关。互作网络中最重要的前10个关键基因为GAS6、IL6、RCN1、MXRA8、STC2、EVA1A、PNPLA2、CYR61、SPARCL1和FSTL3，其中只有STC2的表达与骨肉瘤患者的生存率有关( P<0.05)。验证结果显示，48例成骨型骨肉瘤组织中STC2蛋白表达与肿瘤大小、Enneking分期有关(均 P<0.05)。25例STC2高表达，中位生存时间为21.4个月；23例STC2低表达，中位生存时间为65.4个月，STC2高表达组患者的生存率低于低表达组( P<0.05)。 结论:生物信息学分析方法可有效筛查成骨型骨肉瘤和正常成骨细胞的差异表达基因，STC2是骨肉瘤预后判断的重要预测因子之一。

目的:基于内质网应激(ERS)相关基因构建结直肠癌(CRC)预后风险预测模型,并探讨该模型预测CRC预后的价值.方法:从TCGA数据库中下载CRC组的基因表达数据和临床信息,通过LASSO回归以及多因素Cox回归分析,设计一个以ERS相关基因为中心的预后风险预测模型.利用该模型预测CRC患者的预后风险和免疫反应,并用ROC曲线对风险预测模型进行效能评估.结果:在455例CRC基因表达数据中找到255个ERS相关基因,利用多因素Cox回归筛选出HSPA1 A、MAGEA3、ATP2A1、DNAJB2、DNAJC3、EIF2B5、FLOT1、GET4、HERPUD2、STC2、TMUB1 等 11 个与预后相关的基因,并构建预后风险预测模型,风险评分=0.151 × HSPA1A+0.240 × MAGEA3+1.715 × ATP2A1+1.162× DNAJB2-0.563 × DNAJC3+1.127 × EIF2B5+0.653 × FLOT1-1.580 × GET4+1.684 × HERP-UD2+0.260 × STC2+0.710× TMUB1.风险评分越高,患者的预后、免疫反应和药物敏感性越差,肿瘤突变负荷(TMB)评分也越低.与TNM分级相比,预后风险预测模型一致性指数和ROC曲线下面积(AUC=0.78)更高.结论:ERS相关基因预后风险预测模型对CRC的预后具有较好的预测效能,且对免疫治疗有一定的指导作用.

目的 通过利用生物信息学开发糖酵解相关基因以预测胃癌(gastric cancer,GC)患者预后.方法 使用癌症基因组图谱数据库中GC患者信使核糖核酸表达谱数据,通过进行基因集富集分析以鉴定GC组织和正常组织间显著差异的基因集.通过最小绝对收缩和选择算子回归分析构建糖酵解相关基因预测GC患者预后的模型,并使用Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线、单因素及多因素Cox回归分析验证模型预测性能.采用基因集变异分析分析高低风险组间生物途径状态的差异.结果 获得15个糖酵解相关基因(PFKFB2、UHRF1、ACYP1、CLDN9、STC1、EFNA3、NUP50、ADH4、ANGPTL4、PKP2、VCAN、HIF1A、LHX9、ANKZF1、ALDH3A2)与 GC患者预后相关.根据15个基因特征风险评分,通过Cox回归分析将患者分为高风险组和低风险组.这15个基因标记是GC患者预后的独立生物标志物,低风险评分的GC患者预后更好.结合基因标记和临床预后因素的列线图可有效预测总生存期及无疾病生存期.结论 建立的15个糖酵解相关基因标记可作为预测GC患者预后的可靠工具,可能为GC提供潜在的糖酵解治疗靶点.

目的 采用网络药理学预测生血通便颗粒治疗慢传输型便秘(slow transit constipation,STC)的潜在作用机制,并进行动物实验验证.方法 利用TCMSP数据库和BATMAN-TCM数据库筛选生血通便颗粒的活性成分及作用靶点,通过GeneCards数据库和OMIM数据库筛选STC疾病相关靶点,构建"活性成分-疾病靶点"网络,使用R语言对交集基因进行GO及KEGG富集分析.大鼠采用盐酸洛哌丁胺混悬液[3 mg/(kg·d)]灌胃建立STC模型.将大鼠分为正常组(等体积蒸馏水)、模型组(等体积蒸馏水)、莫沙比利组[1.35 mg/(kg·d)]、生血通便颗粒低剂量组[1.44 g/(kg·d)]、生血通便颗粒高剂量组[2.88 g/(kg·d)],每组 8 只,每日灌胃 1 次,连续治疗 14 d.记录治疗后肠道推进率;HE染色观察结肠组织病理学改变;免疫组织化学法检测结肠组织酪氨酸激酶受体(tyrosine kinase receptor,c-Kit)表达;TUNEL染色检测结肠组织Cajal间质细胞(interstitial cells of Cajal,ICC)凋亡情况;Western blot检测结肠组织葡萄糖调节蛋白78(glucose regulated protein 78,GRP78)、C/EBP同源蛋白(C/EBP homologous protein,CHOP)、B细胞淋巴瘤-2(B-cell lymphoma-2,Bcl-2)、Bcl-2 相关X蛋白(Bcl-2 associated X protein,Bax)、活化型胱天蛋白酶-3(cleaved cysteine as-partic acid specific protease-3,cleaved Caspase-3)蛋白表达水平.结果 筛选出生血通便颗粒活性成分 74个,对应的作用靶点为 492个,CASP3(Caspase-3)、Bcl-2、Bax凋亡基因是STC的核心靶点之一,其相关的作用通路为内质网应激信号通路.动物实验结果 表明,与正常组比较,模型组大鼠肠道推进率降低(P<0.01);结肠黏膜萎缩、变薄,黏膜上皮层有缺失,固有层腺体缺损破坏明显,可见炎性改变;结肠组织中c-Kit表达降低(P<0.01);凋亡细胞绿色荧光增加、c-Kit红色荧光减少,ICC凋亡指数升高(P<0.01);结肠组织GRP78、CHOP、Bax、cleaved Caspase-3 蛋白表达水平升高(P<0.01),Bcl-2 蛋白表达水平降低(P<0.01).与模型组相比,莫沙必利组及生血通便颗粒低、高剂量组大鼠肠道推进率提高(P<0.01);结肠黏膜结构较完整,炎性情况有所恢复,腺体排列较整齐;结肠组织中c-Kit表达升高(P<0.01);凋亡细胞绿色荧光减少、c-Kit红色荧光增加,ICC凋亡指数降低(P<0.01);结肠组织GRP78、CHOP、Bax、cleaved Caspase-3 蛋白表达水平降低(P<0.01),Bcl-2 蛋白表达水平升高(P<0.01).与莫沙必利组相比,生血通便颗粒高剂量组肠道推进率提高(P<0.05)、c-Kit表达升高(P<0.05)、ICC凋亡指数降低(P<0.05);生血通便颗粒低、高剂量组结肠组织中GRP78、CHOP、Bax、cleaved Caspase-3 蛋白表达水平降低(P<0.01),生血通便颗粒高剂量组Bcl-2蛋白表达水平升高(P<0.01).结论 生血通便颗粒可通过抑制内质网应激GRP78/CHOP信号通路,调控Bax、Bcl-2、cleaved Caspase-3 凋亡蛋白表达,从而抑制ICC凋亡以达到治疗STC的作用.

目的 利用现有的TCGA数据库中头颈鳞癌基因表达谱数据和生存数据,探索头颈鳞癌预后关键基因.方法 基于机器学习方法并在统计学意义下进行基因差异表达分析.分别利用LASSO回归及弹性网络回归,初步筛选出与生存相关的基因,并基于GEPIA数据库和Wilcox test检验对筛选结果进行双重检验.利用UALCAN数据库和COX比例风险回归模型,对通过检验的基因结果进行生存分析,探索预后关键基因与生存率的关系.结果 共获得1 881个差异基因,并且弹性网络回归筛选的18个基因通过了双重检验(P<0.05).6个基因在UALCAN数据库和COX比例风险回归模型中均与头颈鳞癌生存率相关,其中CDKN2A、DMRTA2与患者生存率正相关,PLAU、STC2、SYT1、TIMP4则与患者生存率负相关.结论 CDKN2A、DMRTA2、PLAU、STC2、SYT1、TIMP4这6个基因为头颈鳞癌预后关键基因.

目的:筛选头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)差异预后乳酸代谢相关基因(LRGs),构建HNSCC 的LRGs预后模型,并阐明其潜在的作用机制.方法:由癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达综合(GEO)数据库获取HNSCC基因表达及临床数据,由GeneCards数据库中获取LRGs,采用 R软件筛选 HNSCC的LRGs.采用单因素Cox回归分析得到预后相关基因,基于预后相关LRGs鉴定出 2 种不同亚型,采用Kaplan-Meier(K-M)曲线分析比较 2 组患者预后,采用CIBERSORT算法进行2组患者间的免疫相关分析.采用多因素 Cox回归分析和LASSO回归分析构建预后模型,采用受试者工作特征曲线(ROC)和 K-M生存曲线评估LRGs 与 HNSCC 患者生存和预后的关系.采用GSE27020、GSE41613 和 GSE65858数据集验证预后模型.基于风险评分进行分组,并进行免疫相关分析和肿瘤相关评分分析.结果:通过TCGA数据库从 HNSCC样本中差异分析筛选出1 196个LRGs,单因素 Cox 回归分析筛选出 27个差异表达基因(DEGs)与 HNSCC患者预后相关,根据预后相关基因鉴定出2种不同的LRGs亚型(分组1和分组2),K-M生存曲线显示分组2患者总生存期(OS)明显高于分组1,分组 2患者免疫细胞浸润水平明显高于分组1.多因素 Cox回归分析和LASSO回归分析筛选出9个LRGs,包括次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶 1(HPRT1)、淀粉样蛋白前体蛋白(APP)、糖原磷酸化酶(PYGL)、尿激酶型纤溶酶原激活物(PLAU)、大麻素受体 2(CNR2)、斯钙素2(STC2)、核苷酸结合寡聚化结构域样受体1(NLRP1)、整合素连接激酶(ILK)和叉头框蛋白B1(FOXB1),构建预后模型,K-M曲线和ROC 曲 线 显 示上述9个基因表达水平与HNSCC 患者生存和预后有关联,且均具有良好的 1、2 和 3 年生存预测作用,ROC 曲线下面积(AUC)均大于0.650,且预后模型的预后预测作用在GSE27020、GSE41613 和 GSE65858数据集中得到验证.根据风险评分分类的患者具有可区分的免疫状态.结论:基于生物信息学方法筛选出的HNSCC 差异表达LRGs与 HNSCC 患者生存和预后有关联,由 9 个LRGs构建的预后模型可预测HNSCC患者的生存情况和治疗反应.