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基于放化疗敏感性相关基因的原发胶质母细胞瘤预后预测模型的构建和验证
编辑人员丨1周前
目的:筛选原发胶质母细胞瘤放化疗敏感性相关基因,基于相关基因构建原发胶质母细胞瘤患者的预后预测模型并验证。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)2019数据库(102例,试验组)和CGGA数据库(54例,验证组)中术后接受规范放化疗的原发胶质母细胞瘤患者的临床资料及转录组测序数据。在试验组中筛选长生存期亚组(≥18个月,49例)与短生存期亚组(≤9个月,22例)患者的差异基因,进一步将患者的年龄、肿瘤异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变状态、染色体1p/19q共缺失状态、O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶( MGMT)启动子区甲基化状态以及差异基因均纳入多因素Cox回归分析,筛选其中为独立预后因素的目标差异基因,取其风险比的自然对数作为各基因相应的系数,计算预后风险评分。采用单因素和多因素Cox回归分析法评估预后风险评分是否为独立预后因素;采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,log-rank检验比较高风险组(预后风险评分>0分)与低风险组(预后风险评分≤0分)患者生存期的差异。通过Pearson相关性分析筛选与风险评分呈正相关的基因,并对其进行功能富集分析。 结果:试验组中,长生存期亚组与短生存期亚组患者的性别、年龄、肿瘤切除程度、 IDH突变状态、染色体1p/19q缺失状态以及 MGMT启动子甲基化状态的差异均无统计学意义(均 P>0.05)。长生存期亚组与短生存期亚组比较,9个基因表达量显著升高(均 P<0.05),28个基因表达量显著降低(均 P<0.05)。采用多因素Cox回归分析法筛选出4个目标差异基因,分别为 AKR1 C1( HR=0.910,95% CI:0.850~0.974, P=0.006)、 CPZ( HR=0.947,95% CI:0.898~0.999, P=0.044)、 HIST1 H3 H( HR=1.299,95% CI:1.025~1.647, P=0.031)以及 TBX5( HR=1.104,95% CI:1.034~1.179, P=0.003),其对应的预测模型中的系数分别为-0.0947、-0.0547、0.2624、0.0994。试验组和验证组中,预后风险评分(高风险)均为预后的独立危险因素(试验组中, HR=2.407,95% CI:1.470~3.939, P<0.001;验证组中, HR=2.054,95% CI:1.101~3.830, P=0.024)。试验组和验证组中,高风险亚组(分别为51、22例)患者的总生存期均比低风险亚组(分别为51例、32例)短,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。功能富集分析结果显示,在试验组与验证组中,与预后风险评分正相关的基因更多地富集在细胞增殖、基因表观遗传学调控、DNA修复及核因子κB信号通路的激活等生物学功能上。 结论:基于放化疗敏感性相关基因 AKR1 C1、 CPZ、 HIST1 H3 H以及 TBX5构建的预后预测模型或可用于预测原发胶质母细胞瘤患者的预后。
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编辑人员丨1周前
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基于DNA甲基化和长链非编码RNA鉴定肺鳞状细胞癌的预后生物标志物
编辑人员丨1周前
目的:寻找与肺鳞状细胞癌(LUSC)预后相关的受甲基化调控的长链非编码RNA(lncRNA)。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载502例LUSC患者的基因表达、甲基化和临床数据,进行甲基化和lncRNA表达的差异分析。筛选出位于差异甲基化区域(DMRs)的lncRNA,并进行生存分析和临床相关性分析。构建竞争性内源性RNA网络并对网络中的靶基因进行通路富集分析。用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)在14例LUSC术后组织样本中验证lncRNA的表达。结果:共鉴定出40 680个差异甲基化位点(dm-CpGs)和14 418个DMRs。dm-CpGs大多数位于基因体,转录起始位点上游200、1 500 bp和5’非翻译区(UTR)。37个差异表达的lncRNAs(DElncRNAs)位于DMRs中。其中14个DElncRNAs与DNA甲基化水平呈负相关。生存分析显示,3个DElncRNAs(TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3)低表达组的总生存率(OS)均高于高表达组[5年OS(TBX5-AS1):50.8%比45.3%,风险比( HR)=1.39, P<0.05;5年OS(SFTA3):54.4%比41.8%, HR=1.37, P<0.05;5年OS(MAGI2-AS3):52.6%比43.3%, HR=1.44, P<0.05]。多因素Cox回归分析显示,由这3个lncRNA所构建的预后模型可作为LUSC总生存的独立预测因素( HR=2.746,95%可信区间:1.380~5.466, Z=2.88, P<0.01)。SFTA3在女性LUSC患者中表达高于男性[0.964(0.909,1.216)比0.672(0.393,1.014), W=26 701, P<0.01]。TBX5-AS1在>60岁患者中表达高于≤60岁患者[0.720(0.411,1.034)比0.596(0.298,0.907), W=22 152, P<0.05],在女性患者中表达高于男性[0.746(0.453,1.078)比0.637(0.370,1.002), W=19 635, P<0.05],在Ⅳ期患者中表达高于Ⅰ+Ⅱ+Ⅲ期患者[0.964(0.909,1.216)比0.672(0.393,1.014), W=740, P<0.05]。通路富集分析显示MAGI2-AS3的靶基因主要富集PI3K-Akt、MAPK和Rap1等信号通路。qPCR结果显示,临床LUSC样本中TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3在肿瘤中表达均低于正常组织[TBX5-AS1:0.006(0.001,0.013)比0.019(0.012,0.044), W=154, P<0.01;SFTA3:0.003(0.001,0.004)比0.022(0.015,0.030), W=187, P<0.01;MAGI2-AS3:0.030(0.009,0.052)比0.148(0.094,0.217), W=162, P<0.01]。 结论:lncRNA(SFTA3、MAGI2-AS3和TBX5-AS1)的表达与LUSC预后密切相关,在LUSC中表达下调且受DNA甲基化调控。
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编辑人员丨1周前
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英夫利西单克隆抗体预防小鼠自身免疫性肝炎的作用机制
编辑人员丨1周前
目的:观察英夫利西单克隆抗体对自身免疫性肝炎(AIH)的预防效果并探讨其作用机制。方法:经鼠尾静脉注射刀豆蛋白A(Con-A)建立小鼠AIH模型。将40只小鼠随机分为预防组和对照组,每组20只。预防组Con-A注射前1 h经鼠尾静脉注射途径给予20 mg/kg英夫利西单克隆抗体,对照组注射200 μL PBS。分别于Con-A或PBS注射后3、8、12和24 h取血清,通过比色法检测血清AST、ALT水平。通过ELISA法检测血清细胞因子IL-6、IL-1β、IFN-γ、IL-4、IL-17A、IL-10和趋化因子配体10(CXCL10)水平。于Con-A或PBS注射后12 h取肝组织标本进行H-E染色,通过流式细胞术检测浸润至肝脏的淋巴细胞,通过实时荧光定量PCR检测T盒子转录因子( TBX21)、 GATA结合蛋白3( GATA3)、RAR相关孤儿受体C( RORC)和 CXCL10基因mRNA的表达水平。通过蛋白质印迹法检测肝脏CXCL10表达水平。统计学方法采用单因素方差分析和配对 t检验。 结果:预防组Con-A注射后8、12和24 h的血清ALT、AST、IL-1β、IFN-γ水平均低于对照组[(545.8±190.3) U/L比(865.8±237.7) U/L、(947.6±267.9) U/L比(1 448.0±403.5) U/L和(508.6±131.1) U/L比(976.6±207.6) U/L;(620.7±132.0) U/L比(952.9±106.8) U/L、(801.6±212.0) U/L比(1 424.8±236.0) U/L和(632.1±117.8) U/L比(1 008.3±187.5) U/L;(31.38±10.12) ng/L比(48.12±11.53) ng/L、(39.34±11.40) ng/L比(60.00±14.17) ng/L和(29.49±8.22) ng/L比(46.89±5.50) ng/L;(432.93±66.82) ng/L比(674.66±97.88) ng/L、(655.09±169.17) ng/L比(937.90±166.36) ng/L和(263.40±54.97) ng/L比(410.74±86.64) ng/L],差异均有统计学意义( t=2.350、2.308、4.263,4.374、4.860、3.806,2.440、2.541、3.939,4.560、2.660、3.210; P均<0.05)。预防组Con-A注射后3、8、12和24 h的血清IL-6水平均低于对照组[(1 075.79±303.77) ng/L比(1 914.48±317.80) ng/L、(1 945.97±271.85) ng/L比(2 100.80±378.42) ng/L、(1 578.60±504.54) ng/L比(2 525.40±406.55) ng/L和(1 020.64±280.03) ng/L比(1 582.00±311.96) ng/L],差异均有统计学意义( t=4.266、2.903、3.267、2.994, P均<0.05)。预防组Con-A注射后3 h的血清CXCL10水平和肝脏组织 CXCL10 mRNA相对表达量,以及Con-A注射后3和8 h肝脏组织中 T- bet mRNA相对表达量均低于对照组[(1 755.8±148.1) ng/L比(2 102.0±334.0) ng/L,7.20±3.00比27.60±1.90,6.94±2.29比15.20±3.48和9.38±3.48比18.17±4.48],差异均有统计学意义( t=2.356、2.623、4.427、3.673, P均<0.05)。预防组与对照组Con-A注射后3、8、12和24 h的血清IL-4、IL-17A和IL-10水平,以及 GATA3和 RORC mRNA相对表达量比较差异均无统计学意义( P均>0.05)。 结论:英夫利西单克隆抗体在小鼠AIH模型中具有一定预防效果,其可能通过拮抗TNF-α减少肝脏CXCL10表达,使Th1和CD8 +T淋巴细胞向肝脏浸润减少,同时通过减少炎性因子对T淋巴细胞的活化来降低T淋巴细胞对肝细胞的损伤而发挥预防作用。
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编辑人员丨1周前
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TBX3基因突变导致Ulnar-Mammary综合征一例的临床及分子遗传学分析并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:总结并分析Ulnar-Mammary综合征(UMS)的临床及遗传学特点。方法:对2018年5月苏州大学附属儿童医院内分泌遗传代谢科收治的1例UMS患儿的临床资料及基因检测结果进行总结分析,检索数据库,对2019年7月前报道的UMS病例进行文献复习。结果:患儿男性,12岁8个月,因身材矮小就诊。身高148.9 cm(<-1 SD),前额高,内眦赘皮,朝天鼻,高颚弓,牙列拥挤,无乳头,乳晕色浅,无腋毛;生长激素激发试验峰值<5 ng/ml,人重组生长激素治疗1年,身高得到改善。基因检测结果显示,患儿TBX3基因变异,变异位点为c.711DelC(p.N238Mfs*4),为致病的新变异,父母均未检测到此位点突变。结论:临床上矮小伴面容特殊,外生殖器、汗腺及乳腺发育不良需要考虑UMS,TBX3为致病基因。
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编辑人员丨1周前
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21例产前超声高度怀疑先天性骨骼系统畸形胎儿的遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨产前超声提示骨骼系统畸形胎儿的遗传学病因。方法:回顾性纳入2019年1月至2020年8月就诊于河南省人民医院医学遗传研究所的产前超声高度怀疑胎儿骨骼系统畸形的孕妇21例(孕妇和配偶均无骨骼系统畸形),抽取羊水/脐带血、孕妇及其配偶外周血,行染色体核型分析、染色体微阵列分析或全外显子组测序,并对全外显子组测序检出的“致病性”“可疑致病性”“临床意义未明”变异行Sanger测序验证。采用描述性统计分析总结骨骼系统畸形胎儿的遗传学病因。结果:染色体核型分析检出染色体异常5例(21-三体4例,18-三体1例)。染色体微阵列分析检出拷贝数变异异常1例(16p11.2微缺失综合征)。全外显子组测序检出单基因病10例,累及8个基因( SGMS2、FGFR3、 DYNC2H1、 WDR35、 TBX5、 COL2A1、 FGFR2、ALPL);检出14个基因变异,包括7个数据库未报道过的新变异( DYNC2H1基因c.8129T>A、c.7126G>A、c.10307_10320del、c.2641G>T, WDR35基因c.3085G>A、c.491G>A, COL2A1基因c.1070G>T)。 结论:对于孕妇和配偶均无骨骼系统畸形但产前超声检查高度怀疑先天性骨骼系统畸形的胎儿,遗传因素是其先天性骨骼系统畸形的重要原因,主要包括染色体异常、拷贝数变异异常和单基因病。
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编辑人员丨1周前
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先天性孤立性促肾上腺皮质激素缺乏症临床及遗传学特征
编辑人员丨1周前
目的:探讨先天性孤立性促肾上腺皮质激素缺乏症的临床和遗传学特征。方法:回顾性分析2019年1月至2021年3月首都儿科研究所附属儿童医院内分泌科诊治的5例先天性孤立性促肾上腺皮质激素缺乏症患儿的临床资料,对其一般情况、临床表现、实验室检查、基因检测结果、治疗及随访(截至2021年10月)等进行分析。结果:5例患儿中女1例、男4例,就诊时年龄范围13月龄至6岁,均在婴儿期出现低血糖、抽搐,4例婴儿期有胆汁淤积。5例患儿血糖范围在0.79~2.20 mmol/L,促肾上腺皮质激素范围<1.00~4.17 ng/L,皮质醇范围0.2~3.8 μg/L。全外显子测序发现3例患儿携带TBX19纯合变异,2例患儿为复合杂合变异,包含3种已报道变异和3种新变异。明确诊断后予以氢化可的松治疗,随访中患儿低血糖症状全部改善,4例患儿未再出现抽搐发作。结论:新生儿期和婴儿期以低血糖、抽搐为表现伴有胆汁淤积的患儿,应注意考虑先天性孤立性促肾上腺皮质激素缺乏症,通过基因检测可明确诊断。
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编辑人员丨1周前
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T-box3基因对结肠癌细胞增殖、凋亡的影响及其机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨T-box3基因(TBX3)对结肠癌细胞增殖、凋亡的影响,并初步探讨其机制。方法:应用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)和蛋白印迹(Western blot)方法检测结肠癌患者及结肠癌细胞株TBX3的mRNA和蛋白表达。培养结肠癌SW620细胞株并进行干预,分为小干扰RNA(siRNA)-TBX3转染组、siRNA-对照组转染组、空白组。转染48 h后噻唑蓝(MTT)实验检测SW620细胞活性,流式细胞术检测细胞凋亡。RT-qPCR和Western blot检测各组细胞增殖、凋亡相关基因、蛋白表达。结果:结肠癌患者肿瘤组织TBX3 mRNA和蛋白相对表达水平显著高于癌旁组织(3.77±0.92、0.66±0.14比0.90±0.22、0.18±0.03, t=25.02、28.21, P<0.01);结肠癌SW620细胞株TBX3 mRNA和蛋白相对表达水平显著高于HIEC(3.01±0.44、0.92±0.06比1.15±0.17、0.24±0.03),差异均有统计学意义( t=9.68、24.08, P<0.01)。siRNA-TBX3转染组SW620细胞活性明显低于siRNA-对照组、空白组(0.46±0.13、1.12±0.07、1.16±0.10, F=89.45, P<0.01);siRNA-TBX3转染组SW620细胞凋亡率明显高于siRNA-对照组、空白组[(23.09±4.59)%、(6.82±0.92)%、(7.22±1.75)%, F=31.01, P<0.01]。siRNA-TBX3转染组TBX3、增殖细胞核抗原(PCNA)、B细胞淋巴瘤(bcl-2)表达明显低于siRNA-对照组、空白组(mRNA: F=34.69、10.15、25.47, P<0.01;蛋白: F=57.56、23.10, P<0.01);siRNA-TBX3转染组bcl-2相关X蛋白(bax)、半胱天冬酶-3(Caspase-3)表达明显高于于siRNA-对照组、空白组(mRNA: F=25.17、27.79, P<0.01;蛋白: F=19.91、9.01, P<0.05);siRNA-TBX3转染组P14ARF/P53途径中P14ARF、P53蛋白表达明显低于siRNA-对照组、空白组( F=25.23、20.06, P<0.01)。 结论:结肠癌肿瘤组织TBX3高表达,抑制TBX3表达可抑制结肠癌细胞增殖、促进细胞凋亡,其机制可能与下调P14ARF/p53途径有关。
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编辑人员丨1周前
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124例年龄≤60岁上尿路尿路上皮癌患者的胚系基因检测结果分析与解读
编辑人员丨1周前
目的:分析年龄≤60岁上尿路尿路上皮癌(UTUC)患者的胚系致病性突变,探讨胚系致病性突变携带者的临床病理特征。方法:回顾性分析复旦大学附属肿瘤医院2008年9月至2023年2月接受胚系基因检测的124例年龄≤60岁UTUC患者的临床资料。男86例,女38例;年龄55.0(49.8,58.0)岁;原发肿瘤位于肾盂81例(65.3%),位于输尿管34例(27.4%),二者兼有9例(7.3%)。低级别UTUC 13例(10.5%),原位癌8例(6.5%)。12例(9.7%)有膀胱癌病史,12例(9.7%)有其他恶性肿瘤病史。取患者外周血标本,行全基因组外显子测序或靶向测序寻找UTUC相关的胚系突变。按照美国医学遗传学与基因组学/美国分子病理学协会(ACMG/AMP) 2015版指南,对胚系基因检测数据进行解读,分析胚系致病性突变率,并探究胚系致病性突变携带者的临床病理特征。进一步与东亚健康人群的胚系致病性突变率比较,分析与UTUC致病风险相关的胚系突变。结果:本研究124例中,28例(22.6%)共检测到31个胚系致病性突变。有胚系致病性突变患者与无胚系致病性突变患者的年龄[54.0(47.0,58.0)岁与56.0(50.8,58.0)岁]、性别(男/女:21/7岁与65/31岁)、有膀胱癌病史(0与12/96)、T分期(T 3~4期:12/28与41/96)、组织学高级别比例(26/28与85/96)的差异均无统计学意义( P>0.05)。31个胚系致病性突变位于22个基因上,分别为BRCA2(4例,12.9%)、MSH2(3例,9.7%)、RAD54L(2例,6.5%)、BRCA1(2例,6.5%)、BRIP1(2例,6.5%)、NOTCH3(2例,6.5%)、XRCC2(1例,3.2%)、VEGFA(1例,3.2%)、TBX3(1例,3.2%)、RET(1例,3.2%)、PRKN(1例,3.2%)、PALB2(1例,3.2%)、NTRK1(1例,3.2%)、NCOA3(1例,3.2%)、MSH6(1例,3.2%)、LRP1B(1例,3.2%)、KMT2D(1例,3.2%)、KMT2A(1例,3.2%)、FANCA(1例,3.2%)、BARD1(1例,3.2%)、ARID1A(1例,3.2%)和AR(1例,3.2%)基因。对124例患者的胚系致病性突变率与东亚健康人群的胚系致病性突变率进行比较,结果显示BRCA2 ( OR=11.9, 95% CI 3.8 ~37.7, P<0.001)、MSH2( OR=11.9, 95% CI 3.2~44.5, P<0.001)、RAD54L( OR=14.2, 95% CI 2.7~73.8, P=0.002)和BRCA1 ( OR=11.8, 95% CI 2.4~59.1, P=0.003)基因的胚系致病性突变可显著增加UTUC的发病风险。 结论:本研究年龄≤60岁UTUC患者的胚系致病性突变率为22.6%,携带BRCA2、MSH2、RAD54L或BRCA1基因的胚系致病性突变可显著增加UTUC的发病风险。
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编辑人员丨1周前
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22q11.21微缺失与微重复综合征的产前临床表型分析及遗传咨询
编辑人员丨1周前
目的:探讨产前诊断22q11.21微缺失与微重复胎儿的不同临床表型、妊娠结局,为临床遗传咨询提供依据。方法:回顾性分析2015年1月至2022年1月在空军军医大学第一附属医院产前诊断中心因超声检查异常、高龄、血清学筛查高风险等行介入性产前诊断,应用染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)技术确诊的22q11.21微缺失或微重复病例。对其临床表型及妊娠结局进行描述性分析。结果:研究期间,共9 141例行CMA检测的病例中,有77例(0.8%)为22q11.21微缺失或微重复胎儿。77例中,62例(80.5%)为22q11.21微缺失,包括58例典型区域缺失和4例非典型区域缺失(均包含与先天性心脏病明确相关的 TBX1基因);15例(19.5%)为22q11.21微重复,包括14例典型区域重复和1例非典型区域重复。62例22q11.21微缺失胎儿中,48例(77.4%)伴有先天性心脏病,其中28例为圆锥动脉干畸形;15例22q11.21微重复胎儿中,5例伴有先天性心脏病。预产期后3~6个月进行电话随访,62例22q11.21微缺失胎儿中,52例终止妊娠,5例失访,5例出生(1例早产出生后1个月死亡,1例生后伴肛门前移及发育迟缓,3例随访未见明显异常);15例22q11.21微重复胎儿中,4例终止妊娠,2例失访,9例出生(8例随访未见明显异常,1例发育迟缓)。 结论:应用CMA对22q11.21微缺失与微重复胎儿进行产前诊断,并结合超声诊断综合分析其临床表现及妊娠结局,对指导妊娠、患儿出生后的治疗康复均具有重要意义,孕期需结合超声检查进行遗传咨询综合考虑、谨慎处理。
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编辑人员丨1周前
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5-羟甲基糠醛通过活性氧和Wnt信号通路影响斑马鱼幼鱼心血管发育研究
编辑人员丨1周前
目的:探索5-羟甲基糠醛(5-HMF)影响心血管发育的机制。方法:以10、25、50 μg/ml的5-HMF处理受精8 h后的AB系斑马鱼幼鱼,用E3溶液处理同胞幼鱼作为对照组,进行形态组织学观察,吖啶橙染色检测细胞凋亡,实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测相关基因表达。用抗氧化剂N-乙酰-l-半胱氨酸(NAC)和Wnt信号通路激活剂(BML)处理幼鱼进行挽救实验,比较各组幼鱼心血管发育情况。数据比较采用单因素方差分析。结果:高浓度5-HMF处理组幼鱼心率、心包水肿程度、静脉窦-动脉球距、凋亡染色面积[(76.23±2.59)次/20 s、(65.83±3.12)%、(18.38±2.33) μm、(8 639.28±798.06)]均高于对照组[(14.39±3.41)次/20 s、(0.84±0.12)%、(14.39±0.76) μm、(1 420.84±359.34)],差异有统计学意义( t=9.312、8.590、11.784、9.786, P<0.05)。高浓度5-HMF处理组幼鱼心脏发育相关基因心脏特异性同源盒转录因子(nkx2.5)、T-框蛋白5(Tbx5)、锌指转录因子(gata4)和血管发育相关基因血管内皮生长因子A旁系同源基因(VEGF-A)的表达水平(0.48±0.06、0.34±0.04、0.64±0.08、0.78±0.13)均低于对照组(1.00±0.12、1.00±0.17、1.00±0.13、1.00±0.18),差异有统计学意义( t=5.624、4.439、5.804、6.872, P<0.05)。而凋亡相关基因B细胞淋巴瘤/白血病-2相关X蛋白(bax)和p53的表达水平(2.56±0.36、3.65±0.48)均高于对照组(1.00±0.18、1.00±0.13),差异有统计学意义( t=7.283、6.392, P<0.05)。NAC和BML可以挽救5-HMF引起的表型异常。 结论:高浓度5-HMF提高了斑马鱼幼鱼活性氧水平,抑制Wnt信号通路的转导,最终导致斑马鱼幼鱼心血管发育异常。
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