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UBE2C在肝癌中的表达及对HepG2细胞增殖和侵袭的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨UBE2C在肝癌组织中的表达及沉默UBE2C后对肝癌细胞增殖和侵袭的影响.方法:从TCGA数据库中下载肝癌患者的数据集,分析肝癌组织中UBE2CmRNA的表达水平,按照肝癌组织中UBE2CmRNA中位表达水平,将所有肝癌患者分为高表达组(n=169)和低表达组(n=205),分析与患者预后的关系,采用Cox回归分析肝癌预后的影响因素.选择人肝癌细胞系(HepG2、Huh7和SMMC-7721)和人肝上皮细胞系(THLE-3),采用Western blot法和实时荧光定量PCR法检测4种细胞中UBE2C蛋白及mRNA的表达水平.HepG2细胞系中根据是否沉默UBE2C,分为空白对照组、空转NC组和si-UBE2C组.分析UBE2C基因沉默后对HepG2细胞增殖和侵袭的影响.结果:肝癌组织和癌旁正常肝脏组织中UBE2CmRNA表达水平分别为4.342(3.239,5.635)和0.905(0.587,1.230),与癌旁正常肝脏组织相比,肝癌组织中UBE2CmRNA水平显著升高(P<0.001);肝癌组织及配对癌旁正常肝脏组织中UBE2C mRNA表达水平分别为4.266(3.342,5.054)及0905(0.587,1.230),与配对癌旁正常肝脏组织相比,肝癌组织中UBE2C mRNA水平显著升高(P<0.001).肝癌组织UBE2C mRNA高表达组和低表达组中位生存时间为48.85个月和69.38个月,UBE2C mRNA高表达组中位生存时间显著缩短(P=0.045).T分期(T3/T4)和UBE2C高表达是肝癌患者不良预后的独立危险因素(P<0.05).相对于人肝上皮细胞系THLE-3,UBE2C蛋白和mRNA在人肝癌细胞系HepG2、Huh7和SMMC-7721中均显著高表达(P<0.05),其中,UBE2C蛋白和mRNA在人肝癌细胞系HepG2表达最为显著.CCK-8结果显示,在72 h和96 h,与空白对照组和空转NC组相比,si-UBE2C组细胞增殖率显著降低,差异有统计学意义(P<0.05).空白对照组、空转NC组和si-UBE2C组侵袭细胞数分别为(23.12±3.45)个、(24.33±2.83)个和(10.21±1.14)个,与空白对照组和空转NC组相比,si-UBE2C组侵袭细胞数显著降低,差异有统计学意义(P<0.05).结论:UBE2C在肝癌组织中显著高表达,且UBE2C可作为肝癌患者不良预后的一项生物学标志物,UBE2C基因沉默后能显著抑制肝癌细胞系HepG2的增殖和侵袭.
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编辑人员丨4天前
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甲胎蛋白高表达和低表达肝细胞肝癌的基因表达谱差异分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱,为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据,根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组,每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析,应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法,通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分,根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果:TCGA数据分析显示,AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均 P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因,其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调,451个基因表达下调。GO功能分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关,而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集,该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15,其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关,且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关( r=0.475, P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT-qPCR检测结果显示,特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达,其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关,但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。 结论:AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展,其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用,并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。
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编辑人员丨4天前
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去势抵抗性前列腺癌神经内分泌转化的关键基因的研究
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学方法研究去势抵抗性前列腺癌发展成为神经内分泌性前列腺癌的关键基因。方法:从cBioPortal数据库下载前列腺癌的转录本测序数据,使用R语言和加权基因共表达网络分析(WGCNA)软件包进行数据分析,明确癌症类型相关性最高的基因集。对该基因集进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,明确该群基因和细胞周期及细胞分裂的相关性。再利用STRING数据库计算该基因集内基因的相关性,导入Cytoscape软件中构建基因网络,并计算出处于网络核心的前10个基因。然后在GSE105416数据集中验证这10个基因的表达。最后选择关键基因UBE2C和NUF2做GSEA分析。结果:鉴定了10个在前列腺癌神经内分泌转化中的关键基因,分别是BUB1、CDCA8、CENPF、HJURP、KIF23、KIF2C、NUF2、PTTG1、TPX2和UBE2C。结论:本研究对前列腺癌的神经内分泌转化提供了新视角,鉴定出关键基因可作用于影响前列腺癌细胞的细胞周期和AR信号通路来影响其神经内分泌转化。
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编辑人员丨4天前
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UBE3A基因新发变异致Angelman综合征1例并文献复习
编辑人员丨4天前
目的:提高对Angelman综合征(AS)临床表型及基因型的认识。方法:回顾性分析2018年5月新乡医学院第一附属医院小儿康复科收治的1例AS患儿的临床资料,并复习相关文献。结果:女童,2岁,发现不会独走半年余。查体:头围小,不能言语,步态不稳及双足尖足,发育商19分,大运动评分10分,语言评分7分。全外显子测序发现 UBE3A基因的c.580G>T杂合无义变异,该变异导致第194号氨基酸Glu变为终止(p.Glu194Stop,682),为无义变异,使该蛋白缺失了682个氨基酸。家系验证显示c.580G>T为新生变异,父母均为野生型。 结论:发现导致AS的新 UBE3A基因c.580G>T杂合无义变异。
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编辑人员丨4天前
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肝细胞生长因子促进人毛囊生长的作用研究
编辑人员丨4天前
目的:观察肝细胞生长因子(HGF)对人毛囊生长的影响,并探讨其促进毛发生长的作用机制。方法:毛囊来源于中国医学科学院整形外科医院4例除皱术后患者废弃的正常头皮组织,分离单根毛囊进行体外器官培养。以常规培养为对照组,培养液中添加浓度为10 ng/ml的HGF作为实验组,显微镜下测量不同培养天数毛囊的生长长度;通过观察培养毛囊毛球部毛基质与毛乳头的形态,评价HGF对毛囊生长周期的影响。分离培养人毛囊上皮细胞,应用流式细胞术对其表面标志进行鉴定;以常规培养的毛囊上皮细胞为对照组,以培养基添加10 ng/ml的HGF处理48 h后的毛囊上皮细胞为实验组,收集细胞提取RNA,转录组测序分析HGF对毛囊上皮细胞基因表达的影响,应用real-time PCR对测序分析结果进行验证。各项定量数据以均值±标准差表示,2组间比较应用独立样本 t检验, P<0.05为差异具有统计学意义。 结果:随着体外培养时间的延长,毛囊生长趋于停止;毛囊体外培养7、10、14 d时,对照组毛囊生长长度(单位0.1 mm)分别为12.210±4.191、13.710±3.518、14.000±4.057,实验组HGF促进毛发生长,生长长度分别为16.700±5.143、18.800±4.917、23.000±7.196,差异具有统计学意义( t=2.353, P<0.05; t=2.962, P<0.01; t=3.910, P<0.01);分离培养的毛囊上皮细胞呈典型的铺路石样形态,表达上皮细胞表面标志分子CD49f;转录组测序结果显示,毛囊上皮细胞高表达上皮细胞标志基因KRT14、KRT5、KRT6A、CDH1、SOX9、CD49f,FPKM值分别为6 012±2 141、4 072±1 369、3 896±1 991、95.06±21.48、101.30±38.52、162.00±47.83;不表达或极低表达间质细胞标志基因THY1、DPP4、CDH2 (N-cadherin)、ACTA2、PDGFRA、COL1A1、COL3A1,FPKM值分别为0.740±0.825、0.632±0.765、0.000±0.034、1.674±1.235、0.000±0.014、2.526±3.531、0.000±0.015;与对照组相比,实验组经HGF处理后毛囊上皮细胞中改变的基因显著富集于细胞周期及细胞分裂相关生物学过程,相关基因的表达下调;Real-Time PCR验证显示CENPA、CDC20、UBE2C、CDK1、AURKB、NDC80分别降为对照组的0.689±0.053 ( t=10.170, P<0.001)、0.676±0.121 ( t=4.652, P<0.01)、0.761±0.148 ( t=2.785, P<0.05)、0.599±0.153 ( t=4.530, P<0.05)、0.706±0.113 ( t=4.507, P<0.05)、0.579±0.092 ( t=7.931, P<0.01)倍,差异具有统计学意义。 结论:HGF促进毛囊体外器官培养的生长并延长其生长时间;但在细胞水平上抑制毛囊上皮细胞增殖相关基因表达。
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编辑人员丨4天前
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应用生物信息学方法筛选与验证肝癌预后相关的关键基因
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学方法筛选出肝癌中的关键基因,并预测其在肝癌发生中的潜在分子机制及其对肝癌预后的影响。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)下载3个肝癌微阵列数据集,进行差异分析并取其交集。利用DAVID数据库对187个差异表达基因(DEGs)进行功能富集分析。通过STRING数据库及Cytoscape软件构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络及筛选关键基因。利用GEPIA、GSCALite数据库进行关键基因通路、表达验证及预后分析。结果:获得185个3个数据集交集的DEGs,包括54个上调基因和131个下调基因,这些基因生物功能主要富集在细胞分裂和细胞凋亡,主要参与细胞周期、DNA复制、Rap1信号通路的调节。在PPI网络中筛选出10个关键基因,分别为胸苷激酶1(TK1)、细胞分裂周期相关5(CDCA5)、甲状腺激素受体相互作用体13(TRIP13)、着丝粒蛋白M(CENPM)、异常纺锤形微管组件(ASPM)、着丝粒蛋白F(CENPF)、微型染色体维护复合体组件49(MCM4)、霍利迪连接体识别蛋白(HJURP)、母体胚胎亮氨酸拉链激酶(MELK)、非染色体结构维护凝缩蛋白Ⅰ复合体G亚基(NCAPG)。关键基因在肝癌中高表达,除UBE2C外,关键基因高表达与肝癌患者总生存率低相关。结论:关键基因与肝癌的发生和预后不良有关。
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编辑人员丨4天前
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膀胱癌关键基因及通路的生物信息学分析
编辑人员丨4天前
目的:运用生物信息学技术对膀胱癌基因表达谱分析获取差异基因及其相关信号通路。方法:利用生物信息学技术及相关工具对GSE13507、GSE7476、GSE40355、癌症基因图谱计划(TCGA)数据库中膀胱癌基因表达序列数据集行差异表达分析并获取共同差异基因379个,使用STRING数据库、Cytoscape软件获取蛋白互作网络(PPI)及关键基因,clusterProfiler包对10个关键基因行基因本体论(GO)、生物信号通路(KEGG)富集分析,最后利用人类蛋白表达图集(HPA)在线工具对10个关键基因行生存分析。结果:差异分析获取上调基因77个、下调基因302个,共379个。MCODE提取得到2个主要的PPI网络,cytoHubba共筛选出10个关键基因[细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)、泛素结合酶E2 C(UBE2C)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、胸苷酸合成酶(TYMS)、极光激酶A(AURKA)、哺乳动物叉头框蛋白M1(FOXM1)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、PDZ结合激酶(PBK)、细胞分裂蛋白调节剂1(PRC1)],均为上调基因。通过GO、KEGG富集分析,关键基因主要富集在蛋白酶代谢、细胞周期与细胞分裂等功能中,以及细胞周期、细胞衰老、p53信号通路、FoxO信号通路等信号通路上。生存分析结果显示CCNB1、CDC20、PRC1在癌组织中高表达,与较差的预后相关( P<0.05),差异有统计学意义。 结论:通过生物信息学分析与挖掘有助于认识膀胱癌的发生发展,CCNB1、CDC20、PRC1有助于膀胱癌诊断及治疗。
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编辑人员丨4天前
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单侧双通道内镜下颈椎后路全椎板切除减压术对颈椎管狭窄症的早期疗效及安全性
编辑人员丨4天前
探讨单侧双通道内镜(UBE)下颈椎后路全椎板切除减压术治疗颈椎管狭窄症的早期疗效及安全性。回顾性分析2021年1月至2022年10月在河南省直第三人民医院采用UBE下颈椎后路全椎板切除减压治疗的28例单节段颈椎管狭窄症患者的临床资料。其中男16例,女12例,年龄(55.6±9.6)岁;C 3~4节段1例,C 4~5节段3例,C 5~6节段16例,C 6~7节段8例。比较术前和术后随访时患者日本骨科协会(JOA)评分;记录术后并发症发生情况;计算末次随访时JOA评分改善优良率。所有患者手术顺利并获得随访,手术时间(43.0±5.3)min,术中出血量(7.9±2.8)ml,术后引流量(8.1±2.3)ml,随访时间(11.6±4.7)个月。JOA评分由术前的(7.9±1.2)分升至术后6个月的(13.5±1.3)分,末次随访则为(13.7±1.2)分,术后与术前差异均有统计学意义(均 P<0.001)。术后无脑脊液漏、神经损伤、椎管内血肿等并发症发生;末次随访时通过颈椎X线片或CT评估,手术节段无失稳情况。末次随访时综合疗效:优16例,良7例,中2例,优良率89.3%(25/28)。UBE下颈椎后路全椎板切除减压术治疗单节段颈椎管狭窄症可取得满意疗效,对脊柱稳定性无影响,并具有较高的安全性。
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编辑人员丨4天前
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单侧双通道内镜下经椎间孔腰椎椎间融合术36例临床疗效观察
编辑人员丨4天前
目的:探讨单侧双通道内镜(UBE)下经椎间孔腰椎椎间融合术治疗腰椎退变性疾病的临床效果。方法:选取郑州大学第二附属医院2021年3月至2023年12月收治的腰椎退变性疾病患者85例,其中UBE手术组36例,行UBE下腰椎减压、经皮固定、经椎间孔腰椎椎间融合术,开放手术组49例,行传统腰椎减压固定、椎体间植骨融合术。其中男40例,女45例;年龄52~74岁,平均62.3岁。比较两组患者手术相关指标(手术时间、术中出血量、术后引流量、住院时间、并发症发生率)、血清学指标(肌酸激酶、C反应蛋白)、临床疗效评价[手术前后疼痛视觉模拟评分(VAS)评分、腰痛疗效日本骨科协会(JOA)评分、腰椎融合率]。组间计量资料比较采用 t检验,计数资料采用 χ2检验。 结果:患者获随访区间4~12个月,随访(7.4±3.2)个月。UBE手术组在手术时间、术中出血量、术后引流量、住院时间方面低于开放手术组,差异有统计学意义[UBE组:(127.14±25.25) min、(132.78±47.43) ml、(37.54±10.62) ml、(7.42±0.77) d;开放组:(164.17±26.12) min、(280.61±47.67) ml、(50.19±22.35) ml、(10.71±1.73) d, t=7.549、-14.169、7.904、-10.663, P<0.05]。UBE手术组在术后1、3 d肌酸激酶、C反应蛋白水平低于开放手术组,差异有统计学意义[UBE组:(178.02±67.34) U/L、(93.46±35.27) U/L、(20.25±15.34) mg/L、(17.64±13.32) mg/L;开放组:(296.22±94.76) U/L、(152.43±40.51) U/L、(31.82±27.53) mg/L、(24.67±17.24) mg/L, t=-10.287、-9.528、-7.861、-8.982, P<0.05]。两组在并发症发生率、手术前后疼痛VAS评分、腰痛JOA评分、术后7 d肌酸激酶、C反应蛋白水平、腰椎融合率方面比较,差异无统计学意义( P>0.05)。UBE组出现1例神经根牵拉伤,治疗后恢复。 结论:UBE下经椎间孔腰椎椎间融合术可有效治疗腰椎退变性疾病,具有手术创伤小、出血量少、术后恢复快等优点,值得临床推广。
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编辑人员丨4天前
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泛素结合酶E2C在脑肿瘤中的相关研究进展
编辑人员丨4天前
泛素结合酶E2C(UBE2C)是泛素蛋白酶系统的重要组成部分,参与细胞周期的调控。UBE2C高表达于脑肿瘤组织中,且表达水平与肿瘤的恶性程度及患者的预后状况密切相关,有可能成为监测脑肿瘤进展的生物标记物。笔者现围绕UBE2C在脑肿瘤发生发展、预后及分子机制中的研究进展进行综述,以期为脑肿瘤的临床防治研究提供新的思路。
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编辑人员丨4天前
