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胞质TGM2依赖GTP抑制TRIM21介导的STAT1泛素化降解促进胃癌恶性进展
编辑人员丨1天前
背景 与目的既往研究提示谷氨酰胺转胺酶2(transglutaminase 2,TGM2)是多种肿瘤的潜在治疗靶点,但其在胃癌中的作用及机制尚未明确.本研究中,我们试图揭示TGM2在胃癌中的作用和相关机制.方法 分析TGM2在胃癌细胞和组织中的表达水平,并通过一系列体内外实验分析TGM2在胃癌中的功能,包括蛋白质印迹、免疫组化、CCK8、集落形成实验、transwell实验、异种移植瘤模型和转移瘤模型.通过基因富集分析、定量PCR和蛋白质印迹筛选TGM2在胃癌中潜在的作用靶标.通过功能损益实验和挽救实验验证TGM2对STAT1的调控作用.通过免疫共沉淀、质谱分析、定量PCR和蛋白质印迹筛选STAT1互作蛋白,并阐明其调控机制.最后,通过突变TGM2和使用TGM2的酶活性调节剂(ZM39923和A23187)以明确TGM2通过何种酶活性促进胃癌恶性进展,并阐明其潜在机制.结果 研究结果表明TGM2在胃癌组织中高表达,与病理分级密切相关,其高表达预示患者不良预后.TGM2过表达/敲低能够促进/抑制胃癌细胞增殖、迁移和侵袭.而敲低/过表达STAT1能够逆转TGM2在胃癌细胞中的作用.进一步分析提示TGM2通过抑制STAT1泛素化/降解促进胃癌恶性进展.TRIM21被鉴定为胃癌中STAT1的E3泛素连接酶.TGM2通过与GTP结合的酶活性促进TRIM21和STAT1解离.A23187能够抑制TGM2对STAT1的作用,并在体外和体内实验中逆转TGM2的促肿瘤作用.结论 本研究揭示了在胃癌中TGM2调控STAT1的作用和机制,提示TGM2可作为胃癌治疗的潜在靶点,了解TGM2与GTP结合的酶活性有助于开发靶向药物,优化现有治疗策略.
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编辑人员丨1天前
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特应性皮炎患者外周血单个核细胞转谷氨酰胺酶2的表达与相关炎症因子及疾病严重程度的相关性
编辑人员丨1天前
目的:分析特应性皮炎(AD)患者外周血单个核细胞(PBMC)中转谷氨酰胺酶2(TGM2)的表达及其与AD相关炎症因子和疾病严重程度的相关性。方法:收集福建医科大学附属第一医院2020年7月至2021年1月皮肤科门诊及住院治疗的29例AD患者及15例健康对照。采集受试者10 ml外周血及临床相关信息[包括年龄、性别、病程、血常规(包括嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞计数)、总IgE水平、AD评分(SCORAD)等]。用密度梯度离心法分离PBMC后,通过荧光定量PCR与流式细胞仪检测29例AD患者及15例健康对照PBMC中TGM2 mRNA和PBMC表面TGM2蛋白的表达,及PBMC中AD相关炎症因子白细胞介素(IL)1β、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IL-13、IL-17、胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)、P2RX7(嘌呤能受体P2X,配体门控离子通道7)等的mRNA表达。采用Mann-Whitney U检验分析组间差异,相关性评估采用Spearman相关性分析。 结果:AD患者PBMC中TGM2 mRNA相对表达水平与对照组差异无统计学意义[ M( Q1, Q3):0.509(0.325,0.958)比0.475(0.328,1.051), U = 210.50, P = 0.872],AD组IL-4 mRNA表达水平低于对照组[0.171(0.049,0.449)比0.824(0.397,1.378), P < 0.001],IL-8、IL-13 mRNA表达水平均高于对照组( P = 0.011、0.006)。Spearman相关性分析显示,AD患者组PBMC中TGM2 mRNA表达水平与炎症因子IL-4和P2RX7 mRNA的表达正相关( r s = 0.42、0.40, P = 0.024、0.034);与AD患者疾病严重程度相关指标如年龄[21(16,29)岁]、病程[4(1,10)年]、嗜酸性粒细胞计数[0.33(0.18,0.65)× 10 9/L]、嗜碱性粒细胞计数[0.04(0.03,0.06)× 10 9/L]、SCORAD评分[60.5(46.98,66.13)]、血清总IgE水平[373(40,1815)IU/ml]均无显著相关性(均 P > 0.05)。AD组与对照组PBMC表面TGM2蛋白的相对表达水平[54.9(47.6,62.8)比55.55(51.5,60.25)]差异无统计学意义( U = 112.00, P = 0.922),AD患者PBMC表面TGM2蛋白的表达水平与疾病严重程度相关指标均无显著相关性( P>0.05)。 结论:AD患者PBMC中TGM2 mRNA及PBMC表面TGM2蛋白的表达与健康对照间无明显差异,且与AD疾病严重程度无相关性。
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编辑人员丨1天前
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一例火棉胶样婴儿 TGM1基因变异的致病性研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨1个先天性常染色体隐性遗传性鱼鳞病家系的遗传学病因。方法:对1例火棉胶样婴儿进行全外显子组测序,Sanger测序验证基因变异位点。应用PolyPhen-2、PROVEAN和Mutation Taster软件以及蛋白同源建模方法预测基因变异的性质;实时荧光定量PCR和Western印迹法分析变异对等位基因mRNA与蛋白表达量的影响。结果:全外显子组测序与Sanger验证结果证实患儿 TGM1基因第6外显子存在c.919C>T(p.Arg307Trp)变异,第7外显子存在c.1019G>A(p.Gly340Glu)变异,且两变异等位基因分别遗传自其母亲与父亲。生物信息学预测提示两种变异均对蛋白结构有害,蛋白同源建模结果进一步证实上述结论。体外实验显示转染野生型质粒与转染c.919C>T或c.1019G>A突变型质粒的293T细胞 TGM1基因mRNA表达量差异无统计学意义( t值分别为1.97、1.28, P值分别为0.12、0.27),但转染突变型TGM1质粒的细胞TGase1蛋白含量显著下降。 结论:TGM1基因c.919C>T与c.1019G>A变异可能是该严重鱼鳞病患儿的分子遗传学病因,其编码的错义氨基酸可能通过破坏TGase1蛋白结构,从而影响蛋白功能。
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编辑人员丨1天前
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TGM1基因新型变异致火棉胶样婴儿1例
编辑人员丨1天前
患儿,男,生后2 d,第二胎第二产,孕38周经阴道顺娩,出生体重3200 g,Apgar评分1分钟10分。生后即发现皮肤潮红,全身覆盖透亮胶样膜状物质。父母均体健,否认近亲婚配,否认家族史,孕期产检均未见明显异常。为明确诊断,至济南市妇幼保健院产前诊断中心就诊。查体:患儿全身皮肤干燥,皮肤表面覆有胶样膜状物,多处皲裂,皮肤弹性较差;无面部表情,毛发稀疏,四肢肌张力可,指甲发育正常(见 图1)。
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编辑人员丨1天前
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转谷氨酰胺酶3对胃癌发展和预后的影响
编辑人员丨1天前
目的:探讨转谷氨酰胺酶3(TGM3)对胃癌发展和预后的影响。方法:收集南通大学附属医院普外科手术治疗的2010年1月至2011年12月的150例及2020年8月10例患者的配对胃癌组织及癌旁组织。采用实时荧光定量聚合酶联反应及免疫组织化学(IHC)检测TGM3在胃癌组织及癌旁组织中的表达水平。分析TGM3蛋白水平与胃癌患者预后的关系。构建TGM3过表达胃癌细胞株,分为空载体组(NC)和TGM3过表达组(TGM3-1、TGM3-2)。利用克隆形成实验、划痕实验和侵袭实验检测TGM3表达对细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。将购自南通大学动物中心的12只4周龄雄性BALB/c裸鼠随机分为3组构建皮下瘤模型,组间比较采用 t检验。 结果:荧光定量聚合酶联反应和IHC结果表明胃癌组织中TGM3的mRNA和蛋白表达均显著低于癌旁组织(荧光定量聚合酶联反应: t=7.091 P<0.01;IHC: χ2=7.061, P<0.01)。生存分析表明,TGM3高表达患者的总生存期长于低表达患者(风险比=0.576,95%可信区间=0.367~0.904, P<0.05)。实验证明TGM3升高可显著抑制胃癌细胞增殖(NC:1 226.667±12.014;TGM3-1:311.333±7.024, t=113.900, P<0.01;TGM3-2:337.667±10.599, t=96.110, P<0.01)、迁移(NC:0.477±0.031;TGM3-1:0.260±0.028, t=9.016, P<0.01;TGM3-2:0.223±0.007, t=13.720, P<0.01)和侵袭能力(NC:583.667±13.577;TGM3-1:386.000±8.185, t=21.600, P<0.01;TGM3-2:365.333±10.599, t=21.960, P<0.01),以及抑制裸鼠皮下瘤生长[NC:(0.864±0.071) cm 3;TGM3-1:(0.353±0.027) cm 3, t=11.630, P<0.01;TGM3-2:(0.256±0.040) cm 3, t=12.890, P<0.01]。 结论:TGM3在胃癌中发挥抑癌作用,可作为预测胃癌患者预后的分子标志物和潜在的治疗靶点。
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编辑人员丨1天前
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基于转录组和蛋白组关联研究技术筛选的低剂量电离辐射效应相关候选基因
编辑人员丨1天前
目的:通过转录组和蛋白组数据关联分析,筛选低剂量电离辐射效应相关基因,为低剂量辐射效应的分子机制研究提供新思路。方法:于2018年3月,以健康人外周血为样本,分为照射组(150 mGy)和对照组(0 mGy),每组3个样本。提取两组样本总RNA和蛋白,对转录组和蛋白组数据进行关联分析,确定低剂量电离辐射效应相关表达基因,并进行生物过程及分子功能等的分析。结果:照射组和对照组差异表达的基因、蛋白数量分别为486、266个,12个基因和蛋白关联( P<0.05)。定量蛋白和基因总体关联性低( r s=0.003 4),变化趋势相同的差异基因和蛋白表达呈正相关( r s=0.678 6),变化趋势相反的差异基因和蛋白表达呈负相关( r s=-0.100 0)。与差异蛋白表达趋势相同的差异基因有7个,其中 FBXO7和 SNCA表达上调, ORM1、 ORM2、 HIST1H4J、 HBZ、 LYZ表达下调;表达趋势相反的基因有5个,包括 SLC4A1、 BCAM、 C4B_2、 KEL、 TGM2,均在基因水平上调,蛋白水平下调。差异基因涉及免疫系统调节、信号转导、酶活性调节、跨膜运输、防御、转录和DNA修复等方面功能。 结论:转录组和蛋白组数据关联研究筛选出12个低剂量电离辐射效应相关候选基因及其对应的表达蛋白,为深入研究低剂量辐射效应机制提供新线索。
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编辑人员丨1天前
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白细胞介素-2、白细胞介素-15、α-干扰素、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子体外转录mRNA组合抑制小鼠乳腺癌的生长
编辑人员丨1天前
目的:本研究旨在探讨白细胞介素(IL)-2、IL-15、α-干扰素(IFN-α)、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)细胞因子组合体外转录mRNA注射小鼠乳腺癌后的治疗效果。方法:体外转录合成细胞因子IL-2、IFN-α、GM-CSF和IL-15 mRNA组合,并分别在体外转染4T1乳腺癌细胞,检测对应蛋白的表达。使用4T1乳腺癌细胞系构建BALB/c小鼠乳腺癌模型,并对其注射4种mRNA组合,通过酶联免疫吸附试验(ELISA)检测注射后第1、4、7、10天小鼠血液中4种细胞因子的水平;测量注射后小鼠肿瘤的大小;采用免疫组织化学方法检测肿瘤中细胞因子的表达。两组间比较采用独立样本 t检验,采用单因素方差分析进行多组间比较。 结果:Western blot实验结果显示,转染组IL-2、IFN-α、GM-CSF和IL-15的表达分别为均显著高于对照组( tIL-2=4.170, P<0.05; tIFN=9.648, P<0.01; tGM-CSF=16.250, P<0.01; tIL-15=13.550, P<0.01)。与对照组小鼠比较,体外转录mRNA组合注射小鼠乳腺癌模型后可见注射细胞因子后,第7天IL-2实验组和对照组的表达量分别为(361.34±9.16) pg/ml和(259.62±17.28) pg/ml,差异有统计学意义( t=7.236, P<0.01);第7天IFN-α实验组表达量[(81.13±21.16) pg/ml]显著高于对照组[(45.91±12.58) pg/ml, t=6.500, P<0.01];GM-CSF在第4天实验组和对照组的表达量分别为(1 182.83±42.16) pg/ml和(45.91±762.19) pg/ml,差异有统计学意义( t=7.077, P<0.01);实验组中以上3种细胞因子浓度与对照组差异持续到注射后第10天,但IL-15未见明显升高趋势( P>0.05)。注射疫苗后,实验组肿瘤体积[(1 125.13±79.16) mm 3]显著小于对照组[(3 428.91±73.58) mm 3],差异有统计学意义( t=11.930, P<0.05)。 结论:IL-2、IL-15、IFN-α、GM-CSF细胞因子的mRNA组合注射小鼠乳腺癌后,血液及肿瘤中4种细胞因子的表达均升高,增强并产生持久性肿瘤特异性免疫反应,从而抑制乳腺肿瘤的生长。
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编辑人员丨1天前
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基于网络调控分析筛选非小细胞肺癌PD-L1阴性患者的免疫治疗标志物及辅助药物
编辑人员丨3周前
目的:基于加权基因共表达网络筛选PD-L1阴性非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者的潜在免疫治疗靶点并筛选相应小分子药物提高免疫应答效率.方法:分别从TGCA数据库筛选出1 037例NSCLC数据和108例正常数据,以及GEO数据库中的60例NSCLC数据和9例正常数据.在数据标准化后,将PD-L1表达水平后五分位的患者定义为PD-L1阴性患者,两个数据集中的差异基因作为加权基因共表达网络分析的输入.同时,构建风险比例回归模型预测高风险基因对于预后的影响.最后在DrugBank数据库中筛选以风险基因为靶点的小分子药物并进行模拟对接.结果:风险比例回归模型通过六个风险基因(CXCL12、GBP1、TGM2、HMOX1、GBP3、C1QB)的表达将数据分为高风险组和低风险组,两组间患者的生存时间、生存状态、免疫细胞比例、基质细胞比例和基因表达均存在极大的差异(P<0.05),模型在测试集和验证集中的AUC分别达到了 0.860和0.752.此外,高表达GBP1和TGM2患者预后更差,因此被确定为最终的生物标志物.以GBP1和TGM2为靶点,药物数据库共筛选到4个靶向基因的小分子药物,并达到有效结合.结论:GBP1和TGM2可能是NSCLC免疫治疗的潜在标志物,且与小分子药物的联药治疗有可能提高免疫应答效率.
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编辑人员丨3周前
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1例新型ALOX12B基因突变所致的非大疱性先天性鱼鳞病样红皮病并文献回顾
编辑人员丨2024/7/6
常染色体隐性遗传先天性鱼鳞病(autosomal recessive congenital ichthyosis,ARCI)和鱼鳞病综合征(ichthyosis syn-drome,IS)是罕见的遗传性皮肤病.ARCI是一种罕见的异质性角质化异常的单基因遗传病,主要特征为全身性皮肤异常脱皮,皮肤表型主要为板层状鱼鳞病和非大疱性先天性鱼鳞病样红皮病,出生时多表现为火棉胶样婴儿[1].目前,国内外关于ARCI的遗传发病机制研究多依靠个案报道,其中以TGM1基因突变最为常见,其次为罕见的ALOX12B、ALOXE3、CYP4F2等[2].本文旨在报道1例新发现的ALOX12B基因突变型病例,扩大致病基因库.
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编辑人员丨2024/7/6
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基于硬皮病线粒体相关基因的人工神经网络模型的构建
编辑人员丨2024/7/6
目的 建立基 于GEO数据库硬皮病线粒体相关基因的机器学习和人工神经网络联合诊断模型并评价其效果.方法 通过GEO数据库获取3份硬皮病芯片.其中GSE95065及GSE59785合并作为实验数据集并提取线粒体相关基因表达量,使用随机森林、LASSO回归和SVM算法筛选硬皮病线粒体相关特征基因,并用特征基因构建人工神经网络模型,用10折交叉验证模型准确性.来用验证数据集GSE76807对模型进一步验证,利用ROC曲线下面积值评估模型准确性.用RT-qPCR实验验证关键基因mRNA相对表达量.最后用CIBERSORT算法预估硬皮病与筛选出的潜在生物标志物的生物信息学关联.结果 共获取差异基因24个,其中上调基因11个,下调基因13个.通过3种机器学习算法筛选到最相关的7个线粒体相关特征基因(POLB、GSR、KRAS、NT5DC2、NOX4、IGF1、TGM2),并构建人工神经网络诊断模型.使用该模型绘制了实验组和验证组诊断的ROC曲线,AUC值为0.984.验证组AUC为0.740.10折交叉验证AUC平均值大于0.980.RT-qPCR结果显示,与对照组相比,硬皮病中POLB(P=0.004)、GSR(P=0.029)、KRAS(P=0.007)、NOX4(P=0.019)、IGF1(P=0.008)、TGM2(P<0.0001)表达量明显上调,而NT5DC2(P=0.001)表达量在硬皮病组中明显下调.免疫细胞浸润显示,特征基因与滤泡辅助T细胞、幼稚B细胞、静息树突状细胞、记忆激活CD4+T细胞、巨噬细胞M0、单核细胞、记忆静息CD4+T细胞和肥大细胞激活等相关.结论 构建了硬皮病特征基因的人工神经网络诊断模型,为探索硬皮病发病机制提供了一个新视角.
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编辑人员丨2024/7/6
