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血清IgG、TBX21、miR-335联合检测诊断狼疮性肾炎的临床价值
编辑人员丨1周前
目的:探讨血清免疫球蛋白G(IgG)、T-框蛋白21(TBX21)、微小RNA-335(miR-335)联合检测诊断狼疮性肾炎(LN)的临床价值。方法:选取柘城中医院2021年1月至2023年1月收治的95例LN患者为观察组,取同期95例健康体检人员为对照组,另根据入院时系统性红斑狼疮疾病活动度(SLEDAI)将LN患者分为活动期(51例,SLEDAI评分>4分)和稳定期(44例,SLEDAI评分0~4分)2个亚组。比较2组血清IgG、TBX21、miR-335水平,比较不同活动度血清IgG、TBX21、miR-335、尿素氮(BUN)、血肌酐(Scr)、补体C3、补体C4水平及SLEDAI评分,分析血清IgG、TBX21、miR-335水平与BUN、Scr、补体C3、补体C4水平及SLEDAI评分相关性,并分析血清IgG、TBX21、miR-335对LN的诊断价值。结果:与对照组相比,入院时观察组血清IgG、TBX21、miR-335水平均较高(均 P<0.05);入院时活动期患者血清IgG、TBX21、miR-335水平均高于稳定期患者(均 P<0.05);入院时活动期患者BUN、Scr、SLEDAI评分均高于稳定期患者,补体C3、补体C4水平均低于稳定期患者(均 P<0.05);入院时血清IgG、TBX21、miR-335水平与BUN、Scr、SLEDAI评分均呈正相关,与补体C3、补体C4水平均呈负相关(均 P<0.05);血清IgG、TBX21、miR-335水平联合诊断LN的曲线下面积(AUC)大于单一检测( P<0.05)。 结论:血清IgG、TBX21、miR-335与疾病活动度密切相关,临床上可将其作为诊断和预测LN的参考指标,以便早期制定有针对性的治疗方案。
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编辑人员丨1周前
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氧诱导视网膜病变小鼠模型中参与p21调控的miRNA表达谱分析
编辑人员丨1周前
目的:观察氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠视网膜组织中miRNA的表达,筛选与p21及视网膜新生血管(RNV)形成相关的miRNA。方法:实验研究。40只健康7日龄C57BL/6J小鼠随机分为正常组和OIR组,每组20只。OIR组构建氧诱导RNV模型,正常组不做任何处理。小鼠17日龄时,处死小鼠,视网膜荧光铺片观察小鼠RNV发生情况;光学显微镜下计数突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核。取视网膜组织行miRNA芯片分析,检测正常组与OIR组之间差异表达的miRNA。所得差异miRNA靶基因分别进行基于基因注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)的富集分析;通过Targetscan、MiRanda、MicroT-CDS数据库比对筛选可能与p21有关的miRNA及通路。组间两两比较采用独立样本 t检验。 结果:与正常组比较,OIR组小鼠视网膜无灌注区面积、RNV及突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核数量增加,差异均有统计学意义( t=18.800、9.025, P<0.05)。与正常组比较,OIR组有统计学差异表达的miRNA 54个,其中,上调、下调者分别为47、7个。从3个数据库与所得差异miRNA的比对结果中共筛选到与p21相关miRNA 13个,按差异倍数从高到低分别为miR-7218-5p、miR-322-5p、miR-224-5p、miR-335-5p、miR-329-3p、miR-362-3p、miR-532-5p、miR-20b-5p、miR-20a-5p、miR-195a-5p、miR-423-5p、miR-497a-5p、miR-129-5p。差异miRNA靶基因富集分析,得到1 112个GO条目及50条KEGG通路,其中50个GO条目和13条KEGG通路与p21相关。 结论:在OIR模型中共筛选出13个与P21相关的miRNA。
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编辑人员丨1周前
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多发性大动脉炎患者血浆外泌体携带的差异微小RNA和蛋白表达谱分析
编辑人员丨1周前
目的:检测初治多发性大动脉炎(TAK)患者血浆外泌体携带的微小RNA和蛋白,分析其在TAK发病机制中的可能作用。方法:选2020年6月至11月北京协和医院风湿免疫科确诊的初治TAK患者10例,另选与之年龄性别匹配的健康对照者5例,分别通过RNA测序和蛋白质谱技术检测血浆外泌体携带的微小RNA和蛋白,筛选出差异表达的微小RNA和蛋白,并对其进行层次聚类分析、功能、信号通路和结构域富集分析,最终筛选出与血管炎有关的微小RNA和蛋白,探究其在TAK发病机制中的可能作用。统计学采用Fisher精确概率检验或 χ2检验。 结果:TAK患者血浆外泌体携带的差异表达的微小RNA 29个,其中miR-101-3p、miR-122-5p、miR-143-3p、miR-185-3p、miR-192-5p、miR-194-5p、miR-19a-3p、miR-19b-3p、miR-20b-5p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-335-5p、miR-34a-5p、miR-3613-5p、miR-548ad-5p、miR-590-3p、miR-7-5p表达上调,miR-1249-3p、miR-141-3p、miR-199a-5p、miR-199b-5p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-204-5p、miR-29c-5p、miR-335-3p、miR-381-3p、miR-4433b-5p、miR-584-5p表达下调。差异表达的蛋白357个,其中236个表达上调,121个表达下调,最终筛选前激肽释放酶、激肽原1、桥粒蛋白。结论:血浆外泌体携带的miR-34a-5p、miR-200c-3p、miR-143-3p、miR-22-3p、miR-21-5p、前激肽释放酶、激肽原1、桥粒蛋白可能通过调节血管生理过程、炎症反应、自身免疫等过程参与TAK的发病机制,具有作为TAK生物标志物和治疗靶点的潜在作用。
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编辑人员丨1周前
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血清外泌体中miR-335-5p作为诊断三阴性乳腺癌的生物标志物研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer, TNBC)患者血清外泌体中微小RNA(microRNA-335-5p, miR-335-5p)和重组人血管内皮生长因子受体1(human vascular endothelial growth factor receptor 1, VEGFR-1, FLT1)表达水平及其诊断价值。方法:高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database, GEO)分析并筛选乳腺癌组织中差异表达的miRNA,于2016年1月至2017年11月收集宁波大学附属人民医院的56例TNBC患者的外周血标本,分离外泌体并鉴定。生物信息学分析筛选出FLT1作为miR-335-5p的靶基因。qRT-PCR分别检测miR-335-5p、FLT1在血清外泌体中的表达水平。分析miR-335-5p与TNBC患者临床病理参数的关系,受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic, ROC)评估miR-335-5p的诊断价值,Kaplan-Meier生存曲线对miR-335-5p和FLT1做生存预后分析。结果:TNBC患者血清外泌体中miR-335-5p表达低于对照组,FLT1在血清外泌体中的表达高于对照组(均 P<0.05)。miR-335-5p表达情况与TNBC患者组织分级( χ2=22.02, P<0.000 1)、分化程度( χ2=20.67, P<0.000 1)、淋巴结转移有关( χ2=4.667, P=0.030 8);miR-335-5p诊断ROC下面积为0.809 8(95% CI: 0.726 3~0.893 2, P<0.000 1)。Kaplan-Meier生存分析显示,miR-335-5p低表达组患者的总生存期较高表达组明显缩短( P=0.004 5)。其靶基因FLT1的高表达与低生存率相关( P=0.048 0)。 结论:血清外泌体源性miR-335-5p可作为预测TNBF预后的重要指标,有望在TNBC的诊断和治疗中发挥作用。
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编辑人员丨1周前
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miR-335靶定ENPP4和FADS1基因介导高脂性小鼠肥胖
编辑人员丨1周前
目的:研究高脂饮食小鼠腹脂微小RNA(miRNA)的差异表达,探讨高表达miR-335在脂类代谢过程中作用。方法:对高脂饮食的小鼠腹脂进行miRNA芯片分析,检测小鼠腹脂miRNA的差异表达;采用生物信息学方法预测miR-335靶基因,双荧光素酶报告系统及点突变实验验证靶基因外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶4(ectonucleotide pyrophosphatase/phosphordiester-ase4, ENPP4)和脂肪酸去饱和酶1(fatty acid desaturase1, FADS1);3T3L1细胞中转染miR-335模拟体,检测靶基因mRNA和蛋白表达量;实时荧光定量PCR检测miR-335和靶基因在高脂饮食小鼠不同组织中的表达量。结果:高脂饮食后,模型组小鼠体型明显大于对照组,小鼠血清总胆固醇( P=0.016)和三酰甘油( P=0.014)水平显著上升。高脂饮食的小鼠脂肪组织中多种miRNA发生差异表达,其中miR-335表达上升尤为明显( P=0.024)。通过Targetscan预测miR-335靶基因,结合其功能,筛选出ENPP4和FADS1。报告基因试验显示miR-335通过"种子区"与ENPP4和FADS1预测靶位点结合从而抑制ENPP4和FADS1基因的表达,点突变实验证实了结合的靶位点;设计合成miR-335模拟体转染3T3L1细胞,培养48 h后,FADS1 mRNA表达水平显著下降( P=0.038),ENPP4和FADS1蛋白水平均显著下降( P=0.033, P=0.007)。与对照组相比,高脂饮食后miR-335在肝脏、白棕脂肪组织和脑中显著性高表达( P=0.017, P=0.002, P=0.003, P=0.031);而ENPP4和FADS1在脑( P=0.006, P=0.034)和棕色脂肪组织( P=0.014, P=0.037)中表达量显著下降,同时ENPP4在肝脏中的表达量也极显著下降( P<0.001)。 结论:miR-335是与脂类代谢和脂肪沉积相关的miRNA,ENPP4和FADS1基因是miR-335的靶基因。
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编辑人员丨1周前
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卵巢癌中miR-148a通过作用DNA甲基化转移酶1调控细胞黏附分子1基因甲基化的分子机制研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨卵巢癌中细胞黏附分子1(cell adhesion molecule 1,CADM1)基因启动子甲基化对基因转录和蛋白表达水平的影响,及miRNA-148a对CADM1甲基化水平的调控机制。方法:选取2018年6月至2020年6月在杭州师范大学附属医院行手术治疗的86例卵巢癌患者,定量检测卵巢癌组织和癌旁组织CADM1基因CpG岛甲基化水平;使用定量实时聚合酶链反应检测CADM1基因mRNA和miRNA-148a表达量;采用western blot法检测CADM1基因和DNMT1蛋白水平。使用不同浓度甲基转移酶抑制剂(5-Azacytidine,5-Aza)处理人卵巢癌SKOV3细胞,72 h后检测其CADM1 mRNA表达量。将miR-335-5p类似物(analog)、抑制物(inhibitor)和各自阴性对照分别转染入卵巢癌细胞系SKOV3,然后检测转染后的miR-335-5p表达量和CADM1基因甲基化水平。结果:卵巢癌组织的CADM1-1岛的甲基化水平为(2.89±0.82)%,显著高于癌旁正常组织的甲基化水平(1.86±0.68)%( t=4.936, P<0.001),卵巢癌组织的CADM1-2岛的甲基化水平为(3.12±0.93)%,显著高于癌旁正常组织的甲基化水平(2.27±0.69)%( t=5.114, P<0.001); Pearson相关分析表明卵巢癌组织CADM1-1岛和CADM1-2岛的甲基化水平与mRNA相对表达量间均呈显著负相关( r分别为-0.615和-0.582, P均<0.001),且与CADM1蛋白表达量间也均呈显著负相关( r分别为-0.521和-0.612, P均<0.001);卵巢癌组织中的miRNA-148a相对表达量为1.53±0.42,显著低于癌旁组织中的miRNA-148a相对表达量2.59±0.73( t=6.113, P<0.001);不同浓度5-Aza处理后,SKOV3细胞CADM1基因在低浓度组和高浓度组的mRNA表达水平均显著高于对照组( P均<0.05),且高浓度组的mRNA表达水平显著高于低浓度组( P<0.05);miRNA-148a对SKOV3细胞转染后,mimic组的miRNA-148a相对表达量显著升高,inhibitor组的表达量显著降低( P<0.001),而mimic组的DNMT1表达量和CADM1基因甲基化水平显著降低,inhibitor组的DNMT1表达量和CADM1基因甲基化水平显著升高( P<0.001)。 结论:在卵巢癌中,miRNA-148a可通过作用下游靶蛋白DNMT1,调控CADM1基因的DNA甲基化水平,从而影响CDM1基因的mRNA和蛋白表达水平,参与卵巢癌的发病机制。
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编辑人员丨1周前
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基于miR-335/ROCK2轴探讨补肾启智方对OGD/R损伤HT22细胞焦亡与应激颗粒的影响
编辑人员丨2024/8/10
目的:探讨补肾启智方通过调控微小RNA-335(microRNA-335,miR-335)靶向Rho家族相关蛋白激酶2(Rho associ-ated protein kinase 2,ROCK2)蛋白,对氧糖剥夺/复氧(oxygen-glucose deprivation/reoxygenation,OGD/R)损伤HT22 细胞焦亡与应激颗粒的影响.方法:取对数生长期的HT22 细胞,随机分为空白组、模型组、补肾启智方组、miR-335 抑制组、空病毒对照组、补肾启智方+miR-335 抑制组.除空白组外,其余各组细胞均建立OGD/R损伤模型.采用CCK-8 法检测细胞存活率,qRT-PCR法检测细胞miR-335 mRNA表达水平,Western blot检测细胞ROCK2、T细胞胞内抗原 1(T cell intracellular antigen 1,TIA1)、核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白 3(nucleotide-binding oligomerization domain-like receptor protein 3,NLRP3)、凋亡相关斑点样蛋白(apoptosis-associated speck-like protein containing CARD,ASC)、活化半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-1(c-Caspase-1)、消皮素D-N(gasdermin D-N,GSDMD-N)蛋白表达水平,ELISA法检测细胞上清液白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、白细胞介素-18(interleukin-18,IL-18)水平.结果:与空白组比较,模型组细胞存活率、miR-335 mRNA水平降低(P<0.05).与模型组比较,补肾启智方组细胞存活率、miR-335 mRNA水平升高,miR-335 抑制组细胞存活率、miR-335 mRNA水平降低(P<0.01).与空病毒对照组比较,miR-335 抑制组细胞存活率、miR-335 mRNA水平降低(P<0.01).与miR-335 抑制组比较,补肾启智方+miR-335 抑制组细胞存活率、miR-335 mRNA水平升高(P<0.01).与空白组比较,模型组细胞ROCK2、NLRP3、ASC、c-Caspase-1、GSDMD-N蛋白表达水平升高,TIA1 蛋白表达水平降低(P<0.01).与模型组比较,补肾启智方组细胞ROCK2、NLRP3、ASC、c-Caspase-1、GSDMD-N蛋白表达水平降低,TIA1 蛋白表达水平升高,而miR-335 抑制组细胞上述蛋白的表达趋势与之相反(P<0.05).与空病毒对照组比较,miR-335 抑制组细胞ROCK2、NLRP3、ASC、c-Caspase-1、GSDMD-N蛋白表达水平升高,TIA1 蛋白表达水平降低(P<0.05);相较于miR-335 抑制组,补肾启智方+miR-335 抑制组细胞上述蛋白的表达趋势与之相反(P<0.01).与空白组比较,模型组细胞IL-1β、IL-18 水平升高(P<0.01).与模型组比较,补肾启智方组细胞IL-1β、IL-18 水平降低(P<0.01),miR-335 抑制组细胞则与之相反(P<0.05).与空病毒对照组比较,miR-335 抑制组细胞IL-1β、IL-18 水平升高(P<0.05);相较于miR-335 抑制组,补肾启智方+miR-335 抑制组细胞上述因子的表达趋势与之相反(P<0.01).结论:补肾启智方可能通过调控miR-335/ROCK2 活性,促进应激颗粒形成,抑制炎症反应以及NLRP3 介导的细胞焦亡,从而发挥神经保护作用.
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编辑人员丨2024/8/10
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心肌梗死后心力衰竭大鼠左心室机械卸载心肌微小RNA差异表达分析
编辑人员丨2024/6/1
目的 探究大鼠心肌梗死后心力衰竭左心室机械卸载心肌微小RNA(miRNA)-mRNA的调控网络.方法 将SD大鼠按照随机数表法分为对照组、心力衰竭组和左心室机械卸载组(卸载组),每组8只.采用前降支结扎和主动脉弓缩窄方法构建大鼠心肌梗死后心力衰竭模型,造模后第3天进行左心室机械卸载,观察至造模后第7天.超声心动图评估大鼠心脏结构和功能,血清学酶联免疫吸附试验评估心肌炎症反应,采用高内涵成像分析系统评估心肌成纤维细胞增殖率.选取基因表达总库(GEO)数据库中缺血性心肌病患者应用左心室辅助装置进行机械卸载前后的心肌表达谱数据进行生物信息学分析,筛选出核心miRNA及其可能的下游效应mRNA.利用qRT-PCR验证心肌中核心miRNA的表达情况.结果 与心力衰竭组大鼠相比,卸载组大鼠左心室射血分数提升20.0%(F=35.37,P=0.027),血清心肌损伤标志物心肌肌钙蛋白I水平下降52.5%(F=118.9,P<0.001)、B型利钠肽水平下降18.2%(F=112.6,P=0.001);血清中炎症因子白细胞介素1β、白细胞介素6和肿瘤坏死因子a的水平分别下降58.5%(F=62.16,P<0.001)、27.8%(F=26.44,P=0.010)和 31.2%(F=40.42,P<0.001);心肌细胞横截面积降低 31.6%(F=204.7,P<0.001)、心肌胶原纤维面积下降29.1%(F=34.19,P=0.026);心肌成纤维细胞增殖率显著降低(F=7.387,P=0.003).通过生物信息学分析共筛选出 4 个核心 miRNA(hsa-miR-205-3p、hsa-miR-205-5p、hsa-miR-335-3p 和 hsa-miR-335-5p).miR-335-3p(F=20.72,P=0.020)和 miR-335-5p(F=26.36,P=0.005)在卸载后的心肌中表达显著上调,miR-335的潜在下游靶基因(APOOL、ERBB4和WWTR1)表达水平显著下调(F=14.22、10.13和8.69,P=0.011、0.015和0.033).结论 左心室机械卸载可以有效逆转大鼠心肌梗死后的心肌重构,并降低急性期心肌成纤维细胞增殖率,miR-335在这一过程中可能发挥关键作用.
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编辑人员丨2024/6/1
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基于生物信息学分析溃疡性结肠炎的差异表达基因和miRNA
编辑人员丨2024/5/18
目的 通过生物信息学分析方法寻找溃疡性结肠炎(UC)的差异表达基因(DEGs)及其相应的microRNA(miRNA),筛选参与UC发生发展相关的潜在致病靶点,为寻找UC诊断标志物以及新的治疗靶点提供理论依据.方法 从基因表达数据库(GEO)获取数据集,通过GEO2R对数据集进行分组和筛选DEGs并取交集,再进行PPI、GO、KEGG分析和miRNA预测.结果 GO分析显示其主要集中在中性粒细胞迁移、脂多糖应答、细胞外泌体、CXCR趋化因子受体结合等,KEGG分析显示其主要富集在补体途径凝血通路、IL-17信号通路、百日咳、类风湿性关节炎通路、肿瘤坏死因子信号通路等方面.通过Cytoscape筛选出MCC值前十的hub基因CXCL1、IL1B、TIMP1、CXCL8、IL6、MMP1、SERPINE1、PTGS2、SPP1、MMP2.通过NetworkAnalyst3.0在线网站进行可视化展示,可推断 hsa-mir-204-5p、hsa-mir-146a-5p、hsa-mir-3 3 5-5p、hsa-mir-1-3p、hsa-mir-21-5p 等 5 种 miRNA 在疾病发展中起关键作用.结论 在UC发病机制相关研究中,DEGs与疾病的发生发展密切相关,可通过对基因的富集分析、以及hub基因、关键miRNA筛选为更深入研究UC的发病机制及寻找治疗新靶点提供研究思路和理论依据.
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编辑人员丨2024/5/18
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基于生物信息学分析溃疡性结肠炎的差异表达基因和相关微小RNA
编辑人员丨2024/3/30
目的 基于生物信息学分析溃疡性结肠炎(UC)中具有诊断和治疗潜力的差异表达基因以及潜在的微小RNA(miRNA).方法 采用加权基因共表达网络分析法对GEO数据库中的芯片原始数据进行筛选.获取UC相关差异表达基因进行富集分析.根据关键基因,预测与差异表达基因相关的潜在miRNA,并构建基因-miRNA调控网络.结果 共筛选出277个差异表达基因,其中有200个基因上调,77个基因下调.基因集富集分析(GSEA)显示,主要富集通路是神经活性配体受体相互作用、利什曼原虫感染、朊病毒病害以及心电图受体相互作用等通路.基因本体论(GO)分析结果显示,主要参与趋化因子活性、肝素结合、趋化因子受体结合等条目.京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果显示,主要富集通路为细胞因子受体相互作用通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、趋化因子信号通路、核转录因子kappa B(NF-κB)信号通路富集通路等.筛选出10个枢纽基因,分别是C-X-C趋化因子配体8(CXCL8)、Toll样受体2(TLR2)、细胞间黏附分子1(ICAM1)、选择素L(SELL)、趋化因子受体4(CXCR4)、细胞毒性T淋巴细胞相关抗原(CTLA4)、细胞分化抗原69(CD69)、双糖链蛋白多糖(BGN)、C-X-C趋化因子配体13(CXCL13)、金属蛋白酶抑制剂1(TIMP1).鉴定出12个潜在的关键miRNAs,分别为 hsa-mir-335-5p、hsa-mir-146a-5p、hsa-mir-92a-3p、hsa-mir-155-5p、hsa-mir-26b-5p、hsa-mir-4426、hsa-mir-4462b、hsa-mir-4647、hsa-mir-32-5p、hsa-mir-92b-3p、hsa-mir-98-5p和hsa-mir-93-5p.结论 本研究共筛选出277个差异表达基因可能参与UC的发生发展,鉴定出10个枢纽基因和12个miRNAs或可作为UC的生物标志物.
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编辑人员丨2024/3/30