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氧诱导视网膜病变小鼠模型中参与p21调控的miRNA表达谱分析
编辑人员丨4天前
目的:观察氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠视网膜组织中miRNA的表达,筛选与p21及视网膜新生血管(RNV)形成相关的miRNA。方法:实验研究。40只健康7日龄C57BL/6J小鼠随机分为正常组和OIR组,每组20只。OIR组构建氧诱导RNV模型,正常组不做任何处理。小鼠17日龄时,处死小鼠,视网膜荧光铺片观察小鼠RNV发生情况;光学显微镜下计数突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核。取视网膜组织行miRNA芯片分析,检测正常组与OIR组之间差异表达的miRNA。所得差异miRNA靶基因分别进行基于基因注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)的富集分析;通过Targetscan、MiRanda、MicroT-CDS数据库比对筛选可能与p21有关的miRNA及通路。组间两两比较采用独立样本 t检验。 结果:与正常组比较,OIR组小鼠视网膜无灌注区面积、RNV及突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核数量增加,差异均有统计学意义( t=18.800、9.025, P<0.05)。与正常组比较,OIR组有统计学差异表达的miRNA 54个,其中,上调、下调者分别为47、7个。从3个数据库与所得差异miRNA的比对结果中共筛选到与p21相关miRNA 13个,按差异倍数从高到低分别为miR-7218-5p、miR-322-5p、miR-224-5p、miR-335-5p、miR-329-3p、miR-362-3p、miR-532-5p、miR-20b-5p、miR-20a-5p、miR-195a-5p、miR-423-5p、miR-497a-5p、miR-129-5p。差异miRNA靶基因富集分析,得到1 112个GO条目及50条KEGG通路,其中50个GO条目和13条KEGG通路与p21相关。 结论:在OIR模型中共筛选出13个与P21相关的miRNA。
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编辑人员丨4天前
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多发性大动脉炎患者血浆外泌体携带的差异微小RNA和蛋白表达谱分析
编辑人员丨4天前
目的:检测初治多发性大动脉炎(TAK)患者血浆外泌体携带的微小RNA和蛋白,分析其在TAK发病机制中的可能作用。方法:选2020年6月至11月北京协和医院风湿免疫科确诊的初治TAK患者10例,另选与之年龄性别匹配的健康对照者5例,分别通过RNA测序和蛋白质谱技术检测血浆外泌体携带的微小RNA和蛋白,筛选出差异表达的微小RNA和蛋白,并对其进行层次聚类分析、功能、信号通路和结构域富集分析,最终筛选出与血管炎有关的微小RNA和蛋白,探究其在TAK发病机制中的可能作用。统计学采用Fisher精确概率检验或 χ2检验。 结果:TAK患者血浆外泌体携带的差异表达的微小RNA 29个,其中miR-101-3p、miR-122-5p、miR-143-3p、miR-185-3p、miR-192-5p、miR-194-5p、miR-19a-3p、miR-19b-3p、miR-20b-5p、miR-21-5p、miR-22-3p、miR-335-5p、miR-34a-5p、miR-3613-5p、miR-548ad-5p、miR-590-3p、miR-7-5p表达上调,miR-1249-3p、miR-141-3p、miR-199a-5p、miR-199b-5p、miR-200a-3p、miR-200c-3p、miR-204-5p、miR-29c-5p、miR-335-3p、miR-381-3p、miR-4433b-5p、miR-584-5p表达下调。差异表达的蛋白357个,其中236个表达上调,121个表达下调,最终筛选前激肽释放酶、激肽原1、桥粒蛋白。结论:血浆外泌体携带的miR-34a-5p、miR-200c-3p、miR-143-3p、miR-22-3p、miR-21-5p、前激肽释放酶、激肽原1、桥粒蛋白可能通过调节血管生理过程、炎症反应、自身免疫等过程参与TAK的发病机制,具有作为TAK生物标志物和治疗靶点的潜在作用。
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编辑人员丨4天前
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lncRNA SNHG8通过靶向miR-335-5p调控膀胱癌T24细胞的增殖、迁移和侵袭
编辑人员丨4天前
目的:探讨lncRNA SNHG8对膀胱癌T24细胞增殖、迁移和侵袭的影响以及其分子作用机制。方法:选取本院2017年1月至2019年1月收治的30例膀胱癌患者的癌组织及相应的癌旁组织;将膀胱癌T24细胞分为si-NC组、si-SNHG8组、miR-NC组、pcDNA组、pcDNA-SNHG8组、miR-335-5p组、si-SNHG8+anti-miR-NC组及si-SNHG8+anti-miR-335-5p组。对各组细胞采用qRT-PCR、MTT、Transwell、Western blot和双荧光素酶报告实验等检测并进行比较分析。结果:与癌旁组织比较,膀胱癌组织中SNHG8的表达水平升高,miR-335-5p表达水平下降(均 P<0.001)。抑制lncRNA SNHG8或过表达miR-335-5p后,T24细胞的活力、迁移和侵袭能力显著下降,CyclinD1、MMP-2和MMP-9蛋白表达水平降低,p21蛋白表达水平升高(均 P<0.001)。lncRNA SNHG8靶向调控miR-335-5p的表达水平。与si-SNHG8+anti-miR-NC组比较,si-SNHG8+anti-miR-335-5p组的细胞活性、迁移能力、侵袭细胞数、CyclinD1、MMP-2、MMP-9蛋白表达水平升高,p21蛋白表达水平降低(均 P<0.001),即下调miR-335-5p表达可逆转抑制lncRNA SNHG8表达对T24细胞增殖、迁移和侵袭的影响。 结论:下调lncRNA SNHG8可通过促进miR-335-5p表达抑制T24细胞的增殖、迁移和侵袭。
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编辑人员丨4天前
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血清外泌体中miR-335-5p作为诊断三阴性乳腺癌的生物标志物研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer, TNBC)患者血清外泌体中微小RNA(microRNA-335-5p, miR-335-5p)和重组人血管内皮生长因子受体1(human vascular endothelial growth factor receptor 1, VEGFR-1, FLT1)表达水平及其诊断价值。方法:高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database, GEO)分析并筛选乳腺癌组织中差异表达的miRNA,于2016年1月至2017年11月收集宁波大学附属人民医院的56例TNBC患者的外周血标本,分离外泌体并鉴定。生物信息学分析筛选出FLT1作为miR-335-5p的靶基因。qRT-PCR分别检测miR-335-5p、FLT1在血清外泌体中的表达水平。分析miR-335-5p与TNBC患者临床病理参数的关系,受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic, ROC)评估miR-335-5p的诊断价值,Kaplan-Meier生存曲线对miR-335-5p和FLT1做生存预后分析。结果:TNBC患者血清外泌体中miR-335-5p表达低于对照组,FLT1在血清外泌体中的表达高于对照组(均 P<0.05)。miR-335-5p表达情况与TNBC患者组织分级( χ2=22.02, P<0.000 1)、分化程度( χ2=20.67, P<0.000 1)、淋巴结转移有关( χ2=4.667, P=0.030 8);miR-335-5p诊断ROC下面积为0.809 8(95% CI: 0.726 3~0.893 2, P<0.000 1)。Kaplan-Meier生存分析显示,miR-335-5p低表达组患者的总生存期较高表达组明显缩短( P=0.004 5)。其靶基因FLT1的高表达与低生存率相关( P=0.048 0)。 结论:血清外泌体源性miR-335-5p可作为预测TNBF预后的重要指标,有望在TNBC的诊断和治疗中发挥作用。
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编辑人员丨4天前
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circ-KEL在急性髓系白血病中的表达及其对白血病细胞的调控作用和机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨circ-KEL在急性髓系白血病(AML)患者中的表达及其对AML细胞的调控作用和机制。方法:收集116例AML患者以及40名健康者骨髓标本,分离骨髓单个核细胞,使用实时定量RT-PCR法检测circ-KEL的表达水平并分析其与AML患者临床特征之间的关系。通过生物信息学分析以及双荧光素酶报告基因实验等验证circ-KEL与miR-335-5p/LRG1的靶向关系。运用CCK-8、流式细胞术等方法检测circ-KEL在AML细胞中的生物学作用。结果:circ-KEL在AML患者中的表达较正常人群明显增高(-7.117±1.831对-8.669±1.771, P<0.001),circ-KEL高表达患者总生存期(OS)明显短于低表达者( P=0.037)。AML患者接受化疗后circ-KEL表达水平较初诊时下降。同时,circ-KEL可充当miR-335-5p的"海绵",靶向调节LRG1。数据库分析显示miR-335-5p高表达患者预后好,且其与LRG1水平呈负相关。LRG1可促进AML细胞的增殖,抑制其凋亡,在AML患者中表达水平较健康人群也显著升高。circ-KEL可以通过miR-335-5p/LRG1轴发挥对白血病细胞的促增殖以及抑制凋亡作用。 结论:circ-KEL在AML患者中高表达,与AML患者预后高度相关,通过影响miR-335-5p/LRG1在AML疾病进展中发挥重要作用。
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编辑人员丨4天前
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卵巢癌中miR-148a通过作用DNA甲基化转移酶1调控细胞黏附分子1基因甲基化的分子机制研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨卵巢癌中细胞黏附分子1(cell adhesion molecule 1,CADM1)基因启动子甲基化对基因转录和蛋白表达水平的影响,及miRNA-148a对CADM1甲基化水平的调控机制。方法:选取2018年6月至2020年6月在杭州师范大学附属医院行手术治疗的86例卵巢癌患者,定量检测卵巢癌组织和癌旁组织CADM1基因CpG岛甲基化水平;使用定量实时聚合酶链反应检测CADM1基因mRNA和miRNA-148a表达量;采用western blot法检测CADM1基因和DNMT1蛋白水平。使用不同浓度甲基转移酶抑制剂(5-Azacytidine,5-Aza)处理人卵巢癌SKOV3细胞,72 h后检测其CADM1 mRNA表达量。将miR-335-5p类似物(analog)、抑制物(inhibitor)和各自阴性对照分别转染入卵巢癌细胞系SKOV3,然后检测转染后的miR-335-5p表达量和CADM1基因甲基化水平。结果:卵巢癌组织的CADM1-1岛的甲基化水平为(2.89±0.82)%,显著高于癌旁正常组织的甲基化水平(1.86±0.68)%( t=4.936, P<0.001),卵巢癌组织的CADM1-2岛的甲基化水平为(3.12±0.93)%,显著高于癌旁正常组织的甲基化水平(2.27±0.69)%( t=5.114, P<0.001); Pearson相关分析表明卵巢癌组织CADM1-1岛和CADM1-2岛的甲基化水平与mRNA相对表达量间均呈显著负相关( r分别为-0.615和-0.582, P均<0.001),且与CADM1蛋白表达量间也均呈显著负相关( r分别为-0.521和-0.612, P均<0.001);卵巢癌组织中的miRNA-148a相对表达量为1.53±0.42,显著低于癌旁组织中的miRNA-148a相对表达量2.59±0.73( t=6.113, P<0.001);不同浓度5-Aza处理后,SKOV3细胞CADM1基因在低浓度组和高浓度组的mRNA表达水平均显著高于对照组( P均<0.05),且高浓度组的mRNA表达水平显著高于低浓度组( P<0.05);miRNA-148a对SKOV3细胞转染后,mimic组的miRNA-148a相对表达量显著升高,inhibitor组的表达量显著降低( P<0.001),而mimic组的DNMT1表达量和CADM1基因甲基化水平显著降低,inhibitor组的DNMT1表达量和CADM1基因甲基化水平显著升高( P<0.001)。 结论:在卵巢癌中,miRNA-148a可通过作用下游靶蛋白DNMT1,调控CADM1基因的DNA甲基化水平,从而影响CDM1基因的mRNA和蛋白表达水平,参与卵巢癌的发病机制。
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编辑人员丨4天前
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心肌梗死后心力衰竭大鼠左心室机械卸载心肌微小RNA差异表达分析
编辑人员丨2024/6/1
目的 探究大鼠心肌梗死后心力衰竭左心室机械卸载心肌微小RNA(miRNA)-mRNA的调控网络.方法 将SD大鼠按照随机数表法分为对照组、心力衰竭组和左心室机械卸载组(卸载组),每组8只.采用前降支结扎和主动脉弓缩窄方法构建大鼠心肌梗死后心力衰竭模型,造模后第3天进行左心室机械卸载,观察至造模后第7天.超声心动图评估大鼠心脏结构和功能,血清学酶联免疫吸附试验评估心肌炎症反应,采用高内涵成像分析系统评估心肌成纤维细胞增殖率.选取基因表达总库(GEO)数据库中缺血性心肌病患者应用左心室辅助装置进行机械卸载前后的心肌表达谱数据进行生物信息学分析,筛选出核心miRNA及其可能的下游效应mRNA.利用qRT-PCR验证心肌中核心miRNA的表达情况.结果 与心力衰竭组大鼠相比,卸载组大鼠左心室射血分数提升20.0%(F=35.37,P=0.027),血清心肌损伤标志物心肌肌钙蛋白I水平下降52.5%(F=118.9,P<0.001)、B型利钠肽水平下降18.2%(F=112.6,P=0.001);血清中炎症因子白细胞介素1β、白细胞介素6和肿瘤坏死因子a的水平分别下降58.5%(F=62.16,P<0.001)、27.8%(F=26.44,P=0.010)和 31.2%(F=40.42,P<0.001);心肌细胞横截面积降低 31.6%(F=204.7,P<0.001)、心肌胶原纤维面积下降29.1%(F=34.19,P=0.026);心肌成纤维细胞增殖率显著降低(F=7.387,P=0.003).通过生物信息学分析共筛选出 4 个核心 miRNA(hsa-miR-205-3p、hsa-miR-205-5p、hsa-miR-335-3p 和 hsa-miR-335-5p).miR-335-3p(F=20.72,P=0.020)和 miR-335-5p(F=26.36,P=0.005)在卸载后的心肌中表达显著上调,miR-335的潜在下游靶基因(APOOL、ERBB4和WWTR1)表达水平显著下调(F=14.22、10.13和8.69,P=0.011、0.015和0.033).结论 左心室机械卸载可以有效逆转大鼠心肌梗死后的心肌重构,并降低急性期心肌成纤维细胞增殖率,miR-335在这一过程中可能发挥关键作用.
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编辑人员丨2024/6/1
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基于生物信息学分析溃疡性结肠炎的差异表达基因和miRNA
编辑人员丨2024/5/18
目的 通过生物信息学分析方法寻找溃疡性结肠炎(UC)的差异表达基因(DEGs)及其相应的microRNA(miRNA),筛选参与UC发生发展相关的潜在致病靶点,为寻找UC诊断标志物以及新的治疗靶点提供理论依据.方法 从基因表达数据库(GEO)获取数据集,通过GEO2R对数据集进行分组和筛选DEGs并取交集,再进行PPI、GO、KEGG分析和miRNA预测.结果 GO分析显示其主要集中在中性粒细胞迁移、脂多糖应答、细胞外泌体、CXCR趋化因子受体结合等,KEGG分析显示其主要富集在补体途径凝血通路、IL-17信号通路、百日咳、类风湿性关节炎通路、肿瘤坏死因子信号通路等方面.通过Cytoscape筛选出MCC值前十的hub基因CXCL1、IL1B、TIMP1、CXCL8、IL6、MMP1、SERPINE1、PTGS2、SPP1、MMP2.通过NetworkAnalyst3.0在线网站进行可视化展示,可推断 hsa-mir-204-5p、hsa-mir-146a-5p、hsa-mir-3 3 5-5p、hsa-mir-1-3p、hsa-mir-21-5p 等 5 种 miRNA 在疾病发展中起关键作用.结论 在UC发病机制相关研究中,DEGs与疾病的发生发展密切相关,可通过对基因的富集分析、以及hub基因、关键miRNA筛选为更深入研究UC的发病机制及寻找治疗新靶点提供研究思路和理论依据.
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编辑人员丨2024/5/18
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血管性认知功能障碍病人血清微RNA-335-5p、血清应答因子水平及其临床意义
编辑人员丨2024/4/27
目的 探究血管性认知功能障碍(VCI)病人血清微RNA(miR)-335-5p、血清应答因子(SRF)水平及临床意义.方法 以石家庄市人民医院2019年1月至2020年12月因脑卒中治疗后6个月出现VCI的110例病人为研究对象(VCI组),其中非痴呆型血管性认知功能障碍(VCIND)者48例(VCIND组)、血管性痴呆(VD)者62例(VD组).同时间段该院脑卒中未合并认知障碍者110例为对照组.分析各组病人发病时(入院次日)、发病后6个月、发病后1年血清miR-335-5p、SRF水平.logistic回归模型分析脑卒中病人发生VCI的影响因素.Pearson法分析血清miR-335-5p与SRF水平的相关性.受试者操作特征曲线(ROC曲线)分析血清miR-335-5p、SRF水平对VCI的预测价值.结果 VCI组发病时miR-335-5p水平0.76±0.15低于对照组1.06±0.07,而SRF水平1.52±0.24高于对照组1.01±0.09,差异有统计学意义(P<0.05).发病时,对照组、VCIND组、VD组的miR-335-5p水平逐次降低(1.06±0.07比0.86±0.17比0.68±0.14),SRF水平依次增加(1.01±0.09比1.32±0.25比1.67±0.24),差异有统计学意义(P<0.05).VD组、VCIND组受试者在发病后6个月及1年时SRF水平低于发病时,而miR-335-5p水平高于发病时(P<0.05).三组蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评分、miR-335-5p、SRF组间、时间、交互作用差异有统计学意义(P<0.05).发病时,VCI组血清miR-335-5p与SRF水平存在负相关性(r=-0.64,P<0.001).年龄、美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分、miR-335-5p、SRF是影响脑卒中病人VCI的危险因素(P<0.05).ROC分析显示,血清miR-335-5p、SRF、miR-335-5p联合SRF预测脑卒中后VCI的曲线下面积为0.88[95%CI:(0.84,0.93)]、0.90[95%CI:(0.86,0.95)]、0.93[95%CI:(0.89,0.97)].结论 VCI病人血清miR-335-5p水平明显降低,而SRF水平升高,二者水平变化与VCI严重程度有关,是导致脑卒中后VCI的影响因素,且二者联合对脑卒中后VCI有较高预测效能.
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编辑人员丨2024/4/27
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慢性乙型肝炎患者外泌体miR-335-5p与肝硬化严重程度的相关性
编辑人员丨2024/4/27
目的 探讨外泌体microRNA(miR)-335-5p与慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者肝硬化严重程度的关系,以期为早期干预治疗提供更多临床信息.方法 于2019年2-8月期间从秦皇岛医院体检门诊和肝病科招募了 6例健康对照、8例代偿期肝硬化(compensated cirrhosis,CLC)和8例失代偿期肝硬化(decompensated cirrhosis,DLC)作为发现队列,采集血清样本用于外泌体提取和miRNA微阵列分析.选择2019年12月—2022年5月在医院肝病科接受诊治的229例CHB肝硬化患者作为验证队列,包括94例CLC和135例DLC患者.提取并鉴定外泌体,采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)法检测血清外泌体miR-335-5p表达水平.采用终末期肝病模型(end-stage liver disease,MELD)评分、血清钠与MELD联合公式(MELD-Na)评分评估肝硬化严重程度.结果 发现队列中,DLC组miR-335-5p较对照组和CLC组均下调(P<0.05).验证队列中,DLC组患者外泌体miR-335-5p水平低于CLC组(P<0.001).经Spearman相关性分析,肝硬化患者外泌体miR-335-5p表达MELD、MELD-Na均呈负相关(P<0.05).在多元线性回归模型中调整其他混杂因素后,外泌体miR-335-5p 表达与 MELD(β=-0.103,95%CI:-3.692~-1.149,P<0.001)和 MELD-Na(β=-0.109,95%CI:-4.007~-1.270,P<0.001)仍呈负相关.经受试者工作特征(receiver operator characteristic,ROC)曲线分析,血清外泌体miR-335-5p用于鉴别诊断DLC的ROC曲线下面积为0.905(95%CI:0.867~0.944),对应截断值为0.158,特异度为87.2%,灵敏度83.7%.结论 外泌体miR-335-5p低表达与CHB患者肝硬化程度加重有关,可能作为DLC早期诊断的有用生物标志物.
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编辑人员丨2024/4/27
