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基于细胞通讯探讨免疫细胞分化相关肺泡
编辑人员丨6天前
目的 探讨免疫细胞分化对脓毒性ARDS肺泡-毛细血管屏障损伤的影响.方法 基于转录组数据构建脓毒性ARDS的WGCNA网络,并筛选ARDS相关基因(ARDS-related genes,ARGs).基于单细胞测序数据构建脓毒性ARDS分化轨迹和细胞通讯,并筛选免疫分化相关基因(immunodifferentiation-related genes,IDRGs).Lasso 回归分析构建 ARDS 的免疫相关风险评分(risk Score,RS).ESTIMATE、CIBERSORT 和 ssGSEA 评估免疫微环境.Metascape、GSVA 和 GO 富集分析展示信号通路和生物学过程.结果 免疫细胞、成纤维细胞和内皮细胞通过24条信号通路进行细胞通讯.由DSTN、SNRPA和FGL2组成的RS在正常、单纯脓毒症和脓毒性ARDS的患者中差异表达,涉及免疫细胞、内皮细胞和成纤维细胞的分化,影响脓毒性ARDS的免疫浸润和免疫功能.脓毒性ARDS相关免疫细胞包含记忆B细胞、浆细胞、CD8+T和M0.DSTN与M0负相关(r=-0.29,P<0.05),SNRPA 与 CD8+T 正相关(r=0.28,P<0.05),FGL2 与记忆 B 细胞正相关(r=0.32,P<0.05).RS组间差异表达的免疫细胞包括CD4幼稚型T细胞、CD4记忆激活T细胞、调节T细胞、γ-δ T细胞、M0、激活的树突状细胞.富集分析提示DSTN、SNRPA和FGL2的差异表达影响了免疫细胞的分化、免疫功能的激活、抗原的呈递,以及肌动蛋白丝的解聚/切断.结论 DSTN、SNRPA和FGL2通过调控免疫细胞、成纤维细胞和内皮细胞的分化,影响脓毒性ARDS的免疫性肺泡-毛细血管屏障损伤,是预测脓毒性ARDS进展的潜在标志物.
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编辑人员丨6天前
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基于网络药理学及生物信息学研究E7766治疗膀胱癌的作用分析
编辑人员丨6天前
目的 本文旨在通过网络药理学和在线生物学分析,探究E7766治疗膀胱癌的作用靶点以及作用机制.方法 借助多个药物与疾病数据库,获得E7766和膀胱癌的相关靶点.利用Cytoscape软件,确定E7766治疗膀胱癌的核心靶点.通过David数据库对筛选出的靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路分析.运用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库分析核心靶点在膀胱癌中的表达以及与患者预后的关系.用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库对核心靶点基因进行免疫浸润分析.结果 获取了药物-疾病核心基因靶点:胱天蛋白酶3(CASP3)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、西罗莫司靶蛋白(mTOR)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1).KEGG富集分析结果表明细胞凋亡通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多个通路对膀胱癌产生治疗作用.GEPIA数据库分析发现MMP9在膀胱癌组织中高表达,PTGS2低表达,差异有统计学意义(P<0.05);MAPK1表达水平与预后呈负相关,MAPK表达越低,患者的预后越好(P<0.05).TIMER肿瘤免疫数据库发现了核心靶点与多种免疫细胞的浸润水平密切相关,在树突细胞和CD8+T细胞的浸润中起重要作用.结论 E7766通过CASP3、MMP9、mTOR、PTGS2、MAPK1等多个靶点及细胞凋亡、TNF信号通路等多条通路影响膀胱癌细胞的凋亡、炎症等生物学过程.
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编辑人员丨6天前
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基于蛋白激酶NEK9/MTA2信号通路泛素化修饰探讨胃癌的转移机制
编辑人员丨6天前
目的:基于永离有丝分裂基因A相关激酶9(NEK9)/转移相关肿瘤基因家族2(MTA2)信号通路泛素化修饰探讨胃癌(GC)的转移机制.方法:使用癌症基因组图谱(TCGA)和Kaplan-Meier Plotter数据库分析NEK9表达与GC分期、预后之间的关联.体外实验中,将GC细胞分为:对照组、shNC 组、shNEK9 组、shNC+NC-OE 组、shNEK9+NC-OE 组和 shNEK9+MTA2-OE 组.分别采用 MTT 和Transwell法测定细胞的增殖、迁移和侵袭,并通过 Western blot检测 NEK9、MTA2、上皮间充质转化(EMT)标记和PI3K/AKT信号通路蛋白表达.结果:TCGA数据库分析显示,NEK9 mRNA在肿瘤组织中的表达明显上调,并且与TNM分期较晚和NEK9高表达者的预后较差密切相关.此外,NEK9在7个GC细胞系中的表达明显高于正常胃上皮GES-1细胞(P<0.05).与对照组相比,shNEK9组细胞活力、相对集落形成、EdU阳性细胞数、侵袭和迁移细胞数均显著降低(P<0.05).此外,在shNEK9组细胞中,E-钙粘蛋白水平上调(P<0.05),波形蛋白水平下调(P<0.05).通过免疫共沉淀试验证明NEK9与MTA2有相互作用.NEK9敲低加速了 HGC-27细胞中MTA2的降解,并且 MTA2泛素化在NEK9沉默的细胞中增加.与shNEK9+NC-OE组组相比,shNEK9+MTA2-OE组相对集落形成、EdU阳性细胞数和迁移和侵袭数均显著增加(P<0.05).结论:NEK9在GC中明显上调,其敲低在体外抑制GC细胞的生长和转移.NEK9可能通过去泛素化途径稳定 MTA2进而激活PI3K-AKT信号通路来对GC细胞产生促癌影响.
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编辑人员丨6天前
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白术内酯Ⅲ介导的肌动蛋白相关蛋白2/3抑制肠上皮间质转化以缓解溃疡性结肠炎的研究
编辑人员丨6天前
目的:探寻白术内酯Ⅲ(AT-Ⅲ)的关键靶点,探究肌动蛋白相关蛋白2/3(Arp2/3)抑制溃疡性结肠炎(UC)的作用机制.方法:采用有限酶切-质谱法(lip-SMap)筛选大鼠小肠隐窝上皮细胞(IEC-6)特征蛋白,进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,确定AT-Ⅲ的关键靶点.脂多糖(LPS)与IEC-6共孵育模拟UC模型,酶联免疫吸附实验(ELISA)检测白细胞介素-6(IL-6),肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量;划痕实验测定IEC-6迁移速率;蛋白质印迹法测定上皮钙黏素(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)和Arp2/3含量;分子对接评估AT-Ⅲ与关键靶点的结合能力.结果:基于lip-SMap获得的特征蛋白参与调控磷脂酰肌醇3激酶-丝苏氨酸激酶(PI3K-AKT)信号通路和紧密连接(TJ)信号通路;与对照组比较,LPS组中IL-6和TNF-α释放量升高(均P<0.05),迁移速率变快(P<0.05),E-cadherin和Vimentin的表达都有不同程度的影响(均P<0.05);与LPS组比较,LPS+CK666+AT-Ⅲ组显著降低IL-6和TNF-α含量(均P<0.01),有效逆转LPS诱导的细胞迁移变化及E-cadherin和Vimentin表达(均P<0.05);分子对接显示,Arp2/3与AT-Ⅲ有较好的结合活性.结论:Arp2/3作为AT-Ⅲ的关键靶点,可通过上皮细胞-间充质转化(EMT)缓解LPS诱导的UC.
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编辑人员丨6天前
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基于UPLC-Q-TOF-MS技术和网络药理学人参黄精杏麦饮化学成分群的抗疲劳作用研究
编辑人员丨6天前
目的 采用超高液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术与网络药理学探讨人参黄精杏麦饮抗疲劳的药效物质及作用机制.方法 通过UPLC-Q-TOF-MS技术鉴定人参黄精杏麦饮化学成分,并利用TCMSP、Swiss Target Prediction数据库预测化学成分相关靶点;利用Disgenet、Genecards数据库检索疲劳靶点,利用韦恩图绘制平台获取共有靶点,并将信息导入Cyto-scope3.7.1 软件和STRING在线分析平台,进行网络拓扑学分析,构建药物-活性成分-关键靶点网络.最后,通过DAVID数据库进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and gnomes,KEGG)通路富集分析.结果 通过UPLC-Q-TOF-MS分析鉴定出35 个药物活性成分,主要为黄酮类;对药物和疾病靶标集进行拓扑分析,获得 14 个关键成分和39 个核心靶点;通过KEGG富集到癌症、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、PI3K-Akt、脂质与动脉粥样硬化和糖尿病并发症中的AGE-RAGE等信号通路.结论 人参黄精杏麦饮的活性成分通过作用于丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、磷酸甘油醛脱氢酶、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等靶标改善机体氧化应激反应、减轻免疫介导的炎症和感染以及调控细胞增殖、分化、凋亡等多种细胞功能发挥抗疲劳作用,初步阐明人参黄精杏麦饮抗疲劳的作用,为后续深入研究提供参考.
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编辑人员丨6天前
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慢性自发性荨麻疹患者治疗前后外周血TPM4和CFL1的变化及意义
编辑人员丨6天前
目的 探讨慢性自发性荨麻疹(CSU)患者治疗前后外周血原肌球蛋白-4(TPM4)和丝切蛋白-1(CFL1)mRNA表达及抗体水平的变化及其临床意义.方法 收集上海市浦东新区人民医院 2023 年 1~6 月诊治的 60 例 7日荨麻疹活动评分(UAS7)≥28 分的重度CSU患者作为研究对象(以下称之为CSU组),予抗组胺药(咪唑斯汀缓释片)治疗 12 周后,UAS7<7 分为有效组(共 41 例),UAS7≥7 分为无效组(共 19 例).另选同期 30 例健康体检者为对照组.实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测外周血TPM4 和CFL1 mRNA的表达,酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测外周血TPM4 和CFL1 的抗体水平.比较 4 组中TPM4 和CFL1 mRNA的表达和抗体水平.结果 重度CSU患者外周血中TPM4 mRNA表达及抗体水平均高于对照组,但CFL1 均低于对照组.抗组胺药物治疗 12 周后有效组的TPM4 mRNA表达及抗体水平均下降,差异均有统计学意义(P<0.05),治疗前后外周血中CFL1 mRNA表达及抗体水平差异无统计学意义(P>0.05).结论 TPM4和CFL1可作为检测重度CSU患者的生物学标记物,TPM4亦可作为评价抗组胺药治疗疗效的指标之一.
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编辑人员丨6天前
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肿瘤坏死因子受体2在银屑病中的研究进展
编辑人员丨6天前
银屑病主要是由免疫介导、遗传与环境共同作用的难治性疾病.肿瘤坏死因子-α(TNF-α)相关生物制剂为银屑病治疗带来里程碑式进步,然而,抗TNF-α疗法存在不良答应,其局限性可能与TNF-α不同受体激活后发挥的生物学功能不同有关.肿瘤坏死因子受体2(TNFR2)是TNF-α的关键受体之一,在与TNF-α结合后,可激活核因子-κB(NF-κB)、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、转录激活子3(STAT3)等多个信号通路,参与炎症、表皮稳态、细胞凋亡、细胞增殖、细胞自噬等生物学过程的调控,提示TNFR2与银屑病的发生、发展关系密切.既往研究往往忽视TNFR2在抗TNF-α疗法中的作用,因此,该文综述了TNFR2的结构、信号转导通路、在疾病中的研究进展及其与银屑病的关系,为探索银屑病的发病机制和治疗提供新的参考.
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编辑人员丨6天前
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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨6天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨6天前
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新型冠状病毒相关急性脑病22例临床及短期预后特征
编辑人员丨6天前
目的:总结新型冠状病毒感染相关急性脑病的临床及短期预后特征。方法:回顾性队列研究。收集2022年12月至2023年1月于首都医科大学附属北京儿童医院神经内科住院的22例新型冠状病毒相关急性脑病患儿的临床资料、影像学资料及短期预后。按照可能的临床病理机制及影像学特征分为细胞因子风暴组、兴奋毒性组及不能分类的脑病组,对各组患儿的临床特点进行描述性分析。根据末次随访儿童校正版Rankin量表(mRS)评分,分为预后良好组(≤2分)和预后不良组(>2分),两组比较采用Mann-Whitney U秩和检验或Fisher确切概率法。 结果:22例患儿中男10例、女12例,起病年龄为3.3(1.7,8.6)岁。11例(50%)有异常既往史,4例有异常家族史。患儿均以发热起病,21例(95%)在发热24 h内出现神经系统症状。首发神经系统症状中抽搐17例,意识障碍5例。病程中脑病表现22例,抽搐20例,言语障碍14例,不自主运动8例,共济失调3例。细胞因子风暴组3例均为急性坏死性脑病(ANE);兴奋毒性组9例,8例为急性脑病伴双相发作及后期弥散减低(AESD),1例为偏侧惊厥偏瘫综合征;不能分类的脑病组10例。天冬氨酸转氨酶升高9例,丙氨酸转氨酶升高4例,血糖升高3例,D二聚体升高3例;5例检测血清铁蛋白3例升高,9例行血和脑脊液神经丝轻链蛋白检测5例升高,18例检测血细胞因子7例升高,8例检测脑脊液细胞因子7例升高。18例头颅影像学异常,3例ANE均显示对称性、多灶性病灶,8例AESD均存在“亮树征”。22例患儿急性期均给予对症治疗及免疫治疗(免疫球蛋白或糖皮质激素),其中1例ANE予托珠单抗治疗。22例患儿随访50(43,53)d,预后良好组10例,预后不良组12例,两组在流行病学、临床表现、生化指标、启动免疫治疗的病程等方面差异均无统计学意义(均 P>0.05)。 结论:新型冠状病毒也是引起急性脑病的重要病原体,AESD和ANE为常见急性脑病综合征,早期甄别发热、抽搐、意识障碍的患儿并积极治疗是改善其预后的关键。
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编辑人员丨6天前
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儿童皮肤单器官受累的朗格罕细胞组织细胞增生症的临床分析
编辑人员丨6天前
目的:了解儿童皮肤单器官受累的朗格罕细胞组织细胞增生症(LCH)的临床特点及预后。方法:回顾性分析2013年12月至2018年6月首都医科大学附属北京儿童医院血液肿瘤中心收治的16例皮肤单器官受累LCH患儿的临床特点及预后。结果:共收治578例LCH患儿,16例(2.7%)为皮肤单器官受累LCH。男女比例为1.28∶1.00,出现皮疹的中位年龄为3.5个月(3 d~2岁5个月),诊断时中位年龄6个月(2个月14 d~2岁8个月)。16例中脂溢性皮炎样病变最常见,为68.7%(11例);躯干部位最常受累,为75.0%(12例)。10例患儿检测病理组织中编码丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的基因V600E位点[ BRAF (p.V600E)]突变情况,9例呈阳性;其中5例接受血浆 BRAF (p.V600E )突变检测,4例呈阳性。11例(68.7%)接受治疗,其中6例(37.5%)接受LCH-2009一线方案治疗25周;3例(18.8%)接受局部外用类固醇药物治疗3个月,均在3~6个月达到疾病无活动;2例(12.5%)单发皮损患儿均接受局部病灶切除活检,术后疾病无活动。余5例(31.3%)未接受任何治疗,仅观察及定期疾病评估,均在3~6个月达到疾病无活动,但1例血浆 BRAF (p.V600E )突变检测持续阳性患儿,于第24个月出现骨受累,接受LCH-2009一线方案治疗,至末次随诊,无进一步疾病进展的临床或影像学证据。至随访截止日期,中位随访时间为32.8个月(2.9~63.9个月),所有患儿存活,仅1例出现疾病活动,余为疾病无活动状态,2年无事件生存率为(92.3±7.4)%,治疗组和观察组无事件生存率比较差异无统计学意义( χ2=1.250, P=0.264)。 结论:皮肤单器官受累LCH常发生在婴幼儿时期,具有较强的异质性,脂溢性皮炎样病变是最常见的皮损类型。患儿预后通常良好,少数进展为多系统受累。
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编辑人员丨6天前